identifier: Kébir, Hania  (2000). MISE EN ÉVIDENCE DU RÔLE D'UNE« DOWNSTREAM BOX » ET D'UNE SÉQUENCE RtPÉTÉE INVERSE DANS L'AUGMENTATION DE LA PRODUCTION DE XYLANASE PAR STREPTOMYCES L/VIDANS  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 113 p.

abstract:
Le peptide signal (ps) du gène de la xylanase A (XlnA) de Streptomyces lividans
fut substitué par celui de la cellulase A (CelA), lui-même précédé d'une séquence
additionnelle de 57 nt. Cette dernière contiendrait plusieurs éléments qui semblent
stimuler la production de xylanase, notamment la présence d'une séquence répétée
inverse de 5 nt (5'-TGGGAacgcTCCCA) et celle d'une « downstream box» ou DB
(TCCCA) complémentaire aux nt 1461 à 1465 de l' ARNr 168 de S. lividans. L'abolition
de ces deux éléments, par introduction de mutations ponctuelles à l'intérieur de leur
séquence, a diminué de 75% la production de xylanase. De même, l'augmentation à 17 nt
de la complémentarité entre la DB et l' ARNr 168 a conduit à une chute de 90% de
l'activité xylanolytique. En revanche, les mutants contenant des DB de 6, 7 et 8 nt ont
grandement favorisé la production de xylanase, celle-ci atteignant des niveaux optimaux
de plus de 2 g/L avec une DB de 8 nt localisée à 15 nt en aval du codon d'initiation de la
traduction. Cette DB optimale interagirait alors avec les nt 1461 à 1468 situés à
l'extrémité 3' de l'ARNr 168 de S. lividans. La suppression du palindrome eut pour sa
part un effet négatif sur la production de xylanase, réduisant celle-ci de 69%, mais son
influence fut moins marquée que celle de la DB. En effet, en réduisant la taille de la
séquence palindromique et celle de la DB à 4 nt, l'activité xylanolytique a baissé de 40%
tandis qu'elle a augmenté de 54% avec le même palindrome et une DB de 6 nt. La
présence d'une DB fut également décelée dans les ps de l'acétyl-xylane estérase (Axe)
(CCAGTaCC) et de la XlnA (CGCCctTCCCA) d~ S. lividans. L'élimination de la DB du
ps de l'Axe eut pour conséquence de diminuer de 77% l'activité xylanolytique alors que
la suppression de la DB du ps de la XlnA n'eut, quant à elle, aucun effet sur la production
de xylanase. Tous ces résultats font l'objet d'une publication (Kébir et al., 2000).  Il existe donc une forte corrélation entre la présence de la DB et la production de
xylanase. Il a été proposé que la DB interagisse avec l'ARNr 168 et place celui-ci à
proximité du codon d'initiation de la traduction, facilitant alors le processus d'initiation
de la synthèse protéique. Mais le mécanisme exact de l'interaction DB-ARNr 168
demeure encore inconnu.


identifier: Makui, Hortence  (2000). L'homologue du gène Nramp chezE. coli (mntH) code pour un transporteur de cations métalliques divalents.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Le gène yfeP de E. coli code pour une protéine membranaire de 412 acides aminés
qui transporte les cations métalliques divalents, dénommée MntH. Le gène mntH
appartient à une famille de gènes très conservée au cours de l'évolution et définie par les
gènes Nramp (natural resistance associated macrophage protein). Des gènes de séquences
très similaires sont retrouvés chez les procaryotes (bactéries Gram-positive et Gramnégative)
et les eucaryotes (mammifères, plantes, et levures).  Chez les mammifères, Nramp1 joue un rôle primordial dans la résistance naturelle
à certains pathogènes intracellulaires. Il a été suggéré que, dans les macrophages, Nramp 1
permet de séquestrer le fer (Fe2+
), le manganèse (Mn2+
) et d'autres cations divalents. Ces
ions sont des cofacteurs d'enzymes importants pour la détoxification des radicaux
oxygénés générés entre autres pendant l'explosion oxydatif.  Pour déterminer la fonction de la protéine MntH de E. coli, nous avons surexprimé
MntH à partir du gène cloné dans le plasmide pBAD dans deux souches : chez le mutant
thermosensible hjlBJ dont la croissance à 42°C dépend de certains cations divalents, et
chez le double mutant mntH 1 hflBJ.  Nos résultats indiquent que la surexpression de MntH module la croissance à 42°C
des mutants hjlBJ en présence d'ions Fe2+ et Ni2+ et les rend hypersensibles au Mn2+. À
37°C, nos expériences avec le double mutant mntH 1 hjlBJ montrent que MntH transporte
sélectivement le Mn2
+, le Cd2
+ et le Fe2+, mais pourrait aussi transporter d'autres cations
divalents comme le Co2+, le Zn2+, le Ni2+, et le Cu2+. D'autres expériences d'absorption
de cations divalents radioactifs ont montré que MntH cotransporte sélectivement le Mn2+
et le Fe2
+ en utilisant l'énergie du gradient de proton. Le nom MntH a donc été choisi
pour transporteur de Mn2
+ dépendant de protons (H).


identifier: Pelletier, Martin  (2000). ACTIVATION DES GRANULOCYTES PAR LE SULFITE DE SODIUM ET LE DIELDRINE  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 158 p.

abstract:
Dans le but de mieux comprendre le rôle et l'implication des neutrophiles au niveau de
l'inflammation induite par des contaminants environnementaux ainsi que l'effet de ces
mêmes contaminants sur des cellules immatures du système immunitaire, les réponses
physiologiques des neutrophiles humains suite à 1' exposition au sulfite de sodium
(Na2S03) et au dieldrine in vitro ont été étudiées, de même que les mécanismes d'action
par lesquels ces xénobiotiques interagissent avec les neutrophiles. Un autre objectif de
cette étude était de déterminer si les résultats in vitro obtenus avec le dieldrine sont
similaires à ceux obtenus dans un organisme vivant en utilisant le modèle inflammatoire
murin de la poche d'air. Le dernier objectif de la présente étude était de déterminer si les
cellules HL-60 peuvent remplacer les neutrophiles dans des tests de criblage de toxicité
des xénobiotiques en vérifiant si leurs réponses au Na2S03 sont similaires à celles obtenus
avec les neutrophiles. Afin de répondre à ces objectifs, les neutrophiles ont été isolés de donneurs sains, avant
de les stimuler in vitro avec le NazS03 ou le dieldrine, selon le cas. Certaines réponses
physiologiques des neutrophiles et des HL-60 ont par la suite été examinées, soient la
production d'anions superoxydes, la phagocytose, la synthèse d' ARN, la synthèse
protéique de nova, la phosphorylation des résidus tyrosine, la production de cytokines
pro-inflammatoires et le niveau d'apoptose. Dans tous les cas, les réponses des
neutrophiles aux contaminants environnementaux ont été comparées à celles obtenues
avec des cytokines afin de déterminer si les neutrophiles répondent de façon similaire ou
différente à une cytokine et à un xénobiotique. Afin d'étudier les mécanismes d'action,
l'effet d'inhibiteurs de voies de signalisation a été analysé sur certaines fonctions des
neutrophiles. Finalement, des souris ont été stimulées avec du dieldrine en utilisant le
modèle inflammatoire de la poche d'air et les cellules ont été récoltées puis identifiées
afin d'établir les effets pro-inflammatoires du dieldrine in vivo.  Nos recherches ont permis de conclure que le potentiel toxique du Na2S03 durant
l'inflammation pulmonaire ou les maladies pulmonaires pourrait être relié à la capacité
d'induire la production de superoxyde et la production d'interleukine-S (IL-8) et ce, sans
moduler le taux d'apoptose des neutrophiles. Le Na2S03 agit également comme un
inhibiteur de la synthèse protéique de novo des neutrophiles, en plus d'induire des
événements de phosphorylation des résidus tyrosine de protéines, dont certaines bandes
co-migrent avec celles phosphorylées par le GM-CSF, un agoniste classique des
neutrophiles. Ceci suggère qu'un contaminant de l'environnement pourrait utiliser une
voie semblable à une cytokine connue pour induire ces effets par un récepteur de surface.
De plus, nos résultats indiquent clairement que les réponses physiologiques des HL-60
envers le Na2S03 sont différentes des neutrophiles. Il faut donc être prudent lors de
l'extrapolation des données obtenues avec les HL-60 aux neutrophiles, une pratique
encore courante. Le dieldrine possède également des propriétés pro-inflammatoires en stimulant la
production de superoxyde et la production d'IL-8. Tout comme le Na2S03, ce dernier ne
module pas l'apoptose des neutrophiles. Le mécanisme d'action du dieldrine a été
partiellement élucidé par l'utilisation d'inhibiteurs : le dieldrine activerait la NADPH
oxydase des neutrophiles par les protéines kinases C et la phosphorylation de résidus
tyrosine. De plus, les résultats in vitro sont en accord avec les résultats in vivo. En ce
sens, le dieldrine induit 1' accumulation rapide de neutrophiles dans le modèle
inflaÏnmatoire de la poche d'air et ceci peut expliquer, en partie, que ces cellules soient
responsables des effets toxiques du dieldrine, de par l'hyperactivité des neutrophiles
engendrée par le dieldrine. Nos résultats ont permis de mieux caractériser les réponses cellulaires des granulocytes
aux contarninants environnementaux et ont montré l'importance d'étudier davantage ces
cellules dans le domaine de l'immunotoxicologie ou autres domaines connexe.


identifier: Privé, Charles  (2000). Activité des MAPKs et de NF-KB chez le macrophage infecté par Leishmania donovani  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 106 p.

abstract:
Lorsqu'il infecte le macrophage, le parasite Leishmania module certaines voies de
signalisation à son avantage. Par exemple, l'infection cause une inhibition de la voie des
Jak/Stat en réponse à l'IFN-y et une inhibition de la PKC. Le mécanisme d'inhibition de
la PKC implique fort probablement le lipophosphoglycan (LPG), la principale molécule
exprimée à la surface de la forme promastigote du parasite. De plus, ce parasite évite
d'induire la production d'IL-l, d'IL-12 et de TNF-a. par le macrophage. Or, les MAPKs
et NF-KB régulent l'expression de plusieurs gènes de cytokines pro-inflammatoires.  Nous avons donc analysé l'activité des MAPKs et de NF-td3 lors de l'infection de
macrophages dérivés de la moelle osseuse de souris BALB/c, naïfs ou pré-traités à l'IFNy,
par des promastigotes de L. donovani. Pour évaluer le rôle du LPG sur ces voies de
signalisation, nous avons également infectés les macrophages avec une série de trois
mutants exprimant des formes tronquées du LPG. Finalement, nous avons vérifié s'il
était possible d'activer les MAPKs et NFtd3 avec du lipopolysaccharide (LPS) chez des
macrophages préalablement infectés par L. donovani puisqu'une fois parasités, ces
macrophages sont incapables de produire certaines cytokines telles que l'IL-l et l'IL-12.  Nous avons démontré que les promastigotes de type sauvage du parasite L.
donovani évitent l'activation des voies de ERKl/2, p38 et JNK. Par contre, les mutants
déficients en unités répétitives disaccharides du LPG ont tous induit la phosphorylation de
ERKl/2. Chez les macrophages pré-activés à l'IFN-y, l'infection par L. donovani a
provoqué une rapide et importante phosphorylation de la p38 et une activation un peu
plus tardive de ERKl/2 et NF-td3. Enfin, l'activation des MAPKs et de NF-KB par le
LPS était en tout point semblable chez les macrophages infectés et non-infectés. La
capacité de la forme sauvage deL. donovani à éviter l'activation des MAPKs doit être
importante dans l'issue de l'infection.


identifier: Raposo, Marco Filipe  (2000). Étude de la régulation du système xylanolytique de Streptomyces lividans  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 75 p.

abstract: Document sans résumé


identifier: Tremblay, Donald  (2000). Construction d'un vecteur d'expression et de sécrétion de protéines homologues et hétérologues chez Streptomyces lividans.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 124 p.

abstract:
Les streptomycètes peuvent être considérés comme une alternative pour la
production extracellulaire de protéines recombinantes puisqu'ils possèdent un mécanisme
efficace de sécrétion. Un vecteur, piAF911-A.8 dérivé de pU702, constitué du promoteur de
la xylanase A et du peptide signal long muté de la cellulase A de Streptomyces lividans,
permet la production de 2,35 g/L de xylanase A2. Ce haut taux de production obtenu avec ce
vecteur est essentiellement lié aux propriétés de son peptide signal. En effet, celui-ci possède
deux codons d'initiation de la traduction (ATG) utilisés conjointement pour la synthèse
protéique et une séquence de 8 nucléotides complémentaires à l'ARNr 16S qui augmente
encore le niveau de traduction. Cette construction a été utilisée pour la production de
protéines homologues et hétérologues.  Comme les manipulations génétiques chez les streptomycètes sont plus difficiles
que chez Escherichia coli, des vecteurs navettes ont été construits. Ces vecteurs permettaient
les manipulations rapides chez E. coli puis l'expression des gènes chez S. lividans. Un
premier vecteur, pDOT7, contenant le vecteur piJ702 accompagné du vecteur pTZ19 d'E.
coli a été construit. Les premières modifications apportées au vecteur ont été 1 'élimination
des sites de restriction Pstl, Kpnl, Saci et EcoRJ pour l'insertion d'une cassette de clonage
synthétique, puis l'insertion du promoteur de la xylanase A et du peptide signal long muté de ·
la cellulase A suivi du gène de la xylanase A2. Les clones contenant le vecteur pDOT7
produisent deux fois moins de xylanase que le contrôle lorsque le mycélium est ensemencé.
Dans le cas de la croissance à partir des spores, seulement des traces de xylanase A sont
produites. Ce résultat indique que la sporulation des clones est détrimentale pour la
production de xylanase.  Certains des facteurs qui auraient pu réduire la production de xylanase ont été
analysés. Premièrement, pour contrer l'accumulation d'ADN simple brin chez S. lividans, le
fragment Sti du vecteur piJ 101, permettant l'initiation de l'ADN double brin a été inséré dans
le vecteur. Aucun changement sur la production de xylanase A à partir du vecteur navette
n'a été observé. Deuxièmement, la réinsertion des sites Kpnl et Pstl, situés dans une région
reconnue comme essentielle à la stabilité des plasmides n'a pas entraîné de changement dans
la production. Finalement, l'élimination du site d'initiation de l'ADN simple brin présent dans la section E. coli du vecteur pTZ19 n'a eu qu'un effet restreint sur la production de
xylanase A2. Ainsi, la chute de production est imputable à un élément inconnu présent dans
1 'ADN de E. coli qui provoque la réduction massive du nombre de copies des vecteurs lors de
la sporulation. Le nombre de copies des vecteurs navettes passe d'environ 150 copies
dénombrées dans le mycélium à seulement quelques traces dans les spores.  Suite à ces résultats, il a été conclu que la construction de vecteurs qui se répliquent
uniquement chez les streptomycètes est plus adéquate. Ils possèdent le gène de résistance au
thiostrepton comme marqueur de sélection, le promoteur de la xylanase A, le peptide signal
long muté de la cellulase A et une cassette de clonage multiple synthétique composée des
sites Kpnl, Hindlll, Bgni, EcoRI, Xbal, Sphl et Pstl. De plus, divers éléments permettant la
récupération rapide des protéines sécrétées ont été introduits dans les vecteurs, soit une
séquence codant pour six histidines en amont (pDOT41) et en aval (pDOT42) de la cassette
de clonage et le domaine de fixation à la cellulose de la cellulase B (pDOT43). La
production de xylanase A à l'aide du vecteur pDOT42 a été évaluée à plus de 1 g/L.
Cependant, la queue de six histidines placée en aval de la protéine n'a pas permis la
récupération de la protéine. Cette queue serait éliminée par des enzymes protéolytiques
probablement localisés dans le milieu de culture. > Le vecteur pDOT42 a été utilisé pour l'essai de la production de la cellulase B de S.
lividans, des antigènes de 38 et 19 kDa de Mycobacterium tuberculosis, des protéines EspD
et PAA d'E. coli, de la MMP9 de Mus musculus (souris) et d'un ORF de Streptococcus suis.
Aucune production de la MMP9 de souris, des protéines EspD et PAA d'E. coli et de l'ORF
de S. suis n'a été détectée dans les différents sumageants de culture. Le gène codant pour
l'ORF de S. suis présente des séquences répétitives qui mèneraient à l'instabilité de la
structure. L'absence de production de la MMP9 et des protéines EspD et PAA serait due à la
présence, dans les gènes codant pour les différentes protéines, de plusieurs codons TT A
rarement retrouvés chez S. lividans. Cependant, le remplacement de deux codons dans le
gène de la MMP9 n'a pas mené à la production de la protéine. La production de cellulase B
de S. livi dans était de 100 mg/L ce qui est l 00 fois plus élevé que les résultats obtenus
antérieurement. Finalement, les protéines de 38 et 19 kDa de M tuberculosis ont été
produites à des quantités supérieures à 0,5 g/L. Étant donné que ces deux antigènes sont des
lipoprotéines, il fallait éliminer une cystéine voisine du site de reconnaissance de la signal peptidase pour éviter leur attachement à la membrane par une queue lipidique. Les deux
protéines de M tuberculosis présentent cependant une hétérogénéité de leur N-terminal,
ayant perdu 7 ou 8 acides aminés dans le cas de la protéine de 3 8 kDa et 24 ou 26 acides
aminés pour la protéine de 19 kDa. Malgré une certaine protéolyse, ces résultats démontrent
que S. lividans peut être un hôte efficace pour la production de grandes quantités de protéines
de M tuberculosis et que le vecteur pDOT42 est utilisable pour la production de protéines
homologues et hétérologues.


identifier: Gariépy, Sébastien  (2000). INTERACTION DE LA CAPSIDE DU PARVOVIRUS PORCIN AVEC SON ENVIRONNEMENT  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 159 p.

abstract:
Les dernières années nous ont apporté des études détaillées de la structure et du
génome de différents parvovirus autonomes. Ces travaux ont permis de mieux comprendre
certains mécanismes utilisés par ces virus pour s'adapter à l'hôte. C'est par le biais des
protéines de la capside virale que le parvovirus interagit avec la cellule cible.  La recherche réalisée sur le parvovirus porcin (PPV) au laboratoire du docteur Peter
Tijssen a permis de conclure que 3 acides aminés portés en surface des protéines de la
capside virale sont impliqués dans la différence de tropisme in vitro de souches associées à
des pathologies diverses (Bergeron et al., 1996). Outre le tropisme, la capside virale est
impliquée dans différentes fonctions virales. Les déterminants régissant ces fonctions
importantes sont très peu connus pour le PPV. Ce projet visait donc à identifier des
déterminants de surface du PPV pouvant jouer des rôles importants à plusieurs niveaux
(exemple: l'hémagglutination, l'attachement et l'entrée dans une cellule et la réponse
immunitaire). Une connaissance plus approfondie des déterminants permet d'ouvrir la voie
vers la création de nouveaux vaccins plus efficaces.  Pour étudier les déterminants de surface, nous avons choisi d'utiliser une banque
peptidique présentée en surface de phages, dirigés contre la capside recombinante du PPV
produite dans le système d'expression du baculovirus. Cette étape nous a permis d'isoler
plusieurs. séquences peptidiques différentes, de grande affinité envers les capsides
recombinantes. Ces résultats permettent d'affirmer que, tout comme pour les différents
parvovirus autonomes, plusieurs déterminants différents sont responsables de divers
fonctions différentes. Une étude plus approfondie permettra de déterminer quelles fonctions
sont associées à ces différents déterminants par un blocage fonctionnel à 1' aide des
différentés séquences peptidiques isolées. D'autre part, des résultats préliminaires de
1' analyse de mutants échappatoires viraux nous portent à croire qu'un site de reconnaissance
d'un anticorps neutralisant serait situé en position N-terminale de la protéine structurale VP-
2, à proximité d'une région riche en glycine. Ce résultat concorde avec des résultats
similaires obtenus pour des parvovirus apparentés au PPV.


identifier: Girard, Manon  (2000). MESURE DE L'ACTIVITÉ PROTÉOLYTIQUE AU NIVEAU PULMONAIRE LORS DE L'INFECTION PAR LE VIRUS DU SYNDROME REPRODUCTEUR ET RESPIRATOIRE PORCIN  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 147 p.

abstract:
On retrouve une fluctuation de la sécrétion de protéases extracellulaires dans
diverses maladies inflammatoires chroniques et auto-immunitaires telles l'arthrite
rhumatoïde, le cancer, l'emphysème pulmonaire, la fibrose kystique et l'asthme. Parmi les
protéases les plus souvent sécrétées dans le milieu extracellulaire, on retrouve l'élastase
des leucocytes, les cathepsines, la tryptase et la chymase des mastocytes, et les
métalloprotéases de la matrice (MMPs ). Ces enzymes sont sécrétées par des cellules
myéloïdes et lymphoïdes majoritairement, bien que les MMPs puissent être également
sécrétées par des cellules stromales. Ces maladies dégénératives sont également
caractérisées par une infiltration massive des tissus impliqués par des cellules du système
immunitaire, possiblement favorisée par le relargage des protéases extracellulaires.
L'infection causée par le virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP),
virus s'attaquant principalement aux macrophages alvéolaires et ayant de forts impacts sur
la production porcine québécoise et mondiale, est elle aussi caractérisée par une
infiltration massive de cellules monocytaires et lymphocytaires. Plus particulièrement,
cette infiltration se retrouve au niveau de l'interstice alvéolaire, des zones périvasculaires
et péribronchiolaires. Cette étude visait donc à étudier la variation de l'activité
protéolytique nette dans les poumons de porcs infectés par le VSRRP.  Pour ce faire, des porcelets âgés de quatre semaines ont été inoculés par voie intratrachéale
avec une préparation de VSRRP ayant un titre infectieux évalué à
107DICT50/ml. Ensuite, les poumons de trois porcelets ont été prélevés pour chacun des
jours post-infection choisis, soit les jours 3, 7, 14 et 42 post-infection (p.i.), afin
d'effectuer sur ceux-ci des lavages bronchoalvéolaires (BALs). Des échantillons de
poumons, ainsi que de rates, de reins, de ganglions thoraciques et mésentériques ont été
prélevés pour fins de détection d'ARN viral par RT-PCR, d'isolement viral et d'analyses
histologiques. Les résultats d'analyses par RT-PCR ont permis de démontrer la présence
d'ARN viral dans les poumons des porcs infectés pour tous les jours post-infection, et que
l'infection était systémique du jour 3 p.i. au jour 14 p.i. inclusivement. L'isolement viral a
démontré que l'infection était maximale au jours 7 et 14 p.i. autant au niveau des
poumons qu'au niveau de la rate, et que l'infection systémique (rate) était terminée au jour 42 p.i. L'analyse de l'activité protéolytique nette s'est faite par l'utilisation de la technique
de F ASC, qui permet de mesurer 1' activité protéolytique nette présente au niveau de
divers fluides biologiques. Les résultats obtenus ont démontré que l'activité nette
contenue dans les BALs, au niveau des poumons, augmentait de façon significative aux
jours 7 et 14 p.i., et que cette augmentation d'activité protéolytique était transitoire.
L'analyse des BALs par zymographie (gel SDS-PAGE contenant un substrat intégré) a
révélé que les gélatinases A et B (MMP-2 et MMP-9, respectivement), bien connues pour
leur implication dans diverses maladies dégénératives, augmentaient également aux jours
7 et 14 p.i.. Les niveaux de MMP-2 et -9 sériques furent par contre stables, démontrant
que le débalancement de 1' activité protéolytique induit par le virus est spécifique aux
poumons. L'analyse des lésions histologiques induites par l'infection par le VSRRP a
permis de mettre au jour une corrélation entre l'apparition des lésions et l'augmentation ..
transitoire de la sécrétion de protéases extracellulaires et de MMP~. Ces résultats
indiquent que la sécrétion des protéases extracellulaires au niveau des poumons peut
également être augmentée lors d'une infection virale, comme cela a été démontré dans le
cas des maladies dégénératives non-virales telles la fibrose kystique, l'asthme et
l'emphysème pulmonaire. Cette augmentation de l'activité protéolytique pourrait jouer un
rôle prépondérant dans la pathologie, notamment en favorisant un état
d'immunosuppression local et transitoire propice à l'établissement d'agents infectieux
opportunistes.


identifier: Yu, Mathilde  (1999). PARAMÈTRES GÉNÉTIQUES, MOLÉCULAIRES ET CELLULAIRES IMPLIQUÉS DANS LA VACCINATION CONTRE L'INFECTION PAR LE CORONAVIRUS MURIN NEUROTROPE.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 192 p.

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.Dans le but de caractériser les mécanismes impliqués dans les réponses
immunitaires protectrices induites par des anticorps anti-idiotypiques nonimage
interne, nous avons analysé au niveau humoral, cellulaire et
moléculaire, la réponse immunitaire induite par un Ac2y polyclonal.
Connaissant sa capacité de générer une protection contre l'infection aiguë chez
des souris BALB/c, nous avons déterminé l'influence du complexe majeur
d'histocompatibilité dans le contrôle de la réponse des souris consanguines et
congéniques d'haplotypes H-2 différents immunisées avec cet anticorps. Parmi
les huit lignées de souris d'haplotypes H-2d, H-2Q, H-2k et H-2b testées,
seulement celles de trois souches consanguines d'haplotypes H-2d et H-2q ont
été protégées contre l'infection coronavirale en plus des souris BALB/c. La
vérification du rôle du complexe H-2 dans la protection, effectuée à l'aide de
souris congéniques, nous a révélé que le ou les gènes impliqués dans la
protection contre l'infection létale semblent être localisés à l'extérieur du
complexe majeur d'histocompatibilité, mais que les haplotypes d et q, lorsque
présents dans un fond génétique de souris approprié, peuvent potentialiser
l'induction de la réponse immunitaire protectrice.  Suite à la vaccination, les souris protégées ont développé des Ac3
neutralisant l'infectivité virale in vitro. Après le transfert passif du plasma de
souris immunisées avec I'Ac2y à des souris non sensibilisées, un retard dans la
mortalité a été observé. La combinaison de ces deux résultats montre
l'implication des anticorps neutralisants comme un des mécanismes participant
à la protection contre l'infection aiguë. Les mécanismes tels que I'ADCC et
I'ADCMC ne semblent pas être impliqués dans la protection contre le
coronavirus, malgré le fait que leur importance dans d'autres infections virales
ait été décrite. Aucune protection n'a été observée chez les souris qui ont reçu
les splénocytes de souris préalablement immunisées avec I'Ac21. Ces
splénocytes ne joueraient donc pas un rôle direct dans la protection.
Cependant, la prolifération des lymphocytes T in vitro en présence du virus et
de I'Ac21, permet de croire à une fonction auxiliaire dans l'induction de la
réponse immunitaire protectrice.  Afin de mieux identifier les éléments responsables de la réponse
immunitaire protectrice, nous avons aussi produit des AcMo anti-idiotypiques
contre I'AcMo 7-10A qui a généré I'Ac2y protecteur. Plusieurs AcMo2y ont été
obtenus. Malheureusement, aucun ne possédait la propriété biologique de
protection équivalente à I'Ac21. En parallèle, d'autres anticorps antiidiotypiques
polyclonaux et monoclonaux ont été produits contre trois autres
AcMo possédant des propriétés biologiques importantes telles que la
neutralisation virale in vitro et la protection passive. Ainsi, un deuxième
anticorps anti-idiotypique polyclonal non-image interne capable de protéger
partiellement des souris BALB/c a été généré. Cependant, cet Ac2 de type a a
généré un niveau de protection plus faible que I'Ac2y de sorte que son
mécanisme d'action était plus difficile à analyser. Malgré cet inconvénient, la
production d'un autre Ac2 non-image interne a permis de confirmer leur
capacité à induire une réponse immunitaire protectrice.  Finalement, l'utilisation de banques de phages exprimant des peptides
aléatoires à leur surface, a permis de localiser et de caractériser certains
épitopes protecteurs reconnus par les AcMo ayant généré les anticorps antiidiotypiques
protégeant les souris contre l'infection coronavirale létale. Des
séquences consensus ont été obtenues, autant avec les AcMo reconnaissant
des épitopes continus que discontinus. Certaines séquences consensus
identifiées correspondaient à des séquences protéiques de la glycoprotéine de
surface S. Une séquence peptidique sélectionnée par un AcMo anticoronavirus,
suggère que cet AcMo reconnaît un épitope discontinu localisé
dans la région N-terminale de la sous-unité S1. De plus, un peptide porté par
un phage sélectionné par un AcMo reconnaissant un épitope linéaire a été
capable d'induire une réponse protectrice contre l'infection coronavirale, en
utilisant directement le phage comme molécule porteuse. La présence
d'anticorps reconnaissant la même région antigénique que I'AcMo chez les
souris vaccinées est en corrélation avec la protection observée. Des anticorps
non-neutralisants semblent jouer un rôle prépondérant dans cette réponse
protectrice.


identifier: Tessier, Sophie  (2000). Développement et caractérisation pharmacologique de sondes peptidiques pour le photomarquage des récepteurs de l'endothéline.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 83 p.

abstract:
L'endothéline (ET) est un peptide composé de vingt et un acides aminés dont la chaîne
est repliée par deux ponts disulfures reliant les résidus cystéines des positions 1-15 et 3-
11. L'ET est l'un des plus puissants agents vasoconstricteurs connus à ce jour. Chez les
mammifères, ce peptide agit via deux types de récepteurs soit ET A et ET B· Il participe
d'ailleurs aux fonctions d'une multitude d'organes par la production d'une
vasoconstriction des artères et des muscles lisses, par l'induction de la sécrétion
d'hormones, etc. Ces nombreuses actions physiologiques suggèrent que l'ET est
impliquée dans diverses pathologies telles l'hypertension, l'infarctus du myocarde et
l'astlnne. Il est donc important de comprendre la nature des interactions s'établissant
entre l'ET et ses récepteurs.  Afin d'identifier quelques propriétés pham1acologiques de ses récepteurs et d'en
connaître davantage sur les sites de liaison de l'ET, nous avons opté pour l'utilisation
d'analogues photosensibles de ce peptide dans des essais de marquage par photoaffinité.
Pour ce faire, nous avons identifié deux peptides possédant une sélectivité pour l'un ou
l'autre des récepteurs de l'ET. Le TTA-386 et le [Cys(Acm)3
•
11
, Trp(For21 )]-(3-11)-Aca(
17-21 )ET sont sélectifs pour les récepteurs ETA et ET B respectivement. Ils ont été choisis
comme molécule de départ pour synthétiser des sondes photosensibles. Ces peptides ont
alors été modifiés légèrement afin d'y incorporer le p-benzoyl-phénylalanine (pBpa), un
acide aminé photosensible à l'origine du marquage des récepteurs et une tyrosine, un
résidu nécessaire pour permettre éventuellement d'ioder les sondes. Ainsi, six peptides
dérivés du TTA-386 ont été synthétisés ; les acides aminés en position 1,2 et 6 ayant été
tour à tour substitués soit par le D- ou le L-pBpa. Quant au récepteur ET a, quatre sondes
photosensibles ont été explorées. Pour l'une des sondes, l'espaceur aliphatique Aca a été
remplacé par le dipeptide Tyr-L-pBpa. Pour les trois dernières, le résidu tyrosine a été
positionné en 17 alors que le L-pBpa a été introduit à tour de rôle aux positions 9, 19 et 20. La synthèse peptidique de ces dix sondes photosensibles s'est effectuée sur phase solide
en utilisant la chimie Boe. Puisque les sondes dérivées du TTA-386 possèdent une
extrémité amino-terminale couplée à un cycle hexaméthylèneiminocarbonyle, un protocole particulier a dü être mis au point pour faire l'ajout de ce cycle. Une réaction
avec du chlorofonnate de 4-nitrophényle suivi de l'homopipéridine au niveau de l'amine
alpha du peptide s'est avérée la meilleure méthode pour obtenir les peptides désirés. L'activité biologique de tous les peptides synthétisés a ensuite été vérifiée sur deux
préparations tissulaires exprimant majoritairement soit le récepteur ETA (aorte thoracique
de rat) ou le récepteur ET8 (parenchyme pulmonaire de cobaye). Deux des sondes
dérivées du TTA-386 soit le D- et le [L-pBpa6
]-TTA-386 ont produit une activité
antagoniste sur le récepteur ETA démontrant ainsi leur capacité à se lier à ce récepteur. De
plus, l'absence d'activité sur le parenchyme de poumons de cobaye montre que ces
peptides sont spécifiques à ET A· Néanmoins, aucune des sondes synthétisées pour la
caractérisation du récepteur ET 8 n'a démontré d'activité agoniste ou antagoniste que ce
soit pour l'un ou l'autre des récepteurs de l'ET. Ces derniers résultats suggèrent que les
changements apportés au peptide original ont été trop importants pour que les peptides
puissent conserver leur activité et même être recmmus par les récepteurs. Les résultats positifs obtenus avec le [D-pBpa6]-TTA-386 et le [L-pBpa6]-TTA-386 font
en sorte que ces peptides pourront être utilisés comme sondes photosensibles spécifiques
pour des essais de liaison avec le récepteur ET A· Au moyen de la technique de marquage
par photoaffinité, nous pourrons, par conséquent, obtenir de plus amples informations sur
le domaine de liaison du récepteur ETA. Toutefois, l'étude des récepteurs ET8 nécessitera
des travaux additionnels afin de développer des sondes photosensibles pmsque nos
dérivés développés en ce sens ne semblent pas se lier au récepteur.


identifier: Kalantari, Parvin  (2016). Validation de l’apport des micro-ondes passives pour le suivi du gel saisonnier du sol de la toundra dans le nord du Québec.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en sciences de l'eau, 218 p.

subject:
sol
gel
dégel
données de micro-ondespassive
couverture de neige
données satellitaires
AMSR-E
SMOS
cartographie
Nunavik

abstract:
Le cycle de gel-dégel au Nunavik a été défini comme le nombre de jours où Tmax quotidienne est supérieur à 0°C et Tmin quotidienne est inférieur à 0°C. Ce cycle saisonnier de la température du sol et la longueur de la saison de gel est un phénomène majeur dans le système climatique et il joue un rôle important dans le fonctionnement des écosystèmes. Le gel du sol en Forêt Boréale et dans la Toundra limite le taux de photosynthèse et la respiration, spécialement dans les régions à haute altitude, car il diminue l’évaporation qui influence le transfert d’énergie entre le sol et l’atmosphère. Le gel du sol a également un impact sur la productivité annuelle des écosystèmes, le cycle du carbone et le soulèvement par le gel. Il diminue aussi la pénétration de l’eau dans le sol et modifie les conditions du ruissellement de surface.
Cette étude a été initiée dans le cadre du programme fédéral canadien pour l’Année Polaire Internationale (API) et du projet interinstitutionnel « Variability and Change in the Canadian Cryosphere » – A Canadian Contribution to “State and Fate of the Cryosphere– sous le leadership d’Environnement Canada (EC). Par la suite, cette étude s’est poursuivie dans le cadre des efforts canadiens de recherche visant à développer des algorithmes et des produits pour l’utilisation, au Canada, des données de la mission SMAP de la NASA lancée le 31 janvier 2015. L’objectif principal de cette thèse est d'évaluer la précision à laquelle le gel saisonnier du sol dans la région subarctique du Québec (Nunavik), peut être cartographié quotidiennement, en utilisant des données micro-ondes passives. Les objectifs spécifiques de cette étude sont: (1) de sélectionner et d’adapter un algorithme pour produire des cartes journalières du cycle saisonnier de gel-dégel du sol dans le nord du Québec (Nunavik) à partir des données de micro-ondes passives disponibles, AMSR-E (19 et 37 GHzV, 25km) et SMOS (bande L, 1,4 GHz, 40km), (2) d’évaluer les impacts de la couverture de neige ainsi que les effets de l’occupation du sol sur la température de brillance récupérées des données satellitaires (AMSR-E et SMOS), (3) d’effectuer une analyse spatio-temporelle des cartes de gel produites à partir des micro-ondes passives afin de mieux comprendre les variations saisonnières du gel du sol du Nunavik, (4) d’acquérir des données terrain au Nunavik pour valider les cartes dérivées des données SMOS, (5) de valider les cartes de gel du sol à partir des données in situ, des données dérivées d’images MODIS LST, et des cartes de température moyenne du sol produites par MODIS. Notre étude combine la télédétection micro-ondes passives, les mesures de terrain et les outils statistiques
pour déterminer la précision à laquelle le cycle de gel-dégel saisonnier du sol peut être suivi au Nunavik. Les cartes quotidiennes de gel-dégel du sol ont été générées pour les saisons de gel et de dégel de septembre 2007 à la fin 2009 à partir des données AMSR-E ainsi que de janvier 2011 à décembre 2012 à partir des données SMOS. De plus, des mesures in situ des réseaux météorologiques du Centre d’Études Nordiques et d’Environnement Canada ont servi à valider les données obtenues par les satellites. Des senseurs supplémentaires pour mesurer
des caractéristiques du sol ont aussi été installés aux sites expérimentaux (Kuujjuaq et Umiujaq).
La performance des algorithmes de cartographie diffère selon la saison et les capteurs utilisés. Une performance moyenne de 81% a été observée aux stations de mesure in situ pour les périodes de transition automnales et de 88,5% pour les périodes de transition printanières. Une comparaison quantitative avec les données journalières MODIS LST a aussi montré une performance moyenne de 82% durant la période de gel vs de 83,5% au cours de la période de dégel du sol. Les résultats de comparaison des valeurs de précisions globales et des indices kappa pour 12 capteurs de température à la surface du sol (-5cm) et six pixels SMOS amènent à la conclusion que la précision globale moyenne est de plus de 85% durant la période de gel vs de 91% au cours de la période de dégel du sol. La précision serait ici plus grande au printemps.
La vérification de l’impact de la couverture de neige pour les données AMSR-E a été effectuée sur le résultat de gel saisonnier du sol. D’abord, les cartes quotidiennes de la présence de neige de la zone d’étude ont été produites à partir des mêmes fréquences et de l’émissivité normalisée cette dernière étant une innovation. Ensuite, en comparant avec les données in-situ de neige disponible, et les données climatiques (Tair-min, Tair-max, et précipitation) l’impact de neige sur le gel du sol a été évalué. L’incohérence du résultat de la comparaison des résultats de gel-dégel du sol des données AMSR-E avec ceux des données in-situ est due à la présence de la neige mouillée. Les grandes différences d'émissivité entre la neige sèche et la neige fondante au cours du printemps créent un grand contraste de Tb observée. De plus, il a été observé que le type de couvert de neige sèche observé au Nunavik avait peu d’impact sur le résultat de la classification de l’état du gel.
Enfin, les données et les cartes fournies par cette recherche pourront être utilisées pour évaluer la représentation du gel du sol dans les modèles climatiques régionaux. Les cartes AMSR-E ont été déposées dans le PolarData Catalogue et les cartes SMOS le seront afin que les résultats soient
accessibles aux communautés nordiques, aux gestionnaires des ressources et aux scientifiques intéressés par les variations de la période de gel d’une année à l’autre.


identifier: Erni, Sandy  (2016). Régulation des régimes de feux dans la forêt boréale de la Baie James, Québec.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en sciences de la terre, 168 p.

subject: forêt boréale

subject: feux de forêt

subject: changements climatiques

subject: forçages ascendants et descendants de l’activité des feux

subject: historique des feux

subject: reconstitution dendrochronologique

subject: mosaïque d’âge forestière

subject: rétrocontrôle du combustible

subject: risque de feux

subject: boreal forest

subject: wildfires

subject: climate changes

subject: top-down and bottom-up drivers of fire activity

subject: fire history

subject: dendrochronological reconstitution

subject: boreal stand-age mosaic

subject: fuel feedback

subject: fire risk

abstract:
Les feux sont la perturbation majeure de la forêt boréale nord-américaine. En raison du réchauffement climatique, il est attendu que la fréquence, la superficie et l’intensité des feux augmentent au cours des prochaines décennies. Le Nord-ouest du Québec devrait être particulièrement affecté par les modifications planétaires du climat car il fait partie des régions qui enregistrent actuellement la plus haute fréquence de feux et les plus grandes superficies brûlées de toute la zone boréale nord-américaine. Anticiper l’activité future des feux et les impacts sur les écosystèmes nécessite de comprendre les mécanismes de régulation des régimes de feux par les forçages climatiques et environnementaux.
Dans la première partie de cette thèse, nous avons utilisé la dendrochronologie pour reconstituer systématiquement la variabilité spatio-temporelle de la taille et des intervalles de feux à la Baie James, de même que l’âge correspondant des peuplements, le long d’un transect de 340 km pour la période 1840-2013. Les résultats indiquent que la région a été soumise à des taux de feux élevés au cours des deux derniers siècles, de 2,1% de territoire par année, contrôlés principalement par des anomalies de températures. Cependant, le rajeunissement de la structure d’âges de la mosaïque forestière a été régulé par les taux de feux très bas des secteurs occupés par des terres humides et, plus important, par la faible probabilité de brûler des peuplements âgés de moins de 50 ans. Sans ce rétrocontrôle du combustible, nous avons estimé que des taux de feux très élevés, de l’ordre de 5% du territoire par année, auraient caractérisé la région d’étude au cours du XXème siècle. Cela signifie que, contrairement à ce qui a longtemps été admis en forêt boréale, la mosaïque forestière ne serait pas agencée de manière aléatoire mais répondrait à une structure définie par les propriétés intrinsèques d’âge des peuplements.
Les résultats montrent aussi que les taux de feux récents et les superficies des incendies restent dans les limites de leur gamme de variabilité des derniers 175 ans. Néanmoins, des conditions météorologiques extrêmes, telles que celle de l’année 2013, peuvent repousser ces limites à des niveaux historiquement bas.
Dans la seconde partie de cette thèse, nous avons utilisé le modèle probabiliste de simulation des feux Burn-P3 afin de comparer les effets de la taille et de l'intensité de la résistance à l'allumage et à la propagation des plaques de feux sur les patrons de probabilité d’incendie de la région d’étude. Nous avons déterminé que la taille des feux explique en majeure partie la variabilité des probabilités d’incendie par rapport aux facteurs de résistance à l’allumage et de résistance à la propagation. Cependant, les mécanismes de résistance des jeunes peuplements contribuent aussi à la variabilité du risque de feux, puisqu’ils peuvent réduire les probabilités d’incendie de 10% à 85%. De plus, nous avons observé que la résistance du combustible altère non seulement le comportement des feux subséquents à l’intérieur des sites brûlés mais aussi à l’extérieur. La diffusion de cette résistance externe dépendrait de la superficie relative des sites brûlés. Nos travaux de simulation montrent donc que la régulation des feux serait soumise à l’interaction entre les caractéristiques permanentes (hydrographie) et les caractéristiques transitoires (mosaïque d’âge) du territoire.

 Wildfires are the major disturbance of the North American boreal forest. Due to global warming, frequency, size and intensity of fires are expected to dramatically increase during the coming decades, mainly in higher latitudes. Northwestern Quebec should be particularly affected by climate change because it is part of regions that experience the highest fire frequencies and the largest burned areas in the entire North American boreal domain at the present time. Anticipating and adapting to the future fire activity leads to understanding how climatic and environmental drivers regulate the fire regimes.
In the first part of this thesis, we used dendrochronology to systematically reconstruct the spatiotemporal variability of fire extent and fire intervals in James Bay, as well as the resulting forest age, along a 340-km transect for the 1840-2013 time period. Our results show an extremely active fire regime over the past two centuries, with an overall burn rate of 2.1 % of the land area yr-1, mainly triggered by seasonal anomalies of high temperature and severe drought. However, the rejuvenation of the age mosaic was strongly patterned in space and time due to the intrinsically lower burn rates in wetland-dominated areas and, more importantly, to the much-reduced likelihood of burning of stands up to 50 years postfire. In absence of such fuel age effect, we have estimated that extremely high burn rate of ~5% yr-1 would have characterized the study area during the past century. It means that, contrary to previous assumptions in the boreal forest, stand age mosaic would not be randomly patterned but rather structured by intrinsic properties of forest stands.
Our findings also show that recent burn rates and fire sizes are within their range of variability of the last 175 years. Nevertheless, particularly severe weather, as seen in 2013, may shift the abundance of mature and old forest to a historic low.
In the second part of the thesis, we used the probabilistic model of fire simulation Burn-P3 to compare the effects of the size and the levels of fuel resistance to fire spread and ignition of burned areas on burn probabilities in the study area. We find that fire size explains most of the variability of burn probabilities compared to the fuel age resistance. However, resistances to fire spread and ignition also contribute to the risk of fire as they may decrease burn probabilities from 10 to 85%. Moreover, we found that fuel resistance affects fire behavior not only inside the burned patches but also outside. The spread of that external resistance would depend on the relative size of burned areas. Our simulation work shows that regulation of wildfires would be submitted to the interaction between permanent (hydrography) and temporary features (stand age mosaic) of the landscape.


identifier: Janvier, Vivien  (2016). Géologie du gisement d’or Meadowbank encaissé dans des formations de fer rubanées, Nunavut, Canada.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en sciences de la terre, 504 p.

subject: archéen

subject: orogenèse protérozoïque Trans-Hudsonienne

subject: groupe de Woodburn Lake

subject: gisement d’or encaissé dans formation de fer rubanée

subject: or épigénétique

subject: gradient métamorphique

subject: Nunavut

subject: archean

subject: Proterozoic Trans-Hudson orogeny

subject: Woodburn Lake Group

subject: BIF-hosted gold deposit

subject: epigenetic gold

subject: metamorphic gradient

abstract:
Le gisement Meadowbank forme un dépôt de classe mondiale contenant environ 4,2 millions d’onces d’or (119 t), situé à 70 km au nord de la communauté de Baker Lake, dans le territoire du Nunavut au Canada. Le gisement est principalement encaissé dans des formations de fer archéennes rubanées à chert et magnétite, interstratifiées avec une succession de roches volcanoclastiques. Peu étudiés comparativement à d’autres grands types de dépôts aurifères, les gisements d’or encaissés dans les formations de fer rubanées (FFR) sont, de façon générale, encore mal compris, notamment en ce qui concerne les processus génétiques. Bien que peu communs, ils forment ponctuellement d’immenses mines tel le gisement Homestake (Dakota du Sud, É.U.A.) avec ses 40 millions d’onces d’or (1134 t). Le présent projet vise à améliorer la compréhension de ce type de gisement en étudiant la géologie et la genèse du gisement Meadowbank.
Le gisement Meadowbank est situé dans la ceinture de roches vertes archéennes du groupe de Woodburn Lake au sein du craton de Rae de la Province du Churchill occidental. Les successions volcano-sédimentaires archéennes du secteur de Meadowbank ont été fortement affectés par plusieurs épisodes de déformation et de métamorphisme (faciès schiste vert à amphibolite) d’âges archéen et protérozoïque, associés respectivement aux orogènes Arrowsmith et Trans-Hudsonien. Malgré cette complexité géologique, l’étude de la géologie structurale, du métamorphisme, de la minéralisation et de l’altération ainsi que leur relations spatiales et temporelles a permis d’apporter des éléments de réponse solides expliquant la formation du gisement Meadowbank.
Les deux facteurs principaux contrôlant la mise en place du gisement Meadowbank sont : 1) la présence de la formation de fer rubanée qui joue le rôle de pièges chimique et lithologique due à sa forte abondance en magnétite et de par sa rhéologie distincte et son anisotropie intrinsèque et 2) la présence d'une zone de faille ayant permis la circulation de fluides hydrothermaux et agi comme piège structural contrôlant la distribution de l’or. La minéralisation aurifère est principalement encaissée dans la FFR et est associée à la présence de pyrrhotite et pyrite. Elle est stratoïde, en remplacement des bandes de magnétite et/ou parallèle à la schistosité principale et/ou sous la forme de stockwerks transposés dans la schistosité principale et/ou le long de zone de fortes déformations prenant racine dans les flancs de plis. Une part moindre mais tout de même significative de la minéralisation est présente sous la forme de veines de quartz aurifères parallèles à la schistosité principale communément observées dans les roches volcanoclastiques. L’altération hydrothermale associée s’exprime par la forte abondance de sulfures dans la FFR et la présence de muscovite, biotite et chlorite dans les roches volcanoclastiques encaissantes.
À l’échelle régionale, le gisement Meadowbank est localisé le long d’un contact tectonique entre deux successions volcano-sédimentaires datées à ~2717 Ma et ~2711 Ma, marquant potentiellement une zone de faille de premier ordre ayant connu une histoire polyphasée. Ce type de contact représenterait un nouveau métallotecte important pour l’exploration pour l’or dans la ceinture de Woodburn Lake.
Suite à une cartographie géologique détaillée, à la description et l’interprétation de sections de forages, couplées avec l’intégration d’une diversité de jeux de données
multidisciplinaires recueillies à différentes échelles, cette étude a permis : 1) d'améliorer les modèles d’exploration pour l’or dans la ceinture de roches vertes de Woodburn Lake et 2) d’élaborer un modèle génétique et métallogénique du gisement Meadowbank contribuant ainsi à une meilleure compréhension de ce type de gisement. Les métallotectes définis lors de la présente étude incitent à persévérer dans l’exploration pour l’or dans cette région à fort potentiel.

 The Meadowbank deposit represents a world-class gold deposit containing approximately 4.2 Moz of gold (119 t), located 70 km north of the hamlet of Baker Lake in Nunavut, Canada. The deposit is mainly hosted in Archean chert-magnetite banded iron formation (BIF) interstratified with volcaniclastic units. Less studied relative to other types of gold deposits, especially in terms of genetic processes, BIF-hosted gold deposits are not well understood. Although not so common in the rock record, they can form huge mines such as the Homestake deposit (South Dakota, U.S.A.) with its 40 Moz of gold (1134 t). The current project aims at improving the understanding of this type of deposit through the study of the geology and genesis of the Meadowbank gold deposit.
The Meadowbank mine is located in the Woodburn Lake Archean greenstone belt in the Rae craton of the western Churchill Province. The Archean volcano-sedimentary succession of the Meadowbank area has been affected by several deformation and metamorphic (greenschist to amphibolite facies) phases during Archean and Proterozoic times, associated with the Arrowsmith and Trans-Hudson orogenies, respectively. Despite the geological complexity of the area, the study of the structure, metamorphism and alteration, as well as their spatial relationships provides key new information helping better understand the formation of the Meadowbank deposit.
The two main factors controlling the Meadowbank deposit formation are : 1) the presence of the BIF acting as a chemical and lithological trap because of its high magnetite content, its distinct rheology and intrinsic anisotropy, and 2) the presence of a fault forming a conduit for hydrothermal fluid and a structural trap controlling the gold distribution. The ore is mainly BIF-hosted and mainly associated with pyrrhotite and pyrite. The ore is stratabound, replacing magnetite layers and/or parallel to the main fabric and/or in transposed stockwork zones parallel to the main fabric and/or along high strain zones rooted in fold limbs. A smaller but still significant amount of gold at Meadowbank is hosted in quartz veins that are parallel to the main fabric in volcaniclastic rocks. The associated hydrothermal alteration consists of abundant sulphides in the BIF and muscovite, biotite and chlorite in volcaniclastic rocks.
The Meadowbank deposit is located along a tectonic contact between two volcano-sedimentary successions dated at ~2717 Ma and ~2711 Ma, which may mark a first order fault with a protracted, polyphased history. Such a contact represents an important metallotect for gold exploration in the Woodburn Lake greenstone belt.
Following detailed geological mapping, the description and interpretation of drill core sections, coupled with the integration of various multidisciplinary data collected at different scales, this study has allowed to : 1) improve gold exploration models in the Woodburn Lake greenstone belt and 2) elaborate a metallogenic and genetic model for the Meadowbank deposit contributing to a better understanding of this deposit type. The metallotects defined in this current study further justify persevering in gold exploration in this region with strong potential.


identifier: Arbour, Nathalie  (1999). DÉMONSTRATION DU NEUROTROPISME ET DE LA NEUROINVASION DES CORONAVIRUS HUMAINS.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 271 p.

abstract:
Les coronavirus murins sont neurotropes chez les rongeurs et les
primates non humains, car ils infectent des cellules neurales. Ils sont aussi
neuroinvasifs, car ils peuvent pénétrer le système nerveux central (SNC) de
ces hôtes à la suite d'une inoculation périphérique. De plus, certaines
souches neuroadaptées de coronavirus murins, lorsqu'inoculées de façon
intracérébrale ou intranasale, sont neurovirulents car ils induisent une
encéphalomyélite chronique accompagnée d'une persistance virale et
d'une démyélinisation chez les souris et les rats. Ces pathologies sont
utilisées comme modèle pour élucider la pathogenèse de maladies
démyélinisantes humaines telle la sclérose en plaques. La neuropathologie
induite par les coronavirus murins est influencée par plusieurs éléments,
dont des facteurs génétiques de l'hôte, et des caractéristiques génétiques
des virus. Les coronavirus humains sont impliqués dans approximativement
30 %des rhumes. Toutefois, des observations à partir du système nerveux
central de patients atteints de sclérose en plaques, telle la détection de
particules coronaviriformes, de protéines coronavirales et d'acide
ribonucléique coronaviral, et l'isolement de coronavirus, suggèrent
l'association possible de ces virus avec cette maladie démyélinisante. De
plus, des cultures primaires de cellules neurales humaines sont
susceptibles à une infection par les coronavirus humains. L'ensemble de
ces observations suggère que ces virus puissent être neurotropes,
neuroinvasifs et neurovirulents.  Dans le but de caractériser la susceptibilité des cellules du système
nerveux ou cellules neurales aux coronavirus humains, nous avons
caractérisé des infections persistantes de lignées neurales humaines par
les deux souches prototypes de coronavirus humains: OC43 et 229E. L'expression d'antigène viraux, ainsi que la production de virions infectieux
ont été détectées dans toutes les lignées infectées de façon persistante, et
ce, pendant une période approximative de 130 jours de culture. Une lignée
neuronale et une lignée oligodendrocytaire ont été infectées de façon
persistante par la souche 229E des coronavirus humains. Par contre, la
souche OC43 a infecté de façon persistante deux lignées astrocytaires, une
lignée neuronale et une lignée oligodendrocytaire. Nous avons aussi
séquencé la région putative S 1 du gène de la glycoprotéine des spicules à
la fin des infections persistantes et l'avons comparé à la séquence du virus
initial. L'infection persistante par le coronavirus humain 229E n'a pas induit
de modification importante sur ce gène. Toutefois, de nombreuses mutations
ont été observées pour la souche OC43, et ce, dans toutes les lignées
infectées de façon persistante. Certains de ces changements ont été
détectés dans une partie des clones séquencés pour la souche OC43,
suggérant l'émergence de quasi-espèces au cours de l'infection. Les deux
souches de coronavirus humains peuven1 donc persister dans des lignées
neurales humaines.  Comme deuxième objectif, nous avons évalué le neurotropisme et la
neuroinvasion de ces virus chez l'être humain. Nous avons caractérisé la
présence de coronavirus humains dans des cerveaux de personnes
décédées et avons vérifié si cette présence était associée à un diagnostic
de sclérose en plaques. Des échantillons provenant de quatre-vingt-dix
donneurs ont été testés pour la présence d'acide ribonucléique viral par une
réaction de transcription inverse couplée à une réaction de polymérisation
en chaîne et détectée par une hybridation de type Southern. Quarante-huit
pour cent de tous les donneurs se sont avérés positifs pour une des
souches de coronavirus humains. Spécifiquement, 44 % des donneurs ont
été positifs pour la souche 229E et 23 % pour la souche OC43. Une
prévalence plus élevée et statistiquement significative du coronavirus humain OC43 a été observée chez les patients atteints de sclérose en
plaques en comparaison avec les témoins. Une telle association n'a pas été
décelée pour la souche 229E. De plus, des mutations ponctuelles dans un
segment du gène de la protéine de la nucléocapside de la souche virale
OC43 ont été détectées de façon spécifique dans des cerveaux humains.
Des expériences d'hybridation in situ ont confirmé la réplication de la
souche OC43 dans les tissus de cerveaux humains. Les deux souches de
coronavirus humains sont donc neuroinvasifs. Les travaux présentés dans cette thèse suggèrent fortement que les
coronavirus humains puissent être neurotropes et neuroinvasifs. Des
expériences supplémentaires seront nécessaires pour associer ces virus à
une pathologie humaine. Néanmoins, l'association préférentielle de la
souche virale OC43 avec des patients atteints de sclérose en plaques, de
même que la grande diversité de cellules neurales potentiellement infectées
de façon persistante par cette souche virale, et enfin, les nombreuses
mutations surgissant au cours de telles infections, suggèrent que certains
coronavirus puissent démontrer une neurovirulence.


identifier: Tran, Nam  (2016). Développement d’un procédé de traitement d’oxydation sono-électrochimique de polluants organiques d’intérêt émergent de type pharmaceutique.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en sciences de l'eau, 274 p.

subject: US-EO

subject: électro-oxydation

subject: traitement des eaux

subject: polluants organiques émergents de type pharmaceutique

subject: environnement

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de
ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce
résumé peut être lue en PDF.  Depuis quelques années, l‟explosion démographique et les activités humaines ont entraîné dans l‟environnement l‟apparition de divers types de polluants organiques d‟intérêt émergents (POE). La pollution de l‟environnement par les POE représente un défi majeur auquel doivent inéluctablement faire face les scientifiques et les gestionnaires de l‟environnement. Ces composés organiques sont pour la plupart réfractaires, non oxydables ou difficilement oxydables biologiquement et chimiquement. Au nombre des composés organiques émergents se trouvent les produits pharmaceutiques, les hormones et les produits de soins personnels. Le risque potentiel associé à la présence de ces produits est actuellement au coeur des débats. Les recherches actuelles visent donc à limiter la contamination de l‟environnement par ces POE en proposant des technologies hybrides d‟oxydation avancée. L‟objectif de ce projet est d‟évaluer l‟efficacité d‟un procédé de traitement d‟oxydation sono-électrochimique US-EO (combinaison de procédés d‟ultrasons (US) et d‟électro-oxydation (EO)) pour l‟élimination des POE. Le développement d‟un tel procédé pourrait constituer une avenue potentielle de traitement tertiaire des composés organiques persistants des eaux usées résiduaires de type municipal, domestique et industriel. La génération d‟espèces oxygénées réactives (EORs) (HO∙, HO2∙ et O∙) et l‟utilisation d‟électrodes catalytiques à forte surtension en oxygène et dont la surface est continuellement renouvelée par des forces de cisaillement très puissantes induites par l‟implosion des bulles de cavitation (générées par les ultrasons) constituent les deux éléments clés pour oxyder plus efficacement les POE, soit directement sur la surface des électrodes ou indirectement par les EORs. Cet effet de synergie permet de produire in situ des espèces oxygénées réactives très puissantes telles que les radicaux hydroxyles ayant la capacité de dégrader efficacement les composés organiques réfractaires jusqu‟à leur minéralisation. Le réacteur cylindrique, en verre ou plexiglas, est constitué de deux électrodes concentriques et est muni d‟un transducteur céramique (un disque piézoélectrique de 4 cm de diamètre) installé dans le fond du réacteur. La cathode est un cylindre en déployé de métal de titane, de rayon 12 cm et de hauteur 16 cm. L‟anode placée au centre, est un cylindre en métal déployé de titane recouvert d‟oxyde de plomb (PbO2) de rayon 8 cm, de hauteur 16 cm. Les travaux préliminaires ont d‟abord consisté à évaluer le caractère adiabatique de la cellule sono-électrochimique (US-EO) et de son potentiel
d‟oxydation, lequel potentiel a été respectivement comparé avec celui du procédé sonochimique seul (US) et du procédé d‟électroxydation seule (EO). Pour ce faire, la p-nitrosodimethylaniline (RNO) a été utilisée pour évaluer la capacité de production des espèces oxygénées réactives (notamment les radicaux hydroxyles). Un taux de blanchissement de RNO allant jusqu‟à 90% a été enregistré.
Ces résultats ont par la suite permis d‟exploiter le procédé hybride US-EO pour le traitement d‟une solution synthétique contaminée par un polluant organique persistant tel que la carbamazépine (CBZ), puis pour le traitement des effluents réels artificiellement contaminés par la CBZ. L‟évaluation de la performance d‟une cellule US-EO pour le traitement des eaux usées synthétiques contaminées par la CBZ a été basée sur une série d‟optimisation de certains paramètres opérationnels. Les différents paramètres inhérents à ce procédé tels que l‟intensité de courant, le temps de traitement et la puissance calorifique ont été évalués en termes d‟efficacité de dégradation du polluant. Le recours à l‟utilisation d‟un logiciel de plan d‟expérience en premier lieu a permis de décrire les différents processus de dégradation et d‟évaluer les effets propres à chaque paramètre ainsi que les interactions éventuelles. Dans les conditions optimales, un taux de dégradation de la CBZ (C0 = 10 mg L-1) allant jusqu'à 90% peut être enregistré en appliquant une intensité de courant de 4,86 A pendant 177 min et en imposant une puissance ultrasonore de 38,3 W. Les conditions optimales ont par la suite été appliquées pour le traitement tertiaire des effluents d'eaux usées municipales contaminées par 10 μg CBZ L-1. Les rendements d'élimination de CBZ, COT, COD et de la couleur étaient de 93%, 60%, 93% et 86%, respectivement. De même, la toxicité (bactérie Vibrio fisheri) des effluents municipaux a complètement été réduite suite à l‟application du procédé US-EO. Dans l'optique d'élargir le spectre d'activité d'oxydation du procédé EO-US à d'autres types de polluants pharmaceutiques, des travaux additionnels ont été entrepris afin de vérifier les performances du procédé pour la dégradation de l‟ibuprofène (IBU) et de la chlortétracycline (CTC). Des taux d‟abattement de CTC allant jusqu‟à 98% ont été enregistrés dans les eaux réelles de type municipal articiciellement contaminées. La CTC a pu être éliminée à la fois par oxydation directe à l‟anode (au moyen des radicaux •OH.) et par oxydation indirecte par l'intermédiaire de médiateurs, tels que l'acide hypochloreux produit en solution suite à l‟oxydation des ions chlorures. Des taux d‟abattenment se situant entre 84 et 90 % ont été enregistrés dans le cas de l‟IBU.


identifier: Chabot, Caroline  (1998). Anticorps monoclonaux et isomorphisme de la LH  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en science, 112 p.

abstract:
En 1993, à l'occasion du IIe Symposium International sur les drogues dans les sports et
dans le but d'appuyer la sonde première basée sur 1'expression du rapport
testostérone/épitestostérone (T/E), l'équipe de Cowan de Londres dévoilait son intention
de mettre au point une sonde complémentaire, le rapport urinaire testostérone/lutropine
(T/LH). Cette nouvelle sonde reposerait sur le principe voulant qu'une augmentation de
la testostérone circulante favorise une baisse en LH, avec élévation conséquente du
rapport T/LH. Ainsi, une telle sonde pourrait venir en appui au rapport T/E et en faciliter
l'interprétation dans des conditions de manipulations stéroïdiennes de plus en plus
habiles de la part des athlètes.  Toutefois, il s'avéra rapidement que la mesure immunométrique de la LH unnaire
présentait des inconsistances, rendant une telle sonde inutilisable à court terme, du moins
dans un contexte de lutte au dopage hormonal chez les athlètes. En effet, un rapport
urinaire T/LH anormalement élevé devrait, selon la physiologie classique, découler d'un
effet inhibiteur de l'administration de testostérone sur la sécrétion hypophysaire de LH;
ce n'est toutefois pas ce qui s'observe: alors que les valeurs de ]a testostérone urinaire
sont mesurées avec précision par techniques spectrophotométriques, la quantification
immunométrique faite actuellement de la LH urinaire par les différents laboratoires
accrédités par le comité international olympique (CIO) révèle des résultats inexploitables
tant les valeurs mesurées sont disparates et discordantes. Ainsi, l'objectif poursuivit tout
au long de cette étude fut d'examiner la performance des principales trousses
immunométriques mises sur le marché pour la mesure de la LH afin de tenter de
comprendre la ou les raisons des inconsistances observées.  Une première série de protocoles ont porté sur l'examen de différentes conditions liées à
la conservation des urines. L'examen de la littérature pertinente s'est par la suite,
particulièrement attardé aux carences liées à l'étalonnage des trousses de mesure de la LH. L'essentiel des étalons utilisés provient de matrice le plus souvent bien différentes de
ce11es soumises habituellement à l'analyse. L'examen de la littérature a montré
l'existence indiscutable d'une multitude d'isoformes de la LH tant en milieux sanguins
qu'urinaire. Ces différences espèces moléculaires de LH découlent essentiellement des
arborisations sucrées branchées sur la chaîne protéique primaire de la molécule.  Les manipulations visant la purification de la LH à des fins antigéniques modifient ces
arborisations et conduisent à la production d'anticorps anti-LH dont le paratope ne
correspond plus à l'épitope initialement recherché. Dans un protocole expérimental où les
principales trousses destinées à la mesure immunométrique de la LH furent examinées,
nous avons, en utilisant divers anticorps de capture en système croisé, mis en évidence
des différences considérables dans la mesure d'une même urine. Le protocole utilisé a
permis de démontrer que ces différences analytiques découlent de la présence
d'isofonnes de la LH dans un même échantillon qui ne peuvent être également quantifiés
par les différents anticorps mis en marché. Les étalonnages inadéquats, jumelés à
l'existence en milieux biologiques de multiples glycofonnes, couplés à la banalisation
antigénique découlant des purifications nécessaires à la production d'anticorps, sont tous
des facteurs expliquant facilement les inconsistances des rapports T/LH observés en
laboratoires dédiés à la lutte au dopage chez les sportifs. De plus, l'utilisation en milieu
clinique d'une seule et même trousse anti-LH pour quantifier la LH, cela
indépendamment des états physiologiques prévalants, soulève un questionnement
inquiétant.


identifier: Rodrigue, Gabriel  (2016). Reconstitution de l’histoire des feux d’une forêt riveraine du Moyen-Nord québécois à l’aide de macrorestes végétaux carbonisés, comparaison avec une dendrosérie millénaire et impact des feux sur les propriétés physico-chimiques des sédiments lacustres.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de la terre, 97 p.

subject:
feux
incendies
forêt riveraine
propriétés physico-chimiques
sédiments
lacustres
histoire
Moyen-Nord québécois

abstract:
Ce mémoire s’inscrit dans le cadre du projet ARCHIVES (Analyse rétrospective des
conditions hydroclimatiques à l’aide des indicateurs et de leur variabilité à l’échelle
séculaire), un projet multidisciplinaire visant à reconstituer les paramètres
hydroclimatiques servant à modéliser les apports en eau dans le Moyen-Nord
québécois. Ses objectifs sont de reconstituer l’histoire des feux d’une forêt riveraine et
d’évaluer l’impact des incendies sur les propriétés physico-chimiques des sédiments
lacustres.
Des échantillons de sols ont été prélevés dans le dessein d’effectuer des datations ¹⁴C
sur des macrorestes végétaux carbonises et d’obtenir des dates de feux. Du début du
13e siècle à aujourd’hui, la fréquence et l’intervalle de retour des feux étaient de 5 par 1
ka et 192,75 ans. La fréquence des feux est restée stable jusqu’a la fin du 18e siècle. Il
n’y a pas eu de hausse durant l’optimum climatique médiéval (900 a 1300 CE). Après
1850 CE, aucun incendie n’est survenu, possiblement à cause de changements dans la
circulation atmosphérique ayant favorisé la présence de masses d’air maritime d’origine
méridionale et, de ce fait, réduit la fréquence des sécheresses.
Des carottes de sédiments ont été échantillonnées dans les zones profondes du lac,
puis des analyses paléolimnologiques ont été réalisées (p. ex. analyse par
tomodensitométrie axiale, analyse du carbone et de l’azote total, mesure de la perte au
feu à 550°C et analyse par microfluorescence X). Les résultats suggèrent que les feux
ont accru la sensibilité des sols à l’érosion et provoque un accroissement du détritisme.
Il faut néanmoins être prudent avec ces interprétations, car le report des dates de feux
sur les données paléolimnologiques pourrait comporter de légères erreurs en raison de
la faible résolution temporelle de l’archive sédimentaire et l’imprécision de son modèle
d’âge (nombre limite de datations ¹⁴C). Par ailleurs, des revêtements d’oxydes de
manganèse et fer ont été observés dans les sédiments. Ils pourraient s’être formés au
cours des processus de dégradation de la matière organique et témoigner de périodes
d’anoxie ou d’augmentation abrupte du taux de sédimentation.


identifier: Scudeler, Carlotta  (2016). Numerical modeling of flow and solute transport phenomena in subsurface and coupled surface-subsurface hydrology.  Thèse.  Québec - Italie, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique - Università degli Studi di Padova, Doctorat en sciences de l'eau, 195 p.

subject:
modélisation hydrologique
eaux souterraines
flux
transport
surface
subsurface
CATchment-HYdrology Flow-transport
CATHY FT

abstract:
Le but principal du travail décrit dans cette thèse est d’aporter plusieurs contributions
à la modélisation hydrologique dans le cadre spécifique d'un modèle numérique à base
physique pour des processus de surface-subsurface et flux-transport intégrés, le modèle
CATchment-HYdrology Flow-transport (CATHY FT). Ces contributions tournent autour
des trois thèmes principaux: l'amélioration de la performance numérique des modèles
hydrologiques pour les phénomènes de flux et de transport, l'amélioration de notre
compréhension des conditions aux limites complexes dans le but de réduire les erreurs
associées à la modélisation ainsi que le test et l'analyse comparative des modèles distribués à
base physique pour les processus de transport et flux d'eaux souterraines. Pour atteindre
ces objectifs, les travaux sont divisés en quatre étapes. La première est l'implémentation
dans CATHY FT de l'algorithme de Larson-Niklasson pour la reconstruction des vitesses
conservatrices de la masse à partir d'une solution linéaire (ou P₁) de Galerkin de l'équation
de Richard. Le but est d'améliorer la précision et les propriétés de bilan de masse du
modèle de transport advectif (à base de volumes finis), qui dépend des champs de vitesse
utilisés comme input. Une comparaison entre les résultats obtenus avec les vitesses
 reconstituées et les vitesses de Galerkin P₁ montre la nécessité d'un champ de vitesse conservateur de la masse pour l'obtention des résultats des transports précis. La deuxième
est une analyse nouvelle et détaillée du comportement des conditions aux limites dans la
zone de suintement réalisée à l'aide du modèle d'écoulement de CATHY FT. Les simulations
numériques examinent la performance du modèle sous des conditions complexes,
telles que en présence d'hétérogénéité et d'écoulement de couplage surface/subsurface. Il est montré que la solution numérique générique peut être largement affectée par la façon
dont les conditions aux limites dans la zone de suintement sont utilisées dans les modèles
hydrologiques et que des considérations soigneuses sont requises dans l'utilisation des approximations
simples, dans la présence de pentes hétérogènes ainsi que dans les zones
de suintement qui se forment au niveau de la surface de terre. Dans la troisième étape,
CATHY FT est implémenté et exécuté à partir de données issues du Landscape Evolution
Observatory de l'installation Biosphère 2, en Arizona. Une analyse de modélisation
détaillée des données expérimentales collectées pendant une expérience de traçage isotopique
sur un versant mesuré et surveillé intensivement est réalisée. Ces donnés comprennent
la quantité et qualité d'eaux souterraines déchargées et des mesures distribuées
d'écoulement et de transport. Les données sont utilisées pour examiner incrémentalement
des phénomènes complexes et les hypothèses associées (e.g., hétérogénéité, fractionnement
et dispersion), en analysant les réponses du flux au transport et les mesures intégrées ou
distribuées. Cette approche incrémentale souligne les défis associés aux tests et validations
des modèles hydrologiques de nouvelle génération lorsque plusieurs types et niveaux
de données d'observation sont considérés. Finalement, une dernière analyse qui fait un
lien avec tous les trois thèmes de la thèse est effectuée. Dans cette analyse quelques
particularités du modèle CATHY FT sont d’écrites, des questions clés liées à son futur
développement sont abordées et son comportement physique et numérique est testé pour
des scénarios réels et synthétiques. Cette étape finale de la thèse aborde la myriade des
défis rencontrés pour résoudre efficacement et avec précision le comportement complexe
de l'équation d'avection-dispersion utilisée pour décrire le transport des solutés de subsurface,
pour le traitement de conditions aux limites complexes utilisées pour l'interaction
de solutés entre la surface et la subsurface et, en général, pour capturer les interactions
de processus entre les phénomènes de flux et transport dans les environnement de surface
et subsurface.

 The overall aim of the work described in this thesis is to bring a number of contributions to hydrology and hydrological modeling in the framework of a specific physically-based
numerical model for integrated surface-subsurface and flow{transport processes,
the CATchment-HYdrology Flow-Transport (CATHY FT) model. These contributions
revolve around three main themes: the enhancement of the numerical performance of
hydrological models for flow and transport phenomena, the improvement of our current
understanding of complex boundary conditions in order to reduce the errors associated
with their modeling, and the testing and benchmarking of distributed physically-based
models for groundwater ow and transport processes. The work to achieve the general
objective is elaborated into four stages. First, the Larson-Niklasson post-processing algorithm
is implemented in CATHY FT to reconstruct mass-conservative velocities from
a linear, or P₁, Galerkin solution of Richards' equation. This is done to improve the
accuracy and mass balance properties of the companion advective transport model (finite
volume-based), which rely on accurate velocity fields as input. Through a comparison
between the results from the reconstructed velocities and the P₁ Galerkin velocities, it
is shown that a locally mass-conservative velocity field is necessary to obtain accurate
transport results. Second, a detailed and novel analysis of the behavior of seepage face
boundaries is performed with the flow model of CATHY FT. The numerical simulations
examine the model's performance under complex conditions such as heterogeneity and
coupled surface/subsurface flow. It is shown that the overall numerical solution can be
greatly affected by the way seepage face boundaries are handled in hydrological models
and that careful considerations are required when using simple approximations, in the
presence of heterogeneous slopes, and for seepage faces forming on a portion of the land
surface. Third, CATHY FT is implemented and run at the Landscape Evolution Observatory
of the Biosphere 2 facility, Arizona. A detailed modeling analysis is performed of the experimental data collected during an isotope tracer experiment and from an intensivelymeasured
hillslope, including quantity and quality of groundwater discharge and point-scale
flow and transport data. This flow and tracer data is used to incrementally explore
complex phenomena and associated hypotheses (e.g., heterogeneity, fractionation, and dispersion),
progressing from flow to transport and from integrated to point-scale response
analysis. This incremental approach highlights the challenges in testing and validating
the new generation of integrated hydrological models when considering many types and
levels of observation data. Finally, a concluding analysis is performed that relates to all
three themes of the thesis, describing some of the features of the CATHY FT model,
discussing key issues associated to its further development, and testing its physical and
numerical behavior for both real and synthetic scenarios. This final stage of the thesis
addresses the myriad challenges faced in accurately and efficiently resolving the difficult
behavior of the advection{dispersion equation for subsurface solute transport, in properly
handling the complex boundary conditions for solute interactions across the land surface,
and generally in capturing process interactions and feedbacks between flow and transport
phenomena in surface and subsurface environments.


identifier: Echeverry-Alzate, Fernando  (1999). Contribution à la caractérisation moléculaire du cypovirus de la tordeuse des bourgeons de l'épinette, Choristoneura fumiferana, CfCPV  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 160 p.

abstract:
Les insectes ravageurs constituent un des problèmes majeurs de l'industrie forestière
en Amérique du Nord. Parmi ceux-ci la tordeuse des bourgeons de l'épinette
(Choristoneurafumiferana) est considérée comme le plus important ravageur forestier au
Canada. Dans la lutte contre cet insecte les cypovirus sont apparus comme des candidats
intéressants principalement à cause des changements physiologiques importants qu'ils
induisent chez les larves infectées. Ces virus pourraient ainsi être impliqués dans le déclin
des populations infectées. Leur utilisation efficace dans des programmes de lutte
biologique requiert toutefois une connaissance plus approfondie des particules virales.
C'est dans cette optique que nous avons entrepris la caractérisation moléculaire du
cypovirus de Choristoneura fumiferana. Premièrement dans le but de déterminer à quel électrophorétype fait partie le
cypovirus de C. fumiferana (CfCPV) la mobilité relative de ses 10 segments génomiques a
été déterminée. Les résultats · obtenus suggèrent que la souche CfCPV serait reliée à
l'électrophorétype 7 de la classification actuelle.  Nous avons ensuite séquencé entièrement les segments génomiques 10, 9, 8 et 5.
Outre le gène codant pour la polyédrine (segment 10), les séquences déterminées pour les
segments 9, 8 et 5 ont permis les premières comparaisons entre un virus appartenant au
genre cypovirus et d'autres membres de la famille des Reoviridae. L'analyse comparative
des séquences génomiques obtenues avec celles publiées n'a cependant pas permis de relier
le CfCPV à d'autres séquences connues. Néanmoins, malgré l'absence d'homologie au
niveau de la séquence nucléotidique, certaines similarités précises ont été trouvées avec la
séquence en acides aminés d'autres protéines connues. De plus, les profils d'hydrophilicité
déterminés pour la polyédrine de trois cypovirus différents partagent certaines
caractéristiques communes dans leur portion N-terminale (116 premiers acides aminés). II
est possible que ce domaine de la polyédrine soit essentiel pour la formation des corps
d'inclusion. L'expression de la polyédrine du CfCPV chez Escherichia coli a permis pour la
première fois d'observer une structure cristalline lorsque cette protéine est exprimée dans
un vecteur procaryotique. Ceci nous amène à conclure que le gène de la polyédrine
possède toute l'information nécessaire pour réaliser le processus de cristallisation. En ce qui concerne les autres gènes, la traduction in vitro des différents segments
génomiques a permis d'établir une carte génomique partielle du virus CfCPV. Ainsi, 7
polypeptides dont la masse moléculaire est de 135 kDa, 130 kDa, 110 kDa, 98 kDa, 75
kDa, 39 kDa et 30.5 kDa ont été assignés à des segments génomiques.  Finalement les résultats obtenus en utilisant le système de quantification RT-PCR ont
démontré qu'une régulation de l'expression du gène codant pour la polyédrine doit avoir
lieu. L'expression en plus grande quantité de la polyédrine par rapport aux autres
polypeptides viraux serait due à des facteurs liés à la traduction plutôt qu'à la transcription
du gène.


identifier: Caron, Judith  (1999). VALEUR DIAGNOSTIQUE ET VARIABILITÉ DE LA PROTÉINE CYTOSOLIQUE P36 DE MYCOPLASMA HYOPNEUMONIAE.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en microbiologie et biotechnologie, 164 p.

abstract:
Mycoplasma hyopneumoniae est l'agent causal de la pneumonie enzootique
porcine. Il s'agit d'une maladie respiratoire chronique qui engendre beaucoup de
problèmes de santé et des pertes économiques considérables pour l'industrie de l'élevage
des porcs de plusieurs pays. M hyopneumoniae est un microorganisme très fastidieux qui partage des
déterminants antigéniques communs et beaucoup de séquences homologues avec d'autres
mycoplasmes porcins, notamment M. hyorhinis et M. jlocculare. De plus, il y a présence
d'hétérogénéité antigénique et génomique parmi les différentes souches de M.
hyopneumoniae. Conséquemment, ces difficultés entraînent une diminution de 1 'efficacité
des méthodes de diagnostic présentement utilisées, en plus d'entraver la mise en place de
mesures d'épidémiosurveillance et de prophylaxie.  L'objectif principal de cette recherche était d'étudier la valeur diagnostique de la
protéine cytosolique p36 de M. hyopneumoniae et de mettre au point des techniques de
dépistage rapides et fiables à la disposition de 1 'industrie porcine. Cette étude fut divisée
en deux volets, le premier étant un volet de diagnostic moléculaire et le deuxième un
volet de diagnostic immunohistochimique.  La première partie de l'étude consistait au développement d'une technique
d'amplification des gènes par la réaction de la polymérase en chaîne (PCR). Le gène
ciblé fut celui codant pour la protéine cytosolique p36 reconnue comme étant spécifique
d'espèces, antigéniquement stable et hautement immunogène. Les amorces
d'oligonucléotides synthétisées pour l'amplification de la p36 se sont avérées spécifiques
à M hyopneumoniae, ne permettant pas 1' amplification de 1 'ADN et/ou 1 'ARN des autres
espèces de mycoplasmes, de bactéries et de virus communément associés aux problèmes
respiratoires porcins. Comparativement aux amorces utilisées pour l'amplification de
fragments de gène codant pour la protéine membranaire p46, les amorces dirigées contre
le gène de la p36 se sont avérées plus sensibles puisque des amplicons de la taille attendue ont été obtenus à partir de préparations ne contenant que de 0,5 à 50 pg/ml
d'ADN génomique. D'autre part, les amorces dirigées contre la p46 n'ont amplifié que
0,5 ng/ml d'ADN génomique. Cette méthode PCR a été utilisée avec succès sur des
spécimens cliniques, tels des homogénats de poumons et des écouvillons
trachéobronchiolaires, une très bonne corrélation ayant été obtenue avec la mise en
évidence de lésions pulmonaires et de signes cliniques chez les porcs testés. Une
approche multiplex, permettant l'amplification simultanée du gène entier de la p36 (948
pb) et d'un fragment interne du gène codant pour la protéine p46 (580 pb), a été
préconisée pour augmenter la spécificité du test.  En comparaison avec d'autres tests de détection présentement utilisés, la PCR
s'avère très rapide, prenant deux jours pour l'obtention des résultats, sensible et
spécifique. Aucun cas faux-positif n'a été identifié. La PCR basée sur l'amplification du
gène de la p36 s'est avérée un outil extrêmement efficace pour le diagnostic de M
hyopneumoniae qui pourra éventuellement être utilisé pour la surveillance de la présence
de cet agent dans un troupeau.  Le volet sérologique consistait en la production d'anticorps monoclonaux dirigés
contre la p36 et à 1 'étude de leur potentiel diagnostique dans un test
d'immunofluorescence indirecte sur des coupes de poumons congelés, de même que pour
l'identification sérologique de l'agent après isolement en milieu de culture.  Le gène de la p36 a été cloné et exprimé sous forme de protéine de fusion avec la
glutathione S-transférase (GST). La protéine GST -p36 recombinante a été scindée suite à
une digestion avec la thrombine, et la portion p36 enrichie a servi à l'immunisation de
souris. Ces dernières développèrent une forte réponse en anticorps telle que confirmée à
l'aide d'une épreuve ELISA indirecte et par immunobuvardage. Les splénocytes des
souris hyperimmunes ont été utilisés dans une expérience de fusion avec les cellules
myélomateuses P3x63Ag8.653 murines. Les hybridomes sécréteurs d'anticorps
monoclonaux dirigés contre la p36 ont été criblés à l'aide d'une épreuve ELISA indirecte
et la spécificité des anticorps a été confirmée par immunobuvardage contre la protéine p36 recombinante de même que contre la protéine native présente dans les lysats préparés
à partir d'une culture de M. hyopneumoniae. Les AcMo anti-p36, d'isotype IgGlK, se
sont avérés très spécifiques à M. hyopneumoniae, ne démontrant aucune réactivité envers
les autres mycoplasmes porcins, notamment M arginini, M. jlocculare, M hyorhinis, M.
hyosynoviae et A. laidlawii, par ELISA et immunobuvardage de type western. En tout, 9
hybridomes sécréteurs d' AcMo anti-p36 ont été établis et sous-clonés. Des liquides
d'ascites ont été préparés chez des souris pristanées, leurs titres en anticorps anti-p36
étant supérieurs à 1:50000 par ELISA indirecte. Un test d'immunofluorescence indirecte sur des coupes de poumons congelés
basé sur l'utilisation d' AcMo anti-p36 à été évalué sur des spécimens provenant de porcs
expérimentalement infectés à l'aide d'une souche Québécoise de M. hyopneumoniae,
IAF-DM9827. Les lésions macroscopiques observées étaient confinées aux poumons, et
les principaux changements histologiques consistaient en une infiltration péribronchique
et péri vasculaire par des cellules lymphomonocytaires, accompagnée d'une légère
hyperplasie de 1 'épithélium des bronchioles. Aucun dommage alvéolaire n'a été observé.
Il a été possible à l'aide de la technique d'IFI de détecter la présence d'antigène de M.
hyopneumoniae à la surface des cellules épithéliales ciliées des bronches et bronchioles.
Aucune fluorescence n'a été observée dans les coupes de poumons des porcelets
contrôles ne démontrant aucune lésion.  Les méthodes immunohistochimiques sont couramment utilisées par les
pathologistes comme outils de diagnostic pour l'infection causée par M. hyopneumoniae,
car elles permettent aussi une observation histologique des organes respiratoires. Les
techniques d'immunofluorescence présentement appliquées utilisent des sérums
polyclonaux, d'où la possibilité de résultats faux-positifs attribuables à la présence au
niveau des poumons d'autres mycoplasmes qui partagent certains déterminants
antigéniques de M hyopneumoniae. L'immunofluorescence indirecte utilisant les AcMo
anti-p36 s'est avérée une méthode très spécifique, éliminant les faux-réacteurs et les
réactions croisées, et très rapide, ne prenant que 2 à 3 heures pour l'obtention des
résultats. Finalement, ces AcMo se sont avérés très efficaces pour l'identification
sérologique d'isolats cultivés en milieu de culture, puisqu'une réaction spécifique en
immunobuvardage ne fut démontrée que contre M hyopneumoniae, et non contre M.
hyorhinis et M flocculare.


identifier: Hébert, Benoît  (1999). Tropisme in vitro du parvovirus porcin  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 178 p.

title: Tropisme in vitro du parvovirus porcin

abstract:
Les virus de la famille des Parvoviridae sont caractérisés par leur génome d'ADN simple brin,
généralement de polarité négative, encapsidé dans un assemblage protéique icosaédral
d'environ 26nm de diamètre. Malgré leur petite taille et leur génome limité d'environ 5 kb,
l'organisation génomique ainsi que la réplication des parvovirus sont néanmoins complexes.
De plus, la majorité des membres de cette famille sont associés à plusieurs pathologies chez
diverses espèces. Chez le porc, les infections parvovirales causent des problèmes liés à la reproduction. Des
travaux antérieurs ont démontré l'existence de plusieurs souches dont la virulence varie
considérablement. Les présents travaux ont pour objectif de caractériser, au niveau
moléculaire, les différences pouvant être responsables de cette virulence accrue chez certaines
souches. Par analogie avec d'autres parvovirus, notamment le parvovirus canin où la capside est
responsable du spectre d'hôte félin-canin, notre hypothèse nous permettait d'entrevoir que la
capside du penchant porcin joue probablement un rôle important dans le tropisme cellulaire
du virus et finalement comme facteur modulant la virulence par l'interaction avec les cellules
cibles. Ce tropisme pourrait déterminer le type de pathologie associé à l'infection.  Nos travaux ont tout d'abord été centrés sur le séquençage complet de la souche Kresse du
parvovirus porcin et l'analyse de cette séquence. Nous avons démontré que la souche
vaccinale NADL-2 et la souche pathogénique Kresse ne diffèrent que par 5 acides aminés dans
le gène de la capside. Outre ces différences, le génome viral entier ne comporte que de
différences non codantes. Une autre différence pour laquelle aucune fonction n'est encore
connue est la présence d'une répétition de 127 nucléotides en aval de la région codante du
gène de la capside chez la souche vaccinale. Cette séquence répétée n'est présente qu'en un
exemplaire chez la souche Kresse tout comme chez les autres souches pathogéniques partiellement séquencées. De telles répétitions sont présentes chez d'autres parvovirus mais
aucune fonction ne leur est encore associée. Afin de comprendre l'importance de la capside dans le tropisme viral, étant donné que nos
résultats suggèrent que celle-ci est la seule composante du virus ayant, a priori, un impact
possible lors de l'infection, nous devions établir un système in vitro permettant de distinguer
les souches non-pathogéniques des souches pathogéniques. Un criblage de plusieurs lignées
cellulaires ne nous a pas permis de distinguer les souches NADL-2 et Kresse par un test
d'infectivité. Par contre, nous avons identifié qu'une culture primaire de testicules de veaux
(TV} utilisée pour la détection et l'amplification de virus appartenant à d'autres familles était
également permissive au parvovirus porcin dans certains cas. Nous avons alors démontré que
seulement les souches apparentées à la souche vaccinale NADL-2 pouvaient se répliquer sur
ces cellules contrairement aux souches virulentes apparentées à la souche Kresse. Ayant établi
pour la première fois un système in vitro permettant de déterminer le phénotype des souches
de parvovirus porcin, nous devions maintenant déterminer si effectivement la capside était le
facteur déterminant du tropisme observé.  Seule l'obtention des clones infectieux des souches NADL-2 et Kresse nous a permis de
réaliser ces travaux. Nous avons procédé à 1'é change d'un fragment génomique (entre NADL-
2 et Kresse) codant pour trois des cinq résidus qui diffèrent entre NADL-2 et Kresse. Bien
que ces virus ne soient pas différents en apparence lorsque cultivés sur des cellules permissives
PT (testicules de porcs), la croissance des chimères sur les cultures primaires TV était
apparentée non pas à la majeure partie du génome viral mais dépendait seulement du fragment
échangé. Ces résultats constituent la première preuve que le tropisme cellulaire du parvovirus porcin
dépend, du moins in vitro, exclusivement de la capside. De plus, par analogie au parvovirus
canin dont la structure tridimensionnelle est connue, deux des trois résidus échangés se
retrouvent probablement dans des régions externes des boucles de surface de la capside. Nous avons poursuivi l'étude de l'infection in vitro par immunofluorescence dans diverses
lignées cellulaires en combinaison avec les différentes souches ou chimères utilisées pour les
autres travaux. Nous avons étudié morphologiquement la distribution des particules virales
lors des étapes précoces de l'infection. Nos résultats montrent que la distribution des
particules tôt dans l'infection ne concorde pas toujours avec le phénotype de restriction
attribué à ces cellules.  Étant donné que notre modèle in vitro permet de comprendre comment le tropisme viral peut
être régulé, nous avons eu comme objectif de déterminer la structure tridimensionnelle du
parvovirus porcin. Afin de déterminer la structure atomique par diffraction de rayons-X, la
première étape consistait à mettre au point des méthodes de purification de virus à grande
échelle. La partie suivante de cette thèse fait donc état des méthodes développées afin de
produire et de purifier le parvovirus porcin pour la cristallographie. Finalement, un dernier chapitre porte sur une nouvelle méthode de mutagénèse dirigée
développée en réponse à des difficultés techniques rencontrées avec les clones infectieux.
Nous désirions déterminer les paramètres structuraux requis pour le tropisme, c'est pourquoi
nous devions effectuer la mutagénèse des différents résidus (seuls ou en combinaison)
responsables du tropisme observé.  En résumé, les travaux présentés dans cet ouvrage font état des premiers résultats démontrant
l'importance de la capside du parvovirus porcin dans le tropisme cellulaire ainsi que d'une
étude préliminaire des mécanismes qui en sont responsables. De plus, les méthodes
développées afin de permettre la purification à grande échelle sont également présentées.