identifier: Saad, Christian  (2014). Analyse hydrométéorologique multivariée et modélisation déterministe des crues de la rivière Richelieu, Québec.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de l'eau.

subject:
inondation
crue
modèle probabiliste multivarié
météorologie
rivière Richelieu

abstract:
Les inondations printanières majeures de la rivière Richelieu (Québec, Canada) et de son
bassin versant, comme celle qui a affecté cette région au printemps de 2011, représentent une des
préoccupations importantes pour les décideurs, les agriculteurs, la population et tous les
intervenants impliqués dans la gestion et la surveillance des infrastructures affectées par la
montée des eaux dans cette région. Dans la perspective d'améliorer la gestion des risques
d'inondation, une approche combinant des techniques d'analyse statistique et de modélisation
déterministe des extrêmes hydrométéorologiques est proposée et évaluée en se basant sur les
évènements historiques d'envergures similaires et distincts de la crue record de 2011 de la rivière
Richelieu. En effet, les évènements de crues printanières ont pour origine une combinaison de
facteurs directs et indirects provenant de la distribution temporelle et spatiale des variables
météorologiques clés, ayant un effet sur les niveaux d'eau, tels que le cumul de précipitation,
l'intensité des évènements pluvieux ainsi que la variabilité intrasaisonnière de la température. Il
est donc important d'analyser les régimes de précipitation et de température en terme d'intensité,
de durée, d'occurrence et de fréquence à l'origine des conditions météorologiques favorisant
l'apparition et la sévérité des crues exceptionnelles, comme celle de 2011.
Dans le but d'acquérir une compréhension approfondie des risques d'inondations de la
rivière Richelieu et de mieux anticiper les cas de crues importantes dans le futur, les principaux
objectifs de cette étude sont de : (1) Développer un modèle probabiliste multivarié par
l'intermédiaire de copules, afin de (2) caractériser les effets isolés et conjoints d'évènements
météorologiques sur les crues de la rivière Richelieu, dont la crue record de 2011. Dans un
deuxième temps, cette étude a permis (3) d'élaborer des scénarios météorologiques plausibles
pouvant générer des crues particulières afin (4) d'évaluer la réponse hydrologique de la rivière
Richelieu à différents facteurs ou scénarios météorologiques via l'utilisation d'un modèle
hydrologique déterministe.
Afin de prendre en compte l'effet combiné de facteurs et d'aléas météorologiques variés
reliés à l'occurrence, l'intensité et la durée des crues printanières, plusieurs indicateurs annuels,
saisonniers et mensuels du régime de précipitation, de la température et de l'hydrologie de la
rivière Richelieu sont calculés pour la période récente de 1981 à 2011. Les contextes
météorologique et hydrologique de l'évènement de 2011 par rapport à la climatologie (calculée
sur la période 1981-2011) sont caractérisés selon les indicateurs les plus appropriés à partir des
précipitations totales et des températures minimum et maximum quotidiennes, ainsi que des
débits journaliers. Des analyses des anomalies interannuelles standardisées et de la dépendance
entre les évènements hydrométéorologiques permettent ainsi d'évaluer la variabilité des régimes
étudiés et d'apprécier les interrelations potentielles entre les variables à l'étude et les épisodes de
crues printanières au cours du temps.
L'ajustement de lois statistiques pour l'estimation de probabilités d'occurrence conjointes
et conditionnelles, de durée et d'intensité de crue à l'aide d'une approche statistique par copule
permet de quantifier les effets séparés et conjoints de divers évènements météorologiques sur les
inondations printanières. La technique proposée consiste à utiliser 2 modèles de copule
archimédienne hiérarchique trivariée, dont ceux de Frank et Clay ton. Suite à une évaluation de la
distribution, de la fréquence et de la structure de dépendance des valeurs simulées, ces modèles
se sont avérés applicables dans le contexte hydrométéorologique de la rivière d'intérêt. Ceci a
donc permis de quantifier la récurrence de l'intensité de la crue du printemps 2011 selon les
conditions observées avant et durant son apparition, soit une fois par 11 à 13 ans sous les
conditions observées de précipitation totale tombée entre novembre 2010 et mars 2011 et de
nombre de jours avec cycle quotidien de gel/dégel durant ce même hiver. De plus, la récurrence
du maximum de crue de 2011 est estimée à une fois par 7 à 52 ans lorsque les mêmes conditions
observées de précipitation totale entre novembre et mars ont lieu conjointement avec le 90ème
centile de pluie printanière observée en 2011 dans la vallée du lac Champlain. Par conséquent, le
régime de précipitation totale de novembre à mars, la variabilité intrasaisonnière des
températures hivernales ainsi que l'intensité des précipitations extrêmes au printemps expliquent
en partie les inondations d'intensité majeures observées en 2011 puisque les probabilités
d'occurrence de la crue de 2011 conditionnelle à ces variables sont élevées. De plus, cette
méthode a permis de quantifier la probabilité d'occurrence selon différentes combinaisons
trivariées des évènements hydrométéorologiques observés en 2011 cités ci-dessus. Le risque
d'inondation de la rivière Richelieu pour un évènement similaire à 2011 est ainsi estimé en
termes d'amplitude et de probabilité d'occurrence.
La technique proposée sert également à établir différents scénarios hydrométéorologiques
de crue particulière. Le modèle multivarié par copule permet d'élaborer diverses combinaisons
plausibles de conditions météorologiques pouvant engendrer des intensités de crue importante
pour la rivière Richelieu. Les risques des évènements de crues ciblées sont estimés par les
périodes de retour conjointes et conditionnelles selon les différents scénarios tri variés. Ces
derniers servent à l'analyse du régime hydrologique de la rivière Richelieu selon différents
facteurs météorologiques et ultimement à contribuer au développement d'un système de gestion
de risque d'inondation.
Une fois calibré et validé adéquatement, l'utilisation du modèle hydrologique
déterministe et semi-distribué CEQUEAU permet d'analyser la sensibilité ou la réponse
hydrologique de la rivière Richelieu à 10 scénarios de combinaisons d'évènements
météorologiques qui sont des variantes des conditions observées durant les années 1997-1998 et
2010-2011. Un incrément saisonnier est appliqué aux différentes séries temporelles observées
pour ces 2 années afin d'atteindre les cibles saisonnières des scénarios élaborés par copule
multivariée. La pertinence de produire plusieurs séries temporelles météorologiques en variant la
distribution temporelle des évènements quotidiens intrasaisonniers pour chaque scénario est
évaluée afin de prendre en considération une gamme de scénarios équiprobables. Il est démontré
que la sévérité d'une crue sous des conditions météorologiques similaires à celles de 2011, sauf
en ce qui a trait aux précipitations totales tombées entre novembre et mars, ou à l'intensité des
précipitations tombées durant la crue, est réduit d'un statut majeur, tel qu'observé durant le
printemps 2011, à un statut médium. L'effet d'une réduction de l'intensité des pluies au
printemps sur la réduction du débit de pointe du Richelieu est moins important que l'effet d'une
réduction des précipitations totales tombées entre novembre et mars à échelle comparable. De
plus, l'effet combiné de ces 2 conditions sur le débit de pointe réduit celui-ci sous le seuil
d'inondation mineure. D'autre part, les scénarios où le nombre de jours avec cycle quotidien de
gel/dégel en hiver est modifié, ne semblent pas avoir d'impact sur les crues simulées, sans doute
à cause d'une incompatibilité entre cet indice et les paramètres du modèle hydrologique qui
gèrent le processus effectif de fonte du couvert nival. Il serait donc utile dans de futurs travaux
d'analyser plus en détail l'effet de la variabilité des températures au cours de l'hiver, et
notamment l'effet des cycles de gel/dégel, sur les caractéristiques du couvert nival disponible
pour la fonte au printemps ainsi que leurs influences sur la modélisation de la pointe de crue.
Les résultats présentés dans ce mémoire apportent une contribution originale à la science
de l'eau et plus particulièrement ils posent les jalons d'un éventuel développement d'outil de
gestion de risque d'inondation, tout en offrant une caractérisation hydrométéorologique de la
rivière Richelieu et de son bassin versant.

Abstract

The major spring floods of the Richelieu River (Quebec, Canada), such as the record
flood of 2011, represent important preoccupations to decision makers, agricultural workers, the
local population and individuaIs responsible for the monitoring and the management of
infrastructures affected by water levels in the study area. In a perspective to improve flood risk
management systems, an approach combining statistical techniques with deterministic modeling
of extreme hydrometeorological events is proposed and evaluated based on historical flood
events inc1uding the 2011 record spring flood of the Richelieu River. Therefore it is important to
analyse the precipitation and temperature regimes in terms of intensity, duration, variability and
frequency of the conditions behind the occurrence and severity of flood characteristics such as
the 2011 spring flood.
With the main goal of acquiring a more comprehensive understanding of flood risks for
the Richelieu River and in order to be better prepared in the case of future flood events, the
following objectives are explored: (1) To develop a multivariate probabilistic model with the use
of copulas in order to (2) evaluate the separate and joint effects of various meteorological events
on the flow response of the Richelieu river, especially in the case of a record flood such as the
one of 2011. In addition, the developed model is to be used to elaborate plausible multivariate
meteorological scenarios which can lead to particular extreme conditions in order to (4) evaluate
the flow response of the Richelieu River according to those scenarios using a deterministic
hydrological model.
In order to account for the combined effect of various meteorological factors on the
occurrence, intensity and duration of spring floods, several annual, seasonal and monthly
indicators of precipitation, temperature and hydrological regimes are ca1culated for the recent 31
year period of 1981 to 2011. The climatological, meteorological and hydrological context of the
Richelieu River watershed are characterised using these indicators as well as the daily total
precipitation, minimum and maximum temperature and flow observations for that common
period. Inter-annual standardised anomalies and dependence analyses conducted on these
hydrometeorological variables describe adequately the variability of the studied regimes.
The proposed technique to quantify the separate and joint effects of meteorological
events on flood intensity and duration consists of 2 fully nested Archimedean copulas, the
Clay ton and Frank copulas. Using these copulas, the recurrence of the 2011 spring flood
intensity conditional on the observed total precipitation fallen between November 2010 and
March 2011 and the number of frost/thaw episodes that same winter in the Lake Champlain
valley was estimated at once every 11 to 13 years; whereas the recurrence of that same flood
conditional on the observed cumulative precipitation fallen between November 2010 and March
2011 and the 90th percentile of rainfall in spring 2011 for that same region was estimated at once
every 7 to 52 years. Consequently, this analysis confirmed that the flood intensity of the 2011
events are partially explained by the precipitation regime fallen between November and March,
the intraseasonal temperature variability in winter as weIl as the intensity of extreme
precipitation events in spring upstream of the hydrometric station studied since the probability of
occurrence of such a flood is high under those conditions. Therefore, a flood risk for the
Richelieu River similar to the 2011 spring flood is estimated in terms of its magnitude and
likelihood of occurrence.
The proposed technique also serves as a statistical basis to construct plausible
meteorological scenarios, which could generate particular floods of the studied river. The
copulas are used to develop several combinations of meteorological events that would likely
produce floods of significant magnitude. The risks associated with the flood events of interest are
estimated using the joint and conditional return periods of the hydrometeorological scenarios
elaborated. Those scenarios are used in a sensitivity analysis of the hydrological response of the
Richelieu River to various meteorological factors and ultimately as a first step to the
development of a flood risk management tool.
A possible application of the proposed approach is demonstrated with the use of the semi-distributed
and deterministic hydrological model, CEQUEAU. The model is calibrated and
validated appropriately using current high resolution physiographic data as weIl as daily
hydrometeorological data of the afore-mentioned recent period. It is then used to simulate
extreme flows of the Richelieu River according to 10 scenarios of various combinations of
meteorological conditions based on the observed time-series of 1997-1998 and 2010-2011.
Seasonal increments are applied to the observed time-series of those 2 hydrological years in
order to meet the meteorological targets of the scenarios elaborated using the multivariate copula
model. This exercise pointed out the importance of producing several simulated time-series with
varying temporal distributions of the daily events for each scenario in order to consider a range
of meteorological possibilities. Results show a reduction in flood severity Cie. from major to
medium flood) for scenarios of similar meteorological conditions as 2011 with the exception of
lower total November to March precipitation quantities, or lower spring liquid precipitation
intensities, equivalent to 2-year return periods. Furthermore, a reduction in the flood severity
from major to less than minor flood is observed when both of these precipitation conditions are
met in the same hydrological year. On the other hand, scenarios with higher number of
frost/thaw episodes than those observed in winter 2010-2011 do not appear to have significant
impacts on the simulated flow regime in spring. This could possibly be due to an incompatibility
between the method used to produce these scenarios and the mathematical equations used to
describe/represent snowmelt processes in the hydrological model. It would be practical to
explore in future studies the production of scenarios with the use of additional conditions, which
account for the caracteristics of the modelled snowmelt processes, and thereby evaluating the
effects of frost/thaw cycles in winter on spring flood peaks.
The results presented in this M. Sc. thesis bring about an original contribution to the field
of hydrology and more particularly to the development of flood risk management tools, while
offering a hydrometeorological characterisation of the Richelieu River and its watershed.


identifier: Grenier, Jean-François   (2014). Caractérisation pétrographique et pétrophysique du Groupe de Potsdam dans le forage A203, Basses-terres du Saint-Laurent.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de la terre, 162 p.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

subject:
géologie
forage
porosité
roche
pétrographie
tomodensitométrie
pétrophysique
Groupe de Potsdam
Covey Hill
Caimside

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de
ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce
résumé peut être lue en PDF. La Chaire de recherche sur la séquestration géologique du CO2 a comme objectif
l'évaluation des capacités de stockage de divers réservoirs géologiques potentiels au Québec. Les
grès du Groupe de Potsdam, retrouvés à la base de la séquence stratigraphique de la Plate-forme
du Saint-Laurent, sont déjà reconnus pour leurs aquifères salins profonds et s'inscrivent
naturellement comme réservoir cible. Ce projet s'intéresse donc à l'intervalle de 1738 à 1158 m
du puits A203, où l'ensemble du groupe est carotté (i.e. les formations de Covey Hill et de
Caimside). Une caractérisation pétrographique et pétrophysique a été effectuée sur cet intervalle
dans le cadre du projet.
La Formation de Covey Hill est composée de trois unités distinctes qui témoignent
d'environnements de dépôt différents, passant d'environnements terrestres et fluviaux pour
l'unité basale CV1 et pour la majorité de l'unité intermédiaire CV2 à des environnements
fluviaux marins par une transition estuarienne dans l'unité CV3. On y retrouve des conglomérats
arkosiques, des arénites subarkosiques et quartzitiques à granulométrie très variable, des
intervalles importants de shales qui s'intercalent dans les grès, ainsi que des intervalles
transitoires silteux. La Formation de Caimside, constituée d'une seule unité CA1, témoigne d'un
dépôt en des milieux marins littoraux constitués presque exclusivement de grès quartzitiques
massifs à laminés, bien classés, fins à grossiers.
La subdivision en membres du Groupe de Potsdam dans l'embaiement d'Ottawa,
proposée par Sanford et Arnott (2010), permet d'envisager une continuité de ceux-ci dans la
portion souterraine du bassin sédimentaire au Québec. Le Membre d'Hannawa Falls est défini
comme étant un assemblage lithostratigraphique de grès rouges à brun rougeâtre foncé avec une
présence importante de lisérés d'oxydes de fer autour des grains et correspond à la portion
sommitale de l'unité CV1 et à la base de l'unité CV2. Le Membre de Chippewa Bay est constitué
d'arénite grossière parfois intercalée de conglomérats graveleux, et se caractérise notamment par
la disparition des lisérés d'oxydes de fer, tout comme l'unité CV2.
La tomodensitométrie pour évaluer la porosité a donné des résultats très satisfaisants. Les
échantillons d'arénites quartziques provenant de la Formation de Caimside sont ceux qui
montrent la meilleure correspondance au profil de diagraphie de porosité-densité, avec des écarts
généralement inférieurs à 1 %. Dans cette même unité, ces deux méthodes ont cependant donné
des résultats inférieurs de 2% à ceux obtenus au porosimètre. Les grès d'arénite subarkosique à
quartzique de la Formation de Covey Hill offrent des correspondances comparables, malgré une
plus grande proportion de feldspaths dans les échantillons.
Les unités CV1 et CV3, qui ont des assemblages lithologiques plus complexes
d'alternance de shales et de grès, sont celles qui montrent les plus faibles porosités, généralement
inférieures ou égales à 2%. Les unités les plus poreuses sont l'unité intermédiaire de la
Formation de Covey Hill, CV2, (1 à 8%) ainsi que la Formation de Caimside (3 à 4%). Ces
valeurs sont suffisantes pour envisager l'injection de CO2 dans les formations géologiques
(Bédard et al., 2013b). Le forage A203 permet cependant de considérer le Groupe de Potsdam
comme un réservoir hétérogène, avec la présence de couches et de lentilles de shales aux
extensions latérales indéterminées qui pourraient compartimenter le réservoir potentiel de CO2
en plusieurs sous-réservoirs.


identifier: Ratté-Fortin, Claudie  (2014). Développement d'une méthode d'évaluation de l'impact de pratiques de gestion bénéfiques sur les flux de contaminants agricoles: cas du micro-bassin versant d'intervention du Bras d'Henri, Québec, Canada.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de l'eau, 224 p.

subject:
bande riveraine
micro-bassin
rivière
Bras d’Henri
N-total
P-total
nitrate
nitrite
ammonium
P-particulaire
P-dissous
sédiments en suspension

abstract:
Des études à l'échelle parcellaire démontrent que les pratiques de gestion bénéfiques (PGB), telles que les
plans agroenvironnementaux de fertilisation et les bandes enherbées, peuvent réduire les rejets diffus en
aval. Afin de valider si ces réductions pouvaient se manifester à une échelle plus large, Agriculture et
Agroalimentaire Canada (AAC) a mis sur pied un projet d'évaluation des PGB à l'échelle de petits bassins
hydrographiques. Le protocole de recherche s'articule sur la mise en place de bassins jumelés
(intervention versus témoin). Les travaux de ce mémoire viennent contribuer à cet objectif de recherche
en proposant une méthodologie pour faire ces évaluations sur la base de données in situ sur les bilans
agronomiques, les suivis hydrométriques et la qualité de l'eau. Plus spécifiquement, l'objectif principal
du mémoire est d'évaluer l'efficacité des bandes riveraines implantées sur le micro-bassin d'intervention
qui se situe sur le Bras d'Henri, rive sud du fleuve St-Laurent, au sud de la ville de Québec. L'azote total,
le phosphore total, les nitrates, les nitrites, l'ammonium, le phosphore particulaire, le phosphore dissous et
les sédiments en suspension sont les contaminants agricoles ciblés par cette étude. Les données
hydrométriques et de qualité de l'eau sont disponibles de 2005 à 2012 à l'exutoire et de 2009 à 2012 sur
les deux branches du micro-bassin d'intervention.
Le cadre méthodologique repose sur le calcul des incertitudes associées aux calculs des débits et des
charges de contaminants agricoles. Ce calcul est basé sur une distribution statistique des concentrations en
nutriments. Plus spécifiquement, la première de six étapes de travail repose sur la construction d'une base
de données géoréférencée de toutes les données disponibles sur les bassins jumelés. La seconde porte sur
le développement d'une méthode d'estimation et de validation des courbes de tarage annuelles. Une
caractérisation hydrométéorologique permet de confirmer ou d'infirmer la validité des courbes de tarage et
des charges annuelles. La troisième étape consiste à estimer l'incertitude associée aux débits estimés par
les courbes de tarage. La quatrième étape s'applique à sélectionner une méthode d'estimation des
concentrations et la cinquième étape d'estimer les charges annuelles pour chaque tronçon. Enfin, la
sixième étape permet d'évaluer l'efficacité des bandes riveraines sur des bases spatio-temporelles et
comparatives selon l'approche des bassins jumelés.
Les résultats obtenus illustrent que les concentrations et les charges d'azote total, de phosphore total, de
nitrate et de phosphore particulaire sont significativement plus faibles après l'implantation des bandes
riveraines. Une diminution significative de nitrite et d'azote ammoniacal est aussi notable au niveau des
charges après l'implantation des bandes riveraines. Au niveau spatial, l'approche par ratio, qui compare
les ratios des charges (kg) / bilans des nutriments (kg) en aval des bandes riveraines avec le ratio (charge
(kg) / bilan (kg)) à l'exutoire du même cours d'eau, montre une réduction significative du ratio en aval de
la bande riveraine pour l'azote total et le phosphore total. Des ratios calculés au niveau saisonnier
montrent que la bande riveraine est moins efficace au printemps et lors d'une saison caractérisée par un ou
plusieurs événements de pluie. Les résultats de l'analyse comparative des bassins jumelés sont présentés,
mais ils ne peuvent être considérés dans l'évaluation de l'efficacité des bandes riveraines, car ces deux
bassins présentent des différences pédologiques et agronomiques marquées.
Les résultats de ces travaux démontrent l'importance d'établir un protocole d'échantillonnage rigoureux et
bien ciblé dans le temps et l'espace. Il est recommandé d'établir une base de données permettant d'avoir
accès facilement à des séries de données. De plus, puisqu'une longue série de données est essentielle pour
élargir les conclusions, orienter les décisions et varier les recherches, les bases de cette étude permettront
de poursuivre ce travail d'évaluation au fur et à mesure que de nouvelles données seront disponibles.


identifier: Belgoudi, Jaafar  (2002). Étude de la régulation des jonctions intercellulaires de type gap dans les cellules de neuroplastome d’origine humaine IMR-32.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 225 p.

subject: jonctions intercellulaires gap neuroplastome

abstract:
Les jonctions intercellulaires de type gap (JICGs) sont des canaux membranaires qui font communiquer directement les cytoplasmes des cellules adjacentes. Les canaux sont formés par des protéines ubiquistes de la famille des connexines (Cx). Les JICGs permettent la diffusion de petites molécules, des messagers secondaires: cAMP, cGMP,

IP3, du Ca2

et des autres ions. Ces messagers modulent l'activité des protéines kinases et

donc de la signalisation cellulaire, elle-même impliquée dans le contrôle de la croissance, de la différenciation cellulaire et de la mort cellulaire programmée. Le but de ce travail est dans une première étape d'étudier  l'expression et la fonction des JICGs   dans les cellules de la lignée de neuroblastome IMR-32. Nous avons trouvé que les cellules IMR-
32 originaires des neuroblastes expriment seulement la Cx43. L'évaluation de la fonction des JICGs a montré que les cellules IMR-32 ont des JICGs non fonctionnelles dû à une
localisation anormale de  la Cx43  dans le cytoplasme. Un modèle de différenciation cellulaire des IMR-32 a été établi afin de pouvoir étudier les JICGs. La progression de la
différenciation des cellules IMR-32 a été optimisée. Ainsi, nous avons trouvé que le 8- Br-cAMP et l'acide tout trans rétinoïque permet l'induction de la différenciation. Cette
différenciation a été caractérisée sur le plan cellulaire et moléculaire. Nous avons démontré que les cellules IMR-32 en cours de la différenciation expriment davantage de marqueurs  de  différenciation  tel  que  les  neurofilaments,  l'énolase  spécifique  des neurones, la tyrosine hydroxylase et l'acétylcholinestérase en comparaison avec les cellules mitotiques. De plus, nous avons observé que le niveau d'expression du TrkA et du H-ras les marqueurs de bon pronostic chez les neuroblastomes est plus élevé dans les cellules d'IMR-32  différenciées  alors que l'expression  de  l'oncogène N-myc normalement amplifié dans cette tumeur et qui caractérise les tumeurs de neuroblastomes les plus agressives baisse. L'étude des JICGs dans ce modèle cellulaire de différenciation de neuroblastome a montrée que l'induction de la différenciation est associée au rétablissement des communications intercellulaires et à une re-localisation de la Cx43 sur la membrane plasmique accompagné d'une augmentation de son expression. Par la suite, nous avons tenté d'identifier les voies de signalisation impliquées dans la régulation des JICGs par les protéines kinases incluant la PKA, la PKC et la MAP Kinase. En adoptant des inhibiteurs spécifiques pour chaque kinase et en mesurant la fonction des JICGs, nous avons trouvé que l'inhibition de la PKC par le Go6976 entraîne une augmentation de la perméabilité jonctionnelle sans affecter l'expression de la Cx43 dans les cellules de neuroblastome IMR-32. De même, pour l'inhibition spécifique de la p38 MAP Kinase par le 88202190  qui induit un effet semblable  que l'inhibition  de la PKC. Par contre, l'inhibition de ERKl/2 MAP Kinase par le PD98059 ne semble avoir aucun effet sur les JICGs. Nous avons aussi montré que dans ces cellules, l'activation  de la PKA induit l'arrêt  de  la  prolifération  et  la  différenciation cellulaire  et  moléculaire alors  que l'inhibition de la PKC induit l'arrêt de la prolifération et l'apoptose. L'inhibition de la p38 MAP Kinase induit aussi l'apoptose  alors que celle de la ERKl/2  MAP Kinase permet l'arrêt de la prolifération seulement. D'un autre côté,  nous avons étudié l'effet de la  C2-céramide, une  molécule  naturelle impliquée in vivo dans  la signalisation des cellules  neuronales à  faible  concentration et  dans  l'apoptose  sous  l'effet  de  stress cellulaire. Des expériences in vitro avec la C2-céramide ont permis d'observer l'arrêt de la prolifération des cellules IMR-32 à 25 J.!M  et l'apoptose à 100 J.!M.  Le mécanisme d'action  de  la C2-céramide dans la régulation de  la croissance cellulaire passe par l'inhibition des isoformes classiques de la PKC et particulièrement la PKC Alpha tel que démontré par l'introduction d'anticorps spécifique aux isoformes de PKCs. Enfin, l'arrêt de la prolifération par la C2-céramide passe par un mécanisme indépendant des JICGs puisque la C2-céramide n'a d'effet ni sur le couplage cellulaire ni sur l'expression et la phosphorylation de la Cx43.


identifier: Guinard, Karine  (2014). Évolution des caractéristiques des structures spatiales de précipitations sur l'Amérique du nord dans un contexte de changements climatiques.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de l'eau, 134 p.

subject:
structure spatiale
modèle régional du climat
méthode par objets
champ de précipitations
variabilité naturelle
climatologie
radar

abstract:
L'augmentation de la température à l'échelle de la planète entraîne des changements dans le
régime global des précipitations. Une hausse de la fréquence et de l'intensité des précipitations extrêmes
pouvant avoir de nombreuses conséquences (p. ex. inondations, érosion des sols, refoulement
des eaux en milieu urbain), il est essentiel de bien comprendre la nature et l'ampleur de ces changements.
La plupart des études publiées à ce jour sur le sujet ont analysé des séries temporelles de
précipitations. Dans la présente étude, les changements sont plutôt analysés à partir des structures
spatiales de champs de précipitations horaires. Chaque structure de précipitations, définie comme
une zone contiguë de précipitations supérieures à un seuil donné, est analysée à travers diverses
caractéristiques géométriques (superficie, longueur des axes principal et secondaire, excentricité,
orientation) et d'intensité (volume de précipitations, intensités maximale et moyenne, distribution
des précipitations au sein d'une structure). L'analyse par objets, largement utilisée dans le domaine
de la prévision météorologique, se révèle appropriée pour identifier et caractériser les structures de
précipitations.
Les présents travaux visent principalement à caractériser l'évolution des structures de précipitations
en climat futur en utilisant des simulations du Modèle régional canadien du climat (MRCC)
sur l’Amérique du Nord. Le premier volet de l'étude consiste à évaluer la performance du MRCC à
représenter les structures de précipitations observées en climat historique en comparant une simulation
du MRCC piloté par la réanalyse ERA40 avec des observations (NCEP Stage IV) et avec des
simulations du MRCC piloté par le Modèle climatique global canadien (MCGC). Le second volet
utilise des simulations historiques (1961-1990) et futures (2071-2100) du MRCC piloté par le MCGC
pour établir les changements projetés en climat futur concernant les caractéristiques des structures
de précipitations.
Les résultats montrent que le MRCC présente certains biais systématiques sur l'ensemble du
territoire à l'étude. Ainsi, le MRCC génère des structures de précipitations trop homogènes, avec
des volumes et des intensités trop faibles. De plus, le pilote aux frontières du domaine (ERA40 ou
:MCGC) influence légèrement la représentation des structures par le MRCC pour le centre et l'est
du continent. Finalement, les changements projetés à l'horizon 2071-2100 suggèrent un climat plus
humide au nord l'hiver, plus sec au sud le printemps, plus convectif au centre Pété et plus humide
au sud-est l'automne.

Increases in temperature at the planet scale lead to changes in the global precipitation regime. A
rise in the frequency and intensity of extreme precipitation events can have numerous consequences
(e.g.floods, land erosion, urban water backflow), so it is essential to understand the nature and
extent of these changes. Most studies published to date on the subject analyzed precipitation time
series. In the present study, changes are analyzed using spatial structures of hourly precipitation
fields. Each precipitation structure, defined as a contiguous area of precipitation over a given threshold,
is analyzed through various geometric characteristics (area, major and minor axis lengths,
eccentricity, orientation) and intensity characteristics (precipitation volume, maximum and mean
intensities, precipitation distribution within a structure). Object-based analysis, widely used in the
field of weather forecasting, proves to be appropriate to identify and characterize precipitation
structures.
The present work mainly aims to characterize the evolution of precipitation structures in future
climate using simulations from the Canadian Regional Climate Model (CRCM) over North America.
The first part of the study assesses the CRCM performance to represent observed precipitation
structures from historical climate by comparing a CRCM simulation driven with ERA40 reanalysis
with observations (NCEP Stage IV) and with CRCM simulations driven by the Canadian Global
Climate Model (CGCM). The second part uses historical simulations (1961-1990) and future simulations
(2071-2100) from the CGCM-driven CRCM to establish projected changes in future climate
regarding characteristics of precipitation structures.
Results show that the CRCM displays some systematic biases throughout the territory under
study. Thus, the CRCM generates precipitation structures that are too homogeneous and underestimates
precipitation volumes and intensities. In addition, driving data for the domain (ERA40 or
CGCM) slightly influence the representation of structures by the CRCM for center and eastern parts
of the continent. Finally, projected changes at the 2071-2100 horizon suggest a climate characterized
by a wetter north in winter, a drier southwest in spring, a more convective center in summer and a
wetter southeast in autumn.


identifier: Bhérer, Patrick  (2002). Synthèse et caractérisation de métabolites 6B-hydroxylés de l’androstènedione.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 89 p.

subject: androstenedione synthese metabolite 6-hydroxyle analyse steroide

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.L'androstènedione est un stéroïde précurseur de la testostérone disponible en vente libre aux États-Unis ainsi que sur le réseau Internet.   La prise de celui-ci entraîne des modifications importantes du profil des stéroïdes endogènes urinaires.   Des études ont démontré chez certains individus une augmentation significative de l'excrétion de la testostérone et de tous les métabolites finaux (Lévesque et Ayotte, 1999-a et -b; Uralets et Gillette, 1998).   L'analyse par chromatographie en phase gazeuse, couplée à un spectromètre de masse (CG/SM), a permis d'identifier et de proposer des structures pour des métabolites glucuroconjugués et sulfoconjugués caractéristiques de la prise d'androstènedione tels la 6a.-hydroxyandrostènedione et les 613-hydroxyandrostérone, 613- hydroxyétiocholanolone et  613-hydroxyépiandrostérone  (Lévesque  et  Ayotte,  1999-a). Afin de procéder à la caractérisation de ces métabolites ciblés, il était nécessaire de synthétiser ces trois molécules 613-hydroxylées. Ces dernières, contrairement à la 6a. hydroxyandrostènedione, ne sont pas disponibles commercialement.

Les synthèses des composés de référence (métabolites ciblés) ont été effectuées au Centre de  recherche  en  endocrinologie  moléculaire  et  oncologique  (CREMO)  du  CHUQ, Pavillon CHUL à Québec.  L'étape clé de la synthèse est l'hydroxylation en position 613 et celle-ci a été effectuée par une réaction photochimique dans 1'éthanol  (Schanzer et Donike, 1993; Gardi et Lusignani, 1967). Les produits synthétisés étant aussi hydroxylés en position 3, nous avons utilisé une réduction régio- et stéréosélective avec K Selectride® et procédé à l'inversion de la stéréochimie des groupements 3-hydroxyle avec une méthode adaptée de la réaction de Mitsunobu (Wiebe, Deline et Buckingham, 1985; Dionne, Tchédam Ngatcha et Poirier 1997).  De plus, deux méthodes de protection du groupement hydroxyle en 613 sont présentées, utilisant les groupements tert butyldiméthylsilyle (TBDMS) et tétrahydropyranyle (THP) (Tremblay et Poirier, 1996; Tremblay et Poirier, 2000).  Nous avons ainsi obtenu quatre isomères 613-hydroxylés qui
ont été caractérisés par RMN 1H et 13C et par spectrométrie de masse.  La caractérisation
en  RMN  13C  a  permis  l'assignation   des  atomes  de  carbone  en  utilisant  les  données obtenues des expériences RMN 1 D et 2D.

L'analyse   par  CG/SM  d'extraits  urinaires  recueillis  suite  à  l'administration d'androstènedione et rehaussés à l'aide  des composés synthétisés  a permis de confirmer les structures des métabolites proposées par comparaison des spectres de masse.  De plus, la quantification  de ces quatre métabolites dans les urines recueillies  post-administration a permis de constater que les métabolites 6-hydroxylés sont caractéristiques de l'administration   d'androstènedione,   les   périodes   et   les   niveaux   d'excrétion   étant cependant variables d'un  individu à l'autre.

La confirmation des structures proposées pour ces métabolites caractéristiques permet d'utiliser 	leur     présence     dans     l'urine      comme     preuve     de     l'administration
d'androstènedione.


identifier: Binet, Myriam  (2002). Effets cellulaires du B-hexachlorocyclohexane chez les cellules épithéliales mammaires humaines  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 86 p.

subject: b-hexachlorocyclohexane cellule

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.Le taux d'incidence du cancer du sein est en augmentation d'environ  1,5 % par année depuis 1981 chez les Canadiennes de 30 ans et plus. Nonobstant les facteurs génétiques,  nutritionnels  et  hormonaux,  de  récentes  études  épidémiologiques  ont démontré que les xénobiotiques environnementaux, notamment les organochlorés, contribuent au développement de la cancérogénèse mammaire. Néanmoins, les résultats de ces études sont contradictoires sur la relation entre la dose interne de ces polluants et le risque de cancer du sein. Ainsi, des données scientifiques sur l'action biologique de ces contaminants au niveau des cellules mammaires devront être recueillies afin de préciser leur rôle potentiel.

La  présente  étude   s'inscrit   dans  une  démarche  de  détermination  de  ces mécanismes cellulaires dans le but de mieux évaluer les conséquences de ces toxiques sur la santé humaine. L'objectif  principal des présents travaux est de déterminer l'effet de concentrations non cytotoxiques de P-hexachlorocyclohexane (B-HCH) sur deux récepteurs membranaires (EGFR et ErbB-2) ainsi que leur voie de signalisation (MEK) dans un système cellulaire en culture, soit une lignée non tumorale de cellules épithéliales mammaires humaines (MCF-10A).

Les résultats de la présente étude démontrent que le pesticide B-HCH (10 uM)

augmente de façon significative (p <0,01) la prolifération des cellules mammaires MCF-10A, tel que mesuré par quantification de l'incorporation de la 5'bromodéoxyuridine (BrdU). L'effet mitogène du P-HCH est d'intensité comparable à celui induit par E2 (augmentation de 32%  et 34%  respectivement par rapport au véhicule). De plus, cet effet mitogène  ne  semble  pas  être  médié  par  la  modulation  du  niveau  de  récepteur  à l'œstrogène.

Le  B-HCH,  après  10  minutes  de  traitement,  augmente  la  phosphorylation  des tyrosines du récepteur EGFR (p < 0,02) et du récepteur ErbB-2 (p < 0,02) sans augmenter la quantité  totale de ces protéines  membranaires  de façon significative  (p=O,18 et p=0,08 respectivement).  L'effet  du P-HCH sur la phosphorylation  du récepteur ErbB-2 est aboli en présence  d'AG-825, un inhibiteur  spécifique  de cette protéine,  nous  suggérant  que l'effet  du  P-HCH serait  médié par l'activation des récepteurs  ErbB-2  à la surface  des cellules mammaires,  élément important  de signalisation  intracellulaire  et se poursuivant par l'activation de facteurs de transcription nucléaires.

Le présent travail constitue la première étude démontrant que le récepteur ErbB-2 serait potentiellement  activé par le B-HCH  chez  les MCF-1OA et cette observation  est compatible  avec  un  effet  pro-cancérogène  de  cet  organochloré  environnemental.   Ces travaux  donnent   une  indication  quant  à  la  plausibilité   biologique  du  P-HCH  dans
l'étiologie du cancer du sein.


identifier: Blouin, Karine  (2002). Stratégies d’immunisations pour la production d’anticorps monoclonaux contre des récepteurs de cellules NK murines.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 129 p.

subject: anticorps monoclonal ly49e ly49h ly49f recepteur nk cellule rat

abstract:
Les cellules NK expriment de nombreux récepteurs en surface cellulaire. La famille de récepteurs NK murins concernée par le projet est appelée Ly49. Cette famille de récepteurs est apparentée aux lectines de type-C. Nous , nous sommes intéressées plus précisément aux récepteurs Ly49E, F, H. Le répertoire des cellules NK est très complexe. Une seule cellule NK peut co-exprimer plusieurs récepteurs à sa surface, ce qui rend difficile l'étude du rôle d'un  récepteur particulier. Les récepteurs Ly49 présentent une forte homologie de séquences en acides aminés dans leur portion extracellulaire. Sur cette base, des groupes d'homologie ont été définis au sein de la famille Ly49.   Un de ces groupes comprend les récepteurs d'intérêts Ly49E, F et H qui sont très semblables entre eux. De plus, les populations qui expriment ces trois récepteurs sont de faible taille. Ce sont là autant d'obstacles  limitant la production d'anticorps  monoclonaux qui reconnaissent sélectivement chacun de ces récepteurs.

L'objectif du projet de maîtrise était de produire des anticorps monoclonaux réagissant uniquement avec les récepteurs Ly49E, F et H. Afin de valider la méthodologie employée, nous avons cru bon ajouter à l'étude  un récepteur fortement exprimé à la surface des cellules NK, c'est-à-dire l'hétérodimère CD94/NKG2A. La stratégie que nous avons  développée était  d'utiliser  comme outils des  phages  recombinants permettant d'aller chercher des hybridomes producteurs d'anticorps d'une spécificité prédéterminée. Des séquences cibles ont été identifiées dans le domaine extracellulaire des récepteurs visés puis des oligonucléotides ont été synthétisés et insérés dans le phage fUSES. De bons rendements ont été obtenus. Une fois la banque de phages établie, le système de criblage ELISA a été mis au point. Les paramètres optimaux ont été déterminés. Les phages ont ensuite été utilisés pour le criblage des sumageants d'hybridomes.  Pour la production d'anticorps, plusieurs protocoles d'immunisations ont été employés. D'abord, des cellules LAK ont été injectées à plusieurs reprises à des rats de différentes souches. Suite aux  fusions, autant  le  pourcentage de  puits contenant  des  hybridomes que  le pourcentage d'hybridomes sécrétant des anticorps a été faible. Aucun hybridome produisant des anticorps réagissant spécifiquement avec un seul phage n'a  été repéré. Dans un second temps, des phages recombinants ont servi d'immunogène. Des anticorps dirigés contre le phage ont pu être détectés, mais aucune réactivité avec l'épitope inséré n'a été décelée. Finalement, des thymocytes fœtaux ont été utilisés comme immunogène. Les rendements obtenus suite aux deux fusions ont également été faibles et aucun anticorps de la spécificité désirée n'a pu être dépisté.

En conclusion, malgré la diversité des protocoles d'immunisations utilisés, il n'a pas  été  possible  de  produire  de  réactif  spécifique  à  aucun  des  récepteurs  visés. L'instabilité des hétérohybridomes ainsi que la fragilité du partenaire de fusion pourraient expliquer le petit nombre d'hybridomes obtenus. En immunisant avec des phages recombinants, il a cependant été possible de détecter une réactivité avec le phage, mais non avec l'épitope cible.


identifier: Boivin, Stéphane  (2002). Développement et caractérisation pharmacologique de sondes peptidiques photosensibles pour l’étude du récepteur de type B de l’endothéline.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 76 p.

subject: recepteur ligan endotheline peptide endothelium vasoconstricteur

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.Le  photomarquage   est  reconnu  comme  un  moyen  efficace   pour  1 'étude   des complexes  ligand-récepteur. Cependant, le développement de sondes photosensibles nécessaires  au photomarquage  impose d'apporter quelques  modifications  chimiques  aux ligands qui, souvent, entraînent une perte d'activité  biologique. Pour contrer ce problème, il est préférable de développer des petites librairies de ligands photosensibles et de tenter de minimiser l'impact  de ces modifications afin de préserver l'activité  et la sélectivité  de ces ligands.

Nous proposons  donc, d'appliquer la technique de marquage  par photoaffinité  à l'étude des domaines  de liaison des récepteurs de l'endothéline. Ce projet  vise à développer  et caractériser  pharmacologiquement   les  tous  premiers  ligands  photosensibles  destinés  à l'identification  des acides aminés impliqués dans la reconnaissance  et la stabilisation  de l'endothéline au niveau de son récepteur de type B. L'IRL-1620, un analogue linéaire de ET-1  ([Suc-Glu9,Ala 11,15)-ET-1  (8-21)]  est  un  puissant  peptide  agoniste  spécifique  du récepteur  de  type  B  de  l'endothéline. En  se  basant  sur  sa  structure,  cinq  analogues
photosensibles  ont  été développés  par synthèse  peptidique  en  phase  solide  utilisant  la chimie   Boe.   Le   groupement   p-benzoyl-phénylalanine    (pBpa)   a  été  choisi   comme groupement  photoactivable  et il a été incorporé aux positions 4, 5, 7, 9 et 10 de I'IRL-
1620.  Des   tests   pharmacologiques   in  vitro  en   bain  d'organe  sur   le  parenchyme

pulmonaire  du cobaye  et l'aorte  thoracique de rat ont permis d'évaluer l'impact  (EC50) des modifications  structurales  apportées par le groupement photosensible  sur l'activité et la sélectivité  de chacun des peptides photosensibles  sous leurs formes  natives ainsi que mono- et di-iodées. Par la suite, des tests de liaison ont été réalisés en utilisant les sondes les plus actives,  sur  des cellules  CHO-K1  transfectées  avec  le récepteur  hET8  afin de
caractériser leur force de liaison (IC50) avec le récepteur.

L'un  des cinq ligands photosensibles synthétisés,  le [Tyr(125I]6,Bpa5]IRL-1620, possède les caractéristiques pharmacologiques  et biochimiques  requissent pour le photomarquage du récepteur ETB. En effet, il possède un effet constricteur sur le parenchyme pulmonaire
[EC50 =  1 ,27 ± 0,26x 10-7M]  et  une forte  affinité  [IC50   =  1 ,82  ± 0,53x10-9M]  tout en

conservant  sa sélectivité  pour le récepteur ETB.  Cet outil  pharmacologique  a été utilisé pour  photomarquer  le récepteur  ETB et résulte en  la formation  d'un  complexe  ligand récepteur de masse moléculaire de 49 kDa. Des études complémentaires  seront réalisés prochainement  à l'aide  de cette sonde afin de caractériser d'avantage le site de liaison de
1 'endothéline.


identifier: Martel, Barbara  (2009). Comparaison de méthodes d’analyse fréquentielle régionale appliquées aux crues automnales du Québec.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de l'eau, 64 p.

subject:
crue
automne
analyse canonique des corrélations
analyse krigeage canonique universel

abstract:
Un grand nombre de modèle pour l’analyse fréquentielle régionale des crues a été
proposé au cours des dernières années. Cependant, ces modèles sont généralement utilisés
avec des crues printanières, qui sont causées en grande partie par la fonte des neiges. Cette
étude présente l’adaptation, l’application et la comparaison de deux méthodes d’analyses
fréquentielle régionale pour les crues automnales de 29 stations de la région de la Côte-Nord
(Québec, Canada). Il s’agit de l’analyse canonique des corrélations (CCA) et du krigeage
canonique universel (UCK). Trois périodes différentes où la crue automnale peut se produire
ont été testées. Les quantiles absolus et spécifiques de pointe et de volume de crue ont aussi
été étudiés. Pour comparer les performances de chaque modèle, une procédure de ré-
échantillonnage est appliquée. La comparaison s’étend aussi à la période et au type de
quantile utilisés. La période du 1er septembre au 15 décembre s’est avérée optimale et
l’utilisation des quantiles spécifiques supérieure à celle des quantiles absolus. Les variables
qui expliquent le mieux les crues automnales sont la superficie du bassin versant, le
pourcentage de superficie des lacs et la moyenne des températures maximales moyennes des
mois de juillet, août et septembre. Le modèle CCA performe légèrement mieux que le modèle
UCK.


identifier: Paradis, Daniel  (2014). Contributions au développement de la caractérisation de l'hétérogénéité hydraulique des aquifères.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en sciences de la terre, 372 p.

subject:
aquifère
eaux souterraines
débitmètre
conductivité hydraulique anisotropie
hétérogénéité
tomographie hydraulique
hydrogéophysique

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de
ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce
résumé peut être lue en PDF. Cette thèse comprend cinq articles originaux et un article synthèse traitant de la caractérisation
hydraulique de l'hétérogénéité des aquifères granulaires. Cette thèse reconnait l'importance des données
de caractérisation pour le développement d'une bonne compréhension des processus d'écoulement et de
transport dans les aquifères. De nouveaux tests hydrauliques in situ pour caractériser en détails les
propriétés hydrauliques des aquifères et leur corrélation non paramétrique avec des propriétés
géophysiques indirectes sont utilisés pour définir l'hétérogénéité hydraulique à petite échelle. Le but de
cette thèse est d'explorer le contenu en information de ces nouvelles méthodes et d'évaluer leur potentiel
pour des applications sur le terrain dans des conditions aquifères hétérogènes et anisotropes. Les tests
hydrauliques in situ réalisés pour la région' d'étude sont des adaptations du débitmètre de puits et des
essais de perméabilité à choc hydraulique couramment utilisés. Les tests avec débitmètre ont été adaptés
pour les aquifères granulaires par l'aménagement de puits par enfoncement dotés de longues crépines en
contact direct avec les sédiments, ce qui permet l'acquisition de profils verticaux de la conductivité
hydraulique horizontale (Kh),  Ce type de puits, sans sable filtrant, réduit les erreurs de mesures dues à la
dissipation hydraulique et aux court-circuits hydrauliques associés à la présence du sable filtrant utilisé
pour les puits conventionnels, ce qui .est tout indiqué pour la réalisation de tests hydrauliques sur de petits
intervalles verticaux dans les aquifères granulaires. Des tests d'interférence verticale à choc hydraulique
utilisant un seul puits et la tomographie à choc hydraulique entre puits sont aussi proposés pour définir
l'hétérogénéité de Kh, l'anisotropie de K (K,/Kh) et l'emmagasinement spécifique (Ss) par l'analyse
simultanée des perturbations hydrauliques transitoires générés par plusieurs tests à choc hydraulique
effectués sur de petits intervalles. De plus, une approche non paramétrique par machine d'apprentissage
de type RVM (Relevance Vector Machine) est proposée pour prédire Kh à partir de sondages au piézocône
(CPT) couplés avec une sonde de teneur en eau et de résistivité électrique (SMR). La machine
d'apprentissage est construite à partir de données d'entrainement colocalisées de Kh et de CPT/SMT
mises à une échelle verticale commune de 15 cm. Pour acquérir un ensemble de données d'entrainement
représentatif de l'aquifère littorale étudié, une approche d'acquisition des données est développée et
appliquée avec des méthodes de caractérisation générales précédant les méthodes plus spécifiques. Ceci
minimise le nombre de sites d'investigation tout en maximisant la signification des données directes et
indirectes acquises. Diverses expérimentations in situ montrent que les estimations des propriétés
hydrauliques obtenues avec les nouvelles méthodes sont cohérentes par rapport aux tests in situ et de
laboratoire conventionnels. En particulier, le débitmètre et l'approche hydro-géophysique sont très
efficaces pour estimer Kh, tandis que les tests d'interférence verticale et la tomographie à choc
hydraulique donnent aussi des estimations fiables de Kh, mais en plus permettent d'évaluer K,JKh et Ssqui
sont des paramètres difficiles à estimer autrement. Par ailleurs, la conversion de plus de 500 m de
données CPT/SMR en estimations de propriétés hydrauliques et leur interpolation sur la région d'étude
couvrant 12 km2 révèlent les caractéristiques fondamentales de l'environnement de sédimentation littoral
avec l'inter-digitation et les variations spatiales graduelles des propriétés hydrauliques. La contribution
majeure de cette thèse est le renforcement des capacités de l'hydrogéologue à représenter de façon
détaillée l'hétérogénéité des propriétés hydrauliques à des échelles pertinentes pour l'étude de
l'écoulement et du transport dans les aquifères.

The symbols and special characters used in the original abstract could not be transcribed due
to technical problems. Please use the PDF version to read the abstract. This thesis comprises five original papers and one synthesis paper dealing with hydraulic characterization
of unconsolidated aquifer heterogeneity. This thesis recognizes the importance of characterization data to
develop a sound understanding of processes associated with flow and transport in granular aquifers.
Newly developed in-situ hydraulic tests designed to characterize aquifer hydraulic properties in details
and their non-parametric correlation with indirect geophysical properties are then used to define aquifer
hydraulic heterogeneities at fine scale. The aim of the thesis is to explore the information content of the
new methods, and to assess their potential for field application under real heterogeneous and anisotropic
aquifer conditions. The in-situ hydraulic tests carried out in this study are adaptations of flowmeter tests
and commonly used slug tests. Flowmeter testing provides vertical profiles of horizontal hydraulic
conductivity (Kh) following their adaptation for granular aquifers using direct-push wells with long
screened sections in direct contact with sediments. Those wells reduce measurement bias associated with
skin effects and hydraulic short-circuits of conventional wells using sand packs, and are thus tailored for
hydraulic testing over small vertical intervals in unconsolidated aquifers. Vertical interference slug tests
in a single direct-push well and tomographic slug tests between direct-push wells are also proposed to
resolve heterogeneity in Kh, K anisotropy (or K/Kh) and specific storage (Ss) by the simultaneous analysis
of the transient hydraulic perturbations generated by multiple slug tests performed over small intervals.
Moreover, a non-parametric leaming machine approach is proposed to predict Kh from cone penetrometer
tests (CPT) coupled with a soil moisture and resistivity probe (SMR) using relevance vector machines
(RVMs). The learming machine is built from a colocated training data set of Kh and CPT/SMR up-scaled
measurements at a common vertical resolution of 15 cm. To acquire a representative training data set of
the littoral aquifer found in the study area, a top down data acquisition process is developed and applied
using general measurements prior to specific ones to minimize the number of investigated sites while
maximizing the quality, extent and significance of the collected direct and indirect data. Field proof-of-concept studies show that estimations of hydraulic properties from the new methods are consistent with
conventional field and laboratory tests. In particular, flowmeter tests and a hydro-geophysical approach
can provide Kh estimates in a timely fashion, whereas vertical interference tests and tomographic slug
tests can also provide Kh data, but also K anisotropy and Ss estimates that are difficult to obtain otherwise.
Moreover, the conversion of more than 500 m of CPT/SMR data into hydraulic properties values and
their interpolation over the 12 km2 study area are consistent with the littoral depositional environment
showing inter-digitation and spatial trends in hydraulic properties. The major contribution of this thesis is
to enhance the capability of hydrogeologists to image heterogeneity in hydraulic properties in details at a
scale relevant for flow and transport studies in aquifers.


identifier: Bouhdoud, Latifa  (2002). Anergie, via le TCR, des CTL CD4+ lors de l’infection au VIH-1 : caractérisation des mécanismes moléculaires associés à l’anergie.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 304 p.

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.L'infection au VIH-1 déclenche une forte réponse CTL spécifique. Cette réponse CTL, efficace durant le stade précoce de l'infection, diminue avec la progression de celle-ci et est incapable d'éliminer  les virus, en particulier ceux (variants viraux) qui émergent durant les stades avancés de 1'infection.

L'extrême diversité  génétique  du VIH-1 est le facteur  majeur qui contribue à l'échappement du virus à la pression exercée par la réponse CTL, et ce par différentes stratégies. En effet, la variabilité des épitopes CTL immunodominants peut entraîner la perte et/ou  l'altération de  leur  reconnaissance par  les  CTL  spécifiques et  par  conséquent,
1'antagonisme de 1'activation des CTL par 1'épitope original. Cet antagonisme pourrait être à
1 'origine de  la persistance  d'un  large  spectre  de  variants  de  VIH-1  chez  les  individus infectés.

La  variabilité  génétique  du  VIH-1  et  le fait  que  certains  APL  agonistes partiels (ligands peptidiques altérés) sont capables d'induire  l'anergie  des lymphocytes T CD4+ via le TCR, étaient à l'origine  de notre projet de recherche qui consistait  en la caractérisation des mécanismes moléculaires responsables de l'anergie  des cellules T CD4+ dans le cas de
1'infection  au VIH-1.  Plus  précisément,  nous nous sommes  intéressés,  dans  un premier
temps,  à déterminer  l'effet  des peptides  dérivés  de différentes  souches  de VIH-1  sur  la capacité  de  prolifération et  sur  1 'activité cytotoxique des  CTL  CD4+  (clone  Een217) spécifiques  à un épitope de la glycoprotéine de l'enveloppe,  la gp120 de la souche sauvage PV22. Ainsi, nous avons montré que le peptide variant dérivé de la souche virale HXB2 est capable   d'induire  l'anergie des  CTL  Een217  en  inhibant   95  %  de  leur  capacité   de prolifération  en réponse à leur peptide agoniste PV22. Le peptide variant anergique HXB2 inhibe  également  l'activité  cytotoxique  des  CTL  Een217  dirigée  normalement contre  le peptide agoniste PV22. Ces inhibitions sont dûes à la capacité du peptide variant anergique HXB2 à induire des événements précoces modifiés de transduction du signal du TCR, soit la
phosphorylation partielle des chaînes Ç du TCR et leur association avec la PTK Zap-70 non
phosphorylée et inactive. Ces événements modifiés sont caractéristiques des APL inducteurs d'anergie. Ces résultats révèlent, pour la première fois, l'existence d'un peptide dérivé d'un variant naturel du VIH-1 capable d'induire l'anergie clonale des CTL CD4+ spécifiques  au VIH-1. Cette démonstration  suggère l'induction de l'anergie des CTL via le TCR, par les variants  du  VIH-1,  comme  un des  mécanismes  utilisés  par le virus  pour échapper  à la réponse  CTL in vivo. L'état  d'anergie des CTL Een217  induite  par 1'APL  dérivé  de  la souche  virale HXB2 est réversible  par l'IL-2  humaine  recombinante  exogène,  supportant ainsi 1'hypothèse  selon laquelle 1'inhibition de la sécrétion de 1'IL-2 est à la base de 1'état d'anergie  des CTL CD4+.

Dans un deuxième  temps,  nous nous sommes  intéressés  à la caractérisation des mécanismes  moléculaires responsables de  l'anergie des  cellules  T en  comparant  deux modèles d'anergie induits dans les CTL Een217 anti-VIH-1. Ainsi, nous avons montré que les CTL Een217 rendues anergiques, soit par 1'APL dérivé de la souche virale HXB2 via le TCR,   soit   par   l'absence  de   co-stimulation  à   l'aide  de   l'AcM  anti-CD3,  sont

phénotypiquement  identiques sur le plan fonctionnel.  En effet dans les deux modèles,  les cellules  anergiques  ne secrètent  pas l'IL-2,  et  ne présentent  aucune  activité  cytotoxique dirigée contre le peptide agoniste PV22. L'examen  des événements précoces et tardifs de transduction du signal  nous a permis de montrer l'existence de différents mécanismes moléculaires  responsables  du maintien de l'anergie des cellules T. En effet, la stimulation avec  le peptide  agoniste  PV22 des CTL Een217  rendues  anergiques par absence  de co stimulation, permet la restauration  de certains événements de signalisation tels que la phosphorylation  normale des chaînes Ç du TCR et ê du CD3, la phosphorylation  de la PTK
Zap-70 ainsi que l'activation  des MAP kinases Erk 1/2. Par contre, l'activité kinase de la MAP kinase JNK demeure réprimée. Cette répression explique  l'incapacité de ces cellules anergiques  à secréter l'IL-2  et à proliférer suite à la stimulation  productive.  La stimulation avec le peptide agoniste  PV22 des CTL Een217 rendues anergiques  par l'APL dérivé de la souche  virale  HXB2  ne permet  ni 1'activation  de la PTK Zap-70  qui  reste  associée  aux chaînes Ç du TCR partiellement phosphorylées,  ni l'activation des MAP kinases Erk 1/2 et JNK. Ceci prouve  que l'APL  dérivé de la souche  virale HXB2  induit  l'anergie des CTL Een217 via le TCR, en inhibant l'activation de la PTK Zap-70 entraînant ainsi l'inhibition des cascades  de signalisations tardives essentielles pour 1'activation des facteurs  de transcription du gène de 1'IL-2. La PTK Zap-70 serait maintenue sous forme inactive par une phosphatase telle que CD45 ou SHP-1 .

En conclusion,  l'ensemble de nos résultats en plus d'apporter les réponses ci-dessus, soulève ainsi de nouvelles questions,  mais en particulier celles qui visent à caractériser  les facteurs  responsables  de l'inhibition  de la transcription  du gène de l'IL-2 dans les cellules anergiques, et c'est  dans  la perspective  d'en  tenir  compte  dans  le développement d'un éventuel traitement de l'infection au VIH-1.


identifier: Bourassa, Nathalie  (2002). Étude de la contamination associée à la production in vivo du ChfuGV chez Choristoneura fumiferana  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 109 p.

subject: insecticide tordeuse granulovirus

abstract:
Le granulovirus de Choristoneura fumiferana (ChfuGV) est un entomopathogène dont l'utilisation est envisagée comme bio-insecticide dans la lutte contre les populations de cet insecte, mieux connu sous le nom de tordeuse des bourgeons de l'épinette. Cependant, il n'existe aucune lignée cellulaire permettant sa réplication. En conséquence, la production virale doit  se faire in  vivo, c'est-à-dire  en infectant des larves, ce qui entraîne une possibilité de contamination par des micro-organismes opportunistes. Avant l'homologation de ce bio-insecticide, les contaminants microbiens présents dans le produit doivent être connus afin d'évaluer le risque de l'utilisation de ce produit sur la santé humaine.

Le but du projet était de dénombrer et d'identifier les contaminants présents dans différents lots de virus produits en présence ou en absence d'auréomycine, un antibiotique communément  utilisé dans  l'élevage d'insectes.  Le  décompte  des  micro-organismes viables a été effectué sur différents milieux de culture. Un décompte viral en microscopie électronique a également été effectué afin de vérifier l'impact de l'antibiotique utilisé sur la production virale. Les bactéries aérobies retrouvées dans ces différents lots ont été isolées et identifiées à l'aide de techniques de microbiologie traditionnelle et par comparaison de la séquence du gène de 1'ARNr 16S avec les séquences disponibles dans la littérature. Les principaux mycètes ont également été identifiés par des techniques de microbiologie traditionnelle.

Les deux micro-organismes les plus fréquemment isolés sont Bacillus cereus et Pseudomonas aeruginosa, deux bactéries du  groupe de  risque numéro deux de Santé Canada. Une diminution de la quantité et de la diversité des micro-organismes a été observée lorsque l'antibiotique est ajouté à la nourriture artificielle sans toutefois affecter significativement la production virale. L'auréomycine mène à une diminution de P. aeruginosa mais n'a aucun effet sur B. cereus. Ces résultats jettent les premières bases à la connaissance de la flore microbienne associée à la production virale in vivo chez C. fumiferana et contribueront à la mise en place de procédures de production permettant de réduire la présence de micro-organismes  à un niveau acceptable et d'éliminer  ceux ayant une incidence sur la santé humaine.


identifier: Boyer, Élise  (2002). Rôle de MntH et de l’acquisition du fer et du manganèse dans la virulence de Salmonella typhimurium  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 128 p.

subject: salmonella typhimurium fer manganese virulence

abstract:
Ces dernières années ont vu l'augmentation majeure des cas de salmonelloses dans les pays développés et le diagnostic d'encore trop nombreux cas de fièvre typhoïde dans les pays en voie de développement. Deux problématiques qui, couplées au phénomène de résistance  aux  antibiotiques,   illustrent  toute  l'importance   de  la  recherche  liée  à l'interaction hôte-pathogène des bactéries du genre Salmonella.

Salmonella  typhimurium  est un pathogène intracellulaire du macrophage. Sa survie et réplication à l'intérieur du phagosome constitue l'étape-clé de l'infection. Plusieurs gènes essentiels à la virulence de Salmonella  permettent 1'adaptation au phagosome dont un grand nombre ont été acquis par transfert horizontal et sont  inclus dans des îlots de pathogénicité, des îlets ou des séquences homologues à des phages. Parmi ces gènes de virulence certains peuvent limiter la maturation du phagosome comme le produit du gène spiC qui bloque la fusion du phagosome avec les lysosomes (164). D'autres contribuent à diminuer le stress oxydatif comme les protéines effectrices de 1'îlot de pathogénicité 2 qui empêchent la colocalisation de l'enzyme NADPH phagocyte oxydase au phagosome de Salmonella (170). Enfin, d'autres gènes de virulence, comme l'opéron sitABCD, sont en fait	des   transporteurs   de   cations   divalents   qui   permettraient    1'adaptation   à l'environnement pauvre en cations qu'est  le phagosome (96, 179). D'autres  exemples encore montrent combien 1'évolution conjointe du pathogène et de son hôte a favori é l'acquisition et le maintien par Salmonella de gènes nécessaires à la survie dans le phagosome, mais également à l'une  ou l'autre  des étapes de l'infection.  Pour S. typhimurium  chez la souris et S. typhi chez l'humain ces étapes se déroulent dans des environnements aussi différents que 1'estomac, les cellules intestinale, les plaques de Peyer et les phagocytes du foie et de la rate.

Un facteur de résistance à l'infection  par des parasites intracellulaires du macrophage comme  Salmonella,   a  été  identifié  par  clonage  positionne! chez  la  souris  (173). Originalement désigné locus lty/ Lsh/ Bcg en raison de sa découverte par trois équipes indépendantes et de la résistance conférée respectivement à Salmonella, Leishmania et M bovis  BCG, le locus  a  été  rebaptisé Nramp  puis Nrampl   pour  « Natural resistance associated  macrophage  protein ».  La  protéine  est  exprimée   uniquement  dans les phagocytes professionnels et colocalise au phagosome de Salmonella et de Yersinia  (68,Nramp1. Le fer et le manganèse, ainsi gagnés dans la compétition avec le macrophage permettraient la croissance et une plus grande résistance au stress oxydatif.


identifier: Brkovic, Alexandre  (2002). Analyse fonctionnelle de l’urotensine II.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 127 p.

subject: urotensine peptide vasoconstricteur

abstract:
L'urotensine Il (UT-Il)  de gobie, un peptide de 12 acides aminés, a été initialement isolée à partir de l'urophyse de poisson. Chez les poissons, elle agit à  titre  d'agent  hypertenseur,  de  spasmogène  des  muscles  lisses  et  de modulateur du  système endocrinien, mais  son action  ne  se  limite  pas  aux poissons. Jusqu'à présent, son action la plus surprenante a été observée sur le système artériel des mammifères, où il est décrit fréquemment comme le plus puissant agent vasoconstricteur. Toutefois, la puissance et l'efficacité de l'UT-li varient  considérablement  en  fonction  du  tissu  examiné, de  l'individu  et  de l'espèce.  La  puissance  de  l'UT-li,   soit  à  titre  d'agent  vasodilatateur  ou vasoconstricteur,	suggère	fortement	que	I'U!-11  soit	un 	modulateur  de l'homéostasie cardiovasculaire. De plus, la vaste distribution du récepteur de l'UT-li, nommé GPR14, introduit la possibilité que l'UT-li agisse à titre d'hormone circulante. Toutefois, sa présence dans la moelle épinière et le tronc cérébral suggère également que l'UT-li soit un neuromodulateur.

Néanmoins, ces observations supportent l'hypothèse voulant que l'UT-li soit impliquée dans des physiopathologies telles que l'hypertension ou l'artériosclérose. Ainsi, le développement d'un antagoniste de l'UT-li serait un outil pharmacologique et thérapeutique de choix dans le traitement de certaines maladies cardiovasculaires. L'élaboration d'un tel antagoniste requiert cependant au préalable des études structure-activité afin de cibler les résidus essentiels à la liaison et l'activation du récepteur GPR14. Par conséquent, en se basant sur les études structure-activité réalisées sur la somatostatine, un peptide possédant d'importantes similitudes structurales avec l'UT-li, notre laboratoire a réalisé en collaboration avec un groupe d'Aventis Pharma lnc. une analyse fonctionnelle des résidus de l'UT-li.

Le premier article comporte une étude structure-activité aboutissant au développement d'un modèle pharmacophore à trois points et à la découverte des premiers antagonistes non peptidiques de l'hUT-11. Suite à l'analyse fonctionnelle
des résidus de l'UT-li, les chaînes latérales des résidus Trp7, Lys8  et Tyr' ont été identifiées comme  nécessaires  à la reconnaissance  du ligand par le récepteur et à son activation. Par la suite, des études de résonance  magnétique  nucléaire et de  modélisation moléculaire  ont  été réalisées  sur  ce  tripeptide  afin  d'évaluer l'espace  tridimensionnel et la charge  des chaînes  latérales  de chacun  de ses
résidus. L'utilisation des données recueillies a permis d'élaborer  un modèle pharmacophore à  trois points  qui à son tour a permis  le criblage  virtuel d'une banque  de  composés  afin  de  cibler  des  molécules  comportant  les caractéristiques du modèle. Ainsi, un certain nombre de composés ont été sélectionnés et testés pour leur pouvoir antagoniste, dont le composé  56716  qui possède un ICso de 300 nM.

Le deuxième article, pour lequel ma participation est majeure, renferme une étude exhaustive de la relation entre chacun des acides aminés de l'UT-li et sa puissante  activité agoniste. On y retrouve également  une analyse  de la relation entre l'affinité de liaison avec le récepteur et la structure primaire du peptide. Ainsi,
41 analogues de l'UT-li ont été synthétisés selon une approche de synthèse systématique. La substitution à tour de rôle des acides aminés par une alanine a démontré clairement la contribution mineure du segment N-terminal et l'importance du tripeptide Trp7-Lys8-Tyr9, où uniquement des modifications mineures en position
9 sont tolérées. En accord avec les résultats de ltoh et al. (1987), le segment 4-11

de  l'hUT-11 est  la  séquence  minimale  afin  de  maintenir  l'activité  contractile  et l'affinité envers GPR14. De plus, plusieurs observations suggèrent que la chaîne latérale de la lysine forme un lien électrostatique avec le résidu acide de GPR14. Ainsi, en accord avec l'étude précédente, l'hexapeptide cyclique contient donc les pharmacophores  de l'UT-li. D'un autre côté, la modification des résidus cystines révèle l'importance de la présence du pont disulfure et en particulier le rôle de sa dimension.  Notre  étude  a  également  souligné  l'importance  d'utiliser  plusieurs essais  en concomitance  afin de réaliser une étude structure-activité  valide. En effet,  à  titre d'exemple,  les  essais de  la mobilisation calcique  ont  montré  que lorsque utilisés seuls, ils peuvent engendrer des conclusions invalides.


identifier: Castagner, François  (2002). Établissement d’une lignée cellulaire adhérente complémentant les vecteurs adénoviraux réplicatifs non-disséminatifs et développement de vecteurs adénoviraux pour la vaccination génétique chez les porcs.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 111 p.

subject: adenovirus replication vaccination genetique

abstract:
La vaccination reste le meilleur moyen de prévenir les pertes économiques engendrées par les infections virales chez les animaux d'élevage comme le porc.   Plusieurs  nouveaux types de vaccins sont en développement pour les cas où les vaccins traditionnels ne sont pas satisfaisants.   Les travaux présentés dans ce mémoire font partie d'un projet plus  vaste de développement d'un  vaccin génétique contre  le virus du syndrome  respiratoire et reproducteur  porcin (VSRRP).   Ce vaccin utiliserait comme vecteur un adénovirus humain dont le gène de la protéase a été éliminé et qui est capable d'une seule ronde de réplication.
Premièrement, une lignée cellulaire de complémentation adhérente 293A exprimant la protéase des adénovirus humains a été établie pour faciliter la génération, la purification et la titration par plages de lyse des vecteurs dont  le gène de la protéase a été éliminé.   Deux clones ont été caractérisés et complémentent bien 1'absence du gène de la protéase dans les vecteurs.
Il a aussi été démontré que la protéase de  l'adénovirus porcin (PAV3) complémente
1'absence  de la protéase chez les vecteurs adénoviraux  humains (Ad5)  dans  les  cellules humaines 293A.
Étant donné que la toxicité de  la glycoprotéine  5  (GP5)  du  VSRRP,  le  principal
candidat comme immunogène, interférait de façon  modérée avec la production de  vecteurs adénoviraux  exprimant  ce  transgène,  plusieurs   difficultés  ont  été  rencontrées  pour  la génération des virus recombinants exprimant cette protéine.   Par contre, il a été démontré dans ce travail de maîtrise que le contrôle du gène de la GP5 par un promoteur  inductible permet de minimiser ces effets et permettra ainsi la production de ces  vecteurs à grande
échelle de façon plus efficace.


identifier: Chalifour, Anick  (2002). Caractérisation fonctionnelle de récepteurs d’inhibition appartenant à la famille Ly49.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 214 p.

subject: cellule nk recepteur inhibiteur

abstract:
Les cellules cytotoxiques  naturelles (NK) expriment  plusieurs  récepteurs d'inhibition  et (activation, dont certains  possèdent comme ligands les molécules du complexe  majeur d'histocompatibilité de classe 1 (CMH-1). Chez la souris, plusieurs membres de la famille Ly49 reconnaissent  ces  molécules.  Les récepteurs Ly49 inhibiteurs  possèdent  dans leur queue cytoplasmique  un ITIM ("lmmunoreceptor  Tyrosine-based  lnhibitory  Motif'), qui une fois phosphorylé. initie un signal d'inhibition.  La cascade de signaux d'activation  est donc interrompue et par conséquent,  la cellule NK est inapte à attaquer  la cellule cible reconnue. La liaison de ligands aux récepteurs d'inhibition préviendrait l'enclenchement du mécanisme de lyse des cellules NK envers les cellules autologues saines de l'hôte  et préviendrait  ainsi  l'auto-immunité.  Les récepteurs  Ly49 activateurs  possèdent  quant  à eux.  un  acide  aminé  chargé  dans  leur  portion  transmembranaire  qui  leur  permet  de s'associer  à  DAP12.  une  protéine  adaptatrice  contenant  un  ITAM  ("Immunoreceptor Tyrosine-based  Activation  Motif').  Suite  à  l'engagement   du  récepteur,  ce  motif  est phosphorylé ce qui enclenche alors une cascade de signaux qui se solde par l'activation  de la   cellule   NK.  La  résultante  de   la  somme  des  signaux   activateurs   et  inhibiteurs déterminerait  l'état  fonctionnel  de la cellule NK et par conséquent,  le sort de la cellule reconnue.   Le   polymorphisme   des   récepteurs   Ly49,  la  co-expression   de   plusieurs récepteurs sur une même cellule ainsi que leur spécificité de liaison pour des haplotypes particuliers des molécules du CMH-1, ne seraient que quelques-uns des éléments pouvant
contribuer à la constitution du répertoire des cellules NK.

Le premier volet de ce projet de recherche avait pour but de déterminer  l'implication  de récepteurs Ly49 dans la résistance à l'infection  par le cytomégalovirus  murin (MCMV). Il avait été établi que les cellules  NK sont responsables de cette résistance et que le gène Cmv1. qui la contrôle, est codé dans la même région chromosomique que les membres de la tàmille Ly49. Cela soulevait  la possibilité d'une  identité entre Cmvl  et un des gènes Ly./9. Les stratégies employées pour vérifier cette hypothèse furent donc premièrement de tenter de réduire le nombre de candidats  potentiels en limitant l'étendue  de la région du Cmvl    et deuxièmement.  de  tenter  d 'abolir  le  phénotype  de  résistance  des  souns  en éliminant différentes  sous-populations  de cellules  NK à 1 'aide  d'injections d'anticorps anti-Ly49. Selon nos observations, aucune des populations NK ciblées exprimant Ly49A, Ly49C. Ly491 et/ou Ly49G2 ne semble jouer de rôle majeur dans la résistance contre le MCMV. Par ailleurs, le suivi de la variation du niveau d'expression des récepteurs Ly49 et de la taille relative des populations de cellules NK les exprimant, nous indique que ces deux  paramètres  subissent  des  changements  significatifs  au  cours  de  l'infection.  Ces résultats suggèrent que des sous-populations de cellules NK pourraient contribuer différemment au phénotype de résistance.

L ïdentitication  de  récept urs  NK (NKR)  inhibiteurs  à  la  surtàce  de  certaines  sous populations de  lymphocytes T a élargi  le rôle de ces  récepteurs,  qui  était  initialement limité à contrôler l'activité  des cellules NK, à d'autres  populations cellulaires.  Plusieurs travaux démontrent que certaines fonctions des cellules T sont affectées par la présence de NKR lorsqu'ils  interagissent avec leurs ligands. La fonction  de ces récepteurs  pourrait donc être beaucoup plus importante que ce que l'on avait initialement anticipé.

Le deuxième volet consistait à déterminer comment l'avidité  des récepteurs Ly49 pourrait moduler leur capacité à inhiber un signal  initié via Je  TCR.  Les récepteurs  Ly49 étant exprimés  sur   des  sous-populations   chevauchantes   de  lymphocytes   T  et  possédant différents ligands communs. il était important de développer  un système nous permettant de mesurer sélectivement  la conséquence fonctionnelle  de l'engagement  d'un  récepteur Ly49 donné, avec son ou ses ligands. Pour ce faire,  nous avons généré  des clones de cellules T exprimant différents niveaux des récepteurs Ly49A ou Ly49C. Les résultats démontrent qu'à  la fois  Je  niveau d'expression  d'un  récepteur  Ly49 inhibiteur  et son affinité  pour   son   ligand,  influencent   la  puissance   avec   laquelle   il interfère  avec l'activation des lymphocytes T.

Le troisième  volet de cette thèse portait sur  l'étude  de la capacité  de récepteurs  Ly49 d'inhiber l'apoptose des lymphocytes T induite suite à la stimulation  via leur complexe
TCR/CD3   ("Activation-lnduced   Cell   Death"   ou   AICD).   Suite   à  une   stimulation antigénique, la majorité des cellules T activées sont éliminées par apoptose, ce qui met fin à la réponse immune en limitant leur expansion clonale et par le fait même, assure l'homéostasie du système immunitaire. La faible proportion de lymphocytes T activés qui échappent  à l'AICD,  constitue  le pool de cellules T mémoires.  Or, les récepteurs Ly49 sont exprimés à la surface de cellules T mémoires et les souris exprimant  à la surface de leurs   cellules   T   un   récepteur   Ly49   inhibiteur   comme   transgène,   montrent   une accumulation de cellules T Ly49+ mémoires. Ceci suggère donc que les récepteurs Ly49 puissent  jouer  un  rôle  dans  la survie  des  cellules  mémoires  en  inhibant  l'AICD. Les résultats que nous avons obtenus démontrent qu'effectivement, l'engagement  de Ly49A par son ligand H-2Dd, interfère avec l'AICD des cellules T activées via leur TCR.

Dans  l'ensemble,  les  travaux  présentés  dans  cette  thèse  soulignent  l'importance   des récepteurs  Ly49  inhibiteurs  dans  la  régulation  de  différentes   fonctions  des  cellules immunes qui les expriment.


identifier: Cléroux, Marilyn  (2002). Détermination de l’origine endogène ou exogène de la narandrostérone urinaire par GC/C/IRMS  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé.

subject: norandrosterone detection spectometrie masse isotope stable irms combustion chromatographie phase gaz steroide analyse

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.La nandrolone ou la 19-nortestostérone  (19-NT) fait partie de la classe des agents anabolisants dont l'utilisation par les athlètes est interdite par le Comité international olympique (CIO).  C'est  un des stéroïdes les plus utilisés dans le monde sportif, car il a le même pouvoir anabolisant que la testostérone, mais avec seulement 30% de ses effets androgéniques. Sa grande popularité vient également du fait qu'il  est très accessible, des précurseurs  de 19-NT  (dont  on  ne connaît  pas l'efficacité)  étant  offerts en vente libre comme  supplément  diététique  aux  États-Unis  et  disponibles  par  Internet.    Dans  les contrôles anti-dopage, sa détection est liée à la présence de ses métabolites urinaires, soit la  norandrostérone  et  la  norétiocholanolone.     Le  CIO  a  recommandé  les  limites  de positivité de ces métabolites à 2 ng/mL pour les hommes et à 5 ng/mL pour les femmes, car   certaines   données   de   la   littérature   indiquent   l'excrétion    de   bas   niveaux   de norandrostérone chez les femmes enceintes et chez les hommes (entre 0,08 et 0,6 ng/mL). Ce stéroïde pouvant être produit naturellement,  il était nécessaire d'étudier  la possibilité de  pouvoir  différencier  les  métabolites  de  la  19-NT  endogène  de  celle  provenant  de source commerciale.

Trois groupes différents ont proposé l'utilisation  de la spectrométrie de masse d'isotopes stables (IRMS) comme un outil prometteur pour la détection de l'administration de la testostérone.  En effet, les stéroïdes endogènes sont biosynthétisés à partir du réservoir de cholestérol  humain constitué à partir d'une  large variété de matériel végétal consommé par les humains et/ou les animaux ingérés.   Les stéroïdes de synthèse disponibles commercialement  sont  préparés  à  partir d'un  seul  type de  plante,  majoritairement  du
soya, et ont habituellement une valeur 13C/ 12C inférieure à celle des stéroïdes naturels.  Le
but de ce projet est donc, d'étudier la possibilité d'utiliser  la spectrométrie de masse d'isotopes stables  pour  la mesure  du  rapport  isotopique  des atomes  de  carbone  de  la norandrostérone afin d'en déterminer l'origine.

Ce  projet  est  divisé  en  3  étapes.  Nous  avons  tout  d'abord   développé  une  méthode d'isolement des métabolites de la 19-NT appropriée aux analyses par GC/CIIRMS. Deuxièmement,  nous avons évalué les rapports (ô  13C/12C 0/oo) de la norandrostérone  et de la norétiocholanolone excrétées suite à la prise de norandrostènedione et de 19-NT. Dernièrement, nous avons par l'analyse  d'urine  de femmes enceintes obtenu des valeurs
« naturelles ».

Les  résultats obtenus  ont  permis  de  vérifier  l'utilité  de  la  spectrométrie  de  masse d'isotopes stables comme outil diagnostique de l'origine des norstéroïdes excrétés.  Les quotients (ô  13C/ 12C  0 00)   des  métabolites urinaires provenant de  l'administration  de nortestostérone ou de norandrostènedione sont significativement différentes de celles mesurées de la norandrostérone excrétée durant la grossesse.   Les valeurs de la norandrostérone d'origine  synthétique se situent entre -27  et -35°/oo,    tandis que les rapport(ô 13C/12C °/oo)  de l'analogue naturel sont inférieurs à -25°/oo (selon les valeurs absolues mesurées dans les échantillons de deux volontaires).


identifier: de Bellefeuille, Sophie  (2002). Les caténines présentes dans l’épididyme et leur implication lors de la formation de la barrière hémato-épidymaire.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 112 p.

subject: catenines epididyme

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.L'épididyme est un organe dans lequel les spermatozoïdes acquièrent leur pouvoir fécondant et leur mobilité. Ils sont emmagasinés dans la queue de l'épididyme jusqu'au moment de l'éjaculation. Les jonctions serrées formant la barrière hémato-épididymaire maintiennent les caractéristiques spécifiques de la lumière de l'épididyme, afin que puissent se dérouler le processus de maturation.   Les facteurs impliqués dans la régulation de cette barrière sont cependant, encore inconnus.  Cependant, les jonctions d'adhérence participent au maintient des jonctions serrées par des cascades de signalisation impliquant les protéines cytoplasmiques, B-, a-caténine et/ou p120c1n.

L'objectif principal de ce projet de recherche était de trouver les facteurs pouvant être impliqués dans la régulation de la barrière.  Afin de réaliser cet objectif, il fallait d'abord localiser  les  protéines  cytoplasmiques  des  jonctions  d'adhérence  et  vérifier  si  les androgènes régulent ces protéines dans l'épididyme de rat adulte. L'expression de ces caténines durant le développement a aussi été étudiée.	Le deuxième objectif était de vérifier si 13-caténine est impliquée dans la régulation de la barrière en s'associant avec une protéine des jonctions serrées, Z0-1.

Par immunohistochimie, la localisation des trois caténines étudiées (B-, a-  caténine et p120ctn) se retrouve le long des membranes plasmiques entre deux cellules épithéliales formant  l'épididyme  chez  le  rat  adulte.     Chez  les  animaux  orchidectomisés,  la localisation de deux caténines soit, 13- et a-caténine devient cytoplasmique tandis que p120ctn demeure le long de la membrane.  Chez les animaux orchidectomisés avec un implant de testostérone, la localisation de 13-  et a-caténine est identique à  celle des animaux contrôles suggérant une régulation par les androgènes pour B- et a-caténine.

Par immunoprécipitation, l'association entre les différentes caténines et E-cadhérine a été démontrée et les résultats suggèrent que ces protéines font partie des jonctions d'adhérence dans J'épididyme.  De plus, J'association entre Z0-1  et B-caténine a aussi été démontrée et l'intensité de l'association varie durant la formation de la barrière suggérant que B-caténine puissent influencer la formation de la barrière.


identifier: D'Élia, Michele  (2002). Rôle de la transcortine dans la régulation de la biodisponibilité des glucocorticoïdes à la suite d’une brûlure sévère : conséquences pour le système immunitaire.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 168 p.

subject: brulure cortisol cort cbg transcortine gc

abstract:
Les brûlures sévères engendrent des changements importants au niveau des systèmes endocrinien  et immunitaire. Les patients gravement  brûlés montrent une réponse immunitaire   réduite  causée  notamment  par  la  baisse  du  nombre  et  de  l'activité   des cellules T. De plus, des niveaux élevés de cortisol (Cort) total dans la circulation résultant de l'activation de l'axe  hypothalarno-hypophysaire surrénalien (HPA) sont mesurés chez ces derniers.  Le Cort est la plus importante et le plus abondante hormone de stress. Le contrôle de son activité biologique est assuré par la transcortine ou corticosteroid-binding globulin  (CBG) qui séquestre  l'hormone  et y effectue son transport dans la circulation. Peu d'études se sont  intéressées  à montrer comment  la brûlure agit sur  les niveaux  de CBG et affecte ainsi le contrôle de la fraction  libre de l'hormone.  Seul le cort libre est biologiquement  actif. Outre son  importance  dans  la réponse associée  au stress,  le Cort possède une forte activité immunomodulatrice.  Lors d'une  brûlure sévère la relation entre les changements  observés  au niveau de la production  et du transport des  hormones  de stress et les perturbations du système immunitaire sont peu connus.

Notre   premier   objectif   fut   de   démontrer   comment   la  brûlure   sévère   régulait   la biodisponibilité  du Cort, donc les effets de l'hormone  sur le système immunitaire.  Nous avons caractérisé  les niveaux plasmatiques de Cort et de CBG et déterminé  l'effet  de la brûlure  sur  les populations du thymus. L'une  des considérations  importantes  à la suite d'un  stress est la gestion de la douleur par l'utilisation  des opiacés. En effet, certaines de ces  drogues  peuvent  perturber  l'activité  des systèmes endocrinien  et immunitaire.  L'un des objectifs  de notre étude a donc été de déterminer  l'effet  de la buprénorphine  (Bup), une drogue agoniste à la morphine employée dans le contrôle de la douleur, sur l'activité de 1'axe HPA. Cette étude était nécessaire pour nous permettre de discriminer l'effet de la drogue de celui de la brûlure sévère.

Afin  de  répondre  à  ces  objectifs,  nous  avons  utilisé  le  modèle  murin  de  la  brûlure couvrant  20% de la surface totale du coprs de 1'animal (TBSA). L'opiacé  fut administré aux souris  via une minipompe  osmotique  placée au niveau de l'abdomen. Nous avons étudié à différents temps suivant la brûlure les changements au niveau de la CBG et de la forme  du  Cort.  Parallèlement   une  analyse  du  statut  du  système  immunitaire   a  été effectuée. Ainsi, nos expériences  ont permis d'établir  les cinétiques relatives à la réponse endocrinienne et immunitaire suivant la brûlure et ce, pour une période allant du jour 0 au jour 1O. Pour chacun des temps, nous avons mesuré les paramètres suivants: le Cort total, le Cort libre, la capacité de liaison de la CBG, les niveaux plasmatiques de cette protéine ainsi  que  1'expression  de  son  gène  dans  la  foie.  Parallèlement,  nous  nous  sommes intéressés à caractériser les populations du thymus en évaluant par phénotypage, le niveau de maturité et l'importance  relative des sous-populations lymphocytaires.

Nos travaux  nous ont  permis  de conclure  que la Bup affectait faiblement  l'activité  de l'axe  HPA sans causer de changements au niveau du sytème immunitaire. Donc, l'emploi de  cet  analgésique,  dans  la  contexte  de  la  brûlure sévère,  ne  posait  aucun  problème puisque  son  effet  était  négligeable  sur  les  paramètres  que  nous  voulions  tester.  Ceci suggère  l'utilisation  préférentielle  de cette drogue dans le traitement de la douleur chez des  patients  gravement  brûlés.  Par ailleurs,  nos travaux ont  permis  d'affirmer que  les niveaux de Cort libre mesurés après une brûlure sévère étaient contrôlés conjointement, par une hausse de la production de l'hormone  ainsi que par une baisse de son transporteur spécifique, la CBG. Nos résultats démontrent une diminution marquée de l'expression  du gène de la CBG dans le foie se soldant par le déclin de la production de cette protéine et une baisse significative de sa concentration  dans le sérum. Ceci eut pour effet de réduire le nombre de sites de liaison disponibles  dans le sang pour transporter le Cort, d'où  une augmentation  de la fraction libre, biologiquement active de l'hormone. Conséquemment, une  atrophie  thymique  reliée exclusivement  à la diminution  des cellules  T  immatures cortico-sensibles fut observée.

Nos  résultats ont  permis de  mieux  comprendre  la régulation  qu'exerce la CBG  sur la biodisponibilité  des  hormones  de  stress  et  donc,  de  mieux  cibler  leurs  effets  sur  le
système immunitaire, principalement sur les cellules cortico-sensibles du thymus.