identifier: Singh, Manjeet  (2013). Neuroprotective mechanisms of standardized extracts of Bacopa monniera and their relevance in the treatment of Alzheimer’s and Parkinson’s diseases.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 238 p.

subject: Neuroprotecteur bacoside acroleine peroxyde hydrogene paraquat mmp+ diquat polyphenol

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.Les  maladies d'Alzheimer  (MA)  et  de  Parkinson  (MP)  sont  les deux  formes  les  plus communes  de  maladies  neurodégénératives  liées  à  l'âge.  Elles  touchent  des  millions d'individus  à travers le monde. Dans un premier temps, les caractéristiques pathologiques de  la  MA comprennent  la déposition  de  plaques séniles  extracellulaires  composées  du peptide  d'amyloïde  beta  (AB) et  des  enchevêtrements  neurofibrillaires  extracellulaires, composés de la protéine tau hyperphosphorylée ainsi que de la perte neuronale. Dans un second temps, la MP est caractérisée par la perte sélective des neurones dopaminergiques au niveau de la substance noire compacta (SNpc) dans le cerveau et la déposition de l'alpha (a)-synucléine  contenue dans les corps de Lewy. La composante génétique contribue à
<10% des diverses formes familiales de la MA et de la MP et prés de 90% de MA et de MP

des formes sporadiques.

En Inde, de  nombreuses  plantes  médicinales  sont  utilisées comme  agents  nootropes et toniques pour le cerveau dans  le but de  restaurer le déclin  mental  lié à l'âge.  Le taux d'incidence  entre l'âge  et la MA dans les milieux ruraux d'Inde  sont au moins trois fois plus  faibles  que  les  taux  des  populations  américaines  de  référence.  Cependant,   la prévalence de la MP chez les indiens asiatiques est aussi trois fois inferieure à celle des caucasiens britanniques. Contrairement aux américains, il n'existe pas de lien entre l'âge et la perte des neurones du SNpc chez les indiens asiatiques. La Bacopa monniera (BM) est l'une   des  plus  importante  plante  médicinale  utilisée  dans  le  système  de  médecine traditionnelle en Inde. Elle est utilisée comme agent nootrope et comme stimulant pour le cerveau dans le but de restaurer les déclins cognitifs liés à l'âge.  Il a été rapporté que les bacosides,  saponines   triterpénoïdes,   sont   les  constituants   responsables   de   l'activité

biologique de BM. Cependant, en dépit, de sa large utilisation comme stimulant cérébral, les détails des mécanismes neuroprotecteurs sur des modèles in vivo de la MA et de la MP restent  à  être  étudiés.  Le  but  du   projet   proposé  était  de   cribler   les  mécanismes neuroprotecteurs de l'extrait  de BM enrichi en composés Bacosides  dans diverses toxines en fonction des modèles in vitro de la MA et de la MP. Notre hypothèse était que l'extrait de BM contenant des extraits de Bacosides  permettrait d'augmenter  la survie cellulaire, de réduire le stress oxydatif et les radicaux libres, de préserver les fonctions mitochondriales et de moduler de nombreuses voies de signalisation redox contre différentes neurotoxines. Notre  premier objectif  de recherche était  de déterminer,  si  les extraits  de  BM  peuvent protéger  contre   le  peroxyde  d'hydrogène   (H202),   l'acroléine,   le   1-methyl-4-phenyl pyridinium iodide (MPP+) et le paraquat (PQ)& soldiquat (DQ) toxines qui induisent la mort neuronale. La toxicité du peptide d' Af3 est médiée par une variété de voies de signalisation incluant la génération d'H202  et des produits de la peroxydation lipidiques. L'acroléine est
1'un  des  sous-produits  de  la  peroxydation  lipidique  le  plus  réactif.  Le  MPP+ est  un
inhibiteur du complexe 1 mitochondrial. Le PQ et le DQ, sont des herbicides bipyridyl avec une structure similaire au MPP+, ils sont communément utilisés dans les études réalisées sur des modèles in vitro et in vivo de la MP. L'utilisation de nombreux tests de cytotoxicité et de survie cellulaire tels que les tests LDH, XTT et Résazurin nous ont permis de montrer l'effet   neuroprotecteur  d'extraits   standardisés  de  BM   la  toxicité   contre  de   l'H202, l'acroléine,  le MPP+ et le PQ molécules sur les cellules de neuroblastome humain, les SK N-SH et sur les cellules dopaminergiques de rat, les PC12. Dans le but de faire la différence entre les effets toxiques et proliférateurs des extraits de BM, nous avons réalisé le test de la lactate déshydrogénase (LDH) qui permet de mesurer l'intégrité de la membrane cellulaire

et ainsi de quantifier la moyenne des cellules mortes. Nos résultats montrent que le prétraitement avec 50.0 J.tg/ml de BM, protège la lignée cellulaire dopaminergique SK-N SH  contre  la  toxicité  induite  par  le MPP+ et  le  PQ  dans  de  nombreux  test  de survie cellulaire. Par ailleurs, nous avons aussi montré que les composés Bacosides sont impliqués dans la neuroprotection contre ces nombreuses toxines.
Notre second objectif de recherche était d'étudier  l'activité antioxydante de l'extrait de BM.

Pour cela nous avons utilisé de nombreux  tests fluorescents et des  détections électrochimiques,  nous avons démontré  que  l'extrait  de  BM  dégrade  l'H202 mais aussi réduit le niveau des espèces réactives à l'oxygène (EROs). L'extrait de BM protège aussi de la formation des anions superoxyde induits  par le PQ dans les cellules SK-N-SH  et les PC12. De plus, l'extrait  de BM (2.5 J.tg/ml) protège de la réduction du glutathion (GSH) induite par le MPP+ en plus de réduire le niveau des protéines oxydées induites par l'H202 et l'acroléine. L'adaptation et la survie neuronale en réponse à un stress oxydatif dépendent de nombreux facteurs de transcription régulés par le potentiel redox.
Ainsi, pour notre troisième objectif de recherche nous avons évalué la capacité de l'extrait de BM à moduler différentes voies de signalisation redox. L'utilisation  de western-blot et de  tests enzymatiques  nous a permis de montrer que  l'extrait  de BM  active la protéine kinase  B  (AKT)  et  le  facteur  nucléaire  erythroid  2  (Nrf2)  avec  des  concentrations respectives de 40.0 J.tg/ml et 10.0 -tg/ml, et augmentent l'activité de nombreuses enzymes antioxydantes de phase 2. Un prétraitement avec l'extrait BM (40.0 J.tg/ml) protège aussi de la diminution de la régulation des systèmes de défense antioxydants induite par le PQ et le DQ tel que y-glutamylcysteine synthetase (y-GCS) et de thioredoxine 1 (Trxl).  Par ailleurs, un prétraitement avec l'extrait  BM protège contre l'activation  du facteur nucléaire kappaB

(NF-KB), des protéines kinases  activées  par des agents  mitogènes (MAPKs) et p66Shc et préserve le niveau de sirtuine 1, induit par l'H202 et l'acroléine  dans les cellules SK-N SH.  Ces  résultats  indiquent  que  l'extrait   de  BM  peut  moduler  différentes  voies  de
signalisation redox.

De plus, il a été montré que les dysfonctions mitochondriales jouent un rôle important dans la pathophysiologie des MA et MP. D'ou  pour notre dernier objectif nous avons étudié l'effet de l'extrait  de BM sur différentes fonctions mitochondriales. À l'aide de tests fluorescents nous avons démontré que l'extrait de BMprotège contre le déclin du potentiel membranaire mitochondrial induit par l'H202, l'acroléine, et le MPP+. Nous avons montré par  la  méthode  de  semi-purification  mitochondriale  que  l'extrait  de  BM (50.0  J-lg/ml) protège l'activité du complexe 1 mitochondrial contre le traitement MPP+. De plus, l'extrait de BM augmente l'activité de la NADH déshydrogénase mitochondriale. Ces résultats suggèrent que  l'extrait  de  BM peut moduler  et préserver  les fonctions  mitochondriales durant un stress oxydatif.
En conclusion, notre étude contribue à une meilleure compréhension de nombreux mécanismes neuroprotecteurs de l'extrait  de BM contre différentes  neurotoxines, ce qui peut  favoriser  davantage  possibilité  dans  son  application  thérapeutique  en  ciblant  et modulant de nombreux mécanismes physiopathologiques impliqués dans la progression de
la MA et de la MP.

Alzheimer's  disease (AD) and Parkinson's  disease (PD) are the two most common age related neurodegenerative disorders affecting millions of people worldwide. Pathological hallmarks of AD include the deposition of extracellular senile plaques composed of beta amyliod  peptides  (Aj3), and  intracellular neurofibrillary  tangles, composed  of hyperphosphorylated tau proteins and neuronal Joss. On the other hand PD is characterized by the selective Joss of dopaminergic neurons in the substantia nigra pars compacta (SNpc) of the brain and deposition of alpha (a)-synuclein  containing lewy's bodies (LBs). Genetic components contribute to < 10% offamilial variants of AD and PD and around 90% of AD and PD cases are sporadic.
In India, several medicinal plants are used as nootropic agents and brain tonies to restore age-related decline in mental abilities. The incidence rates of the age-specifie AD in rural Indian are at least three times lower  than those of an age-matched  American  reference population. Moreover, prevalence of PD in Asian Indians is also at least three times lower than British Caucasians  and unlike the Americans there is no age-related  Joss of SNpc neurons in Asian Indians. Bacopa  monniera  (BM)  is one of the most important medicinal plants used in the Indian system of traditional medicine as a nootropic agent and brain tonie to restore age-related  decline  in cognitive abilities. Bacosides, the triterpenoid saponins have been reported to be active constituents responsible for the biological activity of BM. However,  in  spite  of  widespread  use  of  BM  extract  as  a  brain  tonie,  the  detailed neuroprotective mechanisms in in vitro  models of AD and PD remain to be investigated. The aim of proposed investigation was to screen the neuroprotective mechanisms of BM extract enriched in Bacosides  compounds in various toxins based in vito models of AD and

VI

PD. Our hypothesis was that BM extract containing Bacosides compounds will enhance cell survival, decrease oxidative stress and free radicals, preserve mitochondrial functions and modulate various redox-signaling pathways against various neurotoxins.
Our  first  research  objective  was  to  determine  whether  BM extract  can  protect against hydrogen  peroxide  (H202),  acrolein,  1-methyl-4-phenyl-pyridinium  iodide  (MPPl,  and paraquat (PQ)/diquat  (DQ)-induced  neuronal cell death. Apeptide  toxicity is mediated through a variety of downstream  pathways including  the generation  of  H202  and  lipid peroxidation   products.   Acrolein   is  one  of   the  most   reactive   by-products   of   lipid peroxidation.  MPP+ is  an  inhibitor  of  the  mitochondrial  complex  l. PQ  and  DQ  are bipyridyl herbicides and with a similar structure to MPP+, are commonly used both in in vitro and in vivo models of PD. Using XIT and Resazurin based cell survival assays, we demonstrated the neuroprotective effects of the standardized extracts of BM against H202, acrolein,  MPP+ and  PQ/DQ-induced toxicity in human neuroblastoma SK-N-SH  and rat dopaminergic PC12 celllines. To distinguish between toxicity and proliferation effects of the  BM  extracts,   lactate  dehydrogenase   (LDH)  assay   which  measures  the  cellular membrane integrity and is a mean of quantifying dead cells was also done. Our results show that a pre-treatrnent with 50.0  J.tg/ml BM extract protected the dopaminergic SK-N SH  cell  tine  against  MPP+ and  PQ-induced  toxicity  in  various  cell  survival  assays. Furthermore,  we  showed  that  Bacosides  compounds  were  involved  in  neuroprotection against various toxins.
ln the second research objective we investigated the antioxidant activity of BM extract. Towards this, using various  fluorescent dyes  and electrochernical detection,  we demonstrated  that BM  extract degraded  H202 and decreased  H202 and PQ/DQ-induced

VII

intracellular   reactive  oxygen  species  (ROS)  levels.  BM cxtract  also  prevented   PQ/DQ induced  superoxide anions  generation   in  SK-N-SH   and  PCI2 cells.  Additionally,  BM extract  (2.5  j.tg/ml) also prevented  MPP+-induced  intracellular  reduced  glutathione (GSH) depletion.  Besicles, BM extract also decreased  H202 and acrolein-induced protein oxidation. Adaptation  and neuronal  survival  in response to oxidative  stress depend on various cellular redox-regulated transcription  factors. Hence, in the third research objective  we assessed  the ability of the BM extract  to modulate different  redox-signaling pathways.  Using western lot analysis   and  enzymatic   assays,   we  demonstrated  that  BM  extract   alone  activated   the activated  protein  kinase  B (AKT)  and  nuclear  erythroid  2-related  factor  2 (Nrf2)  at 40.0 j.tg/ml and   1 0.0   j.tg/ml respective!y,  and   increased   the  activities   of  various   phase   2 antioxidant  enzymes. BM pre-treatment (40.0   j.tg/ml) also  prevented  the  PQ/DQ-induced down  regulation  of the antioxidant  defence  systems  such as y-glutamylcysteine synthetase (y-GCS) and thioredoxinl (Trxl) levels.   Moreover,  BM pre-treatment prevented  the H202 and acrolein-induced activation  of the nuclear  factor-kappaB (NF-KB), mitogen  activated
protein  kinases  (MAPKs) and  p66Shc  and  preserved  Sirtuinl   leve! in  SK-N-SH   cells. These results indicate that BM extract can modulate different redox-signaling pathways. Since  mitochondrial  dysfunctions have also  been shown  to play a pivotai  role in AD and PD  pathophysiology, in the  final  objective  we  investigated   the  effect  of  BM extract  on various mitochondrial functions.  Using various fluorescent  dyes, we demonstrated that BM extract   prevented    the   H202,   acrolein,    and   MPP+-induced   decline   in   mitochondrial membrane  potential  (MMP)  levels. Using semipurifed  mitochondrial fraction,  we showed that BM extract (50.0  j.tg/ml) also preserved  mitochondrial complex1  activity  against  MPP+ treatment.   Additionally,  BM  extract   increased    mitochondrial  NADH   dehydrogenases activity. These results suggest that BM extract can modulate and preserve mitochondrial functions during oxidative stress.
Takcn   together   our   work   contributes   to   a   better   understanding   of   the   various neuroprotective mechanisms underlying BM extract against various neurotoxins and this may  further  open  up  the  possibility  of  its  therapeutic  application  in  targeting  and modulating the various pathophysiological mechanisms involved in the progression of AD
and PD.


identifier: Scarino, Andrea  (2012). Évaluation de la toxicité pulmonaire de l’ozone, des nanoparticules de dioxyde de titane et des vapeurs d’éthanol dans un modèle animal d’asthme allergique.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 155 p.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.L'éthanol est de plus en plus utilisé dans l'essence dans le but de réduire les émissions de gaz à effet   de   serre   des   véhicules.   Quoique   cette   initiative   puisse   être   profitable   pour l'environnement, elle est susceptible d'exposer les populations de façon involontaire par voie d'inhalation  à  des  concentrations  croissantes  de   vapeurs  d'éthanol.  L'état   actuel  des connaissances sur la toxicité de l'éthanol  et ses sous-produits de combustion rend difficile toute évaluation  des  risques  pour  la  santé  humaine  que  pose  l'utilisation  croissante  de carburants  additionnés  d'éthanol.  On  peut  également  se  demander  si  la  présence  d'une condition  pathologique pulmonaire, telle l'asthme  allergique  qui  touche 270  millions de personnes mondialement, pourrait rendre ces personnes plus vulnérables vis-à-vis la toxicité pulmonaire  induite  par  des   vapeurs  d'éthanol.   Il  existe  aussi   d'autres   contaminants atmosphériques, notamment l'ozone et les nanoparticules, qui sont reconnus pour causer de l'inflammation  pulmonaire. L'ozone, un irritant pulmonaire important, est présent au niveau du sol étant  principalement généré par le trafic routier, et il constitue  par conséquent un danger  pour la  population.  Les  nanoparticules,  et  particulièrement  les nanopruticules de synthèse, sont  des  contaminants environnementaux  dont  l'impact  sanitaire est  difficile  à caractériser  et,  par  conséquent,  pratiquement  inconnu  à  ce  jour  malgré  leur  utilisation croissante. Pour compliquer les choses, les rares études sur cette question ont produit des résultats parfois contradictoires quant aux effets pulmonaires de l'inhalation de nanoparticules de dioxyde de titane (nano-Ti02) chez les asthmatiques.

Le présent projet vise à étudier la réponse inflammatoire pulmonaire suite à l'inhalation d'éthanol,   de   nano-Ti02,    d'ozone   ou  d'un   mélange  éthanol-ozone   chez   un  modèle expérimental d'asthme,  soit le rat Brown Norway sensibilisé à l'ovalbumine.  En variant la concentration  de  l'allergène  ovalbumine  (0,1  à  5%)  lors  des  provocations,  nous  avons sélectionné une concentration (1.5% causant environ 30% de l'effet  maximal) permettant de mesurer une modulation à la hausse ou à la baisse de la réponse allergique consécutive à l'exposition  aux contarninants. Des lavages bronchoalvéolaires (BAL) réalisés à différents temps suivant  la  provocation  (6-72  h)  ont  permis de  déterminer  le  moment auquel  les leucocytes, notamment les éosinophiles, atteignent un nombre maximal (48 h). Le contenu et le niveau relatif de plusieurs cytokines a été mesuré dans le surnageant des BAL et dans le plasma. À 6, 24, 36, 48 et 72 h suivant la provocation, aucune différence significative dans le nombre total de leucocytes, ni dans le compte d'éosinophiles,  n'a été observée chez les rats exposés à l'éthanol seul (6 h/jour pendant 14 jours à 3000 ppm) comparativement à des rats
témoins asthmatiques.

Une exposition unique aux nanoparticules de Ti02  (9.35 mg/m3 a causé une réduction du nombre de leucocytes, dont les éosinophiles, dans les BAL prélevés immédiatement à la fin d'une exposition de 6 h (48 h suivant la provocation allergénique). Les niveaux d'IL-4, d'IL-6 et de IFN-y dans le plasma ou dans les BAL étaient diminués chez les rats traités avec les nano-Ti02. Pour ce qui est des expositions à l'ozone, seul ou en présence d'éthanol, aucune différence significative n'a été observée au niveau de l'inflammation pulmonaire lorsque les BAL étaient effectués 24 h suivant la dernière exposition (48 h suivant la provocation allergénique) à 0,4 ppm pendant 3d (4 h/d). Une baisse significative a cependant été observée pour des  expositions à  l  ppm d'ozone  selon  divers  scénarios d'expositions  uniques ou répétées (allant de 1 jour avant le déclenchement de la réponse asthmatique jusqu'à deux jours après la provocation à l'allergène). Il est à noter que l'exposition à l'ozone a par contre causé une augmentation de la contractilité maximale de la trachée chez ces rats.  La concentration plasmatique de MCP-1 ainsi que les niveaux de TNF-a, MIP-3a et IL-13 dans les BAL étaient diminués comparativement à ceux chez les rats asthmatiques exposés à l'air. Ces réductions de l'inflammation ont aussi été confirmées par analyse histologique des poumons.

Au plan sanitaire, ces données suggèrent que la contamination de l'air urbain par des vapeurs d'éthanol provenant de l'essence est peu susceptible d'exacerber l'asthme allergique. Chez les rats souffrant d'une  réaction asthmatique, la réduction de l'inflammation pulmonaire causée par l'inhalation d'ozone ou de nano-Ti02   est une observation qui ouvre la voie à l'étude  de mécanismes anti-inflammatoires pulmonaires.


identifier: Wong, Xiao Xiang  (2012). Characterisation of epithelial cells infection by morbilliviruses.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 94 p.

subject: rougeole morbillivirus maladie mev cdv virus carre

abstract:
Measles (MeV) and Canine distemper vints (CDV) are closely related members of the genus Morbillivints in the Paramyxoviridae family. They are transmitted by aerosol droplets, and cause a moderate to severe disease characterized by rash, fever, respiratory and gastrointestinal signs and immunosuppression in their respective hosts. The virus initially targets immune cells expressing its primary entry receptor: the signaling lymphocyte activation molecule (SLAM; CD150). After massive replication in lymphoid tissues, the virus spreads to epithelial tissues in organs throughout the body, which coïncides with the appearance of clinicat signs. The virus is finally released into the respiratory tract, and transmitted to a new host.
Recent studies have refined the current mode!of MeV pathogenesis, proposing

that virus replication in epithelial cells is not necessary to initiate an infectious cycle or for viral dissemination, but required for shedding and transmission. To validate this new mode!, we took advantage of a more severe disease phenotype seen in CDV-infected ferrets. We hypothesized that the mechanism of interaction with the epithelial cell receptor is conserved between MeV and CDV, and that the same H protein region is involved in this interaction.
To test our hypothesis, we first introduced the mutations conferring an epithelial cell receptor (EpR)-blind phenotype from MeV H to the CDV H protein (V478S, P493S and Y539A). Protein transport to the cell surface was slightly reduced for one of the mutant H proteins, but nevertheless, they ali retained wild-type fusion capacity in SLAM expressing cells. We then produced a recombinant CDV expressing aH protein carrying the respective EpR-blind mutations. Ali mutant viruses replicated with similar efficacy as the wild-type CDV in SLAM-expressing celis, but poorly in canine and ferret epithelial cells, illustrating their inability to infect epithelial cell. The tropism and pathogenesis of the EpR-blind CDV was finaliy evaluated in ferrets. Infection with wild-type CDV causes a lethal disease in these animais, and recapitulates the clinicat signs of measles in
humans. Ferrets infected with the EpR-blind CDV had similar viralloads  and experienced a similar extent of immunosuppression as wild-type infected animais. However, they did not show any signs of clinicat disease such as rash, fever or weight loss. More importantly, no virus was detected in the epithelial tissues of the trachea, lungs orbladder.
Taken together, our data from the ferret mode!supports and strengthens the

previous MeV pathogenesis study in macaques by Leonard et al. We have shown that the infection of epithelial cells has little or no role in establishing infection and systemic spread, but rather contributes to the development of clinical disease, virus shedding and transmission to a new host. The implication of structurally conserved H protein residues in epithelial cells entry, further suggests that morbilliviruses share a common epithelial receptor. In this perspective, approaches that interfere with the entry into epithelial cells may constitute a novel strategy for controlling the transmission ofthese highly
contagious viroses, and may therefore contribute to the global eradication of MeV.


identifier: Trudeau, Karine  (2012). Étude des mécanismes de radiorésistance et radiosensibilisation bactérienne lors de l’irradiation gamma.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 79 p.

subject:
listeria
monocytogenes
staphylococcus
aureus
escherichia coli
proteine

abstract:
Le but de ce projet de maîtrise est d'identifier les phénomènes qui sont responsables de la radiosensibilisation et de la radiorésistance bactérienne afin de pouvoir développer de nouvelles méthodes de conservation et assurer l'innocuité alimentaire. L'hypothèse est que le comportement des bactéries pathogènes alimentaires après irradiation est influencé par plusieurs facteurs génomiques et protéiques. Le premier objectif était d'étudier les variations d'expression de protéines de Listeria  monocytogenes,  Staphy/ococcus  aureus  et Escherichia coli 0157:H7 lors de l'irradiation gamma. Les résultats obtenus montrent des changements dans l'expression des protéines totales lors de l'irradiation gamma, et ce, pour des doses de sensibilisation et des doses létales. Le deuxième objectif était d'étudier I'ARN messager de sept gènes codant pour des protéines de choc thermique chez E. coli 0157:H7 lors de l'irradiation gamma à différents temps post irradiation. En ce qui à trait à la quantification des ARN messagers de E. coli 0157:H7 à une dose de sensibilisation, il y a une augmentation relative de l'expression de I'ARN messager codant pour les protéines de choc thermique ClpB, HtpG, GreES, GrpE et lbpB, ce qui ne correspond pas à une réponse classique à un choc thermique. À la lumière des résultats obtenus lors de ce projet de maîtrise, il serait pertinent de réaliser comme projet futur des puces à ADN pour E. coli 0157:H7 avec une extraction d'ARN immédiatement après

 aim of this project is to study the phenomena responsible for the radiosensitization and radioresistance of bacteria in order to develop new methods of conservation and to ensure food safety. The assumption is that the behaviour of pathogenic bacteria from food irradiation is influenced by several genomic and proteic factors. The first objective was to study changes in proteins of Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus and Escherichia coli 0157:  H7 during gamma irradiation. The results show changes in the expression of total protein in the gamma irradiation, for sensitization and lethal doses. The second objective was to study the messenger RNA of seven genes encoding heat shock proteins in E. coli 0157:  H7 during the gamma irradiation at different times post irradiation. With regard to the quantification of messenger RNA of E. coli 0157: H7 at a sensitization dose, there is a relative increase in the expression of messenger RNA coding for heat shock proteins ClpB, HtpG, GroES, GrpE and lbpB, which does not correspond to a classic response to heat shock. Finally, based on the results of this project, it would be appropriate to carry DNA microarrays for E. coli 0157: H7 with an RNA extraction immediately after irradiation.


identifier: Stafford-Richard, Théo  (2012). Les neutrophiles humains en culture in vitro prolongée : Comportement en réponse aux interleukines 4 et 15.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 63 p.

abstract:
Chez l'humain, les granulocytes polymorphonucléaires (PMNs) ou neutrophiles sont les cellules immunitaires les plus abondantes dans la circulation sanguine et forment la pierre angulaire de l'immunité innée. Ce sont des cellules de courte durée de vie qui entrent rapidement en apoptose dans les premières 24 heures suivant leur mise en culture in vitro. Dans  un  contexte  ln  vivo  et  en  condition homéostatique, les  PMNs  apoptotiques sont rapidement éliminés par les autres phagocytes. Toutefois, dans certaines situations, les PMNs apoptotiques ne sont pas convenablement reconnus et phagocytés, comme c'est le cas   en culture in  vitro  purifiée  où  il  n'y  a  pas  présence d'autres phagocytes. Ainsi,  les  PMNs apoptotiques peuvent progresser vers le stade subséquent qu'est la nécrose secondaire. Dans cette étude, nous avons évalué les fonctions inflammatoires des PMNs humains maintenus en culture in vitro jusqu'à 48 heures et comparé leur réponse à celle de PMNs fraichement isolés. Nous avons démontré que les PMNs cultivés préservent leur capacité à répondre aux signaux pro-inflammatoires, à  adhérer sur  un substrat cellulaire, ainsi qu'à suivre un gradient chimiotactique et transmigrer à  travers une matrice de polycarbonate. Les fonctions anti microbiennes, incluant la phagocytose et la production de radicaux oxygénés, sont également maintenues chez les PMNs cultivés et peuvent encore être potentialisées par des agonistes inflammatoires. Alors qu'il est bien connu que les PMNs apoptotiques perdent leurs capacités fonctionnelles, que la durée de vie de ces cellules, y compris leur fonction effectrices, peuvent être prolongées jusqu'à un certain point en les cultivants en présence d'agents anti apoptotiques, il s'agit de la première étude démontrant que les PMNs humains demeures biologiquement fonctionnel au terme d'une culture in vitro prolongée. Ces résultats sont en accord avec le concept selon lequel au moins une proportion de neutrophile

ln humans, polymorphonuclear neutrophils (PMNs) are the most abundant immune cells in the bloodstream, forming the cornerstone of innate immunity. They possess a very short Jifespan, undergoing spontaneous apoptosis within 24h when cultured in vitro. ln vivo and under normal circumstances, once inflammation has been resolved, PMNs undergo apoptosis and are then recognized and eliminated by ether phagocytes. However, in   sorne situations, PMNs undergo secondary necrosis if not properly recognized by phagocytes; which is the case when they are cultured in vitro, since ether cells are removed during isolation. Here, we focused on evaluating inflammatory functions of freshly isolated PMNs and comparing them to PMNs maintained in culture for up to 48h. We showed that in vitro cultured PMNs are still able to respond to inflammatory signais, adhere to cellular substrates, follow chemotactic gradients and transmigrate through a polycarbonate matrix. Anti-microbial activities such as phagocytosis and ROS production remain functional in cultured cells and these functions can stiJl be potentiated by pro-inflammatory agonists. While it is weil known that apoptotic PMNs Jose their functional activities and that the Jifespan of these cells, as weil as their functionality, can be preserved to sorne degree by  culturing them    with  anti-apoptotic cytokines, this  is  the  first  study to demonstrate that PMNs are biologically responsive during prolonged in vitro culture, consistent with the concept that at Jeast  a   portion of PMNs can live longer than previously thought.


identifier: Stratulat, Iulia  (2012). Encapsulation de composés lipophiles sous forme d’émulsions simples dans la matrice fromagère.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 117 p.

subject: fromage emulsion huile lien caseinate calcium vitamine omega-3 lecithine

abstract:
Actuellement, les aliments fonctionnels sont de plus en plus appréciés chez les consommateurs.  Ils regardent au-delà des valeurs nutritionnelles des aliments et cherchent à trouver des composés pouvant améliorer leur santé et prévenir différentes maladies. Comme les produits laitiers ont une forte valeur nutritionnelle, le fromage enrichi  en agents bioactifs lipophiles offre un nouveau choix d'aliments fonctionnels et permet de satisfaire les exigences des consommateurs. Cependant, l'ajout de composés bioactifs au fromage pose un défi important en raison des pertes élevés dans le lactosérum. Afin de prévenir ce problème, dans cette étude, des agents bioactifs lipophiles ont été encapsulés dans deux types d'émulsions simples. Ces émulsions ont été constituées d'une solution de caséinate de calcium et d'huile de lin dans laquelle ont été dispersées les composantes bioactives (vitamine E, A et Co010)  en  présence ou en absence de lécithine. Les  vitamines A, E et la Co01o ont été ajoutées séparément ou tous ensemble dans la même émulsion. Ces émulsions ont été utilisées en qualité de crèmes fonctionnelles pour standardiser le lait fromager.
Le rendement fromager, le taux de rétention des protéines, des gras et des agents actifs ont été déterminés. Une évaluation quantitative des vitamines et de leur activité biologique a été réalisée à 0, 30, 60 et 90 jours d'entreposage. L'enrichissement du caillé en  acides gras omega-3 a été évalué par le calcul de l'indice d'insaturation des lipides selon la spectroscopie infrarouge.  Les crèmes fonctionnelles développées ont permis l'incorporation d'huile de lin sous forme d'émulsions  simples et  d'enrichir àinsi le fromage en  acides omega-3.    Le fromage fortifié avec l'huile de lin a montré un indice d'insaturation des lipides 36 fois plus élevé que le fromage témoin, préparé avec la crème laitière.
L'utilisation des  conditions  optimales  d'encapsulation nous  a  permis  de  récupérer  une importante quantité (90-93%) d'agents bioactifs dans le caillé et de maintenir leur bioactivité durant au moins 3 mois. L'ajout de la lécithine de soya a permis d'augmenter fortement la stabilité des émulsions, la rétention et la préservation des composantes bioactives lipophiles dans le fromage au cours de l'entreposage. Les agents bioactifs ont également amélioré la stabilité des  émulsions et la résistance des fromages contre l'oxydation, la composition et le rendement fromager. L'encapsulation des 	molécules bioactives dans  la  même  matrice fromagère a révélé une bonne compatibilité entre les agents incorporés. La vitamine E a été régénérée après 3 mois d'entreposage probablement due à la CoQ10 qui est connue pour recycler la vitamine E. La nouvelle approche développée dans cette étude pourrait être utilisée dans l'industrie agro-alimentaire pour accroître la valeur nutritionnelle du fromage et satisfaire l'exigence des consommateurs.

Functional foods are becoming increasingly popular among consumers who look beyond the nutritional value of foods and try to find compounds that can improve their health and prevent various diseases. Dairy products have a high nutritional value and cheese enriched in lipophilic bioactive agents offer a new range of functional foods that can fulfill consumers' requirements. However, the addition of bioactive compounds in cheese poses a significant challenge due to high losses in the whey. To prevent this problem, in this study, the lipophilic bioactive agents were encapsulated in two types of simple emulsions. These emulsions were made from a solution of calcium caseinate and flaxseed oil in which were dispersed the
bioactive compounds (vitamin E, A and Co010)  in presence or absence of lecithin. Vitamins

A, E and CoQ 10  were added individually or together in same emulsions. These emulsions were used as functional creams to standardize cheese milk. Cheese yield and the retention of protein, fat and active components were determined. A quantitative assessment of vitamins and their biological activity was performed at 0, 30, 60 and 90 days of storage. The enrichment of curd in omega-3 fatty acids was evaluated by calculating the index of lipid unsaturation by using infrared spectroscopy. Developed emulsions allowed the incorporating flaxseed oil in the form of emulsified particles and enriching the cheese in omega-3 fatty acids. Fortified cheese in flaxseed oil presented an index of unsaturation of lipids 36 times higher than control, prepared with dairy cream. The determination of optimal conditions for encapsulation enabled recovering a significant amount (90-93%) of bioactive agents in curd and maintaining their bioactivity for at least 3 months. The addition of soy lecithin increased strongly emulsion stability, retention and preservation of lipophilic bioactive components in cheese during storage. Bioactive agents also improved emulsion stability and cheese resistance against oxidation, cheese composition and yield. The encapsulation of bioactive molecules in same cheese matrix showed a good compatibility between embedded agents. Vitamin E was regenerated after 3 months of storage probably due to CoQ 10 which is known to contribute recycling vitamin E. This new approach developed in this study could be used in food industry to improve the nutritional value of cheese in view of satisfying consumer demands.


identifier: Séguin, Mariane  (2012). La régulation de RSMA chez pseudomonas aeruginosa.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 175 p.

subject: transcription regulateur quorum sensing

abstract:
Pseudomonas  aeruginosa  est une bactérie à Gram négatif qui est en mesure de croître dans une  vaste gamme  d'environnement  comme  l'eau,  le sol et  la rhizosphère.  Cependant,  cette bactérie  est  aussi   un  pathogène   opportuniste   responsable   d'infections   graves   chez   les personnes immunodéficientes. Ces infections peuvent être chroniques ou aiguës. P. aeruginosa utilise  des  systèmes  de  quorum  sensing  complexes  pour  réguler  l'expression  de  la grande majorité  de  ses  gènes  de  virulences.  Le  régulateur  post-transcriptionnel  RsmA  est  un  des facteurs importants influençant des gènes contrôlés par le quorum sensing chez P. aeruginosa. Cette protéine agit en liant une région spécifique de certains ARNm cibles, ce qui empêche la traduction de ceux-ci. RsmA contrôlerait le passage entre les différents modes d'infections  soit, aiguë et chronique, en réprimant des gènes impliqués dans les infections chroniques comme l'opéron hcnABC et le système de sécrétion de type VI. RsmA peut aussi avoir un effet positif, mais seulement de façon indirecte, telle la régulation du système de sécrétion de type Ill et les pili de type IV. L'activité de RsmA est régulée au niveau post-traductionnel par deux petits ARN non  codant,  RsmZ  et  RsmY,  qui  peuvent  séquestrer  RsmA  et  affecter  la  concentration  de protéines actives. Bien que les cibles de RsmA soient en partie identifiées, aucune information n'est disponible sur la régulation même de cette protéine aux niveaux transcriptionnel et traductionnel. Afin de caractériser les voies de régulation de RsmA, deux  fusions de promoteur
/acZ ont été développés, créant ainsi deux rapporteurs, un transcriptionnel et un traductionnel. L'expression des rapporteurs a été quantifiée dans différents mutants codant pour d'importants régulateurs du QS. De plus, pour identifier de nouveaux régulateurs de rsmA, une mutagenèse aléatoire a été effectuée à l'aide d'un transposon dans la souche sauvage P. aeruginosa PA14. Les résultats obtenus démontrent  que rsmA est régulé au niveau  transcriptionnel  ainsi qu'au niveau traductionnel par de multiples facteurs. Les sites d'initiations de la transcription ont aussi été identifiés pour ce gène. Finalement, l'effet de la température ainsi que de différentes sources de carbone sur la régulation de rsmA ont été étudié.


identifier: Simon, Marie-Michelle  (2012). Dégradation, phosphorylation et devenir des protéines du cytosquelette moésine et ezrine durant l’apoptose du neutrophile humain.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 85 p.

subject: arthrite rhumatisme

abstract:
L'apoptose du neutrophile humain, également appelée mort cellulaire programmée, est un mécanisme très important pour le maintien de l'homéostasie durant la réponse inflammatoire. Il est donc primordial d'étudier  ce phénomène afin de pouvoir élaborer des stratégies thérapeutiques dans le but de réduire ou d'augmenter le nombre de neutrophiles  au  site  inflammatoire  selon  le  cas.  L'étude  du  devenir  et  du  rôle des protéines du cytosquelette de la cellule durant l'apoptose  du neutrophile est une façon utilisée pour comprendre en détaille mécanisme de mort cellulaire programmée. Jusqu'à maintenant,  aucune  étude  n'a  été  effectuée  en  ce  qui  a  trait  à  l'implication   dans
1'apoptose du neutrophile humain des protéines du cytosquelette ezrine et moésine. Ces protéines  occupent  une  fonction  primordiale  dans  la  cellule,  puisqu'elles   aident  à maintenir  l'intégrité  du  cytosquelette  en  liant  la  membrane  plasmique  aux  filaments d'actine et jouent le rôle de protéine adaptatrice, donc elles peuvent lier des récepteurs à la surface de la membrane à des protéines situées en aval des voies signalétiques. Nos résultats ont montré que l'ezrine et la moésine sont déphosphorylées (inactivées) très tôt lors de l'apoptose du neutrophile humain. Également, nous avons montré que la moésine et l'ezrine étaient dégradées et exprimées à la surface du neutrophile lorsque le taux d'apoptose dans le milieu réactionnel avoisinait les 100%. Ce dernier résultat est particulièrement  intéressant,  puisque 1'expression  de  protéines  du  cytosquelette  à  la surface  du  neutrophile  en  apoptose  pourrait  potentiellement  être  un  phénomène  à l'origine  de la production d'auto-anticorps  lors de maladies inflammatoires chroniques. Également, nos résultats ont permis de mieux comprendre le mécanisme de l'apoptose chez le neutrophile humain, phénomène essentiel à la résolution de l'inflammation.


identifier: Alt, Benjamin  (2003). Sexual dimorphism of hepatic genes expressed in hexachlorobenzène treated rats.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 124 p.

subject: hcb hexachlorobenzene porphyrie

abstract:
Hexachlorobenzene (HCB) is an epigenetic carcinogen that is persistent in the environment and has a tendency to bio-accumulate. HCB is stored in fatty tissues of animais and humans. When rats are exposed to HCB, females are more susceptible to develop tumors as compared to males. The genes responsible for such an expression are poorly understood. The  objective of  this study was to determine the gender-specific hepatic gene expression profiles observed in rats exposed to HCB.

Four experimental groups were used; control males; control females; HCB-treated males and HCB-treated females. Treated rats were exposed to HCB (100 mg/kg) for five consecutive days and sampled on day 50 of the experiment. The in vivo exposure model used in the present study in which rats are sampled at day 50 represents a "steady state" situation following  from HCB exposure. Total RNA  was isolated from the liver and reverse transcribed and used to screen an Atlas™ 1.2 II Rat Array containing 1176 genes. Data were analyzed using four individual rats per experimental group. Genes expressed in at least 3 out of 4 trials were selected for analysis. In addition, the genes must have had signal intensities at least 2X background level.
Our data indicates a sexual dimorphism in the expression of hepatic genes due to HCB-treatment. The female control group displayed comparable gene expression as the male control group (185 versus 184 genes). Seven genes were exclusively found in the male  control  group;  ERp29,  synaptogyrin   1,  synaptojanin,  DPPIII,  kinesin-related protein,  atrophin  1  and  glycoprotein  55.  Two  genes  were  exclusively  expressed  in
females; Mammalian achaete scute homolog 2 (MASH-2) and carboxypeptidase z.

In  HCB-treated  males  a  total  of  189  genes  were  detected  by  the  eDNA microarray. Four of those genes had significant differentiai expressions; EGR2, dihydropyrimidinase and a liver-specific transport protein were down-regulated while epoxide hydrolase, an enzyme involved in the biotransformation of xenobiotics and epoxides was up-regulated.

No genes were exclusively expressed in HCB-treated females. However, HCB caused an  18%  decrease (31  genes)  in  the  total  number  of  genes  detected by  the microarray in livers of HCB-treated females compared to control females. Twenty-nine percent of the 31 genes decreased in HCB-treated females have already been reported to be down-regulated in liver cancer. Furthermore we noticed a sexual dimorphism at the genetic level since in HCB-treated females surprisingly only 151 were expressed among which five genes were differentially expressed in HCB-treated females only; phosphatidylethanolamine N-methyltransferase, phosphatidylethanolamine binding protein, ribosomal protein L18 and testis-specific farnesyl pyrophosphate were up regulated while protectin/CD59 was repressed.

Thirty-six genes were altered by HCB treatment and may be implicated in the epigenetic mechanism of HCB-induced hepatocarcinogenesis. Of those genes 31 were found to be putative tumor suppressor genes whose mRNA levels were undetectable in HCB-treated  females  and  5  that  showed  sexual  dimorphism  in  terms  of  genetic expression.  The functional genomic approach used in this study bas enabled us to target and identify trends in the expressions of clusters/families of genes that have been linked to HCB-induced hepatocarcinogenesis in HCB-treated females only.  The results of this study expose additional insights into the mechanisms underlying HCB carcinogenesis. We propose a primary mechanism by which HCB alters the DNA methylation machinery of the cell, a known factor implicated in epigenetic carcinogens and reported to contribute to the early steps of carcinogenesis.


identifier: Beauchemin, Chantal  (2003). Développement d’un réplicon viral inductible dans les plantes à l’aide du virus de la mosaïque du navet (TuMV) portant un gène rapporteur.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 98 p.

subject: inducteur replicon gene rapporteur

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.Les potyvirus sont des vecteurs intéressants pour la fabrication de protéines d'intérêt pharmaceutique dans les plantes. Leur génome formé d'un ARN monocaténaire est traduit  en une seule polyprotéine et toutes les protéines virales sont présentes en quantité équimolaire dans la cellule infectée. Toutefois, les gènes étrangers au génome
viral ont tendance à être délétés suite à une propagation prolongée dans une plante.

Notre  hypothèse  de  travail  est  que  l'introduction  d'une  copie  silencieuse de l'ADNe viral dans le génome de la plante (Nicotiana tabacum) réduirait  les risques de délétion du gène d'intérêt au cours de la croissance de la plante. Au moment opportun,
la transcription  du virus serait induite;  à ce moment, les protéines virales et d'intérêt

seraient produites.

Pour démontrer  notre  hypothèse, nous avons utilisé deux espèces de plantes différentes : Brassica perviridis et Nicotiana tabacum. Nous avons infecté ces plantes par le bombardement  particulaire  afin d'effectuer  des études d'expression transitoire. Les constructions plasmidiques fixées sur des microparticules d'or contenaient l'ADNe viral modifié.

Nous avons d'abord montré que l'introduction d'un gène rapporteur dans l'ADNe du TuMV entre les gènes codant pour Plet HC-Pro affecte peu l'infectivité du virus chez B.  perviridis.  En  effet,   nous  avons  obtenu  des  symptômes  systémiques  suite  au bombardement   avec	les   constructions	p35Tunos/GFP  et 	p35Tunos/GUS  où 	la transcription de l'ADNe du TuMV se trouve sous le contrôle du promoteur constitutif 355. De  plus,  nous  avons  observé  l'expression  des  gènes  rapporteurs  dans  les  plantes infectées.

Nous avons ensuite  rendu  inductible  la  transcription  de l'ADNe du  TuMV. Le promoteur  choisi a été le promoteur ToplO  (PTop10) inductible au dexaméthasone et la construction associée était pTopTunos. La transcription a été possible en présence de l'activateur  de  transcription  TGV et  de  l'inducteur  le  dexaméthasone (dx).  Mais en absence de l'inducteur et du facteur de transcription TGV, une transcription est tout de même effectuée puisque des symptômes d'infection systémique ont été visibles sur quelques plantes.

Afin de réduire les risques de transcription spontanée chez les plantes transgéniques de N. tabacum exprimant le TuMV chimérique, nous avons développé un système de complémentation. Une mutation pour obtenir les acides aminés « VNN » de la polymérase virale dans le motif GDD abolirait sa fonction.  La polymérase serait complémentée en trans par une polymérase fonctionnelle inductible se trouvant sur une autre construction. Cette polymérase fonctionnelle se trouverait  dans le génome de la plante sous le contrôle du Prop10 • Des essais d'expression transitoire sur des feuilles de N. tabacum avec les différentes  constructions TuMV/GFP-vNN ou TuMV/GUS-vNN complémentées avec la polymérase ont montré que le système est réalisable. En effet, nous avons observé l'expression des gènes rapporteurs dans les feuilles bombardées.

Nous avons alors plusieurs évidences qui supportent notre hypothèse voulant qu'il soit possible d1ntroduire un gène étranger dans le génome du TuMV et de rendre son expression inductible.


identifier: Bergevin, Isabelle  (2003). Étude de la régulation du gène mntH de Escherichia coli.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 122 p.

subject: manganese virulence enterobavterie transporteur

abstract:
La protéine MntH de E. coli (MntHEc) est un homologue bactérien des protéines Nramp eucaryotes qui sont impliquées dans le contrôle de la réplication des pathogènes intra-cellulaires des macrophages. MntHEc  est  un transporteur de  manganèse à  haute
affinité dépendant du proton, dont les substrats secondaires incluent le Fe2+  et le Co2+.

Afin d'étudier la régulation du gène mntH, une souche contenant une fusion transcriptionnelle intra-chromosomique PmntH-luciférase a été construite. L'activité  du promoteur de mntH (PmntH), telle que mesurée à l'aide de la lumière produite par la luciférase, est induite en présence de chélateurs de métaux divalents tels le 2,2'-dipyridyl (DP), ainsi qu'en  présence de peroxyde d'hydrogène. L'expression de la fusion PmntH luciférase et le transport de manganèse dans les cellules augmentent significativement dans une souche qui n'exprime pas le répresseur Fur (ferric uptake regulator). La liaison de la protéine Fur au promoteur de mntH a été démontrée in vitro. L'activité de PmntH en
milieu minimum est dépendante de la quantité de Fe2+ dans le milieu, mais un excès de

Co2+ ou Mn2+ peut rétablir la répression du gène en conditions limitantes en fer. Le gène fur est requis pour assurer une répression complète du gène mntH en présence de fer, toutefois l'induction du gène en conditions de privation en fer persiste en absence de fur. D'autre part, le gène fur est essentiel pour la répression de mntH en présence de Co 2+ mais il n'influence pas la répression Mn2+-dépendante du gène. Un double mutant mntH fur présente un défaut de croissance en milieu minimum. Ce défaut a pu être corrigé par l'ajout  de manganèse dans le milieu ou encore par la sur-expression du gène mntH. Finalement, une mutation dans le gène mntH rend E. coli plus sensible au stress oxidatif
causé par l'exposition au peroxyde d'hydrogène. La sensibilité a pu être éliminée par la supplémentation du milieu avec du Mn2+. Les implications de la régulation par le fer d'un transporteur de manganèse seront discutées en relation avec les mécanismes de résistance au stress oxydatif.


identifier: Bellessort, Fabienne  (2003). Évaluation de l’immunisation d’un plasmide codant pour les protéines de la matrice du virus de l’influenza comme élément protecteur chez les souris.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 150 p.

abstract: La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. L'industrie  porcine  du  Québec  est  régulièrement  aux  prises  avec  des   épidémies d'influenza qui entraînent d'importantes pertes économiques.   Le porc constitue aussi un hôte intermédiaire produisant des réassortants qui peuvent mener à de graves épidémies chez l'humain.   Ainsi, le pouvoir protecteur de l'immunisation génétique d'un plasmide codant pour les protéines de la matrice (M1 et M2) a fait l'objet d'une évaluation.   Nous avons ciblé le gène M, le plus conservé du virion.   Cette caractéristique représente un avantage par rapport aux antigènes de surface très variables utilisés habituellement en vaccinologie anti-influenza.  On a donc cloné le gène M du virus de l'influenza de type A (H1N1), A/Sw/Québec/53/91 (SwQc91) dans le vecteur pRc/CMV2 grâce aux sites de restrictions Apa 1   et Hind Ill.   Par la suite, on a immunisé les souris Balb/C par voie intramusculaire (i.m.) avec 200 ug d'ADN plasmidique (pRc/CMV2/M) 3 fois à 3 semaines d'intervalles.   On a mesuré le titre des anticorps (Ac) anti-M par ELISA en récoltant les sérums des semaines 0, 2, 5, 8 et 11.  C'est à partir de la semaine 8 qu'on a observé un titre Ac anti-M de 640.   Enfin, 2 semaines après la dernière injection, on a évalué la protection engendrée par l'immunisation, au moyen d'un défi létal par voie d'injection de SLDSO de la souche adaptée chez les souris. On a observé un taux de survie de 50 % par suite de cette immunisation.  D'autre part, la co-administration d'un plasmide codant pour IL-2 (pcDNA3/IL-2) comme adjuvant n'augmente ni le titre Ac ni la protection.   Ainsi, l'administration de pRc/CMV2/M induit une réponse immunitaire menant à une protection potentielle chez les souris infectées par un virus fatal de l'influenza.


identifier: Boisvert, Annie  (2003). Variabilité antigénique et génétique d’isolats de Mycoplasma hyopneumoniae.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 130 p.

subject: mycoplasma pneumonie porcs

abstract:
Mycoplasma  hyopneumoniae est 1'agent causal de la pneumonie enzootique porcine. Cette maladie respiratoire chronique et très contagieuse est rarement mortelle mais retarde la croissance des animaux atteints. De plus, l'infection avec M. hyopneumoniae  peut prédisposer à de graves infections secondaires. Cette pathologie engendre chaque année des pertes économiques considérables pour les producteurs de porcs. C'est pourquoi il serait souhaitable de contrôler la propagation de ce pathogène. Malheureusement, les vaccins existants n'induisent qu'une  protection partielle contre l'infection. Différents problèmes sont aussi associés au diagnostic de cette bactérie, entre autres, la difficulté de l'isolement et les réactions antigéniques croisées entre les différentes espèces de mycoplasmes porcins.

L'utilisation de protéines immunodominantes et spécifiques à M. hyopneumoniae, notamment P36,  P46,  P65 et  P97  pourra éventuellement remédier au  problème de réactions croisées. De plus, les protéines P46 et P97 induisent une réponse humorale précoce. Notre laboratoire prévoit se  servir de  ces  protéines recombinantes pour le développement de tests sérologiques et de vaccins sous-unitaires. Cependant, peu d'informations sont disponibles sur leur variation entre les différentes souches de M. hyopneumoniae.  Les objectifs du projet de maîtrise, présenté dans ce mémoire, étaient donc de vérifier les variations génétiques et antigéniques de ces deux protéines chez différents isolats nord-américains.

La première étape de ce projet était l'isolement de souches provenant d'échantillons de poumons de porcs infectés par M. hyopneumoniae. Les 11 isolats purs (exempts de M. hyorhinis) obtenus et la souche de référence ATCC25934 étaient analysés en parallèle selon deux volets, soit la variabilité antigénique des protéines P46 et P97 et la variabilité génétique des gènes p46 et p97. Dans le volet antigénique, la réactivité des différents isolats contre les anticorps monoclonaux anti-P46-recombinantes, anti-P97-c terminale-rec et anti-P97-totale-rec était vérifiée. Les protéines recombinantes ainsi que les AcMo ont été produits dans le cadre d'un projet antérieur du laboratoire. Ces AcMo ont été sélectionnés pour leur spécificité contre les protéines recombinantes et les protéines natives de M. hyopneumoniae. Pour le volet génétique, les gènes p46 et p97 des isolats étaient amplifiés par PCR, les produits obtenus étaient séquencés. Finalement, les séquences des gènes de ces 11 isolats étaient comparées à celles de la souche de référence ATCC 25934.

Les résultats des deux volets démontrent que la P46 est une protéine très conservée entre les différentes souches de M. hyopneumoniae.  En effet, on n'observe aucune différence de réactivité avec les 6 AcMo anti-p46 puisque tous les isolats donnent un  profil à  une seule  bande correspondant à  la  P46 en  immunobuvardage de  type Western. Quant au séquençage, il indique qu'un seul acide aminé est muté pour toute la P46 chez 9  des  11 isolats. Les résultats des deux volets, concernant 1'adhésine, se complètent et corroborent ceux obtenus par d'autres équipes (Zhang et al., 1995; Hsu et al., 1997; Wilton et al., 1998). Ainsi, les différences de taille de l'adhésine, observées en immunobuvardage, peuvent être expliquées par les résultats des séquençages qui démontrent que l'adhésine des divers isolats possèdent un nombre différent de séquences répétées RR1 et RR2 dans sa portion C-terminale. Cette partie de la P97 est donc très variable mais le reste de cette la protéine semble bien conservé entre les différents isolats.

D'après notre étude, la P46 est une protéine très conservée entre les différentes souches de M. hyopneumoniae, ce qui suggère qu'elle aurait possiblement une fonction importante pour ce  microorganisme. De plus, la conservation de la  P46 apporte un argument supplémentaire à son utilisation comme outil diagnostique. Les résultats obtenus pour la P97 ont permis à tout le moins de constater que les variations étaient similaires à celles observées dans d'autres études.


identifier: Bérubé, Geneviève  (2003). Rôle de la proteine p56dok dans l’activation du lymphocyte T suite à l’engagement des récepteurs TCR/CD3 et DC2.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 131 p.

subject: proteine lymphocyte recepteur

abstract:
La protéine p56dok fait partie  d'une  famille  de protéines  adaptatrices  comprenant  cinq membres. Dans les lymphocytes  T, deux membres  de cette famille  sont  exprimés : la protéine p56dok  et la protéine p62dok.  La protéine  p56dok  est  phosphorylée  sur  des  résidus tyrosine, comme la protéine p62dok,  suite à l'engagement des récepteurs CD2 et CD28 mais non suite à une stimulation via le complexe TCRICD3. Dans cette étude, nous avons tenté d'évaluer le rôle de la protéine  p56dok  dans  l'activation des lymphocytes  T en  utilisant  des  clones  de cellules Jurkat surexprimant la protéine p56dok ou des formes mutantes de cette protéine pour les résidus tyrosine 271 et 402 de la portion C-terminale.  Les résultats que nous avons  obtenus démontrent que la protéine p56dok régule de façon négative la signalisation  dans le lymphocyte T lorsque la stimulation implique le récepteur CD2. Certains effecteurs de la signalisation  sont affectés par la protéine p56dok tel que l'activation des MAPK  ERK.l/2. Cependant, contrairement  à la protéine
p62dok, la protéine p56dok n'intervient pas dans la mobilisation de calcium intracellulaire.  n est
à noter que la surexpression de la protéine p56dok affecte l'activation des MAPK ERK1/2 de la voie Ras suite à la stimulation du récepteur CD2 et non du complexe TCRICD3. TI est également à  noter  que  l'activation  du  site  NF-AT  ainsi  que  la  sécrétion   d'IL-2  sont  inhibés  par  la surexpression de la protéine p56dok suite à l'engagement du récepteur CD2. De plus, la protéine p56dok semble  interférer avec une modification  de la protéine p56lck,  suite à l'engagement du récepteur CD2, puisque la surexpression  de la protéine p56dok inhibe le changement  de mobilité électrophorétique  de la protéine p56lck la faisant passer de 56 à 58 kDa. L'implication de cette conversion dans la signalisation  est présentement à l'étude  au laboratoire. Les mutations dans le domaine C-terminale  nous ont permis de déterminer  qu'au  moins un des résidus tyrosine  de ce domaine était important au rôle inhibiteur de la protéine p56dok au niveau de la signalisation.  En mutant  le résidu  tyrosine  271 de  la  protéine  p56dok  pour  une phénylalanine,  nous avons  pu
restaurer l'activation des MAPK ERK.l/2 et des sites de NF-AT ainsi que la production  d'IL-2. De plus,  nous avons  pu  mettre  en évidence,  à l'aide  d'un  anticorps  reconnaissant  les  résidus tyrosine  phosphorylés,  la  formation  de  liaisons  homo-  et  hétérodimériques   entre  la  protéine p56dok et la protéine p62dok via leur domaine PTB ce qui suggère l'implication de ce domaine
dans les fonctions de p56dok. n semble donc que la protéine p56dok, comme la protéine p62dok,

est un régulateur  négatif des réponses cellulaires chez le lymphocyte T suite à la stimulation  du récepteur CD2.


identifier: Mhamdi, Najib  (2011). Étude d'un mélange Sinorhizobium meliloti-Trichoderma viride produit dans les eaux usées d'amidon : optimisation et effet sur la luzerne.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de l'eau, 94 p.

subject:
bioinoculant
rhizobium
Sinorhizobium meliloti
Trichoderma viride
fusarium
luzerne
croissance
biofertilisant
eaux usées
amidon
biopesticide
pathogènes

abstract:
La valorisation des eaux usées s’est avérée intéressante pour la production de biofertilisants et de
biopesticides. En effet, il a été démontré que les bioinoculants de Sinorhizobium produits dans
les eaux usées favorisent la fixation d’azote chez la luzerne et que ceux de Trichoderma viride
produits dans les eaux usées servent comme agent d’amélioration de croissance et de lutte
biologique pour la tomate. Des mélanges des différents bioinoculants sont de plus en plus utilisés
pour améliorer la croissance chez les plantes et lutter contre les agents pathogènes. L’objectif de
cette étude est d’évaluer l’interaction Sinorhizobium meliloti-Trichoderma viride produits dans
les eaux usées d’amidon sur la croissance de la luzerne. La méthodologie consiste à appliquer les
bioinoculants de S. meliloti (10⁵ UFC/mL) et de T. viride (10⁵ UFC/mL) produits dans les eaux
usées d’amidon, ainsi que dans leurs milieux standards, seuls ou en mélange (Sinorhizobium,
Trichoderma, mélange Sinorhizobium-Trichoderma) sur des plants de luzerne cultivés en sachets
de croissance. Les résultats ont montré que les eaux usées d’amidon supportent bien la
croissance de S. meliloti et de T. viride en les comparant avec les résultats des mêmes
microorganismes produits dans les boues d’épuration et ce, du point de vue du nombre de
cellules et de leur efficacité. T. viride a ralenti la croissance de la luzerne et a diminué l’indice
nodulaire. D’autres essais ont été conduits avec des doses plus élevées de Sinorhizobium (10⁸
UFC/mL) et ont montré que l’effet de Sinorhizobium domine celui de Trichoderma.
L’application d’un agent pathogène, Fusarium avenaceum, a montré que Trichoderma diminue
l’effet pathogène de F. avenaceum sur la luzerne et retarde le développement de la maladie.


identifier: Johnston, Patricia  (2002). Facteurs de l'habitat physique influençant le comportement et la croissance des saumons atlantiques juvéniles (Salmo salar) des rivières Petite rivière Cascapédia et Bonaventure (Gaspésie, Québec).  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de l'eau, 105 p.

subject:
saumon atlantique
Salmo salar
habitat
croissance
comportement
Petite rivière Cascapédia

abstract:
Malgré les nombreux ensemencements effectués dans la Petite rivière Cascapédia depuis
plus de 20 ans, la production salmonicole de cette rivière atteint à peine le seuil de
conservation. Ce n'est pas le cas des rivières avoisinantes (ex. : rivière Bonaventure) où la
production de saumons est relativement importante. Parmi les multiples hypothèses
proposées pour expliquer cette situation, celle d'un habitat limitant pour les saumons
juvéniles a souvent été mentionnée, quoique peu étudiée. En effet, certains facteurs de
l'habitat tels la température de l'eau et la disponibilité d'habitat hivernal, pourraient
limiter la croissance et la survie des saumons juvéniles de cette rivière. L'objectif général
de cette étude était d'évaluer l'influence de différents facteurs de l'habitat physique sur
l'abondance, le comportement et la croissance des saumons atlantique juvéniles des
rivières Petite rivière Cascapédia et Bonaventure.
Il est connu que, durant l'été, les saumons juvéniles sont actifs durant la journée alors
qu'à l'hiver, ils. sont actifs exclusivement durant la nuit. Un patron d'activité nocturne
leur permet d'éviter les prédateurs diurnes à un moment de l'année où la température
froide de l'eau ralentit leur vitesse de fuite. Par contre, la capacité des saumons juvéniles
à localiser leur nourriture est fortement réduite dans l'obscurité. Sur les deux rivières à
l'étude, les températures estivales de l'eau sont généralement froides, soit entre 8 et 12
°C. À ces températures, le patron d'activité adopté par les saumons juvéniles en milieu
naturel n'est pas connu. Le premier objectif spécifique de ces travaux était de documenter
le patron d'activité estival et automnal des saumons atlantique juvéniles des rivières Petite
rivière Cascapédia et Bonaventure. Des plongées jour-nuit ont donc été effectuées de juin
à octobre 2001 afin de déterminer si les juvéniles adoptaient un patron d'activité plutôt
diurne ou nocturne selon la température de l'eau.
Un suivi des températures de l'eau a permis de constater que la Petite rivière Cascapédia
est généralement plus froide que la rivière Bonaventure. Les observations en plongée sur
les deux rivières ont montré que les alevins (jeunes de l'année) étaient plutôt diurnes
durant l'été mais qu'ils sont devenus nocturnes dès le début de l'automne. Cette transition
s'est produite plus hâtivement à l'amont qu'à l'aval, selon le gradient longitudinal de
température sur chacune des rivières. Les tacons (juvéniles de plus d'un an) ont adopté un
patron d'activité nocturne durant toute la période d'étude. Ce patron d'activité était plus
marqué chez les tacons de la Petite rivière Cascapédia que chez ceux de la rivière
Bonaventure. Un tel patron d'activité chez les tacons était plutôt inattendu et suggère que
la priorité de ces derniers n'était pas de croître mais plutôt d'éviter les prédateurs. L'effet
d'un patron d'activité nocturne sur la dynamique de population est encore peu connu.
Le deuxième objectif de cette étude était d'évaluer la présence de mortalité sélective en
fonction de la taille chez les alevins durant la saison hivernale. Les données historiques
d'inventaire ichtyologique suggèrent que alevins de la Petite rivière Cascapédia subissent
une mortalité importante durant leur premier hiver. L'analyse d'otolithes a permis de
tester l'hypothèse voulant que les alevins de petite taille soient sujets à une mortalité
accrue comparativement aux individus de plus grande taille. La taille à l'éclosion et à
l'émergence d'individus de la même cohorte prélevés sur les deux rivières, à l'automne
2000 et à l'été 200 1, ont été rétro-calculées. Une comparaison de la distribution des tailles
rétro-calculées entre les deux échantillons de chaque rivière a été effectuée afin de
détecter la présence de mortalité sélective.
Les résultats indiquent la présence de mortalité sélective envers les petits alevins de la
rivière Bonaventure tandis que sur la Petite rivière Cascapédia, la mortalité semble plutôt
aléatoire durant la période hivernale. La comparaison de la distribution en taille des
alevins des deux rivières à l'automne 2000, a montré que les alevins de la Petite rivière
Cascapédia présentaient une taille moyenne supérieure à celle des alevins de la rivière
Bonaventure. Une mortalité sélective estivale envers les petits alevins de la Petite rivière
Cascapédia pourrait expliquer en partie cette différence.


identifier: Lessard-Fontaine, Audrey  (2010). Estimation du potentiel éolien en haute mer et en région côtière par l'utilisation conjointe de données satellitaires d'un radar à synthèse d'ouverture et d'un diffusiomètre.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de l'eau, 118 p.

subject:
éolien
vent
région côtière
résolution spatiale
données satellitaires
RSO
QuikSCAT
RADARSAT-I
cartographie

abstract:
Encore aujourd'hui l'estimation de la ressource éolienne est un défi de taille pour l'industrie, et
ce, particulièrement en région côtière où les données in situ sont limitées. Depuis quelques
années, il a été démontré que certains satellites permettent d'estimer les vitesses de vents en mer,
et même près des côtes pour certains capteurs. Dès lors, il devient possible d'estimer les vitesses
de vents de toute une région à un moment précis dans le temps, ce qui constitue un avantage
important associé à cette technique.
Cependant, pour bien connaître la ressource éolienne d'une région, il est nécessaire de connaître
la distribution fréquentielle des vents et non seulement la répartition spatiale des vents à un
moment précis; malheureusement, les satellites ne permettent généralement pas d'avoir à la fois
un bon échantillonnage temporelle et spatial. Certaines études ont d'ores et déjà démontré
qu'avec
les données satellitaires QuikSCAT, la fréquence d'échantillonnage est suffisante pour estimer
précisément la distribution fréquentielle des vents d'une région, mais avec une résolution
grossière (Hasager et al. 2008; Liu et al. 2008). À l'inverse, les données de radar à synthèse
d'ouverture (RSO) ont une très bonne résolution (~400m), mais détiennent une fréquence
d' échantillonnage insuffisante pour estimer précisément la ressource.
Considérant la complémentarité des capteurs, nous nous sommes penchés sur le développement
d'une méthodologie permettant l'utilisation conjointe des données RADARSAT-I et de celles du
diffusiomètre à bord du satellite QuikSCAT. D'autres études ont utilisé conjointement les deux
types de données (Ben Ticha 2007; Beaucage et al. 2008), mais sans employer les deux bases de
données dans leur ensemble afin d'optimiser l'utilisation de l'information statistique disponible.
L'utilisation de l'ensemble de ces données constitue l'originalité de ce mémoire.
Dans un premier temps, nous présentons l'approche bayesienne adoptée dans le cadre de cette
étude. D'une part, cette approche permet l'exploitation conjointe de l'ensemble des données
disponibles en provenance des deux capteurs. D'autre part, elle permet d'estimer la distribution
fréquentielle des vents en haute mer.
Les résultats obtenus mettent en évidence le fait que l'utilisation conjointe de données d'un
diffusiomètre et d'un radar à synthèse d'ouverture permet d'améliorer considérablement la
précision des estimations par rapport à l'utilisation des données RSO seules (les intervalles de
confiance moyens passent de 23% à l0% de la valeur du paramètre d'échelle de la distribution).
Ils démontrent également qu'une résolution spatiale plus fine est obtenue par rapport à
l'utilisation des données QuikSCAT seules.
Dans un deuxième temps, les paramètres de la distribution fréquentielle des vents en haute mer
ont été extrapolés jusqu'à la région côtière par régression linéaire. Afin de tenir compte de la
variation de la distribution fréquentielle des vents à l'approche des côtes, des données statistiques
de tendance centrale et de dispersion tirées des données RSO ont été employées. Bien que
préliminaires, les résultats démontrent une diminution significative des vitesses de vents à
l'approche des côtes; ce constat est cohérent avec la connaissance actuelle des vents en région
côtière.
En conclusion, nos travaux montrent que les données satellitaires ont un excellent potentiel pour
la cartographie de la distribution de la ressource des vents en mer et en région côtière où les
données in situ sont plus rares. Il s'agit d'une alternative intéressante puisque jusqu'à présent,
seule l'Atlas canadien d'énergie éolienne offrait de l'information sur les vents de cette région. La
cartographie alternative obtenue à partir de nos travaux permet une meilleure connaissance des
vents du golfe du Saint-Laurent.


identifier: Levasseur, Béatrice  (2004). Optimisation de l'enlèvement et de la récupération des métaux à partir de cendres volantes d'incinérateurs de déchets municipaux.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en sciences de l'eau, 271 p.

subject:
décontamination
cendres volantes
métaux toxiques
cadmium
plomb
lixiviation basique
lixiviation acide
enlèvement
TCLP
RCPA
nucléation
précipitation
incinérateur
déchets municipaux

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de
ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce
résumé peut être lue en PDF.

La problématique liée à la gestion et plus particulièrement à la décontamination des résidus du
contrôle de la pollution de l'air (RCPA) provenant de l'incinération de déchets municipaux solides
(DMS) représente l'un des nombreux axes de recherche orchestré par les chercheurs de l'INRSETE.
Plus particulièrement, les chercheurs en assainissement en collaboration avec l'industrie Alex-Environnement (Groupe SITA) ainsi que la Ville de Québec, exploitant et régisseur de
l'incinérateur de DMS de la Ville de Québec, ont réalisé de nombreux travaux dans le but de
développer une nouvelle technologie économiquement concurrentielle pour la décontamination des
RCPA. À l'issue de cette première collaboration un procédé a été élaboré et breveté, permettant de
décontaminer un mélange de RCPA. Ce projet de recherche s'inscrit donc dans la continuité des
travaux et connaissances établies antérieurement, avec cependant l'objectif de répondre plus
spécifiquement à l'élaboration d'un procédé de décontamination d'un mélange de cendres de
chaudières et de cendres d'électrofiltres (cendres volantes).
L'élaboration de ce procédé portait sur un concept nouveau, permettant à la fois de décontaminer les
cendres volantes tout en optimisant la réduction des rejets liquides et solides. L'application de ce
concept a nécessité différentes phases de recherche dont l'optimisation des lixiviations en milieu
basique et acide d'un mélange de cendres volantes, l'étude et la sélection de divers réactifs
chimiques pour l'enlèvement des métaux contenus dans les lixiviats, l'élaboration d'un procédé
opérant en circuit fermé pour la lixiviation chimique de cendres et l'enlèvement des métaux des
lixiviats et, enfin, l'optimisation d'un procédé de décontamination et d'enlèvement incluant la
recirculation du rejet liquide traité.
La première partie de cette thèse a été consacrée à la détermination des paramètres optimaux pour
les lixiviations basiques (LB) et acides (LA) des cendres volantes. La première série d'essais sur LB
a été réalisée en faisant varier deux paramètres, soit la teneur en solides totaux (ST) (de 10% à 60%
en base sèche) et le temps de contact (Tc) échelonné sur 30 min (durée du lavage). L'étude
cinétique a révélé une solubilisation du Pb maximale avec un très court Tc de l'ordre de 2 min. La
deuxième série d'essais a été réalisée en utilisant un Tc optimum de 2 min avec les mêmes teneurs
en ST et ce, pour trois lavages consécutifs. Ces essais ont démontré de meilleurs rendements
d'enlèvement (par kilogramme de cendres traitées) du Pb suivant l'ordre décroissant de la
concentration en ST. De plus, une série de trois lavages est requise pour décontaminer en Pb, en
deçà des nonnes associées au test TCLP (Toxicity Characteristic Leaching Procedure). Cependant,
une série de deux lavages a été suggérée et permettrait de décontaminer tout en réduisant le nombre
des opérations ainsi que le coût affilié à cette étape ci. En tenant compte de l'aspect économique et
des rendements d'enlèvement, la teneur en ST retenue correspond au ratio 30% (p/v). Une fois les
paramètres optimums établis, la reproductibilité de la lixiviation basique a été vérifiée à l'aide
d'autres échantillons de cendres. L'optimisation des paramètres correspondant à la LA a été réalisée
en tenant compte du procédé breveté. L'acidification a été réalisée avec une solution de H2S04 et
une eau de lavage d'environ 45 à 50°C (au début des essais) comme il l'est stipulé dans le brevet,
par contre des modifications importantes sur le nombre de lavages, la teneur en ST, le Tc, la
température de l'eau de lavage et le pH d'acidification ont été réalisées en vue de diminuer aussi
bien le coût d'opération que la consommation en produits chimiques.
La première série d'essais a été réalisée en couplant trois paramètres fixes, le pH d'acidification (pH
= 2.5), la durée du Tc, ainsi que le nombre de lavages (2) avec trois teneurs différentes de ST (5.0,
7.5 et 10%). Cette première étude cinétique indique une solubilisation maximale du Cd et du Pb
avec un Tc de 30 min. Une deuxième étude cinétique a été réalisée avec des Tc inférieurs à 30 min
et ce pour les deux lavages. Les cendres traitées issues de ces essais ont été stabilisées par ajout de
0.95% (base sèche) de H3P04, lesquelles ont été ensuite neutralisées par deux ajouts distincts de
Ca(OH)2. Le test TCLP a été appliqué à l'ensemble de ces cendres afin de valider ces premières
modifications. Le respect des normes affiliées au TCLP ainsi que d'excellents rendements
d'enlèvement du Cd et du Pb ont conduit à optimiser davantage le procédé en remplaçant l'eau
chaude des LA par de l'eau froide, permettant de diminuer le coût du procédé. Une troisième série
d'essais a été réalisée avec les trois mêmes teneurs en ST (5.0, 7.5 et 10%) et ce pour deux LA
(H2S04) à l'eau froide du robinet durant 30 min. Les cendres, traitées de façon similaire aux essais
précédents ont été soumises au test TCLP révélant une fois de plus le respect des normes associées à
ce test.
À ce stade ci de l'optimisation, certains paramètres ont pu être fixés, comme la teneur en ST ainsi
que le dosage de Ca(OH)2 à ajouter aux cendres traitées. Ainsi, le procédé optimisé comportait deux
LB à l'eau froide durant 2 min avec une teneur en ST de 30% (p/v) et deux LA (à pH = 2.5, H2S04)
à l'eau froide durant 30 min, avec une teneur en ST de 10% (p/v). Une dernière amélioration a été
apportée en vue de diminuer la consommation en H2S04 et par le fait même, apporter une réduction
du coût d'opération. Le pH de lixiviation acide a donc été augmenté à pH = 3.0 tout en continuant à
respecter les normes associées au test TCLP. À la fin de cette première partie de la recherche, un
procédé optimisé permettant d'enlever 85% du Cd et 25% du Pb a été élaboré tout en réduisant de
57% les coûts en produits chimiques et en réduisant la consommation en eau de l'ordre de 83%. Ce
procédé optimisé a été validé par l'application du test TCLP sur les cendres traitées une fois la
stabilisation et la neutralisation effectuée.
Lors de la deuxième partie de cette thèse, l'emphase a porté sur le traitement des lixiviats générés
durant la décontamination des cendres. Le traitement par précipitation chimique représentait la
technologie qui semblait s'adapter le mieux pour l'enlèvement des métaux d'un tel rejet. Les
différentes options explorées comprenaient: la précipitation sélective (pH = 5.0) et totale (pH = 8.5)
à l'aide de deux bases différentes (Na(OH) et Ca(OH)2), l'ajout de réactifs chimiques (H3P04,
Na2S, et FeCl3) testés sur une gamme de pH variant de pH = 6.0 à pH = 9.0.
Pour réaliser ces différents tests, deux essais de décontamination (LB + LA) ont été réalisés à
l'échelle du pilote de laboratoire afin d'obtenir des mélanges de lixiviats basiques et acides
similaires du point de vue de leur composition. Les essais réalisés à pH = 8.5, par addition d'une
base dans le mélange des LB et LA ont permis de mettre en évidence une précipitation efficace de
l'ensemble des métaux étudiés, avec des rendements d'enlèvement ~ 90% pour les essais utilisant
Ca(OH)2 et ≥  83% pour les essais utilisant NaOH. La précipitation sélective à pH = 5.0 a donné des
résultats intéressants pour certains métaux, tels que le Cr (≥97%), Al et Pb (entre 75 et 87%). Enfin,
les essais réalisés à partir d'un ajout stoechiométrique de Na2S ont permis de mettre en évidence la
précipitation du Cd (≥99%) et du Zn (≥71 %) sous forme de sulfures (CdS et ZnS). Des simulations
réalisées avec le logiciel MINEQL+ ont permis de corroborer ces résultats et de déterminer la
présence de CdS (99.9%), PbS (98.4%) et ZnS (100%). Les essais utilisant l'ajout à une base de
réactifs chimiques comme H3P04 et FeCl3 n'ont pas donné les résultats escomptés et ne semblent
pas représenter un grand potentiel quant à la précipitation de ce type de rejet.
Du point de vue économique, l'option la plus intéressante semble être la neutralisation des lixiviats
à pH = 7.0 avec Ca(OH)2 combinée à la recirculation des lixiviats traités au niveau des étapes de
décontamination des cendres. Les coûts de la précipitation à pH = 7.0 ont été estimés à 22.7 $ CAN
tct-1 avec Ca(OH)2, contre 26.7 $ CAN tct-1 avec NaOH. Cependant du point de vue de la validation
du procédé à l'aide du test TCLP, il a été suggéré d'opérer deux précipitations; la première à pH =
5.0 permettant d'effectuer un premier dégrossissage, mais non suffisante pour la recirculation et la
deuxième à pH = 7.0 permettant de recirculer les lixiviats traités durant la LA des cendres.
Enfin, la troisième partie de cette thèse correspond à l'étude de faisabilité d'un procédé combinant
la décontamination de cendres volantes avec le traitement des lixiviats générés, tout en recirculant le
rejet liquide traité durant la LA. Le premier essai a été réalisé sur dix boucles de recirculation
permettant de traiter 2 kg de cendres. La décontamination a été réalisée selon le procédé optimisé de
lixiviation avec, toutefois, l'ajout d'une LB et le traitement des lixiviats par précipitation
successives et ce, à deux pH distincts (pH = 5.0 pour la première précipitation et pH = 7.0 pour la
deuxième). Ce concept d'opération en circuit fermé a été validé puisque les performances quant à
l'enlèvement du Cd et du Pb contenu dans les cendres restent très proches des résultats obtenus pour
la lixiviation optimisée avec 72% d'enlèvement en Cd et 30% d'enlèvement pour le Pb. La plus
forte solubilisation du Pb serait due à la présence des ions chlorures présents dans le liquide de
recirculation. Le procédé a été validé selon l'application de trois tests de lixiviation différents sur les
cendres traitées. Le test TCLP, permettant de caractériser les cendres comme matière dangereuse ou
non dangereuse, le test SPLP (Synthetic Precipitation Leaching Procedure) qui permet de simuler le
lessivage des cendres soumises à des pluies acides et, enfin le test à l'eau neutre qui lui simule le
lessivage des cendres au simple contact d'une eau neutre. Les cendres traitées ont été stabilisées et
neutralisées avant de subir les trois tests sélectionnés. Pour les dix boucles de recirculation, les
cendres traitées respectaient les normes du TCLP, alors que les concentrations en métaux solubilisés
lors des tests SPLP et à l'eau neutre étaient quasiment nulles.
Les différentes étapes d'enlèvement des métaux par précipitation ont donné des rendements
d'enlèvement de l'ordre de 21 % pour le Cd, 99% pour le Pb, 100% pour Al et 63% pour le Zn. De
plus, la recirculation a permis d'enrichir le résidu métallique issu de la précipitation à pH = 7.0
jusqu'à 23% de Zn. Les taux de production obtenus pour les deux résidus sont respectivement de
4.6% RM5 (résidu de la précipitation à pH = 5.0) et 1.8% pour le résidu RM7 (précipitation à pH=
7.0). Néanmoins, ces deux résidus ont été caractérisés comme des matières dangereuses du point de
vue du TCLP.
Le concept d'opérer en circuit fermé a permis de réduire de 60% la consommation en eau. Malgré
les différents avantages obtenus lors de la réalisation de ce procédé, il a été suggéré d'optimiser
davantage la phase du traitement des lixiviats et ce, afin de réduire la production des résidus
métalliques dangereux et ainsi améliorer au final, le coût du procédé.
Finalement, un deuxième essai a été réalisé sur cinq boucles de recirculation permettant de traiter
1 kg de cendres. L'étape de décontamination n'a pas été modifiée, seul le traitement des cendres a
été ajusté en supprimant la stabilisation par H3P04, ne gardant qu'une simple étape de neutralisation
à la chaux (Ca(OH)2). La précipitation à pH = 5.0 a été remplacée par une étape correspondant à une
étape de nucléation, suivie de la précipitation à pH = 7.0. Des essais de stabilisation et de
neutralisation ont été réalisés sur les deux résidus afin d'en diminuer le caractère dangereux. La
recirculation du rejet traité comme eau de lavage durant les LA n'interfère pas de manière
significative avec la décontamination des cendres puisque les rendements d'enlèvement obtenus
pour le Cd et pour le Pb ont été évalués à 70 ± 3% de Cd et 18 ± 4% de Pb. Une légère
augmentation de la solubilisation du Pb attribuée à la présence de chlorures dans le liquide recyclé a
été observée. L'augmentation du Cd dans le liquide recyclé ne semble pas avoir interféré sur la
solubilisation du Cd provenant des cendres. Ce concept de procédé opérant en circuit fermé a été
validé à la fois avec le test TCLP, donnant pour le Cd des concentrations moyennes de [Cd] =
0.11 mg/L et proche de zéro pour le Pb. La validation a aussi été vérifiée avec le test SPLP et le test
à l'eau neutre qui ont donné des valeurs moyennes près de zéro.
L'optimisation du traitement des lixiviats a contribué à l'amélioration de plusieurs points. Lors de
cette étape, deux résidus ont été générés dans des proportions égales à 1.3% pour RM1 (résidu issu
de la nucléation) et 2.9% pour RM7 (précipitation à pH = 7.0). Les essais réalisés avec H3P04 sur
RMl et RM7 ont permis de stabiliser RM1 en dessous des normes du test TCLP, ramenant la
quantité de résidus dangereux produite au RM7 uniquement. Des réductions significatives de la
consommation en eau de procédé (91 %) et en produits chimiques (12%) ont été réalisées par rapport
au procédé breveté, permettant de réduire les coûts d'opération du procédé de 36%.


identifier: Levasseur, Magalie  (2003). Contribution des systèmes d'information géographique à l'analyse quantitative de l'aléa (glissement de terrain): exemple d'application au secteur de Ville de La Baie, Québec.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en sciences de la terre, 213 p.

subject:
glissement de terrain
méthode quantitative
cartographie
analyse morphométrique
systèmes d'information géographique
SIG
sol
Ville de La Baie

abstract:
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ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce
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Au Québec, les coûts directs associés aux glissements de terrain sont estimés à plus de dix
millions de dollars annuellement. Une des approches possibles pour gérer le risque
associé à ce phénomène naturel consiste à cartographier l'aléa à l'intérieur des zones
potentiellement instables. À l'échelle régionale, les méthodes d'évaluation de l'aléa
« glissement de terrain» sont généralement qualitatives. Par contre, le développement des
systèmes d'information géographique (SIG) facilite maintenant les analyses
morphométriques complexes de la surface topographique du terrain naturel, et donc
l'évaluation de l'aléa.
L'objectif de ce mémoire est d'élaborer une méthode d'évaluation quantitative de l'aléa
en s'appuyant sur les fonctionnalités des systèmes d'information géographique. La
méthodologie est développée pour les glissements superficiels d'un secteur de Ville de La
Baie, situé dans la région du Saguenay-Lac-Saint-Jean au Québec. Cette méthodologie
considère les sols seulement, excluant ainsi les pentes rocheuses.
L'analyse morphométrique du terrain à partir d'un modèle numérique d'altitude permet
d'extraire la pente et la hauteur des talus, qui sont des caractéristiques essentielles à
l'évaluation de l'aléa. Contrairement à ce qui est fait classiquement dans la littérature,
c'est la pente globale qui est extraite et non la pente locale au voisinage d'un pixeL
Tout d'abord, l'aléa est évalué par le modèle de la pente infinie qui est très fréquemment
utilisé, de par sa simplicité, dans les études basées sur les SIG. Dans ce modèle, le facteur
de sécurité est calculé pour chaque pixel en intégrant les valeurs de pente déterminées par
analyse morphométrique. Les résultats montrent qu'une proportion importante de pixels,
entre 11 et 13%, possède des facteur de sécurité inférieurs à un, indiquant que ce modèle
est peu adapté à l'évaluation régionale de l'aléa.
Cette étude propose ensuite une méthode d'évaluation de l'aléa basée sur les
caractéristiques du danger et des facteurs discriminants de l'instabilité. L'aléa est calculé
en terme de probabilité, et tient compte, d'une part, de ses composantes spatiale et
temporelle, et d'autre part, des phases de rupture et de post-rupture des glissements de
terrain. La probabilité de rupture est calculée à l'aide d'un indice de surface normalisant
la surface affectée par les glissements de terrain à la surface totale des talus argileux. La
probabilité de post-rupture est évaluée en intégrant les données obtenues sur l'étalement
des débris. L'aléa est ensuite estimé en croisant les probabilités de rupture et de post-rupture.
Deux procédures d'évaluation de l'aléa sont proposées; une évaluation de l'aléa global,
en considérant l'ensemble des talus argileux, et une évaluation de l'aléa spécifique pour
différentes classes de pentes. L'aléa spécifique tient compte du nombre de glissement de
terrain à l'intérieur de chaque classe de pentes ainsi que de la représentativité de ces
dernières dans le secteur d'étude. L'aléa global varie de 0.4x1O-5 à 2.0x1O-4, et l'aléa
spécifique entre 7.8x1O-7 et 6.0x1O-3
.
Dans le secteur d'étude, les éléments exposés aux glissements de terrain considérés sont
uniquement les habitants des maisons unifamiliales. En faisant l'hypothèse qu'un
glissement n'affecte qu'une maison, les conséquences du danger pourraient probablement
varier entre un et quatre décès. Le risque est estimé en combinant les résultats des calculs
d'aléa aux conséquences de la rupture. Celui-ci est ensuite comparé à un critère
d'acceptabilité du risque défini pour les glissement de terrain au Canada. Les résultats
montrent que le risque serait acceptable dans la majorité des zones considérées. Par
contre, lorsque les valeurs de pente sont supérieures à 30° le risque serait tolérable. Il
deviendrait intolérable pour des valeurs supérieures à 38°.
L'ensemble de cette étude est avant tout un exercice méthodologique fournissant de
nouvelles idées pour parvenir à quantifier l'aléa, notamment en ce qui concerne l'apport
des systèmes d'information géographique. L'approche proposée n'est pas applicable en
pratique pour le moment, mais constitue une base utile de réflexion pour les futures
applications de la géomatique à ce domaine.


identifier: Bourgeois, Simon  (2003). Élaboration d’un enrobage à base de protéines laitières et de soja empêchant la diffusion d’huile dans les aliments.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 70 p.

subject: enrobage carboxymethylcellulose proteine

abstract:
Lorsque le chocolat  est  utilisé pour enrober  des aliments  contenant  des lipides comme  les amandes,  l'huile  peut diffuser  vers  l'enrobage.    Des enrobages  à  base de protéines laitières  ou de protéines de soja ont été étudiés pour leur capacité à empêcher la diffusion d'huile.  Pour étudier la diffusion d'huile,  les enrobages sont appliqués sur des cacahuètes  qui   baignent  dans  une  huile  complètement   saturée  (tricapryline).     Les cacahuètes  ont  été  entreposées  à 30°C  pendant  3, 6, 9 et  12 semaines.    La diffusion d'huile  a été évaluée par une méthode spectrophotométrique  à une longueur d'onde  de
234  nm.    La présence  de  glycérol  dans  la solution  d'enrobage à  base de  l'isolat  de protéines de soja ou de caséinate de calcium ne semble pas affecter la diffusion d'huile. L'addition  de carboxyméthylcellulose  aux enrobages à base d'isolat  de protéines de soja et de caséinate de calcium semble être bénéfique.  Ce polysaccharide diminue la diffusion de 40% pour l'isolat  de protéines de soja et de 47% pour le caséinate de calcium par rapport au témoin sans enrobage et de 28 % et de 27 % par rapport aux enrobages sans carboxyméthylcellulose.   L'ajout  de pectine ne semble pas favorable car il augmente la diffusion  de  26  %  pour  l'enrobage   d'isolat   de  protéines  de  soja  et  de  15  %  pour l'enrobage à base de caséinate de calcium par rapport aux enrobages sans pectine.   La présence  d'amidon   dans  les solutions  d'enrobage à  base  de  IPS  ou  de  caséinate  de calcium diminue la diffusion de 11 % pour l'isolat  de protéines de soja et n'affecte  pas significativement le caséinate de calcium.    La chromatographie d'exclusion et l'électrophorèse sur gel de polyacrylamide démontrent que l'isolat  de protéines de soja et le caséinate de calcium réticulent faiblement par la chaleur et fortement avec le glutaraldéhyde  et  la transglutaminase.      Une  forte  réticulation  ne signifie  pas nécessairement  une  diminution  de  la  diffusion  d'huile.     Pour  les  deux  protéines,  la réticulation par thermocondensation  semble suffisante pour améliorer l'efficacité  de l'enrobage.


identifier: Bonin, Karina  (2003). Activation et différenciation des lymphocytes T CD4+ dans un modèle de greffe de peau allogénique.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 130 p.

subject: alloreactivite greffe histocompatibilite lymphocyte rejet

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.Peu de modèle adéquat sont disponibles pour étudier les voies directe et indirecte d'alloréactivité  impliquées dans  les  rejets de  greffe.    Toutefois,  notre laboratoire a développé un modèle innovateur utilisant des souris transgéniques (2.102Tg) dérivées d'un clone  de cellule T  CD4+ spécifique au peptide immunodominant Hb(64-76), et restreint  à  la  molécule 1-Ek.   Le  clone  2.102 a  également  été  démontré pour être exclusivement alloréactif contre la  molécule du complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) de classe ll, l-EP. Dans notre modèle, le clone 2.102 est capable d'alloréactivité directe en  reconnaissant le molécule l-EP présentée sur  les cellules présentatrices d'antigène  (CPA)  des souris donneuses  BlO.P (H-2P) aussi  bien que d'alloréactivité indirecte en reconnaissant le peptide Hb(64-76) présenté par les CPA du soi (H-2k). La spécificité du clone 2.102 a été vérifiée in vitro afin de s'assurer de la reconnaissance des alloantigènes décrits par leur voie d'alloréactivité respective.  Le clone 2.102 reconnaît effectivement l-EP uniquement dans la voie directe d'alloréactivité et le peptide Hb(64-
76) seulement dans la voie indirecte d'alloréactivité. Suite à l'obtention de ces premiers résultats nous avons débuté la caractérisation du rôle des lymphocytes T CD4+ impliqué dans  chacune  des  deux  voies d'alloréactivités.	Pour  ce  faire,  des greffes de peau allogéniques ont été réalisées sur •des souris 2.102Tg déficientes pour le gène RAG-1 (2.102Tg/RAG-1-). Étonnamment, des cinétiques de rejet comparables ont été obtenues suite  à  des  rejets via l'une ou  l'autre  des deux  voies d'alloréactivité.	Ces résultats démontrent qu'une  population clonotypique de cellules T  périphériques, alloréactives contre une molécule du CMH de classe ll ou un épitope unique reconnu dans la voie indirecte d'alloréactivité, est suffissante pour initier un rejet complet de greffe de peau allogénique.   Les cellules des organes lymphoïdes secondaires drainant ont ensuite été analysées à différents temps, dans le but d'étudier les fonctions effectrices de celles-ci. Une grande expansion de cellules T dans les ganglions et une forte production d'IFN-y analysée à l'aide de test ELISA, ont été observées uniquement chez les souris qui ont utilisé la voie indirecte d'alloréactivité.   Par ailleurs, afin d'étudier la prolifération des cellules Tin vivo, les souris 2.102Tg/RAG-I- ont été injectées de façon quotidienne après la transplantation, avec de la bromodéoxyuridine (BrdU).   Suivant des analyses de cytométrie en flux, des cellules T CD4+BrdU+ ont été observées seulement dans les ganglions des souris qui ont rejeté leur allogreffe par la voie indirecte d'alloréactivité. Ces résultats suggèrent qu'aucune prolifération des cellules T ne se produit dans ces organes lymphoïdes secondaires, suite au rejet par la voie directe d'alloréactivité.   De plus, nous avons également étudié la présence de cellules T et la production de cytokines au site du greffon lui-même.  Des analyses de RT-PCR ont démontré que des cytokines de type Th1 et de type Th2 sont présentes dans les greffons rejetés.   Par ailleurs, l'infiltration des cellules T 2.102Tg est nettement plus grande dans les tissus rejetés que dans les greffes isogéniques. Collectivement, ces résultats suggèrent que les mécanismes d'activation et effecteurs des cellules T, semblent être différent dans chacune des deux voies d'alloréactivité et ce malgré des cinétiques de rejet similaires.   Ces observations nous permettent d'émettre l'hypothèse que les organes lymphoïdes secondaires ne sont pas essentiels  pour le rejet d'allogreffe  de peau dans le contexte  de la voie directe
d'alloréactivité.