identifier: Yoo, Chang-Hoon  (2001). L'évolution du système urbain d'un nouveau pays industrialisé : la Corée du sud, 1955-1996.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en études urbaines, 191 p.

subject:
Système urbain
évolution
urbanisation
processus
dynamique spatiale
activité
structure
économie
localisation
industrialisation
exportation
emploi
politique gouvernementale
Corée du Sud.

abstract: Depuis les années 1960, la Corée du sud a connu une croissance économique très rapide, fondée sur l'industrialisation et l'exportation, appuyée par des politiques industrielles de l'État. Ce modèle se distingue de celui des autres nouveaux pays industrialisés (Hong Kong, Taiwan et Singapour), notamment à cause du poids de l'État dans les grands agglomérats industriels. Le développement économique amène nécessairement des changements de structure économique qui, à leur tour, provoquent des changements dans la structure spatiale de l'économie. En ce sens, l'évolution du système urbain sud-coréen est remarquable par sa rapidité. L'évolution a profondément bouleversé les formes traditionnelles de production et les rapports des villes au territoire national. La question que nous adressons dans cette thèse peut se résumer comme suit : l'évolution du système urbain de la Corée du sud se caractérise-t-elle par des tendances semblables à celles observées dans d'autres pays développés ou en développement? Cette question générale comporte plusieurs sous-questions. Le processus d'urbanisation (notamment, la relation avec le PNB per capita) observé en Corée du sud demeure-t-il, dans les grandes lignes, conforme au modèle général observé ailleurs? Les modèles classiques de localisation s'expliquent-ils, à quelques nuances près, par les mêmes facteurs« classiques» (plus précisément, les varhlbles« taille» et « distance»)? Ou encore, les distributions observées de rang-taille (des villes) et leur évolution suiventelles, en gros, les modèles trouvés dans la littérature?  Notre hypothèse, présentée dans le chapitre deux, est que l'évolution (et la structure) du système urbain de la Corée du sud ne s'éloigne pas sensiblement des modèles observés ailleurs. D'une part, l'urbanisation s'explique par les mêmes facteurs. D'autre part, les modèles de localisation des activités économiques peuvent se comprendre, à quelques nuances près, à l'aide des mêmes facteurs de base: à savoir, la « taille urbaine» et la « distance».  Le chapitre 4 commence par une analyse de l'évolution de l'emploi national et régional dans le système urbain sud-coréen, plus précisément la restructuration des économies nationales et régionales coréennes. Dans ce chapitre, nous observons que l'urbanisation et la restructuration économique (notamment la tertiairisation) ont été remarquablement rapides dans le cas sud-coréen. Cependant, le processus est semblable à l'évolution historique des pays développés, produisant nécessairement des «inégalités» régionales dans la distribution des populations et des activités économiques. Dans le chapitre 5, à l'aide des méthodes statistiques et du modèle de Pareto, nous examinons le rapport entre le développement économique (sud-coréen) et la distribution des villes. Plus précisément, nous cherchons à évaluer l'évolution de la « primatie» (concentration de la population urbaine dans la plus grande ville, Séoul) et la distribution rang-taille des villes. Les résultats révèlent que l'évolution de la concentration urbaine sur la période 1955 et 1995 est, en gros, conforme au modèle général préconisé dans la littérature. À mesure que la Corée du sud se développe et s'urbanise, le phénomène de « primatie» prend la forme d'une « courbe en cloche» avec d'abord une accentuation et ensuite une diminution. D'autre part, la concentration urbaine (les inégalités dans la distribution des tailles) suit une tendance analogue, mais avec un retard de dix ans. Le point d'inflexion de la courbe se trouve en 1985. Par la suite, dans l'analyse de la dynamique spatiale de l'économie coréenne à travers un découpage spatial inspiré du concept« centre-périphérie» et à l'aide d'une méthode fondée sur le calcul du quotient de localisation (chapitre 6), nous cherchons à vérifier si les schèmes de localisation des activités économiques dans le système urbain sud-coréen s'expliquent en fonction de mêmes variables classiques (plus précisément, les variables « distance» et « taille urbaine»), analogues à des études effectuées dans d'autres pays. Les résultats, présentés dans le chapitre 6, sont largement conformes aux attentes. Nous constatons que les activités économiques sensibles aux économies d'agglomération (la taille) et aux coûts de transports et de communication (la distance) se concentrent dans la capitale, Séoul (surtout, les services à la production, les industries de haute technologie, les industries d'imprimerie et les industries de vêtements). L'effet de la distance favorise davantage les villes satellites, proches des grandes métropoles, notamment pour les activités manufacturières modernes. Comme prévu, la plupart des industries manufacturières n'affichent pas de modèles hiérarchiques de localisation. En revanche, les modèles observés de localisation pour certains secteurs (les industries d'imprimerie, de vêtements, de haute technologie et d'aliments et de boissons) se rapprochent des distributions hiérarchiques. De plus, nous observons l'effet de la distance pour les industries électroniques et cel1es du caoutchouc et plastique, qui prend la forme d'un renforcement des villes satellites par rapport aux villes périphériques. Cependant, certaines industries affichent des comportements particuliers. Nous observons une spécialisation spatiale très forte pour les industries d'exportation, qui favorise notamment les villes portuaires. À la différence de ce qui s'observe parfois ailleurs, certaines industries manufacturières légères (les industries du cuir et de la chaussure) sont demeurées concentrées dans les métropoles, en raison, il faut le croire, du besoin des économies d'agglomération, en partie pour mieux s'adapter aux exigences du commerce international. D'autre part, des industries manufacturières modernes (les industries chimiques, de raffinage du pétrole, de l'automobile et du matériel de transport) se concentrent parfois dans des petites villes périphériques (portuaires), en raison d'une plus grande accessibilité aux marchés internationaux et d'une diminution des coûts. Les différences entre les secteurs manufacturiers modernes et traditionnels tiennent en partie à leur orientation vers l'exportation.  Au niveau du découpage régional du territoire sud-coréen, nous observons, des distributions hiérarchiques pour les industries tertiaires. Les activités supérieures sensibles aux économies d'agglomération et à la distance se concentrent davantage dans la région capitale. En revanche, pour ce qui est des industries manufacturières, la région sud-est s'est spécialisée dans les industries exportatrices (légères et lourdes; traditionnelles et modernes), en raison de ses caractéristiques géographiques (grande accessibilité au marché, c'est-à-dire aux pays étrangers car la région sud-est touche à l'Océan Pacifique et au Japon à l'est). En conséquence, nous observons une hiérarchie régionale dans le système urbain sud-coréen: un axe nord-sud essentiellement formé des régions capitale et centrale (fonctions tertiaires et de R et D : services modernes, industries de haute technologie) et des régions sud-est et sud-ouest (fonctions industrielles : production de masse pour exportation).  Pour analyser l'évolution de la structure d'emploi par ville et par région, le chapitre 7 propose une analyse shift-share, à travers la typologie unifiée (à deux échelles spatiales) : 1) au niveau urbain, en classant les villes en fonction de la« taille» (en partie) et de la « distance» (typologie 1), 4) au niveau régional, avec un découpage en cinq régions du territoire coréen (typologie II). Selon nos résultats au niveau urbain, la ville de Séoul, en dépit de sa structure économique favorable en termes relatifs en 1981, n'a pas attiré sa part proportionnelle des emplois. En contrepartie, les villes satellites et périphériques, malgré leur structure économique défavorable en 1981, ont réussi à attirer non seulement plus que leur part des nouveaux emplois des secteurs en forte croissance, mais aussi plus que leur part d'emplois en croissance moins rapide. Au niveau régional, la région capitale n'a pas attiré des emplois au même rythme que l'ensemble de l'économie, alors que les quatre autres régions en ont attiré à un taux au dessus de la moyenne nationale. L'apparition de nouvelles villes a contribué à cette évolution spatiale, à savoir la diminution de la concentration des activités économiques et des populations urbaines dans la capitale nationale (chapitres 5 et 7). Cependant, l'ampleur (plutôt timide) du redéploiement ne s'est pas traduit par un changement marqué dans le poids relatif des villes satellites et des villes périphériques. L'effet distance semble conserver son importance, à en croire nos résultats. Le déploiement de l'activité économique favorise davantage les villes satellites, proches des grandes métropoles, que les villes périphériques. Les villes satellites situées à proximité des deux plus grandes métropoles (Séoul et Pusan) ont connu une croissance d'emploi au-dessus de la moyenne nationale. Résumons nos conclusions. Le système urbain qe la Corée du sud, un nouveau pays industrialisé, ressemble dans ses grands traits (structure et évolution) à d'autres systèmes urbains. Le processus d'urbanisation, à savoir la relation avec le PNB per capita, suit la tendance générale, observée dans d'autres nations. Il se distingue toutefois par sa rapidité. La forme de la distribution des tailles de villes est intimement liée aux processus de croissance. Les variables « taille» et « distance» restent des facteurs-clé, à la base de l'explication de la localisation des activités économiques. Bref, notre analyse pour la Corée du sud semble confirmer, à quelques nuances près, la pertinence continue des modèles classiques d'explication de la structure et de l'évolution des systèmes urbains.


identifier: Abella, Alexandre  (2006). Étude des Bifidobacterium comme indicateur des sources diffuses de pollution  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 176 p.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

subject: eau pathogene contamination fecale

abstract:
Le  risque que représentent les maladies microbiennes associées à l'eau est, à l'heure actuelle, une priorité pour les autorités responsables de la gestion de cette ressource. Un grand nombre de ces maladies sont causées par la présence de pathogènes (bactéries, virus, protozoaires) d'origine fécale dans l'eau. Ces pathogènes menacent les approvisionnements en eau potable, les eaux récréatives, les eaux servant à l'agriculture et à l'aquaculture ainsi que les écosystèmes aquatiques.

Historiquement, la qualité microbiologique de l'eau  a été évaluée à l'aide  d'un  groupe restreint de microorganismes indicateurs. L'utilisation de ces microbes a notamment permis d'éradiquer plusieurs maladies. L'émergence d'épisodes tragiques de contamination hydrique ces dernières années remet en question l'utilisation  seule des indicateurs microbiologiques afin d'assurer la qualité de l'eau. L'évolution des connaissances montre l'importance d'assurer  un approvisionnement de qualité, ce qui constitue une manière préventive de contrer l'entrée  massive de contaminants dans les réseaux d'eau potable. La possibilité d'identifier la provenance des contaminants fécaux souvent porteurs de pathogènes devrait améliorer, au point de vue microbiologique, la qualité de la ressource. Pour ce faire, de nouveaux indicateurs sont développés afin de mieux déterminer l'origine de la contamination fécale de l'eau.

À cette fin, le genre Bifidobacterium  a été proposé comme un indicateur permettant la différenciation des sources de contamination fécale de l'eau. Cette capacité de différenciation se base sur le cloisonnement des espèces de bifidobactéries selon l'hôte colonisé. Ainsi, 1'origine de  la  contamination fécale  peut être  retracée à  partir des espèces retrouvées dans le cours d'eau.

Ce  projet de  maîtrise a  permis  de  montrer la  présence de  bifidobactéries à 1'état cultivable dans quatre cours d'eau québécois situés en zone urbaine et en zone agricole. L'isolement des bifidobactéries à partir des cours d'eau  a été fait par filtration suivie d'une croissance en anaérobiose sur le milieu BFM. L'utilisation de réactions en chaîne par polymérase (PCR multiplexe) et du séquençage a permis d'identifier 5 espèces de Bifidobacterium  présentes à l'état cultivable dans les cours d'eau soit:  B. adolescentis, B. longum, B. bifidum, B. angulatum et B. pseudocatenulatum.

Ce projet a aussi mesuré l'impact  de certains facteurs abiotiques sur la survie de Bifidobacterium.  Ceci  avait  pour  but  d'expliquer l'absence de  bifidobactéries généralement  associées aux animaux dans les cours d'eau  situés en zone agricole. À ce sujet, la présence de matière organique (surnageant de lisier) et l'absence  de mouvement de  brassage  de  l'eau,  conditions  souvent  rencontrées  dans    les cours  d'eau  en  zone agricole,  font  varier  la longévité,  à l'état  cultivable,  des  bifidobactéries.  La poursuite d'études  plus approfondies sur le devenir des bifidobactéries  une fois excrétées et sur la distribution des espèces selon l'hôte paraît essentielle afin de déterminer l'avenir de Bifidobacterium  comme  un indicateur  des différentes  sources  de contamination  fécale
des cours d'eau.


identifier: Akl, Éliane  (2007). Les effets des mutations ponctuelles dans les régions conservées de la protéine de structure VP2 du parvovirus Porcin pendant son cycle viral  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 104 p.

subject:
virus porcin
smedi
parvovirus
ppv
mutation

abstract:
Le  Parvovirus  Porcin   (PPV)   est   un  virus   très   resistant   et   qui   se   transmet facilement.   Il cause  le  syndrôme   SMEDI   (Stillbirths,  Mummified   fetuses,  Embryonic Death,  Infertility), ce  qui  engendre  des  pertes  économiques  importantes aux  industries porcines à travers  le monde.
Le génome  du PPV  de 5 kb est formée  d'ADN simple  brin de polarité  négative. La  capside   virale  non-enveloppée est  de  symétrie   icosaédrale   et  est  composée de  60 copies  des  protéines  structurales, soit  VP 1    ou  VP2.  Cette  dernière  est  la  composante majeure  de  la capside  (80-90%) et elle contient  des  régions  conservées par rapport  aux autres  parvovirus. Notre  hypothèse  propose  que  plusieurs  régions  conservées pourraient jouer  un rôle  critique  dans  l'assemblage et la translocation  nucléaire  de  la VP2  et ceci serait nécessaire  à la formation  de la capside  virale.
Vingt-six  mutations  ponctuelles ont été introduites  dans ces régions dans  le clône infectieux.  La réplication  après transfection  a été étudiée  par immunofluorescence (IF) et microscopie  confocale. Les phénotypes obtenus  sont  divisés  en deux  groupes  selon  leur capacité  de  former  des  capsides.   Quatre  mutants  permettent   la synthèse  de  la capside (groupe  C+) dont  deux  sont  infectieux.  Pour  sa  part, le groupe  C comporte 22  mutants qui  ne  forment   pas  de  capside   virale  et  est  subdivisé en  trois  sous-groupes selon  la répartition  de la protéine  VP2 dans la cellule.  Dans le sous-groupe I, la VP2 se trouve majoritairement dans  le cytoplasme; dans  le  sous-groupe  II,  la  VP2  est  transporté  au noyau; et dans le sous-groupe III, la VP2 est répartie dans le cytoplasme et le noyau.
La localisation  des acides aminés  mutés dans la VP2 dans divers mutants et les phénotypes  résultants  suggèrent  que les monomères doivent être oligomérisés en trimères pour leur translocation au noyau et puis assemblés  en capside  vide avant  l'incorporation de l'ADN  virale.


identifier: Allard, Véronique  (2005). Génération de cellules T régulatrices artificielles  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 97 p.

subject: cellule t rejet greffe

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.

Les   différences    histologiques    entre   individus    compliquent    la   transplantation d'organes et favorisent  le rejet. La prise de médicaments  immunosuppresseurs est donc nécessaire  mais cause des effets secondaires  néfastes.  Le traitement  idéal consisterait  à mimer le potentiel immunosuppresseur des cellules T régulatrices' pour contrer le rejet chronique  des greffes  en étant  plus  localisé  et spécifique.  Ce projet  avait  pour but  de générer  un  système  d'expression pennettant   la sécrétion  de  cytokines immunosuppressives suite à la reconnaissance des greffons.

Des  récepteurs  T  artificiels  ont  été  créés  à  partir  d'un   scFv  et  des  unités  de signalisation  du CD3 Ç et du CD28.  Dans le modèle expérimental  de rejet d'allogreffe utilisé, l'anticorps  88-24-3 duquel est dérivé le scFv reconnaît spécifiquement  les CMH-I de souris  donneuses.  Suite à la reconnaissance  de ces ligands, de 1 'IL-l 0 cellulaire ou virale et du TGF-P seront produits grâce à un vecteur bi-cistronique utilisant le promoteur inductible  de  l'IL-2.   Des  essais  luciférase  ont  montré  que  ce  dernier  possédait  une certaine activité basale suggérant la présence d'un  promoteur cryptique dans le vecteur. Pour  augmenter  l'inductibilité du  promoteur  de  l'IL-2,  l'ajout  d'un  site  de polyadénylation  devant ce dernier est envisagé en combinaison avec un site de liaison au NFAT trimérisé. Les essais luciférase ont également  montré que la co-stimulation  via le CD28 augmentait l'activité du promoteur. La •chimère avec CD28 devrait donc maximiser l'inductibilité du  promoteur.  Finalement,  un  vecteur  avec  un  gène  rapporteur  telle  la luciférase   a  été   construit   afin   d'ultérieurement  suivre   les   cellules   T   régulatrices artificielles in vivo. Comme le rejet par les cellules NK ne peut être exclu, l'expression  de CMH-1 non-classiques  et de leurs peptides  avec  un vecteur de la famille  SRa  pourrait favoriser  la survie des cellules  modifiées.  Tous  les outils  nécessaires  à l'étude  ont été générés  et  certaines  expériences  in  vitro restent  à  être  effectuées  afin  de  valider  le potentiel des constructions générées qui seront testées dans des modèles in vivo.


identifier: Antoine, Francis  (2009). Activation des neutrophiles par le trioxyde d'arsenic : le rôle de la protéine kinase SYK  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 81 p.

subject: inflammation

abstract:
Le trioxyde d'arsenic (TA) est un nouvel agent chimiothérapeutique. Il traite avec succès les leucémies promyélocytiques aiguës. Plusieurs recherches ont mené à des découvertes sur les mécanismes d'actions  de  cet  agent  sur  les cellules  cancéreuses.  Cependant,  très  peu de recherches ont été effectuées sur des cellules primaires et en santé comme les neutrophiles humains fraîchement isolés. Les neutrophiles sont de bons modèles  pour vérifier l'impact clinique, inflammatoire et environnemental  de  l'arsenic.  L'objectif  de cette étude était de vérifier l'impact de cet agent sur la physiologie des neutrophiles, mais plus particulièrement au niveau de la protéine kinase Syk. Cette kinase est impliquée dans la plupart des fonctions des  neutrophiles  et  représente  une cible  potentielle  pour traiter  des  cas  d'inflammations chroniques variés. Son inhibition pharmacologique par le piceatannol a permis de déterminer
son  implication dans  l'activation  des  neutrophiles  par  le TA.  Avec  les  neutrophiles  de  • donneurs sains fraîchement isolés, il a été possible de vérifier le rôle de Syk dans plusieurs fonctions cellulaires comme la phagocytose, la dégranulation et l'apoptose. Cette approche expérimentale  in  vitro  a  été  faite  en  comparaison  avec  des  neutrophiles  stimulés  par l'interleukine-4. Les résultats ont montrés que Syk possède un rôle important dans l'activation des neutrophiles par le TA. Son inhibition renverse l'activation des neutrophiles par le TA au niveau de la phagocytose, de la dégranulation et de l'apoptose. En conclusion, une nouvelle kinase a fait son entrée dans le palmarès des mécanismes d'actions du TA. Cette découverte ouvre la voie à de nouvelles investigations en rapport avec cette kinase. Syk a un rôle dans les propriétés effectrices des neutrophiles, mais elle possède aussi un rôle de régulation car son inhibition	influence	l'apoptose. 	Induire	l'apoptose 	des   neutrophiles 	dans 	les   cas d'inflammations   chroniques   est   une   approche   clinique   présentant   un   fort   potentiel thérapeutique. Le TA possède cette capacité d'induire l'apoptose des neutrophiles et de biens d'autres  cellules. À chaque  fois  qu'on  ajoute  une pièce dans  le  puzzle des  mécanismes d'actions du TA on se rapproche du jour où on utilisera cet agent de façon courante et bénigne pour traiter une vaste gamme de complications cancéreuses ou inflammatoires. L'arsenic est
un vieux remède qui commence à être compris.


identifier: Aravindakshan, Jayaprakash  (2006). Effects of xenoestrogens on male reproduction  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 171 p.

subject: reproduction dopage

abstract:
White previous studies have identified the presence of estrogenic substances in St. Lawrence river, along the Island of Montreal there is no information on the physiological and population consequences associated with exposure to low levels of estrogenic compounds in fish in these sites. Therefore, the objective of my first study was to assess the effects of such contaminants on male reproductive function in the spottail shiner (Notropis hudsonius). Disturbances  in stages  of spermatogenesis  were seen in fish captured  at sites  having high levels of estrogenic contamination. Sperm concentration and various motility parameters were significantly lower in shiners from Ilet Vert as compared with those from Iles de la Paix (reference site). Histological analyses of testes revealed that more than one-third of the fish captured at sites with the highest estrogenic contamination displayed intersex, a condition in which ovarian follicles were developing within the testis. These data indicate that there is significant  estrogenic  contamination   in  the  St.  Lawrence  River  that  is  associated  with impaired reproductive function in male fish.

After finding that the fish from the St. Lawrence River are exposed to xenoestrogens causing  male  reproductive  dysfunction,  in  the  second  part  of  my  study  we  wanted  to determine if lactational exposure to contaminated fish could alter the development of the male reproductive system in rats. Three experimental groups were used: rats (dams) gavaged with (a) distilled water (control), or (b) homogenized fish from a reference site (Iles de la Paix) or (c) homogenized fish from a xenoestrogen-contaminated  site (IIet Vert). Pups were exposed via lactation and sampled on either day 21 (weaning) or day 91 (adults). Adult sperm concentrations   and  sperm   motility   parameters  were  ali   significantly   decreased   in  the xenoestrogen group as compared to the reference and control groups. Furthermore, the distribution of stages of spermatogenesis was altered in the xenoestrogen group, indicating an effect on the kinetics of spermatogenesis. Immunoreactivity of  connexin43 (Cx43), a gap- junctional  proLein, was  markedly  decreased  in  the  seminiferous  epithelium  of  the xenoestrogen group, suggesting that the intercellular coordination of testicular function may be affected. These data indicate that contaminants from xenoestrogen environments may pass through the food chain and exert effects on male reproductive functions.

The  mechanism  responsible  for  alteration  in  gap  junctions  m  Sertoli  cells  after exposure to xenoestrogens is unknown. The objectives of the third part of my study were to determine the effects of nonylphenol on GJIC and connexin 43 (Cx43) in a murine Sertoli cell tine,  TM4.   A  significant  concentration-dependent   reduction  in  GJIC  was  observed  at nonylphenol concentrations between 1 and 50 microM. Cx43 immunofluorescent staining was reduced  at  both  10  and  50  microM  doses  of  nonylphenol.  Cx43  phosphorylation,  as determined by Western blot analysis, was reduced at both 10 and 50 microM concentrations. A dose-dependent  decrease  in  p38-MAPK  activity  was observed  in  nonylphenol-exposed Sertoli  cells.  Protein  kinase  C  activity  was  also  measured  and  was  not  influenced  by nonylphenol. In contrast, no effect on GJIC or Cx43 protein was observed in cells exposed to 17beta-estradiol at these concentrations. These results suggest that nonylphenol inhibits GJIC
between Sertoli cells and that this is modulated via nonestrogenic pathways.

In summary we have shown that xenoestrogens in the aquatic system can effect spermatogenesis in fish and this effect can be passed up the food chain. Also xenoestrogens like nonylphenol can have effects that are not mediated by the classical estrogen pathway.


identifier: Arias Crausaz, Éliana A.  (2005). Effect des mutations de protéases et chaperonnes sur les systèmes sec et TAT de sécrétion de protéines chez Streptomyces lividans et Streptomyces albus  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 184 p.

subject: protease proteomique streptomycete mutant chaperonne

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Le projet de recherche porte sur l'influence  de mutants de protéases et de chaperonnes sur les systèmes de sécrétion des protéines Sec- et Tat-dépendants des Streptomycètes.  Nous disposions de trois mutants de protéases de Streptomyces lividans (7 Tap•, 12 Tap• et Ssp• et 17 à mutations  multiples ) et de deux mutants de chaperonnes  de Streptomyces  a/bus (GroEL et HSP18)

La xylanase A et la xylanase B qui sont Sec-dépendantes,  ainsi que la xylanase C, qui est exclusivement  Tat-dépendante   ont  été  utilisées  comme  protéines  modèles  dans  cette étude. Les gènes respectifs ont été clonés dans un vecteur à copies multiples portant la résistance à l'hygromycine qui a servi ensuite pour transformer les diverses souches mutantes.

Chez les mutants de protéase de S. lividans, bien que la production de XlnA soit considérablement  réduite par rapport à la souche de référence, la vitesse de maturation du précurseur demeure inchangée. Ceci indique que le processus de sécrétion Sec lui-même n'est  pas  affecté  par les  mutations.  Par  ailleurs,  chez  le  mutant  12  la  diminution  de production   s'expliquerait  peut-être   par  un  défaut  de  traduction   du  gène  xlnA   car l'intensité  de marquage du précurseur est plus faible que le contrôle. Pour les mutants 7 et
17, la faible  production  d'enzyme  est  plutôt à mettre en  relation  avec  leur croissance cellulaire qui est atypique. Pour ce qui est du système de sécrétion Tat-dépendant une diminution  de la  production  de XlnC est observée  pour  tous  les  mutants  sans  que  la vitesse de maturation des précurseurs  ne soit affectée, ce qui indique que les mutations n'ont pas eu un effet direct sur  le système de sécrétion Tat-dépendant.

Les  mutants  de  chaperonnes   GroELl   et  HSP18  n'influencent   en  aucune   façon  la production de XlnA et de XlnC par S. a/bus et aucun ralentissement de la vitesse de maturation des précurseurs n'a été enregistré. Donc ces deux chaperonnes n'interviennent pas dans les systèmes Sec et Tat de sécrétion des protéines.

La  souche  sauvage   de  S.  lil•idans  sécrète   naturellement  la  Xl nB 1  et  dans  une  faible mesure  la XlnB2  qui  dérive  de  la XlnB1  suite  à la perte du domaine d'attachement au xylane  situé  en C-terminal de la protéine.  Était-il  possible  que  nos mutants  de protéases soient  responsables de  cette  dégradation? Les  trois  mutants  produisent   la  Xl nB1  et  la XlnB2   dans   les   mêmes   proportions  que   la  souche   sauvage   indiquant   qu'elles   ne participent  pas à l'enlèvement du domaine  de fixation  au xylane de la XlnB 1.

Dans  notre  construction, le  gène  de  la  XlnA  est  tronqué  à  son  extrémité 3', ce  qui occasionne une  délétion  partielle  du  domaine  d'attachement au  xylane.    Au lieu  d'une xylanase  de 46  kDa,  les  transformants produisent   une  xylanase  de  41-kDa  qui  est  très rapidement  dégradée  en XlnA2  de 31-kDa  contenant uniquement  le domaine catalytique de l'enzyme. Ce  processus  de dégradation est  ralenti  chez  les  trois  mutants  de protéase sans  cependant être  aboli,  ce  qui  suggère  que  les  protéases  manquantes sont  en  partie responsables de la dégradation du domaine  d'attachement au xylane  partiellement délété dans notre construction.


identifier: Arroyo Galicia, Raul Alberto  (2005). Évaluation du potentiel d'une matrice protéique malléable de lactosérum fermenté en tant qu'excipient pharmaceutique  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 190 p.

subject: mpm excipient

abstract:
Actuellement, il existe une problématique dans le domaine pharmaceutique.  Certains médicaments sont administrés par injection dû à la faible protection qu'offre la voie orale (dégradation du principe actif dans le système digestif) [1,2]. Malheureusement la voie intraveineuse  n'est  pas  la voie  la  plus confortable,  surtout  pour  les  patients  qui  ont  une maladie  chronique  et  qui  requièrent   un  traitement  continu  et  à  long  terme  avec  ce médicament.     Alors,  il  est  devenu  important  de  développer  de  nouveaux  systèmes  de délivrance médicamenteux qui nous permettront de cibler ou prolonger l'action  du principe actif administré par la voie orale.

Des travaux antérieurs ont montré qu'il  était possible d'obtenir  une matrice appelée MPM  (Matrice   Protéique   Malléable)   suite  à  la  fermentation   du   lactosérum   par  des lactobacilles  [3].    Grâce  à  ses  caractéristiques  fonctionnelles,     ce  produit  est  en  vme d'utilisation  dans le secteur alimentaire.   Étant donné que la majorité des constituants de la MPM (protéines et peptides de lactosérum, exopolysaccharides bactériens, bactéries lactiques et calcium) sont tous reconnus pour leurs effets bénéfiques sur la santé, ce produit a un fort potentiel nutraceutique et de stimulation du système immunitaire [4,5,6].

Une autre application  potentielle des MPM, une fois séchées par lyophilisation,  est son utilisation en formulation de médicaments.   Étant donné que les MPM sont constituées entre autres de protéines, d'exopolysaccharides et de lactose (tous des ingrédients  utilisés dans l'industrie   pharmaceutique), elles ont le potentiel d'être  utilisées pour immobiliser ou pour encapsuler les principes actifs [7].  Grâce à leurs constituants, elles peuvent être utilisées pour   lier et protéger des principes actifs dans 1'environnement gastrique aux conditions physiologiques sévères comme les hautes teneurs en sels biliaires et les conditions acides des sucs digestifs [8,9,10].   Les MPM  peuvent donc servir d'excipient  pour la formulation  de divers médicaments  en offrant la possibilité de synergiser avec le principe actif grâce aux propriétés biologiques intrinsèques de leurs composantes individuelles.

Le but du présent projet est d'évaluer le potentiel de la MPM en tant qu'excipient pour formuler des principes actifs de haute valeur commerciale et produire ainsi des formes orales sèches à libération prolongée en utilisant l'acétaminophène comme traceur hydrophile. Des critères de contrôle de qualité, dont la forme des particules, les propriétés rhéologiques, la dissolution ainsi que la stabilité des formulations ont été évalués selon les méthodes standards de l'industrie pharmaceutique.


identifier: Aubé, Caroline  (2009). La protéolyse de la molécule L-sélctine (CD62L) dans le développement du pymphome T murin  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 118 p.

subject: cancer adhesion cellule

abstract:
La L-sélectine (CD62L} est une molécule d'adhésion exprimée à la surface de plusieurs types de leucocytes. Cette molécule permet la migration ordonnée des lymphocytes naYfs  ainsi que  le recrutement leucocytaire. La L-sélectine est rapidement clivée suite à l'activation des lymphocytes. Une fraction soluble de L-sélectine est alors produite. Ce clivage protéolytique est nécessaire pour permettre un  recrutement leucocytaire efficace. Les  lymphomes, la  contrepartie maligne  des lymphocytes, expriment également la L-sélectine.

Une augmentation de la concentration de L-sélectine soluble est observée dans le sérum de patients atteints de lymphomes.  Hors, cette concentration anormalement élevée pourrait jouer un  rôle important dans le diagnostic et le pronostic de la maladie. L'origine de cette augmentation des niveaux de L-sélectine soluble demeure toutefois inconnue, bien que des études précédentes supposent que celles-cl puissent provenir des cellules de l'hôte, des cellules du lymphome ou d'une combinaison des deux types cellulaires. Dans le travail qui suit, nous avons déterminé la source de cette augmentation de L-sélectine soluble grâce à  l'utilisation d'un modèle murin génétiquement modifié.

Plus spécifiquement, les résultats contenus dans ce mémoire démontrent : 1}  que les lignées de lymphomes T démontrent une susceptibilité marquée au clivage de la  L-sélectine suite à  une activation au PMA, 2} qu'il y a effectivement une augmentation de L-sélectine soluble dans le sérum de souris atteintes d'un lymphome et que 3} les molécules de L-sélectine soluble dans le sérum des souris proviennent des cellules du lymphome car a} malgré l'absence de L-sélectine soluble dans le sérum de souris déficientes en L-sélectine, l'injection de cellules de lymphome entraîne la présence de L-sélectine soluble et que b} l'injection de cellules de lymphome déficientes en L-sélectine n'entraîne pas d'augmentation significative de la concentration en  L-sélectine soluble. Ces recherches mettent en évidence pour la première fois que les cellules du lymphome sont la source majeure de l'augmentation du niveau de L-sélectine soluble lors du développement de lymphome.


identifier: Aubin, Jacinthe  (2008). Caractérisation du domaine de liaison des récepteurs de l'endothéline à l'aide de sondes photoréactives  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 63 p.

subject: peptide mecanisme activation système cardiovasculaire photomarquage ligand

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.

L'endothéline, un des plus puissants vasoconstricteur connus à ce jour a été découvert il y a plus de 20 ans dans les cellules endothéliales. Il est impliqué dans la régulation du tonus vasculaire via deux types de récepteurs, soit ETA et ETB. Différentes études ont montré un lien entre l'ET et certaines maladies vasculaires, telles l'hypertension et l'ischémie. Du point  de  vue  pharmacologique et  thérapeutique,  il  est  donc  important  de  mieux comprendre les  mécanismes de  liaison entre  ce  peptide et  ses  récepteurs. Afin  de caractériser le domaine de liaison des récepteur de ET, des études de photomarquage avaient déjà été effectuées dans notre laboratoire, avec un antagoniste et un agoniste des récepteurs de l'ET. Cette technique se base sur l'affinité d'une sonde photoréactive aux récepteurs et  sur  la  formation d'un  lien covalent entre cette sonde  et  le  récepteur. L'analyse  électrophorétique des fragments obtenus après clivage du complexe ligand récepteur a ainsi permis l'identification de points de contact entre l'ET et ses récepteurs. Pour mieux cibler les sites de liaison, nous avons utilisé la même technique qu'avec l'antagoniste  et l'agoniste, mais cette fois avec la molécule endogène, soit l'ET. Les acides aminés des positions 4, 7, 9, 12, 14 et 21 de l'ET ont été successivement remplacés par le L- ou le D-p-benzoylphenylalanine (p-Bpa), un agent photosensible. L'activité de ces analogues a été  vérifiée par des essais pharmacologiques sur  des  aortes de  rat (contenant essentiellement des  récepteurs ETA)  et sur  le parenchyme pulmonaire de cobaye  (contenant  une  population  majoritaire  (environ  80%)  de  récepteurs  ETB). L'affinité des analogues a été ensuite vérifiée par des tests de compétition sur des cellules CHO surexprimant les récepteurs ETA  ou ETB.  Les sondes ayant conservé une bonne
affinité pour les récepteurs et une bonne activité et ce malgré l'insertion du groupement photoactivable, soit [L-Bpa7,  Tyrct 251)13]hET-l) et [Nle7 L-Bpa 12,Tyrct 251)13]hET-1, ont été choisies pour les études de photomarquage. La digestion des complexes ligand récepteurs a ainsi permis de déterminer que la sonde [Nle7, L-Bpa 12]hET-l aurait un point de contact sur la deuxième moitié de la 1ère boucle extracellulaire ou la partie supérieur du domaine transmembranaire III (TMIII), alors que le segment inférieur du TMVI ou la seconde moitié de la boucle intracellulaire III (ECIII) contiendrait un point d'ancrage
pour [L-Bpa7]hET-1  au niveau de ETA. De plus, les travaux ont montré que la 2e boucle extracellulaire du récepteur ET8  viendrait à proximité du ligand [Nle7, L Bpa12,Tyre25I)]hET-1 lors de sa liaison.


identifier: Auclair, Julie  (2011). Analyse de la diversité fonctionnelle d'un biofilm impliqué dans l'élimination des nitrates en eau salée : étude du biofilm dénitrifiant du Biodôme de Montréal  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 183 p.

subject: denitrification methylophaga

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. La dénitrification biologique est de plus en plus employée pour éliminer le nitrate des eaux usées constituant une alternative économique aux méthodes physiques. Cependant, cette activité repose sur le développement de microorganismes capables de respirer les oxydes d'azote et des les transformer en N2. Le développement de cette flore dénitrifiante est influencé par divers facteurs rendant ainsi souvent les performances de dénitrification variables. Une meilleure connaissance des microorganismes présents dans ces systèmes est,  de  ce  fait, nécessaire à
1'élaboration de systèmes de dénitrification performants et stables.

Le Biodôme de Montréal opère un réacteur à lit mobile, alimenté au méthanol, pour éliminer le nitrate d'un aquarium de 3 millions de litres d'eau de mer artificielle nommé le Saint Laurent Marin. Les microorganismes naturellement présents dans 1'affluent du système de dénitrification colonisent les supports mobiles du réacteur formant un biofilm. Cependant, depuis son installation le réacteur n'a  jamais atteint les performances de dénitrification attendues. L'objectif de mon projet de doctorat était donc de déterminer la fonctionnalité des populations bactériennes présentes dans le biofilm dénitrifiant.
L'un des objectifs spécifiques de ce projet était d'identifier les bactéries méthylotrophes dénitrifiantes dans le biofilm. Le méthanol constitue une source de carbone pour les populations microbiennes du bio:film à l'étude. Afin d'identifier les populations bactériennes dénitrifiantes responsables de la consommation du  méthanol dans le biofilm des essais de stable  isotope probing (SIP) ont été entrepris. Les résultats obtenus ont démontré que les bactéries affiliées au genre Methylophaga, retrouvées abondamment dans le biofilm, assimilent le  méthanol sous conditions anoxiques (absence d'oxygène et présence de nitrate). Les espèces bactériennes affiliées à Methylophaga étaient jusqu'à présent caractérisées comme étant aérobies strictes. Des essais en culture pure, suite à l'isolement  à partir du biofilm de deux espèces bactériennes affiliées au genre Methylophaga, ont démontré la capacité de Methylophaga sp. JAMI à croître en absence d'oxygène en réduisant le nitrate en nitrite. Ceci est la première démonstration directe que des bactéries du genre Methylophaga peuvent être adaptées à des environnements anaérobies. L'analyse  des gènes de dénitrification sur l'ADN  extrait de Methylophaga  sp. JAMI  nous a permis de détecter la présence de deux gènes (narGJ et narG2) codant pour la nitrate réductase membranaire (narG). L'analyse des séquences des gènes narG suggère qu'un de ces deux gènes a
été acquis par transfert horizontal de gènes. Lors de ce volet du projet, des travaux ont également été menés afin de mettre au point une méthode originale de chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse permettant de confirmer le marquage de l'ADN lors des essais SIP.
L'autre  volet de ce projet était d'identifier  les populations  bactériennes responsables  de

1'activité de dénitrification dans le biofilm. Une approche combinant différentes techniques de biologie moléculaire a permis de dresser un portrait plus complet de la dynamique fonctionnelle du biofilm à l'étude.  Les gènes narG, napA, nirS, nirK, cnorB, qnorB et nosZ, codant pour les sous-unités catalytiques des réductases impliquées dans la dénitrification, ont été utilisés comme marqueurs de la diversité des populations dénitrifiantes. Dans un premier temps, ces gènes ont été amplifiés par PCR avec des amorces dégénérées à partir de 1'ADN extrait du biofilm, pour être ensuite clonés et séquencés. Au total, 25 gènes, tous affiliés aux Protéobacteries, ont été trouvés dont certains n'ont  jamais été répertoriés  auparavant  dans la littérature. Parmi ceux-ci  ont été retrouvés les gènes napA, nirK, cnorB et nosZ d'Hyphomicrobium sp. NL23 ainsi que les gènes narGJ et narG2 de Methylophaga sp. JAM1, deux souches isolées à partir du biofilm. Des essais de PCR quantitative ont ensuite été réalisés afin d'évaluer  l'abondance des gènes narG et napA, pouvant représenter des bactéries réductrices de nitrate ou dénitrifiantes, ainsi que nirS et nirK, ciblant les populations dénitrifiantes. Les gènes retrouvés chez Hyphomicrobium sp. NL23 et Methylophaga sp. JAM1 étaient les plus abondants, la quantification des autres gènes étaient de
10 à 10000 fois moindre. Parallèlement, 1'activité des populations dénitrifiantes a été évaluée par transcription inverse couplée à la PCR sur l'ARN  extrait du biofilm. Seulement l'expression  de quelques  gènes a été détectée  dont, entre autres,  narGJ  de Methylophaga  sp. JAM1  et nirK, cnorB et nosZ d'Hyphomicrobium sp. NL23. Ces résultats suggèrent que la souche NL23 utilise directement le nitrite présent dans le biofilm, probablement produit par les bactéries réductrices de nitrate, dont la souche JAM1, pour supporter sa croissance.
Les  travaux  réalisés  au  cours  de  ce  projet  de  recherche  nous  permettent  de  mieux comprendre  la fonction  des populations  dénitrifiantes  du biofilm.  L'ensemble  de ces résultats suggère que Methylophaga sp. JAM1 et Hyphomicrobium  sp. NL23 jouent un rôle majeur dans l'activité  du biofilm. D'autres  études seront, cependant, nécessaires afin d'évaluer  l'impact  de la présence de ces populations sur les performances de dénitrification du réacteur.


identifier: Augustin, Barbara  (2005). Analyse transcriptionnelle des gènes conservés chez la souche uropathogène Escherichia coli CFT073 dans le tractus urinaire de la souris  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 175 p.

subject: infection tractus urinaire itu electrophorese

abstract:
Les infections du tractus urinaire (ITU) font parties des infections bactériennes  les plus fréquentes.  Elles sont causées par certaines  souches du genre Escherichia coli (souches uropathogènes  ou  extra-intestinales)   qui  constituent  plus  de  80%  des  complications (cystites,  pyélonéphrites)  qui  surviennent  suite  à ces  infections.  Le  présent  projet  de recherche  a permis  d'analyser  l'expression différentielle  (in  vivo  versus  in  vitro)  des gènes conservés lors d'ITU  en utilisant des biopuces d'ADN d'E. coli K-12 (souche MG1655).

La souche uropathogène E. coli CFT073, provenant d'un cas de pyélonéphrite aiguë, a été utilisée pour l'infection de souris femelles grâce au modèle ascendant d'ITU. Cette même souche a servi à la préparation d'une  culture in vitro. Une technique émergente, nommée SCOTS (capture sélective des séquences transcrites), a été utilisée afin de capturer les transcrits procaryotes. Les produits SCOTS obtenus ont été utilisés comme sondes afin d'hybrider des lames d'E. coli K-12 MG1655 (Gene Expression Center 1 University of Wisconsin). Des  analyses  génomiques  ont  démontré  que  74%  des  cadres  de  lecture ouverts (3189 en tout) d'E. coli K-12 étaient présents chez la souche E. coli CFT073. Les données  obtenues  lors de 1'expérience  des biopuces  ont finalement  été confirmées  par PCR quantitatif en temps réel (qRT-PCR).

L'analyse statistique des résultats obtenus suite à l'hybridation des biopuces a permis de détecter 466 gènes (15% de l'ensemble des gènes présents sur la lame) présentant  une expression  différentielle  (149  gènes  induits et 317 gènes  réprimés)  significative.  Cette étude a démontré qu'il  n'y avait pas vraiment de différences entre l'expression des gènes conservés dans la vessie et dans les reins par rapport à 1'expression  de ces mêmes gènes dans   une   culture   in   vitro.   Parmis   les  classes   fonctionnelles   des   gènes   les  plus représentées,  on  retrouve  celles  du  métabolisme  des acides  gras, du  métabolisme  des nucléotides,  de la biosynthèse  des cofacteurs  et de la réplication  de 1'ADN.  Près de la moitié des données significatives obtenues constituent des gènes aux fonctions putatives ou totalement inconnues.
Les résultats de biopuces obtenus ont démontré que l'utilisation d'une technique telle que SCOTS apportait un avantage significatif lors de 1'étude de 1'expression différentielle des gènes pendant une infection. De plus, ce projet de recherche a permis de cibler des gènes
conservés différentiellement exprimés lors de l'infection du tractus urinaire de la souris.


identifier: Badiwa-Bizowe, Brigitte  (2007). Évaluation des effecs immunotoxiques chez des souris adultes et juvéniles C57B1/6 exposées dans leur diète à du poisson contaminé au chlorure de tributylétain  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 83 p.

subject: immunotoxicite tbt

abstract:
Parmi  les  polluants  particulièrement préoccupants d'aujourd'hui  comme  toxiques  pour l'environnement,   on    trouve 	les   composés   organostanniques   dont 	fait   partie 	le tributylétain  (TBT) qui a été souvent   utilisé comme  agent anti-sallisure dans les peintures sur les parois des bateaux  et divers  ouvrages. Une fois libéré dans  le milieu  aquatique,  le TBT   peut  s'accumuler  dans  la  chaîne   alimentaire. Ce  composé   est  reconnu   comme perturbateur endocrinien  provoquant   des  mutations sexuelles   chez  certains   mollusques marins  et  il  aurait  des  effets  toxiques  sur  le développement des  systèmes  nerveux  et immunitaire des mammifères. Le TBT s'avère très toxique  (1 à 10 !lgll pour la létalité,pr
1   !lgll  pour  la sublétalité et 0,5  ng/1 pour  une  perturbation endocrinienne dénommée « imposexe   »).  Dans  ce  contexte,  l'immunotoxicité  du  TBT  est  importante  tant  pour l'environnement  que  pour  la  santé   humaine.   Nous  avons   ciblé  à  ce  sujet   les  effets immunotoxiques possibles   de  la  consommation de  poissons  contaminés avec  du  TBT chez des populations qui en sont de grands consommateurs.
À cette fin, nous avons mené une étude dans le but d'évaluer les effets du TBT sur le

fonctionnement du système  immunitaire des souris C57BU6 adultes et juvéniles, mâles et femelles. Ces souris ont été nourries avec une diète contenant  du poisson contaminé à une concentration de 400 !lg CTBT/kg  (selon  la concentration environnementale de TBT contenue   dans du poisson frais) pendant 30 jours et les souris ont été ensuite  sacrifiées. Cinq  paramètres immunologiques ont alors été examinés : les poidscorporels et ceux  des organes 	lymphoïdes	(rate    et 	thymus), 	la   transformation	lymphoblastique   à 	la concanavaline A (CON  A) et au lipopolysaccharide (LPS),  la phagocytose, l'activité des cellules  tueuses  (NK),  ainsi  que  le test de la production  d'anticorps (PFC).  Les résultats obtenus  suite  à  la  suite  de  ces  expériences ont  montré 	une  immunomodulation  du TBT pour certains  des paramètres mesurés:  il a eu une diminution des poids des rates et des   thymus   principalement   chez   des   souris   mâles   juvéniles.  On   a   observé    une augmentation significative de la phagocytose chez  les souris  exposées  comparativement aux témoins  pour les deux sexes,  autant chez les adultes que chez les juvéniles. L'activité des cellules  NK a baissé chez  les juvéniles. La lymp  oprolifération  a montré  une faible stimulation des lymphocytes T par la concanavaline A (CON  A) chez les juvéniles  et les

adultes ; par contre  la stimulation des lymphocytes B par la lipopolyssaccharide (LPS)  a été plus élevée  chez les juvéniles  que chez les adultes.
Ces  résultats  suggèrent que  l'exposition des souris  à une faible dose  de CTBT  a modulé certains  aspects  des fonctions  immunitaires à médiation  cellulaire et humorale   ainsi que des  mécanismes   d'immunosurveillance  de  l'hôte contre  les  tumeurs  et  les  infections virales, ceci en fonction  du sexe et de l'âge,  avec  une vulnérabilité plus notable  chez  les juvéniles.


identifier: Barthelemy, Johanna  (2006). Effects d'une exposition au tributylétain sur le système reproducteur mâle  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 280 p.

subject: spermatozoide reproduction infertilite perturbateur endocrinien

abstract:
Le  tributylétain   (TBT) est  un  perturbateur endocrinien   qui,  de  part  ses  utilisations, possède  une  forte  dispersion  dans  l'environnement marin.  Des effets importants ont ainsi été observés pour des organismes  marins exposés, notamment au niveau de la reproduction et  de  la  fertilité.  Cependant, jusqu'ici,  peu  d'études ont  été  faites  sur l'impact  des  organo-étains  sur  les  mammifères  et  leur  système  reproducteur. Il est possible qu'une exposition  à des contaminants environnementaux soit en partie responsable de l'augmentation de l'incidence de certaines pathologies du système reproducteur mâle, observée depuis plusieurs  décennies.
Le développement du système reproducteur est complexe et requiert non seulement  des hormones  sexuelles, mais dépend  également  des interactions  directes entre les cellules. Nous  nous  intéressons   particulièrement  à  deux  formes  de  jonctions :  les  jonctions serrées,  qui  forment  dans  le trachts  reproducteur les barrières  hémato-prostatique et hémato-épididymaire  et  qui  sont   formées  en  partie  par  tme  famille  de  protéines nommées claudines.  Et également  aux jonctions adhérentes, qui sont responsables  de la cohésion cellulaire et qui sont formées notamment des cadhérines et des caténines. L'objectif de cette étude  était de déterminer les effets à long  terme d'une  exposition  in
utero au TBT sur  le système  reproducteur mâle. Nous avons exposé des rats in utero à différentes concentrations  de TBT (0, 2.5, 10 et 20 mg/kg) et ils ont ensuite été sacrifiés à l'âge de 91 jours. Tout d'abord, une analyse de motilité de spermatozoïdes assistée par ordinateur (CASA) a permis de dénoter des effets du TBT sur différents paramètres,  tels par exemple une baisse de leur motilité, ainsi qu'une baisse de leur motilité progressive. Une baisse importante du  poids  de la prostate  ventrale  a été observée. De plus  nous avons mis en évidence une baisse dose-dépendante de l'expression  de E-cadhérine dans les  jonctions  adhérentes de  cet  organe.  Un  changement   du  patron  d'expression des claudines qui composent  les jonctions serrées de la prostate  ventrale a été observé, ainsi qu'un changement   dans  la localisation  de  la claudine-1.  Des effets similaires  sur  les protéines des jonctions serrées et des jonctions adhérentes ont été mis en évidence dans l'épididyme. Ainsi le TBT semble  avoir  tm effet ciblé sur  les protéines  composant  les jonctions intercellulaires du système reproducteur mâle, qui sont indispensables afin de
créer  un  environnement propice  au  développement et  à la  maturation des spermatozoïdes, ainsi qu'tme coordination fonctionnelle entre les cellules.
Afin de vérifier les effets observés in vivo, nous avons mené différentes  expériences  de culture   celhùaire.   Pour  ce  faire,  une  nouvelle   lignée  cellulaire  d'épididyme  a  été développée dans notre laboratoire.  Nous avons exposé les cellules à différentes concentrations   de  TBT, non  létales,  et  nous   avons   pu  observer   tme  baisse  dose dépendante des  claudines,  ainsi  que  d'E-cadhérine. Cependant, contrairement aux animaux, les cellules possèdent  tme capacité de récupération, ainsi les effets ne sont pas permanents chez des cellules mahrres.  Enfin, à l'aide  d'oligos  de type morpholinos, en inhibant   l'expression   des   claudines,   nous   avons   pu   démontrer  qu'il   existait   tm phénomène de compensation entre les différentes claudines qui composent  l'épididyme, lorsque l'expression  de l'une d'entre elles est inhibée.
Nos résultats  ont ainsi permis  de mettre  en évidence  le fait qu'une exposition  au TBT dmant le développement embryonnaire a des effets rémanents  sur  le système reproducteur même  tme  fois l'âge  adulte  atteint.  De plus,  les effets  du  TBT sur  les claudines, et les autres acteurs des complexes jonctionnels du système reproducteur, pourraient mettre en péril l'intégrité des barrières hémato-épididymaire et hémato prostatique,  ayant   ainsi  des  conséquences   importantes sur   le  développement des
spermatozoïdes et la fertilité masculine.


identifier: Bastien, Louis-Etienne  (2009). Profils de cytokines dans les tissus épithéliaux et immunitaires de furet infectés par des souches létales ou atténuées de CDV  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 67 p.

subject: virus maladie Carre

abstract:
Environ 40 millions  de  personnes contractent  le virus de  la rougeole  (MV)  chaque année et environ 600,000 d'entre  elles en meurent.  Le MV appartient  au genre Morbillivirus dans  la  famille  des  paramyxoviridae  qui  comprend  aussi  le  virus  de  la  maladie  de  Carré (CDV).  L'infection   de  furets  par  le  CDV  reproduit  les  principales  caractéristiques  de  la rougeole chez 1 'humain,  incluant des éruptions cutanées typiques, une forte fièvre, une haute virémic  ct  une  sévère  immunosuppression.  Cette  immunosuppression   se  manifeste principalement par une sévère leucopénie ct par l'inhibition  de la prolifération lymphocytaire et peut mener à des complications graves, notamment des infections bactériennes secondaires ou des désordres neurologiques.

Nous avons précédemment montré par PCR en temps réel que les PBMCs d'animaux infectés par la souche sauvage 5804P, létale chez le furet, ne développent  pas de réponse de cytokines, tandis que l'infection  par des souches atténuées entraîne la régulation à la hausse de
1 'ARNm  des interférons (IFNs) et d'autres  cytokines. Afin d'évaluer  la réponse immunitaire chez  des  tissus  immunitaires  et  épithéliaux,  et  pour  confirmer  les  résultats  précédents  au niveau protéique, nous avons produits des anticorps (Ac) contre plusieurs cytokines du furet, ceux-ci  n'étant  pas  disponibles  commercialement.   Les  cytokines  choisies  sont  des représentants importants des réponses immunitaires innées ct adaptatives, soit les IFNs de type
1 et Il, le facteur nécrosant des tumeurs (TNF)-a  et les interleukines (IL)-2, -4 et -6. Les gènes des cytokines ont été insérés dans un vecteur d'expression procaryotique et exprimés chez E. Coli. Une fois purifiées, les protéines  bactériennes  ont  été utilisées  pour  l'immunisation de lapins. Des poulets ont également été immunisés  par des peptides synthétiques  choisis pour leur   immunogénicité.   La   réponse   des   animaux   à   l'immunisation    a   été   évaluée   par
« immunoperoxydase  monolayer  assay »  (IPMA)  ainsi  que  par  immunobuvardage  de  type

Western.

Une fois leur spécificité confirmée, les Ac ont été utilisés pour la coloration immunohistochimique  de tissus immunitaires et épithéliaux  d'animaux  infectés par la souche létale 5804P, ou par une souche atténuée causant néanmoins une maladie sévère. Les profils de cytokines ont été évalués aux jours 7 et 14 post infection, qui correspondent respectivement

chez la souche sauvage à l'apparition  de manifestations cliniques sévères et à la mortalité. L'expression   des  cytokines  de  l'immunité   innée  s'est  avérée  importante  envers  les  deux souches du CDV, particulièrement  pour la souche sauvage dans les tissus épithéliaux. La forte expression de cytokines proinflammatoires envers cette souche corrèle avec l'observation de manifestations  cliniques  plus sévères.  De plus, une altération de l'immunité adaptative  a été observée  avec  5804P.  Dans  les  ganglions  mésentériques,  l'expression   des  cytokines  de  la réponse adaptative s'est avérée soit inhibée, pour IFN-y, ou retardée, pour IL-2 et IL-4. Nos résultats démontrent que les morbillivirus interfèrent de façon différente avec l'activation  de la réponse innée dans des cellules immunitaires et épithéliales. Ceci suggère une contribution importante des cellules épithéliales au développement  d'une  réponse immunitaire appropriée ct à la résolution de 1 'infection.


identifier: Beauchemin, Chantal  (2008). Présence de facteurs de traduction dans le noyau et les vésicules du complexe de réplication des cellules infectées au Virus de la mosaïque du navet  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 143 p.

subject: virus mosaÏque navet tumv traduction

abstract:
Le génome de -10  kb du virus de la mosaïque du navet (TuMV) code pour une polyprotéine qui est clivée en dix protéines matures. L'ARN est polyadénylé et lié de façon covalente à son extrémité 5' à une protéine virale, la VPg. De plus en plus d'études pointent sur une implication de la VPg et ses précurseurs dans la traduction des potyvirus. Il a été montré qu'ils  interagissent avec le facteur eucaryote d'initiation  de la traduction (iso) 4E [e1F(iso)4E] et la protéine de liaison à la queue de poty (A) 2 (PABP2). Notre hypothèse est que la VPg et ses précurseurs sont un point d'ancrage  pour la formation de complexes  multiprotéiques  traductionnels  et  réplicatifs.  Dans  ce  projet,  nous  avons cherché à déterminer le rôle des interactions de VPg-Pro et 6K-VPg-Pro avec eiF(iso)4E et PABP2.

D'abord,  les différentes  protéines ont été fusionnées avec des protéines fluorescentes et leur expression transitoire dans Nicotiana benthamiana a été évaluée par microscopie confocale. Dans les cellules saines, nous avons observé que eiF(iso)4E est principalement associée aux membranes du réticulum endoplasmique (RE) tandis que PABP2 est une protéine cytoplasmique. Dans un contexte non-infectieux, la VPg-Pro est localisée dans le nucléole et la 6K-VPg-Pro induit la formation de vésicules qui bourgeonnent des membranes du réticulum endoplasmique. Ces vésicules sont d'ailleurs connues pour contenir les complexes de réplication dans les cellules infectées.

Ensuite, le site d'interaction  entre  les précurseurs de  la VPg et  les facteurs de traduction a été étudié. La méthode de la complémentation par fluorescence bimoléculaire (BiFC) a été utilisée pour observer la localisation cellulaire de l'interaction entre les précurseurs  de  VPg  et  eiF(iso)4E.  La  reconstitution  de  la  fluorescence  verte  a  été observée dans le noyau avec une accumulation préférentielle dans le nucléole lorsque les fragments  scindés  de  la  GFP  ont  été  fusionnés  à la  VPg-Pro  et  à eiF(iso)4E.  Les expériences de BiFC entre eiF(iso)4E et 6K-VPg-Pro ont montré que ces deux protéines interagissent dans les mêmes vésicules induites par 6K-VPg-Pro. Aussi, la distribution de
PABP2  a été observée  par co-expression de PABP2-mCherry avec  les précurseurs  de la VPg liés à la GFP complète.  La fluorescence rouge émise  par PABP2 co-localise avec  la VPg-Pro et la 6K-VPg-Pro dans le nucléole et les vésicules  respectivement.

La distribution  de  PABP2  a finalement  été étudiée  dans  des  plants  de  Brassica perviridis infectés au TuMV. Le fractionnement cellulaire,  les essais de flottaison de membranes  et de gradient  de saccharose ont  montré que la PABP2  est redistribuée  dans les mêmes  membranes  que  6K-VPg-Pro, associées  au  RE. De  plus,  la purification  des précurseurs   de  la  VPg  par  chromatographie  d 'affinité   par  chélation   de  métaux  des fractions  membranaires indique que le facteur de traduction  fait partie des complexes membranaires. En dernier  lieu, un traitement  alcalin  des vésicules  associées  au réticulum endoplasmique (RE)  montre  que  la PABP  et  le complexe  de  réplication  sont  localisés dans la lumière du réticulum endoplasmique.

Ces résultats suggèrent  que l'association de la VPg avec des facteurs de traduction est nécessaire  pour deux fonctions  différentes, selon  le précurseur  impliqué.  L'interaction de VPg-Pro  avec eiF(iso)4E et PABP2  pourrait être impliquée dans  la déstabilisation des
fonctions  normales  cellulaires  tandis que l'interaction des facteurs de traduction  avec 6K-VPg-Pro serait nécessaire pour la traduction et/ou la réplication de l'ADN viral


identifier: Beaulieu, Josée  (2008). Effet immunomodulateur et anti-inflammatoire d'une Matrice Protéique Malléable (MPM) issue de la fermentation du lactosérum par Lactobacillus kefiranofaciens subsp.R2C2  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 271 p.

abstract:
Les aliments fonctionnels et nutraceutiques occupent une place de plus en plus importante dans l'opinion  publique quant à leurs bienfaits  potentiels  sur la santé.  De nombreuses recherches ont démontré les effets de ces produits dans la prévention  et  le  traitement  de  diverses  pathologies.     La  Matrice   Protéique Malléable (MPM) est développée à partir de lactosérum fermenté par une souche probiotique, Lactobacillus kefiranofaciens subsp. R2C2.   La MPM ainsi obtenue est riche en bactéries lactiques, en protéines et peptides de lactosérum générés au cours de la fermentation  ainsi qu'en  calcium et vitamines.  Tous ces constituants possèdent  des  effets  bénéfiques  démontrés  sur  le  système  immunitaire  et  les maladies inflammatoires.  Par conséquent, l'hypothèse de recherche suivante a été envisagée, soit que la MPM possèderait des effets immunomodulateurs et/ou anti inflammatoires.

Dans   un   premier   temps,   il a  été   démontré   que   la   MPM   stimule essentiellement l'immunité innée en favorisant la production de polymorphonucléaires sanguins et de certaines cytokines.  Elle possède également des activités antioxidantes via la production de glutathion par les leucocytes.   De plus, il a été démontré que cette immunomodulation  ne résulte pas d'une  réaction indésirable  contre  la  MPM   puisqu' il y  a  absence  de  production   d'IgE   et d'anticorps  spécifiques à la MPM.  Dans l'objectif  de s'assurer que la stimulation de l'immunité innée par la MPM ne mène à aucun effet néfaste en situation inflammatoire,  un modèle animal d'inflammation systémique a été utilisé.   Dans ce modèle de dermatite de contact, la MPM possède un effet anti-inflammatoire comparable à celui d'un  traitement à l'hydrocortisone oral.  De plus, ce potentiel anti-inflammatoire de la MPM n'induit aucun des effets secondaires généralement associé  à  un  traitement   d'hydrocortisone  suggérant   un  mécanisme   d'action différent.

Par la suite, diverses expériences ont été réalisées dans le but d'obtenir  des indications sur les mécanismes d'action  de la MPM.  Dans le modèle de dermatite de contact, il a été démontré que la MPM inhibe l'extravasation des neutrophiles dans les tissus.  Cette observation a également été démontré dans le modèle de la poche d'air  dans lequel il y a une réduction de 50% de l'infiltration  leucocytaire. Cette diminution de l'extravasation  est associée à une réduction marquée de la production de plusieurs cytokines et chimiokines.   Par ailleurs, aucune différence dans   l'activité   phagocytante   de  ces   cellules   n'est   observée   suggérant   une inhibition  de  l'extravasation   des  neutrophiles  en  absence  d'inhibition   de  leurs fonctions spécifiques.

Dans   l'objectif    d'évaluer  systémiquement   l'impact    de   la   MPM,   la production de cytokines à été évaluée dans diverses conditions immunitaires différentes soit, la dermatite de contact, le modèle de la poche d'air,  les animaux immunocompétents  ainsi qu'en  situation inflammatoire systémique  légère.  Dans le modèle de la dermatite de contact tout comme le modèle de la poche d'air,  la production de nombreuses cytokines ont été réduites indiquant que la MPM agit sur la production des médiateurs importants de l'inflammation. La modulation de la  production   de  cytokines   dans  les  divers  modèles  animaux   ainsi  que  les différents  résultats  obtenus  suggèrent  1'implication  d'un   nouveau  mécanisme d'action   encore  très  peu  connu  et  n'ayant   jamais  été  associé  à  un  produit nutraceutique.   Ce  mécanisme  d'action  est  relié à la régulation  d'une  nouvelle sous-population de lymphocytes qui a comme caractéristique  principale, d'agir spécifiquement  sur les neutrophiles  et qui expliquerait  que la MPM  puisse à la fois  stimuler   les  défenses   innées   et   posséder   un  important   potentiel
anti-imflammatoire


identifier: Begley, Syntia  (2009). Inhibition de l'infection du virus de l'hépatite C par la proprotéine convertase PCSK9  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 101 p.

subject: subtilisin kexin vhc

abstract:
Les  proprotéines convertases (PC)  sont  responsables de  rendre  biologiquement actives des  protéines  précurseures essentielles à  divers  mécanismes   physiologiques. Certaines d'entre elles   participent   au  métabolisme  du  cholestérol.  Parmi  celles-ci,  PCSK9,   la dernière  PC identifiée  a suscité  rapidement  1'attention  lorsqu'elle a été associée  à l'hypercholestérolémie familiale, maladie grave causant  des problèmes  cardiovasculaires majeurs.  Les études  se sont  rapidement  multipliées  et ont abouti  à la conclusion que des mutations  dans  le gène  de PCSK9  empêchaient la dégradation   lysosomale du récepteur du cholestérol, le LDLR. En effet, le rôle principal  de PCSK9 est de réguler le niveau d'expression du LDLR à la surface  des hépatocytes. Récemment, plusieurs  membres  des PC ont été associés  dans  le clivage  des glycoprotéines de surface  de certains  virus pour ainsi permettre  leurs maturations.

Les expérimentations exposées  dans ce mémoire  avaient  pour objectif  d'observer l'effet de la proprotéine  convertase PCSK9  sur  l'infection par le virus de l'hépatite C (VHC), plus  particulièrement en étudiant  son  effet  sur  trois de ses  récepteurs, soit  le LDLR,  le CD81 et le SR-BI.  Pour ce faire, nous avons utilisé une forme  plus active et non sécrétée de PCSK9,  soit PCSK9-ACE2. Nos résultats  montrent  que cette chimère  de PCSK9  a la capacité  d'inhiber significativement le  VHC  en  diminuant   le  niveau  d'expression à la surface cellulaire  du LDLR,  mais également du CD81. Cette inhibition  de l'expression de CD81,  facteur essentiel  à la pénétration  du virus dans la cellule, a aussi été observée  dans des tissus de souris transgéniques surexprimant PCSK9.

Les  résultats  générés  durant  cette  maîtrise  sont les premiers  à exposer  un effet  antiviral d'une  proprotéine convertase sur  l'infection  par  le  VHC  et  surtout,   les  premiers   à démontrer que  PCSK9  interagit  avec  CD81,  le récepteur  crucial  à l'infection du  VHC. Les données colligées dans ce mémoire suggèrent que PCSK9 est une nouvelle cible thérapeutique pour le développement d'un  antiviral.


identifier: Belabani, Chahrazed  (2007). Effets de mutations ponctuelles dans les régions conservées de la protéine de structure VP2 du virus B19  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 169 p.

subject: proteine lymphocyte recepteur

abstract:
Les  antiviraux  les  plus  en  développement  sont,  en  général,  spécifiques  des enzymes  virales.  Cependant,   le  risque  d 'émergence  de  virus  résistants  à  de  telles molécules n'est pas à exclure. Par conséquent, des stratégies alternatives ciblant d'autres étapes du cycle viral, tel que l'assemblage  de la capside devraient être entreprises. Une telle  approche   nécessiterait   une  meilleure   connaissance   du   processus   régissant   la formation de la capside. Le parvovirus B19 est un petit virus non enveloppé contenant un seul brin d'ADN  de 5,5 kb. Sa capside comprend les protéines structurales VP1 et VP2. L'expression de VP2 dans le système baculovirus aboutit à la production de capsides recombinantes (VLPs). Nous avons exploité cette caractéristique, afin d'étudier  les effets de mutations dans les régions conservées et stratégiques de la VP2 sur son assemblage en capside. Ces mêmes résidus ont également été mutés dans le clone infectieux du B19, dans le but de vérifier les phénotypes engendrés dans des cellules de mammifère. Les capsides recombinantes onCégalement servi de matrice pour la production d'anticorps recombinants (scFv) anti-VLPs, en utilisant la technique de présentàtion par les phages.

Dans le système  baculovirus, nous avons pu, à l'aide  de différentes  techniques, mettre en évidence l'expression  de VP2, ainsi que l'effet bloquant des mutations sur la formation  de la capside.  Malheureusement,  ce résultat n'a  pas pu être vérifié dans les cellules  de  mammifère.  Par  ailleurs,  la  spécificité  de  l'unique   scFv  que  nous  avons obtenu, a également pu être vérifiée.


identifier: Bélanger, Claudia  (2009). Importance de l'activité autophagique pour la réplication du virus de l'hépatite C  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 116 p.

subject: vhc autophagie

abstract:
L'autophagie est un mécanisme de recyclage intracellulaire impliqué dans l'homéostasie, qui utilise des vésicules à double membrane (VDM) nommées autophagosomes. Plusieurs rôles lui ont été attribués, notamment dans le développement, dans la mort programmée de type Il, dans l'apparition de maladies et dans l'immunité innée et adaptative. D'autres études montrent que plusieurs virus à ARN de polarité positive tels que les Artérivirus, le Poliovirus, le virus de la dengue, le virus du syndrome respiratoire aigu sévère (SAAS) et le virus de l'hépatite murine utilisent les VDM pour leur réplication. En effet, ces virus utiliseraient les autophagosomes formés durant l'autophagie comme charpente pour la formation de leur complexe de réplication. Par ailleurs, il a été démontré par électroporation d'ARN JFH1 (Japanese fulminant hepatitis type 1) dans des cellules humaines d'origine hépatocytaire que le VHC est en mesure d'induire l'autophagie (Sir et al. 2008a; Sir et al. 2008b).

Le but de notre étude était d'analyser l'importance de l'autophagie pour la réplication du VHC. Les résultats présentés dans ce mémoire démontrent que le VHC peut non seulement induire fortement l'autophagie suite à l'infection mais a besoin  de  l'autophagie  pour  sa réplication.  Ainsi, l'abolition  de l'autophagie avant  ou  durant  l'infection  diminue  fortement  la  réplication  virale du  VHC. Étonnamment, nous n'avons observé aucune colocalisation entre les protéines virales Core, NS3 et NSSA du VHC et la protéine autophagique LC3. Par contre, nos résultats nous permettent de conclure que l'autophagie est bénéfique à la réplication virale et que son effet est probablement produit après l'entrée mais avant	l'encapsidation.   Par  conséquent,   le  virus	peut  contrecarrer	l'effet antimicrobien de l'autophagie en sa faveur.

Nos  résultats  sont   les  premiers  à   démontrer   une  implication   de l'autophagie dans la réplication virale du VHC en situation d'infection complète à l'aide du virus JFH1. En effet, il n'existe que deux autres études sur le sujet, toutes deux publiées dans la dernière année (Ait-Goughoulte et al. 2008; Sir et al. 2008a; Sir et al. 2008b). L'une utilise une lignée cellulaire immortalisée par intégration du génome de la protéine Core du VHC, soit la lignée IHH (immortalized human hépatocytes) et le virus de génotype 1a, le clone H77. La deuxième  étude  utilise  aussi  le  virus  JFH1  et  la  lignée  cellulaire  Huh-7 ; cependant, toutes  leurs infections  sont  produites  par  électroporation  d'ARN viral.


identifier: Bélanger, Simon D.  (2008). Interactions cellulaires impliquées dans le developpement du lymphome T  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 172 p.

subject:
selectine
cancer
non hodgkinien

abstract:
Le lymphome non hodgkinien (LNH) représente le 5ième type de cancer le plus fréquemment rencontré chez les Canadiens.  Il est notamment responsable de 8% des décès reliés au cancer chez les jeunes de moins de 19 ans.  Le principal obstacle au diagnostic et au traitement du LNH est relié à la dissémination des cellules cancéreuses vers les organes périphériques et la formation de métastases. Puisque la majorité des molécules d'adhésion exprimées sur les leucocytes normaux se retrouvent également à la surface des cellules de lymphome, il a été postulé que ces molécules pourraient jouer un rôle clé dans la dissémination des cellules cancéreuses vers les organes périphériques.  De plus, des travaux récents ont démontré que lors du processus métastatique, les contacts intercellulaires entre les cellules tumorales et l'endothélium vasculaire supportés par la présence de ces différentes molécules d'adhésion peuvent à leur tour moduler l'expression génique des différentes cellules stromales, notamment les cellules endothéliales.

Les travaux de recherche présentés dans cette thèse avaient pour objectif d'élucider le rôle d'une famille de molécules d'adhésion, les sélectines, dans la croissance et la dissémination du lymphome et d'analyser la modulation de l'expression génique des cellules endothéliales lors de leur interaction avec les cellules de lymphome. Ces travaux ont permis d'établir pour la première fois un rôle majeur de la L sélectine dans la croissance du lymphome thymique.  De plus, avec l'aide de modèles transgéniques, nous avons observé que l'absence de L-, E- ou P-sélectine chez l'hôte ralentit de façon significative le développement des métastases suite à l'injection de cellules de lymphome par voie intraveineuse. Par contre, des tests de migration in vivo nous ont permis de démontrer que le rôle des sélectines dans la formation de métastases se manifestait à une étape subséquente à la migration aux organes cibles, des résultats conformes à ceux obtenus lors d'études antérieures dans le cas de la molécule d'adhésion ICAM-1.  L'ensemble de ces résultats suggère que les molécules
d'adhésion jouent un rôle actif lors de l'interaction entre les cellules cancéreuses et stromales, possiblement en favorisant l'échange de signaux d'activation de façon bi directionnelle		Les  expériences  subséquentes  entreprises  pour  confirmer  cette hypothèse nous ont en effet permis d'observer la modulation génique de l'endothélium lors de l'interaction avec les cellules de lymphome. Parmi les gènes modulés, on retrouve EGR-1, un facteur de transcription dont l'expression est augmentée de façon significative dans les cellules endothéliales suite au contact avec les cellules de lymphome. Dans la littérature récente, ce facteur de transcription retient de plus en plus l'attention pour son implication dans l'expression de différents gènes dont VEGF, une molécule pro-angiogénique. Bien que la modulation de l'expression de EGR-1 était plus importante lors du contact direct, nous avons observé que la sécrétion de molécules solubles par les cellules de lymphome pouvait être suffisante pour amener cette modulation.	Parmi ces molécules, PDGF et EGF ont stimulé l'expression de EGR-1 dans des lignées de cellules endothéliales et des fibroblastes.

En conclusion, nos résultats mettent en évidence le rôle des sélectines dans la pathologie du lymphome et font ressortir la capacité des cellules cancéreuses à moduler l'expression génique des cellules stromales, complexifiant ainsi le modèle traditionnel du processus métastatique.


identifier: Bigras, Maude  (2008). Rôle des anticorps naturels dans la présentation antigénique lors d'infections virales  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 142 p.

subject:
hepatite
c
vhc
lcmv
vsv
chloriomeningite
lymphocytaire
virus
stomatite
vesiculaire
elisa
immunoglobine
complexe  majeur
histocompatibilite
immunite
pcr
cytometrie

abstract:
Les infections virales chroniques constituent un problème majeur de santé publique. Dans le cas du virus de l'hépatite  C (VHC), on compte 170 millions de porteurs à travers le monde. L'hépatite C chronique peut entraîner de graves conséquences, telles que des cirrhoses ou des hepathocarcinomes. Dix à trente pourcent des individus seront par contre épargnés et élimineront le virus suite à l'infection  aiguë. Il est maintenant connu que l'élaboration  rapide d'une  réponse cellulaire vigoureuse et multispécifique mène à l'élimination  du virus. Cependant, les raisons limitant cette réponse ne sont pas encore déterminées.

L'hypothèse de notre laboratoire est que les individus qui réussissent à éliminer  le  virus  possèdent  un  répertoire  plus  adéquat  d'anticorps   naturels (AcNat). Ces anticorps, présents sans immunisation, se lieraient au virus dès son entrée  dans  l'organisme   et  formeraient   ainsi  des  complexes   immuns.   Ceci permettrait un drainage plus rapide aux organes lymphoïdes secondaires, une présentation antigénique plus efficace et une meilleure élaboration de 1'immunité adaptative.  L'objectif  plus spécifique  de  ce  projet  était  de mieux  comprendre
1'interaction des AcNat avec des virus persistants.

Afin d'observer  la liaison d'AcNat  à ce type de virus, le virus de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV), ayant pour hôte naturel la souris, a été utilisé. Le virus de la stomatite vésiculaire (VSV) a quant à lui servit de modèle d'infection  aiguë, pour comparer la réponse des anticorps naturels face à ces deux extrêmes.  Des ELISAs et des tests de capture ont été effectués avec ces deux modèles et des sérums de différentes lignées de souris, présentant des répertoires d'anticorps   plus  ou   moins   diversifiés.   De  plus,   des  tests  de   présentation antigénique  ont  été réalisés  pour  vérifier  si  ces  anticorps  permettaient d'augmenter  la réponse des lymphocytes T à LCMV. Lors de ces tests, les cellules présentatrices  d'antigènes  utilisées étaient des cellules dendritiques.  Chez  cette population cellulaire, la présence d'un récepteur permettant de lier les IgMs a été vérifiée par PCR quantitatif et par cytométrie en flux. Finalement, des expériences préliminaires ont été effectuées avec des pseudoparticules du VHC (VHCpp) et des sérums provenant d'une cohorte d'utilisateurs de drogues intraveineuses.

Les résultats obtenus démontrent que la liaison des anticorps naturels aux virus utilisés est influencée par la diversité du répertoire et la concentration en lgMs.  De  plus,  les  cellules  dendritiques  semblent  posséder  un  récepteur permettant de lier les anticorps naturels. Finalement, les tests de présentation antigénique démontrent clairement le rôle de ces anticorps dans le drainage aux organes lymphoïdes secondaires.


identifier: Bilodeau, Marie-Ève  (2010). Impact du virus de l'hépatite C sur les cellules du système immunitaire  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 109 p.

subject: vhc cd cellule dentritique cytokine

abstract:
On estime à 170 millions le nombre de personnes infectées à travers le monde par le virus de l'hépatite C (VHC). Dans 80% des cas, l'infection va devenir persistante ce qui peut mener, après plusieurs années, à des pathologies importantes du foie. Il est connu que l'élimination  du  virus  dans  la  phase  aiguë de  l'infection  corrèle avec  une  réponse cellulaire adaptative (CD4+ et CDS+) qui est rapide, multi-spécifique et soutenue dans le temps, alors que les patients qui vont développer une infection chronique ont généralement une réponse cellulaire faible, voire complètement absente. À ce jour, les raisons qui expliqueraient pourquoi seulement 20% des individus sont capables de générer une réponse cellulaire adéquate pour éliminer le virus demeurent inconnues. Cela est dû au fait que la phase aiguë de l'infection, là où a lieu l'induction de la réponse cellulaire, demeure asymptomatique dans la majorité des cas et également par le fait qu'il n'existait aucun système de production du VHC en culture cellulaire avant 2005. Le but de la présente étude était donc d'analyser l'impact du VHC sur les fonctions des cellules du système immunitaire dans un contexte mimant l'infection aiguë.

Nous avons utilisé le clone infectieux JFHl  (pour Japanese fulminant hepatitis) afin de produire du virus en culture cellulaire dans le but de mettre différentes populations de cellules du système immunitaire en culture avec les sumageants infectieux et nous avons ensuite analysé l'impact du virus sur les fonctions de ces cellules in vitro. Nos résultats démontrent, tout d'abord, que lors de la production du virus en culture cellulaire, l'infection par JFHl de cellules d'hépatocarcinome humain Huh-7.5 (pour Human hepato cellular carcinoma cellline) résulte en une baisse significative de la viabilité cellulaire et que cette baisse de viabilité corrèle avec une augmentation de l'apoptose. En ce qui concerne les cellules immunitaires, nous démontrons que l'apoptose induite par le VHC dans les cellules hépatiques, plutôt que le virus lui-même, induit une augmentation de la production de cytokines par les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMCs) et que le virus ne semble pas interférer avec la signalisation des récepteurs de la famille
« Toll » (TLRs pour Toll-like receptors) dans ces cellules. Afin d'analyser l'impact du virus sur les cellules dendritiques (CDs), nous avons généré des CDs à partir de monocytes isolés de donneurs sains (MoCOs). Ces cellules ont ensuite été mises en

culture avec du surnageant infectieux. Nos résultats démontrent que ni le vtrus, ni I'apoptose induite par l'infection chez les cellules Huh-7.5 ne semble bloquer la maturation des MoCDs, ni leur fonction allostimulatrice. Par contre, et contrairement aux expériences réalisées avec les PBMCs totaux, l'apoptose ne génère pas une augmentation de la production de cytokines par les MoCDs, elle semble au contraire diminuer la production de cytokines induite par la présence du virus. Finalement, nous avons mis en co-cultures des MoCDs avec des cellules Huh-7.5 (infectées ou non), de même qu'avec des cellules Huh-7.5 non infectées, mais apoptotiques. Dans ce cas, nous démontrons que l'apoptose induite par l'infection augmente l'expression des marqueurs d'activation et de co-stimulation sur les MoDCs et ce, en absence de stimuli de maturation.

Dans l'ensemble, nos résultats démontrent que l'apoptose induite lors de l'infection par le VHC, plutôt que le virus seul, semble avoir un impact sur les cellules du système immunitaire. Ces résultats peuvent représenter de façon plus réaliste ce qui se passe dans le foie des patients infectés, où les cellules immunitaires infiltrant cet organe sont en contact étroit avec les cellules hépatiques infectées et apoptotiques.


identifier: Binet, François  (2005). Rôle de la synthèse protéique dans l'apoptose des neutrophiles : rôle potentiel de l'annexine-1  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 126 p.

subject: apoptose neutrophile

abstract: Le trioxyde d'arsenic (AT) est un agent connu pour induire l'apoptose de plusieurs types cellulaires, mais son action sur le neutrophile n'a guère été élucidée à ce jour. Étant donné l'observation de neutropénies chez des patients traités avec de l'AT, nous avons entrepris d'élucider  le mode d'action  de cet agent sur le neutrophile. Nos résultats ont démontré que l'AT pouvait induire l'apoptose du neutrophile et ce de façon caspases-dépendantes. De plus, cet agent n'activerait  pas la formation de reactive oxygen species (ROS) par la nicotinamide adénine  dinucléotide  phosphate  oxydase  (NADPH  oxydase)  ou  par  la mitochondrie. Ensuite, contrairement à ce qu'il  est généralement établi, cet agent pro apoptotique pourrait induire la synthèse protéique de novo. Une analyse par spectrométrie de masse  a  révélé  qu'une  des  protéines synthétisées  serait  de  l'annexine-1.  Le rôle intracellulaire de l'annexine-1  ne serait pas uniquement pro-apoptotique puisque cette protéine  serait  également  synthétisée  en  présence  d'agents  retardant  l'apoptose  des neutrophiles. Une libération extracellulaire importante d'annexine-1  a été observée en présence  d'AT.   Selon   nos  résultats,  la   forme  libérée   serait   préformée  et  donc indépendante  de  la  synthèse  de  novo. Cette  libération  pourrait  faire  partie  d'un mécanisme de dégranulation. Ces résultats ont permis de mieux comprendre le mode d'action de l'AT sur le neutrophile. Également, ceux-ci démontrent que le neutrophile est une cellule active métaboliquement, notamment à l'intérieur du processus d'apoptose.


identifier: Binet, François  (2009). Effet du trioxyde d'arsenic sur les neutrophiles humains : voies cellulaires impliquées  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 149 p.

subject: inflammation apoptose

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Le trioxyde d'arsenic  est un agent très efficace pour traiter la leucémie promyélocytique aiguë.  Ce  traitement  peut  engendrer  l'apparition   de  neutropénies.  Nous  avons  donc postulé que cet agent pourrait induire l'apoptose des neutrophiles. Ainsi, les travaux préliminaires  à  cette  thèse  ont  confirmé  cette  hypothèse  et  montré  que  le  trioxyde d'arsenic  induit la synthèse de plusieurs protéines. Suite à des analyses par spectrométrie de masse, nous avons découve1t que la synthèse d'annexine-1 est augmentée en présence de trioxyde d'arsenic. En employant des souris déficientes en annexine-1, nous avons déterminé que la présence de cette protéine n'est  pas essentielle à l'induction  d'apoptose mais plutôt au développement d'un stress semblable au choc thermique. Puis, afin de déterminer  si  le  stress  engendré  par  le  trioxyde  d'arsenic   peut  altérer  les  fonctions générales du neutrophile, nous avons observé que les MAPK (mitogen activated  protein kinase) p38 et JNK (c-jun N-terminal  kinase) sont sélectivement  phosphorylées  par cet agent. Cette phosphorylation  ne serait  pas dépendante  d'une  flambée calcique ou de la présence de H202.  Puis, nous avons déterminé que la phosphorylation de p38 et JNK est associée à l'augmentation  de l'adhésion, du chimiotactisme,  de la dégranulation  et de la phagocytose du neutrophile mais pas à 1'apoptose

Afin  de  déterminer  plus  précisément  les  voies  cellulaires  activées  lors de  l'apoptose induite  par  le  trioxyde  d'arsenic,  nous  avons  constaté  que  la  voie  du  stress  au  RE (réticulum endoplasmique)  est active chez le neutrophile. L'altération  de la morphologie du RE, la libération graduelle de calcium dans le cytosol et J'activation des trois voies de I'UPR (unfolded protein response) suggèrent qu'il  y a présence d'un  stress au RE. Nous avons  par  contre   noté   que   la  caspase-4   traditionnellement   associée   à  cette   voie apoptotique  pourrait assumer  un rôle différent  chez  le neutrophile,  soit  le clivage  et la présentation  de  fragments  de  la  vimentine  à  la  surface  externe  de  ce  leukocyte.  Ces travaux démontrent pour la première fois que le trioxyde d'arsenic  possède des capacités agonistiques  sur  le  neutrophile  humain.  En  plus,  nous  avons  révélé  l'existence  d'une nouvelle  voie  possiblement  impliquée  dans  l'apoptose   constitutive  et  induite  par  le trioxyde d'arsenic.  Dans l'ensemble,  ces résultats ouvrent la porte au développement de nouveaux agents modulant l'apoptose  du neutrophile et par le fait-même au contrôle de
l'inflammation.


identifier: Bisaillon, Ariane  (2010). Études des déshalogénases réductrices de Desulfitobacterium hafniense PCP-1  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 145 p.

subject: bacterie anaerobie

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Plusieurs composés halogénés, tel que le pentachlorophénol (PCP), sont des polluants persistants dans l'environnement qui ont entraîné la contamination des sols et des eaux de nombreux sites. Les microorganismes anaérobies offrent des possibilités intéressantes pour la biorestauration des sites contaminés; il importe donc de pousser plus loin leur caractérisation. Desulfitobacterium hafniense PCP-1 est la seule bactérie anaérobie connue pouvant déshalogéner  le  PCP  en  3-chlorophénol  (3-CP)  et  d'autres   molécules  aromatiques  en positions ortho, meta et para ainsi que le tétrachloroéthène (PCE). Deux déshalogénases réductrices ont déjà été purifiées et caractérisées. Une première (CrdA) induite par le 2,4,6- trichlorophénol (2,4,6-TCP) peut déshalogéner principalement en position ortho. Une autre (CprA5) induite par le 3,5-dichlorophénol (3,5-DCP) peut déshalogéner principalement en positions meta et para.
Ce projet de recherche a permis dans un premier temps de réaliser la purification partielle d'une  nouvelle déshalogénase de type CprA effectuant la déshalogénation du PCP d'une culture de D. hafniense PCP-1 induite avec du 2,4,6-TCP. La purification de l'enzyme a été réalisée en solubilisant les protéines de la membrane avec du Triton X-100 3%  suivie d'une  première chromatographie sur colonne échangeuse ionique DEAE-5PW à pH 6,5 et d'une  deuxième chromatographie sur colonne d'interaction  hydrophobe HiTrap Butyl HP. Après l'analyse SDS-PAGE de la préparation enzymatique, nous avons observé 2 bandes de protéines. L'analyse de ces bandes par spectrométrie de masse a permis de relier une protéine de 47 kDa au gène cprA3 dans le génome de D. hafniense DCB-2. La séquence en acides aminés contient un peptide signal TAT ainsi que deux motifs conservés pour la liaison d'un centre fer-soufre. L'équivalent du gène cprA3 chez la souche PCP-1 a été séquencé. Sa séquence est identique à celle du gène de la souche DCB-2. L'enzyme  CprA3 est souvent copurifiée avec une sous-unité  d'une  NADH-quinone oxydoréductase. La stabilité de  la CprA3 semi-purifiée est très faible. Nous avons observé des pertes importantes de plus de
90%  de son activité après 4 h à 4 oc et de 95%  après 24 h. La caractérisation de la CprA3 a

montré que l'enzyme est sensible à l'oxygène.  Elle a une température optimale se situant entre 50-55 °C, un pH optimal de 7,0 et elle est inhibée par le sulfite mais non par le sulfate. Des essais d'inhibition réversible en présence de lumière par le 1-iodopropane de l 'activité de  déshalogénation  du  PCP  suggèrent  1'implication   d'un   cobalamine  dans  1'activité

enzymatique. La déshalogénation  du PCP et d'autres  chlorophénols est effectuée en position ortho.  La  valeur  de  la  Km  apparente  de  l'enzyme   pour  le  PCP  en  présence  de  méthyl viologène 2 mM a été évaluée à 46,7 JlM.
Dans un deuxième  temps, l'expression  des gènes cprA2-5 de D. haji1iense PCP-1  a été étudiée par RT-PCR en temps réel. Les effets de différents chlorophénols  par rapport au temps d'incubation, de leur concentration et de la température d'incubation de la culture sur l'expression  de ces gènes ont été évalués. L'expression du gène cprA3 est fortement induite
4 h suivant 1'ajout  de  2,4,6-TCP  à 50  flM et celle  du gène cprA5 après  18 h, lorsque  la concentration  de 2,4-DCP  est élevée. L'expression  du gène cprA5 est fortement induite 4 h suivant l'ajout de 3,5-DCP à 60 flM. Le PCP à 30 flM induit la transcription des gènes cprA2 et cprA3. L'expression  du gène cprA4 n'est  pas induite par le 2,4,6-TCP  ni le 3,5-DCP  et faiblement induite par le PCP. L'expression des gènes cprA3 et cprA5 est fortement induite par  le  2,4,6-TCP  à  0,125  flM  et  le  3,5-DCP  à  0,15 uM  respectivement   et  le  niveau d'expression est maximal à 37°C.
Dans son ensemble, cette étude a apporté une meilleure compréhension des facteurs influents  sur  l'activité  de  déshalogénation  et  a  permis  de  mieux  évaluer  le  potentiel  de dégradation de D. hafniense PCP-1. Les résultats obtenus pourraient servir à l'élaboration de biotraitements  anaérobies  plus efficaces  ou à faciliter  la purification  de nouvelles déshalogénases réductrices.