identifier: Lemaire, Rayan  (2010). Morphogenèse de la capside du parvovirus porcin / : par Rayan Lemaire  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 131 p.

abstract:
Le Parvovirus Porcin (PPV) est une des causes majeures des problèmes de reproduction chez le porc. Ce virus est aussi capable d'augmenter les effets pathologiques d'autres virus porcins. De plus, l'utilisation croissante de greffes d'organes ou de cellules d'origines porcines pourrait augmenter le risque de passage de la barrière inter-espèces.
Le PPV est un virus non enveloppé, à symétrie icosaédrique, contenant un ADN simple brin d'environ  5kb. Sa capside est formée par l'assemblage de 3 protéines VPl, VP2 et VP3, qui ne diffèrent que par leur partie N-terminale.
Comprendre comment la capside se forme pourrait permettre la mise au point d'antiviraux efficaces, ciblant les différentes étapes de la morphogenèse de cette capside.
Un modèle hypothétique d'assemblage a été décrit chez d'autres parvovirus, avec une formation cytoplasmique de trimères, transportés au noyau pour s'assembler en capside. Ce modèle permet de supposer que les liaisons intra-trimères et inter-trimères font intervenir des éléments structuraux spécifiques et conservés au cours de l'évolution.
Nous avons donc analysé la morphologie de la liaison intra et inter-trimères. Nous avons découvert que la liaison intra-trimères faisait intervenir la partie C-terminale des VP de manière caractéristique, et, qu'à  la surface entre les trimères, existait des poches conservées au cours de l'évolution. Une de ces poches permet de piéger le tryptophane 540 des  VP,  rendant  la  liaison  spécifique  et  confirmant  le  model  d'assemblage  tardif (nucléaire) entre les trimères. Les premiers essais de production et la purification à petite échelle du mutant W540-A de VP2 en système baculovirus, ont été effectués avec succès. Le but était d'avoir suffisamment de complexes trimériques pour des études ultérieures. Cependant, le degré de pureté et la quantité produite restent assez faibles.
Nous avons de plus muté la partie C-terminale des VP dans le clone infectieux en ajoutant une tyrosine après le dernier acide aminé, ou en supprimant une leucine avant ce dernier. Après tranfection en cellules porcines, la visualisation du phénotype par immunofluorescence et microscopie confocale a montré une localisation cytoplasmique des protéines de structure, confirmant l'importance de la partie C-terminale dans la formation précoce des trimères.


identifier: Léveillé, Simon  (2005). Isolement de gènes pathospécifiques d'une souche uropathogène d'Escherichia coli et caractérisation de facteurs de virulence identifiés  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 138 p.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

subject:
infection urinaire
virulence
cga

abstract:
Escherichia coli est  une  bactérie  très diversifiée comprenant des  souches commensales et des souches pathogènes. Les souches pathogènes causent divers types d'infections intestinales et extra-intestinales. L'infection urinaire est une maladie extra intestinale qui affecte plus de la moitié des femmes au moins une fois durant leur vie. E. coli en est la principale cause. Les souches pathogènes possèdent de l'information génétique supplémentaire qui ne se retrouve pas chez les souches non-pathogènes. Cette information génétique code pour des facteurs de virulence permettant d'établir l'infection chez l'hôte. La plupart des souches d'E. coli causant l'infection  urinaire possèdent un certain nombre de ces facteurs. Récemment, un groupe de souches d'E. coli causant l'infection urinaire chez lesquelles il manque plusieurs facteurs de virulence classiques a été identifié aux États-Unis. Malgré l'absence de ces facteurs de virulence, ce groupe de souches nommé «clonai  group A»  (CGA) est néanmoins capable de causer l'infection. Ce qui suggère que ce groupe de souches doit posséder d'autres facteurs de virulence lui permettant  de  causer  1'infection.  Une  souche  représentante  de  ce  groupe  a   été sélectionnée et deux expériences à l'aide de techniques d'identification de gènes pathospécifiques différentes ont été réalisées.

Dans un premier temps, la souche CGA sélectionnée a été employée dans un modèle d'infection urinaire murin et les organes infectés ont été utilisés pour la technique de SCOTS. Cette technique permet la capture de transcripts bactériens exprimés in vivo. Elle nous a permis d'identifier iha comme un gène exprimé par cette souche dans le rein de la souris. Malgré le fait que ce gène ait déjà été identifié chez d'autres souches d'E. coli, nous avons approfondi sa caractérisation avec la souche CGA. lha a premièrement été décrit comme une adhésine possédant une forte homologie avec certains récepteurs de sidérophore. Nous avons confirmé ce phénotype d'adhésion  cellulaire en comparaison avec d'autres récepteurs de sidérophore. Nous avons démontré que Iha peut fonctionner comme un récepteur du sidérophore entérobactine ou de ses produits de dégradation. La régulation de 1'expression de ce gène a été étudiée et il est régulé par la concentration de fer disponible dans le milieu ainsi que par la protéine régulatrice Fur. Son rôle dans
l'établissement de l'infection a été confirmé par l'atténuation d'un mutant par rapport à la souche sauvage dans le modèle d'infection urinaire murin.

Dans un deuxième temps, la différence génétique entre la souche sélectionnée et une souche d'E. coli causant l'infection urinaire classique a été étudiée par l'emploi de
1'hybridation soustractive. Cette technique de comparaison de 1'ADN génomique des deux  souches  nous  a  permis  d'identifier   un  système  de  sécrétion  de  type  trois hypothétique nommé ETT2. Ce dernier a déjà été identifié chez d'autres  souches d'E. coli, cependant, il est non-fonctionnel chez la plupart de celles-ci et aucune preuve n'a été apportée montrant que le système intact joue un rôle dans 1'infection. Nous avons débuté la caractérisation de ce système avec la souche CGA comme modèle.  Le système ne semble pas conférer un phénotype accru d'invasion de cellules épithéliales en culture et à première vue, un mutant ne semble pas atténué dans le modèle d'infection urinaire chez la souris.

En bref, une souche membre d'un  groupe clonale d'E.  coli causant l'infection urinaire a été étudiée, deux facteurs de virulence potentiels ont été identifiés et ont fait l'objet d'une caractérisation plus poussée.


identifier: Locas, Annie  (2005). Évaluation de la qualité microbiologique d'eaux souterraines utilisées comme source d'approvisionnement en eau potable au Québec  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 146 p.

subject: eau potable microbiologie pollution

abstract:
Ce projet visait à déterminer la qualité microbiologique d'eaux souterraines municipales au Québec ainsi qu'à évaluer la pertinence des indicateurs de pollution fécale proposés par le Règlement sur la qualité de l'eau potable du Ministère du développement durable, de l'environnement et des parcs (MDDEP). Douze sites ont été choisis et échantillonnés mensuellement pendant une  année. Ces  douze  sites étaient  divisés en  trois classes:
ltNégatifgt, ltIntermédiairegt ou ltPositifgt, selon l'historique de la qualité de leur eau
souterraine. Les paramètres mesurés étaient les bactéries sporulées, les entérocoques, E. coli, les coliphages mâles-spéciiiques (F-ARN) et somatiques et les virus entériques humains totaux cultivables. Les résultats montrent que les sites préalablement classés
ltNégatifgt ne présentent pas de contamination d'origine fécale et ont une excellente qualité  d'eau  indiquée  par  l'absence  de  coliformes  totaux.  Les  sites  pré-classés
ltIntermédiairegt présentent occasionnellement une faible contamination d'origine fécale et une dégradation parfois importante de la qualité de leur eau mise en évidence par une présence plus fréquente de coliformes totaux. Des virus entériques humains ont été trouvés dans 1/9 échantillons à l'un des sites de cette catégorie en l'absence des autres indicateurs bactériens de pollution fécale. La présence de virus indique une pollution fécale d'origine humaine. Les sites pré-classés ltPositifgt présentent tous une dégradation importante de la qualité de leur eau et des indicateurs d'une pollution d'origine fécale humaine ou animale y ont été retrouvés. Nos résultats suggèrent qu'aucun des microorganismes étudiés n'est un indicateur fiable de la présence de virus entériques humains. Les coliformes totaux restent le meilleur indice d'une dégradation de la qualité d'une eau souterraine, alors qu'Escherichia coli confirme l'origine fécale d'une telle dégradation. Les entérocoques et les coliphages somatiques ou mâles-spécifiques (F ARN) n'ont pas été des déterminants importants de l'évaluation de la contamination virale des eaux étudiées. Les recommandations incluent un suivi accru des eaux souterraines non désinfectées en particulier par la mesure des coliformes totaux et d'E. coli. Le suivi régulier des eaux brutes par une méthode permettant la détection simultanée de ces deux types de bactéries apparaît comme la solution la plus économique et fiable. Une augmentation des dénombrements de ces bactéries est indicatrice d'une dégradation de la qualité de l'eau souterraine et l'opportunité d'une désinfection devrait être étudiée afin de réduire les risques d'épidémie.


identifier: Longpré, Fanny  (2006). Étude de divers mécanismes de protection par des composés phénoliques contre la neurotoxicité du peptide b-amyloïde : analyse du rôle du facteur de transcription nucléaire kB  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 115 p.

subject: neurotoxicite transcription nucleaire alzheimer

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
La diète méditerranéenne ainsi que certains extraits naturels pourraient être bénéfiques dans la prévention ou le traitement de la maladie d'Alzheimer. Le cerveau des patients atteints de cette maladie est caractérisé par l'accumulation du peptide -amyloïde  et l'activation du facteur de transcription nucléaire KB (NF-lCB) a été observée sur des tissus cérébraux en  post  mortem. Lorsqu'il  est  activé,  le  NF-KB se  fixe  à  une séquence spécifique de l'ADN présente sur le promoteur de certains gènes (la séquence lCB) et peut entraîner la transcription de ceux-ci. Cette séquence se retrouve sur le promoteur du gène du peptide précurseur de l'amyloïde (PPA). Toxique sous sa forme fibrillaire, le peptide
-amyloïde  induit  un  stress  oxydant  et  l'apoptose   neuronale.  Nous  nous  sommes intéressés à l'effet  de l'extrait  standardisé de Ginkgo bi/oba EGb 761 et de ses sous fractions, les flavouoïdes (CP205) et ginkgolide B (BN52021), sur  la fibrillation du peptide -amyloïde.  Nous  avons  également  étudié  le  potentiel  et  les  mécanismes neuroprotecteurs du tyrosol et de l'OH-tyrosol, deux composés phénoliques de l'huile d'olive, contre la toxicité du peptide -amyloïde. L'effet de ces antioxidants sur l'activité du NF-KB dans la protection contre le peptide -amyloïde ainsi que l'implication de ce facteur de transcription dans la synthèse du peptide -amyloïde ont	été étudié. Les cellules Neuro-2a, des  neuroblastes provenant de tumeurs cérébrales de souris, a été choisi comme modèle cellulaire. Par microscopie électronique, nous avons observé que les flavonoïdes (CP205), contrairement au ginkgolide B (BN52021), sont impliqués dans l'inhibition de la fibrillation du peptide -amyloïde fragment 1-40 par EGb 761 in vitro. La co-incubation des cellules N2a avec le tyrosol ou l'OH-tyrosol protège de la  toxicité induite par le peptide -amyloïde fragment 25-35, ce qui a été constaté par la mesure de l'activité mitochondriale et de l'intégrité de la membrane cytoplasmique (test de survie cellulaire XTT et test de cytotoxicité basé sur l'activité  de la lactate déshydrogénase, respectivement). L'OH-tyrosol protège de la toxicité du H 202, un médiateur de la toxicité du peptide -amyloïde, suggérant que ce composé protège de la toxicité de ce peptide par un mécanisme antioxydant. La modulation du NF-KB par ces composés phénoliques dans la protection contre la toxicité du peptide -amyloïde a été étudiée par immunobuvardage. L'EGb  761 diminue l'activité  du NF-KB alors que l'OH-tyrosol  l'augmente  et que le tyrosol n'a  pas d'effet. Ces résultats confirment que la régulation du NF-KB dépend du stimulus et que l'activation autant que l'inhibition peuvent être associées à la protection des cellules neuronales contre un même agent toxique. L'implication du NF-KB dans la synthèse du peptide -amyloïde a été étudiée par la détection de ce peptide toxique, par
ELISA, dans les structures cérébrales de souris p50 -/-. p50 est une sous-unité du NF-KB
qui se fixe à la séquence 1CB de l'ADN. La concentration du peptide -amyloïde fragment
1-42  est  significativement  plus  élevé  dans  le  cortex  temporal  des  souris  p50  -/- comparativement aux souris sauvages. La concentration du peptide -amyloïde fragment 1-40  est  significativement  plus  élevée  dans  le  striatum,  l'hippocampe  et  le  cortex temporal des souris p50 -/-comparativement aux souris sauvages. Ces résultats suggèrent que l'activation du NF-KB dans le cerveau des patients atteints de la maladie d'Alzheimer serait  un  mécanisme compensatoire pour  diminuer  la synthèse  et  l'accumulation  du peptide B-amyloïde.


identifier: Louimaire, Alexandra  (2005). A la recherche de sequences liant l'endotheline-1  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 71 p.

subject: endotheline peptide et recepteur

abstract:
L'endothéline   (ET)    est    un   peptide    de   21   acides    aminés    caractérisé   par    une vasoconstriction  puissante   et  soutenue.   Il  possède  également  un  pouvoir  mitogène  et inotrope   en   plus   d'influencer  l'homéostasie  rénale   et   altérer   l'activité  centrale   et sympathique du système  nerveux  périphérique.  Ces diverses  actions  sont  médiées  par le biais  de  récepteurs   vasculaires  présents   dans   les  des   muscles   lisses   et  les  cellules endothéliales nommés  ETA  et ETB .    Malgré  les progrès  notables  dans  le développement de traitements thérapeutiques tels la découverte de bloqueurs  des récepteurs  ou de sa biosynthèse, cette étude  propose  une nouvelle  stratégie qui cible  le blocage  de l'ET  à ses récepteurs   par  la  liaison   d'un   intennédiaire spécifique  à  l'ET.     Dans   la  perspective d'identifier de  nouveaux  inhibiteurs de l'ET-1, la technique  de banque  de  phage (phage display), qui encadre  les principes de chimie combinatoire et de biologie, a été utilisée.

La technique de phage display ou présentation  sur phage, est une méthode  révolutionnaire utilisée  dans  plusieurs   laboratoires pour  l'identification de  ligands  nécessaires dans  la recherche  de  nouveaux   médicaments.   À partir  des  librairies  peptidiques construites et exposées   à  la  surface  du  bactériophage,   une  panoplie  de  ligands  est  disponible  pour l'isolation  de   molécules  spécifiques  sans   études   laborieuses  sur   la  caractérisation antigénique ou  structurelle du  ligand.    Les séquences ainsi  sélectionnées contre  l'ET-1 seront en mesure de déstabiliser la liaison du peptide envers ses récepteurs.

Le  criblage   in  vitro  a  été  effectué   via  une  librairie   aléatoire   de  20  acides   aminés fusionnée  à la partie  C-tem1inale  du gène  codant  pour  la protéine  1OB de la capside  du phage  T7.  La  sélection  de  cette  librairie  face  à l'ET  immobilisé sur  support  a  permis d'obtenir 36 clones  dont  les séquences variaient  de 4 à 31 acides  aminés.   Trois  motifs : LXXFXVSISXFXXA, ALXSXXXSIS, PWQLXEXXSIS ce  sont  distingués suite  à un alignement multiple  des  séquences.  La fréquence de certaines séquences répétées  ainsi que  les  motifs  identifiés ont  pennis la synthèse  de  cinq  peptides  nommés  endothelin binding peptides. Afin de détenniner si la contribution des acides  aminés  identifiés  sont importants à la liaison  des peptides  sélectionnées, des études  d'affinité et d'inhibition de l'activité biologique   de  l'ET ont  été  entreprises. Une  IC50   moyenne   de  50  uM a  été
calculée  pour  les cinq  peptides. Toutefois,  les analyses  par résonance  plasmonique  de surface se sont révélées contradictoires car aucune liaison spécifique  n'a été enregistrée. En ce qui a trait aux études d'inhibition  de liaison de l'ET  à ses récepteurs,  une légère perte a été enregistrée  sous  l'action  d'une  forte concentration  de peptides.    Cependant aucune 	inhibition   de   l'activité    de   l 'ET   n'a    été   observée   suite   à   des   essais pham1acologiques effectués  sur des préparations  tissulaires d'aorte  de  rat.   En  prenant compte de certains paramètres qui peuvent avoir influencé les résultats observés, des ajustements   peuvent  être  effectués  afin  d'optimiser  les  séquences   et   favoriser  une meilleure affinité.


identifier: Lussier, François-Xavier  (2006). Étude d'évolution dirigée portant sur l'acétyle xylane estérase de Streptomyces lividans  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 171 p.

subject: enzyme chitosan polymere acetyle

abstract:
L'acétyle xylane estérase de Streptomyces lividans (AxeA) est une enzyme qui  hydrolyse les  liens  esters  des  groupements  acétyles  du  xylane. Il  a  été démontré que 1'AxeA avait aussi la capacité de déacétyler des substrats chitineux. Cette  enzyme  pourrait  donc  être   utilisée  pour   la  production  de  chitosan. Cependant, l'activité  enzymatique de l'AxeA  envers les substrats chitineux est trop faible pour être industriellement viable.   L'objectif de cette étude était d'augmenter l'activité de déacétylation de l'AxeA envers des oligomères de chitosan.  L'approche expérimentale consistait à construire des librairies d'axeAtr mutés, puis à isoler les clones comportant des caractéristiques améliorées.   Les librairies ont été obtenues par mutagenèse de saturation de site.  Pour le criblage,
1'expression protéique et les essais enzymatiques ont été adaptés au format microplaque 96  puits.    Une  souche  de  Streptomyces   lividans   /::iaxeA a  été construite pour la production de l'AxeAtr.  Suite à différents essais, les oligomères de chitosan ont été retenus comme substrat de criblage.   Afin d'identifier  les clones les plus performants, 1'acide acétique libéré par la réaction enzymatique devait être quantifié.  La méthode la plus couramment utilisée dans la littérature ne pouvait être adaptée au criblage à haut débit.   La quantification par HPLC a donc été envisagée.   Des essais préliminaires ont permis de détecter 1'acide acétique,  mais  des  modifications  au  protocole  doivent  être  apportées  pour permettre une quantification précise.


identifier: Lussier, François-Xavier  (2011). Développement de vecteurs et d'hôtes bactériens pour l'expression de protéines recombinantes et l'analyse métagénomique  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 178 p.

subject: bacterie bacillus subtilis streptromyces lividans

abstract:
Les bactéries sont de formidables outils biotechnologiques, permettant notamment la production de protéines recombinantes à des fins diverses. Les systèmes d'expression  bactériens  sont essentiels  à de  nombreux  domaines  de  recherche, ainsi qu'à l'industrie  des biotechnologies. Les deux composantes d'un système d'expression   sont   le  vecteur  et  l'hôte   cellulaire.   La  bactérie  Gram-négatif Escherichia coli  est l'hôte  d'expression   le plus couramment  utilisé  et est  bien établie dans de nombreux laboratoires. L'utilisation  d'E. coli n'est  cependant pas un gage de succès et il peut être nécessaire de faire appel à des hôtes alternatifs pour obtenir une production adéquate. Streptomyces lividans et Bacillus subtilis sont deux bactéries Gram-positif présentant des qualités particulièrement intéressantes pour la production de protéines recombinantes.
Pour  la  découverte  de  nouvelles  enzymes,  l'approche   métagénomique permet  d'accéder  à la diversité génétique des microorganismes  non-cultivables. Pour   ce   faire,   l'ADN   génomique   des   microorganismes   présents   dans   un échantillon donné est extrait, cloné dans un vecteur et introduit dans un hôte hétérologue  pour  ainsi  créer  une  banque  métagénomique.  Cette  banque  peut ensuite être criblée pour identifier des gènes d'intérêt.  L'approche  métagénomique requiert donc un vecteur pour accueillir 1 'ADN  génomique et un hôte permettant
1'expression des gènes. Comme pour 1'expression de protéines recombinantes, E. coli  est  l'hôte  le  plus  utilisé.  Ceci  s'explique   entre  autres  par  le  manque  de systèmes alternatifs.
Les travaux présentés dans cette thèse ont été réalisés au sein d'une  étude métagénomique visant l'identification  de nouvelles enzymes d'intérêt  industriel. Cette  thèse  présente  le  développement   de  nouveaux  systèmes   d'expression utilisant S. lividans et B. subtilis comme hôtes. Deux vecteurs multifonctionnels et deux souches d'expression  ont été construits. Leur fonctionnalité a été démontrée par la production d'enzymes  sécrétées. Le système d'expression  de S. lividans a aussi été utilisé pour la construction et le criblage d'une  banque métagénomique, permettant  ainsi  l'identification d'une nouvelle enzyme  lipolytique  possédant  une application  industrielle  potentielle.


identifier: Lymberopoulos, Maria  (2010). Élucidation de l'impact de l'infection par le virus Herpès Simplex 1 sur le nucléole  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 159 p.

subject: vhs

abstract:
Le gène UL24 est conservé  dans la famille des Herpesviridae, mais peu est connu sur sa fonction.  UL24 du virus herpès simplex  1  (VHS-1) est importante pour la réplication efficace  du virus en culture cellulaire, et aussi pour la réplication  dans les neurones et la réactivation  dans un modèle animal.  UL24 est exprimée  tardivement  lors de l'infection et par fractionnement, il a été déterminé que cette protéine se localise au noyau et au cytoplasme. Notre hypothèse  de départ était que UL24 est une protéine multifonctionnelle dont la fonction  varie selon sa localisation  dans la cellule.  Nous avons déterminé par des essais d'immunofluorescence indirecte sur des cellules  infectées que la localisation  de UL24 change au cours de l'infection. Cette protéine  virale se local ise de manière transitoire dans les nucléoles  et par la suite se retrouve  plutôt en périphérie du
noyau. Ce résultat  renforce  l'hypothèse que UL24 pourrait jouer différents rôles lors de la réplication  du virus dont un effet au niveau du nucléole.
L'infection par le VHS-1  induit plusieurs changements morphologiques et fonctionnels au nucléole,  mais peu est connu sur le sort des protéines  nucléolaires. Nous avons identifié au moins deux groupes de modifications induites au nucléole  par le VHS-1 : UL24-indépendantes et UL24-dépendantes.

Nous avons déterminé que deux composantes de la machinerie cellulaire  pour la transcription  par l'ARN polymérase  1 (A RN poli),  UBF et RPA 194, sont redistribuées ensembles  par le VHS-1  et de manière  indépendante de l'expression de UL24. La fibrillarine  se retrouve aussi dans cette catégorie  mais le mécanisme  impliqué dans sa relocalisation semble différer  de celle de UBF. La réduction  de la synthèse  des ARNr décrite lors de l'infection pourrait être expliquée par la redistribution de ces composantes de I'ARNpoll . Bien que UBF est redistribué  dans les compartiments de réplication  viraux pendant l'infection, nous n'avons pas détecté de points de UBF tôt dans l'infection aux sites de synthèse  de l'ADN  viral. Ces résultats suggèrent que UBF pourrait ne pas être requis pour la synthèse  de l'ADN  viral tôt dans l'infection, mais pourrait  y être i mpliqué dans un stade plus tardif.
Puisque UL24 se localise au nucléole pendant  l'infection, notre deuxième hypothèse était que UL24 affecte  la composition de ce compartiment et q ue le VHS-1
modifie le nucléole afin de favoriser sa réplication. Nous avons démontré que la nucléoline et 823 sont dispersés pendant l'i nfection et que cette modification est dépendante de l'expression  de UL24. Comme pour la nucléoline, nous avons démontré que UL24 est suffisante pour induire la redistribution de 823 dans des essais de transfection transitoire, et que cette fonction est contenue dans le domaine N -tenninal,
qui est la portion conservée de UL24. De plus, des analyses mutationnelles ont révélé que le motif d'endonucléase de UL24 semble être important pour la dispersion de 823 dans des cellules infectées et transfectées. L'analyse par microscopie électronique de cellules infectées a révélé que U L24 est importante pour la sortie efficace des nucléocapsides du noyau. Puisqu'il a déjà été démontré que la nucléoline est importante pour la sortie efficace des nucléocapsides du noyau, U  24 pourrait jouer un rôle sur cette étape de la réplication virale via son effet sur la nucléoline. Nos résultats suggèrent donc que les modifications induites au nucléole par UL24 pourraient être importantes pour la réplication optimale du VHS-1 .


identifier: Martellini, Anouk  (2005). Différenciation des sources de pollutions fécales humaines et animales dans l'eau : utilisation de marqueurs géniques  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 163 p.

subject: pollution fecale marqueur genique

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
L'objectif  de  ce  projet  de  recherche  était  de  développer   une  nouvelle  méthode moléculaire capable d'identifier  les sources de pollutions fécales humaines et animales dans l'eau.   Contrairement aux nombreuses approches déjà testées qui visent toutes des microorganismes, la méthode proposée ici cible le matériel génétique des cellules humaines et animales excrétées dans les fèces, d'où son côté innovateur. Pour ce faire, un protocole d'amplification a été élaboré avec des amorces conçues pour cibler spécifiquement l'ADN  mitochondrial  et l'ADN ribosomal 288 de l'humain et de divers animaux (moutons, bœufs et porcs).  Une méthode d'extraction  a été mise au point et les conditions des réactions de PCR, de PCR multiplex et de PCR internes ont été établies avec des ADN extraits de tissus et de fèces. L'approche faisant appel à l'ADN ribosomal
288, n'étant pas pratique, a dû être abandonnée. Les amorces mitochondriales ont ensuite été testées avec les ADN extraits d'eaux  usées provenant de la station d'épuration de Fabreville, d'eaux provenant de deux fermes, de lisier de porc (avant et après traitement dans un bioréacteur thermophile), et d'eaux provenant de la rivière l'Assomption et de la rivière des Mille-Îles.   Au moins une des 4 espèces a été détectée dans la plupart des échantillons. De plus, il a été démontré que les marqueurs pouvaient persister au moins 5 jours dans l'eau  usée. 	Il a également été démontré que le PCR interne est capable de
détecter l'ADN mitochondrialjusqu'à 0,1 pg d'ADN génomique et que 103 à 104 cellules humaines par litre d'eau  usée peuvent être détectées en  utilisant le protocole de PCR multiplex.  En conclusion, cette méthode est innovatrice, simple, rapide et fiable pour identifier la source de la contamination fécale dans 1'eau.


identifier: Matte, Christine  (2009). Impact du parasite Leishmania donovani sur les réponses à l'IFN-y et la signalisation via la voie JAK-STAT1  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 118 p.

subject: interferon macrophage

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.Afin d'empêcher leur reconnaissance  par le système immunitaire adaptatif ainsi que leur destruction par le macrophage, les parasites protozoaires du genre Leishmania doivent à tout prix éviter l'activation des mécanismes  antimicrobiens  du macrophage. Le stade promastigote de diverses espèces de Leishmania, notamment L. donovani, est reconnu  pour  inhiber  les  réponses  à  l'interféron  (IFN)-y  chez  le  macrophage  en interférant  avec  la  signalisation   via  la  cascade  des  Janus  kinases  (JAK)   et  du transducteur  de  signal  et  activateur  de  transcription  (STAT)   1.  L'impact   du  stade amastigote sur l'activation des fonctions microbicides du macrophage par l'IFN-y a toutefois  peu  été  étudié.  Ces  connaissances  sont  nécessaires  au  développement   de nouveaux traitements contre la leishmaniose, étant donné le rôle primordial du stade amastigote dans la progression de la maladie et dans l'induction de la pathologie.

Au cours de ce projet de recherche, nous avons entrepris de mieux caractériser les mécanismes d'évasion de l'activation du macrophage en réponse à l'IFN-y  par le stade amastigote de l'espèce L. donovani. Afin de répondre à cet objectif, nous avons analysé l'impact  de l'infection  de macrophages de moëlle osseuse (BMM) murins par des amastigotes de L. donovani sur les évènements  de transcription et de signalisation via la cascade JAK-STATl induits par l'IFN-y. Nos résultats indiquent que le stade amastigote deL. donovani  inhibe l'expression du facteur régulateur de l'IFN  (IRF)-1 en réponse à l'IFN-y, et par conséquent la transcription de gènes impliqués dans la présentation antigénique via le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) de classe II et dans la production d'oxyde nitrique (NO). Nous démontrons que ces effets ne découlent pas d'un  défaut au niveau de l'activation de STATla ni de la stimulation de régulateurs négatifs de la voie JAK-STATl. Les amastigotes deL.  donovani interfèrent plutôt avec la translocation de STATla au noyau en réponse à l'IFN-y en bloquant son interaction avec l'importine-a5, une protéine adaptatrice de transport nucléaire. Enfin, nous avons observé que l'inhibition des réponses à l'IFN-y  par le stade amastigote de L. donovani requiert un contact direct avec le parasite mais semble indépendant  de sa viabilité.

Somme toute, cette étude met en évidence un nouveau mécanisme d'évasion de l'activation des fonctions antimicrobiennes  du macrophage en réponse à l'IFN-y par L. donovani  et contribue  à la compréhension  des  stratégies  exploitées  par  Leishmania pour assurer sa survie intracellulaire.


identifier: Meilleur, Catherine  (2009). Isolement et caractérisation d'enzymes lipolytiques par criblage d'une banque métagénomique  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 128 p.

subject:
hydrolase
lipolytique
esterase
lipase
escherichia coli
streptomyces lividans
clone
proteine

abstract:
La métagénomique permet le clonage et l'expression de gènes hétérologues de bactéries sans les cultiver en laboratoire. De nombreux clones contenant de larges inserts d'ADN sont ainsi criblés à la recherche d'une activité spécifique. Les enzymes lipolytiques telles que les lipases et les estérases représentent une classe d'enzymes ayant un potentiel industriel intéressant. Ces enzymes sont capables d'effectuer des réactions d'hydrolyse et de synthèse dans des conditions physico-chimiques attrayantes, telles qu'en  présence de solvants, dans un milieu alcalin ou à de hautes températures. L'objectif de cette étude était l'identification, à partir de clones issus d'une banque métagénomique, de lipases présentant un profil  industriel intéressant. L'approche expérimentale consistait à  identifier des clones présentant une activité lipolytique grâce à  un criblage fonctionnel pour ensuite isoler le gène responsable de cette activité. La banque métagénomique, préparée précédemment, provenait d'un bioréacteur à culture enrichie en gélatine dont la température d'incubation était élevée et le pH alcalin. Deux clones lipolytiques ont été retenus puis les gènes responsables de  leur activité isolés par une série de délétions à l'aide d'endonucléases de restriction. Le premier clone présentait une activité  intracellulaire et était apparenté à une carboxylestérase. Le second clone possédait un gène lipolytique ayant une homologie de séquence avec un gène codant pour une lipase d'un  organisme thermophile. Ce gène a été cloné puis exprimé chez Escherichia coli et Streptomyces lividans puis ce dernier a servi d'hôte afin de purifier la lipase. L'enzyme purifiée, nommée LipiAF5.2, a été caractérisée lors de la détermination de son pH, température et substrat optimaux. L'attrait  industriel que pouvait représenter cette lipase a été étudié en analysant la thermostabilité de l'enzyme ainsi que sa résistance aux solvants organiques. La lipase IAF5.2 a démontré une température optimale de
60 °C à un pH de  10,5 ainsi qu'une  thermorésistance de quatre  heures à 90 °C. L'enzyme présentait également une préférence pour les acides gras à longue chaînes et  une tolérance à quelques solvants.


identifier: Ménard, Julie  (2011). Enrichissement et caractérisation des populations bactériennes capables d'utiliser le thiocyanate et le cyanate  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 175 p.

subject: cyanure

abstract: La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Ce  projet de recherche  porte sur  l'étude  des  microorganismes  capable  d'utiliser et de dégrader le thiocyanate (SCN") et le cyanate (OCN")Ces composés se retrouvent dans les effluents des installations minières où il y a cyanuration pour la solubilisation de l'or. Le SCN"et 1 'OCN". proviennent de la réaction entre les composés de soufre et le cyanure et par l'oxydation  du cyanure. A concentrations élevées, ces substances sont nocives pour la faune et la flore aquatique. Toutefois,  ces dérivés du cyanure peuvent être métabolisés par des microorganismes.  À partir de la biomasse obtenue des bioréacteurs responsables du  biotraitement  de  l'effluent   d'une   mine  d'or   située   à  Cadillac   en  Abitibi,  des consortiums de microorganismes  ont été enrichis pour leur utilisation du SCN". et OCN". comme seules sources de carbone et/ou d'azote  à des concentrations  de 600 ppm {mg/L) pour Je SCN. et 75 ppm {mg/L) pour I'OCN". basées sur les concentrations observées sur le  site.  De ces enrichissements,  des  centaines  de  bactéries  ont été isolées  sur  milieux sélectifs  et  non-sélectifs.  L'identification   de  ces  isolats  a  mis  en  évidence  certains groupes  bactériens  plus abondants, dont  les actinobactéries,  les -protéobactéries,  ainsi que les a-protéobactéries. Du côté moléculaire, des génothèques du gène de l'ARN  16S ont  été générées  pour  les enrichissements  finaux;  elles ont  confirmé  l'abondance  des rhizobiales dans les enrichissements.  Finalement, lors des essais de biodégradation avec les isolats les plus abondants, aucun candidat n'a été capable d'utiliser  le SCN". à 600 ppm tandis que la majorité des isolats testés pour J'utilisation de l'OCN". ont été capables de l'utiliser  lorsqu'elle  se trouve à concentration  de 75 ppm. Parmi ces dernières,  l'isolat JM695,  affiliable  à Sphingopyxis  sp.,  a démontré  une consommation  particulièrement rapide  de  I'OCN". et  dans  plusieurs  conditions.  Les résultats  suggèrent  donc  que  les bactéries pouvant utiliser le SCN" en  culture pure ne sont pas cultivables en conditions testée, alors que la l'utilisation  de l'OCN". semblent être un phénomène répandu chez les microorganismes. La caractérisation de ces microorganismes pourrait permettre d'adapter les paramètres physiques du traitement biologique afin de promouvoir la prolifération de ces bactéries biodégradantes  pour optimiser le procédé.


identifier: Meunier, Isabelle  (2007). Contribution du répertoire des lymphocytes B-1 dans l'induction d'une réponse antivirale  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 152 p.

subject: Lymphocyte b t immunolglobuline virus stomatite vesiculaire vsv choriomeningite lymphocytaire

abstract:
L'interaction entre le système immunitaire et les micro-organismes est souvent représenté comme un état d'équilibre, dans lequel chacun évolue en fonction des réponses de l'autre. Les milliers  de pathogènes que nous rencontrons au cours de notre vie ont évolué de façon à ne pas être reconnu par le système immunitaire afin de pourvoir à leur cycle de réplication. Souvent, cela inclue l'inhibition de différentes voies de signalisation, le blocage des molécules de présentation ou des fonctions effectrices  des cellules cibles mais aussi, la variation  des protéines exhibées à la surface. Par opposition, notre système immunitaire a développé plusieurs lignes de défenses afin de freiner le plus tôt possible la réplication des pathogènes avant la mise en place d'autres  mécanismes plus précis. Le système immunitaire  inné est composé principalement de phagocytes, de cellules NK et d'une sous-population de lymphocytes B: les lymphocytes  B-1. Ces cellules sont capables de sécréter de façon spontanée des molécules d'anticorps qui peuvent reconnaître une très grande variété de pathogènes et former des complexes immuns. Il a été démontré que ces derniers étaient plus efficacement recrutés aux organes  lympho1'des et donc, que les anticorps naturels pourraient former un pont important entre l'immunité  innée et l'immunité adaptative.

La reconnaissance d'une multitude de micro-organismes est permise grâce à la variabilité qui peut  être  générée dans les récepteurs de cellules  effectrices  du système immunitaire. Chez les lymphocytes B-1, cette diversité est concentrée dans le récepteur  des lymphocytes B ainsi que dans les molécules d'immunoglobulines sécrétées. Bien que le rôle des anticorps naturels dans le cadre d'infections virales ait été caractérisé, aucune étude n'a portée directement sur l'importance de la diversité du répertoire des anticorps naturels. Nous avons alors émis comme hypothèse que pour pouvoir reconnaître une grande variété  de pathogènes et  pour médier leur fonction protectrice, les anticorps naturels doivent posséder un répertoire diversifié.

L'utilisation de souris transgéniques  possédant des lacunes dans  leur répertoire nous a révélé que la diversité  du répertoire des anticorps  naturels  était importante pour une reconnaissance efficace  des deux modèles viraux étudiés,  soit  le virus de la stomatite vésiculaire (VSV) et le virus de la chorioméningite lymphocytaire  (LCMV). De plus, nous avons pu observer que seules les souris possédant un répertoire diversifié étaient capables de neutraliser  le VSV. De plus, nous avons noté que  les souris ayant un répertoire limité possédaient des titres viraux à la rate inférieurs à ceux des souris témoins. Ceci nous a donc indiqué, en premier lieu, que la diversité du répertoire des anticorps naturels était  importante pour une reconnaissance des pathogènes  ainsi que pour un recrutement rapide et efficace des pathogènes aux organes  lympho"ides, possiblement grâce à la formation de complexes immuns.

Dans un autre ordre d'idées, nous avons voulu établir  un lien entre la présence et  la diversité  des anticorps naturels  avec les réponses immunitaires  adaptatives des lymphocytes T cytotoxiques et des lymphocytes B-2. Pour ce faire,  des souris JHT ont été  irradiées  et  infectées avec  le LCMV  afin d'évaluer la réponse  cytotoxique des lymphocytes  T et  avec  le VSV,  afin d'évaluer la réponse  humorale.  Tout d'abord, l'analyse de  la  réponse  des  lymphocytes  T cytotoxique par  test   de  cytotoxicité cellulaire ne nous a pas permis d'établir de corrélation entre la présence des anticorps naturels  et  l'induction  d'une  meilleure  réponse. Toutefois,  nous avons pu observer, dans le modèle d'infection  avec le VSV, qu'il y avait des titres  plus élevés d'anticorps neutralisants chez  les souris qui possédaient  des  anticorps  naturels  par opposition entre celles qui n'en  possédaient pas.

En conclusion, ces études  démontrent  qu'une pleine diversité du répertoire des anticorps naturels est cruciale pour une reconnaissance efficace des pathogènes,  pour une activité neutralisante ainsi que pour un recrutement rapide  aux organes lymphol'des. Suite au recrutement des  particules  virales vers la rate,  nous avons pu observer  que  la réponse  humorale dirigée contre  le VSV était  supérieure lorsqu'il  y avait  présence d'anticorps  naturels. Étonnamment, nous n'avons  pu établir de corrélation  similaire   avec  l'induction d'une  meilleure réponse  cytotoxique des lymphocytes T dans le cadre d'une infection  avec le LCMV. Néanmoins,  ces études démontrent bien que les anticorps naturels, par la formation de complexes immuns, permettent  de  faire  un lien  entre  le  système immunitaire  inné  et  le  système immunitaire adaptatif, du moins, dans le cas de la réponse humorale.


identifier: Millette, Mathieu  (2007). Étude de bactéries lactiques à potentiel probiotique et de leurs métabolites  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 258 p.

subject: lactobacillus pediococcus enterococcus

abstract:
Les probiotiques sont définis comme étant des suppléments nutritionnels composés de micro-organismes précis, vivants, en quantité suffisante et capable d'altérer le microbiote intestinal de l'hôte (par implantation ou colonisation) pour exercer des effets bénéfiques. Les bactériocines produites par les bactéries lactiques (BAL) sont des peptides antimicrobiens bactéricides qui inhibent la croissance d'autres bactéries sans affecter le développement de la souche productrice. L'influence des BAL productrices de bactériocines sur le microbiote intestinal est très peu documentée. Ce projet de doctorat avait pour objectif de caractériser le potentiel antimicrobien de diverses BAL probiotiques.

Dans un premier temps, les modes d'action antimicrobiens d'un lait fermenté par le probiotique Bio-K+CL1285 ont été évalués. Les résultats démontrent l'implication importante des acides organiques, mais aussi d'un autre composé non identifié. Ensuite, Lactococcus lactis subsp. lactis MM19 et Pediococcus acidilactici MM33, isolées à partir de fèces humaines, ont montré la capacité de sécréter deux bactériocines distinctes. Ces  bactériocines ont  ensuite été purifiées par chromatographie en  phase liquide et identifiées par dégradation d'Edman et spectrométrie de masse. L'hybridation de l'ADN total de chaque bactérie avec les gènes de la nisine et de la pédiocine PA-l  a permis de confirmer que Le. lactis MM19 produit la nisine Z tandis que P. acidilactici MM33 sécrète la pédiocine PA-l. C'est la première fois que des souches de BAL provenant d'un intestin humain et possédant la capacité de produire ces deux bactériocines sont isolées. De plus, une souche mutante ayant perdu la capacité de sécréter la pédiocine a été développée. En parallèle, la production de bactériocines a été testée chez d'autres probiotiques.

Les probiotiques à l'étude ont été testés pour vérifier leur résistance à l'acidité gastrique et aux sels biliaires. Parmi les souches à l'étude, P. acidilactici MM33 semble la bactérie la plus résistante aux sels biliaires tandis que Lactobacillus rhamnosus RW-
9595M, une souche mutante qui surproduit des exopolysaccharides, résiste le moins.Toutes les souches probiotiques survivent très bien à  un traitement gastrique de 30 minutes à pH > 2,5.

L'influence du gavage quotidien de diverses souches probiotiques a été testée sur des souris C57Bl/6 saines. La prise de probiotiques a augmenté la concentration de bactéries lactiques totales dans les fèces de ces souris. De plus, le ferment CL1285, L. kefiranofaciens R2C2, L. rhamnosus  ATCC 9595 et L. rhamnosus RW-9595M ont diminué significativement la concentration de staphylocoques et de coliformes totaux après 9 jours de gavages tandis que les deux bactéries productrices de bactériocines ont augmenté temporairement la concentration de staphylocoques. Dans un modèle murin d'infection intestinale par Enterococcus résistant à la vancomycine (ERV), le gavage des souris infectées avec les BAL productrices de bactériocines a permis de diminuer la concentration fécale d'ERV contrairement à la souche non-bactériocinogène qui n'a pas eu d'effet. Ce projet de doctorat aura permis d'isoler deux souches humaines productrices de nisine et de pédiocine. Ces bactéries, à fort potentiel probiotique, pourraient être utilisées  dans  la  fabrication d'un   produit  nutraceutique dédié  à  la  prévention  des
infections gastro-intestinales causées par des bactéries résistantes aux antibiotiques.


identifier: Moisan, Eliane  (2007). Rôle des filaments intermédiaires dans la physiologie des neuthrophiles  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 132 p.

subject: inflammation cytosquelette lamine vimentine

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Des  auto-anticorps  dirigés   contre   les  protéines   du  cytosquelette  sont  retrouvés   dans plusieurs   cas  de  maladies   auto-immunes.  Il  a  été  démontré   que  deux   protéines   du cytosquelette,  la  vinculine   et  la  vimentine,   peuvent   être  exposées   à  la  surface   des macrophages, des  plaquettes   et  des  lymphocytes. Ceci  pourrait  expliquer en  partie  la production   d'auto-anticorps anti-cytosquelette.  Sachant   que  le  neutrophile  circule   en grandes  quantités  dans  le sang et qu'il  meurt spontanément par apoptose,  il est important de  comprendre  les   modifications  encourues  au   niveau   du  cytosquelette  lors  de  la modulation  de  l'apoptose. Nous  avons  tout  d'abord vérifié  l'expression de  différentes protéines  du cytosquelette à la surface  des  neutrophiles humains.  Nous  avons  découvert que seules  les protéines  des filaments intermédiaires (FI) - la vimentine  et la lamine B 1   - sont exposées  à la surface  des neutrophiles apoptotiques. L'étude de l'expression intracellulaire de  ces  deux  protéines  nous  a  indiqué  que  celles-ci   sont  clivées  par  les caspases durant l'apoptose spontanée des neutrophiles. À l'inverse, le retard de l'apoptose
a pour effet de diminuer  la dégradation intracellulaire et l'expression à la surface  des FI.

Afin de comprendre davantage le rôle des  FI dans  la physiologie des neutrophiles, nous avons utilisé une colonie  de souris déficientes en vimentine  (Vim-1 ), qui se développent et se  reproduisent   normalement, contrairement  aux  souris  déficientes en  lamine  B1 •    En utilisant  le modèle  de la poche d'air murine,  nous avons  étudié  pour  la première  fois le rôle de la vimentine  dans les mécanismes d'inflammation in vivo et dans les fonctions  des neutrophiles ex vivo. Nous  avons  découvert   que  la  réponse  inflammatoire induite  par
différents agents  est  la même  chez  les souris  Vim +l+   et  Vim_1  et que  les  fonctions  des neutrophiles dépourvus de vimentine  ne sont  pas altérées. Ces observations suggèrent  que la vimentine  n'est  pas essentielle  à l'établissement d'une réponse  inflammatoire aiguë in vivo et qu'il  existerait  un mécanisme  compensatoire complexe  qui expliquerait la réponse
inflammatoire normale des souris Vim-1


identifier: Mondou, Marie-Hélène  (2006). Développement d'un système d'expression de protéines d'intérêt chez Streptomyces lividans dans une solution résiduelle de lactosérum  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 173 p.

subject: lactoserum residus

abstract:
La plupart des systèmes d'expression étant dispendieux et limités, la demande pour des systèmes souples, peu onéreux et utilisant des résidus provenant d'une  autre industrie est grandissante. Technologie Biolactis Inc. a été créée dans le but de récupérer et de valoriser le lactosérum obtenu lors de la production fromagère.  En utilisant cette solution pour produire une matrice protéique malléable, une solution résiduelle (SR) possédant des qualités en tant que milieu de culture pour les streptomycètes est générée. Étant donné la capacité des streptomycètes à produire de façon efficace des protéines autant homologues qu'hétérologues, le développement d'un  système d'expression chez Streptomyces lividans dans la SR a été entamé.   Une protéine d'intérêt  thérapeutique d'origine humaine, la lactoferrine (Lt), a été sélectionnée afin d'être produite.

Dans le cadre de la production de Lf, une fois son effet antibactérien sur l'hôte évalué et considéré non-limitant, le gène recombinant a été synthétisé et cloné dans S. lividans 10-164.   La présence d'ARNm de Lf a été confirmée dans plusieurs constructions, mais la protéine n'a jamais été détectée. Pour ce qui est du développement du système d'expression, une courbe de croissance de S. coelicolor M145, proche parente de S. lividans, a été réalisée en SR.   Par la suite, des expériences de biopuces ont été effectuées afin d'identifier des promoteurs spécifiques aux différentes phases de croissance.  Les données recueillies ont été traitées par ANOVA à une valeur plt0.0005. Suite à l'analyse statistique, quelques promoteurs ont été identifiés dont ceux d'un gène
constitutif, de gènes induits durant la croissance active et de gènes induits tardivement.


identifier: Ngoc Duc, Doan  (2007). Optimisation de la réaction de Suzuki-Miyaura dans une perspective de synthèse de librairies de peptides  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 110 p.

subject: mecanisme reaction chimie combinatoire synthese organique couplage

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
L'utilisation  de peptides en tant qu'agents  thérapeutiques présente plusieurs avantages. En effet, les peptides sont des molécules qui possèdent une haute affinité et spécificité tout en ayant un profil de toxicité plus bas que la plupart des petites molécules pharmacologiques.  De plus, contrairement aux protéines, les peptides sont plus stables aux variations de température et ils possèdent une meilleure pénétration des tissus à cause de leur taille relativement petite. Par contre, leur utilisation est encore limitée. Pour augmenter la spécificité et l'affinité de récepteur, la stabilité sanguine aussi bien que la puissance des peptides, on a fait des modifications chimiques y compris l'introduction de groupements   aromatiques,   de  fonctions  hétérocycliques  ou  de  petits  fragments  de molécule sur  la chaîne  peptidique.  À cet égard,  la réaction de Suzuki-Miyaura  (SM) s'avère appropriée pour la modification des peptides.

La réaction de SM est le couplage entre un dérivé de l'acide  boronique et un halogénure ou un triflate de vinyle ou d'aryle en présence d'un catalyseur de palladium et d'une base. Les principaux avantages de cette réaction sont des conditions de réaction douces, une toxicité moindre pour l'environnement par rapport à la plupart des autres réactifs organométalliques, et la disponibilité commerciale des dérivés de l'acide boronique. Présentement,  la  réaction  de  SM  est  fréquemment  utilisée  en  synthèse  organique classique et elle a contribué à accélérer la préparation de composés bioactifs pour des études structure-activité. Toutefois, son usage est toujours très limité pour la conception de dérivés peptidiques et en particulier la réaction n'a jamais été exploitée pour la modification  post-synthèse  après  assemblage  d'une  chaîne  peptidique  sur  un support solide. Puisque les peptides contiennent des groupements actifs qui pourraient interférer avec la réaction de SM, il nous est apparu plus approprié d'exécuter la réaction en phase solide tandis que tous les groupements des chaînes latérales du peptide sont protégés.

Dans la présente étude, nous montrons une nouvelle stratégie utilisant la réaction de SM
pour modifier en phase solide des peptides contenant  un acide aminé aromatique.  Le peptide [Ala 1,2,3 , Leu8 ]Enk, lié à une résine de type Wang, a été choisi comme modèle de peptide-résine afin de vérifier la compatibilité avec la méthode de SM.

Notre premier essai, effectué avec le N-a-Fmoc-[Ala 1,2,3  , Phe(pl)4 , Leu ]Enk, lié à une résine Wang, a indiqué que le groupement protecteur Fmoc n'est pas stable dans les conditions basiques utilisées pour la réaction de SM. Le groupement protecteur Fmoc a été ensuite  remplacé  par  un  groupe  Boe et  celui-ci  s'est  montré compatible  avec  la
méthode.

Afin  d'évaluer   les  conditions  optimales  de  la  réaction  de  SM  nous  avons  étudié, l'influence de la base, du solvant, du catalyseur, de la température et du temps sur le rendement réactionnel. L'acide  phénylboronique a été utilisé pour cette optimisation. Les conditions optimales se sont avérées être le DMF comme solvant, le K3P04 ou le Na2C03
comme base et le Pd(PPh3)4 comme catalyseur, avec un temps de réaction de 20 h et une
température de l'ordre de 80 °C, nous avons poursuivi notre étude afin d'évaluer les rendements avec différents acides boroniques.

En particulier, l'étude  a été étendue à l'analyse  du comportement  de la réaction de SM
lors de substitutions  par divers  acides  boroniques  contenant  des groupements  électro
donneurs  ou  électro-attracteurs.  n semble  que les  dérivés  de  l'acide  phénylboronique
porteurs d'un  groupement électro-attracteur sur le cycle aromatique soient plus réactifs
que ceux avec un groupement électro-doneur. Par exemple, 1'acide 4- méthoxyphénylboronique  a été complètement inactif dans ces conditions  de réaction de SM, tandis que le couplage avec l'acide  4-méthylcarboxyphénylboronique a donné 87%
de conversion. Ces conditions ont également été appliquées en synthèse de dérivés hétéroaromatiques  de H2N-[Ala 1,2, 3,  Leu8]Enk-OH.  À cet égard,  les dérivés  de l'acide
pyridineboronique, l'acide furaneboronique, et l'acide  thiophèneboronique ont été utilisés et ils sont donné de bons rendements. Enfin, la réaction de SM avec des acides alkylboroniques a également été étudiée sur l'iodo-peptide-résine. Les résultats obtenus indiquent  que l'acide  trans-2-chlorométhylvinylboronique est facilement  couplé  tandis que l'acide  2-méthylvinylboronique  donne seulement  10% de conversion.  Des résultats
similaires  ont été obtenus  pour  la  modification  en  phase  solide  de  N-a-Boc-[Ala 1,2,3 ,Leu8]Enk-résine à la position Phe7•  Par contre, il semble qu'il  y ait un encombrement stérique qui désavantage la réaction de SM lors de modifications à la position Phe7.  En
effet, les conversions obtenues à cette position sont plus basses que celles observées lors des modifications effectuées en position Tyr4.

Également,  une appréciation  plus globale de la stratégie  nous est apparue  nécessaire et c'est  pourquoi des études  additionnelles  ont ensuite été  poursuivies  avec  des peptides plus complexes, afin de vérifier la compatibilité de la méthode de SM avec des séquences de peptide contenant des acides aminés sensibles tels que la méthionine, la cystéine, l'histidine et le tryptophane. Pour ce faire, des peptides courts contenant les résidus Cys, Met, His ou Trp ont été synthétisés. La réaction s'est bien déroulée avec les peptides contenant Cys, Met ou His. Par contre, la présence de Trp semble être problèmatique puisque  le  mélange de  peptides  après  la réaction  de SM  ne contenait  pas le  peptide attendu. De plus, un peptide possédant une masse de 34 Da inférieure à celle du produit attendu a été froduit.  Un résultat similaire a également été obtenu avec le peptide N-a
Boc-[Phe(pl)13]ET-1(9-21). Étant donné que la même réaction secondaire s'est  produite en soumettant le peptide N-a-Boc-[BiP13]ET-1(9-21), il peut être conclu que cette perte
de  masse s'effectue  indépendemment  de  la  présence  du  résidu  Phe(pl).  La  nature et l'endroit où se produit cette modification reste encore à élucider.

En conclusion le développement de conditions de la réaction de SM appropriées à toutes les séquences peptidiques est un objectif des plus importants afin d'augmenter les outils disponibles pour la modification post-synthèse des peptides.


identifier: Ouellette, Julianne  (2011). Développement d'un procédé à deux phases liquides permettant l'extraction, la concentration et la biodégradation de modulateurs endocriniens  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 116 p.

subject:
estrogene
estraiol
estrone
estriol
ethynylestradiol
nonylphenol
bisphenol a

abstract: Le principal objectif de ce projet est de vérifier la possibilité d'employer  un système  à  deux  phases  immiscibles  pour  permettre  la  biodégradation  de  certains modulateurs endocriniens. Les xénobiotiques ciblés au cours de cette étude, ont été les composés d'origine naturelle et synthétique présents en plus grandes concentrations dans les eaux usées et ceux reconnus comme possédant les potentiels estrogéniques les plus importants c'est-à-dire: l'estrone  (El),  l'estradiot  (E2), l'estriol  (E3) le bisphénol A (BPA)	et		le 	4-n-nonylphénol	(NP). 	 Une	méthode	analytique	comprenant	 la chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse (CG-SM), en association avec deux méthodes d'extraction ont permis d'extraire et d'analyser les six composés à l'étude compris dans les deux phases du système. Des tests préliminaires ont été menés sur l'huile de silicone et l'Hytrel afin d'évaluer laquelle de ces deux phases immiscibles convient le mieux aux modulateurs endocriniens testés. L'évaluation de la solubilité maximale, de la capacité de relargage ainsi que du coefficient de partition des composés dans les  phases hydrophobes testées ont démontré que les modulateurs à l'étude présentent une variation de leur propriété physico-chimique trop importante pour l'utilisation  d'une  phase hydrophobe  universelle. Le modèle de  système  biphasique employant les deux phases hydrophobes à l'étude a également été utilisé afin d'enrichir six  différents  consortiums bactériens exposés à  40  ou  à  100 mg/L de  chacun des modulateurs  endocriniens, selon  la  nature du  composé  et  de  la  phase  hydrophobe employée. L'évaluation du rendement de biodégradation des modulateurs endocriniens généré par les six consortiums bactériens enrichis démontre que certains d'entre  eux abritent des microorganismes capables de dégrader le bisphénol A ainsi que l'estriol sans toutefois	induire	une	minéralisation	complète.	L'évaluation	du		potentiel	de biodégradation des composés démontre également une transformation de 1'estradiot en estrone par l'intermédiaire de certains enrichissements. Une étude préliminaire de la composition microbienne d'un  de ces enrichissements a permis d'isoler  sept souches associées à cinq genres différents et capables de dégrader les estrogènes naturels.


identifier: Oussalah, Mounia  (2005). L'effet antimicrobien des films biodégradables à base d'huiles essentielles et le mécanisme d'action de trois huiles essentielles sur des bactéries Gram-positif et Gram-négatif  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 249 p.

subject:
huiles essentielles
antimicrobien
aliment
intoxication

abstract:
La concentration minimale inhibitrice (CMI) de 61 huiles essentielles a été déterminée contre une bactérie d'altération:  Pseudomonas putida et quatre bactéries pathogènes: Escherichia coli 0157:H7, Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium, Staphylococcus aureus et Listeria monocytogenes. Les huiles essentielles les plus actives ont été choisies pour connaître leur mode d'action sur une bactérie de type Gram-positif, L. monocytogenes et une bactérie de type Gram-négatif, E. coli 0157:H7. De plus, ces huiles ont été immobilisées dans trois types de films et évaluées pour leur pouvoir antimicrobien sur de la viande et deux types de charcuterie.

L'application   des films antimicrobiens  sur des  tranches de  bifteck  de  ronde dans lesquels  des  huiles  essentielles  d'origan  et de  piment  ont été  immobilisées  a  permis un contrôle de la croissance de Pseudomonas sp. et d'E. coli 0157:H7. D'autres  formulations, plus résistantes à l'eau ont aussi été mises au point afin d'améliorer  leurs propriétés physico chimiques. Ces films contenaient cette fois des extraits d'origan d'Espagne, de cannelle de Chine et/ou de sarriette des montagnes et ont subi deux traitements d'insolubilisation.  Ces films ont été appliqués sur trois types de viande (bœuf, jambon ou bologne). Le contrôle d'E. coli Ol57:H7, S. Typhimurium et L. monocytogenes a été suivi au cours de l'entreposage. Les résultats ont montré que la présence d'origan ou de cannelle avait une efficacité contre la croissance de S. Typhimurium  sur le boeuf. La présence d'origan  a montré une efficacité contre la croissance de S. Typhimurium sur de la bologne. Une réduction significative du niveau de S. Typhimurium inoculée sur du jambon a aussi été observée après une application de films à base de cannelle et d'origan. La sarriette des montagnes a montré une efficacité contre la croissance de S. Typhimurium sur du jambon après 5 jours d'entreposage.  L'origan d'Espagne, la cannelle de Chine et la sarriette des montagnes ont permis une diminution significative sur le contenu de L. monocytogenes sur de la bologne et du jambon après cinq jours d'entreposage.

Les études de mécanismes d'actions ont montré que l'intégrité des membranes bactériennes a été affectée par la présence des huiles essentielles et ce, quelque soit la concentration  d'huile  ajoutée  (CMI, lt CMI ou  gt CMI).  De  plus,  les  huiles  essentielles d'origan  et  de  sarriette  des  montagnes  peuvent  induire  un  relargage  des  composantes
intracellulaires de la cellule. Une diminution significative du pH intracellulaire a aussi été observée  chez  E. coli 0157:H7   en  présence  de  cannelle  et  chez  L. monocytogenes en présence de cannelle et d'origan (p :5 0.05). Les observations en microscopie électronique ont indiqué que  l'enveloppe des deux bactéries (E. coli 0157:H7  et L. monocytogenes) a été sensiblement endommagée en présence des huiles essentielles d'origan et de sarriette des montagnes. Tous  ces  résultats  suggèrent  que  la  principale  cible  des  huiles  essentielles
demeure au niveau de l'enveloppe cellulaire des bactéries.


identifier: Patenaude, Julie  (2008). Altérations fonctionnelles des cellules dentritiques suivant une brûlure sévère  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 304 p.

subject: immunite recepteur tlr histone desacetylase

abstract:
Tout comme pour les chocs septiques, il a été observé chez les patients ayant subit des brûlures sévères, 1'apparition du  syndrome de  la  réponse inflammatoire systémique (SRIS) dans la phase précoce.   Pendant cette réponse inflammatoire une fine balance existe entre les effets bénéfiques de l'inflammation  et  les effets secondaires pouvant conduire à des complications majeures pour l'organisme.    L'aggravation du SRIS enclenche par la suite une réaction dite anti-inflammatoire compensatoire (CARS). L'émergence d'une réaction aggravée CARS représente le second facteur de risque dans l'apparition de septicémies, puisqu'une dépression immunitaire s'installe rendant l'organisme vulnérable aux infections nosocorniales.  Ces déficits immunitaires sont d'origine  multifactorielle dont  une perturbation de l'activation  de l'immunité  acquise. Les cellules dendritiques (CDs) sont des cellules présentatrices d'antigènes qui jouent un rôle essentiel dans l'activation de l'immunité acquise et dans la coordination de la défense de 1'hôte contre les pathogènes.

Notre objectif a été d'étudier  l'impact  du traumatisme sur les fonctions des CDs et élucider les mécanismes impliqués dans l'altération fonctionnelle de ces cellules.   Plus spécifiquement, nous avons évalué les compétences des CDs lors de la phase CARS chez notre modèle murin de la brûlure sévère.  Pour ce faire, nous avons stimulé les CDs en présence d'un ligand spécifique pour le TLR4 (lipopolysaccharides- LPS).  Par la suite, nous avons élaboré un modèle d'étude in vitro des CDs à partir de précurseurs de la moelle osseuse différenciés en présence de Flt-3L.    Cette différenciation permet l'obtention d'une  population hétérogène de CDs que l'on  nomme les FLDCs.   À partir des FLDCs, nous avons induit un phénomène de tolérance aux LPS, phénomène s'apparentant à celui observée durant la période CARS.  Ce modèle d'étude a permis de caractériser des mécanismes impliqués dans la tolérance aux LPS, dont l'expression d'une protéine inhibitrice de la voie de signalisation du TLR4 et l'implication  des histones désacétylases (HDACs) dans la régulation de l'IL-12p40.  Enfin, nous avons vérifié si des modulateurs de l'activité des HDACs pouvaient inhiber l'apparition de tolérance aux LPS en   régénérant  un   phénotype  dit   basal de   l 'expression génique  de  la réponse inflanunatoire.  Ainsi, l'utilisation de tels modulateurs présenteraient un potentiel thérapeutique pour des traumatismes, telles que les brûlures sévères, impliquant une mauvaise régulation de la réponse inflanunatoire.

Le  premier volet a  démontré que  les  CDs  isolées  au  1 oe  jour  post-brûlure étaient défectueuses quant  à  leur  rôle  de  cellules  présentatrices d'antigènes  (CPA).    Cette altération était caractérisée par une diminution de leur capacité à activer adéquatement les hybridomes de cellules T CD4+ B097.11  suite à une stimulation via leur TLR4.   Ces perturbations  fonctionnelles  s'accompagnaient  d'une   diminution  de  l'expression  du TLR4, d'une  perturbation de la voie d'activation  des MAP kinases, d'une  baisse de production d'IL-12p40  et d'une  augmentation d'IL-10.    Une sous-population de CDs responsables de l'induction de la réponse de type Th1, soit les CDs CD8a+, étaient plus affectées par la brûlure sévère en comparaison avec les CDs CDsa•.  Nos résultats suggèrent que la brûlure sévère induit des changements fonctionnels chez les CDs expliquant en partie l'inhibition  de l'activation  adéquate des lymphocytes T lors de la phase CARS.  Cette reprogrammation des CDs vers un phénotye de tolérance aurait un rôle à jouer dans l'apparition  de la paralysie du système immunitaire lors d'infections secondaires et l'augmentation de l'incidence de septicémies post-brûlure.

Dans le deuxième volet de cette recherche, nous avons démontré que l'induction de la tolérance aux LPS chez les FLDCs, cause une diminution de la forme active de la p38
MAPK, de la SAPK/JNK, de l'expression du facteur de transcription NF-KB (p65) et de la production de la cytokine immunostimulatrice Th1 (IL-12p40).  Tout comme pour la brûlure sévère, ces perturbations de la voie de signalisation du TLR4 des FLDCs, devenues tolérantes à une stimulation aux LPS, étaient associées à une forte production d'IL-10.   Notre étude a également démontré l'implication de la phosphatase MKP-1 dans l'apparition de tolérance aux LPS des FLDCs. Ainsi, nous suggérons que la tolérance aux LPS chez les FLDCs est associée à une suppression de la transduction du signal du TLR4 et à l'expression d'une protéine inhibitrice de cette cascade intracellulaire.
Dans le dernier volet, nous avons constaté que la tolérance aux LPS induit un changement de l'activité des HDACs chez les FLDCs.  Nous avons noté chez les FLDCs tolérantes aux LPS une augmentation de l'activité  HDAC totale en absence de changements au niveau de l'expression des HDACs (HDAC-1, -2, -3).  L'obtention de ces résultats, nous a amené à étudier le rôle des HDACs par l'utilisation de modulateurs de ces enzymes. Dans un premier temps, nous avons utilisé un inhibiteur de HDACs de classe 1 et II (trichostatine A- TSA) lors de la seconde stimulation aux LPS.   Nous avons noté une baisse significative de la production d'IL-12p40 chez les FLDCs du groupe témoin et du groupe de tolérance aux  LPS.   Puisque l'activité  des HDACs semble être impliquée positivement dans la régulation de l'IL-12p40, nous avons donc opté pour l'utilisation de la théophylline, un activateur des HDACs de classe 1.   Nous avons démontré que l'utilisation  de  la théophylline, lors de la seconde stimulation aux LPS, a  permis de rétablir la production d'IL-12p40 via une hausse de l'activation de la p38 MAPK chez les FLDCs tolérantes.   Ces derniers résultats semblent démontrer que des altérations au niveau de l'activité des HDACs de la classe 1 seraient impliquées directement ou indirectement dans la régulation de l'IL-12p40 de CDs.    Les HDACs sont des phosphoprotéines qui peuvent être influencées par l'action des MAP kinases.  Lors de l'induction de la tolérance aux LPS, une diminution de la forme phosphorylée des MAP kinases pourrait être responsable des perturbations des HDACs, qui à leur tour diminue la transcription du gène de l'IL-12p40 via un mécanisme encore inconnu.

Nous pouvons conclure que les CDs jouent un rôle important dans l'apparition de l'état d'immunosuppression suivant une brûlure sévère.   Nos résultats suggèrent que ces cellules, de part leurs perturbations fonctionnelles, ne peuvent répondre adéquatement à une stimulation via leur TLR4.   Ces perturbations sont de l'ordre d'une diminution de l 'activation de la cascade intracellulaire du TLR4 et de l'activité des HDACs de classe 1.
L'impact majeur de ces altérations est une baisse significative de la cytokine immunostimulatrice l'IL-12p40 et d'une hausse de la cytokine anti-inflammatoire IL-10, pouvant induire une diminution de la réponse des cellules T.  Il est toutefois possible de moduler les effets délétères de l'induction de tolérance chez les CDs par l'utilisation d'un activateur de HDACs.  La caractérisation des diverses modifications des CDs lors d'une
brûlure sévère ou de la tolérance aux LPS permet une meilleure compréhension des mécanismes responsables de l'effondrement de la réponse immunitaire dans le but ultime
de développer de nouvelles approches thérapeutiques.


identifier: Pelletier, Martin  (2006). Effets de l'interleukine-15 et de l'interleukine-21 sur les neutrophiles  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 297 p.

subject: interleukine neutrophile inflammation cytokine

abstract:
L'interleukine-15   (IL-15)  est  une  cytokine  pro-inflammatoire  pouvant  activer  les fonctions des neutrophiles grâce aux trois chaînes du récepteur à l'IL-15 présentes à leur surface, c'est-à-dire l'IL-15Ra,  l'IL-2/15Rb(CD122) et la chaîne commune yc (CD132) partagée par le récepteur de l'IL-2,  IL-4, IL-7, IL-9, IL-15 et IL-21. L'IL-15  retarde également	leur 	apoptose	spontanée	par 	un	mécanisme	encore	non	élucidé. L'interleukine-21 (IL-21), quant à elle, est une cytokine récemment découverte dont la séquence primaire s'apparente à l'IL-15. L'IL-21 active plusieurs types cellulaires suite à sa  liaison à son  récepteur composé d'une  chaîne spécifique IL-21Ra  et  de  CD132. Aucune  étude  n'a   toutefois  démontré  la  présence  de  l'IL-21Ra   à  la  surface  des neutrophiles, ni un effet de cette cytokine sur leurs fonctions. Des concentrations élevées d'IL-15 et d'IL-21 ont été détectées chez des patients atteints de l'arthrite rhumatoïde et de la sarcoïdose, maladies où le neutrophile joue un rôle important dans la destruction tissulaire. Ceci  suggère  une  implication de  l'IL-15  et  de  l'IL-21  dans  l'activation inappropriée des neutrophiles et le développement de ces maladies.

Le but de ce travail était d'évaluer les effets pro-inflammatoires potentiels de l'IL-15 et de l'IL-21 in vitro et in vivo ainsi que les effets de ces cytokines sur les fonctions des neutrophiles afin de mieux comprendre le rôle de ces cellules dans les maladies inflammatoires. Plus spécifiquement, nous avons évalué les mécanismes impliqués dans le retard d'apoptose des neutrophiles induit par l'IL-15, ainsi que les effets de l'IL-15 sur
1'adhésion des neutrophiles et leur recrutement in vivo dans le modèle inflammatoire murin de la poche d'air.  Nous avons également vérifié si un agent thérapeutique,  la lectine de plante Viscum album agglutinine-!(VAA-1), pouvait moduler les réponses des neutrophiles induites par l'IL-15. Dans un deuxième temps, nous avons vérifié si l'IL-21 possède  un  potentiel  pro-inflammatoire in  vivo  et  si  l'IL-21   est  un  agoniste  des neutrophiles pouvant activer leurs fonctions et moduler leur apoptose spontanée.

Dans le premier volet de cette recherche, nous avons démontré que la VAA-1 peut inhiber certaines fonctions des neutrophiles induites par l'IL-15. De plus, nous montrons que l'IL-15 retarde l'apoptose des neutrophiles en augmentant la phosphorylation de différentes  protéines,  dont  Jak-2,  ERK-112 et  p38  MAPK,  tout  en   augmentant l'expression  de  la protéine anti-apoptotique Mcl-1. L'activation  des neutrophiles par
1'IL-15 se traduit également par une augmentation de 1'expression des intégrines CD11b/CD18 à la surface des neutrophiles. De plus, nous démontrons que l'IL-15 augmente 1'adhésion des neutrophiles aux cellules épithéliales pulmonaires A549. L'injection d'IL-15 dans le modèle murin de la poche d'air  entraîne majoritairement le recrutement de neutrophiles. Nos résultats suggèrent que l'IL-15 peut attirer les neutrophiles au site inflammatoire, retarder leur niveau d'apoptose basal par différents mécanismes et augmenter l'expression  des intégrines indispensables à l'adhésion  aux cellules environnantes.

Dans le deuxième volet de cette recherche, nous avons démontré que l'IL-21 induit à la fois  le  recrutement transitoire  de  neutrophiles et  de  monocytes/macrophages. Nous démontrons que les cellules pro-myélocytes HL-60 expriment l'IL-21Ra., qui disparaît lors de leur différenciation en neutrophiles, et que l'IL-21Ra. est absente chez les neutrophiles. De plus, l'IL-21 ne module aucune des fonctions étudiées des neutrophiles et n'affecte  pas leur apoptose spontanée. Ceci suggère que 1'expression de la chaîne CD132 est insuffisante à elle seule pour permettre la modulation des fonctions des neutrophiles par 1'IL-21. Les monocytes et les macrophages expriment quant à eux les deux  chaînes  de  l'IL-21R et  les  macrophages  stimulés  avec  l'IL-21   sécrètent  du CXCL8/IL-8, un puissant chimioattractant des neutrophiles. Nous proposons alors que l'IL-21  puisse agir indirectement sur les fonctions des neutrophiles par l'activation des monocytes et des macrophages (et possiblement des cellules résidentes) au site inflammatoire avec pour conséquence la production de chimiokines agissant directement sur les neutrophiles.

La présence de l'IL-21Ra. chez les cellules immatures HL-60 nous a incité à envisager un rôle de l'IL-21 dans la prolifération et la survie de cellules immatures. Nous avons donc isolé les cellules de la moelle osseuse de la souris afin de les stimuler avec l'IL-21 et l'IL-15. Nous avons noté que l'IL-15  retarde l'apoptose et entraîne la prolifération des cellules de la moelle osseuse par un mécanisme impliquant le facteur de transcription NF-KB. Par opposition, l'IL-21 exerce seulement un effet anti-apoptotique sur ces mêmes cellules. Ces effets de 1'IL-15 et de IL-21 sont observés principalement sur la population lymphoïde de la moelle osseuse. Nous avons également noté l'expression différentielle de chacun  des  récepteurs, IL-15Ra. et  IL-21Ra., à  la  surface  ces  cellules  lymphoïdes (CDllb")  et myéloïdes (CDllbl. Nos résultats suggèrent que l'IL-15  est à la fois un facteur de croissance et de survie des cellules lymphoïdes de la moelle osseuse alors que l'IL-21 est plutôt un facteur anti-apoptotique de ces cellules. Nous avons également observé que l'IL-21Ra. n'est  pas exprimé à la surface des cellules myéloïdes, ce qui semble indiquer que cette chaîne soit essentielle pour permettre la modulation de la survie des cellules de la moelle osseuse.

Nous pouvons conclure que l'expression des trois chaînes du récepteur à l'IL-15 permet la  modulation de différentes fonctions des neutrophiles. Nos  résultats suggèrent que
1'IL-15 peut influencer directement le sort des neutrophiles dans certaines maladies en impliquant leur recrutement au site inflammatoire, l'augmentation de leur adhésion aux cellules  environnantes  et  la  modulation  de  leur  apoptose  spontanée.  Ces  résultats concordent avec la détection de concentrations élevées d'IL-15  et la persistance des neutrophiles  dans  les  maladies  inflammatoires  comme  1'arthrite  rhumatoïde  et  la sarcoïdose. Il est toutefois possible de moduler 1'activation des neutrophiles par 1'IL-15 en utilisant la VAA-1. Par contre, l'expression de CD132 à la surface des neutrophiles est insuffisante pour que l'IL-21 module directement les réponses de ces cellules. L'IL-21 agirait indirectement sur le recrutement des neutrophiles en augmentant la sécrétion de chimiokines  par   les   macrophages.  La   caractérisation   des   interactions   entre   les neutrophiles, l'IL-15  et l'IL-21  permet une meilleure compréhension des mécanismes contrôlant   leur   activation  et   permettra  le   développement  d'outils   thérapeutiques
appropriés pour le traitement de maladies inflammatoires et auto-immunes.


identifier: Petrillo, Stéphanie Kristina  (2009). Caractérisation des dommages à l'ADN dans les follicules ovariens de rongeurs après une exposition à un agent chimiothérapeutique  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 121 p.

subject: ovaire follicule chimiotherapie cyclophosphamide reproduction fertilite

abstract:
Au cours  des  dernières  années,  il y a eu une augmentation  des  problèmes  de fertilité et un recul de l'âge  auquel  les femmes  ont leur premier  enfant. Cette période d'attente peut avoir des effets néfastes sur les ovaires puisqu'il s peuvent être exposés à de  nombreux   xénobiotiques   et  toxiques   qui  affectent   le  système   reproducteur.  Le nombre de gamètes  (follicules  ovariens  primordiaux)  contenu  dans  l'ovaire  est défini dès  la  naissance.   Chez   les  mammifères,   les  ovocytes   des   follicules   primordiaux constituent  un  type  cellulaire  unique,  bloqué  en  méiose  jusqu'à   l'ovulation. L'épuisement  de  cette  source  non  renouvelable   mène  à  la  ménopause  qui  est  un processus normal chez la femme.

Certaines  expositions  environnementales peuvent  induire  une  perte accélérée des  follicules   primordiaux  qui  résultent  en  un  arrêt  prématuré  et  permanent  de  la fonction   physiologique    de   l'ovaire,   la  ménopause   précoce.   Les  expositions   aux traitements  anti-cancéreux  (chimiothérapie et radiation  ionisante)  et le tabagisme sont connus   pour   la  destruction   des   follicules   ovariens  et  en  particulier   les  follicules primordiaux.  Par contre,  les mécanismes  responsables  de leur destruction  ne sont  pas bien connus.  Il a été suggéré que les dommages  à 1 'ADN  des gamètes  puissent être un mécanisme explicatif  éventuel. Toutefois,  l'existence de mécanismes de réparations des dommages  à  l'ADN   au  sein  des  follicules   est  inconnue.    De  plus,  la structure  de l'ovaire   et  la  dispersion   hétérogène   des  follicules  font  en  sorte  qu'il   est  difficile d'évaluer la réserve ovarienne ou encore d'évaluer  la qualité des gamètes après des expositions  néfastes.

Dans cette étude, un système  de culture d'ovaires in vitro de rongeurs nouveaux-nés  et  des  expériences  in  vivo utilisant  des  souris  ont  été  employés  afin d'étudier   la  capacité  des  ovocytes  à détecter  les dommages  causés  à  l'ADN.  Nous avons utilisé le cyclophosphamide  (CPA), un agent chimiothérapeutique alkylant couramment  utilisé,  comme exemple  concret  et reconnu d'une exposition  ovotoxique. La moutarde  phosphoramidée  (MP),  le métabolite actif du CPA, induit des dommages à l'ADN  (incluant  les cassures à doubles  brins) dans les cellules cancéreuses.  La MP a aussi été identifiée comme étant le métabolite  ovotoxique  responsable  d'effets  néfastes (ex.  infertilité  et  ménopause   précoce)  chez  les  femelles  exposées  aux  agents  anti-cancéreux.   La  comparaison   de  différentes  concentrations   de   MP   nous  a  permis d'identifier la  plus  faible  concentration  qui  induit  la  perte de  follicules  primordiaux chez  les souris  el  les  rattes.  Nos expériences   in  vivo avec  le  CPA  ont  permis  de déterminer  les doses  qui  causent  une  perte  de  follicules  primordiaux  chez  les souris CD-1.   Des  analyses   histologiques   incluant   le  comptage  de  follicules   ont  mis  en évidence le fait que la MP détruit différents types cellulaires selon  le stade  folliculaire. Les cellules  germinales  (ovocytes)  des  petits  follicules  sont  ciblées  par la MP et  les cellules  somatiques  (cellules  de la granulosa)  sont  ciblées  dans  les grands  follicules. Nous avons aussi déterminé  que les cassures  d'ADN  à doubles  brins (DSB) semblent, au moins, en partie  responsable  des effets  ovotoxiques  de la MP au niveau des petits follicules. De faibles concentrations  de M P (0, 1-30  uM} ont diminué  significativement le nombre de follicules  primordiaux et petits primaires chez les ovaires  des souris CD-1 et   rattes  Sprague-Dawley  in vitro.  De  plus,   une  dose  de  CPA   (250 mg/kg)   a significativement   réduit  le nombre de  follicules  primordiaux  dans  les souris CD-1  in vivo 24 h après  l'exposition. Les DSBs sont  présentes  à des concentrations égales  à celles qui diminuent  significativement le nombre de follicules primordiaux. Les DSBs étaient présentes dans les petits follicules de manière proportionnelle à la concentration de MP. Elles étaient aussi présentes avant que la perte de follicules soit évidente (12-24 h) et persistent  aux  points de temps où  la perte était achevée (8  jours).  Ces résultats m'ont  permis de montrer qu'il  y existe une différence de sensibilité  entre les espèces et les souches à la MP,  mais que cette différence  est liée à une différence  physiologique des ovaires et non à une différence  de métabolisme  hépatique. Ils ont aussi démontré d'une manière concrète  que  les follicules  peuvent  détecter  les dommages à l'ADN  et possèdent  peut  être  des  mécanismes   de  réparations.   Les  résultats   présentés  dans l'article  et l'annexe suggèrent  que les toxiques  qui ciblent les petits follicules agissent
avec un mécanisme commun, les DSBs.


identifier: Picard-Aitken, Michelle  (2006). Évaluation de l'expression des déiodinases comme biomarqueurs moléculaires d'une modulation des hormones thyroïdiennes chez le doré jaune (sander vitreus)  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 124 p.

subject: recepteur interleukine phagocytose apoptose neutrophile cytokine

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Des délais de 3-4 ans ont été observés dans la maturation sexuelle des dorés jaunes femelles  (Sander vitreus) exposées  à  des  modulateurs  endocriniens  (ME)  dans  la Rivière des Outaouais. En raison du rôle que jouent les hormones thyroïdiennes (HT) dans 1'initiation de la maturation ovarienne des poissons, un dérèglement des HT était alors suggéré. Le doré jaune est un grand prédateur, et représente ainsi un nouveau modèle d'étude des HT chez les poissons.

Les objectifs de cette étude étaient de déterminer si les taux d'HT  étaient modulés chez les dorés jaunes immatures exposés aux ME dans la Rivière des Outaouais, et de développer   un   nouveau   biomarqueur   moléculaire,   en   clonant   et   en   mesurant l'expression  hépatique des déiodinases. Deux déiodinases, les types 1 et II (Dl, D2) convertissent la pro-hormone thyroxine (T4)  en hormone active triiodothyronine (T3), tandis que la déiodinase de type III (03)  inactive ces deux hormones.

Les dorés jaunes immatures ont été capturés à Rivière Blanche, situé en aval des émissaires des effluents municipaux d'Ottawa  et de Gatineau, et à Plaisance, en aval des effluents d'usines  de pâtes et papier, ainsi qu'à un site de référence (Deep River). Le taux plasmatique de T4  était plus du double chez les dorés jaunes de Plaisance, tandis que les taux de T3 étaient plus élevés d'un facteur de 1,5 aux deux sites en aval, comparativement  à ceux  de  Deep  River. De  plus,  le  ratio  molaire  de  T3:T4   était
diminué  de  50%  chez  les  individus  pêchés à  Plaisance. Les  trois déiodinases  ont ensuite été clonées et localisées dans les tissus du doré jaune, et leur expression a été évaluée dans le foie des individus de la Rivière des Outaouais. La seule différence observée fut à Rivière Blanche, où le taux hépatique d'ARNm  de 02 chez le doré jaune était  plus  élevé  que  celui  des poissons  des autres  sites.  Les résultats  de ce nouveau biomarqueur moléculaire diffèrent de ce qui serait attendu selon le mode de régulation  des déiodinases  par  la T3 présenté dans  la littérature,  et  suggèrent  que d'autres   paramètres   doivent   être   évalués   afin  de   cibler   l'effet   des  ME  dans l'environnement sur la cascade des HT des poissons. Par contre, le site de Plaisance se démarque  au niveau de la modulation des HT, ce qui suggère que les effluents  des usines de pâtes et papier pourraient être responsables de cet effet, et contribuer  au retard  dans  la  maturation  sexuelle  des  femelles.  Ces  travaux  mettent  en  exergue l'intérêt d'étudier  le système thyroïdien du doré jaune en tant que modèle de grand prédateur, et présentent les déiodinases comme nouvel outil d'étude chez cette espèce.


identifier: Pittet, Sandra  (2011). Diminution de l'activité de la télomérase par des mécanismes dépendants du récepteur Ah (hydrocarbures aromatiques polycycliques) dans des cellules mammaires cancéreuses humaines  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 120 p.

subject: cancer sein

abstract:
Le cancer du sein est la tumeur maligne féminine la plus importante à l'échelle mondiale et elle est surtout diagnostiquée dans les pays occidentaux. Même si de nos jours cette maladie est l'une des plus étudiée et qu'elle est conserve un bon pronostic, le cancer du sein fait des millions de victimes à travers le monde et l'étiologie demeure inconnue. Les polluants organiques persistants (POP) sont des composés lipophiles et ubiquitaires dont la présence dans notre environnement découle entre autres du développement industriel et comme ceux-ci se bio-accumulent dans la chaîne alimentaire, on les retrouve dans les tissus adipeux humains telle que la glande mammaire et il a été suggéré que les POP soient des agents procarcinogènes. Des études épidémiologiques de même que des études fondamentales effectuées avec des modèles de rongeurs ont toutefois démontré un rôle équivoque de ces polluants dans le développement de ces cancers chez l'humain, de sorte qu'il demeure impossible de statuer sur les effets des POP en ce qui à trait à la cancérogénèse mammaire humaine.

Un nombre croissant de travaux démontrent également que le récepteur des hydrocarbures polyaromatiques (Ah), classiquement associé aux effets pro-cancérigènes d'une sous-classe de POP, les  hydrocarbures poly- et  halogénés (PAH et  HAH), peut  induire  des  effets  anti cancérigènes. À cet effet, des résultats préliminaires ayant été obtenus dans notre laboratoire ont démontré que l'exposition de la lignée cellulaire mammaire humaine MCF-7 à un mélange de ligands du récepteur Ah inhibe tant la prolifération cellulaire que l'activité de la télomérase, une enzyme clé permettant la survie prolongée des les cellules cancéreuses. L'étude qui en a découlée est présentée dans ce mémoire et l'hypothèse générale avancée est que le récepteur Ah est essentiel aux effets anti-cancérigènes induits par les PAH et les HAH. L'objectif principal est  de  démontrer le  lien mécanistique entre l'activation du  récepteur Ah par  ses  ligands exogènes et l'inhibition de la prolifération cellulaire et de l'activité de la télomérase, deux paramètres majeurs parmi ceux influençant la cancérogénèse.

À l'instar de résultats obtenus avec la lignée mammaire MCF-7, l'exposition des lignées T47D et MDA-MB-231 à la 2,3,7,8-tétrachlorodibenzo-p-dioxine (TCDD), le plus fort ligand du récepteur Ah, inhibe la prolifération cellulaire et l'activité de la télomérase chez ces deux lignées mammaires humaines qui expriment le récepteur Ah. L'exposition des cellules T47D à d'autres solutions, composées de ligands du récepteur Ah tel des biphényles, furanes et dioxines

polychlorés (PCB, PCDD et PCDF), a également engendré un ralentissement de la prolifération cellulaire et une diminution l'activité enzymatique de la télomérase. L'exposition des cellules de neuroblastome humain SH-SY5Y, qui n'expriment pas le récepteur Ah, a quant à elle été sans effet sur la prolifération cellulaire et l'activité de la télomérase, ce qui à appuie l'hypothèse selon laquelle les effets anti-cancérigènes observés sont induits par les ligands du récepteur Ah lorsque le récepteur est exprimé.

La lignée cellulaire sélectionnée à titre de modèle sont les cellules mammaires T47D et les expériences subséquentes ont révélé la diminution du niveau du récepteur Ah dans la fraction cytoplasmique des cellules exposées à la TCDD, ce qui est corrélé à la diminution des niveaux d'ARNm de la sous-unité catalytique de la télomérase (hTERT), la sous-unité du complexe enzymatique reconnue comme l'élément limitant de l'activité enzymatique. Des éléments  de réponse spécifiques au récepteur Ah, les inhibitory Dioxin Response Elements (iDRE), ont été détectés dans la séquence du gène TERT et les expériences de retard sur gel (EMSA) ont mises en évidence la liaison du récepteur Ah avec ces séquences lorsque les  cellules sont exposées à la TCDD. De plus, il a été observé que l'induction de la  diminution quantitative significative des niveaux d'expression du récepteur Ah (knock down), réalisée à l'aide d'ARN interférents (siRNA) entraîne la perte de l'effet inhibiteur de la TCDD sur la prolifération cellulaire
et la transcription de la sous-unité hTERT, ce qui confirme la nécessité du récepteur Ah dans les effets anti-cancérigènes observés. L'implication d'autres protéines comme Akt et Erb82 a également été démontré, tout comme de nombreuses modulations post-traductionnelles.

Dans  l'ensemble, les  résultats  présentés  dans  ce  mémoire  démontrent le  potentiel anti cancérigène du récepteur Ah, ce qui appuie la littérature émergente qui met en évidence un nouveau rôle  pour  le  récepteur Ah. En  effet, nos  travaux démontrent que  l'activation du récepteur Ah inhibe l'activité enzymatique de la télomérase et freine la prolifération cellulaire et ce, en absence de cytotoxicité. Cette étude est en soi une preuve de concept qui permet d'affirmer que le récepteur Ah est au cœur de voies signalétiques d'importances majeures et qu'il est une nouvelle cible thérapeutique potentiellement exploitable dans la lutte et la résolution de cancers mammaires chez l'humain.


identifier: Plante, Isabelle  (2006). Les mécanismes de régulation hépatique de la connexine 32 lors de l'hépatocancérogenèse induite par l'hexachlorobenzène chez le rat femelle  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 184 p.

subject: hexachlorobenzene cancerigene hcb ilk cancerogenese

abstract:
L'hexachlorobenzène (HCB) est un cancérigène épigénétique largement répandu dans l'environnement.  Il a été démontré qu'une exposition de cinq jours à l'HCB rend les rats femelles plus susceptibles au développement de tumeurs hépatiques que les mâles, suite à l'injection d'un initiateur de tumeurs 95 jours plus tard.  Les cancérigènes épigénétiques peuvent favoriser le développement de tumeurs en inhibant les interactions intercellulaires.  Les jonctions adhérentes sont impliquées dans l'interaction entre les cellules et dans la signalisation intracellulaire.   Elles sont formées d'un  complexe de protéines  cytoplasmiques  lié  à   une  famille  de  protéines  transmembranaires,  les cadhérines.   Les jonctions lacunaires permettent la communication directe entre des cellules adjacentes. Elles sont formées de canaux cylindriques, composés par une famille de protéines appelées connexines.
Des travaux antérieurs ont démontré que l'HCB inhibe la communication intercellulaire par les jonctions lacunaires et l'expression des connexines hépatiques uniquement chez les femelles traitées à l'HCB.  Aucune diminution n'a été détectée chez les mâles.   Un dimorphisme sexuel a aussi été observé au niveau des connexines hépatiques chez le rat : les mâles ont des niveaux basaux de connexine 32 plus élevés que les femelles, mais des niveaux de connexine 26 plus bas.
L'objectif principal de ce projet était de déterminer les mécanismes de régulation hépatique de  la connexine 32  chez  les  rats, plus particulièrement chez  les femelles exposées à l'HCB. Cet objectif comportait trois volets: (1) déterminer si l'expression de la E-cadhérine est inhibée chez les femelles traitées à l'HCB, et si cette inhibition est due à une activation de la voie de signalisation de la kinase liée aux intégrines (« Integrin Linked kinase », ILK), une voie reconnue pour réguler la E-cadhérine ; (2) confirmer, à l'aide d'un modèle in vitro l'implication de la voie de l'ILK dans la régulation de la E cadhérine et de la connexine 32;  et (3) caractériser la régulation transcriptionnelle de la connexine 32 en étudiant la liaison des facteurs de transcription sur son promoteur, lors de l'exposition à l'HCB et au niveau basal.
Les travaux réalisés dans le cadre de ce projet ont démontré qu'une exposition à l'HCB active la voie de signalisation de l'ILK chez les femelles, mais pas chez les mâles. Cette activation résulte en l'inactivation de la GSK3, ce qui diminue l'expression de la E-cadhérine. Parallèlement, l'ILK active la protéine Akt, qui transloque dans le noyau et inhibe  l'expression   de  la  connexine  32  en  diminuant  la  liaison  d'un   facteur  de transcription sur son promoteur.   La liaison d'un autre facteur de transcription est également  inhibée;   ce  facteur  se  lie  dans  la  séquence  basale du  promoteur et  est également impliqué dans le dimorphisme sexuel basal dans J'expression de la connexine
32 hépatique.   L'inhibition de la liaison de ces deux facteurs amène une baisse de l'expression de la connexine 32.
Globalement, en activant une seule voie de transcription l'HCB prédispose les rats femelles au développement de tumeurs hépatiques en inhibant à la fois les jonctions lacunaires, via une inhibition de la connexine 32, et les jonctions adhérentes, via une inhibition de la E-cadhérine.  Ces travaux proposent une donc une voie de signalisation, allant du cytoplasme de la cellule jusqu'à  une action nucléaire, pouvant expliquer la baisse des interactions cellule-cellule via une inhibition concomitante des jonctions lacunaires et  adhérentes.    Étant  donné  que  l'activation  de  la  voie  de  l'ILK  est  un événement courant dans la cancérogenèse et que l'inhibition des interactions intercellulaires  l'est   également,   ce   mécanisme   pourrait   être   présent   lors de la cancérogenèse dans d'autres tissus que le foie.