identifier: Plazas-Gomez, Carolina  (2012). Rôle de la proteine tyrosine phosphatase SHP-1 dans la biogenèse du phagolysosome  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 92 p.

subject: phagosome

abstract:
Dû à son rôle dans  l’immunité innée  et à sa participation  dans  l’immunité acquisele, macrophage  est  une  des  cellules  les  plus  étudiées  dans  le  système  immunitaire.  Le phagosome est un organite fondamental à la réponse immunitaire chez plusieurs animaux, ainsi   que   pour   l’acquisition   de   nutriments.    La   biogenèse   et   la  maturation   du phagolysosome  ont  été étudiées  pendant  plusieurs années,  mais  les  mécanismes  que régulent  la série d’évènements  permettant une telle maturation ne sont pas tout à fais connus. Parmi les protéines impliquées dans la biogenèse du phagolysosome et dont le rôles  sont  encore  inconnus,  nous  retrouvons  plusieurs  phosphatases,  notamment  la protéine  tyrosine  phosphatase  contenant  le  domaine  SH2  1  (SHP-1).  Cette  protéine tyrosine phosphatase, typique des cellules hématopoïétiques, est connue pour avoir un rôle  dans  la  régulation  de  certaines  voies  de  signalisation  pertinentes  à  la  réponse immunitaire, dont la voie des Janus kinases et le transducteur du signal de la transcription (JAK/STAT).

Pour évaluer le rôle  de SHP-1  lors de la biogenèse  du phagolysosome,  nous  avons travaillé avec des cellules déficientes en SHP-1. Ces cellules nous ont permis d’identi  er les aspects de la formation du phagolysosome qui dépendent du rôle de SHP-1. Chez les cellules déficientes en SHP-1,  les endosomes précoces ne semblent pas être affectés par l’absence   du   SHP-1.  Nos  travaux  ont  démontré  que  SHP-1  est  nécessaire  pour l’acquisition de certaine marqueurs de maturation du phagosome, ainsi que pour l’acquisition de protéines  impliquées dans l’acidi cation de cet organite,  une des caractéristiques microbicides les plus importantes du phagosome. De plus, nos résultats démontrent que  l’index de phagocytose est aussi altéré  dans  lecesllules déficientes en SHP-1, suggérant un rôle pour SHP-1 dans l’internalisation de particules.

Nous proposons ici un modèle où SHP-1 joue un rôle de régulateur de la fusion des endosomes  tardifs  avec  les  lysosomes.  Nos  résultats  suggèrent  que  SHP-1  régule l’acquisition  des  pompes protoniques  et  de  petites  GTPase qui  sont  nécessaires  à la maturation du phagosome en phagolysosome.   D’avantage d’expériences restent  à être réalisées afin de déterminer si SHP-1 agit au niveau de la maturation du phagosome via
son activité de phosphatase, ou plutôt comme protéine adaptatrice, tel que suggéré par des
études antécédentes.


identifier: Plouffe-Malette, Mireille  (2011). Détermination des effets de L'intensité de l'activité agricole sur le développement et l'intégrité du système reproducteur des populations de ouaouaron (Lithobates catesbeianus) du bassin versant de la rivière Yamaska  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 102 p.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

subject: gamete gonade riviere barbue

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Les causes du déclin mondial des amphibiens sont présentement incertaines, toutefois,  plusieurs  études  en  laboratoire  suggèrent  que  la  contamination agricole est l'une des causes probables. Il a été montré que l'exposition à de faibles concentrations des pesticides les plus fréquemment retrouvés dans les eaux  de  surface cause  des  effets néfastes au  système reproducteur. Dans l'étude présente, des ouaouarons (Lithobates catesbeianus) adultes et têtards ont été recueillis à plusieurs sites de reproduction dans le bassin versant de la rivière Yamaska entre 2004 et 2009. Les sites d'échantillonnage présentent une intensité agricole faible, modérée ou élevée selon le pourcentage de terre en culture avoisinant le plan d'eau; s 19 %, 20-59 %, 60 %. Des têtards ont également été achetés de Boreal Northwest et ont été gardés en captivité à titre de contrôles. Les têtards ont été classés selon leur stade de développement, puis 	leurs	mesures	morphométriques	ont	été 	prises 	et	le	complexe néphrogonadal a été prélevé. Chez les adultes, les mesures morphométriques, un  échantillon de  sang  et  les  testicules  ont  été  prélevés.  L'intégrité  et  le développement du complexe néphrogonadal des têtards et d'un testicule des mâles adultes ont été évalués en histopathologie. L'autre testicule a été utilisé pour  le  dosage  du  niveau  de  récepteurs  à  œstrogène  alpha  (a-ER)  par immunobuvardage de type Western. Tant chez les adultes que chez les têtards, les mesures morphométriques observées se sont avérées inférieures aux sites à intensité agricole modérée et élevée, souvent de façon significative, exception faite du site rivière Pot-au-Beurre. Trois niveaux d'intégrité testiculaire ont été déterminés,  soit  les  testicules  normaux,  à  dégénérescence  précoce  et  à dégénérescence  avancée. La  dégénérescence précoce  est  caractérisée par l'absence de kystes de spermatogonies le long de la paroi du lobule qui se résulte en espaces vides, tandis que la dégénérescence tardive est caractérisée par  l'absence  de  structure  lobulaire  et  la  présence  de  débris  cellulaires. L'incidence	de 	dégénérescence	testiculaire	précoce a significativement augmenté aux sites à intensité agricole modérée et élevée exception faite du site rivière  Pot-au-Beurre. La dégénérescence  testiculaire  avancée,  quant à elle, a seulement  été observée  aux sites rivière  Yamaska  et rivière à  la Barbue  avec une  incidence  respective  de  6,9 et  26,7  %. L'expression  d'a-ER  a augmenté significativement chez les animaux des sites à intensité agricole élevée. Chez les têtards  des  sites  a  intensité  agricole  élevée,  la  différenciation  sexuelle  s'est avérée différée et les ratios sexuels se sont avérés débalancés plus souvent que chez les têtards en captivité  et des sites référence. Chez les têtards mâles, le compte de gamètes montre des tendances  inconsistantes  et non significatives. Toutefois, plusieurs ovocytes testiculaires ont été observés chez les têtards des sites à intensité agricole élevée, alors qu'aucun n'a été observé chez les têtards des sites référence. Le développement  des gamètes avancés a été retardé chez les  têtards  femelles  des  sites  à   intensité  agricole   modérée  et  élevée  en comparaison à ceux des sites référence et aux têtards en captivité. Globalement, les résultats de l'étude suggèrent que le développement  et l'intégrité du système reproducteur  est affecté négativement  par la contamination  agricole  du bassin versant  de  la  rivière  Yamaska.  Aussi,  les  effets  observés  suggèrent  que  la contamination   agricole   contient   des   perturbateurs   endocriniens   importants, l'évaluation plus approfondie des sources de contamination serait toutefois utile
pour l'interprétation des résultats.


identifier: Potvin-Barakatt, Julie  (2008). Étude de procédés complémentaires au traitement aérobie thermophile du lisier de porc  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 127 p.

subject: Quebec reacteur-biologique sequentiel bioreacteur

abstract:
La   production   porcine   au   Québec   a  des   retombées   économiques   importantes   en agriculture  mais n'est  pas sans  conséquences  sociales  et environnementales. Le traitement  du lisier de porc devient essentiel afin de réduire les odeurs nauséabondes, la dissémination de pathogènes ainsi que l'eutrophisation des lacs et des rivières. Notre laboratoire travaille à l'étude et  au  développement   d'un   traitement   aérobie  thermophile  auto-chauffant   de  type  réacteur biologique  séquentiel  (AT-RBS)   dans  le  but  d'éliminer  une  grande  portion  des  polluants retrouvés dans le lisier, soit les micro-organismes  pathogènes, les mauvaises odeurs ainsi qu'une charge considérable de matériel organique, d'azote  et de phosphore.
Pour compléter  le traitement  afin de permettre  une recirculation  de 1'eau pour de futurs
lavages  de  la  porcherie  ou  un  rejet  dans  les  cours  d'eau  sans  conséquence,  deux  réacteurs biologiques séquentiels (RBS) d'une  capacité d'un  litre alimentés avec l'effluent du AT-RBS et opérés  à température  pièce ont  été  optimisés  dans  le  but  de  premettre  l'élimination soit  des composés carbonés et azotés (RBS-1), soit des composés carbonés, azotés et phosphorés (RBS-2) résiduels suite au traitement  AT. Les performances globales des deux RBS ont été déterminées par l'analyse  des concentrations  résiduelles  en acides  gras  volatils  (AGV),  phosphore  soluble (RBS-2 uniquement), azote ammoniacal,  nitrate et nitrite, et par le suivi de la demande chimique en oxygène  (DCO).  Le  RBS-1,  optimisé  pour  effectuer  la  nitrification  et la dénitrification,  a montré une bonne élimination  de l'ammoniac en nitrate, mais une transformation  du nitrate en azote moléculaire incomplète.• Le RBS-2, optimisé pour effectuer simultanément  la nitrification, la dénitrification  et la déphosphatation,  a montré une bonne diminution  de la DCO, des acides gras volatiles (AGV) ainsi que du phosphore et des composés azotés.
La composition de la communauté  microbienne des boues activées du RBS-2 a été étudiée
en  portant  une  attention  particulière   aux  organismes  accumulateurs   de  phosphore   (PAO  : phosphorus accumulating  organisms).  La technique d'hybridation fluorescente  in situ (FISH) a permis de révéler que près de 50% de la communauté  bactérienne était constituée de la bactérie
'Candidatus  Accumulibacter phosphatis', une bactérie présumée PAO appartenant à la classe des fJ-proteobacteria. Par  ailleurs,  l'étalement de  la  biomasse  du  RBS-2  sur  géloses  sélectives  a permis  d'obtenir   plusieurs  isolats,  mais  aucun  n'appartenait  à  'Candidatus  Accumulibacter phosphatis'. Une tentative d'isolement de la bactérie 'Candidatus  Accumulibacter  phosphatis'a été  accomplie  en  séparant  les  bactéries  selon  leur  densité  sur  un gradient  de  Percoll.  Après centrifugation,  les 9 mL de Percoll ont été séparés en fractions  de 0,5  mL. Un PCR avec des amorces ciblant spécifiquement  l'ADNr 16S de 'Candidatus  Accumulibacter  phosphatis'  fait sur chacune  de  ces  fractions  a démontré  la  présence  de  cette  bactérie  dans  toutes  les  fractions. Toutefois,  en se basant sur l'intensité du signal, la bactérie ciblée s'est  révélée plus abondante dans les fractions les plus denses du gradient, soit celles du dessous. Une coloration  spécifique des  granules  de  polyphosphates   présentes  dans  les  cellules  a  aussi  montré  une  plus  grande présence de ces dernières  dans les fractions  basales. Ces fractions ont été étalées sur géloses et incubées  dans  différentes  conditions   physiologiques   (aérobie,  anaérobie,  microaérobie).  Les isolats obtenus ont été analysés par PCR et aucun n'a démontré une appartenance  à 'Candidatus Accumulibacter phosphatis'.
Finalement,  une  génothèque  a  été  élaborée  à  partir  d'un  échantillon  représentatif  de
l'ADN   provenant  de la  biomasse  du  RBS-2,  en  utilisant  des  amorces  ciblant  spécifiquement
'Candidatus Accumulibacter  phosphatis'  afin de vérifier la diversité  bactérienne  ciblée par ces amorces.  Sept  clones  ont  été  obtenus,  tous  étant  phylogénétiquement   très  rapprochés  des séquences  bactériennes  utilisées  pour  construire  les  amorces,  soit  des  fi-proteobacteria  non cultivés  nommés  'Candidatus  Accumulibacter   phosphatis'.   Ceci  suggère  fortement  que  des bactéries accumulatrices de phosphore colonisent le RBS-2.


identifier: Précourt, Louis-Philippe  (2005). Évaluation du potentiel probiotique de différentes souches de Lactobacillus kefiranofaciens  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 132 p.

subject: probiotique inflammation intestinale flore

abstract:
Le terme probiotique définit les microorganismes viables qui entraînent des effets bénéfiques pour la santé suite à leur ingestion. La compagnie Technologie Biolactis inc. a isolé de nouvelles souches de Lactobacillus kefiranofaciens des grains de kéfir, puis les a adaptées à fennenter le lactosérum pour créer une matrice protéique malléable (MPM). Des résultats obtenus avec la MPM ainsi que les effets bénéfiques traditionnellement attribués à la consommation du kéfir ont mené à une analyse plus approfondie du potentiel probiotique des différentes souches de Lactobacillus  kefiranofaciens. L'impact de ces souches sur la flore intestinale de souris saines a été évalué, de même que leur potentiel anti-inflammatoire dans un modèle animal d'inflammation intestinale induite au dextran sulfate ainsi que leur effet dans un modèle animal d'hyperlipidémie induite au poloxamer 407.
Les bactéries R2C2, INIX, BioSP et K2, de l'espèce kefiranofaciens, ont démontré la capacité de diminuer les colifonnes fécaux, potentiellement pathogènes, d'environ 50% après sept jours de gavage. Une légère augmentation des comptes de bactéries lactiques a été observée, de même qu'une faible diminution du pH fécal. Cependant, 24 heures après l'arrêt  des gavages, la présence d'ADN  bactérien de l'espèce  kefiranofaciens  dans les fèces des animaux n'a pu être détectée par un test de PCR avec des amorces spécifiques. La bactérie R2C2, avec laquelle ces tests ont été réalisés, n'a donc pas semblé pouvoir coloniser l'intestin des animaux et y persister. De plus, la bactérie R2C2, lorsque pasteurisée, a perdu la capacité à moduler la flore intestinale, ce qui signifie que la viabilité de la bactérie est un facteur majeur pour cet effet.
Parmi les différentes souches évaluées, R2C2 et BioSP ont démontré des bénéfices dans le modèle d'inflammation  intestinale, réduisant la perte de poids et facilitant la récupération post-inflammatoire, diminuant les scores de consistance et de présence de sang dans les fèces et préservant l'intégrité du côlon. Malgré le fait que les bactéries INIX et  K2 soient très rapprochées phylogénétiquement de  R2C2 et  BioSP, elles se sont avérées sans effet protecteur dans le modèle d'inflammation intestinale. Ceci implique que les effets bénéfiques d'une  bactérie sont spécifiques à chaque souche. De manière intéressante, la bactérie R2C2 pasteurisée a démontré des propriétés anti-inflammatoires comparables  à celles  de  la  bactérie  viable. Ceci  implique  que  des composantes  de la bactérie sont possiblement reconnues par les cellules immunitaires au long de l'intestin  et entraînent ainsi la production de marqueurs anti-inflammatoires. L'effet  protecteur de la bactérie R2C2 a aussi été similaire à celui du 5-ASA, un médicament très utilisé dans les maladies inflammatoires de l'intestin  chez l'humain.
Les bactéries R2C2 et INIX ne se sont pas montrées en mesure de réguler le métabolisme des lipides dans le modèle animal d'hyperlipidémie. Par contre, la MPM, du lactosérum fermenté par R2C2, a réduit les niveaux de triglycérides induits au poloxamer
407.  Les  peptides   générés  durant  le  processus  de  fermentation   sont   possiblement responsables de cet effet.
En conclusion, la capacité de certaines des bactéries étudiées à moduler la flore intestinale ainsi que leurs propriétés anti-inflammatoires en font des candidats intéressants comme probiotiques aidant à maintenir une fonction digestive saine.


identifier: Prime, Joanna  (2005). Mesure de la longueur des télomères : un outil de détermination de l'âge des cétacés applicable aux recherches en écotoxicologie  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 83 p.

subject: telomere trf cetace

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.

L'âge chez les animaux sauvages est toujours un paramètre difficile à estimer pour les scientifiques  de  terrain.  La technique  habituellement  utilisée  consiste  à compter  le nombre de couche  de dentines  présentes  dans  les dents  de animaux.  La difficulté  est accrue pour les mammalogistes marins travaillant sur les cétacés, et plus particulièrement sur les mysticètes, qui possèdent des fanons. Le but de cette étude a été de mettre en place une  nouvelle  méthode  de  biologie  moléculaire   permettant  de  déterminer  1'âge  des animaux, en analysant leurs télomères.
Les télomères  constituent  la partie terminale des chromosomes  et rétrécissent  à chaque division  cellulaire.  Nous avons donc  tenté d'établir  une courbe  étalon du type TRF = f (âge)  où  TRF  (abréviation  anglaise  pour  Telomere Repeat  Fragment)  est  la longueur des télomères, à partir d'animaux d'âge  connus. L'échantillonnage s'est fait sur deux espèces  de cétacés  fréquentant  le Saint-Laurent,  Québec, Canada.  Les  baleines à bosse de 1'Atlantique Nord dont 1'aire de chasse estivale se situe à Mingan (MIN) et les bélugas de  la population  de l'estuaire du Saint-Laurent  (ESL).  L'ADN  est extrait  des cellules épidermiques, digéré par les enzymes de restriction Rsal et Hinfl et les fragments sont séparés selon leur taille par gel d'agarose  non-dénaturant 0,7 %. Ils sont ensuite transférés  sous  vide  sur  une  membrane  de  nitrocellulose  et  hybridés  à  une  sonde
(CCCTAA)4 radiomarquée au 32P. L'analyse par Phosphor Imager nous permet de définir

un paramètre estimant  la longueur des télomères  pour chaque individu selon l'équation TRF  (pb)  = " O.D.ï 1 " (0.0./M.W.ï), où  TRF  est  la  longueur  des  fragments télomériques, O.D.ï est l'intégration  du signal dans l'intervalle  i et M.W.ï est la longueur
du fragment télomérique à mi-distance de l'intervalle  i.

Les  résultats  obtenus   nous  permettent  d'identifier   pour  la  première  fois  la séquence  des télomères  de  bélugas  ainsi  que celle  des  baleines  à  bosse, à savoir  une répétition  de  l'hexanucléotide  TTAGGG.   Chez   les  baleines  à  bosse,  les  analyses statistiques ne montrent pas de corrélation entre l'âge  des animaux et la longueur de leur
télomères.  Cependant,  on constate  une tendance  à la diminution  (TRF  = -43  x âge + 9766 ; r =-0,363 ; p =0,246 ; n = 12). Cette diminution a également été observée lors de l'analyse  de perte annuelle de télomères sur des échantillons d'animaux  d'âge  inconnu (a=-15  pb/an ± 352). Chez les bélugas, les analyses ne montrent aucune corrélation  entre ces deux variables (TRF = 11,71 x âge+ 16006; r =0,658; p =0,755; n =25). Les essais TRAP effectués sur deux biopsies de bélugas vivants de 1'ESL nous montrent une activité de  1'enzyme  télomérase,  responsable  de  1'élongation  des  télomères.  Malgré  le  suivi annuel depuis 1979 de la population de baleines à bosse, ce sont des animaux migrateurs et  il reste  difficile  d'obtenir des  données  individuelles  Le  nombre  d'échantillons  de baleines à bosse utilisés dans cette étude est faible et il serait intéressant de poursuivre de telles études sur un échantillon de population plus grand. Concernant  les bélugas, l'étude pourrait être approfondie en travaillant sur des animaux vivants, d'âge  connu, en détectant l'activité télomérasique  et en la reliant  à une analyse toxicologique.  Un échantillon  de bélugas d'Arctique  pourrait être étudié en parallèle et servir de contrôle négatif.
Cette méthode a permis d'ouvrir  la voie à l'étude  de l'âge des cétacés en utilisant des outils moléculaires. Il reste à approfondir  les connaissances  dans ce domaine  et ce type d'étude, malgré la difficulté d'obtenir  de grandes quantités d'échantillons.


identifier: Proulx, Julie  (2008). Rôle et régulation du transporteur SitABCD pour la virulence et la résistance au stress oxydatif chez la souche uropathogène CFT073  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 126 p.

subject:
infection
urinaire
escherichia coli
transport
fer
manganese
proteine

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Les infections du tractus  urinaire  (ITUs)  constituent l'une des infections  bactériennes les plus  courantes.  Elles  sont  causées,   dans  la  majorité   des  cas,   par  certaines  souches d' Escherichia  coli (souches  uropathogènes ou  extraintestinales). Les souches  d'E. coli uropathogènes  sont   en   effet   responsables  de   plus   de   80%   des   complications  qui surviennent  suite   à  ces   infections   (cystites,   pyélonéphrites).  Le   présent   projet   de recherche  avait  pour but de caractériser le rôle du transporteur SitABCD, un transporteur de  métaux  de  transition  (manganèse et fer),  dans  la virulence  et  la résistance  au  stress oxydatif  chez  une souche  uropathogène, ainsi que d'étudier plus en détailla régulation  de ce système.

La souche uropathogène E. coli CFf073, ayant été isolée d'un  cas de pyélonéphrite aiguë, a  été  utilisée  pour  l'infection de  souris  femelles  grâce  à un  modèle  d'ITU  ascendante. Cette  même souche  a servi  à l'étude du rôle du système  SitABCD dans  la résistance  au stress  oxydatif, réalisée  à l'aide de différents  produits  générant  des espèces  réactives  de l'oxygène,  tels   le  H202,  la  plumbagine,  la  phénazine   méthosulfate  et  la  phénazine éthosulfate.  Afin   d'étudier  la  régulation   du   système,  plus   précisément    le   rôle  du régulateur   OxyR,   des   vecteurs   fusionnant   le  promoteur   sitA  au  gène   lacZ  ont  été construits (nombre  de  copies  moyen  et  d'intégration) et  l'activité du  promoteur  a  été évaluée   chez   différents  mutants   et   ce   dans   différentes  conditions  de   croissance. Finalement, l'interaction entre la protéine  OxyR et le promoteur  de sitA a été directement évaluée  à l'aide d'un  test d'interaction.

Les  résultats   obtenus   démontrent  une  importance  significative  de  SitABCD  pour  la virulence,   seulement  lors  de  la  perte  simultanée  du  système   MntH   (transporteur de manganèse). Ces  données  suggèrent   un  rôle  partagé  entre  ces  deux  systèmes   pour  le transport  des métaux,  la résistance  au stress oxydatif  et la virulence.  Par ailleurs,  la perte de ces  deux  systèmes simultanément entraîne  une  augmentation de  la sensibilité de  la souche   au   stress   oxydatif,  qui   semble   être   plus   associée   au   H202.   Étant   donné l'implication du  H202,  le rôle d'OxyR, le régulateur  de  la réponse  à ce composé, a été
évalué.  La mesure du niveau d'expression du promoteur  de sitA, évalué  par le dosage  de la  -galactosidase, a suggéré  une augmentation de l'expression en présence de H202,  tant lors de la croissance  sur  milieu  riche ou pauvre en ions. L'interaction spécifique entre la protéine  OxyR  et le promoteur  sitA a donc  été étudiée.  Aucune  interaction directe  de la protéine OxyR au promoteur  sitA n'a été observée.

Les  résultats  obtenus  suggèrent   que  la  présence  des  systèmes   SitABCD et  MntH  est nécessaire  pour une pleine virulence  de la souche  UPEC CFT073 et la résistance  au stress oxydatif.  De plus, malgré  que l'ajout de H202  augmente  l'expression du promoteur  sitA en  se  basant  sur  les  résultats  d'expression des  fusions   transcriptionnelles, la  protéine OxyR,  régulateur  de la réponse  au H202,  ne semble  pas être impliquée directement dans cette régulation.


identifier: Rashidan, Kianoush Khajeh  (2005). Identification, characterization and phylogenetic analyses of genes encoding structural and regulatory proteins located within two conserved regions on the Choristoneura fumiferana granulovirus genome  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 254 p.

subject: insecticide biologique tordeuse lepidoptere

abstract:
L'utilisation des insecticides  biologiques  à risque  réduit est une alternative  acceptable aux insecticides chimiques. En effet, les problèmes associés à ces derniers, notamment au niveau   de   l'émergence   d'insectes   résistants, 	la   réduction   de   la   biodiversité    de l'entomofaune et les risques environnementaux,  sont minimisés voir même absents lors de  l'utilisation   des  insecticides   biologiques.   Ce  projet  s'intéresse  au  granulovirus Choristoneurafumiferana   un granulovirus  qui possède des caractéristiques  intéressantes comme  agent  de lutte  biologique.  Les  baculovirus  possèdent  un spectre  d'hôte  limité puisqu'ils  infectent principalement les insectes de l'ordre  des lépidoptères. Le ChfuGV se retrouve  spécifiquement   chez  la  tordeuse   des  bourgeons  de  l'épinette,  le  principal ravageur entomologique  des forêts résineuses de l'Est du Canada.  Cet insecte représente une menace économique importante pour l'industrie canadienne du bois. Les populations de la tordeuse des bourgeons de l'épinette sont caractérisées par des épidémies cycliques. Une meilleure compréhension des mécanismes impliqués lors de l'infection  des insectes par le ChfuGV  devrait  permettre  d'élaborer  des prescriptions sur son emploi  à grande échelle dans la lutte contre les populations de la tordeuse des bourgeons de l'épinette.

Les  interactions  entre  les  virus  et  les  cellules  hôtes  lors  des  infections  virales  sont largement  dépendantes  du rôle  de certaines  protéines.  Dans  ce contexte,  une caractérisation des protéines impliquées dans le processus d'infection des larves de la tordeuse  des  bourgeons  de  l'épinette  par  le  ChfuGV  pourrait  fournir  des  éléments importants  permettant  d'expliquer la spécificité  de cette entomopathogène.  Cependant, très  peu  d'informations  sont  connues  sur  la  composition  génomique  et  protéique  du ChfuGV.

Le génome baculoviral est constitué d'ADN double brin super-enroulé, variant entre 80 et 230 kb et codant pour environ 100 protéines. L'ADN est emmagasiné à l'intérieur d'une nucléocapside  protéique  laquelle  est  entourée  d'une  enveloppe  phospholipidique contenant  des  glycoprotéines   transmembranaires.   De  plus,  les  baculovirus   possèdent aussi une couche appelée tégument, située entre la nucléocapside et 1'enveloppe.

Dans  le  cycle  viral  des  baculovirus,  deux  phénotypes  structurellement   distincts  sont essentiels   pour  la  réplication   virale.  Il  s'agit   du  phénotype  BV  qui  est  un  virus bourgeonnant qui est présent dans la première phase d'infection du virus et du phénotype ODV qui est un virus inclus dans une matrice protéique nommée granuline (polyhédrine dans le cas des NPV) qui est produit lors de la deuxième phase de l'infection.  Les ODV peuvent persister longtemps dans l'environnement et sont responsables de la propagation du virus d'un  insecte à l'autre  et les BV sont responsables de la propagation du virus de cellule en cellules à l'intérieur de l'insecte.

Deux protéines majeures de la nucléocapside ont attiré notre attention lors de cette étude. Il  s'agit   des  protéines  ODVP-6e/ODV-E56 et  p74.  Il  s'agit   de  protéines  hautement conservées  chez les  baculovirus  et qui  sont  associées  avec  l'enveloppe de  phénotype ODV. Les protéines de la nucléocapside enveloppée ODV-6e/ODV-E56 et p74 ont été détectées  par une migration sur un gel SDS-PAGE  et les bandes de masses de 39 et 74 kDa ont été isolées, purifiée et les séquences partielles ont été obtenues par spectrométrie de masse. En se servant du programme BLAST et FASTA 3, ces séquences partielles ont
été comparées aux séquences connues des banques de données. Les séquences primaires similaires  récupérées correspondaient  à celles des protéines ODVP-6e/ODV-E56  et p74 retrouvées  chez  d'autres  baculovirus.  Des amorces  dégénérées  oligonucléotidiques ont été dessinées  à partir des séquences  primaires afin  d'identifier  et isoler,  par PCR,  les gènes  codant   pour  les  protéines  ODVP-6e/ODV-E56  et  p74  sur  les  fragments   de restriction  de l'ADN  génomique  du ChfuGV. Le gène codant  pour la protéine ODVP-6e/ODV-E56  a été localisé  sur le fragment  subgénomique  BamHI de  llkb et le gène codant pour la protéine p74 a été retrouvé sur le fragment subgénomique BamHI de 8,9 kb. Tous les ORF situés à l'intérieur  de la région du gènes odvp-6elodv-e56  et p74 du granulovirus de Choristoneurafumiferana ont été identifiés par séquençage du fragments de restriction BamHI de 11 kb et 8.9 kb sur le génome du ChfuGV. Les séquences  des tous les ORFs conservé à l'intérieur de la région odvp-6elodv-e56 et p74 sont comparées aux ORFs équivalents localisés au niveau de la même région dans d'autres GV.


identifier: Ratthé, Claude  (2008). Effects pro-inflammatoires de l'interleukine-4 sur les neutrophiles humains et dans un modèle d'inflammation in vivo  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 145 p.

subject: cytokine mecanisme moleculaire recepteur il-4 jak janus kinase socs inhibiteur murine

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
L'interleukine-4 est un membre de la famille des cytokines utilisant la chaîne de récepteur CD132,  qui  comprend  les  interleukines  -2, -4, -7, -9, -15  et  -21.  L'IL-4  possède  des propriétés anti-inflammatoires, ainsi que pro-inflammatoires.  Cette dualité amène parfois une certaine  confusion  quant  au potentiel  bénéfique  ou  néfaste de cette cytokine dans diverses situations  ou maladies inflammatoires.  Les neutrophiles expriment  le récepteur de type 1 de l'IL-4  composé  de la chaîne IL-4Ra  et de la chaîne yc. Chez ces cellules, l'IL-4  possède aussi une dualité anti- et  pro-inflammatoires et si certains effets d'IL-4  sur les neutrophiles  ont  fait  l'objet  d'études  antérieures,  les cascades  de signalisations  qui sont induites par cette cytokine, chez les neutrophiles, sont encore peu connues. De plus, aucune étude n'a vérifié le potentiel chimioattractant  de l'IL-4 sur les neutrophiles que ce soit in vitro ou in vivo.

Les  travaux  présentés  dans  ce  document  démontrent  tout  d'abord   que  l'IL-4   induit l'activation des cascades  de signalisations  Jak/STAT,  des MAP  Kinases  et la phosphorylation  de  Syk  chez  les  neutrophiles  humains.  L'IL-4  induit  auss1 l'augmentation de l'expression ainsi que l'ubiquitinylation de SOCS3, ce qui constituerait une    voie  de  régulation  négative  activée  par  cette  cytokine.  Ensuite,  des  expériences effectuées   à   l'aide    de   cellules   promyélocytes    PLB-985   différenciées   en   cellules semblables  aux  neutrophiles,  à  l'aide  de  DMSO,  nous  ont  permis  d'observer que  la présence IL-4Ra était, à elle seule, suffisante pour induire la plupart des cascades de signalisation observées et que l'augmentation de la protéine SOCS3 serait dépendante de la présence de l'enzyme NADPH oxydase. La troisième partie de nos expériences nous a permis  de  démontrer  que  l'IL-4   induit   la  chimioattraction   et  la  chimiokinèse   des neutrophiles in  vitro et qu'elle  augmente leur adhésion sur les cellules épithéliales A549. Finalement, l'IL-4  pourrait aussi permettre l'attraction des neutrophiles in vivo, puisque des études utilisant le modèle inflammatoire de la poche d'air  murine nous ont permis de voir un recrutement de neutrophiles et de monocytes/macrophages  au site d'inflammation après 9h de traitement avec l'IL-4.  Nous avons détecté la présence de plusieurs analytes inflammatoires dans les fluides récoltés des poches des souris dont des chimioattractants connus des neutrophiles comme LIX (CXCL5) ou des monocytes/macrophages comme MCP-1.  L'augmentation   de  l'expression   des   médiateurs  inflammatoires  précédait l'arrivée des leucocytes, laissant croire une implication d'autres  types cellulaires. Nous avons  démontré  que  les  cellules  tapissant  la  poche  d'air  exprimaient  la  chaîne  de récepteur IL-4Ra et qu'elles seraient probablement responsables de l'augmentation d'expression de LIX et de MCP-1, puisqu'on pouvait observer une augmentation de leur ARN messager, dans ces cellules, lors du traitement à I'IL-4. L'IL-4  induirait donc le recrutement de neutrophiles et de monocytes/macrophages dans le modèle de la poche d'air murine de façon indirecte, probablement par le biais des cellules tapissant la poche.


identifier: Raynal, Noel J. M.  (2008). Augmentation de l'effet anticancéreux de la 5-aza-2'-désoxycytidine par la génistéine  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 188 p.

subject: cancer traitement leucemie chimiotherapie poumon colon sein

abstract:
Ces dernières années ont connu une explosion des connaissances sur les modifications épigénétiques apparaissant dans les cellules cancéreuses. L'importance  de ces mécanismes dans le cancer a encouragé l'utilisation  clinique d'un inhibiteur de la méthylation de l'ADN nommé la 5-aza-2'-désoxycytidine (5-AZA-CdR). Ce médicament a un nouveau mécanisme d'action qui permet de réactiver les gènes suppresseurs et suscite beaucoup d'espoir pour le traitement chimiothérapeutique du cancer et son utilisation en  clinique a été autorisée pour le traitement des syndromes myélodysplasiques.

Les agents anticancéreux peuvent être utilisés en   combinaison afin d'augmenter l'efficacité de la chimiothérapie et de détruire les cellules cancéreuses  résistantes à un agent donné, sans augmenter la toxicité chez le patient. Cette dernière est généralement très élevée et elle représente un facteur limitant dans l'efficacité des médicaments.

La recherche effectuée dans le cadre de ce doctorat a pour objectif  d'augmenter l'efficacité  anticancéreuse de la 5-AZA-CdR en combinaison avec la génistéine. Plusieurs caractéristiques de la génistéine nous ontamenés à émettre l'hypothèse que la combinaison avec la 5-AZA -CdR pourrait présenter des avantages intéressants pour le traitement du cancer. Tout d'abord,  la génistéine est une isoflavone retrouvée dans le soja qui présente une activité  chimiopréventive. La génistéine est une molécule  non toxique utilisée depuis des culaire, elle possède une action  pléiotropique sur les mécanismes cellulaires. Comme cette molécule agit sur  plusieurs   voies  cellulaires en même temps, elle réduit la  probabilité  du développement de la résistance des cellules cancéreuses par rapport à l'utilisation d'un agent spécifique à une seule voie cellulaire.

Tout d'abord, nous avons évalué l'activité antileucémique in vitro et in vivo de la génistéine  utilisée  seule. Elle produit une activité antinéoplasique contre des lignées cellulaires de leucémies myéloïde et lymphoïde. De plus,le traitement de la génistéine sur des cellules leucémiques réactive des gènes suppresseurs  de tumeurs. Chez des souris leucémiques, une diète enrichie en génistéine produit un effet antileucémique modéré, mais significatif.

Dans un deuxième temps, nous avons étudié l'effet de la combinaison  de  la génistéine avec la 5-AZA-CdR. La combinaison  produit un effet anticancéreux  synergique  sur des lignées cellulaires  humaines  de leucémies  myéloïde et lymphoïde. La génistéine induit aussi une activité antileucémique contre des cellules résistantes à la 5-AZA-CdR.  Cet effet est augmenté quand la génistéine était utilisée en combinaison avec la 5-AZA-CdR. In vivo, cette combinaison prolonge le temps de survie des souris leucémiques, sans augmenter la toxicité de la 5-AZA-CdR. Ces résultats démontrent que la génistéine a le potentiel d'augmenter 1'efficacité  clinique  de la 5-AZA-CdR pour le traitement des leucémies.

Cette combinaison  possède aussi un potentiel anticancéreux contre des cellules du cancer du poumon, du sein et du colon. Ceci suggère que cette activité anticancéreuse  pourrait être appliquée à d'autres types de cancer. Les résultats précliniques démontrent  que la combinaison de  la génistéine et de la 5-AZA-CdR possède des   caractéristiques intéressantes pour la chimiothérapie  anticancéreuse. Une telle combinaison pourrait avoir un impact significatif en clinique, notamment pour des patients âgés qui ne peuvent pas supporter la trop grande toxicité des traitements anticancéreux.


identifier: Restieri, Concetta  (2006). Distribution phylogénétique des gènes d'autotransporteurs chez Escherichia coli  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 133 p.

subject: bacterie gene transporteur infection

abstract:
Escherichia coli est une bactérie faisant partie de la flore intestinale normale des humains et des animaux. Cependant, la diversité génétique de cette espèce confère à certaines souches la capacité de causer diverses maladies intestinales et extraintestinales. L'espèce E. coli peut être classée selon différents critères. La classification par pathotype regroupe les souches qui provoquent le même type de maladie. L'espèce E. coli peut aussi être classée selon sa clonalité en quatre groupes phylogénétiques majeurs (A, BI, B2 et
D).

Les autotransporteurs sont des protéines sécrétées par les bactéries Gram négatives ayant l'aptitude  de diriger leur propre excrétion à travers la membrane externe. Ces protéines ont toutes la même structure générale mais possèdent différentes fonctions et/ou différents rôles pour la virulence. Les molécules d'autotransporteurs sont divisées en trois domaines:  le domaine a.  ou N-terminal permet au précurseur protéique d'initier son transport à travers la membrane bactérierme interne ; le domaine passager confère la
fonction à la protéine ; et finalement le domaine p ou C-terminal forme un pore à travers la membrane externe de la bactérie permettant au domaine passager d'être exporté vers le milieu externe. Le domaine passager peut soit être totalement relâché dans le milieu extracellulaire ou rester attaché à la membrane externe de la bactérie.
Au cours de ce  projet, une méthode de  PCR multiplexe a  été  développée afin d'améliorer la détection des séquences encodant les gènes de 13 autotransporteurs (tsh, vat, sat, pic, espP, sigA, sepA, espC, eatA, pet, eaaA, agn43 et aida-I). Par la suite, la prévalence de ces séquences a été évaluée parmi des souches d'E.  coli provenant de pathogenèse aviaire  (APEC), d'infections  urinaire  humaines  (UPEC), de  maladies intestinales (IPEC) et la collection de référence ECOR. La localisation des gènes codant les autotransporteurs Tsh et Vat a aussi été examinée par hybridation de type Southern afin de déterminer s'ils sont encodés sur le chromosome bactérien ou sur des plasmides de haut poids moléculaire.
Les résultats démontrent que la présence des gènes d'autotransporteurs est en général associée aux souches provenant des groupes phylogénétiques B2 et D, ce qui démontre une distribution phylogénétique de ces gènes. De plus, les souches provenant de ces groupes sont reconnues pour être plus virulentes que les souches provenant des groupes A et BI,  ce qui pourrait expliquer la présence plus accrue des gènes d'autotransporteurs parmi elles. Aussi, on dénote une distribution des gènes d'autotransporteurs selon le pathotype des souches étudiées. Finalement, parmi les souches testées, le gène tsh semble toujours être codé sur un plasmide alors que le gène vat serait toujours localisé sur le chromosome bactérien.


identifier: Riccioni, Lorenza  (2006). Expression des récepteurs de l'endothéline dans la maladie d'Alzheimer et leurs régulations par le peptide B-amyloïde  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 92 p.

subject: endotheline et neuroprotecteur neurodegenerescence

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Connaissances actuelles: L'endothéline  (ET) est connu pour être un puissant vasoconstricteur. Certaines études soulignent que l'endothéline pourrait contribuer directement ou indirectement à endommager les neurones en particulier via les récepteurs ETA. En revanche, l'endothéline semble jouer un rôle neuroprotecteur via les récepteurs  ET8,  dans des conditions pathologiques.  D'autres  observations démontrent que le système de l'ET pourrait être impliqué dans la maladie d'Alzheimer (MA). L'enzyme (ECE) qui convertit la pro-endothéline en endothéline active, est capable de dégrader le peptide amyloïde (Ap), qui est le peptide impliqué dans la neurodégénérescence caractéristique de la MA. Il existe différents facteurs de risque tels  que  l'âge,  les  maladies cérébro-vasculaires  et  les  facteurs  génétiques  comme l'allèle e4 de l'apolipoprotéine E (apoE). De nombreuses études épidémiologiques ont démontré que les personnes possèdant l'allèle  e4 ont  plus de risque de développer cette maladie. Dans la MA, des études post-mortem montrent que l'immunoréactivité envers le facteur nucléaire-kB (NF-kB) est plus élevée autour des plaques séniles retrouvées  chez  les  patients  atteints  de  cette  maladie.  D'autres  études  enfin,  ont démontré la présence d'une séquence du NF-kB sur le gène qui code pour l'ET.

Objectifs  de l'étude : Suite à ces observations, notre étude vise à vérifier si le système  ET pourrait protéger les cellules cérébrales des effets  toxiques de 1'AP  à travers son enzyme de synthèse ECE ou son récepteur ET8.  De plus, nous souhaitons aussi  vérifier  la  dépendance  du  système  ET  en  fonction  de  différents  génotypes d'apoE et la capacité de l'AP d'induire  un changement dans l'expression  de deux récepteurs de 1'ET. Enfin, pour clarifier le mécanisme de cette interaction, nous avons concentré notre attention sur le facteur NF-kB. Étant donné  que, soit ET soit Ap, peuvent réguler l'activité  du NF-kB, nous analysons également le rôle de ce dernier dans le mécanisme protecteur de l'ET vis-à-vis du peptide AB.

Patients  et  méthodes: L'expression  des récepteurs  ETA, ET 8 et le  niveau d'ECE ont été vérifiés par immunobuvardage; ils ont été réalisés sur des échantillons provenant de tissus humains (hippocampe, cortex frontal) de patients atteints de la MA et de patients sains. Nous avons aussi utilisé des cellules N2a (neuroblastome
murin) que nous avons traitées avec différentes concentrations  toxiques du peptide AB25-35.  Par immunobuvardage nous avons observé les effets d'AP  sur l'expression des récepteurs ETA  et ETB et le niveau d'ECE. Nous avons utilisé la méthodologie de l'immunofluorescence  pour analyser la localisation, l'internalisation  et le recyclage
des  récepteurs  au  niveau  cellulaire.  Toujours  par  immunobuvardage,  nous  avons vérifié l'expression  des récepteurs de l'ET  dans les tissus provenant des cerveaux de souris déficientes pour une des deux sous-unités de NF-kB (p50-/-). Enfin, nous avons dosé, par ELISA, la quantité d'ET dans nos échantillons.

Résultats : Nos   résultats  décrivent  les   modifications  des   récepteurs  de l'endothéline et le niveau d'ECE dans l'hippocampe  et le cortex frontal sur des tissus post mortem de patients atteints de la MA, en fonction des différents génotypes de l'apoE.  Nous avons observé chez certains patients atteints par la MA par rapport aux sujets témoins que le niveau des récepteurs ETA et ETB était plus élevé surtout dans l'hippocampe, mais il n'y a aucun lien si l'on considère le génotype de l'apoE. En revanche, l'expression  de l'enzyme ECE était inférieure chez les patients MA 4/4, homozygotes pour l'allele  e4. Dans les cellules N2a, le peptide AB25-35 à 200 ug/mL semblait induire une surexpression des deux récepteurs ETA et ETB après 24 heures de traitement; cette surexpression a été observée aussi bien par immunobuvardage que par immunofluorescence. On a aussi remarqué une surexpression des deux récepteurs dans les tissus provenant de souris p50 (-/-) par rapport à ceux provenant de souris normales.

Conclusions: Nos résultats confirment l'hypothèse que le système de l'ET est impliqué dans la pathophysiologie de la MA à travers l'expression  de l'enzyme  ECE et des récepteurs ETA et ETB• Ces récepteurs pourraient être régulés par le peptide AP et leur expression semble être dépendante du NF-kB, qui est capable d'induire la production de 1'ET.


identifier: Richardson, Anne-Pascale  (2009). Clonage, expression, purification et caractérisation fonctionnelle de RhlA chez Pseudomonas aeruginosa  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 151 p.

subject: biosurfactant rhamnolipide dilipide

abstract:
Les rhamnolipides sont des biosurfactants extracellulaires  de type glycolipidique, synthétisés par  les bactéries  du  genre Pseudomonas. Ils ont été très  largement étudiés depuis leur découverte par Jarvis et Johnson en 1949. Ils sont essentiels au maintien de l'architecture des biofilms, en plus d'augmenter l'hydrophobicité cellulaire. Cependant de récentes études ont démontré que P. aeruginosa synthétisait une nouvelle classe de biosurfactants, les acides 3-(3-hydroxyalcanoyloxy)-alcanoiques (HAAs ou dilipides), précurseurs des rhamnolipides.

Les HAAs présentent des propriétés biosurfactantes intéressantes en abaissant plus la tension de surface que les rhamnolipides à des concentrations identiques. De plus, les HAAs moussent beaucoup moins que les rhamnolipides ce qui leur confère un avantage considérable pour de
multiples  applications  industrielles. Les HAAs se sont  aussi  révélés  être   des  agents " mouillants , extracellulaires  qui contribuent  à certains  types  de  mobilité   cellulaire bactérienne, notamment le "swarming". Ainsi les HAAs ne semblent pas être que de simples intermédiaires  dans la voie de biosynthèse des rhamnolipides. Ils présentent des caractéristiques  utiles  pour  le  fonctionnement  de  P.aeruginosa  ainsi que  de  nombreux intérêts pour l'industrie et le domaine médical.

Le gène rhlA de l'opéron rhlAB est indispensable à la production des HAAs. On a retrouvé de faibles quantités de HAAs dans le milieu  d'une  culture  de la souche sauvage PG201, aucun dans le milieu de culture d'un mutant dérivé rhlA (U0299), mais de fortes concentrations dans
le milieu de culture d'un mutant rhlB (U0287). Au début de ce projet, il était connu que rhlA avait un rôle déterminant dans la synthèse des HAAs, mais aucune étude n'avait encore défini sa fonction enzymatique, ni caractérisé ses propriétés physico-chimiques. C'est pourquoi ce projet  porte sur le clonage, l'expression, la purification et la caractérisation fonctionnelle de
RhlA chez P. aeruginosa.

Cette  étude   permettra   d'améliorer   les  connaissances sur  la  voie  de  biosynthèse  des rhamnolipides  mais aussi éventuellement  de développer une technique  de production  des HMs,  qui sont  des surfactants  biodégradables, pour  des fins  de bioremédiation  ou pour d'autres applications industrielles.

Les expériences destinées à caractériser la fonction enzymatique de RhlA seront présentées, depuis la construction du vecteur d'expression pUCP18 et son clonage dansE. coli et la souche U0299, en passant par les étapes de purification via une colonne de nickel, jusqu'aux  tests enzymatiques préliminaires  qui indiquaient  que les 3-hydroxyacyl-CoA seraient des substrats potentiels de RhlA pour la production de dilipides.


identifier: Richer, Étienne  (2005). Régulation de l'expression du gène NRAMP 1 au cours de la différenciation myéloïde  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 249 p.

subject: vd tuberculose pneumonie

abstract:
La protéine NRAMP1 (Natural Résistance Associated Macrophage Protein 1) fait partie d'une  famille hautement conservée de transporteurs de métaux divalents tels le fer et le manganèse.    Son  expression  est  restreinte  aux  cellules  phagocytaires  matures  et  est associée à la résistance aux infections mycobactériennes causant la tuberculose et la lèpre. Étant établi que l'hormone  1a,25-dihydroxy-vitamin D3 (VD) induit la différenciation des cellules myéloïdes pluripotentes en monocytes/macrophages et stimule leur potentiel bactéricide,  et  que  des  polymorphismes  du  récepteur  à  la  VD  sont  associés  à  la susceptibilité à la tuberculose et la lèpre, nous avons entrepris l'étude des mécanismes contrôlant  1'expression  du  gène  NRAMP1 dans  la  lignée  cellulaire  humaine  HL-60, notamment lors de la différenciation monocytaire induite par la VD.
Nous avons démontré que 1'expression de 1'ARNm du gène NRAMP1 dans ce modèle est tardive (comparativement  à CD14) et conduit à l'expression  de la protéine. La protéine NRAMP1 est présente dans la membrane  de vésicules  cytoplasmiques  des cellules de type granulocytaire  et  monocytaire.  Suite  à la  phagocytose  il y a relocalisation  de la protéine au phagosome. Une région de 263 pb en amont de 1'ATG de NRAMP1 permet une activité basale du promoteur tandis qu'un fragment additionnel de 325 pb confère la spécificité  myéloïde  lors  de  la  différenciation  induite  par  la  VD.  Trois  régions  cis localisées   dans  la  région  conférant  la  spécificité   myéloïde  sont  essentielles  pour
1'activation transcriptionnelle lors de la différenciation terminale. La protéine Sp1 (Specificity protein 1) se fixe directement à l'une des régions cis et est vraisemblablement associée à une autre région conjointement avec un autre facteur transcriptionnel tel qu'un membre de la famille ETS (E26 Transforming Sequence). Les facteurs de transcription de la famille C/EBP (CCAAT/Enhancer-Binding Protein) de même que le facteur CDP1 (CCAAT Displacement Protein) participent quant à eux à la régulation de la région basale in vitro. Ces travaux auront donc permis d'identifier  une région minimale du promoteur du gène NRAMP1 possédant deux sites majeurs d'initiation  de la transcription régulés par les C/EBP et la CDPI  et de définir une région en amont conférrant l'activité  myéloïde du promoteur, Sp1 étant un facteur e transcription primordial pour cette régulation


identifier: Rima, Habib  (2011). Caractérisation des rôles des régulateurs de l'homéostasie du fer chez une souche uropathogène d'Escherichia coli causant des infections extra-intestinales  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 131 p.

subject: stress oxidation

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Les bactéries du genre Escherichia coli (E. coli) causant des infections extra intestinales (ExPEC) sont la principale cause d'infection  du tractus urinaire chez   les humains et certains animaux. Ces souches pathogènes possèdent plusieurs facteurs de virulence qui leur permettent de contrer les mécanismes de défense de l'hôte ainsi que les barrières physiques du système  urinaire.   Parmi ces facteurs, il y a des systèmes particuliers d'acquisition du fer et de résistance au stress oxydatif. La régulation de l'homéostasie  du  fer  est  donc   importante   pour  E.  coli  et  elle   implique   deux régulateurs principaux:  Fur, un  répresseur  transcriptionnel,  et  RyhB,  un  petit  ARN (acide ribonucléique) non codant.

Les objectifs de ce projet consistaient à caractériser  les rôles individuels et combinés  de Fur et RyhB dans  la virulence d'une  souche  ExPEC  uropathogène: la souche CFT073. Celle-ci a été originellement  isolée d'un  cas de pyélonéphrite aiguë. Les rôles des  régulateurs  ont donc été  plus précisément  étudiés  au  niveau  de deux facteurs importants pour la virulence: la production de sidérophores,  un système d'acquisition  ferrique  bactérien efficace,  et  la capacité  à survivre  en  présence d'un
stress oxydatif.

Dans un premier temps, des mutations simples et doubles au niveau des gènes ryhB et.fur ont été effectuées chez la souche uropathogène CFT073. Les mutants ont été testés pour leur capacité à croître dans différents milieux de culture dont un milieu riche,  un  milieu  pauvre  en  fer,  ainsi  que  l'urine   humaine.  De  plus,  les  souches mutantes ont été testées  pour leur capacité  à produire, dans  un milieu  minimal,  les trois principaux  types de sidérophores  : l'entérobactine, les salmochélines  et l'aérobactine.  Elles ont aussi été testées pour leur capacité de survie au stress oxydatif impliquant l'agent  réactif qu'est  le peroxyde d'hydrogène (H202). Afin d'étudier l'importance   des  régulateurs  de  fer  pour  la  virulence  bactérienne,  les  différents mutants ont finalement  été testés pour leur pathogénicité  dans un modèle d'infection
de tractus urinaire murin.

Les  résultats  démontrent  que  la  perte  de  fur, chez  le simple  ou  le double mutant déclenche  un retard de croissance  dans un milieu minimal  pauvre en fer. De plus, la perte simultanée  des régulateurs Fur et RyhB (double mutant) diminue significativement  la capacité  de la souche à produire les trois types de sidérophores ainsi  qu'à  survivre  en  présence d'un  stress  oxydatif  associé  au  H202 •  Ces données suggèrent donc qu'il  existe un important rôle cumulatif des régulateurs de fer chez la souche  uropathogène  au  niveau  de  la virulence.  En  effet,  dans  le modèle  de  co infection, qui consistait à étudier la capacité des mutants à être en compétition avec la souche sauvage CFT073, toutes les souches mutantes présentaient une atténuation (un décompte  bactérien significativement  plus petit que la souche sauvage) dans les reins des souris, 48 heures post-infection.  De plus, le double mutant était aussi atténué dans la vessie au sein du même modèle. Étant donné les résultats significatifs que présentait la  souche double  mutante seule, celle-ci  a été testée pour sa seule capacité  à causer une infection dans le modèle du tractus urinaire murin. Les résultats après 48 heures post-infection démontrent ainsi que l'absence  cumulative de Fur et RyhB a un impact important sur la virulence en raison du fait que la souche double mutante était atténuée dans la vessie des souris. Parallèlement, la même souche doublement complémentée a également  été  testée  et  elle  était  en  mesure  de  regagner  la capacité  à  causer  une infection  de  façon  comparable  à  la souche  virulente  sauvage.  Ceci  a  ainsi  permis d'attribuer de manière définitive les effets observés aux mutations ryhB etjur.

Somme   toute,  cette   étude   est   la  première   à  avoir  démontré   des   effets relationnels existants entre les régulateurs de l'homéostasie du fer, Fur et RyhB, sur la production  de  sidérophores,   sur  la  sensibilité  au  stress  oxydatif  ainsi  que  sur  la pathogenèse  dans  un  modèle  d'infection du tractus  urinaire  murin,  chez  la souche ExPEC CFT073.


identifier: Rivest, Patricia  (2010). Effets de certains pesticides sur l'enzyme aromatase chez les souris bioluminescentes et sur la voie de signalisation dépendante des androgènes dans les cellules de la prostate cancéreuses humaines (LNCaP)  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 112 p.

subject: cancer vinclozoline atrazine benomyl

abstract:
Plusieurs pesticides ont été identifiés comme étant des perturbateurs endocriniens, pouvant être associés au développement de différents cancers hormono-dépendants tels que le cancer du sein et de la prostate. L'apparition de ces derniers peut être due à un débalancement de l'expression du gène de l'aromatase, une enzyme responsable de la conversion des androgènes en œstrogènes, mais également suite à l'inactivation des voies de signalisation impliquant les récepteurs des androgènes. L'atrazine  par exemple, un herbicide grandement utilisé pour prévenir la pousse de mauvaises herbes dans le domaine de l'agriculture, est également connu comme étant un inducteur de l'aromatase in vitro. Par ailleurs, très peu de recherches sur ses effets in vivo ont été faites jusqu'à présent. Les conséquences que peuvent provoquer une exposition à certains fongicides tels que  le  vinclozoline, et  le  bénomyl, de  même qu'à  l'atrazine,  sur  les voies de signalisation  dépendantes  des   androgènes  demandent  également  à   être  étudiées davantage.

Afin de déterminer les effets in vivo de l'atrazine sur l'expression de l'aromatase, nous avons utilisé un nouveau modèle de souris transgéniques LPTA® CD-1-Tg (Cvp19-luc) Xen (Caliper LifeScience, Alameda, CA) (Internet 1). À l'intérieur  de ces souris bioluminescentes, l'expression du gène de la luciférase se trouve à être sous le contrôle du promoteur murin pli de Cyp19, qui est spécifique aux gonades chez les mammifères et les humains. C'est par micro-injection que le transgène est introduit à l'intérieur de la souris lors de la phase embryonnaire. Nous avions donc, dans un premier temps, le mandat de valider l'efficacité de ce nouveau modèle de souris bioluminescentes comme outil de recherche, et par le fait même, de vérifier les effets in vivo de l'atrazine sur l'expression de l'aromatase. Par la suite, à l'aide des cellules LNCaP, nous devions tester l'impact de différents pesticides (vinclozoline, atrazine et bénomyl) sur la prolifération des cellules cancéreuses de la prostate dépendantes des androgènes, ainsi que leurs effets sur 1'expression des gènes médiée par le récepteur aux androgènes dans des conditions in vitro.

En premier lieu, nous avons travaillé sur les effets de l'atrazine sur l'expression  de l'aromatase  in vivo. Pour ce faire, nous avons soumis  les souris  soit à une exposition aigüe (100 mg/kg) uniquement lors de la première journée d'expérimentation ou soit à une  exposition  répétée  (30  mg/kg/jour  pour  5  jours)  de  ce  composé.  Par  la  suite, l'efficacité  du modèle a pu être vérifiée suite à l'analyse  des effets de la forskoline, du
«Pregnant mare serum gonadotropin» (PMSG) et de «1'human chorionic gonadotropin» (hCG).

En accord avec la littérature, nos résultats démontrent que la forskoline (10 mg/kg), de même que le PMSG (5 UI) induisent de manière significative (ppr0.05) l'expression  de la luciférase sous le contrôle du promoteur pli de l'aromatase.  Par ailleurs, aucune des deux expositions à l'atrazine  (répétée ou aigüe) ne produit d'effet  in vivo, et ce, au temps de 5 jours. On observe toutefois une augmentation de la bioluminescence en fonction du temps chez les femelles exposées à 100 mg/kg d'atrazine  et une induction de l'expression  de la luciférase à l'intérieur de l'épididyme ex vivo.

II a été possible d'observer  une corrélation entre la bioluminescence émise par les souris transgéniques  et  le  taux  d'œstradiol   dans  le sang  de  ces  dernières,  48  heures  après l'injection  de PMSG. II est donc possible d'en  conclure que le gène de la luciférase est bel et bien sous le contrôle du promoteur murin pli de l'aromatase. En effet, l'expression de la luciférase est observée dans les gonades pour chacun des sexes. Toutefois, elle est aussi présente à l'intérieur du cerveau chez les femelles. Le modèle de souris bioluminescentes  Cypl9-luc  possède donc un certain potentiel, mais son  utilisation est limitée pour 1'étude des effets des perturbateurs endocriniens sur 1'expression de l'aromatase.  En  effet,  un  nombre  restreint  de souris  répond  aux  différents  composés testés, mais un nombre plus important ne répond pas. C'est  suite au test ex vivo, qu'il  a été possible de confirmer que l'atrazine  est un inducteur du gène de l'aromatase.  II est évident  que  certaines  améliorations  de ce  modèle  de  souris  transgéniques  se doivent d'être faites. Ces dernières nous permettraient une meilleure étude des perturbateurs de l'aromatase et de découvrir le potentiel de plusieurs autres substances.

Notre deuxième  objectif  était de déterminer  les effets des différents  pesticides  sur  les cellules LNCaP, soit la localisation des récepteurs des androgènes, la viabilité cellulaire, de même que le taux de sécrétion de PSA. De plus, différents impacts des trois pesticides ciblés sur l'expression de la 5 alpha-réductase ont été observés.

Les  résultats  obtenus   démontrent  que  le  vinclozoline   et  le  bénomyl   induisent   la translocation des AR vers le noyau, augmentent le taux de sécrétion de PSA et diminuent de  manière significative  la  prolifération  cellulaire  à fortes  concentrations. L'atrazine, pour sa part, n'a aucun effet sur les récepteurs des androgènes, de même que sur le PSA. Par contre, l'atrazine  inhibe la prolifération cellulaire en présence de DHT, pour chacune des concentrations testées.

Ces  résultats  de  la deuxième  série  d'expériences prouvent  que  les  trois  pesticides  à l'étude  peuvent, à certains niveaux, retarder la croissance des cellules cancéreuses  de la prostate dépendantes des androgènes.

Finalement,  est présenté  en  annexe un second  article,  lequel  est  indirectement  lié au présent  mémoire  et qui  traite des  effets  prolifératifs  et androgéniques  des  dérivés  de
1'indurubine  sur  les  cellules  cancéreuses   de   la  prostate  humaine   (LNCaP)   à  des

concentrations sous apoptotiques. Les résultats de cette étude permettent de conclure que certains composés provoquent des effets pro-androgènes et favorisent la prolifération des
cellules LNCaP.


identifier: Robillard Frayne, Isabelle  (2005). Mesure du rapport 13c/12c de métabolites d'androgènes et de pregnènolone administrés par voie orale : une étude comparative interlaboratoire  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 74 p.

subject:
norsteroide
exogene
controle
dopage
testosterone
dhea
androstenedione
pregnenolone
androgene
spectrometrie
masse
rapport
isotopique
chromatographie
phase gazeuse
four
combustion
liquide

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Le contrôle du dopage sportif par les stéroïdes pouvant potentiellement se retrouver dans le corps humain  de  façon  naturelle  est  très  compliqué.  En  effet,  les  concentrations   de  ces  stéroïdes peuvent  varier  naturellement  de  façon  substantielle  d'un   individu  à  l'autre   rendant  difficile l'utilisation  d'une  fourchette de valeurs normales à des fins de référence. De plus, la méthode de dépistage par chromatographie  en phase gazeuse et spectrométrie de masse (CG/SM)  ne permet pas de différencier l'origine  endogène ou exogène d'un  stéroïde urinaire. C'est  ici qu'entre  en jeu la méthode de confirmation par la spectrométrie de masse des rapports isotopiques (CG/C/SMRI). Cette méthode, dont l'utilisation  dans le domaine du contrôle de dopage sportif a été proposée en 1994, permet la différenciation des stéroïdes de sources endogène et exogène par l'analyse  de leur teneur en carbone 13, isotope naturel du carbone (12C)
Une première partie du projet était de vérifier la possibilité d'analyser des norstéroïdes par CG/C/SMRI. Cette analyse est limitée due aux très petites concentrations des métabolites norandrostérone (NA) et norétiocholanolone (NE) d'origine  endogène retrouvées parfois dans les urines.  Afin de vérifier la sensibilité de notre méthode, nous avons utilisé les urines recueillies dans le cadre d'une étude d'excrétion  réalisée avec une crème à base de norandrostènedione et de norandrostènediol  vendue  commercialement  aux  États-Unis.     Bien  que  nous  ayons  réussi  à identifier les pics correspondants  à la NA et la NE exogènes, la méthode utilisée ne nous donne pas la sensibilité requise pour l'analyse de traces.  Le même problème de sensibilité est rencontré lors  des  analyses   de   rapports   isotopiques   de   la   testostérone   urinaire.   Généralement,   sa concentration dans l'urine  est trop faible pour être analysée directement  par CG/C/SMRI.   Nous avons comparé différentes méthodes permettant 1'isolement et la séparation par chromatographie liquide  de  la  testostérone  et  de  1'épitestostérone,  deux  ep1meres  non  résolus chromatographiquement  en l'absence  de dérivation chimique.   La méthode retenue nous permet une bonne séparation des deux stéroïdes.

Le but principal du projet était de vérifier la  validité de la méthode de détection  de stéroïdes exogènes en réalisant une étude comparative entre trois laboratoires accrédités  par  L’AMA.  Ces trois laboratoires, situés à Tokyo, Japon, à Cologne, Allemagne, et à Montréal, Canada, ont une longue expérience en contrôle de dopage sportif et ont chacun développé leur propre méthode de préparation des échantillons  pour les analyses de rapports isotopiques.   Pour réaliser 1'étude, les trois  laboratoires  se  sont  partagés  des  échantillons   urinaires  provenant  de  diverses  études d'excrétion.  Les stéroïdes étudiés lors de ces travaux sont la testostérone,  la DHEA, l'androstènedione  et  la  pregnènolone.    Les  résultats  obtenus  par  les  trois  laboratoires  sont comparés dans ce rapport non seulement en terme de valeurs absolues, mais surtout en terme de
différence  entre  les  valeurs  des  rapports  13C/12C  des  métabolites  et  celles  des  stéroïdes  de
référence.  Ce critère est celui qui a été retenu par l'Agence  mondiale antidopage afin de limiter les variations retrouvées  entre  les laboratoires et les  variations  interindividuelles.    Ainsi,  pour toutes les études d'excrétion, les trois laboratoires ont obtenu des résultats concordants malgré les protocoles différents, démontrant  ainsi l'application  universelle de la CG/C/SMRI à des fins de confirmation  de 1'administration de testostérone et ses précurseurs.


identifier: Rouxel, Ronan  (2007). Régulation de l'expression et analyse fonctionnelle de Ly49B, un récepteur de type NK, sur des macrophages activés  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 139 p.

subject: proteine transmembranaire macrophage

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.

Chez la souris, l'activité  fonctionnelle des cellules NK et NKT est régulée par un équilibre de signaux provenant de récepteurs activateurs et inhibiteurs. Plusieurs de ces récepteurs appartiennent  à la tàmille  Ly49, des protéines transmembranaires de type 11, majoritairement inhibitrices, et apparentées aux lectines de type C. Dans cette famille, le récepteur  Ly49B  se  distingue  singulièrement.   D'une   part,  le  gène  codant  pour  ce récepteur est très éloigné (750 kb) des autres membres de sa famille, tous regroupés au sein du complexe des gènes NK dans une région dont la taille varie de 300 à 600 kb selon les souches de souris.  D'autre  part, au plan structural, le récepteur Ly49B est celui qui présente la plus faible homologie (-70%) avec les autres récepteurs Ly49. La majorité des différences se situent dans la portion extracellulaire du récepteur, surtout dans le domaine de reconnaissance des sucres (le CRD), site principal de liaison de ces récepteurs à leurs ligands  qui  sont  principalement  des  molécules  de  classe  1 du  complexe  majeur d'histocompatibilité. Le récepteur Ly49B possède en outre une extension peptidique distinctive d'une  vingtaine d'acides aminés à son extrémité C-terminale.

Suite à la production d'un  anticorps monoclonal spécifique au récepteur Ly49B, notre  laboratoire  a  pu  élucider  certaines  caractéristiques  de  ce  récepteur.  Ainsi,  le récepteur  Ly49B  n'est  pas exprimé  constitutivement  par les cellules  NK et NKT. Par ailleurs,   il  est   exprimé   sur   des  cellules   de   la  lignée  myéloïde  (macrophages   et polynucléaires neutrophiles). L'expression du récepteur Ly49B sur les macrophages est modulable suite à leur activation via différents récepteurs. Enfin, le potentiel inhibiteur du récepteur  Ly49B,  suggéré   par  la  présence  d'une   séquence   ITIM  (lmmunoreceptor tyrosine-based inhibitory  motif) dans son domaine cytoplasmique, a été confirmé par la démonstration que le récepteur phosphorylé était capable de recruter la phosphatase intracellulaire  SHP-1.   La  distribution  cellulaire  particulière  du  récepteur  Ly49B,  le caractère inductible  de son expression ainsi que sa capacité à recruter une phosphatase intracellulaire, suggèrent  qu'il  puisse exercer  un rôle régulateur dans  les macrophages
activés.

Les expérimentations  exposées dans ce mémoire avaient pour objectifs de mieux cerner les conditions qui prévalent à la modulation de l'expression  du récepteur Ly49B, d'évaluer  son potentiel  inhibiteur dans un contexte de co-engagement avec un récepteur d'activation  et de comparer sa localisation intracellulaire dans les cellules activées et non activées.   En  utilisant  comme  modèle  les  macrophages   de  la  lignée  RA W264.7,   nous avons  d'abord évalué  les effets  dose-réponse de  I'IFN-y,  du  LPS  et  du  Poly(I:C)  sur l'expression du récepteur  Ly49B. Nous avons ainsi pu observer que les doses seuil de modulation  de même  que les valeurs d'expression maximale  du récepteur  variaient  pour chaque  type d'activation. Nous avons également  étudié  la modulation  de 1 'expression du récepteur   Ly49B  suite  à l'activation  des  macrophages   via  d'autres TLRs  ou  par  des cytokines  pro-  ou  anti-inflammatoires. Dans  le cas  de  l'activation via TLR3  et TLR4, nous   avons   établi   le  rôle   intennédiaire  que   joue   I'IFN-B   dans   l'augmentation  de
1 'expression du récepteur  Ly49B.  Enfin, nous avons détenniné que différents  inducteurs pouvaient  avoir des effets  synergiques  ou antagonistes sur la modulation  de l'expression du récepteur  Ly49B à la surface des macrophages.

Pour évaluer  le potentiel  inhibiteur  du récepteur  Ly49B,  nous avons  mis en place un modèle de co-engagement du récepteur  Ly49B et d'un  récepteur  activateur  avec des anticorps  immobilisés. L'engagement du récepteur  Ly49B dans ces conditions  n'a  pas eu d'effet sur  la production  d'oxyde nitrique  attribuable  à l'engagement de CD40. L'engagement du récepteur  Ly49B par des anticorps  immobilisés  n'entraîne pas non plus de  modifications   dans  la  structure   du  cytosquelette  des  macrophages  activés  ou  non activés.   Nous  avons   finalement   étudié   la  localisation   du  récepteur   Ly49B  dans   les macrophages  activés  et non activés  afin de détenniner si sa distribution  pouvait  ou non être  prédictive  d'une implication  dans  une  fonction.  L'expression accrue  du  récepteur Ly49B  dans  les  cellules  activées  est  vraisemblablement attribuable   à une  synthèse  de nova de la protéine  et la distribution  diffuse  du récepteur  dans  toute la cellule  ne fournit aucune  indication  particulière  qui  puisse  aider  à l'identification de  la ou  des  fonctions dont il pourrait assurer la régulation.

Les études réalisées durant cette maîtrise ont permis d'appréhender la finesse de la régulation  de l'expression du  récepteur  Ly49B,  un phénomène  non documenté pour  les autres  récepteurs   Ly49.  Les données  colligées  supportent   l'hypothèse que  le récepteur Ly49B contribue  à la régulation  du macrophage  en situation  d'inflammation.


identifier: Roy, Jean-Simon  (2007). Rôle de mmp-9 dans la métastasie du lymphome T non hodgkinien  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 91 p.

subject: cancer metalloprotease matrice

abstract:
Le lymphome T non hodgkinien (LNH) est une néoplasie provenant de la conversion maligne des lymphocytes T. Contrairement au lymphome hodgkinien, le lymphome T non hodgkinien est souvent disséminé dans l'organisme, difficilement traitable et plus agressif. Ce type de cancer produit des métastases, principalement dans les organes comme le foie, la rate et les reins. Des études antérieures effectuées au laboratoire ont démontré que le taux d'expression de la MMP-9, une métalloprotéase de la matrice, était en corrélation directe avec l'agressivité du lymphome T non hodgkinien. De plus, l'expression  normalement inductible de cette protéase devient constitutive dans les lignées de lymphomes T agressifs. Dans la littérature, la MMP-9 est associée à	une   multitude   de   processus   néoplasiques   (intravasation,   progression,   angiogénèse, dissémination, etc.)  et  ce,  dans  plusieurs types de  cancers différents.  D'ailleurs,  beaucoup d'efforts  ont été déployés ces dernières années dans la production d'inhibiteurs spécifiques à MMP-9 pour lutter contre le cancer.

L'activité enzymatique de la MMP-9 produit la libération du VEGF et de plusieurs fragments bioactifs lors de la dégradation de la matrice extracellulaire (MEC), ce qui augmente l'angiogénèse dans le tissu. De plus, elle est impliquée dans la diapédèse des leucocytes à travers les endothéliums vasculaires et permet donc leur entrée dans les différents tissus de 1'organisme. La MMP-9 est donc associée à la néo-angiogénèse, phénomène indispensable à la croissance tumorale, et à la dissémination des cellules circulantes dans l'organisme. À partir de ces conclusions, le but  premier  de notre  étude était  de déterminer le rôle de MMP-9 dans  la progression  et la dissémination  du lymphome T non hodgkinien, en plus de déterminer le rôle  respectif  des  cellules  tumorales  et  stromales   dans  l'expression   de  la  MMP-9  dans l'espace péritumoral.

Pour réaliser ce projet, nous avons utilisé des souris déficientes pour MMP-9 à partir desquelles des lymphomes T déficients en MMP-9 furent générés. À l'aide de ce modèle murin in vivo, il a été possible d'injecter des lymphomes T, avec ou sans MMP-9, dans les souris exprimant ou non la MMP-9. Il a ainsi été possible d'observer l'effet de l'absence, partielle ou totale, de la MMP-9 sur la croissance et la dissémination du lymphome T. Deux lignées de lymphome T déficients en  MMP-9 (KOM9-2325 et KOM9-2333) furent utilisées et donnèrent des résultats similaires. Nos résultats montrent que l'absence partielle de MMP-9 (dans le lymphome ou dans la souris) n'a pas d'effets marqués sur la progression ou la dissémination du lymphome dans l'organisme. De façon plus importante, nous avons constaté que le lymphome se développe de façon comparable en conditions normales et en absence totale de MMP-9, démontrant que la MMP-9 n'est pas essentielle à la progression et la dissémination du lymphome T in vivo.


identifier: Rudd, Penny Ann  (2010). Characterization of canine distemper virus neuroinvasion using a ferret model of infection  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 217 p.

subject: maladie carre virus furet morbillivirus

abstract:
Morbilliviruses cause an acute disease characterized by rash, respiratory and gastrointestinal signs, and severe immunosuppression. In addition, neurological complications  can  occur  and  the  prevalence  varies  within  the  genus.  The  highest incidence of CNS involvement is associated with canine distemper virus (CDV), with up to 30% of ali acute cases resulting in encephalopathies. Only one in a thousand people infected with measles virus experience neurological involvement, whereas neurological disease in ungulate morbilliviruses is exceedingly rare.

To characterize mechanisms of morbillivirus pathogenesis, our laboratory has developed a small animal model, using the ferret, to better understand morbillivirus pathogenesis and immunosuppression. Ferrets are natural hosts for CDV, and develop the typical rash, fever, severe  leukopenia, gastrointestinal  and respiratory signs of disease. Also, when inoculated with wild type strains, ferrets succumb to the infection with i n two to five weeks. The goal of my thesis was to characterize the events which lead up to and occur during the acute phase of CDV central nervous system (CNS) infection in ferrets. ln order to accomplish this, three specifie objectives were defined.

The first research objective was to determine the pathways involved in CDV neuroinvasion and to identify the cell types targeted by the virus. By using histology and confocal microscopy, we showed that CDV not only enters the CNS by the hematogenous route but, as previously suggested in studi es with dogs, also uses the olfactory pathway.

In the second objective  we investigated  the kinetics of CDV neurodissemination and the resulting damage that arises at early disease stages during acute encephalitis. Towards  this, a  recombinant  virus of  the hi ghly  neurovirulent  strain  Snyder  Hill was constructed  and  we observed  that  despite  a  generalized  immunosuppression,  infected animais developed a strong local inflammatory response. This response was characteri zed by the presence of activated microglia, gliosis in highly infected brain regions and the expression  of  the  pro-inflammatory  cytokines  interleukin-6,  interferon-()  and  tumor necrosis factor-a.

For the final objective, we wanted to investigate the transneuronal spread of morbilliviruses. An in vitro model of infection using a primary culture of ferret neurons was established and we demonstrated that this model mimics many key aspects of CDV infection seen in vivo. We observed that CDV spreads non-directionally  along communicating neurons and determined that cell-cell contact is required for efficient transneuronal  dissemination.  Although  its development  is still  very recent,  this system will be useful to examine in more detail the mechanisms involved in morbillivirus transneuronalspread.

Taken  together  my  work  contributes  to  a  better  understanding  of  the  events involved in morbillivirus CNS infection and may lead to new treatment strategies to limit CNS sequelae or even to prevent CNS invasion.


identifier: Saba, Ingrid  (2005). Rôle de Dok-1 dans l'activation et le développement des lymphocytes T  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 143 p.

subject: lymphocyte t tcr

abstract:
Dok-1 est un des deux membres de la famille Dok (Downstream of kinase) exprimés dans les lymphocytes T. Cette protéine est phosphorylée sur tyrosine lorsque la cellule est stimulée par les récepteurs de co-stimulation CD28 ou CD2 mais non par le  complexe  TCR/CD3.  Il  a  été  démontré  que  Dok-1  est  un  régulateur  négatif spécifique des voies de signalisation initiées par CD2. Son association avec RasGAP est un des mécanismes proposés pour expliquer son activité inhibitrice sur la voie des MAP kinases ERK.1/2. La fonction de Dok-1 dans la régulation de la voie CD28 est encore inconnue. Nous avons tout d'abord caractérisé l'expression  et la régulation de sa phosphorylation dans les lymphocytes matures et immatures chez la souris. Nous montrons  que  cette  protéine  est  exprimée  dès  le  stade   le  plus  immature  des thymocytes. Son expression demeure constante tout au long du développement des thymocytes.

Afin de mieux caractériser le rôle de Dok-1 dans la régulation de l'activation des lymphocytes T, nous avons généré des souris transgéniques qui surexpriment différents niveaux de Dok-1. L'expression du transgène est contrôlée par le promoteur hCD2, ce qui permet une expression dès le stade DN2 dans les thymocytes et chez les lymphocytes matures. Nous démontrons que la surexpression de Dok-1 affecte le développement des thymocytes, plus spécifiquement la transition du stade DN à DP. Le nombre de thymocytes totaux est diminué de 10 à 15 fois en fonction du niveau de surexpression du transgène. Comme attendu, le nombre de lymphocytes présents dans la rate est aussi diminué. Nous observons également une diminution du rapport CD4+/CD8+ tant au niveau du thymus que de la rate. Ces résultats suggèrent que Dok-1 pourrait jouer un rôle de régulateur négatif de la signalisation initiée par le pré TCR mais aussi lors de la sélection et/ou de la survie des lymphocytes T CD8+. Par contre,  la  signalisation  initiée  par  le  TCR  des  thymocytes  au  stade  DP  semble normale. En effet, la régulation à la hausse des marqueurs d'activation  CDS et CD69 suite à une stimulation par le TCR n'est pas affectée. De plus, le niveau d'expression du complexe TCR/CD3 dans les thymocytes DP et SP et chez les lymphocytes périphériques est normal.

Nous avons analysé l'effet fonctionnel de Dok-1 sur la prolifération des lymphocytes T et sur la sécrétion de cytokines induite suite à une stimulation par le TCR. Alors que la prolifération des lymphocytes T CD4+ ou CDS+ n'est pas affectée par la surexpression de Dok-1, la sécrétion de cytokines est grandement influencée. En effet, nous montrons que les lymphocytes T CD4+, suite à une stimulation par le TCR, produisent moins d'IL-2 mais beaucoup plus d'IFN-y. La production d'IL-4 ne semble pas affectée sauf lors d'une stimulation des cellules par une combinaison de PMA et d 'ionomycine  où elle est augmentée. Les cellules T des souris transgéniques ont un phénotype de cellules mémoires puisqu 'elles expriment davantage le marqueur CD44 de façon dépendante du niveau de surexpression de Dok-1. Par contre, les marqueurs, CD69 et CD25, qui sont régulés à la hausse précocement suite à la stimulation des cellules, sont exprimés normalement. Enfin, nous montrons que les défauts observés chez nos souris transgéniques, tant au niveau des fonctions que de la maturation des lymphocytes T, ne semblent pas être attribuable à une diminution de l'activation de la voie des MAP kinase ERK.1/2.

En conclusion, nos résultats indiquent que Dok-1 pourrait jouer un rôle tant au niveau de la signalisation initiée par le pré-TCR que celle initiée par le TCR dans les lymphocytes immatures et matures. La caractérisation des interactions moléculaires mises  en  jeu  par  Dok-1  pourrait  permettre  une  meilleure  compréhension  des mécanismes qui contrôlent la maturation et l'activation des lymphocytes T.


identifier: Sabbahi, Rachid  (2008). Utilisation du champignon entomopathogène Beauveria bassiana dans une stratégie de gestion phytosanitaire des principaux insectes ravageurs en fraiseraies  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 162 p.

subject: fraise punaise lygus lineolaris anthonome antomonus signatus charançon otiorhynchus ovatus lutte biologique pathogenicite insecticide controle

abstract:
La production de fraises au Québec correspond à plus du tiers de celle du Canada avec près de 2000 ha cultivés et une production de fruits annuelle d'environ 9000 t. La punaise terne, Lygus lineolaris (Palisot de Beauvois), l'anthonome de la fleur du fraisier, Anthonomus signatus (Say) et le charançon de la racine du fraisier, Otiorhynchus ovatus (Linnaeus), sont les principaux insectes ravageurs des cultures de fraises. Ces insectes peuvent affecter 1'inflorescence, ce qui entraîne une déformation du fruit et une diminution de sa valeur marchande. La punaise terne a développé une résistance à divers pesticides chimiques. Des essais en lutte biologique avec des auxiliaires (prédateurs et parasitoïdes) se sont avérés insatisfaisants. Le champignon entomopathogène Beauveria bassiana (Balsamo) suscite de plus en plus d'intérêt en recherche et constitue une avenue intéressante en lutte biologique contre certains ravageurs. Il n'existe aucune formulation commerciale à base de B. bassiana pour le contrôle des populations de la punaise terne. Par ailleurs, la pathogénicité et la virulence de ce champignon sur l'anthonome de la fleur du fraisier et le charançon de la racine du fraisier n'ont pas encore été étudiées.

Cette recherche consiste, dans un premier temps, à déterminer le potentiel insecticide de plusieurs isolats de B. bassiana contre les populations de L. lineolaris, A. signatus et O. ovatus. Les isolats INRS-IP et INRS-CFL avaient un potentiel insecticide intéressant au laboratoire contre les adultes et les nymphes de la punaise terne et les adultes de l'anthonome de la fleur du fraisier et du charançon de la racine du fraisier. Ils ont causé des mortalités supérieures à 80 % au septième jour suivant l'inoculation.

Parallèlement aux épreuves biologiques, il est essentiel de caractériser les isolats étudiés avant leur application au champ. La caractérisation des isolats permet de réaliser un suivi environnemental suite à leur emploi au champ. Les isolats de B.bassiana sont actuellement identifiés selon leurs origines géographiques et leurs hôtes spécifiques, sans tenir compte de leurs caractéristiques génétiques. Différentes approches (PCR, analyses des séquences d'ADN et PCR-RFLP) ont été utilisées lors de cette étude comme outils moléculaires de détection, d'identification et d'analyse phylogénétique de différents isolats de B. bassiana. L'analyse des séquences nucléotidiques des régions variables ITS1 et ITS2 de 1'ADN  ribosomal a permis la distinction de B. bassiana des hyphomycètes Tolypocladium, Metarhizium et Verticillium.  L'extrémité  3'  du  gène  28S  de  l'ADNr  a  accumulé  beaucoup  de variabilité et elle peut être utilisée pour différencier les isolats de B. bassiana. La variation  de  taille  des  fragments  amplifiés de  cette  extrémité  s'explique  par  la présence ou l'absence d'introns dans le gène 28S chez chacun des isolats étudiés. La technique PCR-RFLP, basée sur la digestion des fragments amplifiés de l'extrémité
3' du gène 28S, a permis d'obtenir différents profils de restriction permettant ainsi de différencier et de réaliser le suivi environnemental des isolats de B. bassiana après leurs applications au champ.
Finalement, la viabilité et la persistance de l'activité insecticide de conidies de B. bassiana ont été évaluées en fraiseraies. La viabilité et l'activité  insecticide des conidies des isolats INRS-IP et INRS-CFL  sur le feuillage ont été observées jusqu'à six jours après chaque application. Les résultats ont démontré l'importance des applications multiples d'une  formulation à base de B. bassiana dans une stratégie phytosanitaire  permettant  le  contrôle  des  populations  des  principaux  insectes ravageurs en fraiseraies. Les applications multiples des conidies des isolats INRS-IP et  JNRS-CFL  à  un  taux  de  lxl013  conidies/ha, sur  une  base  hebdomadaire, ont entraîné une diminution des populations de nymphes de la punaise terne et d'adultes de l'anthonome de la fleur du fraisier. De plus, elles ont permis une meilleure protection des plants du fraisier contre les attaques de ces deux ravageurs dans les parcelles traitées comparativement à celles du  témoin. Ainsi, les dommages aux fraises associés au comportement alimentaire de L. lineolaris ont été réduits de 26 % et les pertes de rendement en fruits associées au comportement de ponte d'A. signatus ont été diminuées de 36 %. Cependant, d'autres travaux doivent être réalisés afin de déterminer les concentrations précises de champignon devant être appliquées aux champs et d'élaborer une formulation assurant une plus grande persistance des conidies.

Cette recherche a permis d'approfondir les connaissances sur la biologie de 1'entomopathogène B. bassiana et des principaux insectes ravageurs du fraisier et sur la relation de ces derniers avec cet entomopathogène. L'utilisation des isolats INRS IP et INRS-CFL de B. bassiana dans une stratégie phytosanitaire permettra une protection accrue contre les principaux insectes ravageurs des cultures de fraises au Québec.


identifier: Sabri, Mourad  (2008). Étude sur l'importance relative des transporteurs des cations divalents du zinc, fer et manganèse dans la virulence des souches extra-intestinales pathogènes d'Escherichia coli (ExPEC)  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 262 p.

abstract: Les  ions  métalliques  du  zinc,  manganèse  et  fer  jouent  des  rôles  importants  dans  les systèmes  biologiques.      Entant  que  cofacteurs   enzymatiques   ou  éléments   structuraux   des protéines, ces ions contribuent  au métabolisme cellulaire.   Lors du processus  infectieux, il y a compétition  pour ces ions métalliques  entre les bactéries pathogènes  et l'organisme  hôte.   Les bactéries pathogènes ont acquis de par 1'évolution ou par transfert  horizontal,  les transporteurs nécessaires  à  l'acquisition  de  ces  ions  métalliques.     Chez  les  souches   pathogènes  extra intestinales d'Escherichia coli, les transporteurs des ions divalents de ces métaux appartiennent à trois  familles  fonctionnelles   se  distinguant   par  leur  source   de  l'énergie   et  l'architecture moléculaire.  Il s'agît  des perméases ABC Znu et Sit, des transporteurs dépendants d'un  gradient chimiosmotique MntH et ZupT, et de la GTP-ase de transport Feo. Parmi ces transporteurs Sit est pathospécifique, alors que les autres transporteurs  sont partagés entre les souches ExPEC et les souches  commensales  d'E.  coli.    L'étude  des  mutants  déficients  dans  l'utilisation   d'un   ou plusieurs de ces transporteurs,  permet de définir les transporteurs ABC comme étant la famille la plus importante de transporteurs des ions divalents de fer, manganèse et zinc in vivo. Par ailleurs, le transport de manganèse et de zinc divalents apparaît comme étant au moins aussi important que le transport du fer divalent pour la pathogènese des ExPEC.


identifier: Safakhoo, Shaghayegh  (2008). Sous-localisation de la connexine 43 dans les cellules de neuroblastomes : les mécanismes responsables  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 140 p.

subject: proteine membranaire communication intercellulaire couplage jonctionnel

abstract:
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Le   fonctionnement  organismique  ainsi que  le  développement embryonnaire de tout organisme multicellulaire dépend de la coordination des cellules  qui  le  composent.  La  plupart  des  cellules  animales synthétisent  des protéines membranaires, appelées connexines (Cx). Ces protéines forment des canaux  transmembranaires,  qui  permettent à  des  cellules  voisines  d'échanger
directement de nombreux ions et métabolites cytoplasmiques (en particulier des messagers secondaires: AMPc, Ca2+, GMPc, iP3).  On reconnaît dans ces derniers, les co-facteurs des protéines kinases. La communication intercellulaire, aussi appelée couplage jonctionnel (GJ), est impliquée dans de nombreuses fonctions au cours du développement embryonnaire ainsi que dans les tissus adultes. L'homéostasie,  ainsi que la sécrétion (insuline) et la synchronisation (battement du coeur), par exemple, reposent sur la fonction de ces canaux.
Des études récentes indiquent que l'altération des communications intercellulaires joue un rôle considérable dans diverses maladies et pourrait contribuer à la presque totalité (99%) des cancers. Ainsi, il semble que les deux seules caractéristiques communes à tous les cancers sont l'absence de contrôle de la prolifération et l'altération  des communications intercellulaires contrôlées par les Cx et les canaux jonctionnels (GJ).

Dans les lignées de neuroblastomes humains (un cancer pédiatrique), bien que  la Cx43  soit  exprimée, elle est  localisée de manière aberrante  autour du noyau.    Toutefois,  il  a  été  préalablement  démontré  que  le  traitement  de  ces cellules  avec  une  forme  perméable  d'AMPc,  la  8-Br-AMPc,  augmentait  la synthèse des Cx et leur transfert à la membrane plasmique; la fonctionnalité des canaux restant cependant   limitée (Arnold et al., 2005). La restauration de la fonction normale repose sur l'inhibition de la protéine kinase C alpha. Les voies métaboliques qui contrôlent les Cx de la transcription à la fonction n'ont pas été étudiées en détail dans les neuroblastomes (NB). Les cellules de NB de souris (Neuro2A) n'expriment pas de Cx et sont utilisées depuis longtemps pour obtenir d'étudier leur structure. L'objectif du projet a été de transfecter les cellules de Neuro2A   avec   des   vecteurs   contenant   la  Cx43   afin   d'élucider  les   voies métaboliques   impliquées   dans   le  déficit   d'expression  de   la  Cx43   et   dans
1'altération, la formation et la fonction des jonctions lacunaires.

Il sera intéressant de voir si les résultats obtenus chez une lignée humaine de neuroblastome   seront comparables à ceux  obtenus chez leurs homologues  de souris  et si,  potentiellement,   la  différence  provient  d'un  changement   dans  les voies métaboliques associées à l'expression, la sous-localisation  et la fonction des Cx et jonctions lacunaires - sans oublier que les différences observées  pourraient provenir du site d'insertion du vecteur transfecté. Une approche pharmacologique par inhibition  des voies métaboliques  principales, dans les cellules transfectées  a été choisie pour analyser la modulation des jonctions lacunaires chez les neuroblastomes de souris.
Les résultats obtenus démontrent que les voies métaboliques  qui régissent la régulation de la Cx43 dans les cellules Neuro2A different  largement  de celles identifiées  dans  les  cellules  issues  de  neuroblastomes  humains.  Nos  résultats suggèrent  que  les  N2A  transfectés  avec  la Cx43  ne  peuvent  pas  être  utilisés comme modèle d'étude des neuroblastomes in vivo.


identifier: Sawicki, Jakub  (2006). Caractérisation moléculaire et immunobiologique de la protéine EGT du granulovirus de Choristoneura fumiferana (ChfuGV)  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 156 p.

subject: tordeuse egt epinette

abstract:
La tordeuse des bourgeonsde l'épinette, Choristoneura fumiferana (Clemens),
est un insecte ravageur des forêts de conifères en Amérique du Nord. Les épidémies récurrentes  de  cet  insecte  causent  des  pertes  économiques  importantes  de  la  matière ligneuse.  Par  conséquent,   la  lutte  biologique  contre  des  populations  de  la  tordeuse constitue   un  enjeu   important.   Dans  ce  contexte,   notre  laboratoire   mène  un  projet d'envergure  visant à l'utilisation d'un  baculovirus, le granulovirus de Choristoneura fum(ferana  (ChfuGV),  comme  agent de lutte  biologique  pour contrôler  les populations de 1'insecte.

La protéine virale EGT est non essentielle  à la réplication  d'un  baculovirus.  Le fait que la protéine EGT du ChfuGV joue un rôle important dans la mue chez les larves infectées, était à l'origine  de notre projet de recherche qui consistait en la caractérisation moléculaire  et immunobiologique de cette protéine  virale. Ainsi, lors de cette étude, le gène  egt  codant   pour  la  protéine   EGT  a  été  séquencé   à  partir  de  1'ADN   viral du ChfuGV. L'analyse  de la séquence  nucléotidique et de la séquence déduite en acides aminés du gène egt démontrent  un haut degré d'homologie avec les autres gènes egt baculoviraux. Les études comparatives des séquences en acides aminés suggèrent une homologie  fonctionnelle  entre  la protéine  EGT  du  ChfuGV  et  les protéines  EGT des autres baculovirus.

Par  la  suite,  nous   nous   sommes   intéressés   à  la  production   des  anticorps polyclonaux  anti-EGT  par  immunisation   génétique  afin  de  suivre  l'expression   et  la propagation  de la protéine  EGT lors de l'infection  des larves par le ChfuGV.  Dans le premier temps, l'expression d'un  fragment du gène egt du ChfuGV codant pour la partie C-terminale  de  la protéine  EGT  dans  un système  d'expression procaryote  (pQE32)  a permis de produire la protéine recombinante tronquée EGT589Pc d'un  poids moléculaire de 32 kDa. Cette protéine a été purifiée par chromatographie  d'affinité et concentrée à 0,2 mg/L. Dans un deuxième  temps, la protéine EGT du ChfuGV a été produite en utilisant un système d'expression eucaryote (pcDNA3), lors de l'immunisation génétique visant à produire des anticorps polyclonaux anti-EGT chez les souris Balb/c (immunisées avec leplasmide recombinant pcDNA3-EGT). La spécificité de ces anticorps a été confirmée par immunolbuvardage de type Western en utilisant le protéine recombinante tronquée EGT589Pc comme antigène.

L'étude   de  la  cinétique   de  production   des  anticorps   polyclonaux   anti-EGT par  immunisation   génétique  a  permis  d'observer   l'apparition   des  premiers  anticorps 42 jours suivant la première immunisation  avec le plasmide recombinant  pcDNA3/EGT. Par   ailleurs,   une   meilleure   production   d'anticorps  anti-EGT   a  été   observée   lors de l'injection  du plasmide recombinant pcDNA3/EGT avec le plasmide recombinant pcDNA3/IL2  (14 jours suivant la première immunisation)  ou avec le plasmide pcDNA3 (28 jours suivant la première immunisation). La production d'anticorps anti-EGT est plus importante avec l'immuno-adjuvant IL-2 (l'interleukine-2 mourine).

Ce  projet  de  recherche  nous  a  permis  de  produire  des  anticorps  polyclonaux anti-EGT    par   immunisation    génétique.    Ces   anticorps   seront   être   utilisés   dans les  essais  immuno-histologiques  visant  à suivre 1'expression  de la  protéine  EGT et  à étudier son implication  dans la pathogenèse associée à l'infection  au ChfuGV des larves de Choristoneura  fumiferana.