identifier: Séguin, Julie  (2006). Clonage, expression et caractérisation de déacétylases de Streptomyces coelicolor M145  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 139 p.

subject: chitine biopolymere chitonase clonage deacetylase

abstract:
La chitine est le deuxième biopolymère le plus répandu sur Terre et se retrouve dans la paroi cellulaire des champignons, la carapace des insectes et des crustacés.  Une fois déacétylée, elle devient du chitosane, un polymère plus soluble,  non toxique et biodégradable, utilisé dans plusieurs domaines dont le biomédical, la médecine vétéri naire, l'agriculture, les cosmétiques, le traitement des eaux et le textile.  Le but éventuel du projet est de remplacer le traitement actuel de déacétylation de la chitine par une méthode plus propre, contrôlable, soit l'utilisation d'enzymes, les déacétylases de chitine.
Chez la bactérie Streptomyces coelicolor, 10 déacétylases présomptives ont été répertoriées  en   comparant   la   séquence  de   l'acétyl   xylane   estérase   (AxeA)  de Streptomyces lividans, une enzyme ayant une activité de déacétylation et possédant le domaine NodB (identificateur de déacétylases), au génome de celle-ci. Neuf de ces gènes correspondants ont été clonés chez le vecteur d'expression Streptomyces lividans et trois déacétylases présomptives ont été exprimées, purifiées et caractérisées, soit les protéines SC H35.12c, SC Ml0.24c et SC D95.17c. L'enzyme SC H35.12c a démontré une activité de déacétylation plus importante que les deux autres, comparable à celle de 1'AxeA testée simultanément. Elle a été purifiée par colonne échangeuse d'ions et tamis moléculaire, et a été apte à déacétyler le substrat DP6 (hexa-N-acétylchitohexaose).  Les conditions optimales obtenues sont les suivantes :pH  9, 40°C dans le tampon Tris-HCI.  La réaction semble être très lente étant donné qu'elle s'est prolongée sur une durée de 48h.  Les deux autres enzymes ont aussi démontré une activité de déacétylation, qui s'est avérée cependant très faible.  Il serait intéressant d'effecuer des études de DNA shuffling ou de mutagénèse  dirigée  sur  ces  nouvelles  déacétylases  de  chitine  pour  en  améliorer l'efficacité et éventuellement développer un nouveau procédé industriel de déacétylation de la chitine impliquant ces enzymes en remplacement du traitement actuel.


identifier: Séguin, Julie  (2009). Inhibition de l'adhérence des Escherichia coli pathogènes extraintestinaux par l'utilisation de composées mannosyléa  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 133 p.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

subject: tructus urinaire maladie traitement

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.Les ExPEC (Escherichia  coli pathogènes extra-intestinaux)  causent des infections systémiques  chez  l'humain,   la  volaille  et  d'autres   espèces.     Les  fimbriae  de  type 1 représentent  l'un  des  principaux  facteurs  de  virulence  communs  aux  ExPEC.    Cette structure  de  surface  filamenteuse   reconnaît  et  adhère  à  des  récepteurs  mannosylés retrouvés dans une multitude d'organes  dont la vessie.   Cette interaction est très souvent essentielle à la colonisation, étape critique de l'initiation  de l'infection  dans la plupart des pathologies causées par des ExPEC.   Empêcher cette interaction grâce à un compétiteur du récepteur pourrait être une excellente alternative aux antibiotiques dans la prévention et  le  traitement  des  infections  causées   par  les  ExPEC.     L'équipe   de  chimistes  du professeur René Roy de I'UQAM a donc mis au point la synthèse de plusieurs molécules multimériques ramifiées, appelées glycodendrimères, qui comportent différent nombres d'unités  mannosylées.    L'objectif  de cette étude  est donc  d'évaluer   la capacité  de ces différents glycodendrimères  mannosylés à inhiber l'adhérence  par les fimbriae de type 1 dans différents contextes.

Pour arriver à ces fins, des mutants de trois souches  ExPEC (CFT073,  ECOR72, UCB34) négatifs pour les fimbriae de type 1 ou leur adhésine  FimH ont été générés afin de servir de contrôles au cours des différents tests.  Les trois mutants ont été testés en co infections  contre  les souches  virulentes  correspondantes  dans  le modèle d'infection  du tractus  urinaire  murin  afin  de  confirmer  l'importance   du  fimbriae  de  type 1  dans  la colonisation    par    ces    souches.        La   capacité    d'inhibition   de    l'adhérence    de
16 glycodendrimères  a par la suite été évaluée par des tests d'agglutination de levures en microplaques de 96 puits.  Des tests d'adhérence sur des cellules T24 et HeLa en culture ont été effectués,  mais beaucoup de problèmes rencontrés  lors de la mise au point de la technique en ont fait un échec.  Comme alternative, des tests d'adhérence sur des coupes congelées de tissus aviaire et murin ont été menés.  Finalement, la capacité d'inhibition de l'adhérence  d'un  seul glycodendrimère a été évaluée in vivo dans un modèle murin.

Les trois mutants déficients  pour les fimbriae de  type 1  ont  moins colonisé  les vessies  murines que  les souches  sauvages  et deux  des trois  mutants ont démontré  une colonisation réduite des reins.  Plusieurs glycodendrimères ont été de 500 à 2000 fois plus efficaces que le méthyl -mannose  pour inhiber l 'agglutination  de levures par les ExPEC. L'absence  d'agglutination par les mutants 4fim et 4fimH a confirmé le rôle des fimbriae de type 1  dans l'agglutination  des levures.   Les glycodendrimères  ont aussi  permis une
forte inhibition de l'adhérence des ExPEC sur les coupes congelées de tissus. Malheureusement,  le glycodendrimère évalué in vivo n'a pas eu de succès au niveau de la réduction ou de l 'élimination de la charge bactérienne dans les organes du tractus urinaire des souris.

Comme  les  infections  démontrent   l'importance   du  fimbriae  de  type 1  dans  la colonisation  par trois souches ExPEC phylogénétiquement  distinctes et que plusieurs des glycodendrimères   démontrent   une  forte  capacité   d 'inhibition   de  l'adhérence   par  le fimbriae  de  type 1   in vivo ainsi  que  ex vivo,  il  est  possible  de  croire  à un  potentiel thérapeutiques  pour quelques unes de ces molécules.   Bien sûr, beaucoup d 'autres aspects devront être considérés avant que nous voyons l'apparition  d'une  de ces molécules sur les
tablettes de nos pharmacies.


identifier: Simard, Eric  (2005). La valorisation du lactosérum par fermentation : description et facettes d'une nouvelle technologie  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 485 p.

subject:
lactoserum
fermentation
matrice
proteique
malleable
mpm
enzyme
proteolytique
streptomycete
lactobacillus kefiranofaciens
exopolysaccharide

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Le lactosérum est une ressource disponible en très grande quantité et ses protéines présentent des  avantages  nutritifs, technologiques et  commerciaux  indéniables. Une nouvelle technologie de fermentation fut développée afin d'exploiter les pleins potentiels de cette ressource. Cette plate-forme technologique permet de produire une nouvelle gamme d'actifs  biologiques aux applications très variées, sous  la forme de matrices protéiques malléables (MPM).

Les MPM sont composés d'environ 80% d'eau, 8% de protéines, 6% de minéraux (dont 1,8%  de calcium), 5% de glucides, 1% de gras et 6X1011 bactéries par 100g. Ces matrices permettent d'allier des fonctions technologiques (épaississantes, émulsifiantes et texturisantes), aux  fonctions nutritives et  santés. Elles  permettent la formulation de produits légers (yogourt, mayonnaise, beurre) et de produits santé (modulation immunitaire et amélioration du bilan lipidique). Un brevet, en dépôt international, est aussi présenté pour la protection du procédé de production, du produit (MPM) et des applications de cette nouvelle technologie.

De  nouvelles souches  bactériennes furent isolées de  grains  de  kéfir  pour le développement de cette technologie. Ces souches appartiennent à l'espèce Lactobacillus kefiranofaciens. Parmi celle-ci, la souche R2C2 représente la souche la plus robuste jamais décrite de cette espèce et la souche INIX est surproductrice d'exopolysaccharide. Quatre nouvelles souches de cette espèce furent décrites et comparées aux données actuelles de  la littérature. L'appartenance aux sous-espèces kefiranofaciens  et kefirgranum est discutée, des amorces d'ADN spécifiques à l'espèce furent développées à partir du gène de 1'ARN ribosomiale 16S et 1'appartenance de cette espèce au grand groupe des acidophilus souligne son caractère probiotique qui fut démontré in-vitro et in vivo. Un brevet, en dépôt international, est aussi présenté pour la protection des aspects probiotiques de ces souches.
Outre les composantes et les applications de cette technologie, un axe exploratoire de production d'enzymes naturelles des streptomycètes fut aussi développé dans le but éventuel d'utiliser ces enzymes pour la production de nouveaux MPM. Les travaux réalisés ont mené à la purification et à la caractérisation sommaire d'une nouvelle enzyme (SLP25). Ces  travaux  ont  aussi  démontré que  la  forte  relation  entre  l'activité  des protéases et l'adaptation écologique des organismes en fait un groupe d'un grand intérêt pour l'appréciation des processus évolutifs. L'analyse phylogénétique de cette nouvelle enzyme a permis de proposer la formation d'une sous-famille et de démontrer que SLP25 est en fait un exemple d'échange latéral d'un gène d'un procaryote à un eucaryote.

L'avenir  de cette nouvelle technologie de valorisation du lactosérum et de ses produits est discuté en conclusion. Un article, deux manuscrits déposés, ainsi que deux brevets, sont présenté dans la section «Autres  contributions».  Un premier manuscrit présente les effets anti-inflammatoires deL.  kefiranofaciens. Un article de revue introduit la   notion   de   « Lactoceutique »   comme  produit   d'alimentation   fonctionnelle  ou nutraceutique d'origine laitier et un autre manuscrit présente les résultats de l'utilisation des MPM comme application cosméceutique. Les deux brevets portent sur l'utilisation des EPS de L. kefiranofaciens pour la formulation de médicament; un décrit son utilisation pour la formulation en générale et un autre décrit une application particulière pour le traitement du cancer. L'invention permet de solubiliser et d'améliorer l'effet de certains médicaments soit par synergie ou par augmentation de 1'absorption.


identifier: Simard, Jean-Christophe  (2010). Étude du rôle des protéines S100A8 et S100A9 dans la physiologie des neutrophiles humains  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 94 p.

subject: inflammation

abstract:
S1OOA8 et S100A9 sont des protéines pro-inflammatoires abondamment exprimées dans le cytosol des neutrophiles et des monocytes. Elles sont présentes physiologiquement sous formes d'homo et d'hétéro-dimères. De grandes concentrations extracellulaires de ces protéines ont été répertoriées lors d'épisode inflammatoire et corrèlent  avec plusieurs pathologies inflammatoires comme
1'arthrite rhumatoïde, la fibrose kystique, la maladie de Crohn ainsi que la goutte. À ce jour, le rôle de ces protéines dans la physiologie des neutrophiles demeurent relativement obscur. De plus, les voies de signalisation impliquées dans le comportement des neutrophiles en réponse à ces protéines restent peu connues. La présente étude démontre que S1OOA9 est le composant actif du complexe S100A8/S100A9. Nous démontrons, dans un premier temps, que S100A9 induit 1'exocytose des granules spécifiques, gélatinases et des vésicules sécrétoires du neutrophile. Nous démontrons également que SlOOA9 active les MAPK p38, ERK.l/2 et JNK.. De plus, il s'avère que la dégranulation du neutrophile induite par S100A9 est dépendante de l'activation des kinases p38 et JNK., mais pas ERK.l/2.


identifier: Smaoui, Faiza  (2009). Expression in vivo des facteurs de croissance FGF-2 et PDGFbb en utilisant le chitosane comme système de livraison  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 142 p.

subject: facteur croissance fibroblaste plaquette cartilage

abstract:
L'immunisation  génétique utilisant 1 'ADN  nu est une technique prometteuse dans la lutte contre des  maladies  infectieuses.  Toutefois,  cette  méthode d'immunisation n'induit pas des niveaux d'expression  suffisants pour produire un effet thérapeutique désiré dans les délais voulus. L'ADN  nu, en plus d'avoir  une demi-vie plasmatique très courte, subit une dégradation  très  rapide  par  les  endonucléases  sériques.  Afin  de  pallier  les  limites  que présente ce type d'immunisation, l'administration d'ADN  nu se fait dans un contexte de système de livraison de gènes (liposomes, polymères).
Le  chitosane  est  un  polymère  cationique   non-toxique  et  biocompatible   utilisé comme système de livraison de l'ADN.  Ce biopolymère permet d'envisager une nouvelle démarche  thérapeutique  prometteuse  pour  la  réparation  tissulaire  notamment  pour  des lésions localisées du cartilage.  En effet, des études ont démontré le rôle du chitosanc dans la réparation du cartilage  endommagé  en agissant comme charpente  tridimensionnelle  in
situ.

Basé sur ces informations, nous avons émis l'hypothèse  selon laquelle le chitosane combiné   aux  vecteurs   d'expressions  recombinants   pVaxl-4sfgf-2  ct   pVaxl-pdgf-bb codants  pour « des  facteurs  de  croissances  thérapeutiques » favoriserait  le  processus de réparation des tissus. En effet, les facteurs de croissances issus des fibroblastes (FGF-2) et dérivés des plaquettes (PDGF-BB) ont largement été décrit pour leurs multiples rôles dans la vascularisation, le chimiotactisme  et la régénération tissulaire. Dans notre laboratoire, un projet d'envergure a été entrepris afin de préparer des vecteurs d'expression des facteurs de croissance  FGF-2  et  PDGF-BB  dont  l'expression   a été  caractérisée.  L'intégrité  de  ces protéines recombinantes a été vérifiée dans un modèle in vitro et in vivo. Nous avons utilisé le chitosane comme moyen de livraison des gènes fgf-2 et pdgf-bb grâce à ses propriétés efficaces et sécuritaires de livraison.
La greffe du peptide signal du facteur de croissance FGF-4 à la partie N terminale du facteur FGF-2 nous a permis d'obtenir  un plasmide recombinant pVaxl-4sfgf-2 plus performant avec un haut niveau d'expression de la protéine recombinante 4sFGF-2. Nos résultats  de  séquençage  ont  confirmé  l'intégrité   structurelle  des  vecteurs  recombinants pVaxl-4sfgf-2 et pVaxl-pdgf-bb.

L'immunisation de souris  BALB/C  nous a permis de montrer  l'expression in vivo des  protéines   recombinantes   4sFGF-2   et  PDGF-BB   livrées  dans  un  contexte  de gene delivery system. Trois formulations différentes  de chitosane,  92-10-5,  80-10-10 et 80-80-5 [DDA-MW-   N:P  ratio],  ont  été  utilisées   pour  former  des  complexes   chitosane/ADN plasmidique avec chacun des deux plasmides recombinants,  pVax1-4sfgf-2  et pVax1-pdgf bb. Les deux premières  formulations,  92-10-5  et 80-10-10,  se sont avérées  plus efficaces dans  la livraison des plasmides  recombinants  comparativement à la formulation  80-80-5. Un niveau d'expression efficace  des protéines recombinantes  4sFGF-2  et PDGF-BB  a été démontré, soit des concentrations de 2500 pg/ml et de 7000 pg/ml après livraison par la formulation   92-10-5.  L'évaluation  qualitative  des  réponses  humorales   induites  par  les injections sous-cutanées,  ont également montré que le chitosane 80-10-10  était responsable d'un taux élevé d'anticorps anti-4sFGF-2 (valeur de densité optique de 1.2).
L'ensemble de nos résultats est fondamental  et indique que nous serons capables à long  terme  d'évaluer le  potentiel  des  complexes  chitosane-pVaxl-4sfgf-2 et  chitosane pVaxl-pdgf-bb à initier la vascularisation  tissulaire et à régénérer les défauts articulaires de
patients souffrant, entre autres, de pathologies articulaires.


identifier: Srei, Narin  (2011). Identification des facteurs permettant d'optimiser la production de Beauveria Bassiana et les impacts sur la virulence  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 125 p.

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Beauveria bassiana est un candidat intéressant pour la lutte microbiologique. Plusieurs isolats, notamment les isolats INRS-IP et INRS-CFL, sont utilisés pour contrôler les insectes nuisibles forestiers et agricoles. Afin de répondre aux besoins de conidies lors de l'application sur le terrain de B. bassiana, une optimisation des conditions de production à grande échelle doit être considérée. Comme tous les champignons imparfaits, B. bassiana exige des conditions particulières, des substrats appropriés, ainsi que des conditions abiotiques spécifiques, notamment la  température, la lumière,1'humidité et les substances nutritionnelles qui optimiseront sa croissance.

Deux isolats de B. bassiana (INRS-IP et INRS-CFL) ont été choisis pour cette étude. Ce sont des isolats indigènes du Québec. L'isolat INRS-IP a été isolé à partir d'un adulte du doryphore de la pomme de terre, Leptinotarsa decemlineata Say, récolté sur L'Île-Perrot et l'isolat INRS-CFL a été retrouvé sur un adulte du grand hylésine du pin, Tomicus piniperda L., provenant de la région de Cookshire. Ces deux isolats ont été conservés dans la banque des champignons du Laboratoire d'entomologie expérimentale de l'INRS-Institut Armand-Frappier.

Dans une première étape, cinq céréales ont été étudiées afin de déterminer celle utilisée comme milieu de culture. Les analyses ont montré que 1'orge et le riz étaient les céréales donnant des rendements soutenus et constants. Sur la base de considération économique et de sa disponibilité au Canada, l'orge  a été retenue comme milieu de culture durant les études de  la production des isolats  INRS-IP et  INRS-CFL de B.bassiana. Des facteurs pouvant influencer la production des conidies des deux isolats de B. bassiana ont été évalués à l'aide d'une analyse factorielle fractionnée de type Plackett Burmen et d'une  modélisation de la surface de réponse de type Central Composite Design. Ces approches ont été choisies pour déterminer les conditions permettant d'optimiser la production. Les variables mesurées ont été la concentration des conidies par ml, le volume de filtrat récolté (ml) et le rendement total en conidies.

Pour les isolats INRS-JP et INRS-CFL de B. bassiana, les résultats de l'analyse factorielle fractionnée de type Plackett-Burmen ont permis d'identifier certains facteurs environnementaux tels que la température et la lumière, ainsi que des facteurs nutritifs tels que la peptone, la chitine et l'extrait de levure pouvaient influencer la production des conidies. Les résultats ont aussi démontré que chaque isolat avait des besoins spécifiques même s'ils sont de la même espèce.

L'analyse de la modélisation de la surface de réponse, Central Composite Design, a fourni des indications plus précises sur les valeurs des facteurs sélectionnés devant permettre une production optimale de chacun des deux isolats. Les résultats ont démontré que les  rendements optimaux des isolats INRS-IP et INRS-CFL pouvaient atteindre, respectivement, 1,14 x 10 14 et 1,15 x 1015 conidies par 100g d'orge.

Finalement, pour chaque isolat, la virulence des différentes préparations fongiques a été testée. Cette étape devait permettre de vérifier si les conditions de production des champignons pouvaient affecter la virulence. Pour chaque isolat, aucune différence significative n'a été observée entre les données de mortalité et la présence de muscardine des larves soumises aux différentes préparations.


identifier: St-Jean, Julien  (2006). Caractérisation de l'adaptation du coronavirus dans le système nerveux central humain  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 226 p.

subject: prevention infection virus systeme nerveux

abstract:
Les souches 229E et OC43 du coronavirus humain (HCoV) sont omniprésentes dans l'environnement et sont responsables d'environ le tiers des rhumes recensés chez l'être humain. Il a été démontré expérimentalement dans le laboratoire du Dr Pierre Talbot que le HCoV-OC43 possédait des propriétés neurotropes et neuroinvasives et qu'il pouvait induire des infections persistantes dans des cultures de cellules neurales. Il pourrait donc être associé à des pathologies du système nerveux central.  Bien qu'il ait également été démontré dans la présente étude que le HCoV-OC43 pouvait demeurer génétiquement stable dans l'environnement, il est connu que les coronavirus peuvent s'adapter  en culture cellulaire ou en réponse à une pression de sélection donnée, telle que celle exercée par le système immunitaire.

Dans le présent projet de recherche, des infections persistantes de certaines lignées cellulaires neurales (M03.13,  H4, U-87 MG et TE-671) ont été effectuées dans le but de vérifier si la persistance du virus est à 1'origine de mutations dans le gène qui code pour la protéine de surface S, laquelle pourrait être associée à l'adaptation du virus face à l'environnement neural. Dans le même ordre d'idées,  le gène HE ainsi que le gène de nucléocapside (N) ont aussi été séquencés afin de déterminer si ces gènes pouvaient être reliés à une adaptation quelconque pouvant survenir en culture cellulaire.  Les particules virales relarguées des cellules infectées de façon persistante ont donc été extraites puis purifiées et 1'ARN génomique viral a été séquencé. Dans les différentes infections persistantes, des mutations dans le gène S ont été identifiées et conservées lors de passages subséquents, suggérant qu'elles conféreraient un avantage sélectif au virus persistant.  Ces mutations ont notamment été retrouvées dans le site potentiel de liaison au récepteur, où les mutations D24Y, S83T, H183R et Y241H étaient prédominantes.   Seulement quelques mutations ont été identifiées dans les gènes HE et N, suggérant que le gène S est le principal responsable de l'adaptation à l'environnement du virus, laquelle pourrait être associée au neurotropisme, à la neuroinvasion et possiblement à la neurovirulence.

Afin d'évaluer l'impact de ces mutations, des tests de modulation de tropisme et d'infectivité ont été réalisés en utilisant des lignées cellulaires dont la susceptibilité à l'endroit du HCoV-OC43 avait préalablement été déterminée.  Ces analyses ont révélé que les mutations retrouvées dans le gène S pouvaient affecter certaines propriétés du virus. Ainsi, certains variants issus des infections persistantes présentaient un tropisme cellulaire élargi, un phénotype différent dans la souris et pouvaient former des plages de lyse in vitro, contrairement à la souche de référence HCoV-OC43 ATCC VR759.   Ces résultats suggèrent donc que le HCoV-OC43 peut évoluer en s'adaptant à son environnement cellulaire in vitro.

Finalement, un  clone  infectieux  d'ADNe  du  HCoV-OC43  a  été  assemblé  dans  un bacterial  artificia/ chromosome  (BAC)  sous  le  contrôle  du  promoteur  du  cytomégalovirus (CMV). Il a été montré que le virus recombinant possédait les mêmes propriétés de réplication in vitro et de neurovirulence in vivo. Ce clone s'avérera un outil de premier plan afm de déterminer l'impact des mutations retrouvées dans le gèneS  et de comprendre davantage les mécanismes de réplication et de tropisme du virus. En combinaison avec les expériences décrites précédemment, ce clone nous permettra de répondre à de nombreuses questions qui concernent les bases moléculaires de la neuropathogenèse des coronavirus humains.


identifier: Svitek, Nicholas  (2010). Mécanismes d'immunosuppression de la protéine V du virus de la maladie de Carré.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 200 p.

subject: furet

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF Le virus de la maladie de Carré (canine distemper virus, CDV) cause une infection létale chez le furet caractérisée par une forte immunosuppression. Un des facteurs de virulence codé par le virus est la protéine V qui a été associée à cette immunosuppression. Des études précédentes au laboratoire ont démontré qu'en absence de la protéine V du CDV  {CDV-Vko), ce  virus ne  cause pas  une  infection létale ni  la  forte immunosuppression telles qu'observées avec le virus de type sauvage. De plus, il est connu que chez le virus de la rougeole (measles virus, MV), un proche parent du CDV, la protéine V inhibe la réponse des interférons {IFN) au niveau cellulaire.

Nous avons donc émis l'hypothèse que la protéine V inhibe l'induction d'une réponse antivirale innée appropriée. Pour tester cette hypothèse, mon doctorat poursuivait trois objectifs spécifiques. Dans un premier temps, nous avons visé la comparaison de la réponse cellulaire en générant un profil de transcription de cytokines de furets infectés avec le virus de type sauvage ainsi qu'avec le CDV-Vko. D'autre part, j'ai envisagé de cartographier la région de la protéine V qui est responsable pour son activité, et par la suite, de  caractériser les interactions de la protéine V avec les protéines cellulaires impliquées dans l'établissement de l'immunité innée.

Dans le cadre de mon premier objectif, j'ai  cloné plusieurs cytokines de furets impliquées dans différentes voies de la réponse immunitaire. Basé sur ces séquences, j'ai d'abord développé un essai de RT-PCR semi-quantitatifpuis ensuite un essai de RT-PCR en temps réel. J'ai  observé que les furets infectés avec le virus de type sauvage sont fortement inhibés dans l'induction d'une synthèse de cytokines appropriées. Par contre, les animaux infectés avec des virus atténués, tel que le CDV-Vko, induisent une bonne synthèse de cytokines impliquées dans la réponse inflammatoire ainsi que dans la réponse de cellules T de type THl et TH2.

Ensuite, en générant par génétique inverse des virus recombinants portant des substitutions d'acides aminés dans des régions conservées de la partie N-terminale et C-terminale de la protéine V, j'ai  observé que la tyrosine en position  110 du domaine N terminal, connue pour être importante chez le MY pour inhiber la signalisation des I FN, n'est  pas requise  pour  causer  une  infection  létale chez  le furet.  Par contre,  les virus arborant  une  mutation  dans  une  des  cystéines  conservées  démontrent   un  phénotype atténué similaire au CDV-Vko.

Suite à des essais luciférase in vitro, j'ai  découvert  que la tyrosine  Il 0 dans la protéine V du CDV est essentielle pour bloquer la voie de signalisation des IFN de type 1 et de type II alors que les mutants cystéines perdent la capacité de bloquer seulement la transduction cellulaire  des IFN de type 1.  Pour identifier  le mécanisme  d'inhibition  de l'immunité  innée qui corrèle  avec  la virulence du  virus, nous avons  étudié  l'effet  des protéines V mutantes sur l'inhibition  de l'activation  des promoteurs  naturels des gènes induits par les interférons (ISG), Mx1 et ISG54, ainsi que du promoteur naturel médiant la synthèse de l'IFN-. J'ai observé que les protéines V mutantes au niveau des cystéines perdent spécifiquement  leur capacité  à  inhiber l'activation  du  gène  Mx1  alors que  le mutant tyrosine garde la même efficacité que la protéine sauvage à inhiber l'activation de la transcription de Mx1.

Ce projet de recherche a permis de mettre en lumière les mécanismes moléculaires impliqués dans la pathogenèse morbillivirale. De plus, cette étude révèle le rôle important joué par la protéine Mx dans le contrôle des infections morbillivirales.


identifier: Tazi, Samia  (2005). Identification et caractérisation du gène p49 du granulovirus de Choristoneura fumiferana (ChfuGV) : expression de la protéine P49 recombinante dans un système procaryote et eucaryote et production d'anticorps anti-P49  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 159 p.

subject: granulovirus procaryote eucaryote anticorps

abstract:
L'infection associée au granulovirus de Choristoneura fumiferana (ChfuGV) fait intervenir plusieurs protéines virales dont la majorité ne sont pas encore identifiées. Parmi ces protéines, la P49 retrouvée chez certains baculovirus joue un rôle majeur lors de la pathogenèse virale. Cette protéine inhibe le processus apoptotique induit par les cellules hôtes, comme système de défense, lors de l'infection virale. Ce projet de recherche rapporte, pour la première fois, la présence et la caractérisation du gène codant pour la protéine P49 chez le ChfuGV.

Le gène p49  a été localisé sur le brin anti-sens du génome de ChfuGV, entre les positions 8 632 pb et 9 999 pb, et immédiatement en aval du gène viral codant pour la protéine structurale ODVe-18. Ce gène code pour une protéine de 455 acides aminés, ayant une masse moléculaire de 53  k.Da. Les analyses des séquences nucléotidiques et en acides aminés ont  permis de confirmer l'identité du gène p49 au sein des granulovirus étudiés. La séquence de la protéine P49 de ChfuGV partage une homologie de 40-55% avec celle des autres GV. Toutefois, les faibles homologies obtenues avec les baculovirus de t}ipe nucléopolyédrovirus  (NPV) ont suggéré une divergence évolutive entre les GV et les NPV au niveau de la protéine P49.

Dans le but d'une caractérisation immunobiologique, la protéine recombinante P49 a été produite dans les bactéries E. coli MIS [pREP4] en utilisant le système d'expression procaryote pQE32. La purification de la protéine recombinante P49 a été effectuée en conditions dénaturantes par chromatographie  d'affinité  sur  colonne  de  nickel  (Ni-NTA}. Le  rendement  obtenu  de  la purification  correspond  à  environ  5.5  mg/litre  de  culture.  L'utilisation   de   la  protéine recombinante P49 lors de l'immunisation classique des souris Balb/c a permis la production d'anticorps  polyclonaux anti-P49 spécifiques. Les analyses par ELISA ont démontré que l'induction des réponses en anticorps anti-P49 par immunisation classique est efficace, avec des titres importants à partir du 41ème jour post-immunisation.

Au  cours  du  projet, il a  été  également  question d'explorer  l'efficacité  de  l'immunisation génétique   (ADN  nu)   dans   la  production  des   anticorps  anti-P49,  comparativement  à l'immunisation classique. L'immunisation génétique des souris Balb/c, en utilisant le système d'expression eucaryote pcDNA3 exprimant la protéine P49 (pcDNA3/p49), a permis la production d'anticorps anti-P49 très spécifiques. Les titres des anticorps générés sont d'environ
103 et ont été atteints au bout du 81ème jour post-immunisation. Cette réponse en anticorps anti-P49 s'est ainsi avérée plus faible et plus tardive que celle générée par l'immunisation classique. Toutefois, les titres des anticorps anti-P49 produits par immunisation génétique ne tiennent compte d'aucune protéine contaminante d'origine bactérienne. En effet, contrairement aux anticorps générés par immunisation classique, les anticorps anti-P49 produits par immunisation génétique résultent strictement de l'immunogénicité de la protéine P49. En plus de cette spécificité des anticorps, l'immunisation génétique s'est  avérée une méthode moins coûteuse, plus rapide et largement moins laborieuse que 1'immunisation classique. De ce fait, l'immunisation génétique a été considérée comme étant une approche plus fiable pour la production des anticorps anti-P49.

Les expériences d'immunisation génétique ont permis également de confirmer le potentiel immuno-adjuvant du plasmide codant pour l'IL-2.  En effet, cette étude a démontré que la réponse humorale peut être améliorée par la co-injection du vecteur exprimant cette cytokine (pcDNA3/IL-2) en présence du vecteur codant pour la P49. L'IL-2  a ainsi permis d'activer l'induction de la réponse humorale et d'augmenter de plus de 10 fois les titres des anticorps anti P49, par rapport à l'immunisation en l'absence de cette cytokine.


identifier: Tessier, Sophie  (2005). Marquage régio-spécifique des récepteurs ETa et ETb de l'endothéline à l'aide de sondes peptidiques photosensibles  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 113 p.

subject: endotheline et marquage peptide anaerobie

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
L'endothéline (ET) est identifiée comme l'un des plus puissants agents vasoconstricteurs connus   chez   les   mammifères.   Ce   peptide   de   vingt-et-un   acides   aminés   agit   par l'intermédiaire de deux types de récepteurs couplés aux protéines G, soit ETA et ETe. Il participe  à  la  régulation  des  fonctions   d'une   multitude  d'organes,  entre  autres  par l'induction de  la  constriction  des  vaisseaux  sanguins  et  des  muscles  lisses  et  par  la production d'hormones.  Étant donné ses nombreuses actions physiologiques, l'ET est impliquée dans diverses pathophysiologies  dont l'hypertension, l'infarctus du myocarde et l'asthme.  Pour établir des thérapies mieux ciblées, il est donc important de comprendre l'interaction  entre l'ET et ses récepteurs.
Afin d'en  connaître davantage sur les sites de liaison des récepteurs de l'ET,  nous avons opté  pour  l'utilisation   d'analogues  photosensibles   de  ce  peptide  dans  des  essais  de marquage par photoaffinité.  Pour ce faire, nous avons divisé cette étude en deux volets, soit   la  synthèse   et  la  caractérisation   de  nouvelles   sondes   photosensibles   dérivées d'analogues  de l'ET  et finalement  le photomarquage  des récepteurs  ETA et ETe. Pour débuter, deux peptides possédant  une sélectivité  pour l'un  ou l'autre  des récepteurs  de l'ET   ont  été  identifiés  comme  sondes   photosensibles   potentielles   soit  l'antagoniste peptidique TTA-386   (hexaméthylèneiminocarbonyle-Leu-trp-ala-j3Ala-Tyr-phe) (Kitada, et al., J. Cardiov. Pharmacol., vol. 22, S128, 1993) qui est sélectif pour le récepteur ETA et l'agoniste IRL-1620 (N-succinyl-[Giu 9, Ala 11 15 ] ET-1 (8-21)) (Takai et al., Biochem.Biophys. Res. Comm., vol. 184, p.953-959, 1992) sélectif pour ETe. Lors de la synthèse chimique de ces peptides, leur séquence en acides aminés a été modifiée par l'ajout  du p benzoyl-phénylalanine  (pBpa), un acide aminé photosensible à l'origine  du marquage des récepteurs.  La phénylalanine en position 6 du TTA-386 a ainsi été substituée par le D- ou
le L-pBpa. Quant au récepteur ETe, c'est  la sonde [Bpa5]IRL-1620  qui a été produite par

le remplacement  de la valine. Pour vérifier  l'importance des modifications  structurales apportées par le Bpa sur 1'activité et la sélectivité de chacun des peptides photosensibles, l'activité biologique des peptides synthétisés  a ensuite été vérifiée sur deux préparations tissulaires exprimant majoritairement soit le récepteur ETA (aorte thoracique de rat) ou le récepteur  ETe (parenchyme  pulmonaire  de  cobaye).  Des  tests  de liaison  ont  aussi  été réalisés sur des cellules CHO-Kl  transfectées  avec le récepteur  hETe ou hETA afin de caractériser  leur  force  de  liaison  avec  les  récepteurs.  Il a  alors  été  démontré  que  les ligands photosensibles possèdent les caractéristiques pharmacologiques et biochimiques requises pour le photomarquage des récepteurs ETA et ET 8, soit une bonne affinité et une sélectivité pour leur récepteur respectif.
Ces outils pharmacologiques  ont donc été utilisés pour photomarquer  les récepteurs  de l'ET.  L'irradiation des  sondes  photosensibles  [ 1251-Tyr5,  D-pBpa6  ]-TTA-386  et  [1251- Tyr5L-pBpa6 ]-TTA-386 en présence de ETA ou de [Bpa5,1251-Tyr6]1RL-1620 en présence

de ETs a permis la formation de complexes ligand-récepteur.  Puisque le photomarquage de ces récepteurs est impossible en présence d'ET,  alors ces résultats nous suggèrent que les sondes photosensibles sont non seulement capables de photomarquer les récepteurs de l'ET,  mais elles partagent aussi le même site de liaison que l'ET  sur ses récepteurs.  Pour mieux  définir  ces domaines  de liaison, les récepteurs  photomarqués  ont  finalement  été digérés  par deux  enzymes  différentes  soit  l'Endoprotéinase Lys-C  et la  V8  et  par un traitement  chimique  au  bromure  de  cyanogène.  Ces  clivages  ont  alors  produit  des fragments  dont au moins un était lié à l'une  des sondes  photosensibles  radiomarquées. Une migration  sur gel SDS-PAGE  de ces fragments  a permis d'identifier la masse des fragments liés aux sondes. L'analyse de ces masses avec la séquence  connue de chaque récepteur  a alors  permis  d'identifier l'endroit  exact  où  chaque  sonde  s'est  liée  sur  les
récepteurs de l'ET. En combinant tous les produits de clivage, les résultats suggèrent que
[Bpa5,1251-Tyr]6]1RL-1620   se   lierait   au   cinquième   domaine   transmembranaire  du récepteur ETB entre les résidus Trp275 -Leu295 Pour ce qui est du récepteur  ETA,  ce sont
les résidus Trp257-Met278 qui ont été ciblés par les deux sondes photosensibles utilisées.
Il est  donc  intéressant  de  constater,  que  le cinquième  domaine  transmembranaire des récepteurs  de l'ET  ait été  ciblé dans nos deux  études de photomarquage.  Ce domaine semble donc être d'une  importance capitale pour l'interaction des récepteurs  ETA et ET8


identifier: Tran, Ngoc-Hoa  (2005). Évaluation de procédés de biofiltration et de boues activées pour compléter l'épuration du lisier de porc à la suite d'un premier traitement aérobie thermophile  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 96 p.

subject: epuration lisier biofiltation

abstract:
L'industrie porcine est en croissance au Québec. Cette activité génère un grand  volume  de  lisier  (mélange  de  fèces,  d'urine  et  d'eau  de  lavage).  Les éléments fertilisants excédentaires (azote et phosphore), la matière organique ainsi que les pathogènes deviennent donc  une source de pollution importante.  Il est possible  de  traiter  le  lisier  de  porc,  mais  les  procédés  disponibles  sont  peu nombreux et ne sont pas encore très satisfaisants.
Des chercheurs 	du	groupe 	de 	recherche 	en	microbiologie	de l'environnement de l'INRS - Institut Armand-Frappier ont développé un biotraitement  aérobie  thermophile  pour  le  lisier  de  porc. Celui-ci   permet  de détruire  les organismes  pathogènes  et  les  composés  malodorants  en  plus  de fortement réduire la charge organique et la teneur en ammoniac. Cependant, dans les cas où un rejet du liquide au cours d'eau est souhaité, une étape de traitement supplémentaire sera requise pour éliminer les charges polluantes restantes. Pour ce faire, nous avons testé deux types de technologie: la biofiltration et un procédé de boues activées dans un réacteur biologique séquentiel (RBS). Les tests se faisaient sur de petites unités de laboratoire de 1L. Ces réacteurs étaient opérés à la température de la pièce.
Pour la biofiltration, nous avons utilisé un garnissage de tourbe qui jouait le  rôle d'un  support  pour  les micro-organismes.  Des  réductions  moyennes  de 45%, 87%, 83% et Il%  ont été obtenues pour la demande chimique en oxygène (DCO), la demande biologique en oxygène (DB05), l'azote ammoniacal et Je phosphore, respectivement. Ces rendements ont cependant  rapidement diminué à cause d'un  problème de colmatage.
Un réacteur biologique séquentiel (RBS) avec des séquences d'opération différentes durant une batch a été utilisé. Les suivis de DCO, DB05,  pH, OD, ORP, N-NH4 etN-NOx étaient réalisés fréquemment pour évaluer l'efficacité  des traitements. Après 4 expériences, les résultats recueillis étaient en dessous de nos attentes.  Nous  nous  sommes  enfin  concentrés  sur  l'aspect  de  nitrification  du procédé.  Après  un  mois  d'opération   d'une   nouvelle  expérience,  nous  avons  effectivement   obtenu   une   biomasse  qui  présente  une   bonne   activité   de nitrification. Une nitrification complète a été observée dans cet essai. Parallèlement, des tests en fioles ont montré que la nitrification complète a lieu plus rapidement dans les milieux inoculés par une boue activée acclimatée. Cette biomasse pouvait  tolérer  une concentration d'azote  ammoniacal initiale assez élevée (environ 350 mg/L). La dernière expérience a été réalisée avec deux bioréacteurs RBS.  Le pH du premier était ajusté avec du NaOH et l'autre avec du Na2C03. Ces deux réacteurs ont rapidement développé une population nitrifiante après  une  semaine  d'opération  et  une  nitrification complète  après  13  jours d'aération continuelle. Peu de différences au niveau des quantités d'azote (diminution d'ammoniac,  formation de nitrite et de nitrate) ont été observées durant le temps de démarrage entre les deux bioréacteurs mais 1'effet de tampon du  carbonate a  été  confirmé.  Le cycle a été  raccourci progressivement  à  48 heures, puis à 18 heures, ensuite à 8 heures et enfin à 6 heures au jour 35. Ces deux réacteurs n'étaient pas encore au régime permanent à ce moment.


identifier: Tremblay, Arianne  (2006). Réactivation d'un virus TuMV inactif intégré dans le génome de Arabidopsis thaliana par l'utilisation d'un système inductible Cre/LoxP  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 154 p.

subject: proteine recombinante transgenese virus

abstract:
Les plantes représentent une plate-forme intéressante pour la production de protéines recombinantes.  C'est  dans  cette  optique que  les recherches  effectuées  ont été orientées dans le but d'élaborer  un système  de production de protéines recombinantes  hautement efficace. Dans ce sens, les méthodes de transgénèse et d'expression à l'aide d'un  vecteur viral  ont été couplées.  Une copie  d'ADNe  du  virus de la mosaïque  du navet  (TuMV) rendue inactive a été introduite  dans  le génome  d'Arabidopsis thaliana.  L'inactivité de cette copie du virus était due à l'introduction d'un  signal de terminaison de la traduction bordé par deux sites loxP entre les séquences codantes pour les protéines P1 et HePro. Ce signal de terminaison de la traduction  n'empêchait  pas la transcription  du génome  viral mais  provoquait   un  arrêt   prématuré  de  la  traduction   empêchant   la  production   des protéines impliquées dans la réplication du virus, ce qui le rendait inactif. La réactivation de  ce  virus était  possible  par recombinaison  spécifique  aux  sites  loxP  uniquement  en présence  de  la  recombinase   Cre.  Cette   recombinaison   entraîne   l'élimination  de  la séquence entre les deux sites  soit le signal de terminaison de la traduction ainsi qu'un  des deux sites loxP. Trois approches ont été utilisées pour introduire la recombinase Cre dans les plantes. La Cre a été produite suite à l'infiltration  d'une  suspension  d'Agrobacterium tumefaciens   contenant   le  gène   codant   pour  Cre,  sous   le  contrôle  d'un   promoteur constitutif.  Elle a également  été produite  par l'entremise d'un  vecteur viral autre que le TuMV   dans   les   feuilles   des   plantes.   Finalement,    l'introduction   d'une    cassette recombinase sous le contrôle d'un  promoteur inductible dans le génome des plantes transgéniques pour le TuMV inactif a été un autre moyen d'exprimer la recombinase dans les plantes.  L'expression de  la  recombinase  dans  les plantes  permettait au  virus de se répliquer  à nouveau considérant  l'apparence de ces plantes.  La présence d'un  seul site loxP dans la séquence virale suivant  la recombinaison  n'affectait  donc ni la réplication ni la  traduction  du  virus  puisqu'autant de  protéines  de  capside  du  virus  pouvaient  être détectées  dans  ces  plantes  comparativement   à  des  plantes  infectées  avec  le  TuMV sauvage.

Une  infection  avec  ce  v1rus dit  loxé  a  permis  aux  plantes  infectées  de  croître  plus facilement  que   lors  d ' une  infection  avec  le  virus  de  type  sauvage   sans  toutefois ressembler à des plantes non-infectées.  HcPro étant la protéine modifiée par la présence de ce site loxP et puisque celle-ci est impliquée dans la suppression  du « gene silencing  », une  caractérisation  détaillée  de  cette  fonction  par  le  TuMV-lox  a  été  effectuée.  Des analyses  de  synergisme  entre  le  TuMV-lox  et  le  PVX  montraient  que  l'activité   de suppression  du «gene silencing » était affectée  par la présence du site loxP. Par contre, l'expression  des  microARN  dans  les plantes infectées  avec TuMV-lox  ne semblait  pas modifiée dans les plantes infectées avec TuMV-lox.


identifier: Tremblay, Julien  (2007). Caractérisation de la mobilité de type «swarming» chez Pseudomonas aeruginosa  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 198 p.

subject:
pseudomonas aeruginosa
mobilite
swarming
bacterie

abstract:
Pseudomonas aeruginosa est une bactérie à Gram-négatif vivant dans le sol et les environnements aqueux. C'est un pathogène opportuniste pouvant causer des infections pulmonaires chroniques chez les individus atteints de la fibrose kystique (FK). En plus des motilités de type« swimming »et« twitching »,P.  aeruginosa est capable d'un autre type de motilité:  le « swarming ». Ce type de motilité se manifeste par un mouvement rapide et coordonné d'une population bactérienne sur une surface semi-solide, résultant d'une activité intercellulaire ainsi que d'une différenciation morphologique des cellules. Celles-ci se regroupent en radeaux multicellulaires, deviennent hyperflagellées et hyperallongées, allant jusqu'à doubler leur taille. In vitro, le«  swarming » se traduit par la formation de dendrites qui migrent selon des motifs particuliers à partir du point d'inoculation. Un mélange de molécules tensio-actives, qui agirait en réduisant la friction entre les cellules et le milieu sur lequel elles circulent, est produit par les bactéries et est absolument nécessaire pour ce type de motilité. Ce biosurfactant est composé de rhamnolipides (RL) et de leurs précurseurs, les acides 3-(3-hydroxyalcanoyloxy) alcanoïques (HAA).  Des études récentes suggèrent aussi que les RL sont intimement impliqués dans la formation de biofilms. Un biofilm est une communauté bactérienne englobée dans une matrice d'exopolymères, ce qui la rend notamment plus résistante à de nombreux antibiotiques. La  synthèse  du  biosurfactant est  régulée par  le  « quorum sensing » (QS), qui est une forme de communication intercellulaire. Il est donc important de mettre en contexte la relation existante entre le « swarming », les biofilms et le QS. La fonction fondamentale du « swarming » est inconnue, mais elle serait la conséquence de
1'expression de voies génétiques activées par certains facteurs environnementaux. En effet, il est reconnu que la viscosité et la composition du milieu de culture jouent un rôle déterminant sur l'expression du« swarming ».Un milieu pauvre en nutriments avec une faible concentration d'agar  est nécessaire pour déclencher ce type de motilité chez P. aeruginosa.   Les travaux présentés dans ce mémoire avaient pour but de caractériser la motilité de type « swarming » chez la souche PA14 de P. aeruginosa. Cela a été accompli en 1) déterminant plusieurs facteurs qui influencent le « swarming » et 2) en identifiant des gènes impliqués dans ce type de motilité. Les résultats obtenus montrent que le
« swarming » est intimement relié à la composition du milieu nutritionnel ainsi qu'aux propriétés physiques de l'agar et qu'un milieu hautement osmotique entraîne la formation de dendrites hyper-rammifiés. Un total de 67 gènes impliqués dans le « swarming » a été identifié.  Finalement, 1'influence  des  RL  et  des  HAA  sur  le  « swarming »  a  été investigué.  Des RL  purifiés attirent les dendrites et  favorisent le  « swarming ». Par contre, les HAA repoussent les dendrites et inhibent le« swarming ».Les résultats de ces travaux permettront d'améliorer les connaissances sur la motilité de type « swanning », mais aussi sur  la motilité de surface en général, qui est un phénomène encore mal compris et peu étudié.


identifier: Tremblay, Julien  (2011). Caractérisation de la motilité de type Searming chez Pseudomonas aeruginosa  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 258 p.

subject:
serraria
proteus mirabilis
salmonella
bacillus subtilis
vibrio sinorhizobium
meliloti
escherichia coli

abstract:
Pseudomonas  aeruginosa  est une bactérie à Gram-négatif vivant  dans le sol et  les environnements  aqueux. C'est un  pathogène  opportuniste  pouvant  causer des infections pulmonaires  chroniques  chez les individus atteints  de la fibrose kystique (FK). En plus des motilités de type swimming et twitching, P. aeruginosa est capable d'un autre type de motilité : le swarming. Ce type de motilité  se manifeste par un mouvement rapide et coordonné d'une population bactérienne sur une surface semi-solide, résultant d'une activité intercellulaire et souvent accompagné d'une différenciation cellulaire. Les cellules en swarming  peuvent parfois se regrouper  en  radeaux  multicellulaires,  devenir  hyperflagellées  et  hyperallongées. Sur géloses, le swarming se traduit  par la formation  de dendrites qui migrent selon des motifs particuliers  à partir  d'un  point  d'inoculation.  Chez P. aeruginosa,  les deux seuls facteurs absoluments requis pour le swarming  sont la présence d'un flagelle fonctionnel ainsi que la synthèse de  biosurfactants  (i.e.  rhamnolipides).  Ces molécules  présentent  des propriétés tensio-actives qui agiraient en réduisant la friction entre les cellules et le milieu sur lequel elles circulent.  Le rôle  fondamental  du swarming   est inconnu, mais serait  la conséquence de l'expression de voies génétiques activées par certains facteurs environnementaux. Le swarming constitue  une manifestation  de multicellularité  bactérienne, au même titre  que le modèle classique des biofilms microbiens.
Dans cette thèse, je rapporte premièrement  des résultats décrivant comment obtenir une bonne reproductibilité  des tests de swarming  en laboratoire, le tout en explorant l'effet de certains facteurs environnementaux sur ce type de motilité. En effet, aucun protocole fiable et reproductible n'existait lorsque j'ai entrepris d'étudier ce phénomène de surface. En deuxième lieu, je décris une étude transcriptomique d'une colonie de P. aeruginosa en swarming  afin de déterminer quels sont les gènes dont l'expression caractérise ce type de motilité. Je rapporte par  la suite la découverte  d'un  gène impliqué  dans le swarming, mais n'affectant  pas la synthèse de  rhamnolipides   et  la  fonction  flagellaire.  Finalement,  des  résultats  visant  à caractériser un mutant  dans un gène codant pour un peptide à motif  double-glycine (motifs traditionnellement  impliqués dans le quorum sensing chez les bactéries à Gram(+)) sont décrits.
Les résultats rapportés dans cette thèse améliorent les connaissances sur la motilité  de type swarming, mais aussi sur la motilité  de surface en général, qui est un phénomène encore mal compris et peu étudié. À plus long terme, cet ouvrage contribuera au développement de l'étude de la motilité swarming  en tant que modèle de multicellularité  bactérien.


identifier: Tremblay-Dauphinais, Pascal  (2010). Isolement et caractérisation de bactéries capables de métaboliser l'équol  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 105 p.

subject: phytoestrogene estrogene lisier porc

abstract:
Le lisier de porc contient des estrogènes et des phytoestrogènes qui peuvent agir comme perturbateurs endocriniens dans l'environnement. Ce type de molécule perturbe le système endocrinien des ani maux en interférant dans le mécanisme de reconnaissance des hormones. L'objectif  principal de ce projet était d'isoler  et de caractériser des bactéries capables de dégrader l'équol.  L'équol  est le phytoestrogène ayant la plus grande activité estrogéniqueet   provient de la dégradation bactérienne de la daidzéine, un isoflavone, par la flore  intestinale  du  porc. Trois  enrichissements  différents  ont été  effectués, soit  un enrichissement à faible concentration d'équol  (10 ppm), un enrichissement à haute concentration d'équol  (100 ppm) et un enrichissement à haute concentration d'équol  (100 ppm) et contenant du lisier de porc. Un isolement sur gélose a ensuite été effectué pour chaque enrichissement.  Les isolats obtenus ont été testés quant à leur capacité à dégrader l'équol.  Pour l'enrichissement  à faible concentration  d'équol,  les isolats 9.1, 11.1, 11.2,
13.2 et 13.3 (tous de l'espèce Arthrobacter protophormiae) dégradaient l'équol.  Pour l'enrichissement à  haute  concentration  d'équol,   les  isolats  6.1 (Serratia  marcescens),
9.1.2 et 15 dégradaient faiblement l'équol  en milieu riche mais non en milieu minimal. Pour l'enrichissement  à haute concentration d'équol  contenant du lisier, les isolats 6.1.1 (Pseudomonas), 9.2.1.1 (Klebsiella oxytoca) et 10.1.1.1 (Citrobacter farmeri) dégradaient rapidement 1'équol.  Pour les 3 isolats de 1'enrichissement  à haute concentration d'équol contenant  du lisier,  la dégradation  de  l'équol  était  accompagnée  d'une  baisse d'estrogénécité. Aucun intermédiaire de dégradation  n'a pu être observé pour les isolats du troisième enrichissement  dégradant  l'équol.  À notre connaissance,  c'est  la première
fois que des isolats capables de dégrader l'équol  ont été obtenus en culture pure.


identifier: Turcotte, Kathy  (2009). Identification d'interactions entre l'urotensine-II et des protéines myocardiques chez le rat  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 94 p.

subject: sonde biotine cardiomyocyte photoactivation

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
L'urotensine-11  (U-11) est un acteur important impliqué dans diverses anomalies touchant entre autres le système cardiovasculaire.  Ce peptide formé de 11 acides aminés est actuellement décrit comme l'agent  vasoconstricteur le plus puissant identifié à ce jour. Son  action  est  permise  grâce  à  l'activation  d'un  récepteur couplé  aux  protéines G (RCPGs), le récepteur UT. Jusqu'à tout récemment, les RCPGs étaient décrits comme des protéines situées à la membrane plasmique des cellules.   Or, des études menées par différents groupes de recherche ont montré une localisation nucléaire pour certains d'entre eux   associés  à   des   peptides   vasoactifs  tels   l'angiotensine-II,   la   bradykinine  et
1'endothéline.

Suite à ces observations, le but de notre projet de recherche vise à évaluer la présence du récepteur UT ou de toutes autres protéines capables de lier l'U-11 à la surface des noyaux de cellules provenant de tissus cardiaques de rat.  Pour ce faire, nous avons d'une part fait la synthèse d'analogues biotinylés et photoactivables de l'U-11.  Ainsi, une molécule de biotine a été ajoutée en position N-terminale, dans le but d'être utilisée comme sonde étant donné sa forte affinité pour l'avidine.  De plus, les analogues ont subi la substitution des acides aminés des positions 3 ou 4 de la séquence de l'urotensine humaine (hU-Il) par un groupement photoactivable, le p-benzoyl-phénylalanine (Bpa).    Ce groupement est nécessaire pour le photomarquage qui constitue un moyen efficace permettant l'étude des complexes ligand-récepteur.

D'autre  part, 1'affinité  de  l'U-11 a  été  vérifiée par  des  essais  de  liaison/compétition utilisant le radioligand [Tyre 251)9]hU-II  sur des fractions membranaires ainsi que des fractions enrichies en noyaux.   Des immunobuvardages de type Western utilisant un anticorps dirigé contre le récepteur UT ont également été réalisés sur ces fractions cellulaires isolées.  Finalement, les complexes formés suite au photomarquage entre les sondes biotinylés photoactivables radiomarquées à l'iode  125 et chacune des fractions
cellulaires ont été purifiés sur colonne d'avidine.   Les produits de la purification ont été révélés par autoradiographie grâce à 1'émission du signal radioactif.

Nos  résultats  nous  montrent  qu'il   y a liaison  spécifique  entre  l'hU-II  et  les  fractions cellulaires isolées et que 1'affinité du peptide est plus grande envers la fraction nucléaire comparativement  à la fraction membranaire.   On observe également que le déplacement
du  radioligand  [Tyre25I)9]hU-II  par  le  peptide  froid  hU-II  est  comparable  pour  les

fractions membranaire et nucléaire.  Par contre, ce déplacement est plus marqué au niveau des fractions membranaires  en ce qui concerne 1 'urantide,  un antagoniste  peptidique du récepteur UT.

Les résultats obtenus suite aux immunobuvardages, montrent la présence d'une protéine correspondant   au   poids   moléculaire   du   récepteur   UT   au   niveau   de   la   fraction membranaire.   Cette même protéine est retrouvée dans la fraction nucléaire accompagnée de 2 autres espèces immunoréactives de poids moléculaires différents.   Finalement, les résultats   de   1'autoradiographie   révèlent   la   présence   du   récepteur   UT   au   niveau membranaire  et nucléaire lorsque comparés au signal provenant du photomarquage  avec les cellules qui surexpriment ce récepteur.

En conclusion, nos résultats apportent de nouveaux éléments au sujet de la présence d'un récepteur nucléaire spécifique au peptide U-11. Une meilleure compréhension du mode de fonctionnement  de ce récepteur et des actions qui lui sont rattachées suite à l'activation par son ligand pourrait permettre  le développement  d'outils  diagnostiques  et/ou thérapeutiques   mieux  adaptés  aux  traitements  des  différentes  maladies  associées  au système urotensinergique.


identifier: Turgis, Mélanie  (2007). Radiosensibilisation d'Escherichia coli O157:H7 et Salmonella Typhi en présence de composés bioactifs dans da la viande de boeuf haché mi-maigre  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 131 p.

subject:
radiosensibilisation
escherichia coli
salmonelle typhi
boeuf hache
huile essentielle
irradiation
cobalt
co60
gamma

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.

Salmonella spp. et Escherichia coli sont des bactéries pathogènes qui infestent la majorité des viandes de bœuf haché commercialisées à travers le monde, causant ainsi des maladies infectieuses. Pour éliminer les germes pathogènes et augmenter la durée de conservation du bœuf haché, l'appel  au procédé d'irradiation  est une solution raisonnable qui est acceptée au États-Unis et préconisée dans d'autres pays. Toutefois l'irradiation à des doses requises pour la destruction  totale des germes pathogènes peut parfois générer des modifications chimique et organoleptique dans certains produits comme la viande de bœuf.
Afin de remédier à ces modifications, notre étude préconise d'utiliser  des prétraitements associés à l'irradiation. L'utilisation  de combinaisons de traitements : l'ajout d'huiles  essentielles et de leurs composés majoritaires à des concentrations qui n'affectent pas le goût de la viande et l'irradiation sous atmosphère modifiée.
Dans le cadre de cette étude, nous évaluerons dans un premier temps, 1'efficacité de l'irradiation à augmenter la radiosensibilité bactérienne de Salmonella Typhi et Escherichia coli  0157:H7  dans  du  bœuf  haché  mi-maigre  (23%  de  gras)  en  présence  d'huiles essentielles. Plus de vingt six huiles essentielles ont été évaluées.
Le bœuf haché a été inoculé avec E. coli 0157:H7 ou Salmonella (I06UFC/g) et chaque huile essentielle ou un des composés majoritaires a été ajouté séparément à une concentration de 0.5% (P/P). Les échantillons de viande (lOg) ont été emballés sous air et irradiés au 60Co à des doses de 0 à lkGy  pour déterminer la D10 de E. coli 0157:H7 et de 0
à 1.75kGy pour déterminer la D10  de S. Typhi. Il a été observé qu'en  fonction du composé testé, il y a une augmentation de la sensibilité relative de 1 à 3.57 pour E. coli 0157:H7 et de 1 à 3.26 pour S. Typhi. Les résultats montrent que l'addition d'huiles  essentielles ou de l'un  de leurs composés majoritaires avant le traitement d'irradiation  pennet  de réduire la dose d'irradiation  nécessaire pour éliminer les deux pathogènes. Panni  les huiles les plus performantes, on note l'huile essentielle de cannelle de Chine, et d'origan  d'Espagne,  qui a pennis de réduire la dose minimale pour éliminer les bactéries de 1.2 à 0.35 kGy pour E. coli 0157:H7 et de 1.4 à 0.5kGy pour S. Typhi. Les huiles essentielles de cannelle, d'origan et de moutarde sont les huiles essentielles sélectionnées pour leur efficacité à augmenter la radiosensibilité.
Les huiles essentielles les plus performantes sélectionnées ont ensuite été ajoutées à la viande à différentes concentrations pour réaliser les analyses sensorielles, à l'aide  d'un jury, afin de déterminer à quelle concentration les huiles essentielles de cannelle de Chine, d'origan d'Espagne et de moutarde n'affectent  pas le goût de la viande. Les résultats n'ont montré aucune différence significative (p > 0.05) entre le bœuf haché sans huile essentielle et  le  bœuf haché en  présence de  0.025%  d'huile  essentielle de  cannelle  de  Chine  ou d'origan d'Espagne et de 0.075% d'huile essentielle de moutarde.
Les meilleures combinaisons de  traitement  pour éliminer E. coli  0157:H7 et S. Typhi sont maintenant découvertes. Elles ont été testées au cours du temps sur une durée de
28 jours. Les résultats montrent qu'un  traitement  avec les huiles essentielles  (moutarde, cannelle de Chine ou origan d'Espagne) et un traitement d'irradiation à une faible dose (1.5 kGy) ont  un effet synergique pour  réduire  et  stabiliser  la charge  microbienne  du  bœuf haché. Ces traitements combinés à l'utilisation  d'un  emballage sous atmosphère  modifiée permettent d'étendre  la durée de vie et d'assurer  l'innocuité  du bœuf haché au cours du
stockage à 4°C pendant 28 jours.


identifier: Van Themsche, Céline  (2005). Régulation de l'expression et fonction des stromélysines chez les lymphomes non-hodgkiniens  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 250 p.

subject: stromelysine lymphome metalloprotease

abstract:
La famille des métalloprotéases de la matrice (MMP) suscite depuis longtemps un grand intérêt dans le domaine de la recherche sur le cancer. Sur la base de leur haut niveau d'expression  au  sein  des tissus cancéreux ainsi  que  de leurs activités  pro-tumorales variées, les MMP ont déjà été identifiées comme cibles thérapeutiques dans la lutte contre le cancer. Le récent échec d'inhibiteurs à large spectre des MMP en études cliniques a cependant semé un doute sur la validité de l'inhibition thérapeutique des MMP; un consensus se dégage maintenant au sein de la communauté scientifique sur la nécessité de caractériser en détail le patron d'expression et les activités de chaque MMP et ce, aux différents stades de progression des cancers. Dans le cas des lymphomes non Hodgkiniens (LNH), les travaux de caractérisation de 1'expression et de la fonction des MMP publiés à ce jour ont été presque qu'exclusivement orientés vers l'étude de MMP9 et MMP2; cependant, d'autres  MMP, dont les stromélysines MMP3 et MMP10, sont susceptibles d'influencer la progression des LNH.

Les  travaux  de  recherche  dont  fait  état  la  présente  thèse  visaient  à  caractériser la régulation de 1'expression de MMP3 et MMP10 dans les LNH, de même que leur rôle au sein du processus de croissance tumorale des LNH. Ces travaux ont permis d'établir que l'expression des stromélysines MMP3 et MMP10, qui sont habituellement sécrétées par les cellules stromales, peut également être induite dans les cellules lymphomateuses, notamment par contact intercellulaire; 1'expression de MMP10 est également induite par l'exposition  à certaines cytokines. Cette expression de MMP3 ou de MMP10 par les cellules  lymphomateuses  augmente  leur  capacité  de  migration  à  travers  la  matrice extracellulaire et module la croissance du lymphome, de façon dépendante du site de croissance tumorale. Ainsi, dans la région du thymus, qui constitue le site primaire de croissance tumorale dans notre modèle murin de LNH, l'expression de MMP3, MMP9 ou MMP10 par les cellules lymphomateuses accélère la croissance tumorale; à l'opposé, l'expression de MMP10 ou encore de MMP9 par les cellules lymphomateuses retarde la croissance des tumeurs lymphomateuses dans la région sous-cutanée. Cette apparente dualité dans le rôle de MMP9 et MMP10 dans la croissance du lymphome en différents sites anatomiques  est reliée à la présence de lymphocytes, puisque les tumeurs dérivant de cellules lymphomateuses  surexprimant MMP9 ou MMPl 0 croissent plus rapidement chez des souris ne produisant pas de lymphocytes matures que chez des souris immunocompétentes.

Nos 	résultats    mettent   en   évidence   une   expression   ponctuelle    et   localisée   des stromélysines, qui dicte leur rôle sur la progression du lymphome; ce rôle dépend en effet du microenvironnement où les tumeurs croissent. En outre, ces données nouvelles qui documentent  un rôle anti-tumoral des MMP fournissent une explication au manque d'efficacité des inhibiteurs à large spectre des MMP en tests cliniques et suggèrent au contraire  qu'il  pouiTait être  bénéfique  pour  certains  patients  de  favoriser  l'expression et/ou 1'activité de MMP particulières.


identifier: Veyrier, Frédéric  (2005). Étude des transporteurs de manganèse bactériens de la famille Nramp (Transporteurs de manganèse dépendant du proton : MntH)  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 181 p.

subject: transporteur manganese nramp

abstract:
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La superfamille Nramp, qui comprend les protéines bactériennes MntH, décrit une famille de transporteurs de métaux divalents que l'on retrouve dans de nombreuses espèces. Chez les mammifères, Nrampl a une affinité plus forte pour le manganèse et le fer et joue un rôle important dans la protection contre les agents pathogènes intracellulaires du macrophage. Chez les bactéries, l'analyse  des séquences des transporteurs MntH a permis de différencier plusieurs groupes et de décrire des exemples de transferts horizontaux de gènes mntH de groupe C. De la même façon, ce mémoire présente des indications du transfert horizontal, chez Serratia marcescens, d'un groupe de gènes comprenant, entre autres, mntHA' et mntR. Pour être acceptés par la bactérie, les gènes transférés horizontalement doivent représenter un avantage dans des conditions données. Dans le but de comprendre pourquoi les gènes mntH A' et C sont transférés horizontalement, nous avons exprimé des protéines MntH de différents groupes phylogénétiques dans Escherichia coli et Salmonella enterica Typhimurium, afin de caractériser leur activité de transport de métaux et de protons. Les gènes actifs dans E. coli ont été utilisés pour générer des plasmides qui permettront de construire plusieurs souches de S. Typhimurium sitAD portant un gène mntH provenant des différents groupes phylogénétiques (MntH A, A', Ca  et CB). À plus long terme, ces souches permettront d'observer l'importance des phylotypes MntH lors de l'infection par Salmonelle in vivo. Nous avons aussi construit des mutants Xanthomonas campestris, pour évaluer le rôle endogène d'une protéine MntH de groupe Ca (XcamCa).  Il a été observé que XcamCa, dont l'expression serait sous contrôle du répresseur MntR, transporte le cadmium et le cuivre.  Il  a  également  été  observé  que  XcamCa  pourrait  permettre  une  sortie  de manganèse lorsque les concentrations intracellulaires sont élevées. De plus, nous avons pu  confirmer  que  MntH  joue  un  rôle  dans  la  protection  contre  les  peroxydes, probablement en facilitant l'entrée de manganèse, et que cette fonction est conservée chez E. coli, S. Typhimurium et X campestris.


identifier: Vézina, Julie  (2009). Étude et évolution de la dioxygénase du biphényle par recombinaison aléatoire In Vitro  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 181 p.

subject: bcp polychlore bacterie moleculaire

abstract:
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Les biphényles polychlorés (BPC) sont des composés aromatiques classés comme polluants organiques persistants. La dégradation des BPC en chlorobenzoates, premier segment de la minéralisation, suit une voie oxydative de 4 étapes dont la première est catalysée  par  la  dioxygénase  du  biphényle  (BPDO).  Cette  enzyme  catalyse l'hydroxylation  de  deux  atomes  de carbone adjacents situés sur  l'un  des  cycles du
biphényle.  Cependant,  les  différentes  BPDO  retrouvées  dans  la  nature  ne  peuvent dégrader qu'une fraction des 209 congénères BPC existants. Des études ont démontré que la spécificité de la BPDO est déterminée en partie par des segments de la portion C terminale de la sous-unité a (BphA) de la composante catalytique de l'enzyme (BphAE).

Le projet consistait dans un premier temps à examiner la diversité des séquences d'acides aminés contenues dans les. sols et codant pour la partie C-terminale de BphA. Des séquences hautement conservées de ce fragment ont servi d'amorces pour amplifier cette partie du gène par PCR. Cet ADN permettait d'examiner des gènes de bactéries non cultivables en laboratoire et d'isolats  bactériens dont les gènes bphA  n'avaient  pas été caractérisés. La seconde partie du projet visait à modifier génétiquement BphA afin d'obtenir  des enzymes recombinantes présentant un potentiel catalytique accru ou une régiospécificité nouvelle. Un protocole d'évolution moléculaire par recombinaison aléatoire in vitro (family DNA shuffling) utilisant des fragments du gène bphA amplifiés par PCR sur l'ADN isolé directement à partir d'échantillons de sols contaminés par les BPC a  été mis au point afin d'exploiter le bagage génétique des bactéries non cultivables du sol.

L'analyse des séquences en acides aminés des fragments d'ADN obtenus révèle que  certaines  BphA  contenues  dans les  sols  divergent  des  familles  phylogéniques ptésentes chez les isolats bactériens. Ces BphA forment une nouvelle branche phylogénique entre la famille 1 des protéobactéries (famille des souches Bulkholderia xenovorans  LB400  et  Pseudomonas  pseudoalcaligenes  KF707)  et  la  famille  II  des
protéobactéries (famille de la souche Pandoraea pnomenusa B356). Cependant, les séquences  des  régions  particulièrement importantes  au  niveau  de  la  spécificité  de l'enzyme sont similaires à celles de la souche P. pseudoalcaligenes KF101 et présentent peu de variations.

Aucune des BphA recombinantes obtenues par family shuffling ne démontre un potentiel catalytique envers les BPC qui soit supérieur aux BphA déjà décrites dans la littérature. Cependant certaines révèlent un angle d'attaque en position 5,6 du noyau biphényle différent de ceux connus chez les souches isolées en laboratoire. De plus, contrairement aux autres variants sélectionnés, le variant S100 n'a  conservé que ce seul angle et acquis une activité spécifique accrue envers le biphényle. La mutagenèse dirigée
effectuée  sur  les  variants  cible  certains  résidus  dont  M2378238   et  S283  pouvant  être

impliqués au niveau de la capacité du variant S100 à métaboliser les congénères ortho-substitués. Cependant, ces résidus ne semblent pas influencer la régiospécificité envers le

2,2'-CB. Le variant S100 attaque aussi les composés monoaromatiques comme le toluène et le benzène, une capacité quasi nulle chez la BPDO de la souche parentale LB400.


identifier: Viau, Mélanie  (2008). Caractérisation du système sérotoninergique placentaire : implication des contaminants environnementaux et du diabète gestationnel  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 103 p.

subject: serotonine placenta mellitus

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
La sérotonine (5-hydroxytryptamine, 5-HT) est à  la fois un  neurotransmetteur et  un modulateur hormonal impliqué dans de multiples fonctions physiologiques, tant au niveau du système nerveux central qu'en  périphérie. Des études suggèrent une implication de la 5-HT maternelle dans le développement embryonnaire. La présence de la 5-HT, de son transporteur (SERT} et  du  récepteur sérotoninergique 5-HT2A  (5-HT2AR)  a  été  démontrée dans  le  tissu placentaire.  La  distribution  tissulaire   précise  et  le  rôle  du   système  sérotoninergique placentaire ne sont toutefois que partiellement élucidés.
Le placenta constitue un lien unique entre la mère et le fœtus. Cet organe temporaire est responsable de multiples fonctions essentielles au maintien de la grossesse et du développement fœtal. Les contaminants environnementaux peuvent perturber les processus cellulaires se déroulant dans le placenta et influencer le développement fœtal. Des études suggèrent entre autres que des expositions prénatales aux pesticides et aux métaux altèrent les taux d'hormones maternelles, le transfert calcique placentaire ainsi que le développement neurocomportemental et psychomoteur de l'enfant. Ces contaminants semblent aussi affecter la distribution et la concentration cérébrale de la 5-HT. Toutefois, les effets des pesticides et des métaux  sur  le système sérotoninergique placentaire n'ont  jamais été étudiés.
Le fœtus est dépendant en grande partie de l'apport de glucose de la mère par le biais du
placenta pour sa croissance et son développement. L'homéostasie du glucose est perturbée lors de grossesses compliquées par le diabète gestationnel mellitus (DGM). Les causes exactes du DGM sont peu comprises, mais il est généralement accepté que des modifications du développement et des fonctions placentaires sont en partie responsables de l'étiologie de cette maladie. Diverses études démontrent que la 5-HT influence l'homéostasie du glucose. En outre, la 5-HT stimule le transport de glucose dans le muscle squelettique de rat. Par  contre, les effets du DGM sur  le système sérotoninergique placentaire sont peu ou pas étudiés. Une étude récente suggère une diminution de l'expression du SERT dans les cellules de choriocarcinomes JAR à des concentrations de glucose représentant un état diabétique.
Dans cette étude, nous proposons de : 1) déterminer la localisation tissulaire et cellulaire du 5-HT2AR et du SERT dans des placentas provenant de grossesses normales à terme; 2) vérifier l'effet de modifications de l'environnement maternel (contaminants environnementaux ou DGM) sur l'expression du SERT et du 5-HT2AR dans le placenta humain à terme. Dans un premier temps, grâce à des techniques d'immunohistochimie sur des coupes placentaires, la présence du SERT et du S-HT2AR a été démontré dans le syncytiotrophoblaste, le cytotrophoblaste villeux et l'endothélium  des capillaires fœtaux. Les analyses d'irnmunobuvardage de type western et de PCR sur des cultures primaires de cytotrophoblastes villeux confirment la présence de l'ARNm et des protéines du SERT et du S-HT2AR dans le syncytiotrophoblaste et le cytotrophoblaste villeux.
Les analyses d'irnmunobuvardage de type western et de PCR en temps réel démontrent

que  certains contaminants auxquels la mère est exposée, même s'ils  se retrouvent en faibles concentrations  dans  le sang  maternel, perturbent l'expression  placentaire du S-HT2AR  et du SERT. Les pesticides et les métaux pourraient donc perturber le fonctionnement placentaire et affecter de ce fait la croissance et le développement fœtal. Par les mêmes types d'analyse, une diminution de l'expression du SERT et du S-HT2AR a été observée dans les placentas issus de grossesses DOM par rapport aux grossesses non-DOM, suggérant une implication du système sérotoninergique placentaire dans l'étiologie de cette maladie.
Il	apparaît 	important	de 	poursuivre	la	caractérisation	des 	rôles	du 	système

sérotoninergique au niveau du placenta dans le but de mieux comprendre l'impact réel des modifications observées lors d'expositions maternelles à des contaminants de l'environnement ou lors de grossesses compliquées par le DOM. Ces modifications sont susceptibles d'influencer le développement et les fonctions placentaires et, par conséquent, le bien-être de la grossesse et le développement fœtal.


identifier: Viel, Catherine  (2005). Complexe multiprotéique formé autour de la VPg-Pro du virus de la mosaïque du navet (TuMV)  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 161 p.

subject: virus arn

abstract:
Le virus de la mosaïque du navet (TuMV), faisant partie du genre Potyvirus, est le plus important des virus affectant  la culture des Brassicaceae telles que le colza et les choux. Il est également le second en importance pour les pertes causées aux cultures par les maladies virales (Tomlinson, 1987).

L'ARN viral de polarité positive du TuMV code pour une polyprotéine initiale de haut poids moléculaire  qui est clivée  par l'intermédiaire de  trois protéases  virales.  La forme précurseure VPg-Pro est une de ces protéases qui, par autoprotéolyse, permet la libération  de  la  protéine  mature  VPg.  Cette  protéase est  également  retrouvée  sous  la forme précurseure 6K2-VPg-Pro (Ménard et al., 1995).

La forme mature VPg est liée à l'extrémité  5' de l'ARN génomique du TuMV. Il a été démontré que cette protéine pouvait également se lier à un facteur clé de l'initiation  de la traduction des eucaryotes, le facteur eiF-4E (Wittmann et al., 1997). Lors de l'initiation
de la traduction, le facteur eiF-4E  s'associe à la structure  coiffe m7GpppN  des ARNm cellulaires et favorise le recrutement du complexe ribosomale 43S (Gingras et al., 1999). L'interaction  entre les protéines eiF(iso)4E et VPg est essentielle au succès de l'infection du TuMV chez B. perviridis (Léonard et al., 2000).

Sachant  l'importance de  cette interaction  chez le TuMV,  la présente  recherche souhaitait  mieux  comprendre  l'importance   de  la  protéine  VPg  chez  ce  virus.  Plus précisément, elle avait pour but de vérifier l'hypothèse selon laquelle la protéine VPg-Pro du TuMV  pourrait servir de point d'ancrage à un complexe  de protéines  cellulaires  et virales qui permettraient  la traduction et la réplication selon une conformation  circulaire de l'ARN viral.

Comme le facteur eiF(iso)4E est essentiel au succès de l 'infection du TuMV. Son patron d'expression a d'abord  été étudié. Chez les végétaux, au moins deux isomères du facteur eiF4E ont été identifiés, c'est-à-dire les isomères eiF4E et eiF(iso)4E  (Browning,1996). Le facteur eiF(iso)4E  a été détecté au niveau des plantes saines et infectées par le TuMV tandis que le facteur eiF4E a été détecté uniquement chez les plantes infectées. Ce résultat laisse entrevoir une fonction spécifique à chacun des isomères.

Une seconde série d'expérimentations a été réalisée afin de séparer les membranes cellulaires  de  feuilles  de  B.  perviridis  saines  ou  infectées  au  TuMV  sur  gradient  de sucrose. L'analyse des fractions récoltées a montré une co-localisation des formes précurseures 6K2-YPg-Pro et VPg-Pro avec le reticulum endoplasmique, les protéines cellulaires eiF4E/eiF(iso)4E et eiF(iso)4G et PABP2, des protéines impliquées dans l'initiation   de  la traduction  des  ARNm  cellulaires,  ainsi  qu'avec  la polymérase  virale RdRp.

Les formes  précurseures  6K2-VPg-Pro  et  VPg-Pro  ont  ensuite  été  purifiées  in planta par chromatographie d'affinité au nickel à partir des fractions membranaires issues d"un !:,7fadient de sucrose.  Les isomères eiF4E, la protéine PABP2 et les protéines virales RdRp et CI ont été co-purifiées in planta avec les formes 6K2-VPg-Pro et VPg-Pro.

Les résultats  de  la présente  étude  suggèrent  l'existence  d'un  complexe multiprotéiques formé autour des formes précurseures 6K2-YPg-Pro et VPg-Pro. D'autres résultats obtenus en laboratoire et chez divers Potyvirus laissent présager que les formes précurseures de VPg  pourraient  servir de point d'ancrage afin de recruter  les protéines nécessaires  à  la  réplication  et  la  traduction  du  virus.  Ces  deux  processus  seraient possiblement  effectués  selon  une confonnation  circulaire  de l'ARN  viral possiblement par !"intermédiaire  de  l"un ou  l'autre  des complexes  suivants: 6K2-VPg-Pro/VPg-Pro-PABP2 ou encore 6KrVPg-Pro/VPg-Pro-eiF(iso)4E-eiF(iso)4G-PABP2.


identifier: Vinet, Adrien F.  (2009). Étude du rôle de la Synaptotagmine V au cours de la phagocytose et de la maturation du phagosome  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 313 p.

subject: phagolysosome leishmania

abstract:
De  par  leur  rôle  central  au  sein  de  l'immunité  innée  et  leur  participation  à l'immunité acquise, l'étude  des fonctions du macrophage est cruciale afin de pouvoir comprendre et contrôler l'invasion  de l'organisme par de nombreux microorganismes pathogènes. Parmi les effecteurs de 1'activité microbicide mis en jeu par les macrophages pour  éliminer   les  microorganismes,   la  phagocytose   tient  un  rôle  prépondérant   en éliminant les microbes et en permettant le développement de l'immunité adaptative via la présentation antigénique.
L'identification et la régulation des molécules impliquées dans ce processus d'internalisation ne sont que partiellement connues. Les résultats obtenus au cours de ces travaux nous ont conduit à l'identification d'un  nouvel acteur de la phagocytose, la Synaptotagmine  V (Syt V), qui contrôle le processus phagocytique à deux niveaux : lors de la formation du phagosome puis lors de sa maturation. Ainsi, ces travaux ont permis de proposer un rôle de la Syt V dans l'apport  membranaire nécessaire à la formation du phagosome,  ainsi qu'un  mécanisme  de régulation du recrutement de la pompe à proton V-ATPase et de la protéase cathepsine D au phagosome dépendant de la Syt V.
Dans une seconde partie, nous avons mis en relation le caractère régulateur de la Syt V pour la biogénèse du phagolysosome, avec l'altération  de cette biogénèse par le promastigote du parasite Leishmania donovani. Nous avons alors pu observer que le LPG de Leishmania donovani empêchait l'acidification du phagosome et cela en inhibant le recrutement de la Syt V à la membrane du phagosome. Enfin nos résultats proposent une explication  à 1'observation de plusieurs études, démontrant que les promastigotes WT de L. donovani sont moins phagocytés que les mutants déficients pour le LPG. Nos résultats suggèrent que l'effet  inhibiteur du LPG sur le recrutement de la Syt V est très précoce et qu'il  pourrait ainsi empêcher l'apport  membranaire dépendant de la Syt V lors de la phagocytose de particule de grandes tailles.


identifier: Yi, Pan  (2007). Identification of Growth-Dependent Genes in Brook Charr (Salvelinus fontinalis)  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 192 p.

subject: omble fontaine salvelinus fontalis hormone thyroïde gene croissance

abstract:
Fish growth is important for fisheries management and aquaculture. The growth pattern of  fish is  a  complex  process which is  influenced by environmental factors, hormones and genetic composition. Thyroid hormones (THs) play an important role in regulating fish growth. The identification of TH-dependant genes in fish could provide valuable information for predicting growth. Brook charr is an important species in aquaculture and therefore represents a good model to study fish growth. The objectives of this study were: (1) to identify TH-regulated genes in brook charr, (2) to identify growth responsive genes in brook charr and assess whether or not the expression of TH dependent genes are altered in fast and slow growing fish using a genomics approach.
To identify TH-dependant genes, three experimental groups of immature charr were used: a euthyroid control group (n=lO), a hyperthyroid group (n=lO) in which brook charr were injected (i.p.) with 3, 5, 3'-triiodo-L-thyronine (T3; 10 ug/kg  body weight), and a hypothyroid group (n=lO) in which fish were injected with sodium ipodate (50 mg/kg body weight) a TH inhibitor. Fish were injected on days 1 and 4 of the experiment and sampled on day 7. Serum T3 levels were measured by radioimmunoassay. Results indicate that serum T3 concentrations decreased from 2.20 ng/ml in controls to 0.85 ng/ml in the ipodate treated group. T3 levels in the hyperthyroid group were 263.4 ng/ml. THs induced hepatic gene expression as measured by differentiai display PCR. The results show that over 100 transcripts were differentially regulated by THs. The expression of 18 of these genes was further confrrmed by reverse dot blot. These were then cloned and sequenced. Sequence homology comparisons revealed seven known genes: trypomyosin (3   isoforms),   leukocyte-derived   chemotaxin,   mitochondrial   NADH   dehydrogenase subunit 5, basic transcription factor 3 and crystalline. Eleven genes had no significant homology to known gene and were therefore considered novel. Tissue distribution of the transcripts, as determined by Northem blot analysis, varied for each gene. While ali genes were expressed in liver, clearly the functions of these genes were not restricted to hepatic function as most of these were expressed in multiple tissues.
Since  THs  are  known  to  be  important  regulators  of  growth,  we  wanted  to determine  whether  or  not  the  expression  of  TH-dependent  genes  differed  between animais   exhibiting   different   growth   rate.  To  characterize   growth-dependent   gene expression  profiles, eDNA  arrays (GRASP  project, University of Victoria) containing
16,000  genes  were used. Two families  of immature  brook charr  that  were known  to exhibit different growth characteristics were compared. These fish bad been raised under similar rearing conditions from egg incubation to the time of sampling (April, 2003). One family bad fast growing fish (n=8; average weight 54.73 ± 12.14 g) while the second bad slow growing fish (n=8; average weight 8.43 ± 1.59 g). Total RNA isolated from livers of fast and slow growing fish were used to prepare eDNA probes. The eDNA probes were labeled  and  hybridized  to  the  eDNA  microarrays.  Microarrays   were  scanned  and analyzed using GeneSpring software according to MIAME standards. A total of 94 genes were found  to be growth-dependent exhibiting  at least a 2-fold change in expression. There were 69 genes that were up-regulated and 25 genes were down-regulated in fast growing fish. Out of the 94 differentially expressed genes, 39 of these are known genes that have been implicated in regulating carbohydrate, fatty acid and protein metabolism, as weil as mitochondrial function and signaling  pathways. Twenty of these have been shawn in the literature to be TH-dependent. The remaining 55 genes have unknown functions. Only two of the genes (basic transcription factors and leukocyte-derived chemotaxin) identified in the first experiment were present on the microarrays. However, the microarray results did not indicate different expression for these two between our fast and slow growing fish. These results indicate that TH-dependent genes may be associated with growth.
In conclusion, we have identified 18 TH-dependent genes in brook charr. This bas allowed us to show that THs are implicated in a wide variety of physiological processes as indicated  by their function  and  tissue expression  pattern. The genomic  analysis of hepatic gene expression  in fast and slow growing fish revealed  that 20 genes that are known to be TH-dependent and regulated by growth. This supports previous reports that THs may be involved in the regulation of growth.


identifier: Abi-Zeid, Irène  (1997). La modélisation stochastique des étiages et de leurs durées en vue de l'analyse du risque.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en sciences de l'eau, 300 p.

subject:
analyse bayésienne
étiage
modélisation stochastique

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de
ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce
résumé peut être lue en PDF.
Les objectifs de ce travail intitulé "La modélisation stochastique des étiages et de leurs
durées en vue de l'analyse du risque" sont les suivants:
• la modélisation, selon l'approche des processus ponctuels non stationnaires,
des occurrences et des durées des surplus et des étiages;
• la construction et l'évaluation de ces modèles sur différentes rivières; et
• la définition et la quantification d'indices de risque basés sur les durées
d'étiage.
Ce document comprend 9 chapitres. Après l'introduction du chapitre 1, nous effectuons au
chapitre 2 une revue bibliographique exhaustive des travaux reliés à la modélisation des
étiages. Au chapitre 3, nous résumons les éléments de la théorie des processus ponctuels
nécessaires à notre recherche. Les processus ponctuels retenus sont le processus de Poisson
non homogène (PNH), le processus de renouvellement non homogène (RNH), le processus
de Poisson non homogène conditionnel (PNHC), et le processus autoexcité (AE).
Nous développons au chapitre 4 une méthode d'estimation bayésienne semi-paramétrique de
la fonction d'intensité d'un processus de Poisson non homogène. Nous comparons cette
méthode avec la méthode paramétrique du maximum de vraisemblance (MV) sur des
données simulées ainsi que sur des données de précipitations observées sur la station
française de Bar-sur-Seine. La méthode bayésienne donne des résultats comparables à la
méthode du MV sans avoir à spécifier a priori la forme paramétrée de la fonction d'intensité.
Au chapitre 5, nous développons une méthodologie pour la modélisation des séries alternées
de surplus et d'étiage. Cette méthodologie est suffisamment générale pour s'appliquer à toute
série alternée de deux états. Plus particulièrement, nous proposons des modèles basés sur les
PNHC qui incorporent les précipitations et les températures journalières dans la formulation
des fonctions d'intensité.
Au chapitre 6, nous construisons, appliquons, et évaluons les processus non stationnaires de
PNH, RNH et PNHC sur 10 rivières canadiennes et une rivière française (Nous utilisons les données journalières des rivières suivantes: Pigeon, Magnetawan Nord, Black, Missinaibi, et Turtle en
Ontario, Upper Humber à Terre Neuve, Harricana au Québec, Bow et Athabasca en Alberta, Sprague au Manitoba, et Barsur-Seine en France. Les débits moyens joumaliers de ces rivières, de superficie entre 321 km² et 74600 km², varient entre 1.6 m³/s et 442 m³/s.). Les étiages sont
définis à partir de deux seuils correspondant aux 10ème et 25ème quantiles, c'est-à-dire les
débits dépassés 90% et 75% du temps respectivement. Nous constatons que les modèles
simples de PNH, RNH, et PNHC sont adéquats pour modéliser les occurrences de surplus et
d'étiage dans la plupart des cas.
Au chapitre 7, Nous avons développé pour les PNH, RNH et PNHC les indices de risque
suivants: I1(x,u), la probabilité qu'un étiage qui a débuté à l'instant u dure plus de x jours;
I2(x,u), la probabilité qu'un étiage qui a débuté à l'instant u se termine étant donné qu'il a
déjà duré x jours; 13(y,u), la probabilité d'entrer en étiage sur l'intervalle (u,u+y) étant donné
qu'on est entré en surplus à l'instant u; 14(z,u), la probabilité d'entrer à nouveau en étiage sur
(u, u+z) étant donné qu'on est entré en étiage à l'instant u; et I5(x,u), la probabilité d'être en
étiage au temps t=x+u étant donné que le dernier étiage a débuté à l'instant u. Nous avons
quantifié ces indices pour des données réelles afin d'illustrer leur applicabilité. Les résultats
présentés au chapitre 7 sont plutôt de nature exploratoire.
Nous concluons au chapitre 8 en résumant les motivations de ce travail, les objectifs, la
démarche suivie, les résultats obtenus, les contributions ainsi que des avenues de recherche
pour des travaux futurs.


identifier: Barnabé, Simon  (2000). Utilisation des boues d'épuration comme substrat pour la production de biopesticides: induction abiotique de la sporulation chez Bacillus Thuringiensis.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifiqu, Maîtrise en sciences de l'eau, 170 p.

subject:
boue
biopesticides
abiotique
sporulation
Bacillus Thuringiensis

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de
ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce
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La production des biopesticides comme ceux à base de Bacillus thuringiensis sont coûteux et
nécessite un substrat de fermentation peu dispendieux et disponible pour favoriser leur
commercialisation. Les boues d'épuration peuvent être utilisées comme milieu alternatif pour être
à la fois une solution aux problèmes de gestion des boues et à la forte compétition du marché des
insecticides chimiques et biologiques. Un procédé de bioconversion des boues d'épuration en
biopesticides à base de Bacillus thuringiensis est étudié par le Groupe en Assainissement de
l'INRS-eau et les suspensions obtenues ne sont toujours pas en mesure de pouvoir rivaliser avec
les préparations à base de Bacillus thuringiensis déjà commercialisées. L'optimisation du procédé
par des facteurs biotiques et abiotiques fait l'objet de plusieurs recherches. L'induction de la
sporulation chez Bacillus thuringiensis par des changements de température ou de pH au début
ou durant la phase de sporulation et de production des entomotoxines est proposée pour
maximiser la sporulation et l'entomotoxicité. Une suspension de Bacillus thuringiensis contenant
90% de spores avec une entomotoxicité de 9,5 x 103 UI/µ1 ou plus est recherchée.
Plusieurs expériences préliminaires ont été réalisées en erlenmeyers dans lesquelles divers chocs
thermiques et de pH ont été appliqués lors de la fermentation de boues mixtes ou secondaires.
Deux souches bactériennes ont été comparées: Bacillus thuringiensis var. kurstaki et Bacillus
thuringiensis no. 1l. Les chocs de pH peuvent augmenter le taux de sporulation et
l'entomotoxicité de Bacillus thuringiensis lorsqu'ils sont appliqués durant la phase de
sporulation. Ils augmentent la disponibilité des éléments nécessaires à la formation des spores et à
la production de métabolites secondaires comme les entomotoxines. Les chocs thermiques n'ont
pas eu d'effet significatif sur les taux de sporulation ou l'entomotoxicité et peuvent avoir favorisé
le métabolisme pour la croissance cellulaire au détriment de celui pour la sporulation et la
production d'entomotoxines. Les boues secondaires ont permis l'obtention de concentrations
élevées en spores et Bacillus thuringiensis var. kurstaki réagit plus favorablement aux chocs de
pH que Bacillus thuringiensis no. 1l. Les expériences préliminaires avec les plus forts taux de
sporulation et entomotoxicités ont été reproduites dans des bioréacteurs permettant le contrôle
continu de la température, du pH, de l'agitation et de l'aération. Après l'application de chocs de
pH lors d'une fermentation de boues secondaires par Bacillus thuringiensis var. kurstaki, 6,6x108
spores/ml dans une proportion de 90,4% avec une entomotoxicité de 13,lx103 UI/µ1 sont obtenus
en comparaison à 2,7x108 spores/ml dans une proportion de 73% avec une entomotoxicité de
10,3 xl03 UI/µl pour une fermentation dans les mêmes conditions sans choc de pH. De plus, le
temps de fermentation peut passer de 48 à 36 heures, puisque les plus fortes entomotoxicités sont
dans la majorité des cas obtenues après 30 ou 36 heures de fermentation. L'importance accordée
au nombre de spores dans les suspensions de Bacillus thuringiensis doit être révisée, puisque le
produit peut être très entomotoxique sans qu'il y ait nécessairement une haute concentration en
spores. Finalement, l'effet des chocs de pH sur le métabolisme ou la disponibilité des éléments
demande plus d'études et représente certainement un intérêt pour l'optimisation des procédés en
biotechnologie et en microbiologie industrielle.