identifier: Draz, Hossam  (2019). Diindolylmethane (DIM) and Ring-Substitued Halogenated Derivatives of DIM (Ring-DIMS): Their Role in Prostate Cancer Prevention  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 195 p.

abstract:
Cette étude a pour objectif d'examiner les propriétés antiprolifératives du un dérivé de légumes crucifères; le diindolylméthane (DIM), ainsi que certains de ces dérivés synthétiques (ring-DIMs) dans des cellules cancéreuses humaines de la prostate androgènes-dépendantes (AD) et androgènes-indépendants (AI). Ces cellules ont été utilisées pour étudier plusieurs mécanismes moléculaires de l'action anticancéreuse des ring-DIMs. Par ailleurs, des souris porteuses de tumeurs cancéreuses humaines de la prostate bioluminescentes ont été utilisées pour évaluer l'activité anticancéreuse de ring-DIMs in vivo, en utilisant une technique d'imagerie non invasive et en temps réel. En effet, le DIM est un métabolite de l'indole-3-carbinol (I3C), un composant important des légumes crucifères de la famille des Brassica, tels que le brocoli et les choux de Bruxelles. Selon les études épidémiologiques, la consommation élevée de ces légumes est associée à une réduction des risques du développement de divers cancers. L'I3C et le DIM sont capables d’inhiber la croissance de diverses cellules cancéreuses in vitro ainsi qu’in vivo incluant le cancer de la prostate, le cancer le plus fréquemment diagnostiqué chez l'homme occidental. Le DIM inhibe la prolifération des cellules cancéreuses prostatiques AD (LNCaP) qui est stimulée préalablement par la dihydrotestostérone (DHT). De plus, le DIM induit l'apoptose cellulaire et inhibe la croissance des tumeurs de la prostate in vivo. Dans ce même contexte, nos études antérieures ont montré que le DIM et les ring-DIMs diminuent l'expression génique des récepteurs aux androgènes (AR), réduisent les taux de protéine AR et l'expression de l'antigène prostatique spécifique (PSA) médiée par l'AR. Les ring-DIMs disubstitués par des halogènes (Br2 ou Cl2) en positions 4- et 4'- de la molécule DIM bloquent l'accumulation de l'AR dans le noyau des cellules LNCaP stimulées par la DHT. Cependant, nos connaissances concernant la capacité du DIM et ses dérivés à affecter les mécanismes de protection cellulaire tels que l'autophagie ou le stress du réticulum endoplasmique (ER) sont faibles. Les ring-DIMs ont été décrits à agir comme des inhibiteurs de la prolifération des cellules tumorales plus puissants que DIM. En effet, ils sont efficaces contre les cellules cancéreuses de la prostate hormono-dépendantes, ainsi qu’indépendantes. De ce fait, ils ont un potentiel supplémentaire pour le traitement du cancer de la prostate résistant au traitement par les antiandrogènes. Dans la recherche sur de nouveaux médicaments efficaces contre le cancer de la prostate et l'hyperplasie bénigne de la prostate, ces composés seraient d'excellents candidats pour des études actives sur leurs mécanismes d'action moléculaires et leurs activités biologiques in vivo.  Ainsi, notre hypothèse de travail est que les ring-DIMs possèdent des activités anticancéreuses prostatiques et qu'ils sont plus puissants que le DIM. Cela dans le but de développer des médicaments efficaces dans le traitement du cancer de la prostate. Le premier objectif de recherche était de déterminer les événements précoces entraînant la mort cellulaire induite par DIM et les ring-DIMs. Nous avons étudié leurs effets sur la stabilité mitochondriale, le stress du ER et l'autophagie en fonction de la concentration et le temps d’exposition. Nous avons ainsi démontré que le DIM et les ring-DIMs induisent la mort des cellules cancéreuses de la prostate LNCaP (AR-positives et AD), C4-2B (AR-positives et AI) et DU145 (AR-négatives, AI et déficientes à l'autophagie), contrairement à leur manque de toxicité chez les cellules épithéliales humaines de la prostate normales immortalisées (RWPE-1). Nous montrons également que les ring-DIMs causent la perte précoce du potentiel de la membrane mitochondriale et la diminution de la production mitochondriale d'ATP dans les cellules cancéreuses de la prostate. Nos observations mettent en évidence une perturbation de la fonction mitochondriale en tant qu'événement déterminant dans les actions cytotoxiques du DIM et tous les ring-DIMs. Cependant, le salubrinal, un inhibiteur du stress ER, inhibait seulement la mort cellulaire médiée par les 4,4'-dihaloDIMs, en revanche, le salubrinal exacerbait la toxicité des 7,7'-dihaloDIMs. En utilisant une analyse in silico de l'affinité par docking en 3-D, nous avons identifié la calmoduline-kinase II dépendante du Ca+2 (CaMKII) en tant que cible potentielle pour le ring-DIM le plus toxique, le 4,4'-dibromoDIM. Nos résultats ont montré que l'inhibiteur de CaMKII (KN93) abrogait complètement la toxicité de ce ring-DIM, mais pas la toxicité du 7,7'-Cl2DIM. L'implication des pores de transition de perméabilité mitochondriale dans la toxicité des ring-DIMs est suggérée par un traitement avec la cyclosporine A (inhibitrice des pores de transition de perméabilité mitochondriale), qui abrogait la toxicité de tous les ring-DIMs, mais pas cela du DIM. L'un des principaux résultats de cette étude était que le DIM et les ring-DIMs induisaient l'autophagie dans les cellules cancéreuses de la prostate. L'inhibition de l'autophagie avec la bafilomycine A1, la 3-méthyladénine ou par le silençage génique de LC3B sensibilisait les cellules LNCaP et C4-2B, mais pas les cellules DU145 déficientes en ATG5 à la mort cellulaire induite par le DIM et les ring-DIMs. Nous proposons que l'autophagie induite par le DIM et les ring-DIMs ait une fonction cytoprotectrice dans les cellules cancéreuses de la prostate. Notre deuxième objectif de recherche était d'étudier les effets mécanistiques des ring-DIMs sur les voies de signalisation impliquées dans la mort cellulaire des cellules cancéreuses de la prostate. Nous avons trouvé que l'autophagie induite par le DIM et les ring-DIMs s'accompagnait d'une augmentation de la formation des vacuoles autophagiques et de la conversion de LC3BI en LC3BII dans les cellules cancéreuses humaines de la prostate LNCaP et C4-2B. Le DIM et les ring-DIMs induisaient également la phosphorylation de l'AMPK (protéine kinase activée par l'AMP), de l'ULK-1 (kinase d'activation de l'autophagie de type unc-51 type 1, ATG1) et de l'acétyl-CoA carboxylase (ACC). De plus, le DIM et les ring-DIMs induisaient le gène 1 des protéines astrocytaires (AEG-1). La régulation à la baisse d'AEG-1 ou d'AMPK inhibe l'autophagie induite par le DIM et le ring-DIMs. Un prétraitement avec des siRNA d'AEG-1 ou AMPK potentialisait la cytotoxicité du DIM et des ring-DIMs. Également, la régulation à la baisse d'AEG-1 induisait la sénescence dans des cellules traitées avec des concentrations de DIM ou ring-DIMs ouvertement cytotoxiques et inhibait l'initiation de l'apoptose en réponse à ces composés. En effet, nous avons identifié un nouveau mécanisme pour l'autophagie protectrice induite par le DIM et les ring-DIMs via l'induction de l'AEG-1 et l'activation subséquente de l'AMPK. Notre troisième objectif de recherche était d'étudier l'effet de DIM et le ring-DIM le plus puissant (4,4'-Br2DIM) sur le développement tumoral dans un modèle de xénogreffe murine du cancer de la prostate humaine. L'utilisation de cellules PC-3 bioluminescentes pour surveiller la croissance tumorale et les effets du traitement chimique avec les nouveaux ring-DIMs constitute l'un des principaux aspects novateurs de la présente étude. La surveillance in vivo en temps réel réduit le nombre d'animaux requis pour les expériences proposées, car ce n'est pas nécessaire de sacrifier les souris à des intervalles pendant la progression de la tumeur. Nous avons trouvé que l'inhibition de l'autophagie par la chloroquine (CQ) sensibilisait significativement les cellules PC-3 à la mort en présence de concentrations du DIM ou 4,4'-Br2DIM qui étaient sous-toxiques in vitro. De plus, une combinaison de DIM (10 mg/kg) et CQ (60 mg/kg), 3x par semaine, réduisait significativement la croissance des tumeurs PC-3 in vivo après 3 et 4 semaines de traitement. De plus, le 4,4'-Br2DIM (10 mg/kg, 3x par semaine) inhibait significativement la croissance tumorale après 4 semaines de traitement. L'analyse de micromatrices tissulaires préparer à partir des tumeurs excisées a montré que le DIM seul ou en co-traitement avec la CQ induisait le marqueur d'apoptose TUNEL, et inhibait significativement le marqueur de prolifération cellulaire Ki67. En conclusion, nos résultats de recherche fournissent des informations importantes sur les mécanismes d'action potentiels du DIM et les ring-DIMs qui ont des activités biologiques divergentes de DIM. Nous avons également identifié un nouveau mécanisme pour l'autophagie protectrice médiée par le DIM et les ring-DIMs via l'activation de l'AMPK et l'induction de l'AEG-1. De plus, nos découvertes pourrait faciliter le développement de nouvelles pharmacothérapies contre le cancer de la prostate qui comprennent des inhibiteurs sélectifs de l'autophagie en tant qu'adjuvants.

The objective of this research study is to investigate the antiproliferative properties of the cruciferous vegetable-derived compound diindolylmethane (DIM), and several synthetic disubstituted halogenated DIM-derivatives (ring-DIMs) in androgen-dependent (AD) and androgen-independent (AI) human prostate cancer cells. We aimed to investigate several molecular mechanisms of anticancer action of the ring-DIMs in vitro. In addition, mice carrying bioluminescent human prostate cancer tumors were used to assess the anticancer activity of these compounds in vivo, using a non-invasive, real-time imaging technique. DIM is formed as a metabolite of indole-3-carbinol (I3C), an important component of cruciferous vegetables of the Brassica family, such as broccoli and Brussels sprouts. Epidemiological studies show that high consumption of these vegetables is associated with decreased risks of various cancers. Both I3C and DIM inhibit the growth of various cancers in vitro and in vivo, including cancer of the prostate, which is the most common malignancy in Western men. DIM also inhibits dihydrotestosterone (DHT)-mediated proliferation of the AD LNCaP prostate cancer cells, induces apoptosis, and inhibits prostate tumor growth in vivo. Our previous studies show that DIM and ring-DIMs down-regulate androgen receptor (AR) expression; reduce AR protein levels and AR-mediated prostate specific antigen (PSA) expression. In addition, 4,4'-dihalo-substituted ring-DIMs, block accumulation of AR in the nucleus of androgen-stimulated LNCaP cells. Less is known about the ability of DIM or its derivatives to affect cell protective mechanisms such as autophagy and endoplasmic reticulum (ER) stress. Further results show that ring-DIMs are considerably more potent inhibitors of tumor cell proliferation than DIM, and are effective against hormone-dependent, as well as -independent prostate cancer cells, indicating their additional potential in the treatment of androgen-refractory prostate cancer. In the quest for novel drugs effective against prostate cancer and benign prostate hyperplasia these compounds are excellent candidates for detailed research concerning their molecular mechanisms of action and biological activity in vivo. Our working hypothesis is that ring-DIMs exhibit anti-prostate cancer activities and are considerably more potent than DIM. Thus making them suitable candidates for development as drugs effective in the treatment of prostate cancer. Our first research objective was to determine the early events that result in cell death induced by DIM and ring-DIMs by determining their concentration- and time-dependent effects on mitochondrial stability, ER stress and autophagy. We demonstrated that DIM and ring-DIMs induced the death of LNCaP (AR-positives and AD), C4-2B (AR-positives and AI) and DU145 (AR-negatives, AI and autophagy deficient) prostate cancer cells, but not that of immortalized normal human prostate epithelial (RWPE-1) cells. We also showed that ring-DIMs caused the early loss of mitochondrial membrane potential (MMP) and decreased mitochondrial ATP generation in prostate cancer cells. Our evidence points at disruption of mitochondrial function as the defining event in the cytotoxic actions of all ring-DIMs. However, salubrinal, an inhibitor of ER stress, inhibited cell death mediated only by 4,4’-dihaloDIMs by contrast, it exacerbated the toxicity of the 7,7'-dihaloDIMs. Using in silico 3-D docking affinity analysis, we identified Ca+2/calmodulin-dependent kinase II (CaMKII) as a potential direct target for the most toxic ring-DIM, 4,4’-dibromoDIM. Our results showed that CaMKII inhibitor KN93 completely abrogatated the toxicity of this ring-DIM, but not the toxicity of 7,7'-Cl2DIM. Involvement of the mitochondrial permeability transition pore in the toxicity of ring-DIMs is suggested by treatment with the mitochondrial permeability transition pore-inhibitor cyclosporin A, which abrogatated the toxicity of all ring-DIMs, although not that of DIM. One of the main findings of the current study was that DIM and ring-DIMs induced autophagy in prostate cancer cells. Inhibition of autophagy with bafilomycin A1, 3-methyladenine or by LC3B gene silencing sensitized LNCaP and C4-2B, but not ATG5-deficient DU145 cells to ring-DIM- and DIM-mediated cell death. We propose that autophagy induced by DIM and ring-DIMs has a cytoprotective function in prostate cancer cells. Our second research objective was to study the mechanistic effects of ring-DIMs on signalling pathways involved in prostate cancer cell death. We found that DIM- and ring-DIM-induced autophagy was accompanied by increased autophagic vacuole formation and conversion of LC3BI to LC3BII in LNCaP and C4-2B human prostate cancer cells. DIM and ring-DIMs also induced the phosphorylation of AMP-activated protein kinase (AMPK), ULK-1 (unc-51-like autophagy activating kinase 1; ATG1) and acetyl-CoA carboxylase (ACC). Interestingly, DIM and ring-DIMs induced the oncogenic protein astrocyte-elevated gene 1 (AEG-1). Downregulation of AEG-1 or AMPK inhibited DIM and ring-DIM-induced autophagy. Pretreatment with either AEG-1 or AMPK siRNAs potentiated the cytotoxicity of DIM and ring-DIMs. Interestingly, downregulation of AEG-1 induced senescence in cells treated with overtly cytotoxic concentrations of DIM or ring-DIMs and inhibited the onset of apoptosis in response to these compounds. Indeed, we have identified a novel mechanism for DIM- and ring-DIM-induced protective autophagy, via induction of AEG-1 and subsequent activation of AMPK. Our third research objective was to study the effect of DIM and the most potent ring-DIM (4,4'-Br2DIM) on tumor development in a murine xenograft model of human prostate cancer. The use of bioluminescent PC-3 cells to monitor tumor growth and the effects of chemical treatment with the new ring-DIMs is one of the novel aspects of this study. The real-time monitoring of tumor growth in vivo reduces the number of animals required for the proposed experiments, since they do not have to be sacrificed at intervals during tumor progression. We found that the autophagy inhibitor chloroquine (CQ) significantly sensitized PC-3 cells to death in the presence of concentrations of DIM or 4,4'-Br2DIM that were sub-toxic in vitro. Moreover, a combination of DIM (10 mg/kg) and CQ (60 mg/kg), 3 x per week, significantly decreased PC-3 tumor growth in vivo after 3 and 4 weeks of treatment. Furthermore, 4,4'-Br2DIM at 10 mg/kg (3 x per week) significantly inhibited tumor growth after 4 weeks of treatment. Tissues microarray analysis of excised tumors showed that DIM alone or combined with CQ induced apoptosis marker TUNEL, and significantly inhibited the cell proliferation marker Ki67. Taken together, our research findings provide important information on the potential mechanisms of action of DIM and the ring-DIMs, which have divergent biological activities from DIM. We also identified a novel mechanism for DIM and ring-DIMs mediated protective autophagy via the activation of AMPK and induction of AEG-1. Moreover, our findings may facilitate the development of novel drug therapies against prostate cancer that include selective autophagy inhibitors as adjuvants.


identifier: Dlim, Marwa  (2019). Assessing Compound Self-aggregation in Drug Discovery and Development  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 70 p.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

subject: aggregation promiscuity

abstract:
When drug-like compounds are placed in aqueous media, it is commonly understood that
they can solubilize and disperse into solution as lone-tumbling molecules and/or exist as solid
precipitate. However, this simplistic biphasic view is no longer valid. Instead, a triphasic model
better describes compound solution behavior where compounds can also adopt an intermediate
phase where compound molecules self-associate into a range of assemblies that can resemble
clusters, fibers, micelles and many other forms. Although the physicochemical parameters that
dictate the features of these assemblies are not yet understood, it is clear that the nature of the
triphasic equilibria profoundly affects a compound’s properties, especially from the
pharmaceutical perspective. We refer to these amazing assemblies as “nano-entities” and provide
an introduction (Chapter 1). This thesis aims to attract attention to these nano-entities which have, for the most part,
gone undetected because they are invisible to the naked eye and detection strategies are seriously
underdeveloped. We do so by first exploiting the nuclear magnetic resonance (NMR) aggregation
assay that involves monitoring the solution behavior of a series of small-molecule dyes at various
concentrations (see Chapter 2). This dilution-based assay demonstrates that some dyes can exist
as single-molecule entities whereas others can adopt aggregates of distinct sizes. Interestingly,
dyes with highly related chemical structures can adopt largely different sized aggregates -
demonstrating the existence of structure-nanoentity relationships – which suggests that they can
assume and/or be designed to have distinct properties. One property was evaluated where the drug
Quetiapine (Seroquel) was added to the dye Congo red which resulted in the absorption of the drug
into the dye nano-entity. This showed a direct drug-dye interaction, and it demonstrated that dye
aggregates can have influence on drug solution behaviors. In summary, our studies demonstrate
that the NMR aggregation assay can serve as a practical and valuable tool to monitor nano-entities
and to better understand their associated properties (e.g. toxicity, off-target activity) and potential
utility (e.g. drug encapsulation, drug delivery systems). Chapter 3 further explores complementary strategies for detecting nano-entities. The goal
was to develop, as much as possible, a combination of methods that could then be employed for
correlating a compound’s properties with its physicochemical and nano-entity behavior in solution.
We use several anticancer drugs (Sorafenib, Lapatinib, Gefitinib and Fulvestrant) and an
antileprosy drug (Clofazimine) as model systems to better understand their physicochemical
behavior and self-association properties, and to explore various techniques for probing their threestate
equilibria. Their behaviors in buffers, media and cells were monitored by a combination of
NMR, dynamic light scattering (DLS), transmission electron microscopy (TEM), and confocal
microscopy. These drugs were found to self-associate into relatively large nano-entities having
distinct types and sizes that depend on the media. Furthermore, these compounds were capable of
entering cells. Noteworthy advantages and “blind spots” were observed for the various detection
techniques employed. It was concluded that a combination of methods is necessary to expose these
drugs’ elusive solution equilibria. Our conclusion from the above work is that we have stumbled upon a great opportunity.
Small molecules can form many types of nano-entities that depends on the media and conditions.
These entities have properties – some undesired and others favorable. Our strategies can help the
detection of the entities. The field is now open for exploitation purposes. For example, nanoentities
could be used as drug encapsulation and drug delivery systems. This field is wide open
and awaiting developments.


identifier: Busby, Mélanie  (2018). Évaluation du rôle et de la régulation de GJA1 (Connexine 43) dans les glandes mammaires et le cancer du sein  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 326 p.

subject: jonctions gap

subject: GJA1 (connexine 43 ou Cx43)

subject: glandes mammaires

subject: cancer du sein

subject: cellules myoépithéliales

subject: méthylation de l’ADN

subject: modification des histones

subject: site de liaison des facteurs de transcription

subject: métastases

subject: gap junctions

subject: GJA1 (connexin 43

subject: Cx43)

subject: mammary glands

subject: breast cancer

subject: myoepithelial cells

subject: DNA methylation

subject: histone

subject: modifications

subject: transcription factor binding sites

subject: metastasis

abstract:
Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez les femmes, comptant pour 25% des
cancers féminins et affectant ainsi une femme sur huit, et le plus mortel, faisant plus de 500 000
victimes par année dans le monde. Malgré l’hétérogénéité de la maladie, quatre sous-types
moléculaires principaux ont été identifiés : luminal A (LumA), luminal B (LumB), de type basal
(basal) et enrichi pour Her2 (Her2e). Il été suggéré que les jonctions gap, des canaux transmembranaires contribuant à la
communication directe entre deux cellules adjacentes, pourraient jouer un rôle de suppresseur
de tumeur. De récentes études suggèrent cependant que le rôle de GJA1 (aussi connue sous le
nom de Connexine 43 ou Cx43), une protéine de jonction gap, pourrait varier selon les stades
du cancer ou encore selon les types de tumeurs. Au cours de ce projet, nous avons utilisé une approche bioinformatique pour mieux
comprendre l’expression et la régulation de GJA1 dans les glandes mammaires normales et le
cancer du sein. Nous avons évalué l’expression de GJA1, les profils d’expression génique et de
modifications épigénétiques des quatre sous-types moléculaires de cancer du sein ainsi que
des différents types cellulaires présents au sein de la glande mammaire. Notre analyse de survie a révélé que le rôle de GJA1 pourrait dépendre du sous-type de
cancer du sein. Dans les tumeurs de type luminal, GJA1 est associée à un meilleur pronostic.
Cependant, dans les tumeurs surexprimant Her2, GJA1 est associée à un mauvais pronostic et
est coexprimée avec des gènes associés avec la progression du cancer (nommés ici gènes
mésenchymateux, soit des gènes impliqués dans le remodelage de la ECM, la transition
épithéliomésenchymateuse (EMT), le compartiment des cellules souches mammaires et la
progression du cancer). Cette co-expression est également observée dans d’autres types de
cancer ainsi que dans les lignées cellulaires cancéreuses. L’expression de GJA1 avec les
gènes mésenchymateux, particulièrement dans les tumeurs Her2e, pourrait témoigner à la fois
de l’activation du stroma, de la transition EMT dans les cellules tumorales ainsi que de la
présence de cellules souches, et pourrait résulter de la communication croisée entre les cellules
tumorales et le stroma. Ces résultats suggèrent que chaque sous-type de cancer du sein
représente un contexte moléculaire différent dans lequel le rôle et la régulation de GJA1
divergent substantiellement.  Nos analyses de la méthylation de l’ADN et des modifications des histones suggèrent
que le gène GJA1 est régulé par ces deux mécanismes épigénétiques. Cette régulation
surviendrait à la fois au niveau du promoteur proximal, déjà connu, mais également au niveau
d’un nouveau promoteur intronique potentiel. L’exploration des données d’immunoprécipitation
de la chromatine suivi de séquençage (ChIP-Seq) a identifié plusieurs facteurs associés à la
transcription et au remodelage de la chromatine, lesquels se lieraient à ces deux promoteurs.
Certains de ces facteurs sont bien connus, d’autres sont de nouvelles protéines dont le rôle
dans la transcription ou la répression de l’expression de GJA1 reste à être déterminé. Ensemble, ces résultats permettent de mieux comprendre les résultats divergents
publiés jusqu’ici quant au rôle de GJA1 dans la progression tumorale, mais également les
mécanismes de régulation de l’expression de GJA1.

Breast cancer is by far the most common cancer in women, accounting for 25% of women's
cancers and affecting one out of eight women, and the most deadly, claiming more than 500,000
lives per year worldwide. Despite the heterogeneity of the disease, four main molecular
subtypes have been identified: luminal A (LumA), luminal B (LumB), basal (basal) and enriched
for Her2 (Her2e). It has been suggested that gap junctions, transmembrane channels contributing to direct
communication between two adjacent cells, could play a tumor suppressor role. Recent studies
suggest, however, that the role of GJA1 (also known as Connexin 43 or Cx43), a gap junction
protein, may vary depending on the stages of the cancer or the types of tumors. For this project, we used a bioinformatic approach to better understand the expression
and regulation of C43 in normal mammary glands and breast cancer. We investigated the
expression of GJA1, the gene expression profiles and epigenetic modifications in the four
molecular subtypes of breast cancer, as well as in the various cell types present in the mammary
gland. Our survival analysis revealed that the role of GJA1 may depend on the subtype of
breast cancer. In luminal tumors, GJA1 is associated with a better prognosis. However, in
tumors overexpressing Her2, GJA1 is associated with a poor prognosis and is coexpressed with
genes associated with cancer progression (hereinafter referred to as mesenchymal genes, i.e.
genes involved in extracellular matrix remodeling, epithelial to mesenchymal transition (EMT),
the breast stem cell compartment and the progression of cancer). This co-expression is also
observed in other types of cancer as well as in cancerous cell lines. Co-expression of GJA1 with
mesenchymal genes, particularly in Her2e tumors, may be associated with stromal activation,
EMT transition in tumor cells, the dedifferentiation of myoepithelial cells and/or the presence of
stem cells, and could result from cross-talk between tumor cells and stroma. These results also
suggest that each subtype of breast cancer represents a different molecular context in which the
role and regulation of GJA1 diverge substantially. Our analyzes of DNA methylation and histone modifications suggest that GJA1 is
regulated by both epigenetic mechanisms. This regulation would occur both at the level of the
proximal promoter, already known, but also at a new potential intronic promoter. Investigation of
chromatin immunoprecipitation data followed by sequencing (ChIP-Seq) identified several
factors associated with chromatin transcription and remodeling, which would bind to these two
promoters. Some of these factors are well known, others are new proteins whose role in the
transcription or repression of GJA1 expression remains to be determined. Together, these results provide a better understanding of the divergent results published
so far regarding the role of GJA1 in tumor progression, but also of the mechanisms regulating
GJA1 expression.


identifier: Amireault, Catherine  (2019). Revue des procédés de déconjugaison des stéroïdes urinaires et optimisation d'une méthode de solvolyse des sulfates  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 91 p.

subject:
CG-SM/SM
solvolyse
métabolites sulfoconjugués
tétrahydrofurane
hydrolyse
enzymes
GC-MS/MS
solvolysis
sulphate metabolites
tetrahydrofuran
hydrolysis
enzymes

abstract:
Lors de contrôles antidopage, les stéroïdes anabolisants androgènes et leurs métabolites majoritairement glucuroconjugués sont principalement analysés et détectés par les méthodes de chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse en tandem. Grâce aux standards disponibles, ces molécules sont identifiables dans le cas d’un dopage sportif grâce à leur temps de rétention et leur spectre de masse. Cependant, depuis les dix dernières années, un vent de changement souffle sur les méthodes d’identification de composés dopants puisque les chercheurs tentent de trouver de nouveaux métabolites permettant d’augmenter la période de détection. Parmi ceux-ci, les métabolites sulfoconjugués, qui ont longtemps été laissés de côté, seraient une façon prometteuse de détecter des cas de dopage. Selon plusieurs études récentes, ces sulfates sont excrétés plus longtemps par le corps humain et donc, constitueraient de bonnes cibles pour une rétrospection à long terme concernant la détection de la prise de stéroïdes. Bien que différentes méthodes de déconjugaison soient proposées dans la littérature pour l’extraction de ces composés à partir de l’urine, aucune n’est optimale. Il faudrait une méthode spécifique et sélective qui ne crée pas de produit secondaire. Elle devrait aussi posséder un bon taux de recouvrement des composés désirés tout en étant simple d’usage pour une application de routine dans les laboratoires de contrôle du dopage. Des travaux préliminaires dans notre laboratoire ont montré la présence de réactions secondaires indésirables dans les conditions classiques de solvolyse chimique alors que l’hydrolyse des sulfates de plusieurs stéroïdes urinaires résistait à l’emploi d’arylsulfatases commerciales. Une revue des principales méthodes s’imposait. Lors de la réalisation des présents travaux de recherche, nous avons évalué la performance de plusieurs méthodes d’hydrolyse, qu’elles soient enzymatiques ou chimiques. Des préparations d’enzymes issues d’Escherichia coli ou d’Helix pomatia ont été testées selon différentes conditions d’utilisation. Les résultats les plus prometteurs sont obtenus avec les différents types de β-glucuronidases d’E. coli comme le type 1X-A, le type K-12 ou celle recombinante. Un autre procédé de déconjugaison encore bien souvent utilisé aujourd’hui, soit la solvolyse chimique avec l’acétate d’éthyle, a aussi été comparé avec l’utilisation du tétrahydrofurane comme solvant alternatif. Les résultats sont clairs : l’utilisation de l’acétate d’éthyle n’est pas recommandée. Une méthode optimisée de solvolyse avec le tétrahydrofurane acidifié est donc proposée. Une importante mise à jour des méthodes de déconjugaison des métabolites sulfoconjugués de stéroïdes anabolisants a été effectuée. Avec ces travaux, les spécialistes des laboratoires de contrôle du dopage pourront prendre des décisions éclairées lors de la réalisation d’une déconjugaison de métabolites urinaires glucuroconjugués ou sulfoconjugués. Dans un avenir proche, il appartiendra alors aux organismes régulant le dopage sportif de déterminer quelle place ces métabolites sulfoconjugués occuperont lors des tests d’antidopage et s’ils peuvent vraiment permettre un meilleur diagnostic de la prise de stéroïdes anabolisants avec une plus grande rétrospection.

Nowadays, when performing anti-doping tests, anabolic-androgenic steroids are mainly analyzed by their glucuronide metabolites detected by gas chromatography-tandem mass spectrometry. With many standards available, these compounds can be easily identified in sports doping cases thanks to their retention time and their mass spectrum. However, in the last ten years, we’ve been seeing a lot of changes that happened on the identification of doping compounds since researchers are constantly trying to find new metabolites to increase the detection period. Among these, the sulphoconjugates, which have been left out for a long time, would be a promising way of detecting doping cases. According to several recent studies, these sulphates metabolites are excreted on a longer period by the human body and therefore would be good targets for a long-term retrospection regarding the detection of steroid intake. Although different methods of deconjugation are proposed in the literature for the extraction of these compounds from urine, none are optimal. Therefore, it would require a specific and selective method that does not allow the creation of secondary products. It should also have a good recovery rate of desired compounds while being easy to use for routine application in doping control laboratories. Preliminary work in our laboratory has shown the presence of undesirable side reactions under standard conditions of chemical solvolysis while hydrolysis of the sulphates of several urinary steroids resisted the use of commercial arylsulphatases. A review of the main methods is needed. In the present research, the performance of several hydrolysis methods, whether enzymatic or chemical, has been evaluated. Enzymes preparations from Escherichia coli or Helix pomatia have been tested under different conditions of use. The most promising results were obtained with various types of β-glucuronidases from E. coli such as 1X-A and K-12 or from recombinant source. Also, another deconjugation method widely used today, the chemical solvolysis with ethyl acetate, has also been compared with the use of tetrahydrofuran as an alternative solvent. The results are clear: the use of ethyl acetate is not recommended during such experiments. An optimized method of solvolysis with tetrahydrofuran is therefore proposed. An important update of the deconjugation methods of sulphoconjugates metabolites of anabolic steroids has been carried out. With this work, doping control laboratory specialists will be able to make informed decisions when performing a deconjugation of glucuronides or sulphoconjugates urinary metabolites. Henceforth, it will be up to the regulating sports doping officials to determine which place these sulphoconjugated metabolites will occupy in anti-doping tests and whether they can really allow a better diagnosis of the use of anabolic steroids with greater retrospection then before.


identifier: Germain, Michel  (1992). Synthèse peptidique en phase solide (SPPS) de l'endotheline-1, un puissant vasoconstricteur  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en pharmacologie, 88 p.

abstract:
L'endothéline-1 (ET-1 ). une des plus puissantes substances
vasoconstrictrices connues, a été récemment isolée à partir de cellules
endothéliales d'aorte. ET-1 est un peptide de 21 acides aminés caractérisé par la
présence de deux ponts disulfures intramoléculaires. Dans le cadre d'une étude
de la relation structure-activité de ce peptide, nous avons évalué différentes
approches de synthèse et finalement mis au point une procédure unique, en
utilisant la méthode en phase solide. Ainsi, nous avons assemblé sur une résine
de polystyrène-divinylbenzène porteuse d'une fonction chlorométhylée, la
séquence entière en utilisant une stratégie faisant appel au mode de protection
labile en milieu acide. Le choix des groupes protecteurs des chaînes latérales a
été fait en accord avec la stratégie utilisée afin d'assurer une protection complète
des fonctions latérales tout au long de la synthèse. Les deux paires de résidus
cystéines (positions 1-15 et 3-11) ont été respectivement protégées par les
groupes acétamidométhyle et méthylbenzyle dont les niveaux de stabilité
chimique permettent des déprotections sélectives. Les deux ponts disulfures ont
été formés de façon régiosélective au moyen de techniques d'oxydation douces.
Finalement, l'élimination de la protection formyle du tryptophane C-terminal a été
réalisée par traitement à la pipéridine, un agent nucléophile. Après purification
par PI-CLHP, la caractérisation du produit synthétique final a confirmé que cette
préparation est identique à la substance naturelle.


identifier: Gagnon, Francis  (1992). Construction d'un anticorps monoclonal bispécifique pouvant reconnaître toutes les entérotoxines sécrétées par S. aureus.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 121 p.

abstract:
La détection des entérotoxines de staphylocoques (SE) dans
les cultures bactériennes ou produits alimentaires se fait
aujourd'hui par des méthodes immunologiques utilisant des
anticorps (Ac) spécifiques â chaque SE. Comme toute entérotoxine
peut produire une intoxication alimentaire, il serait
très utile d'avoir un moyen permettant la détection de n'importe
quelle toxine en un seul test.

Un tel test serait réalisable si un Ac reconnaissant
toutes les SEs pouvait être obtenu. Les études d'homologie de
séquences primaires des SEs ont montré qu'elles peuvent être
classifiées en deux groupes d'homologie. Un premier est formé
des SEB et SECs, et le deuxième comprend les SEA, SEO et SEE.
Les différences des structures primaires de chaque groupe de
SEs supposent des structures antigéniques différentes. Il est
donc fort peu probable qu'il existe un déterminant antigénique
commun â toutes les SEs. Néanmoins, la construction d'un Ac
bispécifique ayant des sites de reconnaissance dirigés contre
chaque groupe d'homologie pourrait constituer un réactif
immunologique capable de détecter la présence de chacune des
SEs.

Les objectifs de notre projet de recherche étaient donc:
de produire un anticorps monoclonal (AMC) capable de réagir avec les SEA, SEO et SEE; de produire un autre AMC réagissant
avec SEB et les SECs; de les coupler chimiquement, pour obtenir
un AMC bispécifique.

Quatre groupes de souris ont été immunisés avec différents
mélanges de SEA, SED et SEE. Ces traitements ont été réalisés
afin d'optimiser les chances d'obtenir des lymphocytes B
sécrétant des Ac réagissant avec ces trois SEs. Les cellules
issues des rates de chaque groupe de souris ont été fusionnées
avec des cellules myélomateuses pour former des hybridomes.
Des tests ELISA («enzy.me-linked inununosorbent assay») ont
permis de sélectionner les hybridomes sécrétant des Ac capables
de réagir avec les trois SEs. Les hybridomes sélectionnés ont
été clonés â deux reprises pour s'assurer de la monoclonalité
des Ac sécrétés. Le clone D8A8F7 sécrétant les AMC ayant les
meilleures réactions avec SEA, SEO et SEE fut sélectionné et
congelé jusqu'à utilisation ultérieure.

De la même manière une autre fusion cellulaire a été
réalisée avec un groupe de souris ayant été immunisé avec un
mélange de SEB et SEC1 • Le clone 2E11H1C7 en a été sélectionné
pour la reconnaissance de SEB et des SECs par ses AMC.

Les hybridomes D8A8F7 et 2EllH1C7 ont été injectés
intrapéritonéalement à des souris afin d'induire la production
de liquide d'ascite riche en Ac. Les AMC contenus dans ces liquides d'ascite ont été purifiés et caractérisés.

Contrairement au surnageant de culture de l'hybridome
D8A8F7 qui réagissait avec SEA, SED et SEE, les AMC D8A8F7
isolés du liquide d'ascite ne réagissaient plus qu'avec SEA.
Les AMC 2E11H1C7 isolés du liquide d'ascite, eux, ont réagi à
la fois avec SEB et les SECs, comme le surnageant de culture.

Les AMC D8A8F7 et 2E11H1C7 ont été couplés avec le réactif
chimique SPDP. Les AMC bispécifiques obtenus peuvent détecter
des quantités similaires des mêmes SEs reconnues par les AMC
avant le couplage chimique, soit jusqu'à 500 ngfmL de SEA, 30
ngfmL des SECs et 1 ngfmL de SEB.

L'AMC bispécifique obtenu ne reconnait pas toutes les SEs
tel qu'espéré. Cependant nous avons démontré qu'il était
possible d'obtenir des AMC reconnaissant à la fois SEA, SED et
SEE, ce qui suppose l'existence d'au moins un épitope commun à
ces trois SEs. Un AMC reconnaissant SEB et les SECs a aussi
été produit. Le couplage de ces deux AMC avec le SPDP ne
modifie pas l'affinité de ceux-ci. Par conséquent il serait
possible de construire un AMC bispécifique reconnaissant toutes
les SEs, à candi tian d'avoir au préalable un AMC stable
réagissant avec les SEA, SED et SEE, et un autre réagissant
avec les SEB et SECs.

Cette possibilité de construction d'un Ac bispécifique
capable de réagir avec toutes les SEs a néanmoins été démontrée
en utilisant des Ac polyclonaux au lieu d'AMC.


identifier: Stewart, Janet  (1992). The detection of the Nucleic Acid of Human Coronaviruses 229E and OC43 in Tissue Specimens Using the Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 173 p.

abstract:
On the basis of epidemiologie studies, an environmental
agent, particularly a virus, is suspected of being the cause of
multiple sclerosis. Human coronaviruses number among the
potential etiologie agents due to several observations.
Coronavirus-like particles were observed by the electron
microscope in a brain section from a patient with multiple
sclerosis and antibody to human coronaviruses 229E and OC43 are
detectable in the cerebrospinal fluid of a significant
proportion of MS patients.

The present project involved the setting up of the reverse
transcription-polymerase chain reaction technique for the
detection of human coronaviruses, HCV-229E and HCV-OC43, and a
preliminary study of human tissue specimens, including CNS
tissues from multiple sclerosis patients, for the presence of
the nucleic acid of the two viruses. The quality of the RNA
extracted from archival tissues was verified using an
additional RT-PCR test to detect cellular messenger RNAs in
them, either human MBP RNA in white matter or r-actin mRNA in
PBLs and in grey matter. HCV-229E RNA could be detected in sorne
specimens and also the limiting number of targets detectable by
this RT-PCR method was estimated at 60,000.

Peripheral blood lymphocytes from 13 healthy adults were
analyzed for the presence of nucleic acid from beth viruses and three specimens of the 13 were positive in two consecutive
tests for HCV-229E RNA. While this is a small number of
specimens, this result is very promising in terms of future
characterization of the tropism of HCV-229E. Failure to detect
HCV-OC43 RNA indicates that these cells are not susceptible to
infection by this virus, however, as in the case of HCV-229E,
a larger number of individuals should be tested in arder to
confirm these observations. A study of CNS tissue specimens
from multiple sclerosis patients and controls was also
conducted. Four of 21 specimens from 11 MS patients were
positive when tested for HCV-229E RNA and were confirmed
positive in subsequent tests. None of 11 specimens from the
control brains tested positive nor did any of the CNS tissues
show evidence for the presence of HCV-OC43 RNA. Our results in
CNS tissues emphasize the importance of continuing studies on
the possible implication of HCV-229E in neurological diseases.


identifier: Arcand, Normand  (1992). Clonage et expression du gène de la mannanase chez streptomyces lividans.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 135 p.

abstract:
La présente étude porte sur le clonage et l'expression du
gène d'une 8-mannanase de Streptomyces lividans. La mannanase
étudiée est une enzyme capable d'hydrolyser les liens 8(1- > 4) du D-mannane. Ce type de mannanase est classé EC 3.2.1.78 [B-1,4-D mannan-mannohydrolase].

L'objectif de la recherche était d'une part, de cloner le
gène de la 8-mannanase, en faire la cartographie, le sousclonage et vérifier l'homologie entre les clones positifs. Ainsi le gène d'une 8-mannanase a été cloné de façon homologue à partir d'une banque génomique de s. lividans comprenant 25,000 clones. Le criblage des clones s'est effectué sur un milieu solide contenant du galactomannane et l'hydrolyse de ce substrat
permettait la détection des clones positifs. À partir des trois clones positifs identifiés, la technique du sous-clonage a permis la localisation du gène codant pour la 8-mannanase, au ni veau de chaque insertion. Un de ces clones produisait environ soixante fois plus de mannanase que la souche sauvage S. lividans 1326.

D'autre part, l'objectif de la recherche était de produire l'enzyme par fermentation et ensuite de la purifier et caractériser.

À partir de la B-mannanase purifiée, la caractérisation de cette enzyme s'est effectuée dans le but de déterminer les conditions optimales de température, pH et temps d'incubation. Ensuite, l'étude de la stabilité de la mannanase à différentes températures, et la détermination du Km et Vmax ont complété cette section. Le gène codant pour la B-mannanase a été séquencé et l'analyse de la séquence en acides aminés de l'extrémité NH2-terminale de l'enzyme purifiée a fourni l'information concernant le cadre de lecture du gène. Les anticorps anti-mannanasique ont été produits et serviront comme outils d'analyse en biologie moléculaire.


identifier: Echeverry-Alzate, Fernando  (1992). Purification de la glucoprotéine de l'enveloppe du virus de la diarrhée à virus bovine-maladie des muqueuses par chromatographie d'affinité  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 125 p.

abstract:
Le virus responsable de la diarrhée à virus-maladie des muqueuses (BVDMD)
est un pathogène important chez les bovins. Sa répartition est mondiale et il
est associé à des pertes économiques importantes. Les signes cliniques de la
maladie qu'il induit sont complexes, variables et très reliés à l'âge de l'animal au
moment de l'infection.

Plusieurs études ont été réalisées dans le but d'identifier les polypeptides
viraux bien qu'une détermination précise n'ait pas encore été faite.
L'établissement d'une relation structurale entre les différentes protéines virales
n'a pas été possible non plus, si ce n'est du fait que la p80, présente uniquement
dans les souches cytopathogènes, provient du clivage de la p 125 et que la gp53
fait partie de l'enveloppe virale. Cette glycoprotéine pourrait d'ailleurs jouer un
rôle important dans la réponse immunitaire de l'hôte puisque des anticorps
monoclonaux dirigés contre la gp53 et ayant une activité neutralisante in vitro ont
été obtenus.

Dans le but de poursuivre la caractérisation de la gp53, celle-ci a été
purifiée par chromatographie d'affinité en utilisant l'anticorps monoclonal D-89
spécifique pour cette glycoprotéine. La méthode de purification s'est avérée
appropriée bien que seulement de faibles quantités de protéine aient été
obtenues. L'inoculation de l'antigène purifié à des souris BALB/c a induit une
forte réaction immunologique puisque les sérums murins ont montré des titres
élevés lorsque testés par ELISA. Malgré cela, aucune neutralisation de
l'infectivité virale n'a été observée in vitro. Ceci est possiblement dû à des changements conformationnels subis par la protéine lors de sa purification.
Toutefois les résultats obtenus par immune-empreinte, immunofluorescence et
immunoprécipitation ont démontré que les souris ont bel et bien été inoculées
avec l'antigène viral purifié, puisqu'aucune réaction avec les cellules noninfectées
n'a été observée. De même, sur les gels de polyacrylamide une seule
bande de protéine correspondant à la gp53 est apparue. Ces résultats ouvrent la
voie à plusieurs applications directes ou indirectes telles que la localisation de la
séquence de la protéine sur le génome et la production de peptides synthétiques
pour un éventuel vaccin sous-unitaire.


identifier: Tremblay, Esther  (1992). Étude de la régulation de l'expression du système xylanolytique de Streptomyces lividans.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 150 p.

abstract:
Streptomyces lividans produit trois xylanases différentes
au cours de l'induction par le xylane. Les xylanases B et C
hydrolysent le xylane en oligoxylosides de trois à dix résidus
de xylose tandis que la xylanase A libère de ceux-ci principalement
du xylobiose qui est une source de carbone assimilable
grâce à l'action de la B-xylosidase. Toutes ces enzymes
participent donc à la dégradation complète du xylane. Nous
avons étudié l'apparition séquentielle des acides ribonucléiques
messagers (ARNm) de chacune des xylanases. Un hydrolysat de
xylane de glumes d'avoine contenant des oligoxylosides de deux
à dix molécules de xylose (X2-x10) a été utilisé parce que le
xylane ne permet pas la préparation d'ARN pur à cause de ses
propriétés physicochimiques semblables à celles de l'acide
ribonucléique. L' ARNm de la xylanase B apparaît après deux
heures d'induction tandis que ceux des xylanases A etc ne sont
visibles qu'après huit heures. Le xylose provoque de la
répression soit catabolique ou par exclusion de substrat. Le
xylobiose est l'inducteur direct du régulon. La régulation se
fait au niveau transcriptionnel et est modulée par la cinétique
du substrat.


identifier: Brunet, Myriam  (1992). Pathogénie de l'infection causée par le virus de la nécros thymique dépistée à l'aide d'une technique immunohistochimique  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 168 p.

abstract:
Cette étude a été entreprise dans le but d'étudier la pathogénie du virus
de la nécrose thymique (VNT) chez un groupe de souriceaux nouveau-nés et
un groupe de souris adultes, pendant une période de 56 jours à l'aide de
l'immunofluorescence indirecte (I.F.I.) comme technique immunohistochimique
de dépistage de l'antigène viral (Ag). Des analyses en immunoperoxydase
indirecte (I.P.J.) ont été utilisées à l'occasion, pour fin de comparaison avec les
résultats d'I.F.I. Il a d'abord fallu produire un antisérum et un anticorps
monoclonal dirigés contre le VNT. Le but de la production d'un anticorps
monoclonal était de servir d'outil supplémentaire à l'antisérum anti- VNT pour
dépister l'Ag viral dans les tissus, en utilisant les techniques
immunohistochimiques. La production d'antisérum a été effectuée selon trois
protocoles d'immunisation différents: par adjuvant de Freund, adjuvant Ribi et
par injections répétées de virus. Des titres élevés en anticorps anti-VNT ont été
obtenus principalement par immunisation répétées au VNT et par
immunisation avec l'adjuvant RISI. Quant au rendement obtenu par
immunisation avec l'adjuvant de Freund, les titres obtenus en anticorps antiVNT
étaient les plus faibles. Par la suite deux anticorps monoclonaux ont été
produits: le 2D2-D11 et le 2D2-E12; tous deux de classe lgG et de sous-classe
lg2a, ayant les mêmes concentrations en immunoglobulines et émettant une
fluorescence caractéristique identique (en forme de "bâtonnet") nous
suggérant ainsi qu'il s'agissait de deux clones semblables. Les expériences
de détection de l'Ag viral se sont faites en parallèle, en présence de
l'antisérum et de l'anticorps monoclonal 202-011 .

Le virus a été dépisté dans différents organes à des jours précis postinfection
(i.e. aux jours 3, 5, 7, 14, 21, 56). L'Ac monoclonal 202-011 n'a pu dépister l'Ag viral qu'aux jours 5 et 7 post-infection uniquement dans le noyau
des thymocytes. Ces résultats suggèrent que cet Ac monoclonal est dirigé
contre une protéine virale spécifique, propre à la période de synthèse et de
réplication du génome viral qui a lieu dans le noyau des thymocytes, tandis
que l'antisérum a permis de détecter l'Ag viral dans tous les organes prélevés
{thymus, rate, foie, glandes salivaires) indépendamment du cycle de l'infection
virale.

La présence de l'Ag viral déterminée par une fluorescence nucléaire a
été observée dans le noyau des thymocytes aux jours 5 et 7 post-infection et
dans le noyau des hépatocytes au jour 7 post-infection. Le type de
fluorescence identifiant la présence de l'Ag viral ailleurs dans les autres
organes était cytoplasmique.

Quant aux analyses histopathologiques des tissus de souriceaux
nouveau-nés infectés, c'est principalement au niveau du thymus que l'on a
remarqué un endommagement sévère caractérisé par des lésions nécrotiques
présentes surtout aux jours 5-7-14 et 21 post-infection. Par la suite, le thymus
semble retrouver une architecture normale puisque l'observation de cinq
thymus sur six prélevés au jour 56 post-infection, ne présentaient aucune
nécrose.

Finalement, aucune présence de l'Ag viral et de changements
morphologiques ou histologiques chez les souris adultes infectées n'ont été
révélées.


identifier: Bélanger, Hélène  (1992). Mise au point de la méthode d'absorption et d'élution pour la concentration des rota virus à partir de l'eau usée  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 123 p.

abstract:
La méthode de concentration de virus par adsorption et élution a été mise au point pour
la concentration du rotavirus à partir d'eau usée. L'évaluation de la méthode qui s'est d'abord
faite à partir de petits volumes d'eau dé-ionisée nous a pennis de constater qu'il n'était pas
possible d'obtenir une élution efficace lorsque le SA-11 était adsorbé sur les filtres de fibres
de verre électronégatifs. Une meilleure récupération (38%) a été obtenue en utilisant les filtres
électropositifs de type 1 MDS. L'élution la plus efficace a été obtenue avec de l'extrait de
boeuf 1,5% à pH 9,8. Lorsque cette méthode a été utilisée pour le traitement de 20 litres
d'eau du robinet artificiellement contaminée avec du SA-11, nous avons obtenu sensiblement
les mêmes récupérations que pour le traitement de petits volumes d'eau. Lorsque cette
méthode a été utilisée en combinaison avec la précipitation au sulfate d'ammonium pour le
traitement de 20 litres d'eau usée, nous n'avons obtenu qu'une récupération de 2% du SA-11
ajouté à l'eau. À l'aide de cette méthode, nous avons pu mettre en évidence la présence de
rotavirus dans de l'eau usée de la ville de Laval sans toutefois pouvoir en déterminer la
quantité.


identifier: Pramatarova, Albena  (1992). Clonage du gène de l'immortalisation du cytomegalovirus humain  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 130 p.

abstract:
La transformation néoplasique des cellules diploïdes est
de plus en plus considérée comme un processus graduel impliquant
premièrement une étape d'immortalisation suivie de
changements phénotypiques conduisant à la tumorigénicité.

Dans ce travail nous nous sommes intéressés aux propriétés
immortalisantes d'un virus herpétique: le cytomégalovirus
humain souche AD-169 (HCMV). Notre hypothèse de départ était
l'existence chez HCMV, comme c'est le cas chez herpès simplex
type 2, de deux gènes voisins mais différents responsables de
l'immortalisation et de la transformation oncogène. Le principal
problème lors de l'étude de l'immortalisation, est le
choix d'un système cellulaire permettant l'observation du
phénomène. Nous avons entrepris de cloner le fragment
BamH I-P du génome HCMV, couvrant la région Hind III-E responsable
de la transformation tumorigénique et nous avons
testé son potentiel immortalisant sur des cellules de poumon
d'embryon de chien. Lors d'expériences semblables, les cellules
de rein d'embryon de chien étaient apparues particulièrement
adéquates pour l'observation du phénomène de l'immortalisation
par le HCMV, car elles avaient une durée de vie très
limitée. Malheureusement, les cellules de poumons ne semblent
pas partager toutes les caractéristiques de leurs consoeurs.
Elles ne sont pas aussi sensibles à la transformation et de  plus, elles semblent susceptibles à des manifestations du
genre transformation spontanée. Les difficultés mentionnées
plus tôt nous ont empèché de localiser de façon précise le
gène de l'imrnortalisation du HCMV.

Les résultats de transformation obtenus avec les cellules
de poumon semblent toutefois, confirmer les résultats
obtenus avec les cellules de rein.


identifier: Létourneau, Lynda  (1993). Étude microbiologique de la carboxylation du phénol en conditions méthanogènes  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 189 p.

abstract:
La connaissance est limitée concernant les
microorganismes impliqués dans les premières étapes de
dégradation des composés phénolés par fermentation méthanique.
A partir d'un consortium méthanogène dégradant le phénol, une
étude microbiologique a été effectuée afin d'isoler et de
caractériser les bactéries impliquées dans la carboxylation du
phénol.

Dans un premier temps, il a été démontré que les
bactéries anaérobies facultatives ne sont pas responsables de
cette activité. Le consortium de référence a été traité à la
chaleur (80°C/15 min., 90°C/10 min.) combiné ou non à un
traitement à l'éthanol, dans le but de montrer l'implication
des bactéries sporulées. Les cultures résultantes ont
conservé la capacité de carboxyler le phénol indiquant que les
bactéries sporulées sont impliquées dans la transformation du
phénol en acide benzoïque. Les observations au microscope
électronique des consortiums traités ont montré des
populations semblables entre elles et moins variées que celle
retrouvée dans le consortium de référence, celles-ci étant
composées seulement de bâtonnets Gram-positifs dont un de type
filamenteux. D'après ces résultats, ces cultures ont par la
suite été appelées consortium traité sans distinction du traitement subi.
xiii
Le consortium traité s'est révélé stable
sui te à des sous-cultures successives. Contrairement au
consortium de référence, aucune production de gaz n'a été
décelée et l'acide benzoïque s'accumulait.

Cinq souches dont quatre Clostridium ont été isolées à
partir d'un consortium traité. Toutefois, aucun de ces
bâtonnets Gram-positifs n'a réussi à carboxyler le phénol en
culture pure et coculture. Contrairement au consortium de
référence, ces souches ne possèdent pas la capacité
d'effectuer des réactions de décarboxylation, d'oxydation et
de 0-déméthylation.

Il a été démontré que la vitesse de transformation du
phénol n'était pas ralentie dans un consortium traité où
l'inoculum a été lavé pour éliminer le surnageant de culture.
Comme le consortium de référence, le consortium traité
effectue la décarboxylation et la déhydroxylation de l'acide
p-hydroxybenzoïque en phénol et en acide benzoïque,
respectivement. Par contre, contrairement au consortium de
référence, il ne peut effectuer des réactions d'oxydation et
de 0-déméthylation. Une sous-culture sur milieux solides du
consortium traité suggère peu ou pas de croissance bactérienne
des microorganismes carboxylants sous ces conditions. Pendant
la transformation du phénol en acide benzoïque, aucune
croissance significative des trois espèces de Clostridium n'a été observée en milieu liquide. Sur les cinq souches isolées,
deux ont été éliminées du consortium traité sans affecter la
transformation du phénol: la souche no 4 semble avoir été
éliminée par dilution lors des sous-cultures successives et la
souche de C. ghonii a été éliminée après un traitement avec
des antibiotiques. Selon les observations réalisées, le
consortium traité dégradant le phénol présentement maintenu
dans le laboratoire serait constitué de deux souches de
Clostridium hastiforme, d'une souche de Clostridium
glycolicum, d'un bâtonnet filamenteux et d'une souche sporulée
non identifiée (souche no 6). De plus, les résultats obtenus
portent à croire que la souche no 6 serait impliquée dans la
dégradation du phénol en acide benzoïque puisque son
élimination dans la culture à l'aide de tétracycline entraîne
une perte d'activité du consortium.

Ces travaux ont permis de franchir un grand pas vers
l'isolement des microorganismes responsables de la
carboxylation du phénol en dépit du fait de la complexité du
consortium de bactéries anaérobies.


identifier: Bourbonnière, Luc  (1993). Isolemenet d'une souche de streptomyces exfoliatus produisant un système d'enzymes lytiques partiellement actif sur methylobacterium extorquens, une bactérie méthylotrophe productrice de PHB  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, 177 p.

abstract:
Les poly-B-hydroxyalcanoates (ou PHA) sont des biopolymères
biodégradables retrouvés chez de nombreuses bactéries sous forme de
granules intracellulaires. Ces polyesters naturels, de par leurs propriétés
physico-chimiques, possèdent un intérêt industriel important. Plusieurs
facteurs détermineront le coût final des PHA: équipements, substrat de
fermentation, traitement des effluents et extraction. L'extraction des PHA
joue un rôle majeur dans leur coût final; l'utilisation de solvants pour les
extraire est coûteuse, polluante et potentiellement dangeureuse. Il serait
donc intéressant d'avoir une alternative "verte" à l'extraction par les
solvants; une approche possible est l'utilisation d'un système lytique
spécifique à la bactérie productrice afin de digérer le matériel cellulaire
non-PHA et ainsi extraire et purifier les granules de PHA.

L'objectif général de ce projet était d'isoler un microorganisme
produisant des enzymes lytiques actives sur Methylobacterium
extorquens, la bactérie utilisée dans ce projet pour la production d'un type
de PHA, le poly-B-hydroxybutyrate (ou PHB), à partir du méthanol comme
substrat. On envisageait ainsi d'identifier ce nouveau microorganisme
lytique, d'effectuer des tests d'extraction des granules de PHB avec les
enzymes lytiques produites par ce microorganisme et, s'il y a lieu,
améliorer les conditions d'extraction des granules.

À partir de divers échantillons de sols pns dans la région de
Montréal, 10 isolats se sont montrés capables de causer des zones de lyse
dans des géloses contenant des cellules de M. extorquens traitées à la chaleur. Une seule de ces souches, la souche No. 10, était capable de
produire une quantité appréciable d'enzymes lytiques en milieu liquide.
Grâce à l'utilisation de techniques chemotaxonomiques, cette souche a été
identifiée comme étant Streptomyces exfolia tus. La lyse des cellules était
optimale à un pH de 8,0 et à une température de 50°C. Aucun des sels
(ions) étudiés n'avait d'effet positif sur la lyse à des concentrations de 1
mM ou 10 mM; les ions Hg++, Ni++ et Cr++ étaient inhibiteurs à la
concentration 1 mM. Le système lytique possédait les activités
enzymatiques suivantes: N-acétylmuramidase (lysozyme), protéase,
estérase et N-acétyl-glucosaminidase. Les essais de lyse sur des cellules
contenant une quantité importante de PHB ont démontré que le système
lytique brut de S. exfoliatus avait un effet certain sur la paroi de M.
extorquens mais ne permettait pas la libération complète des granules de
PHB. Des études en microscopie électronique à transmission ont été
effectuées afin de confirmer l'effet du système lytique sur la paroi des
cellules de M. extorquens traitées à la chaleur et contenant du PHB. Après
cinq heures d'incubation avec le système lytique brut, des structures
étaient bien visibles sur la paroi, correspondant peut-être à des filaments
de peptidoglycane se détachant de la surface bactérienne. Après 24 heures,
la paroi était devenu floue. L'ajout de détergents et d'EDTA n'a pas permis
une amélioration de la digestion du matériel non-PHB.

Le système lytique de S. exfoliatus avait donc un effet sur la paroi de
cellules tuées de M. extorquens mais ne réussissait pas toutefois à extraire
complètement les granules de PHB. Des études plus poussées, soit avec le
système lytique seul soit après la combinaison de ce système avec d'autres
techniques d'extraction (mécaniques, chimiques, etc.) permettront peutêtre de réaliser une extraction plus complète des granules de PHB. De plus,
la souche isolée pourrait produire d'autres produits d'intérêt industiiel
retrouvés chez divers actinomycètes (antibiotiques, enzymes autres que
lytiques, etc.); il pourrait donc être intéressant d'examiner plus à fond cette
nouvelle souche de S. exfoliatus.


identifier: Gagnon, France  (1992). Isolation des protéines de transport des somatomédines  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 107 p.

abstract:
L'isolation des protéines de transport des somatomédines s'inscrit dans le
cadre d'une étude sur l'évaluation des effets de l'exercice physique sur ces protéines.
Un essai radioimmunologique est envisagé afm de posséder une méthode de grandes
spécificité et sensibilité pour le dosage des protéines de transport. Ce projet est
conduit dans la perspective d'une mise au point d'une technique de dépistage d'une
consommation d'hormone de croissance chez les athlètes.

Le second messager de l'hormone de croissance, la somatomédine, circule
principalement sous la forme de complexes avec des protéines de transport (IGFBP).
L'hormone de croissance est directement impliquée dans la régulation de l'IGFBP-3,
qui est la principale protéine de transport plasmatique. L'IGFBP-1, l'autre protéine
de transport retrouvée dans le plasma, est plutôt contrôlée par l'insuline et elle
démontre une variation circadienne importante. Les fonctions des protéines de
transport sont, dans le cas de l'IGFBP-3, le transport et le maintien des
somatomédines dans les vaisseaux sanguins et, dans le cas de 1 'IGFBP-1, le transport
des somatomédines plasmatiques vers les cellules-cibles.

L'isolation de l'IGFBP-3 fut produite à partir du plasma humain. Plusieurs
étapes d'isolation s'enchaînèrent; la plus spécifique fut une chromatographie
d'affinité avec une colonne sur laquelle des molécules de somatomédines furent
fixées. La même chromatographie d'affinité fut effectuée lors de l'isolation de
l'IGFBP-1, dont la source de départ fut le liquide amniotique humain.

Différentes analyses quantitatives et qualitatives furent appliquées afm
d'évaluer les rendements et facteurs de purification au fil des étapes d'isolation, et
de déterminer la pureté des protéines isolées. Bien qu'elle ne soit pas spécifique,
1' épreuve quantitative utilisée pour le dosage des protéines de transport démontra une
sensibilité suffisante pour mettre au point les techniques d'isolation.

La pureté des protéines isolées fut excellente. Malgré quelques impuretés,
elles seront aptes à être utilisées, suite à un marquage radioactif, pour des essais
radioimmunologiques.


identifier: Brandao Areal, Henrique  (1993). Étude des effets de l'irradiation gamma (60CO) sur listeria monocytogènes contaminant la crevette  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 161 p.

abstract:
Des études de radiobiologie ont été réalisées avec trois souches de Listeria
monocytogenes. Les souches ATCC 19115 et ATCC 19111, isolées, respectivement, de
1 'humain et du poulet, provenaient de l' American Type Culture Collection. La troisième,
souche FDA-lAl, a été isolée de la crevette et nous a été gracieusement fournie par le
Dr. Susan McCarthy de l'agence américaine "Food and Drug Administration" (FDA). La
radiorésistance des souches a été déterminée sous diverses conditions expérimentales.

Les valeurs des Doses de Réduction Décimale (DRD) obtenues pour les souches
traitées au rayonnement gamma (60Co) dans un bouillon Trypticase Soya enrichi de 0,6%
d'extrait de levure (BTS-EL) à O"C, ont clairement démontré que les cellules, en début
de la phase stationnaire, sont plus radiorésista.ntes que celles en pleine croissance
exponentielle. On a également constaté une différence marquée des radiorésistances entre
les souches, ATCC 19115 > ATCC 19111 > FDA lAI et aussi que la valeur de la DRD
était intimement liée au milieu gélosé sur lequel on récupérait les cellules ayant survécu
au stress provoqué par 1 'ionisation. Les milieux gélosés sélectifs Oxford, LPM et
Palcam, largement utilisés pour isoler Listeria spp., en raison de leur composition,
constituent une source supplémentaire de stress lors de l'isolement direct des cellules
traitées. De par sa composition, le milieu gélosé Palcam s'est avéré très sélectif, ne
favorisant point la croissance de la souche ATCC 19111.

Les suspensions cellulaires ont démontré une radiorésistance réduite lorsqu'elles ont été traitées dans la solution physiologique, à 0 et à -20"C. Contrairement à ce qui
a déjà été observé par d'autres chercheurs, avec d'autres souches deL. monocytogenes
chez le poulet et chez le boeuf haché, la DRD des souches ATCC 19115 et FDA-lAl dans
la crevette ne s'est pas avérée plus élevée que dans le bouillon de culture. En réduisant
la température des échantillons de crevette de 0 à -20"C, on a w doubler la
radiorésistance des souches. En effet, la DRD de la souche ATCC 19115 est passée de
0,355 à 0,840 kGy et celle de la souche FDA 1A1 de 0,266 à 0, 736 kGy. Nous avons
constaté ce même phénomène, lors de l'irradiation deL. monocytogenes dans la solution
physiologique. Si la congélation freine la prolifération microbienne, elle réduit aussi de
manière importante les effets de la radurisation sur L. monocytogenes. Un tel constat est
important w que déjà en France, on permet la radurisation de la crevette à la condition
que le traitement soit fait à des températures inférieures à -18°C.

Pour établir le protocole visant le dépistage deL. monocytogenes, on s'est appuyé
sur l'Arrêté du 2 octobre 1990, signé, entre autres, par le Ministre de l'Agriculture de
France, lequel permet la radurisation de la crevette congelée à -180C, à des doses égales
ou inférieures à 5 kG y. On a aussi comparé 1' efficacité de deux des méthodes de
dépistage de L. monocytogenes (FDA, USDA) les plus utilisées dans les laboratoires de
microbiologie et de contrôle de l'industrie alimentaire, d'agences gouvernementales et de
centres de recherches, avec celle d'une variante de la méthode d'Enrichissement au froid
(EF) développée par le docteur Susan McCarthy du FDA.

On a analysé par les méthodes FDA et USDA un total de 96 échantillons de crevette (80 artificiellement contaminés avec la souche ATCC 19115 et 16 non
contaminés), puis, par la méthode EF, un total de 80 échantillons de crevette (64
artificiellement contaminés avec la souche ATCC 19115 et 16 non contaminés). Les
échantillons contaminés ont été traités à -20"C, à différentes doses: 0,0; 2,5; 3,5; 4,0
et 5,0 kGy. Le dénombrement des unités formatrices de colonies par gramme (ufc/g)
avant traitement des échantillons volontairement contaminés se situaient entre 6,0x10" et
1,5x10S. À partir des échantillons contaminés puis traités à différentes doses, on a
dépisté L. monoeytogenes dans 53,8% d'entre eux à l'aide de la méthode FDA, dans
56,3% avec la méthode USDA et dans 60,3% avec la méthode EF. Seule la méthode EF
s'est avérée assez sensible pour dépister la bactérie dans l'un des seize (6,25%)
échantillons traités à 5,0 kGy.

Dans la méthode FDA et dans la méthode EF, la combinaison des milieux Listeria
Enrichment Broth (LEB), Bouillon Fraser (BF) et Oxford ou Lithium Phenyléthanol
Moxalactam (LPM), s'est montrée efficace, permettant d'isoler L. monoeytogenes à partir
d'échantillons dans lesquels on n'avait pas détecté la bactérie en employant la
combinaison des milieux LEB et Oxford ou LPM. Finalement, on a constaté que les
étapes d'enrichissement permettent aux cellules deL. monocytogenes plus au moins
endommagées par le traitement ionisant, de récupérer et de former des colonies autant sur
milieu Oxford que LPM.

Bref, nous avons montré que les populations des souches étudiées étaient
largement réduites par l'ionisation, mais que la congélation (-20"C) constitue un facteur d'atténuation très important, faisant doubler la valeur de la DRD des souches,
indépendamment de l'environnement dans lequel elles étaient distribuées. Concernant
1 'étude comparative des méthodes de dépistage de L. monocytogenes, les trois méthodes
employées (FDA, USDA et EF) nous ont permis de récupérer la bactérie à partir
d'échantillons de crevette aussi faiblement contaminés que 4,5 ufc/10 g (estimée par la
technique du NPP).


identifier: Zalce Olivera, Maria Eugenia  (1993). Expression du gène de la xylanase de Cryptococcus albtdus chez la levure Pichia stipitis  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 97 p.

abstract:
A 1 'heure actuelle, il existe un grand intérêt pour la recherche de nouvelles sources
d'énergie qui, contrairement au pétrole, seraient moins polluantes, peu coûteuses et si possible
renouvelables. La biomasse, constituée principalement de polysaccharides, pourrait s'avérer une
solution, à condition de pouvoir dégrader efficacement ces polymères en monosaccharides plus
facilement utilisables. Le sujet de ce travail porte sur la bioconversion du xylane, un constituant
de l'hémicellulose, en éthanol. De nombreux microoorganismes sont capables de dégrader la
biomasse et de 1 'utiliser comme source de carbone pour leur croissance, mais ils ne produisent
pas d'éthanol. D'autre part, certaines levures, dont Pichia stipitis, fermentent les
monosaccharides en éthanol, mais elles ne possèdent pas les enzymes qui permettent la
dégradation des polysaccharides. Nous avons donc tenté de relier ces deux caractéristiques en
créant, par génie génétique, une levure capable de fermenter directement le xylane en éthanol
en clonant chez P. stipitis le gène de la xylanase de Cryptococcus albidus. Le gène de la
xylanase produit par cette levure a été isolé à partir d'une banque génomique et un fragment
d'environ 3 Kb a été séquencé (Boucher~ al., 1988; Morosoli et al., 1988b). La séquence a
montré que le gène contient 7 introns. Le gène de la xylanase sous forme de cADN a été placé
sous le contrôle du promoteur du gène de la xylose réductase de P. stipitis et a été cloné dans
cette souche. Le gène est exprimé et une xylanase de 50 kDa est sécrétée par le transformant
dans le milieu de culture. Cette souche IAF 145 est capable de croître dans un milieu xylane,
en conditions aérobiques mais sans pour cela produire de l'éthanol. En conditions anaérobiques,
ce clone fermente le xylane et produit jusqu'à 30 mM d'éthanol.


identifier: Charest, Annic  (1993). Dégradation des composés phénolés en conditions méthanogènes dans un effluent pétrochimique  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 156 p.

abstract:
La caractérisation de l'effluent pétrochimique
spécifique constituant le lot de référence a révélé qu'il
contenait des concentrations supérieures aux normes du Ministère
de l'Environnement du Québec pour certains paramètres dont les
composés phénolés. Un traitement anaérobie pour réduire la
concentration des composés phénolés présents dans l'effluent a
été étudié en laboratoire.

Un consortium de bactéries anaérobies capable de
transformer certains composés phénolés a été adapté
progressivement à l'effluent par repiquages successifs dans des
cultures en bouteilles sérologiques (en cuvée) . Il a été
démontré que 1 'addition de protéose peptone à 1 'effluent de
référence est essentielle pour obtenir la transformation du
phénol. Un réacteur anaérobie (continu) à film fixe et à
écoulement ascendant a été développé. Après un temps de
résidence hydraulique (TRH) de 6 heures pour 1 'effluent de
référence, 98 % du phénol et 79 % du o-crésol ont été éliminés.
De plus, la toxicité de cet effluent a été diminuée de moitié
mais certains contaminants légiférés n'ont pas été affectés par
le biofilm. Le réacteur anaérobie a aussi été alimenté avec un
effluent spécifique différent du lot de référence contenant une
concentration supérieure de composés phénolés et 99 % du phénol
a été transformé pour un temps de résidence hydraulique (TRH) de 7,8 heures. L'observation au microscope électronique à
transmission des suspensions de microorganismes obtenues du
biofilm a démontré que le consortium de bactéries anaérobies n'a
pas été modifié par la présence de l'effluent pétrochimique.

Ces résultats démontrent que le consortium de
bactéries anaérobies peut être utilisé efficacement pour traiter
des effluents pétrochimiques fortement concentrés en phénol.


identifier: Juteau, Pierre  (1993). Étude de la biodégradation du pentachlorophénol en conditions méthaniques  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 135 p.

abstract:
Le pentachlorophénol (PCP) est un biocide très utilisé pour la préservation des poteaux servant au transport de lignes électrtiques et téléphoniques, des poutres de chemin de fer et autres bois destinés à être utilisés à rextérieur. Sa grande toxicité et son accumulation dans certains écosystèmes en font un problème environnemental majeur.

Un consortium méthanique, isolé et enrichi à partir de sols contaminés et de boues
de digesteur anaérobie, a permis de dégrader le PCP dans différents types de bioréacteurs
ainsi que dans des essais en bouteilles. Il y a tout d'abord déchloration complète du PCP.
Le phénol ainsi produit peut être transformé en C02 et CH4 Une charge de 60 μmoles de
PCP-L-1 jour1 a pu être traitée dans un bioréacteur à surfaces fixes, ce qui est supérieur
aux performances obtenues avec des bioréacleurs à alimentation semi-continue ou continue
mais sans surfaces fixes. Les analyses ont montré que seule une partie du réacteur à surfaces
fixes était active, ce qui indique que le traitement est bien en-dessous de sa capacité
maximale. Des observations par microscopie électronique à balayage ont permis de
déterminer que le biofilm est formé d'au moins 2 couches de bactéries distinctes. La couche
profonde est surtout composée de bactéries filamenteuses et de longs bâtonnets dont un
bon nombre ont une physionomie apparentée au genre Methanosaeta. La couche de
surface est plutôt constituée de bactéries en forme de cocci et de bâtonnets courts.

La dégradation du PCP par le consortium passe par le meta-monochlorophénol
(m-MCP) et la déchloration de ce dernier est rétape limitante. Le consortium est également
capable de déchlorer les deux autres monochlorophénols, dans l'ordre de préférence
suivant: ortho > meta > para. La déchloration du PCP nécessite l'addition d'un co-substrat
qui peut être le glucose, le formiate, le lactate ou l'extrait de levures, mais pas l'acétate. La
température optimale est de 37°C. Les bactéries irt1Jiiquées dans la transformation du PCP
en m-MCP résistent à un traitement à la chaleur de sooc pendant 1 heure, ce qui suggère
qu'elles forment des spores. Les bactéries responsables de la déchloration ne semblent
pas dépendre du transfert d'hydrogène associé à la méthanogénèse. En présence d'air, le
consortium ne dégrade pas le PCP. En présence de sulfate, la déchloration est incomplète. Les résultats obtenus par un essai en bouteilles où un support favorisant l'agrégation a été
ajouté suggèrent que de tels agrégats sont nécessaires, sinon utiles à l'activité de déchloration.


identifier: Letarte, Micheline  (1993). Étude de la variabilité génétique de la transcriptase inverse du VIH-1 à l'azidothymidine (AZT)  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 111 p.

abstract:
L'utilisation de I'AZT chez des personnes atteintes du syndrome de
l'immunodéficience acquise (SIDA) est compliquée par l'émergence, en cours de
traitement, de populations de virus de l'immunodéficience humaine de type 1
(VIH-1) résistantes à cette substance antivirale. L'AZT agit au niveau de la
synthèse de l'ADN proviral par la transcriptase inverse, bloquant ainsi une des
étapes dans la réplication du virus. Certaines mutations retrouvées sur le
génome du VIH-1, dans le gène pol, semblent être associées à la résistance à
I'AZT. Le but de ce travail était d'établir s'il y a apparition de mutations dans le
gène pol d'isolats de VIH-1 présents chez des patients séropositifs sous
traitement à I'AZT.

L'approche expérimentale comportait l'isolement des cellules
mononucléées de 24 patients séropositifs et l'extraction de l'ADN génomique par
lyse cellulaire. Des amorces spécifiques ont été utilisées pour amplifier un
fragment de 629 paires de base, correspondant à une portion du gène pol. Ce
fragment amplifié a été transféré sur une membrane de nylon et hybridé avec les
oligonucléotides, SC67no et SC215/219, permettant ainsi de déterminer la
présence de mutations dans la région amplifiée. Une variation du signal
d'hybridation de la sonde SC67fl0 avec les échantillons provenant du patient
024 a effectivement permis l'identification de mutations suite au traitement par
I'AZT. D'autres échantillons tels que le 063-5 108-4 et le 348 ont montré une
absence de signal d'hybridation pour la même sonde.

Les fragments amplifiés des échantillons à l'étude ont été clonés et leur
séquence nucléotidique déterminée. L'analyse de ces séquences a mis en
évidence, chez les patients 024 et 320, la substitution d'une population de virus
de type sauvage par une population virale démontrant la présence de mutations
associées à la résistance à l'Arr; certaines de ces mutations étant transitoires.
Ce travail a démontré J'utilité d'une méthode directe permettant de détecter
l'apparition de souches de VIH-1 résistantes chez les patients séropositifs lors
d'un traitement à l'ATZ.


identifier: Dion, Paule  (1993). Effets de la variation du débit de la dose d'irradiation sur la radiorésistance de bactéries pathogènes dans les aliments  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 138 p.

abstract:
Les maladies infectieuses d'origine alimentaire augmente
continuellement dans le monde et touchent autant les pays
industrialisés que sous-développés.

L'irradiation est un procédé de conservation alimentaire
maintenant accepté, sous certaines conditions, au Canada, au
États-Unis et dans une trentaine d'autres pays. On défini
habituellement l'irradiation ionisante par le type, l'énergie
et la dose totale absorbée autant que par le débit de la dose.
Ce mémoire porte sur l'effet de la variation du débit de la
dose d'irradiation sur des espèces bactériennes pathogènes
d'origine alimentaire.

Les dénombrements des bactéries survivantes, sur milieux
de culture solides, ne démontraient pas de différences
significatives entre les débits de doses d'irradiation 0,78
kGyfh, 2,6 kGy/h et 22 kGyfh, et ce pour les deux phases de
croissance étudiées dans l'eau physiologique (0,85% NaCl).
Des résultats semblables étaient obtenus lorsque l'irradiation
avait lieu aux mêmes débits, dans un homogénat de poulet, sur
deux espèces bactériennes différentes en phase stationnaire de
croissance. Nous avons aussi observé un effet variable et
peu significatif de la phase de croissance sur la
radiorésistance bactérienne. La radiorésistance était variable en fonction des genres et espèces bactériens de même
qu'à l'intérieur d'un genre donné pour des espèces
différentes. Nous avons également mis en évidence l'influence
du milieu d'irradiation sur la radiorésistance, ainsi de façon
générale plus la complexité d'un milieu d'irradiation sera
grande plus on devra s'attendre à des radiorésistances
élevées. De plus l'effet protecteur important d'un milieu
complexe, un homogénat de poulet dans le cas présent, a été
démontré.

Ainsi, selon nos résultats, la variation du débit de la
dose d'irradiation, par le cobalt 60, sur des espèces
bactériennes pathogènes retrouvées dans les aliments n'a
aucune influence sur leur radiorésistance. Ce phénomène est
observé autant en milieu simple (non protecteur) qu'en milieu
complexe (protecteur).


identifier: Wittman, Sylvie  (1993). Clonage et séquençage du gène de la cellulase B de Streptomyces lividans 66 et caractérisation de l'enzyme.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maitrise en microbiologie appliquée, 134 p.

abstract:
La souche sauvage Streptomyces lividans 66 produit
plusieurs enzymes lignocellulolytiques dont la cellulase B.
Afin de faciliter le séquençage du gène cel B, il a été souscloné
chez Escherichia coli.
observées avec des
Des homologies de séquences sont
cellulases provenant d'autres
micro-organismes. Conséquemment, la cellulase B fait partie des
glucanases de la famille H. Les domaines catalytiques et de
liaison à la cellulose se retrouvent respectivement dans la
portion N-terminale et C-terminale de la protéine.

La cellulase B est une enzyme extra-cellulaire qui est
produite par le clone s .lividans IAF 9/8-83 en milieu M13 modifié
contenant 1% de xylose. Malgré la grande instabilité de
l'enzyme, la forme native a été isolée.

Les propriétés physico-chimiques de la cellulase B purifiée
ont été déterminées. La masse moléculaire (36 kDa) et le p.I.
(4.2) de l'enzyme sont déterminés respectivement par SOS-PAGE et
par isoélectrofocalisation. L'activité enzymatique est optimale
à pH 6.5 et à une température de 60°C. L'activité spécifique de
l'enzyme est de 98 U.I.fmg. Les valeurs de Km et de Vmax sont
respectivement de 1.3 mg/ml et de 110 U.I.fmg en utilisant la
carboxyméthylcellulose comme substrat.

La cellulase B n'hydrolyse pas les cellooligosaccharides
inférieurs à G4 • L'enzyme dégrade facilement le G4 , le G5 et le
G6 , et des réactions de transglycosylation sont observées.


identifier: Hébert, Benoît  (1993). Identification de quatorze transcrits codant pour des protéines tyrosine kinases chez les cellules E-5; caractérisation partielle de trois nouveaux transcrits  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 217 p.

abstract:
La différenciation intra-thymique des lymphocytes Test dépendante
des cellules du stroma. La sécrétion de cytokines et les interactions
moléculaires sont responsables de son contrôle. L'importance des
interactions moléculaires a été démontrée à l'aide de modèles in vitro, puis
tout récemment, chez des souris transgéniques. La caractérisation
biochimique de plusieurs molécules d'adhésion a permis d'établir une
classification fonctionnelle et structurale. Bien qu'une multitude de
molécules d'adhésion existe, les profils d'activation se ressemblent. La
caractérisation moléculaire des profils d'activation a démontré que les
mécanismes d'amplification de signaux sont intimement reliés soit par des
mécanismes communs soit par des effecteurs intracellulaires similaires.

Au cours des dernières années, l'étude de la transduction de signaux
intra-thymiques a été effectuée presque uniquement chez les thymocytes.
Par contre, la régulation de l'activité des cellules stromales par les
thymocytes a été démontrée récemment. Pour la première fois, un modèle
in vitro d'interactions lympho-stromales a permis de démontrer que les
thymocytes peuvent transmettre des signaux aux cellules stromales. Cette
interaction est possible par l'intermédiaire du complexe gp23/45/90
retrouvé chez certaines cellules stromales. Ce complexe a été purifié et
partiellement caractérisé à partir de la lignée cellulaire d'épithélium thymique
E-5.

L'interaction entre des thymocytes et les cellules E-5 déclenche
spécifiquement, entre autres, la phosphorylation de résidus tyrosine de trois
protéines des cellules E-5. Compte tenu de l'implication d'une protéine
tyrosine kinase dans le modèle d'activation in vitro des cellules E-5 et de
l'importance des protéine tyrosine kinases dans les signaux de transduction, nous avons entrepris de répertorier les transcrits PTK-spécifiques des
cellules E-5 afin d'approfondir la caractérisation moléculaire de l'interaction
E-5-thymocytes.

Sachant que les protéine tyrosine kinases possèdent des
caractéristiques moléculaires communes, il est possible d'amplifier
sélectivement, par PCR, des domaines catalytiques distincts. Nous avons
procédé à l'amplification et au clonage des domaines catalytiques des PTKs
des cellules E-5. Par le séquençage des clones obtenus, nous avons identifié
onze transcrits différents codant pour des PTKs connues. De plus, nous
avons démontré la présence de trois nouveaux transcrits de PTKs. Le
premier présente une homologie à tek, le deuxième à c-yes, et le troisième,
à Cek-5, un membre de la sous-famille de protéine tyrosine kinase eph. Ce
mémoire présente .les séquences nucléotidiques et peptidiques (déduites)
ainsi que l'homologie des nouvelles protéine tyrosine kinases avec celles
déjà connues. Le rôle potentiel de ces protéine tyrosine kinases est
également discuté.


identifier: Daniel, Claude  (1993). Immunogénicité et structure antigénique de la protéine de surface du coronavirus murin  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 235 p.

abstract:
Dans le but d'identifier les déterminants moléculaires responsables de la
pathogénie du coronavirus murin MHV-A59, nous avons étudié l'importance
de la glycoprotéine de surface S dans la réponse immunitaire contre le
coronavirus. Nous avons purifié la glycoprotéine par chromatographie
d'immunoaffinité et analysé son immunogénicité chez la souris BALB/ c. Nous
avons démontré que la glycoprotéine S purifiée pouvait induire la synthèse
d'anticorps neutralisants et protéger les souris contre une épreuve létale avec le
MHV-A59. La structure antigénique de la glycoprotéine S a par la suite été
étudiée. Nous avons analysé, avec des algorithmes de prédiction d'épitopes, la
séquence déduite en acides aminés de la glycoprotéine S. Des peptides
synthétiques ont été sélectionnés et leur immunogénicité vérifiée chez la souris
BALB/c. Aucun nouveau site antigénique biologiquement important n'a été
identifié. Cependant, une grande différence d'immunogénicité a été mise en
évidence entre les peptides couplés à l'albumine sérique bovine et les peptides
couplés à l'hémocyanine de patelle. Finalement, une banque de fragments de la
glycoprotéineS exprimés dans les vecteurs pEX et pET a permis de localiser les
sites de liaison d'anticorps monoclonaux sur la structure primaire de la
protéine S. Un site immunodominant associé à la neutralisation formé
d'épitopes continus a été identifié près de l'extrémité N-terminale de la sousunité
52. De plus, nos résultats suggèrent un mécanisme de neutralisation
impliquant l'induction d'un changement conformationnel. Finalement, nous
avons proposé un modèle reliant topographiquement des sites antigéniques
discontinus aux sites linéaires identifiés dans notre étude.


identifier: Tremblay, Lyna  (1993). Modulation des paramètres de l'immunité cellulaire et naturelle chez des jeunes rats exposés à des champs magnétiques (60-HZ) de différentes intensités  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 144 p.

abstract:
Les champs magnétiques, omniprésents dans nos vies, sont produits
par la circulation des charges électriques à l'intérieur de fils conducteurs. Des
études épidémiologiques ont associé les expositions résidentielles et
occupationnelles aux champs magnétiques à différents types de cancer. Par ce
travail, nous avons voulu évaluer l'influence des champs magnétiques de 60
Hz de quatre intensités allant de 2 à 2000 μT, sur les réponses des cellules du
système immunitaire. Pour tenter de mieux cerner les effets des champs
magnétiques, des rats Fischer 344/N ont été exposés aux différentes intensités
en période prénatale jusqu'à l'âge de six ou douze semaines. Plusieurs
paramètres ont été étudiés: l'activité des cellules NK spléniques, le nombre de
lymphocytes T et B, la sécrétion d'anticorps par les cellules B spléniques ainsi
que les productions de TNF, N02- et de H202 par les cellules péritonéales.

Les champs magnétiques d'intensité élevée ont potentialisé les
réponses de l'activité des cellules NK spléniques, mais semblent par contre
moduler négativement les pourcentages de lymphocytes T CD4+, CDS+ et CDS+
ainsi que les lymphocytes B (Ig+) suivant six semaines d'exposition. À
l'exception de la population cos+, le niveau des paramètres testés sont tous
revenus à un niveau normal, après douze semaines d'exposition. Les champs
magnétiques ont eu peu d'effet sur les productions de TNF-a., de N02- et de
H202 par les cellules péritonéales.

Les résultats obtenus suggèrent que le système immunitaire pourrait être affecté de façon significative par les CM d'intensité élevée, intensités
rencontrées en milieu industriel ou en grande proximité d'appareillage
électrique. Quelques paramètres sont modulés positivement par les CM et
d'autres négativement, ce qui peut améliorer l'efficacité de la réponse
immunitaire ou bien être néfaste pour le système immunitaire dans sa lutte
contre les agents infectieux et les cellules néoplasiques.


identifier: Arbour, Nathalie  (1993). Induction et modulation de cutokines par le n-formyl-métidonyl-leucyl-phénylalanine chez les cellules mononucléaires du sang humain  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 185 p.

abstract:
Le N-formyl-méthionyl-leucyl-phénylalanine (FMLP) est un dérivé bactérien
capable d'induire et de moduler des réponses cellulaires liées à l'inflammation. Le
chimiotactisme des neutrophiles et des monocytes et 1'i nduction de la flambée oxidative
sont des effets bien connus de ce peptide. Les cytokines constituent des messagers
intercellulaires importants dans les réponses immunes. L'impact du FMLP sur les
cytokines est peu connu. Nous avons évalué les effets du FMLP seul ou en combinaison
avec le lipopolysaccharide (LPS), un autre dérivé bactérien, sur l'expression de gène et
la sécrétion de cytokines inflammatoires.

Nous avons utilisé des cellules mononucléaires du sang humain comme cible du
FMLP étant donné leur rôle majeur dans la sécrétion de cytokines. Des dosages
fonctionnels ont été effectués pour doser le TNP-a (lignée L929) et 1 'IL-6 (lignée B9)
présents dans les surnageants cellulaires. Des analyses de type Northern ont été utilisées
pour évaluer l'expression des gènes du TNP-a, l'IL-la, l'IL-113 et l'IL-6.

Le FMLP (250 JLg/mL) contrairement au LPS (100 ng/mL) n'a pas induit la
transcription du gène ou la sécrétion de TNP-a. ll a par contre inhibé la sécrétion du
TNP-a induite par le LPS sans modifier l'expression du gène de cette cytokine.
L'inhibition est indépendante de la protéine G1 puisqu'un prétraitement à la toxine de
Bordetella pertussis ne l'a pas modifié.

Les effets du FMLP sur la sécrétion d'IL-6 se sont manifestés à partir de 24
heures de stimulation. Le FMLP a induit la sécrétion d'IL-6 au-dessus du niveau du
témoin. La combinaison FMLP + LPS a provoqué une sécrétion plus grande que celle
observée avec un seul des stimuli. L'induction de la sécrétion d'IL-6 est potentiellement
due en partie à l'augmentation de l'expression du gène codant pour cette protéine. Le
FMLP a induit l'ARNm codant pour l'IL-6 et ceux des IL-la et IL-lB. L'induction de la
sécrétion d'IL-6 et de l'expression des gènes IL-la et IL-l.B est sensible à l'action de la
toxine de Bordetella pertussis. Une ou des protéines G1 sont impliquées dans ces effets du
FMLP. Il pourrait bien s'agir des protéines G couplées aux récepteurs du FMLP.

Les effets du FMLP: inhibition de la sécrétion de TNF-a induite par le LPS,
l'induction de la sécrétion d'IL-6 et l'augmentation de la sécrétion d'IL-6 induite par le
LPS sont dépendants de la dose de stimuli utilisée. Plus la dose du FMLP est importante
( 125 à 500 JJg/mL) plus ces effets sont importants.

Les résultats obtenus démontrent que le TNF-a est régulé par des mécanismes
distincts de ceux qui régissent l'IL-la, l'IL-l.B et l'IL-6. Le FMLP est à la fois un
inducteur et un modulateur de cytokines. Il pourrait éventuellement être utilisé pour
contrôler les taux de cytokines.


identifier: Piché, Rita  (1993). Stress psychologique et immunité cellulaire: impact du diagnostic d'une masse suspecte au sein  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 138 p.

abstract:
L'anticipation d'un diagnostic de cancer du sein constitue
un événement stressogène important. Selon les hypothèses suggérées
par les travaux de recherche en psychoimmunologie, un
état de stress aigu peut provoquer une immunosuppression.
L'objectif de cette étude est d'évaluer les effets de cet
événement stressogène sur certaines composantes de l'immunité
cellulaire. Il s'agit d'un protocole quasi-expérimental où cent
trois femmes présentant une masse suspecte au sein (âge: 36 à
70) ont été rencontrées avant la biopsie et après l'annonce du
diagnostic.

À chaque rencontre des analyses immunologiques (PHA, CON A,
CD4+, CDS+, CD57+, % lympho, ADNK) nombre de leucocytes et une
mesure de stress psychologique utilisant la MSP ont été effectuées.
Trente-six femmes ont reçu un diagnostic de cancer
(stade I et II). Nos résultats démontrent que l'anticipation
d'un diagnostic de cancer est en effet un événement stressant et
que l'annonce du diagnostic est suivie d'une diminution significative
de l'état de stress quel que soit le diagnostic.

Nos résultats permettent d'observer certaines corrélations
entre la mesure de stress psychologique (MSP) et les divers
paramètres immunologiques étudiés.