identifier: Boivin, Stéphane  (2008). Étude structurale du récepteur de l'urotensine-II et caractérisation du site de liaison  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 137 p.

subject: Recepteur couple proteine proteine G rcpgs

abstract:
Les récepteurs à 7 passages transmembranaires couplés aux protéines G (RCPGs) constituent, par leur complexité  et leur diversité, une cible intéressante pour le développement  d'outils pharmacologiques.  Le  récepteur  UT  (UT)  fait  partie  de cette grande famille et est impliqué dans la régulation de l'activité  biologique du plus puissant peptide  vasoconstricteur   identifié  à  ce  jour  chez  l'homme,   l'urotensine-11  (U-11). Le récepteur  UT  ainsi  que  U-11 sont,  entre  autres,  présents  au  niveau  du  système cardiovasculaire humain. Tous deux représentent de nouvelles cibles intéressantes pour le développement d'outils  pharmacologiques  utiles pour étudier la physiologie et certaines pathologies du système vasculaire. Cependant, les mécanismes moléculaires responsables de l'activation  complète ou partielle de UT sont encore loin d'être  clairement  élucidés. Étant donné  l'intérêt  thérapeutique que peut présenter le développement  d'agonistes  et
d'antagonistes sélectifs pour ce récepteur, la compréhension de ces mécanismes constitue un enjeu majeur.

Une meilleure compréhension des mécanismes d'activation  de UT implique l'identification   de  son  domaine  de  liaison  et  1'élucidation  de  sa  structure tridimensionnelle.  Cependant,  la caractérisation  structurale  des  récepteurs transmembranaires heptahélicaux, dont UT, demeure une tâche fastidieuse à cause de leur faible solubilité en général et de forte taille, sans oublier le risque que représente la dénaturation  lors des étapes de purification. Ceci rend donc leur analyse structurale par des  voies  classiques,  telles  que  la  RMN  et  la  cristallographie,   très  complexe  voire impossible.

Depuis  les années 2000, une voie alternative  a été utilisée pour caractériser  par RMN  la structure de grosses protéines. Cette nouvelle approche est basée sur l'analyse des  segments  individuels  ou des  domaines  structuraux  de  la protéine,  c'est-à-dire les boucles intra- et extracellulaires et/ou les segments transmembranaires  dans le cas d'une protéine membranaire tel un RCPG. Cette technique a d'ailleurs  été utilisée pour élucider avec  succès  la  structure  de  la  rhodopsine  bovine  et  de  la  bactériorhodopsine.   Plus
précisément, la caractérisation structurale de tous leurs domaines structuraux  par RMN et leur juxtaposition subséquente a permis d'élucider  la structure complète des ces protéines membranaires dans leur forme native alors qu'auparavant  seule leur structure cristallographique avait été décrite. Ces études suggèrent que la structure secondaire des domaines transmembranaires  ainsi que des boucles cellulaires des RCPGs est stabilisée par des  interactions  à  courtes  distances  gouvernées  par  la structure  primaire  rendant possible leur caractérisation structurale totale par le biais de l'analyse  de sous fragments. De plus, une analyse similaire de la myohémérythrine,  une protéine membranaire n'appartenant   pas  au  RCPG,  suggère  que  cette   méthodologie   ne  se  limiterait  pas uniquement à l'étude structurale des RCPGs, mais pourrait être appliquée à l'étude de l'ensemble des protéines membranaires. Cette stratégie offre ainsi une approche très intéressante pour l'étude structurale de UT.

Mon  projet  de  doctorat  avait  pour  but  de  caractériser  le  complexe  U-IIIUT d'abord en identifiant le rôle de certains domaines structuraux de UT dans le processus de reconnaissance et d'activation  en relation avec U-11, et ensuite en apportant des données sur la structure tridimensionnelle de ces domaines. Cette étude apporte donc de nouvelles données qui contribuent à une meilleure connaissance générale du complexe U-11/UT ce qui   pourrait   représenter   un  atout  supplémentaire   pour  le  développement   et/ou   le raffinement  d'outils pharmacologiques  destinés  à  l'étude  du système  cardiovasculaire. Elle contribue  également  à  une meilleure  compréhension  structurale  des  RCPGs  qui, malgré leur importance biologique, demeurent à ce jour peu caractérisés.

Les objectifs du projet de recherche ont été de 1) cibler et développer par synthèse peptidique  des  segments  de  UT  représentant  des  domaines  structuraux   susceptibles d'interagir  avec U-11, 2) déterminer leur capacité à interagir avec des ligands connus de UT à l'aide  de la résonance  plasmonique de surface (RPS), et 3) caractériser  par CD, RMN et par modélisation moléculaire l'arrangement  tridimensionnel des domaines jouant un rôle clef dans le complexe U-II!UT. Ainsi, la réalisation de ce projet a reposé sur l'utilisation combinée d'approches expérimentales originales basées sur des méthodes chimiques  et spectroscopiques  couplées  à des  techniques  de  modélisation  moléculaire reposant sur des données théoriques. À cet égard, cinq domaines structuraux ont été construits par synthèse peptidique en phase solide : trois boucles extracellulaires (EC-1, EC-11 et EC-III) et deux segments transmembranaires (TM-III et TM-IV). Par la suite, l'affinité de ces domaines pour différents ligands de UT, soit deux agonistes (U-11 et URP) et un antagoniste (Urantide), a été déterminée par RPS. Cette étude a permis d'établir expérimentalement la participation de la boucle extracellulaire-11 du récepteur UT dans la liaison sélective des agonistes U-11 et URP, et de l'antagoniste Urantide. Les résultats de cette étude ont également démontré que contrairement à la boucle extracellulaire-11, la boucle extracellulaire-III ne peut lier sélectivement que les agonistes U-11  et URP. Ces résultats suggèrent donc que U-11 et Urantide lient EC-11 selon un mécanisme commun alors que la liaison avec EC-III jouerait davantage un rôle clé dans le processus d'activation  du récepteur UT. Ainsi, il est possible de concevoir que de puissants antagonistes pourraient être développés en produisant des ligands de haute affinité ciblant la boucle EC-111. L'arrangement structural des domaines extracellulaires II et -III a par la suite été caractérisé à l'aide du dichroïsme circulaire, de la RMN et de la modélisation moléculaire. De plus, l'arrangement moléculaire de ces domaines a pu être déterminé dans un environnement micellaire. Nos résultats confirment la propension des fragments peptidiques de UT à adopter une conformation moléculaire organisée en solution. Plus précisément, les résultats ont montré que les domaines EC-II et EC-III adoptent une géométrie spatiale bien définie au niveau de l'interface des domaines transmembranaires et des boucles extracellulaires pouvant mettre en évidence des éléments structuraux et chimiques essentiels pour la liaison de U-II. Enfin, une étude complémentaire explorant par RMN le complexe EC-IIIIU-II et EC-IIIU-II a été réalisée afin d'identifier des interactions se manifestant entre des domaines synthétiques de UT et U-II. Le titrage par RMN du complexe EC-IIIU-II et EC-IIIIU-II a permis de suggérer certains déterminants ou résidus-clés composant le site de liaison de U-II.

Nos travaux visant à identifier et à caractériser le site de liaison de U-II ont donc conduit à une meilleure compréhension des bases moléculaires de l'activation  de UT par U-11, mais également par l'URP  et par l'Urantide.  Enfin, notre étude permettra de mieux définir certaines propriétés de UT et pourraient mener à la conception de nouveaux outils moléculaires intéressants.


identifier: Bonami, François  (2006). Rôle de l'hémagglutinine dans la neurovirulence morbillivirale  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 74 p.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

subject: rougeole encephalite neuroinfection

abstract:
Les complications neurologiques sont la première cause de décès attribuable à la rougeole dans les pays sous-développés.  L'encéphalite aigu, qui apparaît pendant la phase symptomatique de l'infection, est la forme la plus commune, et affecte un patient sur mille.  Toutefois, les facteurs viraux qui contribuent à cette pathologie sont encore incompris dû au manque d'un  modèle animal approprié.
Pour mieux comprendre les mécanismes et les facteurs viraux de la neurovirulence, nous avons utilisé un modèle basé sur l'étude du CDV chez les furets. Nous avons employé les virus recombinant A75eH, souche neurovirulente, et 5804PeH, souche non neurovirulente, qui contiennent une unité de transcription additionnelle codant pour l'eGFP  qui permet la visualisation des cellules infectées.
Puisque l'attachement  aux cellules cibles joue un rôle majeur dans le tropisme viral, nous avons émis l'hypothèse que la protéine d'attachement (H) déterminait le phénotype de neurovirulence observé avec le virus A75eH.  Des virus chimériques ont été produits, dans lesquels la protéine H était échangée entre la souche neurovirulente A75eH et la souche non neurovirulente 5804PeH.  Ainsi, les virus 58HA75 et A75H58 ont été produits.  De plus, pour s'assurer que les protéines de fusion (F) etH interagissaient efficacement ensemble nous avons aussi créé des virus avec ces deux protéines échangées: 58FHA75 et A75FH58.  Nous avons observé que la réplication de tous les
virus chimériques, in vitro, était similaire aux virus parents, indiquant que les protéines H
hétérologues interagissent efficacement et que les virus se répliquaient efficacement.

En caractérisant les virus, in vivo, nous avons trouvé que les différents virus chimériques se répliquaient efficacement et conservaient les propriétés immunosuppressives des virus parents.  L'échange de la protéine H n'a pas influencé la durée de la maladie causée par les virus chimériques comparativement  aux virus parents. Les virus ayant les protéines F et H échangées avaient une durée de la maladie qui différait d'avec  les virus parents.
Les virus se sont révélés capables d'infecter  le cerveau via deux voies d'infection : la voie antérograde par les bulbes olfactifs et hématogène par le plexus choroïde.  Les virus possédant la protéine H de A75eH montre une plus forte expression de l'eGFP dans les bulbes olfactifs toutefois la protéine H de 5804PeH cause le même effet lors de l'infection du plexus choroïde.  Malgré cette influence positive de la protéine H de A75eH pour neuroinvasion par la voie antérograde, le facteur déterminant de l'intensité de la fluorescence était la durée de la maladie causée par le virus.  Le tropisme des deux virus qui causent la maladie la plus longue, A75eH et A75H58, a permis de démontrer que peu importe la protéine H en question les deux virus sont efficaces pour infecter les cellules gliales et neuronales.  Finalement, la protéine H de A75eH a une influence positive pour la neuroinvasion virale toutefois, la durée de la maladie est en majeur partie responsable de la neurovirulence observé aux bulbes olfactifs.  Donc, d'autres protéines expliquant la différence dans la durée de la maladie entre les deux souches doivent être impliquées.


identifier: Bouchard, Bertrand  (2009). Impact des rejets urbains sur le système immunitaire et endocrinien chez la moule Elliptio Complanata  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 127 p.

subject: immunotoxicite vitellogenine phagocytose hemocyte

abstract:
Le but de cette étude était de déterminer si les effluents urbains peuvent perturber  l'immunité  et la reproduction d'une espèce sentinelle, la moule d'eau douce Elliptio  complanata.  Trois échelles d'évaluations ont permis de tester cette hypothèse au niveau cellulaire et hormonal, dans des conditions de laboratoire et de terrain.

Tout d'abord, une expérience en aquarium a consisté en l'exposition de moules à différentes concentrations d'effluents urbains de la ville de laval (Québec)  issus de traitements  physico-chimique  (effluent  F)   ou  par  biofiltration   (effluent  A),  et caractérisés chimiquement de façon exhaustive. les  réponses obtenues, apparues généralement à partir d'une concentration de 10%, ont confirmé la sensibilité des biomarqueurs  immunologiques  chez  les  bivalves. les   animaux  ont  subit  une diminution de leurs comptes d'hémocytes, accompagnée d'une augmentation de la phagocytose et une diminution de la capacité cytotoxique des cellules immunitaires. la   sécrétion  d'oxyde  nitrique  fut   augmentée  de  façon  proportionnelle   à  la phagocytose, suggérant que cette molécule joue un rôle important  dans la lutte antibactérienne chez les bivalves d'eau douce. Aucune perturbation des mécanismes endocriniens,mesurés par la sécrétion de vitellogénine (VTG) dans la gonade, n'a été mesurée.
Dans une deuxième expérience, les moules ont été exposées aux mêmes effluents F et A dans le cours d'eau récepteur, la rivière des Mille-Îles, grâce à la mise en place de cages d'exposition en aval et en amont des rejets par les stations d'épuration. les résultats ont montrés que les effluents urbains peuvent provoquer la mort des mollusques (60% en aval des deux rejets) après un mois d'exposition. Cependant, les effets immunologiques ont été très différents selon la station. l'effluent F, rejeté en amont de la rivière, a provoqué une immunostimulation induite par les fortes charges bactériennes. l'effluent A a cependant inhibé les fonctions cellulaires et la sécrétion
de lysozymes, indiquant   probablement  une  contamination  chimique  plus toxique ainsi qu'une accumulation des polluants le long de la rivière. De plus, des liens entre activité phagocytaire et production  de VTG chez les moules ont été mis en évidence de  manière  statistique,   suggérant  une  implication   de  cette   protéine   dans  les processus immunitaires, et donc des liens entre l'immunité et le statut hormonal.
Afin de tester ces hypothèses au niveau cellulaire, des hémocytes ont été exposés in vitro à la VTG isolée  de gonade  de moule  ainsi qu'à  l'estradiol.  Les résultats montrent  que la que la VTG  peut  stimuler  faiblement  la phagocytose. De même, l'estradiol peut augmenter cette activité immunitaire, ce qui suggère la présence de récepteurs aux stéroïdes sexuels sur les hémocytes.
Ces expériences ont  donc contribué  à une meilleure  connaissance des mécanismes de toxicité  des rejets urbains sur les moules d'eau douce, qui sont des espèces largement  utilisées en écotoxicologie et qui jouent  un rôle  majeur  dans le fonctionnement des écosystèmes lacustres. Les mécanismes cellulaires  de ces perturbations  devront  être  précisés, ainsi que le rôle  des différents  contaminants
contenus dans ces effluents.


identifier: Bouchard, Frédéric  (2010). Rôle d'EGR-1 dans la croissance du lymphome  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 95 p.

subject: non-hodgkin

subject: mmp-9

abstract:
Le lymphome non hodgkinien représente le 5ième type de cancer le plus fréquemment rencontré chez les Canadiens. Le principal obstacle au diagnostic et au traitement du lymphome non   hodgkinien   est  relié  à   la  dissémination   des  cellules   cancéreuses   vers   les  organes périphériques  et  à la  formation  de  métastases.  La métastasie  est  un  processus  séquentiel  se déroulant  en  plusieurs  étapes  où  les  interactions  cellulaires  entre  les  cellules  tumorales  et stromales jouent un rôle important. Ces interactions influencent la modulation de l'expression  de certains   gènes   pouvant  être   impliqués   dans   la  migration,   la  prolifération   cellulaire,   les interactions cellule-cellule ou cellule-matrice extracellulaire, l'angiogénèse ou encore dans les mécanismes d'évasion  permettant d'échapper  au système immunitaire.

Afin  d'identifier   les  gènes  ainsi  modulés,  notre  laboratoire  a  utilisé  une  approche génomique  pour  déterminer  des  gènes  induits  lors  des  contacts  lympho-stromaux  entre  les cellules de lymphome et les cellules endothéliales. Cette approche a permis de démontrer que l'expression  du gène Egr-1 (Early growth response-1) est induite dans les cellules endothéliales en contact avec les cellules de lymphome. EGR-1 est un facteur de transcription  connu pour contrôler l'expression d'un  éventail de gènes. Bien que la modulation de l'expression  d'EGR-1 était plus importante lors d'un  contact direct, la sécrétion de molécules solubles par les cellules de lymphome pouvait être suffisante pour amener cette modulation. À partir de ces résultats, le but  premier de notre étude était de déterminer  les signaux responsables de l'induction d'EGR-llors des contacts lympho-stromaux dans la croissance du lymphome de même que les conséquences sur le processus tumoral.

Ces travaux ont permis d'établir que le facteur de croissance épidermique (EGF), exprimé de façon constitutive par les cellules de lymphome, représente un des facteurs pour l'induction  de l'expression  d'EGR-1  lors des contacts intercellulaires. À l'aide d'un  modèle murin, nous avons observé que la surexpression d'EGF  par les cellules de lymphome inhibe de façon significative la croissance  du  lymphome  thymique.  Afin  de  déterminer  le  mécanisme  impliqué  dans  cette inhibition, nous avons étudié la relation entre EGF, EGR-1, et MMP-9, ce dernier étant impliqué dans  la  croissance  tumorale,  dont   le  lymphome   thymique.   Les  expériences   subséquentes entreprises  pour  identifier  le  mécanisme,  nous  ont  en  effet  permis  de  démontrer  qu'EOR-1 module négativement la croissance du lymphome thymique en contrôlant l'expression  de MMP-
9.

En résumé, nos résultats mettent en évidence un rôle de gène suppresseur de tumeur pour
Egr-1 et ce, via possiblement un contrôle sur l'activité transcriptionnelle du promoteur MMP-9.


identifier: Bouchard Gagnon, Arianne  (2006). Caractérisation biologique d'un virus isolé chez la luzerne  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 77 p.

subject: vecteur recombinant proteine virus luzerne

abstract:
La découverte d'un ARN codant pour une ARN-dépendante ARN-polymérase (RdRp) virale dans une lignée de luzerne a suscité l'intérêt de la compagnie Médicago lnc.  Comme  l'utilisation  des  plantes  constitue  leur  plate-forme  de  production  de protéines recombinantes, la caractérisation de ce présumé virus devenait très intéressante. En effet, il est possible de se servir des virus comme un vecteur d'expression pour la production de protéines recombinantes.

Notre hypothèse de travail était donc d'identifier les autres composantes  qui sont associées avec la RdRp et d'évaluer le potentiel de ce virus comme vecteur d'expression.

Pour arriver à démontrer notre hypothèse, une extraction de l'ARN viral a été effectuée suivie d'une purification sur gel.  Cet ARN purifié a été cloné et inséré dans un vecteur pour qu'il soit séquencé.   En comparant  les séquences  obtenues avec celles disponibles dans les banques de données, une homologie de séquence a été obtenue avec une capside virale.

Afin de s'assurer que la luzerne possède des particules virales, une série d'ultracentrifugations  sur  gradient  de  sucrose  a  été  effectuée  afin  d'isoler  des particules  virales.     Des  particules  virales  ont  pu  être  isolées  et  observées   en microscopie électronique.  Les données obtenues nous ont permis de déterminer la dimension et la structure du virus.

L'analyse des données obtenues nous a permis de conclure qu'un virus de la famille  des  partivirus  infectait notre  luzerne, soit  Oneida  2.    La  difficulté  de  son isolement nous a permis de constater qu'il se trouvait en faible quantité dans la plante infectée. L'utilisation de ce virus comme vecteur protéique est donc peu probable, puisqu'il infecte les plantes en trop faible quantité.  On obtiendrait un faible rendement de production.

Notre hypothèse de recherche s'est révélée confirmée puisque les lignées de plantes positives pour la RdRp sont porteuses d'un virus.


identifier: Boudreau, Anik  (2006). Évaluation du potentiel immunomodulateur de l'EPS isolé de la souche Lactobacillus Kefiranofaciens INIX  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 114 p.

subject: eps inix lab kefiran

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.

La matrice polysaccharidique des grams de kéfir est composée de kéfiran, un exopolysaccharide (EPS) majoritairement produit par la bactérie Lactobacil/us lœfiranofaciens.  La souche INIX de Lb. kefiranofaciens, isolée à partir de grains de kéfir dans notre laboratoire, sécrète une grande quantité d'EPS.  Le premier objectif des travaux qui sont présentés dans ce mémoire est de définir la nature de l'EPS produit par la souche INJX.  Le deuxième objectif est d'évaluer  le potentiel immunomodulateur de l'EPS, via le profil de cytokines induites lors de tests de stimulation cellulaires in vitro et ex vivo, sur une lignée de macrophage murin (RAW 264,7) ainsi que sur des splénocytes murins.
L'EPS a été soumis à différentes analyses afin de déterminer sa composition atomique, ses

liaisons glycosidiques (H-RMN) et la nature de ses sous-unités mono-saccharidiques (HPLC).  Les résultats obtenus ont mené à l'hypothèse que l'EPS produit par INIX serait un kéfiran mannosylé à environ 10%.
Afin de caractériser le potentiel immunomodulateur de 1'EPS, il a été ajouté dans le milieu de culture d'une lignée de macrophages murins (RAW 264,7) pendant24 heures. L'EPS (1 et  10  J.lg/ml) n'a  pas stimulé  la transcription  d'IT.,-1, une cytokine  pro-inflammatoire, contrairement au LPS (0,1 et 1 J.lg/ml), un contrôle positif de stimulation, qui a induit une forte expression d'IL-l.  D'autre  part, l'EPS  (50  J.tg/ml) a stimulé l'expression  d'IT.,-12 chez les splénocytes  murins, après 24 heures de stimulation, tout comme les contrôles positifs de stimulation (LPS 0,1 J.tg/ml, ConA 5 J.lg/ml).
Par ailleurs, le gavage de souris BALB/C avec une solution d'EPS  1% pendant 10 jours consécutifs  a augmenté la synthèse d'IL-18 dans l'iléon de ces mêmes souris.  L'IT.,-12 et
1'IT.,-18 sont deux cytokines, produites entre autres par des cellules du système immunitaire (SI) inné, qui favorisent la différenciation des lymphocytes T CD4+ en cellules THl.  Afin de vérifier si l'effet de l'EPS d'INIX était systémique, les splénocytes des souris gavées ont été mis en culture et 3 cytokines ont été quantifiées par ELISA après 24 et 48 heures de stimulation en présence d'IL-2 (5 ng/ml) et de ConA (5 J.lg/ml). Les splénocytes isolés de souris gavées à l'EPS sécrètent moins d'IL-4, d'IL-l 0 et d'IFN-y murin que les splénocytes isolés de souris gavées à 1'eau.

Il est donc proposé que l'EPS, en activant le SI inné de façon non spécifique (production d'IL-12  et  d'IL-18),  favorise un  profil de  différenciation THI.    Cette  hypothèse est renforcée par le fait que les splénocytes isolés de souris gavées à l'EPS sécrètent moins d'IL-4  et d'IL-10  que ceux isolés de souris gavées à l'eau.   En effet, ces deux cytokines induisent la différenciation des lymphocytes  CD4T vers un profil T"2 et elles sont de plus sécrétées par les cellules TH2 différenciées.  Etant donné que l'EPS ne fait qu'amorcer le processus  de  différenciation, il est  normal  que  la  production  d'IFN-y  n'ait   pas  été augmentée, car c'est  une cytokine sécrétée en situation inflammatoire par les cellules TH1 différenciées.
Certaines expériences sont finalement proposées pour confirmer que l'EPS  d'INIX  peut effectivement amorcer la différenciation vers un profil TH1, ainsi que certaines perspectives d'application d'un tel produit dans l'industrie.


identifier: Bougie, Véronique  (2011). Diversité bactérienne d'un biofilm impliqué dans la biodégradation du thiocyanate et cyanate  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 97 p.

subject: bacterie traitement biodisque thiobacillus bioreacteur

abstract:
La mine d'or principale d'Agnico Eagle, la mine Laronde, située à Cadillac, Québec, produit 7 300 tonnes de minerais par jour et utilise des solutions concentrées de cyanure pour extraire l'or de la roche broyée. L'eau usée résultante doit subir des traitements  chimiques et biologiques avant d'être  rejetée dans la rivière  afin de respecter les normes environnementales. Le cyanure est détruit  à l'aide  d'un traitement  aux peroxydes et l'eau résiduelle contenant du thiocyanate, cyanate et de l'ammoniac est acheminée à une usine de traitement  final des eaux (UTFE). Cette usine est constituée de quatre séries de quatre biodisques ayant une biomasse bactérienne diversifiée qui s'y développe à la surface (biofilm). La biomasse trouvée sur le premier biodisques consomme le thiocyanate et le cyanate comme source d'énergie, de carbone ou d'azote et le transforme en dioxyde  de  carbone, sulfate et ammoniac. L'ammoniac est ensuite transformé en nitrates lors de la nitrification ayant lieu dans les trois derniers biodisques de la série. Malgré  le fait  qu'il fut démontré à plusieurs reprises que certains microorganismes peuvent dégrader le thiocyanate et cyanate et le bioprocédé mis en place à la mine Laronde fut prouvé efficace, le procédé eu occasionnellement des baisses de  performances inexpliquées.  Un  exemple  fut  les  concentrations  élevées d'ammoniac  résultant  à  des  pertes  de performance du système. Il y aurait donc plusieurs avenues à explorer pour but d'optimiser  le procédé telles que l'installation d'un système de dénitrification en tête du traitement.

Par l'entremise d'une collaboration  des employés de I'UTFE et Pierre Juteau de I'INRS-Institut Armand Frappier, l'objectif  général de ce projet  est d'optimiser et de mieux comprendre  le processus biologique  de la dégradation des composés chimiques dans l'effluent  minier  de la mine Laronde. La contribution du  laboratoire  de Dr Juteau était  d'évaluer  la capacité d'une  technologie  alternative (Moving  Bed Biofilm Reoctor [MBBR]) à dégrader le thiocyanate, cyanate et ammoniac présent dans l'effluent.
Les objectifs spécifiques de ce projet  étaient les suivants. En premier lieu, il y a eu l'évaluation de la diversité bactérienne dans les biofilms situés sur les biodisques de l'usine du traitement final des eaux par des techniques de biologie moléculaire. Le second objectif était de déterminer si la dégradation du thiocyanate et du cyanate était principalement due à l'activité d'une population autotrophe  ou hétérotrophe. Finalement, à la suite de la mise au point des MBBRs dans le laboratoire de Pierre Juteau, nous avons déterminé la diversité bactérienne dans ceux-ci.

Dans le premier  objectif,  nous avons comparé les diversités des différentes  microflores bactériennes présentes dans chacun des biofilms  des biodisques. La majorité  des bactéries présentes dans le biodisques dégradant le thiocyanate et le cyanate appartenaient au genre Thiobacillus. La diversité  bactérienne  des  trois  biodisques  impliqués  dans  la  nitrification  a  permis  de  noter  le changement de la biodiversité avec le changement du genre de nutriment  accessible aux bactéries et l'apparition de bactéries nitritantes  et nitratantes.

Au second objectif, nous avons pu conclure la présence d'une population  bactérienne mixte composée à la fois de bactéries autotrophes et hétérotrophes.

En utilisant la méthode du PCR-DGGE à une seconde reprise, le laboratoire  a noté la diversité bactérienne présente sur les supports présents dans les MBBRs à l'échelle de laboratoire  de I'INRS Institut  Armand Frappier. Tous les échantillons obtenus ont démontré  une forte  similarité de la flore bactérienne  avec des dominances  sporadiques  démontrées  par  les intensités  des bandes sur  les résultats DGGE. Ceci laisse supposer qu'au  contraire  des biodisques, la microflore  présente sur les supports avait tendance à se maintenir  dans tous les réacteurs. À partir de génothèque des gènes de I'ARN ribosomal (ARNr} 165 et le séquençage de clones représentatifs, cela a permis de déterminer la présence de bactéries affiliées au genre Thiobacil/us; ce genre représentant encore une dominance chez les bactéries dans les biodisques servant à la dégradation du thiocyanate  et cyanate. Les derniers biodisques servant à la nitrification ont  permis de noter  un changement de la biodiversité  avec le changement du  type  de nutriment   accessible aux bactéries (apparition  de bactéries  nitritantes  et nitratantes). Par contre, contrairement  aux biodisques, le genre Thiobacil/us  fut présent dans tous les réacteurs.


identifier: Bourgault, Steve  (2009). Développement d'agonistes stables du récepteur PAC1 : étude des relations structure-activité du Pituitary Adenylate Cyclase-Activating Polypeptide  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 178 p.

subject: pacap

abstract:
Le  PACAP  (pituitary  adenylate  cyc/ase-activating polypeptide)  est  un neuropeptide initialement isolé pour sa capacité à stimuler la formation d'AMPc  dans des cellules  antéhypophysaires   en  culture.  Jusqu'à   présent,  trois  types  de  récepteurs  du PACAP ont été caractérisés, nommés respectivement VPACl, VPAC2 et PACl.  La large distribution du PACAP et de ses récepteurs suggère que ce système pourrait être impliqué dans la régulation de nombreux effets physiologiques. À cet égard, le PACAP, que l'on retrouve sous deux isoformes biologiquement actives de 38 et 27 résidus respectivement, agit  tant  au  niveau  du  système  nerveux  central  qu'au   niveau  des  systèmes  cardio vasculaire, respiratoire, digestif, endocrinien, reproducteur et immunitaire. Parmi ses nombreux effets, le PACAP favorise la survie neuronale dans divers modèles in vitro et in vivo d'atteintes neurologiques.  Les propriétés neuroprotectrices  du PACAP reposent principalement  sur  son  activité  anti-apoptotique  régulée  par  l'activation   du  récepteur PAC1. À cet égard, le récepteur PAC1 est actuellement considéré comme une cible thérapeutique potentielle pour le traitement de maladies neurodégénératives.  En revanche, de par sa nature moléculaire peptidique, le ligand endogène du récepteur PACl  présente des   paramètres   pharmacocinétiques    qui   limitent   son   utilisation   comme   composé médicinal cliniquement  efficace. Dans 1'optique de valider le potentiel thérapeutique du PACAP,  il  importe  donc  de  développer  de  puissants  agonistes  du  récepteur  PACl affichant une stabilité métabolique accrue.

Afin de conférer au PACAP une résistance face à la protéolyse, une librairie d'analogues  comportant   des   modifications   chimiques   ciblant   les  principaux   sites potentiels  de  clivage  enzymatique  a  été  initialement  développée.  Ces  dérivés  ont  été testés pour leur résistance face à la dipeptidyl-peptidase  IV, enzyme clé du métabolisme du  PACAP,  pour  leur stabilité  plasmatique  et  pour  leur capacité  à lier et à activer  le récepteur PACl.  De cette librairie, un analogue du PACAP38 s'est  avéré plus puissant que le peptide natif et a présenté une stabilité métabolique améliorée. L'évaluation de son activité neuroprotectrice dans un modèle d'ischémie  cérébrale chez le rat a montré que ce
composé  réduit  significativement  les atteintes  neurologiques  et favorise  la reprise  des comportements moteurs.

Afin d'acquérir des informations pouvant soutenir la conception rationnelle de peptides  de  petite  taille  ou  même  d'agonistes   non-peptidiques  sélectifs  du  récepteur PAC l, une étude de relations structure-activité  a été entreprise. Au moyen de délétions ciblées et d'études  structurales par dichroïsme circulaire, nous avons démontré que de nombreux domaines du PACAP27 sont cruciaux pour le maintien de l'activité  biologique et que la conformation hélicoïdale du peptide n'est pas une composante suffisante pour la liaison du PACAP au récepteur PAC l . Par cette approche nous avons néanmoins identifié un analogue  tronqué du  PACAP27  agissant  comme  un agoniste  complet  du récepteur PACl,   bien  que   celui-ci   présente  une  structure  secondaire   aléatoire.   Nous  avons également  caractérisé   les  déterminants  moléculaires  et  structuraux   de  la  région  N terminale  du  PACAP,  segment  responsable  de  l'activation   du  récepteur  PACl.  Cette étude a conduit à l'identification  de pharmacophores du récepteur PACI.  De même, par l 'application de contraintes conformationnelles supportée par la modélisation moléculaire sous  contraintes  des  données  de  spectroscopie  RMN,  un  modèle  de  la  conformation bioactive du PACAP a été proposé. Les résultats de cette étude s'inscrivent dans une démarche   globale   visant   une  meilleure  compréhension   du  mécanisme   d'action   du PACAP à l'échelle  moléculaire.

Pituitary adenylate cyclase-activating  polypeptide (PACAP) was initially isolated from ovine hypothalamic extracts on the basis of its ability to stimulate cAMP formation in anterior pituitary cells. Three distinct subtypes of PACAP receptors were subsequently characterized, named VPAC1, VPAC2 and PAC1, respectively. The wide distribution of PACAP and  its receptors  suggests  that  the PACAP  system  could  be  involved  in  the regulation of numerous physiological processes. Indeed, PACAP, which exists in two biologically active isoforms of 27 and 38-residue respective}y, acts in the central nervous system as weil as in the airways, gonads, endocrine glands and cardiovascular, digestive and immune systems. Particularly, PACAP induces neuronal survival in various in vitro and in vivo models of neurological insults. The neuroprotective  properties of PACAP are mainly  attributed  to  its  anti-apoptotic  activity  involving  the  activation  of  the  PAC1 receptor. Therefore,  the PAC1 receptor is actually considered  as a potential therapeutic target for the treatment of severa} neurodegenerative diseases. However, as a peptide, the endogenous ligand of the PAC1  receptor shows pharmacokinetics  parameters which limit its  use as a clinically  efficient  drug.  The development  of  potent  PACl  agonists  with increased metabolic stability appears as an important issue to evaluate the therapeutic potential of PACAP.

A   library   of   PACAP   analogs   containing   chemical   modifications   targeting potential enzymatic cleavage sites was initially developed to identify derivatives resistant to  proteolysis.  These  compounds  were  tested  for  their  resistance  against  dipeptidyl peptidase IV, a major enzyme of PACAP metabolism, for their stability in human plasma and  for  their  capacity  to  bind  and  activate  the  PACl   receptor.  From  this  library,  a PACAP38 analog was shown to be more potent than the native peptide and presented an improved metabolic stability. Evaluation of its neuroprotective  activity in a rat cerebral ischemia model showed that this compound significantly reduced the infarct volume and the behavioral deficits.

A structure-activity  relationships  study was also undertaken to acquire valuable
information  that could eventually  support  the rational design of short  peptides or even non-peptide agonists of the PAC1 receptor. By means of various deletions supported by circular dichroïsm structural studies, we demonstrated that several domains of PACAP27 are crucial for the preservation of the biological activity and that the helical conformation of the peptide is not a sufficient component to allow the binding of PACAP to the PAC1 receptor. Nonetheless, using this approach, we identified a truncated analog of PACAP behaving as a complete  agonist  of the PAC l  receptor  even if this peptide was mainly unstructured. We also characterized  the molecular and the structural determinants of the N-terminal  region of PACAP  responsible for the activation of the PAC l  receptor. This study  conducted  to  the  identification  of  the  pharmacophores  of  the  PACl   receptor. Moreover,  with  introduction  of  conformational  constraints  supported  by NMR spectroscopy,  a  model  of  the  bioactive  conformation  of  PACAP  was  proposed.  The results of this study should also lead to a better comprehension of the mode of action of PACAP at the molecular level.


identifier: Boutet, Nathalie  (2006). Interactions entre les protéines de l'initiation de la traduction et la protéine liée au génome du virus de la mosaïque du navet  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 130 p.

subject: virus proteine

abstract:
Le virus de la mosaïque du navet fait partie du genre des potyvirus.   Son génome est  composé  d'une   seule  molécule  d'ARN  de  polarité  positive  d'environ   JOkb.   Le génome code pour une longue polyprotéine  qui est clivée en dix  protéines matures par trois protéinases virales.  L'ARN génomique est lié de façon covalente à son extrémité 5' par une protéine virale, la VPg, et son extrémité 3' est polyadénylée.   La VPg et ses précurseurs seraient  impliqués dans la traduction, puisqu'ils interagissent  avec Je facteur d'initiation  de  traduction  eucaryote  (iso)4E  [eiF(iso)4E].    Cette  protéine  reconnaît  la coiffe des ARNm cellulaires et elle est une protéine clé dans la synthèse protéique.

Notre première  hypothèse  de travail  propose que l'interaction  entre eiFiso4E  et VPg se produit au réticulum endoplasmique  et que cette interaction est possible avec les deux précurseurs de VPg, soit VPgPro et 6KVPgPro.

Pour  étudier   la  localisation   cellulaire   de  cette  interaction,  elF(iso)4E   a  été exprimée en fusion avec la GFP dans Nicotiana benthamiana, en même temps que la  6K VPg-Pro  fusionnée  cette  fois  avec  DsRed.   La visualisation  au microscope  confocal  a révélé que ces deux molécules étaient co-localisées à la membrane du réticulum endoplasmique.    eiF4E  et  VPgPro  ont aussi été étudiées  en microscopie  confocale,  en fusion  respective  avec  GFP et  DsRed.  Dans ce cas-ci,  une localisation  distincte  a été observée.

Notre deuxième hypothèse de travail propose la présence de plusieurs interactions protéiques impliquant les précurseurs de VPg.   Ces interactions permettraient la mise en place d'un  complexe  impliqué dans la traduction de l'ARN viral et, possiblement aussi, dans sa réplication.

Les  précurseurs  de  VPg  associés  aux  membranes  ont  été  purifiés  de  feuilles infectées  de  Brassica  perviridis  par  chromatographie   par  chélation   métallique  pour déterminer  quelles  autres  protéines  pourraient   interagir  avec  ces  précurseurs.     Des analyses  en  immunobuvardage ont  montré  que  la polymérase virale  (RdRp), la CI et  la protéine  de la capside  (CP) ainsi que la protéine de liaison  à la queue  de poly(A)  (PABP) étaient  co-purifiées, alors que eiF3  et e1Fiso4G étaient  présentes  en plus grande  quantité chez  les  plantes  infectées.     Des  analyses   de  spectrométrie de  masse  ont  confirmé   la présence  de la CI suite à la purification  en plus de démontrer la présence de HCPro  et de la phospholipase D.

Finalement, la présence  d'ARN suite  à la purification des  précurseurs de  VPg  a été évaluée  par amplification par PCR du gène VPgPro.   L'ARN  viral semble  être purifié dans son ensemble avec les précurseurs associés  aux membranes, ce qui démontre que les précurseurs  peuvent aussi être liés de façon covalente au génome  viral.  Cette observation pose la question  à savoir  si les protéines  identifiées  dans le complexe sont  présentes dû à
leur interaction  avec la VPg ou avec l'ARN viral.


identifier: Brault, Guillaume  (2009). Caractérisation d'une nouvelle activité glycosidique de l'acétyle-xylane estérase A de Streptomyces lividans  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 130 p.

abstract:
L'acétyle-xylane estérase A de Streptomyces lividans (AxeA)  est une enzyme qui hydrolyse les liens esters du xylane acétylé, le principal composant des hémicelluloses de bois durs. L'AxeA est une enzyme versatile et plusieurs études ont démontré sa capacité à déacétyler d'autres substrats tels que la cellulose acétate ainsi que des substrats chitineux solubles. Elle est capable de produire des chitosanes, la version déacétylée de  la chitine. Les chitosanes ont  un fort  potentiel d'application dans une multitude de domaines, mais leurs propriétés dépendent directement de leur degré d'acétylation et de leur degré de polymérisation. Or, les techniques actuelles de production industrielle ne pennettent de contrôler ni l'une, ni l'autre de ces caractéristiques. Cette enzyme offre donc un fort potentiel d'utilisation comme biocatalyseur  pour  produire des  chitosanes.  Néanmoins,  la  spécificité  de  l'AxeA envers la chitine n'est pas assez élevée pour envisager des applications industrielles.

L'objectif principal de cette étude était donc d'augmenter  la spécificité de l'enzyme  envers  les  oligomères  de  chitine.  À  partir  d'études  comparatives  des structures tridimensionnelles d'estérases de la même famille, une région du site catalytique ayant un fort potentiel pour l'affinité de l'enzyme envers divers substrats a été  identifiée pour  un criblage  fonctionnel  par  mutation.  Les clones  produits ont ensuite   été   purifiés  et  analysés   par   HPLC  pour  déterminer   leur  pouvoir  de déacétylation envers divers oligomères de chitine.

Les essais préliminaires ont prouvé que I'AxeA possédait non seulement la capacité à déacétyler, mais qu'elle  pouvait aussi hydrolyser les oligomères de chitine. Dès lors, l'objectif  principal de cette étude a été de caractériser plus en profondeur cette activité inusitée en analysant la spécificité des clones produits, mais aussi celle de mutants provenant d'études  antérieures. Les résultats obtenus suggèrent qu'il  est possible d'augmenter  l'activité  de déacétylation de I'AxeA par de simples mutations de certains résidus clés et que  l'activité  glycosidique observée est  bel et  bien une activité chitinolytique. L'étude  de mutants n'a  pas pennis d'identifier  concrètement les résidus catalytiques impliqués, néanmoins, certains clones ont présenté une forte augmentation  de l 'activité glycosidique.  Outre  le fait d 'être  Je premier  rapport, selon notre connaissance, d'une  carbohydrate  estérase  possédant  une activité  glycosidique, ces résultats prouvent que l'AxeA a un fort potentiel d'application pour la production spécifique d'oligomères de chitosan.


identifier: Bruneau, Audrey  (2011). Immunotoxicité des nanoparticules de Cd/S, Cd/Te et d'Ag sur des espèces modèles.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 426 p.

subject:
moule
mytilus
edulis
truite
oncorhynchus
mykiss immunotoxicite
toxicite
metal
cadmium
argent
tellure
saguenay
mye
mya
arenaria
huitre
crassostrea
gigas
cuivre
souris

abstract:
A  l'heure  actuelle,  l'usage  des  nanoparticules  est  de  plus  en  plus  médiatisé.  Elles  sont maintenant  utilisées à grande échelle et sont  présentes dans  tous les domaines : biologie, médecine, ingénierie, optique, électronique, mécanique, chimie, pharmacologie, cosmétique. Les nanoparticules sont utilisées en raison de leurs propriétés spécifiques. Dans le domaine médical, par exemple, les nanoparticules de Cd/S Cd/Te  aussi nommées quantum dots (QDs) sont utilisées comme sondes fluorescentes. Quant aux nanoparticules d'argent (AgNPs), elles sont  principalement  employées  pour  leurs  propriétés  antimicrobiennes.   Cependant,  de récentes  études  ont  démontrés  que  ces  nanoparticules  induisent  une  certaine  toxicité. Malheureusement, peu de recherches ont été réalisées sur les nanoparticules et le système immunitaire.
L'objectif principal de cette thèse était donc d'évaluer l'immunotoxicité  des nanoparticules de Cd/S, Cd/Te  et d'Ag sur des espèces modèles. Dans le cadre de ces travaux, nous avons défini quatre sous-objectifs: 1) déterminer  l'impact  des nanoparticules  sur différentes cellules et systèmes immunitaires; 2) évaluer les facteurs influençant la toxicité des nanoparticules; 3) identifier les atteintes mécanistiques de la réponse immunitaire 4) établir la toxicité des nanoparticules en fonction des stress environnementaux.
Afin d'évaluer la toxicité des ces matériaux émergents nous avons choisi d'étudier in vitro les performances du  système  immunitaire  de  quatre  modèles d'animaux: l'humain,  la souris (Mus musculus), la truite arc en ciel (Oncorhynchus mykiss) et la moule (Mytilus edulis). Ces espèces ont été définies car elles représentent des espèces sentinelles de leur milieu de vie. Ainsi, ces espèces sont souvent utilisées dans des études écotoxicologiques ou dans les études de risques.
Dans un premier temps, nous devions déterminer l'impact de ces contaminants émergents sur les performances  du  système  immunitaire.  Les résultats  des  différents paramètres immunitaires ont démontrés que les nanoparticules induisent des altérations des performances du système immunitaire. Selon les espèces, les nanoparticules (QDs et d'AgNPs)  induisent une immunostimulation ou une immunosuppression. Le modèle mammifère semble être le plus sensible aux NPs. D'autre part, nos résultats ont mis en évidence le fait que les NPs n'induisent   pas  toutes  la  même  toxicité,  les  AgNPs  sont  plus  toxiques  que  les  QDs. Finalement, nos résultats ont démontré qu'il existait une gradation de la toxicité des nanoparticules en fonction des espèces exposées.
Dans un deuxième temps, nous devions déterminer si la toxicité des nanoparticules était influencée par leur chimie, par la nature du métal les composants et par leurs tailles. Nos expériences ont permis de démontrer que les NPs ne sont pas stables dans les différents milieux de cultures utilisés pour chacun des modèles d'animaux. Elles sont stables dans l'eau stérile, dans le RPMic et RPMic sans bicarbonate. Toutefois, elles se désagrègent dans l'eau de mer. D'autre part, notre étude a démontré que les NPs non transformées (celles qui ne subissent pas de filtration etc.) sont intemalisées entièrement dans les cellules. Selon les espèces, les métaux dissous contenus dans la particule sont plus toxiques que la NP attestant une certaine stabilité de la particule. De plus, la taille joue un rôle dans la toxicité des QDs. Les résultats obtenus par ultrafiltration attestent que les particules de grosses tailles sont plus toxiques que celles de petites tailles. Ces dernières, quant à elles, induisent des phénomènes de stimulation du système immunitaire à faible dose plus communément appelé phénomène d'hormèse.
Dans un troisième temps, nous devions évaluer les mécanismes de défense de la cellule lors d'expositions in vitro au NPs. Les résultats ont montré une production de thiols à faible dose de QDs et une diminution à  fortes concentrations. Ceci suggère que les  nanoparticules induisent un stress oxydatif, qui à forte dose n'est plus contrôlé par la cellule. De même, il a été observé que de fortes concentrations de QDs induisent la production des métallothionéines. Cela pourrait être attribué au  relargage des ions métalliques toxiques contenus dans le noyau de la particule. D'autre part, les résultats obtenus en imagerie électronique et confocale nous ont permis d'affirmer que les QDs et AgNPs induisent des phénomènes d'apoptose et de nécrose chez les cellules immunitaires.
Dans un quatrième temps, nous devions déterminer si une exposition aux contaminants naturels modulait la toxicité des nanoparticules chez la moule bleue. Ces études in vitro ont été réalisées à la fois dans des sites choisis en France et au Québec. Les résultats obtenus ont démontré que des organismes déjà sensibilisés par leur milieu de  vie sont encore plus sensibles à une exposition aux NPs. Par ailleurs, lors de phénomène « stress on stress » des NPs non toxiques au laboratoire deviennent toxiques à forte dose lors d'expérience de terrain. Finalement, ces expériences ont contribué à une meilleure connaissance de la toxicité des NPs selon différents modèles d'études.  Elles ont apporté beaucoup de renseignements sur les performances des systèmes immunitaires de différents modèles d'animaux. Ceci a permis d'évaluer la sensibilité de chaque espèce et de classer celles-ci selon les risques d'exposition. D'autre  part, l'utilisation  de  nanoparticules commerciales et  le  volet de  caractérisation chimique de la thèse ont permis de mieux évaluer les réels enjeux liés aux particules. Les
résultats concernant la sensibilité des différents modèles d'animaux  pourront être utilisés dans les prochaines études de risques. Dans le futur, il serait intéressant de mener plus d'études sur la génotoxicité des NPs, sur les processus de métabolisations associés et leur impact sur le
développement du système immunitaire.


identifier: Camargo Da Rosa, Patricia  (2009). Associations entre les indices de défavorisation des écoles et l'état de santé buccodentaire des élèves au Québec  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 96 p.

subject: dent carie douleur dentaire epidemiologie

abstract:
Les écoles représentent  un cadre idéal pour les programmes de promotion  de la santé et les opportunités de réduction des inégalités en santé buccodentaire.

Objectif: Examiner l'association  entre les indices de défavorisation  des écoles et le statut de santé buccodentaire des élèves.

Méthodes: Nous avons mené une étude écologique utilisant un échantillon de 316 écoles primaires publiques dans la province de Québec, au Canada. Des données  provenant de deux sources ont été appariées en utilisant des identificateurs  scolaires: (i) Deux indices de défavorisation scolaire (en déciles) provenant du Ministère de l'Éducation, du Loisir et du Sport : un indice de faible  revenu et un indice de  milieu socio-économique; (ii) La prévalence des problèmes de santé buccodentaire provenant de 1 'Étude  1998-1999 sur la santé buccodentaire des élèves québécois de 5-6 ans et de 7-8 ans, agrégés au niveau de l'école.  Ces  problèmes   incluaient  la  proportion  d'enfants   atteints   par  la  carie  et  la proportion d'enfants rapportant  une douleur  buccodentaire.  La relation entre les indices de défavorisation scolaire et les problèmes de santé buccodentaire a été évaluée au moyen de la régression  linéaire pour ce qui est de l'expérience  de la carie dentaire et au moyen de la régression logistique pour la douleur buccodentaire.

Résultats:  L'indice  CAO-F  (le  nombre moyen de faces -cariées,  obturées  ou extraites) moyen  par école  était  de  0,73  (écart-type= 0,55);  les proportions  moyennes  d'enfants atteints  par la carie et  rapportant  une douleur  buccodentaire  étaient  respectivement  de
25% et de 3%. L'indice  de faible revenu n'était pas associé aux problèmes de santé buccodentaire.  En ce qui concerne l'indice  de milieu socio-économique, chaque augmentation  d'une  unité (des déciles plus élevés indiquant  un milieu plus défavorable) était associée à une augmentation de 1,3% (intervalle de confiance à 95%: 0,6-1 ,9%) dans la proportion d'enfants atteints par la carie. De plus, les écoles situées dans des milieux socio-économiques  plus défavorables, comparativement à celles situées dans des milieux socio-économiques  plus favorables, étaient deux fois plus susceptibles  de comporter des enfants rapportant une douleur buccodentaire.
Conclusion: L'indice  de milieu socio-économique scolaire- défini par l'emploi  parental et l'éducation  maternelle- était associé aux problèmes de santé buccodentaire, et devrait être étudié quant à son utilité potentielle dans la planification de stratégies de promotion et de dépistage en matière de santé buccodentaire en milieu scolaire.

The prevalence of chronic oral diseases (COD) has decreased substantially,  but they stiJl occur mostly among children in the lower social strata. Schools offer an ideal setting for health promotion programs and opportunities to decrease oral health inequalities.

Objective: To investigate the associations between school deprivation indices and schoolchildren oral health status.

Methods:  We conducted  an ecological  study  using a sample  of 316 elementary  public schools  in the  province of Quebec, Canada.  Data from  two sources  were linked  using school  identifiers:  (i)  Two  school  deprivation  indices  (in  deciles)  obtained  from  the Ministry of Education, a poverty index and a socioeconomic  environment index; (ii) Oral health outcomes from the Quebec Schoolchildren Oral Health Survey 1998-99 aggregated at the school levet. These included proportions of children with caries, and reporting oral pain. The  relation  between  school  deprivation  indices  and  oral  health  outcomes  was assessed  with  linear regression for dental caries experience  and with logistic regression for oral pain.

Results: The mean DMF-S (mean number of decayed, missing and filled permanent teeth surfaces) by school  was 0.73 (SD=0.55); the average proportions of children with caries and  reporting  oral  pain  were  25%  and  3%,  respectively.  The  poverty  index  was  not associated  with  oral  health  outcomes.  For the socioeconomic  environment  index, each unit increase (higher deciles meaning unfavorable) was associated with a 1.3% (95% confidence   interval:   0.6-1.9%)   increase   in  the   proportion   of  children   with  caries. Furthermore, schools in more unfavourable socioeconomic environments, as compared to those in more favourable ones, were twice as likely to have children reporting oral pain.

Conclusion:   The   school   socioeconomic   environment   index  - defined   by  parental employment  and  maternai  education  - was associated  with  oral  health  outcomes,  and should   be  studied  for  its  potential  usefulness  in  planning  school-based   oral  health promotion and screening strategies.


identifier: Campion, Carole G.  (2006). Rôle de la région basale du promoteur dans la régulation transcriptionnelle du gène NRAMP1 humain  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 130 p.

subject: nramp1 gene humain

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Le gène NRAMP1  humain s'exprime  dans les phagocytes professionnels. La protéine correspondante (Natural Resistance-Associated Macrophage Protéine 1) se localise dans la membrane de vésicules cytoplasmiques des phagocytes quiescents et dans  la  membrane  des  phagosomes  après  phagocytose.  NRAMP1   est  un  co transporteur de métaux/protons qui contribue à inhiber la survie et la croissance de microbes phagocytés en pompant les métaux divalents de l'intérieur des phagosomes vers le cytoplasme des phagocytes. L'expression maximale de la protéine NRAMP1 a lieu lors de la phase terminale de la différenciation myéloïde, dans les granulocytes et monocytes du sang périphérique et les macrophages tissulaires.

La lignée de progéniteur promyélocytaire HL-60 a été choisie pour étudier la régulation de 1'expression du gène NRAMP1  au cours de la différenciation myéloïde induite soit avec la forme active de la vitamine D (monocyte/macrophage), soit avec le diméthylsulfoxide (granulocyte/neutrophile). Ce modèle a permis de révéler par transfection de constructions (promoteur NRAMP1 +gène de la luciférase) la présence d'une   région  proximale,  -114   pb  en  amont  du  site  majeur  d'initiation   de  la transcription, qui permet la transcription basale, et une région plus en amont (-498 pb) conférant la spécificité myéloïde.

Dans cette étude, nous avons démontré que le promoteur NRAMP1  est régulé par les facteurs C/EBP. Les expériences réalisées suggèrent que l'interaction de ces facteurs C/EBP aurait lieu sur le site E14 de la région basale du promoteur. Dans les cellules HL-60 immatures, le promoteur NRAMP1  serait fixé par le facteur C/EBPa alors  que  dans  ces  cellules  différenciées  en  monocyte/macrophage  par  la  VD,  il s'agirait de l'isoforme C/EBPb. L'analyse du site E14 a révélé qu'il est essentiel pour l'expression du gèneNRAMP1 dans les cellules myéloïdes et non myéloïdes. En effet, aucune expression du gène NRAMP1  n'a été détectée dans des clones stables mutés sur  le site  E14  dans  les  cellules  HL-60  différenciées ou  non   Nous  avons  donc
démontré que  les facteurs C/EBPa. et  13  sont  capables d'induire  une transcription basale du gène NRAMP1, cependant, une coopération de ces facteurs avec Sp1, qui
interagit avec le promoteur NRAMP1 au niveau de la région distale, est nécessaire pour activer l'expression de ce gène. Les résultats obtenus dans cette étude combinée avec les études antérieures conduisent à penser que la coopération des facteurs Sp1 et
C/EBP requiert les régions basale et myélolde et stimule l'activation  du   promoteur
NRAMP1.


identifier: Caron, Louis Philippe  (2006). Élaboration d'une stratégie de lutte à l'aide de Bacillus Thuringiensis Var.Kurstaki contre la pyrale des cônes du sapin Dioryctria Abietivorella dans les vergers à graines  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 94 p.

subject: pyrale sapin insecte ravageur

abstract:
La pyrale des cônes du sapin est un insecte ravageur qui cause des dommages  récurrents dans les vergers à graines de conifères.  Le but de ce projet consiste à évaluer l'efficacité de Bacillus thuringiensis var. kurstaki,  un entomopathogène bactérien, pour le contrôle des populations de pyrales  des  cônes  du  sapin  dans  les  vergers  à  graines.  Ce  projet  consistait  à  vérifier  deux hypothèses.  Premièrement,   que  les dommages  occasionnés  par  la  pyrale  des  cônes  allaient entraîner  une  baisse  de  la  production  de  graines,  ainsi  qu'une  baisse  du  potentiel  de  leur germination  de celles-ci.  Ensuite, que l'application  d'une formulation à base de B. thuringiensis var. kurstaki  allait significativement augmenter  le niveau de protection  d'un verger à graines. Le  but  de  ce  projet  était  donc  d'élaborer   une  prescription  sur  la  nature  des  traitements  à appliquer dans une stratégie de lutte contre la pyrale des cônes du sapin.

Cette étude a permis de démontrer  que les dommages  occasionnés  par la pyrale des cônes du sapin  entraînait  une baisse de  la production  de graines  et que  le taux de germination  de ces graines  était  inférieur  à  celui  de  celles  provenant  de  cônes  n'ayant   subit  aucun  dommage. Ensuite,  il a été établi  que  la souche  BMP  123 de  B. thuringiensis  var. kurstaki  montrait  un potentiel  insecticide  accru  par rapport à la souche  de référence  HD-1,  mais qu'elle possédai t bien  les gênes  nécessaires  pour  lui conférer  un  pouvoir  insecticide  pour  tuer  les  larves de lépidoptères.  Finalement,  les épreuves de terrain ont permis de déterminer  la dose d'application ainsi que le nombre d'applications nécessaires d'une formulation à base de B. thuringiensis var. kurstaki  pour  le contrôle  efficace  d'une population  de  pyrale  des  cônes  du  sapin.  Il a  été démontré  que  trois  applications   d'une   concentration  égale  ou  supérieure  à  1    Llha  seraient suffisantes  pour réduire significativement l'incidence  des dommages  causés  par la pyrale des cônes  du  sapin.  Une  réduction  accrue  des  dommages   peut  être  obtenue  en  augmentant  la concentration  de la formulation, pour atteindre  un plafond à une concentration  de 6 L/ha.


identifier: Castan, Alexandre  (2010). Plasticité de la région hypervariable entre les gènes de la matrice et de la fusion du virus de la maladie de carré  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 91 p.

subject: cdv

abstract:
Le virus de la maladie de Carré (CDV) qui infecte de  nombreux  carnivores appartient au genre Morbillivirus. Ce dernier, comprend entre autres le virus de la rougeole  (MeV) qui tue encore à nos jours environ 200 000 personnes par année. Le génome des morbillivirus est constitué d'un  ARN de polarité négative qui possède six unités  transcriptionnelles codant pour huit protéines. Chaque  gène est séparé par une région non traduite qui contient  les signaux d'initiation et d'arrêt de la transcription. La région M-F située entre les gènes de la matrice et de la fusion est jusqu'à  cinq fois plus longue que les autres régions intergéniques. De plus, elle est hypervariable chez le CDV. Récemment, il a été démontré que cette région est essentielle pour la virulence de ce dernier. L'infection  des furets par le CDV reproduit la maladie observée chez les humains infectés par le MeV avec une forte fièvre,  des rougeurs de peau, des signes gastro intestinaux et  l'immunosuppression. Grâce à ce  modèle  d'étude, nous  avons été en mesure d'identifier les déterminants de la virulence dans la région M-F du CDV.

Par génétique inverse, nous avons produit des virus recombinants à partir d'une souche virulente du CDV dans laquelle la région M-F a été échangée avec celle d'une autre souche virulente ou vaccinale ainsi que celle d'une  souche du MeV./n vitro et chez le furet les virus recombinants possédant les différentes régions M-F du CDV se sont comportés comme la souche parentale, indiquant  ainsi que l'hypervariabilité n'a pas d'impact sur la fonctionnalité  de la région. Par contre, l'insertion  de la région du MeV a entraîné une légère prolongation de la maladie démontrant que des éléments importants dans le maintien de la virulence sont spécifiques au CDV. De plus, ces éléments ont été localisés dans la portion M 3' de la région M-F puisque l'insertion de cette dernière seule a mené à une prolongation de la maladie.

Des délétions de la région M-F ont permis de souligner  l'importance de la longueur de cette dernière dans le maintien de la virulence étant donné que les virus possédant ces délétions ont mené une légère prolongation de la maladie. Toutefois, il a été démontré que ce sont des éléments conservés dans la portion M 3' qui sont responsables du contrôle de la virulence par la région M-F. En effet, le remplacement de la portion M 3' par une séquence aléatoire a entraîné l'atténuation  du CDV.

En résumé, cette étude a identifié des éléments  conservés  dans la région M 3' comme déterminants principaux de la fonction régulatrice de la région M-F. En plus d'augmenter nos connaissances de la biologie morbillivirale, nos résultats suggèrent aussi une nouvelle approche de production des virus atténués.


identifier: Castillo, Evelyn A.  (2006). Étude de la régulation du gène mntH chez les entérobactéries  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 87 p.

subject: siderophore fer manganese transporteur

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Les métaux tels que le fer et le manganèse sont des éléments généralement présents en quantité limitante dans l'environnement.  Les transporteurs MntH procaryotes facilitent l'acquisition de plusieurs cations divalents par  ordre d'affinité  décroissante, Mn2+,   Cd2 Co2+,   Fe2+  et Zn2+.Des pathogènes très virulents comme l'uropathogène E. coli CFT073 possèdent plusieurs systèmes d'acquisition de fer et manganèse absents des souches non-pathogènes tel que ceux qui utilisent les sidérophores aérobactine et salmochéline ainsi que celui codé pour l'homologue de sitABCD,  un opéron identifié chez Salmonella  enterica serovar Typhimurium. Le but de la recherche présentée est de caractériser la régulation du gène mntH de E. coli, afin d'élucider son rôle physiologique et évaluer son implication possible dans la virulence bactérienne.   Le niveau d'induction du gène mntH  a été mesuré à  l'aide d'une fusion transcriptionnelle PmntH-Iuciférase intégrée dans le chromosome de différentes souches. La métallo-régulation du gène a été étudiée, soit en traitant les cellules avec des chélateurs perméables et non-perméables à la membrane, soit en les cultivant dans du milieu minimal limité en fer  ajouté.    L'expression de  mntH  est  fortement régulée  par  le fer, et  son expression augmente considérablement en présence de chélateurs de fer perméables à la membrane.   L'effet d'agents oxydants sur le niveau de transcription du gène a été mesuré en présence de différents peroxydes et/ou de la mutation lloxyR  qui inactive un régulateur prépondérant à la réponse au stress oxydatif.   L'expression de mntH  augmente en présence de H202  et tBOOH dans les trois souches
testées, mais à des niveaux différents.   L'absence du gène oxyR n'affecte pas l'expression de mntH

en présence d'agents oxydants dans les souches K-12, il est donc possible de dire que cette induction se fasse par un autre régulateur. L'effet des conditions testées sur la croissance des souches utilisées a  aussi été  mesuré.    La  combinaison  des  mutations  llmntH   et  lloxyR   dans  les  souches  K-12 n'augmente pas leur susceptibilité aux oxydants.   L'influence du régulateur de l'homéostasie du fer chezE.  coli, Fur, a aussi été étudiée en réponse aux oxydants testés.  La combinaison des mutations llmntH  et Mur  résulte dans l'absence de l'induction de mntH en présence d'agents oxydants.   Fur aurait donc un rôle à jouer dans la régulation de mntH par le stress oxydatif.  Afin de continuer la caractérisation des transporteurs de métaux divalents et leur rôle dans la virulence chez Salmonella Typhimurium, le protocole du test de résistance à ta gentamicine a été mis au point pour inclure la synchronisation de l'adhésion des bactéries aux macrophages, de plus la MOl optimale a été trouvée pour les souches WT et MS.   Afin d'effectuer une quantification plus rapide de la réplication intracellulaire dans les cellules phagocytaires, une souche portant le gène de la GFP intégrée dans le génome a été construite.


identifier: Castonguay, Hélène  (2005). Étude des microorganismes aérobies thermophiles isolés d'un bioréacteur traitant le lisier de porc  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 126 p.

subject: lisier polluant enzyme

abstract:
Un  bioréacteur aérobie  thermophile traitant  le lisier  de  porc  a été  développé à I'INRS Institut-Armand  Frappier   en  réponse  au  besoin  croissant   des  producteurs de  porc  de diminuer  la charge  polluante  du lisier  utilisé  pour  la fertilisation des  terres  agricoles. De ce réacteur  auto-chauffant pouvant atteindre  des températures de 74°C, différents microorganismes  ont   déjà   été  isolés   et  caractérisés  pour  constituer  une   banque   de bactéries aérobies thermophiles.  Parmi ceux-ci, on retrouve entre autres, des souches d'Ureibacillus thermosplzaericus,  Bacil/us  thermocloacae  et  Geobacillus thermodenitrificans et Geobacillis toebii.

Dans cette  banque  de  bactéries,  des souches  d'une nouvelle  espèce  bactérienne n'ayant jamais  été  cultivée antérieurement ont  été  isolées  en  culture  pure.  Deux  souches T3  et
60S 1 b, représentantes de cette espèce,  ont été étudiées au cours de ce projet.  Une analyse par microscopie électronique de la souche T3 a montré  qu'il  s'agit d'un bacille de 0.3-0.5 x 3-4 11m de type Gram  positif pouvant former  une spore en position  terminale.  L'analyse de leurs compositions en acides  gras a montré  une majorité  des acides  ( 16 :0) et ( 14 :0). La séquence du  gène codant  pour 1' ARN  ribosomal   16S suggère  que  les souches  T3 et
60S1 b  seraient    les   représentants  d'un    nouveau   genre   bactérien    de   la   famille   des Bacillaceae.   Les plus proches  représentants sont  Bacillus thermoamylovorans  avec 93% de similarité et  Bacillus circulans avec 91.5%  de similarité respectivement. Initialement cultivé  sur  un  milieu  contenant   du  lisier  de  porc  partiellement  traité,  des  essais   pour remplacer  ce  milieu  ont donné  des  résultats  mitigés  où des  milieux  très riches contenant entre  autres  du  protéose  peptone,  des  vitamines  et  du  NH4CI  ont  permis  d'obtenir  une faible croissance bactérienne.

Le  potentiel   des  bactéries   thermophiles de  notre  banque  pour  produire   19 différentes activités  enzymatiques a été évalué  en utilisant  les galeries  API-ZYM. Leurs capacités  à secréter  des  xylanases, des  cellulases et  des  phytases  ont  aussi  été  évaluées.   Plusieurs souches    ont    démontré   des   activités    d'estérase   (C4),    d'estérase-lipase   (C8) ,   de glucosidases,  de  protéases   et  de  phosphatases  acide  et  alcaline.  Aucune  des  souches
testées n'a  montré des activités  de phytase, ni celles  isolées d'enrichissements effectués en présence de son de blé à partir de la flore bactérienne  du bioréacteur.  Utilisant  une approche  moléculaire,  aucun  gène  codant  pour  une  phytase  n'a  été  détecté  parmi  les souches testées ou les flores microbiennes du réacteur ou après enrichissement.

Deux enzymes ont été l'objet  d'une  caractérisation  préliminaire,  soit la xylanase et la  glucosidase de Geobacillus thennodenitrificans SB 1. La xylanase est secrétée alors que la p-glucosidase est intracellulaire  et se retrouve dans la fraction cytoplasmique.  Les deux enzymes   ont   montré   une   température   optimale   d'activité  de   70°C   et   de   90°C respectivement  avec  des  pH  optimaux  se  situant  dans  la  neutralité.  Toutes  deux  ont montré  une très  bonne  stabilité  à ces  températures  où  aucune  perte  d'activité   n'a  été observée après 14 et 8 heures respectivement d'incubation  en présence de leurs substrats. Ces  résultats  démontrent  toute  la diversité  microbienne  retrouvée  dans  ce  bioréacteur aérobie  thermophile  et  la  capacité  de  ses  microorganismes   à  produire  des  enzymes thermostables 	ayant 	des 	applications 	potentielles 	intéressantes. 	L'industrie 	de l'alimentation, humaine  ou  animale,  des  pâtes  et  papier   et  des  textiles  et  détergents bénificient toutes de l'utilisation des enzymes  soit  par une augmentation  de l'efficacité des procédés ou par la diminution des rejets nocifs pour l'environnement.


identifier: Castonguay, Marie-Hélène  (2007). Étude de la production des 4-hydroxy-2-alkylquinolines chez Pseudomonas aeruginosa  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 144 p.

subject: pseudomonas aeruginosa haq virulence quorum sensing inhibiteur

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Plusieurs bactéries  pathogènes dépendent  du  quorum  sensing    (QS)  pour coloniser  et infecter leur hôte. Il en est de même avec la bactérie ubiquitaire à Gram négatif Pseudomonas aeruginosa. Celle-ci est souvent associée aux  patients immunodéprimés ainsi que ceux affectés par la fibrose kystique. Le QS régule l'expression  des gènes dépendamment de la densité cellulaire. Il permet aux bactéries individuelles se retrouvant dans une population locale de coordonner l'expression  de certains gènes, les aidant à agir en tant qu'organisme  multicellulaire. Le QS agit à travers l'échange  de petites molécules signal entre bactéries rapprochées. Lorsque la population augmente, la concentration du signal  augmente.  Après  un moment,  le seuil  de concentration  aura  atteint  un  niveau capable d'activer l'expression  de facteurs de virulence et ce en synergie avec les bactéries environnantes.  Des mutants  ayant  un  système  de  QS  non  fonctionnel  seront habituellement   avirulents   ou   verront   leur   potentiel   infectieux   réduit   de   manière significative.

Chez P. aeruginosa, les deux principaux signaux cellulaires contrôlant le quorum sensing sont le N-(3-oxododecanoyl)-L-homosérine Jactone (3-oxo-C12-HSL) et N-(butanoyl)-L homosérine  Jactone (C4-HSL).  Récemment, un troisième  signal  cellulaire  a été décrit chez  P.  aeruginosa,  le  2-heptyl-3,4-dihydroxyquinoline   ou  Pseudomonas  Quinolone Signal (PQS). Le PQS semble être impliqué dans la hiérarchie de la régulation génétique du QS chez P.   aeruginosa  et sa présence est requise pour l'expression  de nombreux facteurs de virulence. Le PQS fait partie de la famille des 4-hydroxy-2-alkylquinolines ou HAQ dont certains membres sont aussi des agents antibactériens. Le travail consistait en l'étude  du système enzymatique codé par les gènes pqsA-D responsables de la synthèse des HAQ chez P. aeruginosa. L'acide  anthranilique est précurseur de tous les HAQ. Il réagit  avec  des  acides  gras  substitués  en  position  bêta  par  une  fonction  cétone.  Le composé  intermédiaire  subit  une  réaction  de  cyclisation  formant  Je noyau  quinoline commun aux HAQ. Certains des gènes de l'opéron  pqsA-D présentent des similarités de séquences  peptidiques  avec  des  protéines  transporteuses  de  la fonction  acyle  (ACP). Celles-ci sont soupçonnées de fixer la fonction acyle des cétoacides, à l'aide  d'un  lien  covalent. L'opéron phnAB code pour l'anthranilate  synthase, un des gènes impliqués dans la  synthèse  de  l'acide   anthranilique.  Cet  opéron  ainsi  que  l'opéron   pqsABCD  sont inactivés dans un mutant mvfR et sont directement impliqués dans la synthèse des HAQ.

Différentes molécules ont été choisies par homologie de structure  par rapp011 à l'acide anthranilique.  L'hypothèse  émise était que ces molécules sont capables de se fixer à la cétoacide liée aux ACP pour ensuite inhiber la production de HAQ. Afin de détenniner  la capacité d'inhibition,  ces molécules ont été ajoutées individuellement à des cultures de P. aeruginosa.  Un test de compétition avec  le précurseur des  HAQ a été  réalisé afin de vérifier la réversibilité du lien créé. Les résultats obtenus suggèrent que l'acide 6-fluoro-
2-aminobenzoïque, l'acide 6-chloro-2-aminobenzoïque ainsi que l'acide 4-chloro-2- aminobenzoïque  sont capable d'inhiber  la production  de HHQ, de PQS et du N-oxide dans des cultures en milieu liquide. De plus, ces inhibiteurs agissent différemment en présence du substrat naturel. Nous avons aussi pu identifier un co-inducteur du régulateur transcriptionnel  MvtR.  Finalement, la recherche d'un  intermédiaire de biosynthèse des HAQ a aussi été effectuée à l'aide de la chromatographie sur couche mince avec des préparations provenant des mutants pqsA et pqsD. Toutes les analyses ont été réalisées
par spectrométrie de masse.


identifier: Castonguay-Vanier, Josée  (2010). Drosophila melanogaster comme hôte-modèle alternatif pour l'étude de la virulence de microorganismes pathogènes  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 108 p.

subject: drosophile bacterie pseudomonas burkholderia

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. L'idée d'utiliser des organismes plus simples que les mammifères afin de modéliser les bases moléculaires de la pathogenèse de certains  microorganismes est de plus en plus courante. Drosophila melanogaster sert ainsi depuis une dizaine d'années d'hôte alternatif pour l'étude de la  virulence de certains  microorganismes, mais également   pour l'étude de la relation hôte pathogène.

Le présent projet visait ainsi à établir la drosophile   comme hôte-modèle dans nos laboratoires. Les protocoles d'infection par ingestion ont donc d'abord été optimisés. Une fois cet objectif réalisé, la validité du modèle a pu être confirmée par des tests de mortalité par ingestion de  Pseudomonas aeruginosa PA 14 et de mutants déjà connus  pour être moins virulents chez d'autres hôtes tels que lasR/rhlR (quorum sensing) ou pscD (système de sécrétion de type III).

Ce mode d'infection par ingestion de microorganismes  pathogènes ne s'est toutefois pas avéré concluant avec  Actinobacil/us p/europneumoniae, une bactérie pathogène  spécialiste du porc, ni avec les espèces faisant partie du  complexe Burklwlderia cepacia (Bec). Aucune mortalité ne sera en effet survenue dans les populations de drosophiles  infectées par les espèces de ces deux genres bactériens. La méthode d'infection par piqûre fut donc utilisée pour le Bec, où elle a permis de différencier les souches selon  leur pouvoir pathogène; ce qui n'avait encore jamais été  rapporté dans la littérature. Les souches B. multivorans LMG 16660 et B. do/osa LMG21819 n'ont  provoqué aucune mortalité, alors qu'avec les souches B. cepacia LMG1222, B. pyrrocinia LMG21824  et  B. ubonensis LMG 20358  aucune  drosophile  n'a  survécu  plus de 72 heures aux infections. La croissance de plusieurs souches du Bcc (B. cenocepacia LMG18830, B. cenocepacia K56-2 et B. cepacia  LMG18821) a également été suivie chez les drosophiles infectées. Il a ainsi été observé que le nombre d'UFC (Unités Formatrices  de Colonies) isolées des mouches augmentait de façon continue lors des infections. Alors que les souches LMG 18830 et K56-2 ont mis plus de 3 jours à atteindre 106 UFC in vivo, B. cepacia LMG18821 a mis moins de 15 heures. Cette souche s'est  aussi avérée plus virulente que les deux autres,  tuant la totalité des drosophiles en moins de 120 heures.

En plus de proposer un modèle efficace(par ingestion pour P. aeruginosa et par piqûre pour les espèces du Bec),le présent projet visait aussi à étudier l'effet de certains facteurs sur les courbes de mortalité des mouches à fruit  lors d'infections par ingestion de P. aeruginosa. En effet, les conditions expérimentales dans lesquelles se déroulent les infections (par  exemple : la présence d'un  microbiote chez la drosophile, le sexe de l'animal, le cycle de  lumière lors de l'infection ou un jeûne avant l'ingestion de  P. aeruginosa) varient  d'une équipe de recherche à l'autre. L'étude de l'effet de ces facteurs sur les  courbes de mortalité des drosophiles a donc débuté, afin  d'éventuellement pouvoir  proposer  un modèle  d'infection par ingestion  standardisé. Les présents travaux ne permettent pas pour le moment d'affirmer que la mortalité  des femelles lors de l'infection diffère de celle des mâles.

L'étude de la flore intestinale de la population de drosophiles du laboratoire a également été entreprise (par  culture sur  une variété de milieux en conditions aérobies et anaérobies, par amplification de régions du gène codant  pour l'ARNr 16S et par électrophorèse sur gel à gradient dénaturant ou DGGE). Trois espèces appartenant au genre  Lactobacillus ont ainsi été identifié : L. plantarum, L.  pentosus et L. brevis. Un traitement aux antibiotiques  afin d'éliminer ce microbiote a été proposé.


identifier: Cavalli, Hélène  (2005). Apoptose des neutrophiles humains induite par deux agents anti-cancéreux, le trioxyde d'arsenic et la viscum album agglutinine-1  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 124 p.

subject: leucemie cancer apoptose nNeutrophile

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.
Le  trioxyde  d'arsenic   (As203)  est   un  nouvel  agent  anti-cancéreux   utilisé  dans  le traitement  des  leucémies promyélocytaires  aiguës. L'utilisation  clinique  de cet agent a permis 1'observation de cas de neutropénies parmi les patients traités. Cette étude a donc testé  l'effet  de  l'As203  sur  les neutrophiles  humains  et  démontre  que  l' As203  induit l'apoptose   des   neutrophiles   humains   in  vitro  après   24   heures.   Les   mécanismes d'induction  d'apoptose de cet agent sont complexes  et encore nébuleux. Tout d'abord, nous montrons que les anions superoxyde (02-) générés par la NADPH oxydase ne sont pas impliqués dans cette induction d'apoptose,  mais que le peroxyde d'hydrogène (H202) issu d'une  autre source que ce complexe  enzymatique  semble  l'être,  comme  le montre l'utilisation  de  la catalase,  une enzyme  dégradant  le H202  et  dont  l'emploi   a  permis d'inhiber   l'effet  de  l'As203.  Nous  montrons  aussi  que  la  NADPH  oxydase,  enzyme productrice d'H202 présente en grande quantité chez les neutrophiles, n'est pas impliquée dans le mécanisme d'action.  Nous avons également découvert que l'agent affecte les trois types de filaments du cytosquelette en induisant la dégradation de nombreuses  protéines les  constituant.   Un  second  agent  anti-cancéreux,   utilisé  cliniquement   en  Europe,  la Viscum album  agglutinine-!(VAA-l)  est  également  à  l'étude   dans  ce  mémoire.  Le mécanisme d'action  de cet agent pro-apototique connu des neutrophiles est approfondi et nous démontrons que la VAA-l induit également l'apoptose  des éosinophiles  humains par des mécanismes à la fois semblables et différents de ceux retrouvés chez les neutrophiles.


identifier: Caza, Mélissa  (2005). Caractérisation des gènes iroBCDEN chez la souche Escherichia coli x7122 pathogène aviaire  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 139 p.

subject: gene infection aviaire enterobactine

abstract:
Le système iro est composé de cinq gènes iroBCDEN qui sont responsables de la synthèse et de l'utilisation de nouveaux sidérophores nommés salmochelines. Ces sidérophores de type catécholate sont  produits par  Salmonella enterica  et  par  certaines souches de Escherichia coli.  Chez la souche E. coli x.7122 pathogène aviaire (APEC), les gènes iro sont présents sur le plasmide de virulence pAPEC-1 et ils contribuent à la virulence de la bactérie dans le modèle d'infection aviaire.   Le séquençage du système iro a mis en évidence des homologies de séquence entre IroB et une glycosyl transférase et entre IroC et un transporteur de type ABC. De plus, le produit du gène iroD montre une forte homologie avec l'estérase Fes de l'entérobactine et IroE semble être une hydrolase périplasmique putative de fonction inconnue. Quant à IroN, il a été caractérisé en tant que récepteur des salmochelines, bien qu'il puisse reconnaître le sidérophore entérobactine.

Les buts de ce projet furent donc de déterminer les rôles précis des gènes iro pour la synthèse et l'utilisation des sidérophores, ainsi que d'établir l'importance de la production des salmochelines et du récepteur IroN pour la virulence de la souche x.7122 chez le poulet. L'importance des  gènes  iro  pour  la  synthèse et  l'utilisation  des  sidérophores a  été déterminée en complémentant, avec un ou plusieurs gènes iro clonés sur des plasmides, des souches de E.coli défectueuses pour la production et l'utilisation de l'entérobactine.  De plus, des tests in vitro, des analyses en spectrométrie de masse et une série d'infection chez le modèle animal ont été effectuées.

Ainsi, le récepteur IroN complémente une souche mutante pour le récepteur du sidérophore entérobactine ifepA), en plus de présenter une sensibilité à la colicine B.   Ces données suggèrent que IroN puisse fonctionner en tant que récepteur de 1'entérobactine.    Par ailleurs, une complémentation par les gènes iroD et iroE   d'une  souche mutante fes, incapable de dégrader l'entérobactine, suggère que ces gènes iroD et iroE codent pour des estérases. De plus, des analyses en spectrométrie de masse ont révélé que la production des salmochelines peut se faire en absence des gènes iroN et iroC.  Aussi, la présence de iroN ou de iroBCDE seulement est insuffisante pour permettre une reprise de virulence chez lasouche mutante x7122 iro.  Finalement, la souche mutante x7122 entD, qui ne synthétise plus l'entérobactine,  est aussi  incapable de synthétiser  les salmochelines.    D'ailleurs,  ce mutant ne peut établir d'infection chez le poulet.

Les résultats obtenus suggèrent que la synthèse des salmochelines et de son récepteur IroN soit requise pour une pleine virulence de la souche APEC x7122.   En plus, la biosynthèse des salmochelines utilise la machinerie de synthèse de 1'entérobactine.


identifier: Caza, Mélissa  (2010). Étude des mécanismes de synthèse, de sécrétion et de dégradation des salmochélines et de l'entérobactine, et de leur implication pour la virulence de la souche Escherichia coli pathogène extra-intestinale aviaire x7122  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 288 p.

subject: fer siderophore siderocalin

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Les souches  d'Escherichia coli pathogènes  extra-intestinales (ExPEC) causent des infections urinaires,   respiratoires et septicémiques chez l'homme et les  les  animaux d'élevage.  Les souches  ExPEC  utilisent des sidérophores  pour séquestrer  le fer pendant une  infection,  puisque le fer est peu  disponible chez l'hôte et qu'il est un élément essentiel à la survie et la prolifération bactérienne. Les sidérophores  catécholates, l'entérobactine et  les salmochélines,  et l'aérobactine, une molécule  différente,  sont  des sidérophores   produits  par  certaines  souches   ExPEC,  dont  la  souche 078 x7122,  et d'autres    entérobactéries    pathogènes. Les   salmochélines,   encodées par les gènes iroBCDEN, sont  des   sidérophores   dérivés  de  l'entérobactine,  auquel   la glucosyltransférase IroB ajoute des molécules de glucose. De plus, la dégradation  de ces sidérophores  par les estérases  Fes, IroD et IroE génère treize molécules différentes  dont neuf sont apparentées  aux salmochélines  et quatre à l'entérobactine.

Le rôle de chacun des gènes iroBCDEN a été testé pour la virulence et pour la production des salmochélines  en introduisant  des plasmides  encodant  différentes  combinaisons de gènes dans une souche dérivée de la souche x7122 ne produisant  ni les salmochélines,  ni l'aérobactine et qui est atténuée dans le modèle d'infection septicémique  aviaire. La complémentation  par  les  gènes  iroBCDEN  et  les analyses  en  chromatographie   liquide couplée à la spectrométrie   de   masse  (LC-MS/MS) des surnageants  de culture des différentes souches ont démontré que la glucosylation  (IroB),  le transport (IroC et IroN) et  la dégradation  (IroD et IroE) des salmochélines  sont  requis  pour  la virulence de la souche x7122, bien qu'IroE semble jouer un rôle accessoire.

De plus, des mutants de synthèse (ô.entD, 11entDI1iuc et ô.iroB) et de sécrétion (ô.entS, ô.iroC  et  ô.entSô.iroC) des  sidérophores de la souche  x7122  testés  dans le  modèle d'infection septicémique  aviaire ont démontré  l'importance de la synthèse  et la sécrétion des sidérophores catécholates pour la virulence de la souche. Des analyses en LC-MS/MS ont également démontré qu'EntS et IroC effectuent préférentiellement la sécrétion de certaines  molécules  de sidérophores  catécholates.  Ainsi, les résultats  suggèrent  que le rôle de ces  exportateurs  pour la  virulence  des  souches ExPEC  est  dépendant de la synthèse de l'entérobactine; synthèse qui n'est pas requise en présence de l'aérobactine.

Finalement, l'étude de la dégradation des sidérophores  catécholates  par les estérases Fes, IroD et IroE a démontré que Fes et IroD sont requis pour la virulence de la souche x7122 dans le modèle d'infection septicémique  aviaire et que ces deux enzymes sont également impliquées dans la biosynthèse des salmochélines.

En somme, l'étude des systèmes de sidérophores  produits et utilisés par la souche ExPEC x7122 a démontré  l' i mportance de chacun des systèmes  pour  la virulence de  la souche, ainsi que les interrelations des mécanismes moléculaires de la synthèse, de la sécrétion  et de la dégradation des salmochélines et de l'entérobactine.


identifier: Charbonneau, Benoît  (2005). Développement d'un vaccin adénoviral exprimant la nucléocapside du circovirus porcin de type 2  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 97 p.

subject: vaccin nucleocapside circovirus porc

abstract:
Le  circovirus  porcin  de  type  2  (CVP2)  est  un  virus  à  ADN  simple  brin,  non enveloppé, a été découvert en 1988. Ce virus est l'agent étiologique du syndrome de dépérissement  multisystémique  en  post-sevrage  (SDMPS),  une  maladie  décrite  pour  la première fois dans 1'Ouest Canadien en 1991.  Le SDMPS est caractérisé par une émaciation, des problèmes respiratoires et un problème de croissance chez les porcelets âgés entre 5 et 12 semaines. Aujourd'hui répandue dans plusieurs pays, y compris en Europe, cette maladie entraîne des pertes économiques majeures pour les producteurs de porcs.   Aucun agent prophylactique  n'existe  sur  le  marché  pour  contrer  le  développement  de  cette  maladie. L'objectif  de ce projet consiste donc à produire un vecteur d'expression pour l'ORF2 dans le but de développer  un vaccin potentiel basé sur 1'utilisation d'un  vecteur viral à partir de l'adénovirus  humain  de  type 5  (hAd).  L'ORF2  a été choisi car elle code  pour  la seule protéine qui compose la nucléocapside (NC). Pour ce faire, la séquence de l'ORF2 du CVP2 a été isolée à partir du vecteur d'expression  pCEP5-6H-ORF2 et sous-cloné dans le plasmide de transfert pAdCMV5-P2DC-GFPq/K7PSmlp qui code pour la protéine fluorescente verte (GFP). La reconstitution fonctionnelle de l'ORF2 dans ce vecteur a été mesurée in vitro par immunobuvardage de type Western suite à une transfection dans les cellules humaines 293. Le vecteur viral hAd-ORF2 a ensuite été produit par recombinaison suite à une transfection 1 infection avec le plasmide de transfert recombinant et l'adénovirus hAd parental contenant une délétion pour les gènes codant pour les protéines E1, E3 et la protéase virale.  Les plages de lyses contenant l'hAd-ORF2 ont été identifiées par la présence de foyer de fluorescence induite par 1'expression de la GFP et utilisés afin de récupérer le virus recombinant.  Des tests in vitro aux niveaux du gène et de la protéine ont ensuite été réalisés afin de confirmer l'expression   fonctionnelle  de  l'ORF2  par  l'hAd  recombinant. Une  production  à grande échelle du virus a été réalisée et une préparation de vecteur adénoviral contenant 1 'ORF2 du CVP2 a été purifiée par gradient de chlorure de césium. La capacité de ce vecteur à induire des anticorps spécifiques, et ce dans une cinétique comparable à celle obtenue avec le virus CVP2, a finalement été confirmée in vivo chez des souris CD-1. L'ensemble  de ces travaux
laisse  entrevoir  que  ce  vecteur  pourrait  être  efficace  dans  l'élaboration   d'une   réponse
humorale  contre  la  nucléocapside  du  CVP2  chez  le  porc, et  ainsi  représenter  un  outil important dans la lutte contre le SDMPS.


identifier: Charpentier, Tania  (2011). Impact du répertoire des lymphocytes B sur le développement de réponses immunitaires cellulaires antivirales  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en virologie et immunologie, 145 p.

subject:
lcmv
hvc
virus
hepatite c
choriomeningite
lymphocytaire

abstract:
Les anticorps naturels (AcNat) font partie du système immunitaire inné et offrent la première ligne de défense contre des pathogènes étant entrés dans la circulation sanguine. Leur liaison à des particules infectieuses engendre la formation de complexes-immuns, qui eux, favorisent le recrutement des microorganismes aux organes lymphoïdes secondaires, là où les réponses immunitaires adaptatives sont développées. La présence des AcNat s’avère importante pour le développement de réponses humorales adaptatives contre différents virus, mais leur importance dans le développement de réponses immunitaires cellulaires a peu été étudiée. Des études de recrutement du virus de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV) aux organes lymphoïdes secondaires, virus dont l’infection est contrôlée par les réponses immunitaires cellulaires, ont démontrées que la présence d’AcNat facilitait ce transport.
Comme ces démonstrations ont soit été faites avec des souris de type sauvage ou des souris sans anticorps, nous avons voulu évaluer l’impact d’une restriction dans la diversité du répertoire des AcNat sur le développement de réponses cellulaires spécifiques au LCMV. Pour ce faire, nous avons utilisé des souches de souris restreintes dans leur capacité à générer un répertoire diversifié d’anticorps. Les souris QM possèdent un segment V(D)J déjà réarrangé pour lier spécifiquement l’haptène nitrophényl; les souris HC1 peuvent recombiner des segments d’immunoglobulines humaines à partir d’un minilocus transgénique, les souris JHT ne possèdent pas de lymphocytes B matures, dû à l’élimination de tous les segments J de la chaîne lourde de leurs immunoglobulines. Ces trois souches murines ont été obtenues sur fond génétique C57Bl/6, qui elles ont servi de témoin positif. D’abord, nous avons comparé, chez nos différentes souches de souris naïves, le taux sérique d’AcNat et la fréquence des cellules les sécrétant. Nous avons ensuite comparé leur capacité de présentation antigénique, de développement et de maintien de réponses cellulaires suite à une infection par le LCMV.
Nos résultats démontrent que les AcNat de souris possédant une diversité de répertoire B restreinte ont une capacité de liaison à des particules purifiées de LCMV moins grande que celle des souris de type sauvage. De plus, l’analyse de la capacité des cellules dendritiques à apprêter et à présenter les antigènes viraux pour l’activation de lymphocytes T CD8 de souris P14, de même que l’analyse de l’ampleur des réponses cellulaires développées au jour 8 post-infection avec le LCMV est en corrélation directe avec la diversité prédite du répertoire des lymphocytes B. Le transfert passif de sérum de souris C57Bl/6 naïves à des souris JHT a permis une restauration partielle des réponses cellulaires obtenues au jour 8 après l’infection, confirmant l’importance des AcNat dans le développement de réponses cellulaires antivirales. De façon intéressante, nous avons observé le maintien d’un nombre similaire de lymphocytes T CD8 spécifiques au LCMV 50 jours après l’infection dans les souches de souris à l’étude, et ce de façon indépendante à la diversité de répertoire des lymphocytes B. En conclusion, nos résultats suggèrent que le répertoire des lymphocytes B influence les étapes précoces du développement des réponses immunitaires cellulaires spécifiques au LCMV.