identifier: Dugdale, Stephen J.  (2014). Analyse de la variabilité spatio-temporelle des refuges thermiques à l'échelle du paysage lotique : Importance pour les populations de saumon atlantique (Salmo salar) / Riverscape analysis of the spatio-temporal variability of thermal refuges: Significance for Atlantic salmon (Salmo salar) populations.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en sciences de la terre, 260 p.

subject:
température de l'eau
changement climatique
refuges thermiques
bassins versants nordiques
télédétection
paysage lotique
riverscape
saumon atlantique
Salmo salar
rivière Restigouche

abstract:
La température de l'eau est l'un des facteurs clé de l'habitat en rivière, contrôlant à la fois la
distribution et le comportement des organismes aquatiques. Comme toutes les espèces
ectothermes, les salmonidés sont incapables de contrôler eux-mêmes leur température
corporelle et sont par conséquent particulièrement intolérants aux températures élevées. Afin
de survivre aux épisodes de chaleurs extrêmes, ils doivent ainsi trouver et utiliser des zones où
l'eau est plus froide que celle du chenal principal. Ces zones, appelées refuges thermiques,
jouent un rôle important dans le maintien des populations de poissons dans des rivières qui
seraient normalement trop chaudes pour une espèce donnée. En raison du réchauffement prévu
de la température de l'eau causé par le changement climatique, il est probable que les refuges
thermiques joueront un rôle de plus en plus important sur la survie des salmonidés en eau
douce. Une meilleure compréhension de ces refuges est donc essentielle. Cependant, les
facteurs contrôlant la variabilité spatio-temporelle des refuges thermiques ainsi que leurs
impacts sur les salmonidés demeurent méconnus. Cette thèse a pour objectif d'améliorer les
connaissances sur les refuges thermiques en mettant en lumière les facteurs responsables de
leur variabilité temporelle et spatiale ainsi que leur utilisation par les salmonidés à l'échelle du
paysage lotique («riverscape»), ceci en utilisant le saumon atlantique comme espèce modèle.
Afin de caractériser la variabilité spatio-temporelle des refuges thermiques, nous avons
développé un système héliporté d'imagerie optique et infrarouge thermique. Ce système, conçu
pour acquérir des images optiques et thermiques d'une résolution de ~ 3 cm et ~ 20 cm
respectivement à partir d'une altitude de 300 m AGL, a été utilisé afin d'obtenir des images de
deux rivières à saumon du Québec, la rivière Ouelle et la rivière Restigouche. Les données
provenant de six survols aériens de la Ouelle, effectués entre 2009 et 2011, ont été utilisés afin
de caractériser la variabilité temporelle des refuges thermiques ainsi que les facteurs la
contrôlant. Nous avons observé que la variabilité temporelle était différente selon le type de
refuge. Ceux qui provenaient des processus d'eau souterraine étaient beaucoup plus variables
dans le temps que ceux associés aux tributaires. De plus, la variabilité temporelle des
suintements latéraux d'eau souterraine était fortement corrélée avec le débit moyen saisonnier,
ce qui indique que la variabilité des refuges thermiques est générée par des tendances
hydrométéorologiques à long terme. Ces résultats sont les premiers à relier la dynamique
temporelle des refuges à des conditions hydrométéorologiques et offrent des informations
précieuses sur la façon dont l'évolution des régimes climatiques pourrait influencer
l'hétérogénéité de la température des rivières dans le futur.
Les facteurs contrôlant la variabilité spatiale des refuges thermiques ont été examinés en
utilisant les images thermique et optique de ~700 km de la rivière Restigouche. Cette base de
données comprenant plus de 38 000 images est sans précédent dans le domaine de la
télédétection fluviale, et offre une opportunité unique de comprendre les processus
responsables de la présence et de l'abondance des refuges thermiques sur un bassin versant
entier. Parmi les refuges thermiques identifiés à partir des images aériennes, ceux associés aux
processus d'eau souterraine ont été identifiés comme étant à la fois les plus abondants et les
plus variables dans l'espace. Une analyse SIG a indiqué que la présence ou l'absence de
refuges thermiques d'eau souterraine est positivement reliée à la courbure du chenal et à la
proximité de vallées tributaires. À plus grande échelle, les résultats montrent que la densité de
refuges thermiques par km est fortement corrélée avec le degré de confinement du chenal dans
sa vallée (mesurée comme le rapport entre la largeur de la vallée et la largeur du chenal). Cette
étude est parmi les premières à démontrer comment la géomorphologie du paysage régit la
distribution spatiale des refuges thermiques. Par ailleurs, les résultats présentent un potentiel
considérable pour guider des stratégies de conservation ciblées permettant de préserver les
habitats thermiques les plus importants dans les rivières touchées par le changement
climatique.
Le rôle des épisodes de température élevés sur les mouvements des saumons à l'échelle du
tronçon a été examiné à l'aide d'une étude de marquage-recapture utilisant la télémétrie PIT
(«Passive Integrated Transponders»). Des antennes PIT placées autour de deux refuges
thermiques et aux limites amont et aval du tronçon du cours d'eau principal dans lequel ils se
déversent ont été utilisés pour enregistrer les mouvements des salmonidés en réponse à une
température d'eau élevée. Il a été observé que le mouvement des poissons aux limites du
tronçon se produisait en moyenne 135 minutes avant la taille maximale des agrégations dans
les refuges thermiques. La régression logistique a montré que l'occurrence de mouvements à
l'échelle du tronçon peut être prédite à partir des métriques de température simples avec un bon
niveau de précision, ce qui suggère l'existence d'un seuil critique qui forcerait le saumon
atlantique à se mettre à la recherche d'un refuge thermique. Ce mouvement n'a jamais été
observé chez le saumon et jette un éclairage important sur la façon dont il se déplace pour
trouver de l'eau fraîche pendant les canicules.
Les résultats de cette thèse sont les premiers à mettre en évidence la variabilité spatiotemporelle
des refuges thermiques à grande échelle, leurs mécanismes de formation et leurs
impacts sur la mobilité des salmonidés à l'échelle du tronçon. Bien qu'il reste un travail
considérable à faire afin de comprendre l'effet de la variation spatio-temporelle de la
température de l'eau des rivières sur les populations de salmonidés, les résultats présentés
dans cette thèse mettent en lumière l'importance des refuges thermiques et appuient les appels
à intensifier les efforts déployés pour leur conservation, particulièrement dans les cours d'eau
les plus menacés par le changement climatique.

Water temperature is a key river habitat variable, governing the distribution and behaviour of ail
fluvial organisms. Like ail ectothermic species, salmonids are unable to regulate their body
temperature, and are th us particularly intolerant of high water temperatures. In order to survive
heat waves, they thermoregulate by finding and using discrete zones of cool water. These
zones, known as thermal refuges, play an important role in maintaining salmonid populations in
rivers that would normally be too warm to support them. Due to predicted increases in water
temperature caused by climate change, it is likely that thermal refuges will become increasingly
important in ensuring the survival of salmon populations in freshwater. A better understanding
of these critical cold water habitats is therefore vital. However, the factors controlling the spatio-
temporal variability of these cold water habitats remain unknown. This thesis therefore aims to
enhance our knowledge of thermal refuges by examining the drivers of their temporal and spatial
variability and their use by salmonids at riverscape scales, taking the Atlantic salmon (Salmo
salar) as an ecological model.
In order to characterise the spatio-temporal variability of thermal refuges, we developed an
optical and thermal infrared imaging system suitable for mounting on a helicopter. This system,
capable of acquiring ~3 cm optical and ~20 cm thermal images from an altitude of 300 m AGL,
was used to obtain imagery of two salmon rivers in Québec, Canada, the rivière Ouelle and the
rivière Restigouche. Data from six aerial surveys of the rivière Ouelle carried out between 2009
to 2011 were used to examine the temporal variability of thermal refuges and their controlling
mechanisms. We observed that the temporal variability of thermal refuges varied depending on
the refuge type. Those driven by groundwater processes were significantly more temporally
variable than those driven by the drainage network (eg. tributaries). Temporal variability of
lateral groundwater seep refuges correlated significantly with seasonal mean discharge,
indicating that the variability of thermal refuges is driven by long term hydrometerological trends.
These results are the first to link refuge dynamics to hydrometeorological conditions and may
offer valuable insights into how changing climatic regimes could influence these important cold
water units in the future.
Factors controlling the spatial variability of thermal refuges were examined using TIR and optical
imagery of ~700 km of river in the Restigouche River watershed. This dataset, comprising over
38,000 images, is unprecedented in both the remote sensing and river sciences, and offers a
unique opportunity to understand the processes responsible for thermal refuges across an entire
watershed. Among the thermal refuges detected from aerial imagery, those driven by
groundwater processes were both the most abundant and most spatially variable, with upland
areas of the watershed showing particularly high densities of thermal refuges. GIS analysis
indicated that the presence or absence of individual groundwater-driven thermal refuges was
positively related to values of channel curvature and proximity of incoming tributary valleys. At
larger scales, the density of thermal refuges per km was shown to correlate strongly with valley
confinement (measured with a modified entrenchment ratio). This study is among the first to
demonstrate how landscape geomorphology governs the spatial distribution of thermal refuges.
Furthermore, the results demonstrate considerable potential for the adoption of targeted
conservation strategies to preserve important thermal habitats in climate change affected rivers.
The role of high temperature events in provoking reach-scale movement of salmon towards
thermal refuges was examined using a mark-recapture study based on PIT telemetry. PIT
antennas placed around the thermal refuges and at the upstream and downstream limits of the
reach surrounding them (identified from thermal imagery of the rivière Ouelle) were used to
record the movement of salmonids in response to high temperature. It was observed that
movement at the upstream and downstream antennas occurred 135 minutes prior to the peak
size of aggregations in the thermal refuges. Logistic regression showed that simple temperature
metrics could predict the occurrence of reach-scale movement with a high degree of accuracy,
highlighting the existence of a fundamental threshold causing Atlantic salmon to make reach-scale
movements in search of thermal refuges. Such movement has never before been
observed in salmon and sheds important light on how they move to find cool water during
heatwaves.
The results of this thesis are the first to document the spatio-temporal variability of thermal
refuges at large scales and high resolutions, their driving mechanisms and their impacts on
salmonid movement and behaviour at the reach scale. While there remains a considerable
amount of research to be done with regards to understanding the effect of spatio-temporal
variations in water temperature on salmonid populations, the results presented in this thesis
highlight on the importance of thermal refuges and support their conservation, particularly in
streams and rivers under threat of climate change.


identifier: Soliman, Ahmed  (2014). Placental melatonin and its receptors : role and mechanism of action in villous trophoblast syncytialisation.  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 122 p.

type:
Thèse
Non évalué par les pairs

subject: AANAT HIOMT ASMT récepteur melatonine trophoblaste humain placenta gonadotriphine chorion

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.L’implication de la mélatonine dans le déroulement de la grossesse et le développement
du foetus a fait l'objet de plusieurs études. Notre laboratoire a montré que le trophoblaste villeux
humain à terme, ainsi que les lignées cellulaires trophoblastiques (BeWo et JEG-3), expriment
les récepteurs 1 et 2 (MT1, MT2) et les enzymes de synthèse (aralkylamine N-acétyltransférase
(AANAT) et hydroxyindole O-méthyltransférase (HIOMT)) de la mélatonine. Cependant, le rôle
et les mécanismes d’actions de la mélatonine et de ses récepteurs dans le placenta humain
restent encore peu connus. Les objectifs spécifiques de la présente étude sont de déterminer le
rôle de la mélatonine placentaire et ses récepteurs au cours de la syncytialisation des
primocultures de trophoblaste villeux et déterminer les mécanismes qui régulent la production et
la sécrétion de l’hormone gonadotrophine chorionique (β-hCG). Notre hypothèse de recherche
est que (1) la mélatonine et ses récepteurs placentaires, jouent un rôle important dans la
régulation de la syncytialisation de trophoblaste villeux et (2) réguler la sécrétion de la hCG via
l'activation de la voie de signalisation PLC-PKC-MEK/ERK1/2. Les résultats montrent que le
système mélatonine (MT1, MT2, AANAT et HIOMT) est exprimé dans les tissus placentaires à
tous les trimestres de la grossesse. L’expression des enzymes AANAT et HIOMT est maximale
au troisième trimestre de la grossesse. Le récepteur MT1 est significativement plus exprimé au
premier trimestre par rapport au deuxième et troisième trimestre de la grossesse tandis que
l’expression de MT2 ne varie pas. Au cours de la différenciation des primocultures de
cytotrophoblaste villeux en syncytiotrophoblaste, on observe une augmentation et une
diminution de l’expression (protéine et ARNm) des récepteurs MT1 et MT2, respectivement. La
mélatonine (1mM) augmente la fusion du cytotrophoblaste villeux en syncytiotrophoblaste (21 %
vs témoin) ainsi que la production de β-hCG (121% vs témoin). Dans les cellules BeWo, la
mélatonine stimule la sécrétion basale, et inhibe la sécrétion stimulée par la forskoline, de β-
hCG d'une manière dose dépendante. Ces effets sont médiés par la stimulation des voies PLC-
β et ERK1/2. La mélatonine stimule la phosphorylation d’ERK1/2 après 5 min de culture (73%
vs témoin), effet qui est renversé pas le luzindole (antagoniste MT1/MT2) mais non par 4-PPDOT
(antagoniste MT2). De plus, la stimulation d’ERK1/2 par la mélatonine est complètement
renversée par les siRNA ciblant le récepteur MT1, tandis que ceux ciblant MT2 n’ont pas d’effet.
L’ensemble de ces résultats suggère un rôle important de la mélatonine, et de ses récepteurs
MT1, dans la régulation de la syncytialisation et la sécrétion de la β-hCG dans le trophoblaste
villeux et, par conséquent, dans la grossesse et le bien-être foetal.

The symbols and special characters used in the original abstract could not be transcribed due to technical problems. Please use the PDF version to read the abstract.The role of melatonin in pregnancy well-being and fetal development was the subject of
several studies. However, little is known about the function of melatonin and its receptors in
human placenta. Our laboratory has demonstrated that human trophoblast at term and
trophoblast-like cell lines express melatonin receptors (MT1, MT2 and ROR) and functional
melatonin synthesizing enzymes (AANAT and HIOMT). In JEG-3 and BeWo choriocarcinoma
cell lines, we have demonstrated that melatonin regulates the secretion of human chorionic
gonadotropin (β-hCG) via an action mediated by MT1 and MT2 receptors. However, the role
and mechanism of action of melatonin in villous trophoblast development and endocrine
function is still obscure. This master’s research aims to fill this gap. The specific objectives for
the present proposal are to determine the role of placental melatonin and its receptors on the
stages of villous trophoblast syncytialization and the mechanisms that regulate β-hCG
production/secretion. Our research hypothesis is that (1) melatonin and its placental receptors,
play an important role in the regulation of villous trophoblast syncytialization and (2) regulate β-
hCG production via activating PLC-PKC signaling pathway with subsequent activation of
MEK/ERK1/2. Our data show that melatonin system is expressed throughout pregnancy (from
week 7 to term) in placental tissues. AANAT and HIOMT show maximal expression at the 3rd
trimester of pregnancy. MT1 receptor expression is maximal at the 1st trimester compared to
the 2nd and 3rd trimesters, while MT2 receptor expression does not change significantly during
pregnancy. During the differentiation of villous cytotrophoblast into syncytiotrophoblast, we
observed an increased and decreased expression (protein and RNA) of the MT1 and MT2
receptor respectively. Melatonin (1 mM) increased (21% vs control) the fusion of villous
cytotrophoblast in syncytiotrophoblast accompanied by an increased production of human
chorionic gonadotropin (β-hCG) (121% vs control) via an action mediated by MT1 and MT2
receptors. In BeWo cells, melatonin through a dose-dependent manner stimulates β-hCG basal
secretion and inhibits forskolin-stimulated secretion of β-hCG. These effects of melatonin are
mediated via the stimulation of PLC-β and ERK1/2 signaling pathways. Moreover, melatonin
stimulates ERK1/2 phosphorylation after 5 min of culture (73% vs control), an effect that is
reversed by luzindole (specific antagonist of MT1 and MT2), but not by 4-P-PDOT (specific MT2
antagonist). Furthermore, ERK1/2 stimulation by melatonin is completely reversed by small
interfering RNA (siRNA) targeting the MT1 receptor, while MT2 targeting siRNA had no effect.
Taken together, these results suggest an important role of melatonin and its MT1 receptor in the
regulation of villous trophoblast syncytialization and secretion of β-hCG and, consequently, in
v
pregnancy and fetal well-being. Keywords: AANAT / HIOMT (ASMT) / MT1 melatonin receptor
/ MT2 melatonin receptor / Syncytiotrophoblast/ Villous cytotrophoblast/ Human chorionic
gonadotropin (hCG)/ ERK 1/2 / PLC-β/ luzindole/ 4-P-PDOT.


identifier: Gonçalves, David  (2015). Caracterisation des proprietes inflammatoires et des effets sur le neutrophile de nanoparticules de type oxyde-metal et des fullerenols.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 163 p.

subject: inflammation dioxyde titane oxyde zinc fullerene leucocyte apoptose

abstract:
L’intérêt pour le domaine de la nanoscience s’est nettement intensifié au cours des dernières années. À cause de sa taille, la nanomatière dispose de propriétés physiques, chimiques et biologiques différentes que celles des mêmes matériaux en vrac ou à l’échelle moléculaire. L’utilisation de plus en plus importante des nanoparticules (NP) engendre des questionnements quant au risque à la santé des humains qui y sont inévitablement exposés. Les travaux préalables à cette thèse ont démontré que les NP de dioxyde de titane peuvent activer les cellules polymorphonucléaires (PMN) et moduler de façon marquée leurs fonctions.
Afin d’entamer une classification des NP en fonction de leur potentiel inflammatoire, nous avons fait appel aux nombreux résultats acquis in vitro (avec des PMN fraîchement isolés à partir du sang veineux de volontaires sains) et in vivo (à l’aide du modèle murin de la poche d’air). Les résultats présentés dans ce document révèlent d’abord l’importance d’une caractérisation rigoureuse des NP et d’une évaluation de leur contamination. Il en ressort également que les métriques employées par les diverses études pour exprimer la notion de "dose" sont diverses et que la concentration massique, utilisée ici, permet d’obtenir des relations dose-dépendantes.
Les NP ont des dimensions similaires à de nombreuses molécules biologiques et différentes interactions NP-molécules sont rapportées dans la littérature. Les résultats obtenus avec les fullerenols que nous avons testés, permettent de conclure qu’il y a une interaction entre le LPS et le C60(OH)n. C’est la toute première étude qui démontre que deux agents, lorsque combinés, peuvent avoir des effets pro-inflammatoires, tandis que séparément, ils sont inertes dans certaines conditions. Ce constat ouvre la porte à d’autres études similaires. De plus, cette étude démontre également le comportement analogue des NP aux cytokines. En effet, leur capacité à retarder l’apoptose du neutrophile par un mécanisme dépendant d’une synthèse protéique (comme le font l’IL-4, l’IL-13, l’IL-15 ou encore le GM-CSF) ou encore leur capacité à augmenter la libération de cytokines pro-inflammatoires in vivo par d’autres types cellulaires que les PMN chez la souris en témoignent.
L’ensemble des fonctions affectées (l’apoptose, la production de médiateurs d’inflammation, la synthèse protéique de novo, la flambée oxydative, etc.), la capacité à activer le neutrophile (changements morphologiques, polymérisation des filaments d’actine, événements de phosphorylation, propagation des cellules, etc.) ainsi qu’un mécanisme d’action complexe (MAPK, phosphorylation des tyrosines, apoptose dépendante d’une synthèse protéique) témoignent du grand potentiel activateur des NP envers les neutrophiles.
Collectivement, ce projet a permis de mieux saisir et interpréter les interactions NP-PMN et il est clair que les NP agissent de façons différentes. Le mode d’action des NP est complexe et diversifié et peut varier en fonction d’une diversité de paramètres (composition chimique de la NP, concentration utilisée, temps de stimulation, interactions avec d’autres molécules, état de contamination, état d’agrégation, tampon physiologique utilisé, etc.). En raison de ces importantes variations, il faudrait d’avantage se concentrer sur les NP susceptibles d’êtres utilisées dans de futures applications concrètes commerciales ou industrielles.


identifier: Gonzalez Suarez, Carmen Elena  (2014). Rôle de la partie C-terminale de la protéine UL24 du virus de l'herpès simplex 1 dans le trafic intracellulaire  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut national de la recherche scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 90 p.

subject: VHS-1

subject: transfection

abstract:
Le gène viral UL24 du virus de l'herpès simplex 1 (VHS-1) est conservé parmi tous les virus de la famille des Herpesviridae. La protéine UL24 contient une partie N-terminale qui est hautement conservée parmi les orthologues de cette protéine dans divers virus herpès. Plusieurs études ont démontré l'importance d'acides aminés hautement conservés dans la partie N-terminale d'UL24 dans les modifications nucléolaires induites par le VHS-1 et dans la pathogenèse dans un modèle murin d'infection oculaire. En revanche, la partie C-terminale d'UL24 est pauvrement conservée, et son rôle durant l'infection n'est pas encore déterminé. Des résultats antérieurs ont démontré que lorsqu'exprimée seule, la partie C-terminale d'UL24 se retrouve au Golgi en contexte de transfection transitoire. Notre hypothèse est qu'il y a des résidus dans la partie C-terminale d'UL24 qui sont importants pour la localisation et les fonctions de la protéine dans le cytoplasme. Une série de vecteurs d'expression mammifère encodant UL24 du VHS-1 avec des délétions dans la partie C-terminale ont été produits. De manière intéressante, il a été observé que plusieurs formes délétées d'UL24 se localisent majoritairement dans le noyau en contexte de transfection transitoire de cellules COS-7. En analysant la séquence primaire de la partie C-terminale de la protéine UL24, il a été trouvé que le résidu T195 correspond à un site putatif de phosphorylation et la région comprise entre les acides aminés 250 et 258 correspond à un possible signal d'export nucléaire (NES). La mutagenèse dirigée ciblant des résidus prédits à faire partie d'un NES (L253, F254, V256, V258) a significativement augmenté la localisation nucléaire d'UL24 dans les cellules COS-7 transfectées, suggérant que cette protéine peut faire la navette entre le noyau et le cytoplasme dû à la présence d'un NES identifié dans la partie C-terminale de la protéine; cependant, l'export nucléaire d'UL24 n'a pas eu d'impact sur la distribution de la nucléoline. Pour déterminer l'importance de l'export nucléaire de la protéine UL24 pendant l'infection, des virus recombinants contenant des mutations ponctuelles dans UL24 du VHS-1 ont été produits en utilisant le système « Bacterial Artificial Chromosome » (BAC). Il a été observé que dans les cellules infectées par le virus possédant des mutations dans le NES, la protéine UL24 est seulement détectée dans le noyau. Quoique la leptomycine B (LMB), un inhibiteur de l'export nucléaire dépendant de CRM-1 (exportine 1), bloque l'export nucléaire d'UL24 en contexte de transfection, le traitement des cellules infectées avec la LMB n'a pas eu d'effet sur la localisation d'UL24. Cela suggère que l'export nucléaire d'UL24 du VHS-1 se fait de façon indépendante de cette exportine ou il peut avoir de la redondance avec d'autres voies d'export. Par ailleurs, il a été observé que le virus possédant des mutations dans le NES d'UL24 a produit de gros syncytia comparables à ceux d'un virus déficient en UL24. Cependant, il n'a pas été observé de différences dans sa réplication virale en comparaison au virus de type sauvage. Ces résultats ont mis en évidence la présence d'un NES dans la partie C-terminale de la protéine UL24 du VHS-1 et cette propriété nouvellement découverte pourrait jouer un rôle dans le contexte d'infection virale particulièrement dans les étapes tardives de la morphogenèse virale dans le cytoplasme.

The UL24 gene of herpes simplex virus 1 (HSV-1) is conserved among all Herpesviridae members. The UL24 protein contains an N-terminal portion that is highly conserved between the orthologs of this protein in other Herpesviridae. Previous studies showed the importance of several conserved amino acids in the N-terminus of UL24 for nucleolar modifications induced by HSV-1 as well as for pathogenesis in a mouse model of ocular infection. In contrast, the C-terminal domain of UL24 is poorly conserved and when expressed alone accumulates in the Golgi apparatus; however, its role during HSV-1 infection is unknown. Herein, we tested the hypothesis that there are residues in the C-terminal domain of UL24 that are important for the localisation and the functions of the protein in the cytoplasm. A series of mammalian expression vectors encoding UL24 of HSV-1 with nested deletions in the C-terminal domain were generated. Interestingly, in transient transfection experiments a pronounced nuclear staining was observed in COS-7 cells for several UL24 deleted forms. Examination of the primary sequence of the C-terminus portion of UL24 revealed that the amino acid T195 corresponds to a putative site of phosphorylation and the region between the amino acids 250 and 258 corresponds to a possible nuclear export signal (NES). Site directed mutagenesis targeting residues predicted to make up an NES (L253, F254, V256, V258) significantly enhanced nuclear localisation of the full length protein in transfected COS-7 cells suggesting that this protein is able to shuttle between the nucleus and the cytoplasm due to the presence of the NES; however, blocking the nuclear export of UL24 had no impact on the distribution of nucleolin. To determine the importance of this function during infection, recombinant viruses were generated by introduction of point mutations into the HSV-1 genome cloned as a Bacterial Artificial Chromosome (BAC). It was observed that infection with a virus that encodes UL24 harboring substitutions in the NES led to accumulation of UL24 in the nucleus. Leptomycin B (LMB), an inhibitor of CRM-1-dependent nuclear export blocked nuclear export of UL24 in transfected cells; however, in infected cells, LMB did not have an effect on the localisation of UL24 protein. This result suggests that either UL24 nuclear export is independent of CRM-1 or that there is redundancy with other export pathways. A virus that encodes a UL24 protein with mutations on the NES resulted in a syncytial phenotype similar to that observed for a virus that lacks UL24 (UL24X). Nevertheless, unlike UL24X, replication of this virus was not distinguishable from that of the corresponding wild type strain. In summary, we discovered a NES in the C-terminal portion ofthe HSV-1 UL24 protein. This newly discovered property may play a role in the context viral infection, particularly in the latter stages of viral morphogenesis in the cytoplasm.


identifier: Khan, Avik  (2014). Development of cellulose nanocrystal reinforced antimicrobial nanocomposite films for food packaging application  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie.

subject: emballage aliment antimicrobien chitosan genipine nisine irradiation gamma microfluidisation nanocristal

abstract:
Au cours des dernières années, il y a eu une formidable expansion de l'évolution de la recherche
et de la technologie dans le domaine de la nanotechnologie, ce qui a entrainé des développements
significatifs et des applications dans les domaines de l'alimentation et de l'agriculture. En
particulier, le domaine de l'emballage alimentaire représente un domaine prometteur et excitant
pour l'utilisation de la nanotechnologie. La cellulose nanocrystalline (CNC), qui est produite à
partir du bois, représente une occasion en or pour les vastes ressources forestières du Canada.
Des essais toxicologiques ont également montré que la CNC est moins dommageable pour
l'environnement que les autres nanomatériaux et sans effets toxiques. Cette thèse porte sur
l'utilisation de la CNC pour le développement de nouveaux matériaux, respectueux de
l'environnement, tels des films bionanocomposites antimicrobiens pour l'application dans
l'emballage alimentaire. Le chitosane, un polymère naturel, non toxique, biocompatible et
biodégradable, a été choisi comme matrice pour la fabrication de films bionanocomposites. Des
films de chitosane bionanocomposite renforcés par la CNC ont été fabriqués par un procédé à
partir de solutions et on a constaté que la CNC a agi comme un bon agent de renforcement dans
le chitosane. L’incorporation de CNC a amélioré la résistance mécanique, la transmission de la
vapeur d'eau, la perméabilité et les propriétés de gonflement des films de chitosane. La
concentration optimale CNC est de 5% pds/ pds de chitosane.
Après la mise au point d'une formulation de chitosane /CNC optimisée, l’attention a été déplacée
vers le développement de films bionanocomposite capables d'inhiber la croissance, à la surface,
de bactéries pathogènes dans les produits carnés. La nisine, un agent antimicrobien naturel, a été
immobilisé à la surface des films de chitosane/CNC à l'aide de la génipine. Les films
antimicrobiens développés ont inhibé avec succès la croissance de L. monocytogenes dans des échantillons de viande prête-à-manger (PAM). Une faible concentration de réticulation de
genipin (0,05% pds/v) a protégé de l'activité antimicrobienne des films dans un état de stockage
extrême. La résistance à l'eau et la résistance mécanique des films ont également augmenté en
raison de la réticulation de la génipine. La spectroscopie à transformée de Fourier (FTIR) a été
effectuée pour étudier les changements dans les bandes infrarouges liés à la réticulation du film
par la génipine. La microfluidization, qui est une technique d'homogénéisation à haute pression,
a été utilisé pour distribuer de manière homogène au sein de la matrice de chitosane la CNC et de
développer des films bionanocomposites de résistance élevée. Une méthodologie statistique, dite
de ‘surface de réponse’ (RSM), a été adoptée pour optimiser systématiquement le contenu en
CNC, la pression de la microfluidisation et le nombre de cycles de microfluidisation pour
optimiser la résistance mécanique des films de chitosane/CNC. La microscopie électronique à
balayage (MEB) des films microfluidisées chitosane/CNC a révélé une réduction de 10 à 15 fois
dans la taille des agrégats par rapport aux films de chitosane/CNC non microfluidisé. La RSM a
également été utilisée pour optimiser une nouvelle formulation capable d'inhiber les bactéries
gramme-négatives (E. coli et S. typhimurium) et les bactéries à Gramme-positives (L.
monocytogenes). Une concentration de nisine de 125 à 150 μg/mL avec un
éthylènediaminetétraacétate disodique (Na -EDTA) concentration de 20 à 30 mM et un pH de 5-
6 a inhibé l'ensemble des trois bactéries. La formulation antimicrobienne développée a été
immobilisée sur la surface des films de chitosane /CNC microfluidisées par la genipine par
réticulation. L’rradiation gamma à faible dose a été appliquée sur les films. On a constaté chez
les films préparés par la combinaison de la réticulation de génipine et l’irradiation gamma (1,5
kGy), la plus haute activité antimicrobienne in vitro contre E. coli et Listeria monocytogenes à la
fin de 35 jours de stockage. Les films ont augmenté la durée de vie de la viande de porc frais de plus de 5 semaines et ont aussi inhibé la croissance de bactéries pathogènes dans des échantillons
de viande.

In recent years there is a tremendous expansion of research and technology developments in the
field of nanotechnology, which resulted in significant application developments in the food and
agriculture areas. Particularly, the field of food packaging represents a promising and exciting
field for the use of nanotechnology. Cellulose nanocrystals (CNC), which are produced from
wood, represent a glorious opportunity for Canada’s vast forest resources. Toxicological
experiments have also shown CNC to be far more environmentally benign than other
nanomaterials. This thesis examines the use of CNC for the development of novel, environment
friendly, antimicrobial bionanocomposite films for food packaging application. Chitosan, a
natural, non-toxic, biodegradable, biocompatible polymer was chosen as the matrix for the
fabrication of bionanocomposite films. CNC reinforced chitosan based bionanocomposite films
were fabricated by solution casting method and it was found that CNC acted as a good
reinforcing agent in chitosan. CNC incorporation improved the mechanical strength, water vapor
permeability and swelling property of the chitosan films. The optimum CNC concentration was
found to be 5% w/w of chitosan.
After the development of an optimized chitosan/CNC formulation, the focus was shifted to the
development of bionanocomposite films capable of inhibiting surface growth of pathogenic
bacteria in meat products. Nisin, a natural antimicrobial agent, was immobilized on the surface
of the CNC/chitosan films by using genipin as a cross-linking agent. The developed
antimicrobial films successfully inhibited the growth of L. monocytogenes in ready-to-eat (RTE)
meat samples. Low concentration of genipin cross-linking (0.05% w/v) protected the
antimicrobial activity of the films in extreme storage condition. Water resistance and mechanical
strength of the films also increased due to genipin cross-linking. Fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) was performed to investigate the changes in the infrared bands related to
the genipin cross-linking of the film. Microfluidization, which is a high-pressure homogenization
technique, was used to homogeneously distributed CNC within the chitosan matrix and develop
high strength bionanocomposite films. Response surface methodology (RSM) was adopted to
systematically optimize the CNC content, the microfluidization pressure and the number of
microfluidization cycles by measuring the mechanical strength of the chitosan/CNC films.
Scanning electron microscopy (SEM) analysis of the microfluidized CNC/chitosan films
revealed a 10 to 15 times reduction in the size of the aggregates compared to the nonmicrofluidized
CNC/chitosan films. RSM was also used to develop a novel optimize formulation
capable of inhibiting both gram-negative (E. coli and Salmonella spp.) and gram-positive
(Listeria monocytogenes) bacteria. A nisin concentration of 125-150 μg/mL with a disodium
ethylenediaminetetraacetate (Na-EDTA) concentration of 20-30 mM and a pH of 5-6 inhibited
all the three bacteria. The developed antimicrobial formulation was immobilized on the surface
of the microfluidized CNC/chitosan films by genipin cross-linking. Low dose gamma irradiation
was applied on the films. It was found that films prepared by the combination of genipin crosslinking
and gamma irradiation (1.5 kGy) the highest antimicrobial activity in vitro against E. coli
and Listeria monocytogenes at the end of 35 days of storage. The films increased the
microbiological shelf life of fresh pork meats by more than 5 weeks and also inhibited the
growth of pathogenic bacteria in meat samples.


identifier: Robitaille, Christina N.  (2014). Effets antiandrogéniques de pesticides dans les cellules cancéreuses corticosurrénales humaines (h295r) et de la prostate humaines (lncap)  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 91 p.

subject: atrazine benomyl prochloraze vinchozoline vinclozolin androgene steroidogenese

abstract:
Plusieurs pesticides peuvent agir en tant que perturbateurs endocriniens. Ceux-ci peuvent être associés à des troubles de développement ou de la fonction reproductrice, mais aussi au développement de maladies hormono-dépendantes, comme le cancer du sein ou de la prostate. L’apparition de ce type de cancer peut certainement être influencée par l’exposition à des contaminants environnementaux. Il est connu que le développement du cancer de la prostate est entre autres lié à l’expression et l’activité du récepteur aux androgènes (AR). Outre, certains pesticides sont connus ou suspectés de posséder des propriétés antiandrogéniques. Ces composés pourraient donc agir par leur action sur le AR ou encore sur les enzymes de la stéroïdogenèse, qui sont essentielles à la formation d’androgènes. Par contre, un effet antiandrogénique, à certaines périodes du développement, pourrait perturber la masculinisation des jeunes mâles. Les effets de pesticides comme l’atrazine, le bénomyl, le prochloraz et la vinclozoline sont connus comme PE, mais leurs mécanismes d’action ne sont pas encore clairs.
Nos principaux objectifs étaient de déterminer les mécanismes éventuels pro- ou antiandrogéniques des pesticides, par l’étude de leurs effets au niveau du AR et de l’enzyme stéroïdienne du cytochrome P450_ 17A1 (CYP17). Ces deux mécanismes sont particulièrement intéressants, car les composés induisant des effets antiandrogéniques pourraient servir au développement de nouveaux traitements pour traiter les maladies androgéno-dépendantes. Par exemple, dans le cancer de la prostate ces composés permettraient de diminuer les taux d’androgènes, qui induisent la prolifération de cette pathologie. Afin de déterminer les effets des pesticides in vitro, nous avons utilisé deux lignées cellulaires distinctes. Pour déterminer leur effet pro- ou antiandrogénique au niveau du AR, nous avons utilisé la lignée humaine de cellules cancéreuses de la prostate (LNCaP), dont la croissance cellulaire est dépendante des androgènes. En ce qui concerne les expériences menées sur les effets des pesticides sur l’expression et l’activité du CYP17, nous avons utilisé la lignée humaine de cellules cancéreuses corticosurrénales (H295R), qui exprime bien cette enzyme. Les cellules H295R sont d’ailleurs largement utilisées comme modèle de la stéroïdogenèse. Nous avions pour objectif général de déterminer les effets de différents pesticides sur ces facteurs impliqués dans le fonctionnement des androgènes.Notre premier objectif était de déterminer les effets des pesticides sur le AR. Pour ce faire, nous avons d’abord déterminé si les pesticides peuvent influencer la viabilité cellulaire androgéno-dépendante des cellules LNCaP. Les résultats ont démontré que le bénomyl (30 μM), le prochloraz (10 et 30 μM) et la vinclozoline (10 et 30 μM) diminuent la viabilité des LNCaP dans un milieu dépourvu de stéroïdes et supplémenté avec de la dihydrotestostérone (DHT). Nous n’avons pas observé d’effet sur la viabilité des LNCaP exposées à l’atrazine. Afin d’atteindre notre premier objectif, nous devions aussi déterminer l’effet des pesticides sur la synthèse de l’antigène spécifique de la prostate (PSA). Nous n’avons pas observé d’effet pro- ou antiandrogénique pour l’herbicide atrazine. Nous avons démontré que tous les autres pesticides peuvent diminuer la sécrétion de PSA, à l’exception du thiaclopride qui augmente plutôt sa sécrétion. En présence de DHT (0,3 nM), le bénomyl (1, 3, 10 et 30 μM), le prochloraz (1, 3, 10 et 30 μM) et la vinclozoline (1, 3, 10 et 30 μM) diminuent le taux de PSA sécrété par les LNCaP. Ensuite, nous avons déterminé l’effet des pesticides sur l’expression du AR dans les LNCaP, plus précisément sur sa localisation et sur l’expression de certaines formes actives phosphorylées. Les pesticides bénomyl (10 μM) et vinclozoline (1 et 10 μM) diminuent la translocation nucléaire du AR, qui est induite par la DHT (10 nM). Le bénomyl (30 μM), le prochloraz (10 et 30 μM) et la vinclozoline (30 μM) ont démontré des propriétés antiandrogéniques, en diminuant significativement la phosphorylation du AR sur les positions de sérines 81 et 210-213. Nous avons aussi évalué l’effet de la vinclozoline sur le AR présent dans les cellules H295R. Dans cette lignée cellulaire, la DHT n’induit pas l’expression du AR et la vinclozoline n’a pas d’effet. Notre deuxième objectif était de déterminer l’effet des pesticides sur l’enzyme CYP17, dans les cellules stéroïdogéniques H295R. Nous avons d’abord évalué les concentrations de pesticides étant cytotoxiques pour ce type cellulaire. Les résultats ont démontrés que la vinclozoline diminue la viabilité des cellules H295R à 100 μM, alors que le prochloraz la diminue à partir de 10 μM. Nous avons pu confirmer que le bénomyl (30 μM) et le prochloraz (10 μM) diminuent à la fois l’expression génique et protéique du CYP17. Par contre, l’effet du prochloraz est plutôt une conséquence de sa cytotoxicité, à partir d’une concentration de 10 M. Le bénomyl agit donc davantage en tant qu’inhibiteur du CYP17. De plus, le bénomyl (30 μM) et le prochloraz (1 et 10 μM) inhibent l’activité enzymatique du CYP17. Nous avons aussi évalué l’effet de la vinclozoline sur l’enzyme 5α-réductase dans les deux lignées cellulaires. Les résultats obtenus ont démontré que dans les deux types cellulaires, la DHT peut induire l’expression génique de la 5α-réductase, à 10 nM dans les H295R et à partir de 0,1 nM dans les LNCaP. La vinclozoline diminue cette induction d’expression par la DHT, uniquement dans les cellules LNCaP à 10 μM.
Ces résultats permettent de conclure que certains des pesticides étudiés possèdent des propriétés antiandrogéniques. Leurs structures pourraient entre autres être utiles dans le développement de nouvelles molécules pour traiter le cancer de la prostate hormono-dépendant. En effet, des inhibiteurs de CYP17 ou d’autres types de composés antiandrogéniques peuvent être utilisés cliniquement pour traiter les patients. De nouveaux traitements moins toxiques seraient avantageux, surtout si ceux-ci possèdent des actions antiandrogéniques à plusieurs niveaux. Par contre, des composés ayant des propriétés antiandrogéniques pourraient induire des effets perturbant le développement foetal, une démasculinisation ou encore des troubles hormonaux lors de la puberté.


identifier: Payette, Geneviève  (2014). Étude de la dynamique de dénitrification et de la diversité bactérienne d’un biofilm dénitrifiant en conditions salines  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 165 p.

subject: biodome montreal methylophaga-nitratireducenticrescens Hyphomicrobium-nitrativorans

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.En grande concentration, le nitrate est toxique pour la faune aquatique. Le Biodôme de Montréal utilisait une filière de dénitrification opérée en mode continu pour abaisser la concentration de cet ion dans le mésocosme du St-Laurent marin. La filière était supplémentée en méthanol et contenait des supports colonisés par un biofilm formé d’une quinzaine d’espèces bactériennes endogènes. Deux bactéries méthylotrophes, Hyphomicrobium nitrativorans NL23 et Methylophaga nitratireducenticrescens JAM1, ont été identifiées comme dominantes et responsables de la majeure partie de l’activité dénitrifiante. La souche JAM1 peut réduire le nitrate jusqu’en nitrite alors que la souche NL23 est un dénitrificateur complet. Le dynamisme régissant l’activité dénitrifiante dans le mode d’opération continu se définit comme étant principalement la réduction du nitrate en nitrite par Methylophaga nitratireducenticrescens JAM1 et la réduction du nitrite produit jusqu’en azote gazeux par Hyphomicrobium nitrativorans NL23.
Malgré l’utilisation du bioréacteur, les concentrations en nitrate retrouvées dans le mésocosme se maintenaient au-dessus du seuil de toxicité, le biofilm n’offrant pas une performance suffisante. Les membres du laboratoire du Prof. Villemur avec des partenaires de recherche avaient proposé au Biodôme de convertir le mode opératoire de la filière de continu en mode cuvée. Ce projet visait donc à évaluer l'impact du mode cuvée sur la diversité bactérienne et sur la dynamique de dénitrification du biofilm afin de caractériser la dynamique bactérienne régissant le processus de dénitrification et d’optimiser le procédé dénitrifiant.
Pour ce faire, le biofilm récupéré du bioréacteur a été dispersé et cultivé en mode cuvée. Le biofilm a également été confronté aux facteurs physicochimiques suivants présentant un potentiel d’optimisation de l’activité dénitrifiante: des concentrations plus importantes en nitrate (C/N = 1,5), une température d’incubation plus élevée et des concentrations fortes ou faibles en NaCl.Le taux de dénitrification spécifique s’est avéré être plus de 70 % supérieur lorsque le biofilm s'est développé à 30 ⁰C ou à 0,0 % NaCl, et à près de 35 % supérieur lorsqu’il s'est développé à 0,5 % NaCl. Concernant les hautes concentrations en NaCl, le développement du biofilm et son taux de dénitrification ont été dramatiquement affectés pour des expositions à 5,0 et 8,0 % NaCl. Cependant, un biofilm déjà adapté en concentration d'eau de mer (2,75 % NaCl) n’a démontré aucun ralentissement au niveau de son taux de dénitrification spécifique et aucun changement dans sa communauté bactérienne. Concernant la quantité de nitrate, le taux de dénitrification spécifique est demeuré stable pour une exposition en nitrate (C/N = 1,5) trois fois supérieure.
Dans toutes les conditions de culture du biofilm, des analyses de qPCR ont indiqué que Methylophaga nitratireducenticrescens JAM1 s'est maintenu à un niveau élevé alors qu’Hyphomicrobium nitrativorans NL23 s'est retrouvé en concentration élevée uniquement lorsque le biofilm a été cultivé dans un milieu pauvre en NaCl (0,0 et 0,5 %) ou dans le milieu Instant Ocean® salt mix. L’espèce s'est retrouvée en concentration drastiquement plus faible lorsque le biofilm a été cultivé dans les autres conditions. Malgré sa quasi-absence, une dénitrification complète s'est opérée dans toutes les conditions étudiées, supposant que la réduction du nitrite a pu être prise en charge par au moins une autre espèce de la communauté.
Pour toutes les conditions testées, hormis la culture dans de fortes concentrations en NaCl, des études de pyroséquençage ciblant le biofilm adapté au mode cuvée ont révélé que de 20 à 40 espèces composaient le biofilm selon la condition de culture et que la souche JAM1 dominait dans toutes les conditions analysées en représentant de 85 à 97 % des séquences associées à la population du biofilm. Également, hormis la culture à 0,0 % NaCl où il représente 0,24 % des séquences, le genre Marinicella s'est avéré présent dans toutes les conditions testées en concentration plus élevée que les autres espèces mineures, passant de 1 à 5 % des séquences issues de la communauté selon les paramètres de culture. Des séquences affiliées à des genres dont certains de leurs membres ont été associés au processus de dénitirifcation ont été retrouvées tels Winogradskyella, Pseudomonas et Stappia. Le biofilm a été ensuite cultivé sur différents milieux de culture pour obtenir des isolats ayant une activité dénitrifiante. Ainsi, des isolats appartenant aux genres Marinobacter, Paracoccus, Rhodovulum et Roseobacter ont été obtenus avec la capacité de dénitrification complète. Également, un isolat associé à la souche Methylophaga nitratireducenticrescens JAM1 qui a un pouvoir de dénitrification complète a été isolé.


identifier: Blais, Marc-André  (2014). Suivi de la contamination fécale dans la grande région de Montréal  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 60 p.

subject:
eau
marqueur
genetique
bacteroide
adn
mitochondrie human
raton-laveur

abstract:
utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Comme pour plusieurs municipalités au Canada, l’infrastructure hydrique de la grande région de Montréal est vieillissante et dégradée. Plusieurs égouts sont affectés par le problème des raccordements inversés qui se produit lorsque les égouts sanitaires sont branchés ou lorsqu’ils s’écoulent dans les égouts pluviaux, entraînant une contamination fécale des cours d’eau urbains. La forte densité d’animaux urbains, sauvages ou domestiques, tels que les ratons laveurs et les chiens, est aussi une source de contamination fécale.
Les travaux, présentés dans ce mémoire, s’inscrivent dans un projet plus vaste et multidisciplinaire d’ingénierie et de modélisation hydrique du Centre de recherche, développement et validation des technologies et procédés de traitement des eaux (CREDEAU), un consortium de l'École Polytechnique de Montréal, l'Université de Montréal, l'École de Technologie Supérieure et l’Université McGill. Dans le cadre de ce projet, le laboratoire du professeur Richard Villemur a reçu la tâche de détecter, quantifier et caractériser l’origine et la source de la contamination fécale de cinq cours d’eau de la grande région de Montréal en utilisant les marqueurs génétiques spécifiques à l’humain, soit le marqueur Bacteroides HF183 et l’ADN mitochondrial. En parallèle, l’équipe de recherche de la professeure Sarah Dorner de l'École Polytechnique de Montréal a effectué les décomptes d’Escherichia coli et l’équipe du professeur Sébastien Sauvé de l’Université de Montréal a fait l’analyse de marqueurs chimiques. Les résultats présentés dans ce mémoire seront éventuellement intégrés à ceux du projet global de l'École Polytechnique de Montréal. Ils pourraient permettre de faire des recommandations aux municipalités pour définir leurs priorités en matière d’infrastructures.
En regard du projet, trois objectifs ont été ciblés. Le premier objectif était d’effectuer une analyse de corrélation entre le niveau de deux marqueurs génétiques de contamination fécale spécifiques à l’humain, soit l’ARN ribosomal 16s de Bacteroides HF183 associé à l’humain et l’ADN mitochondrial humain à partir des échantillons positifs. Il est scientifiquement reconnu que Bacteroides HF183 est un excellent marqueur de la contamination fécale humaine. Pour sa part, l’emploi de l’ADN mitochondrial est une approche plus récente et moins acceptée dans la littérature scientifique. La détection de la contamination fécale humaine avec Bacteroides HF183 a fait l’objet de plusieurs études et revues et a été identifiée comme étant un excellent marqueur de contamination humaine. En comparaison, l’ADN mitochondrial est une approche plus récente et moins acceptée dans la littérature scientifique. Établir une corrélation significative entre l’ADN mitochondrial et Bacteroides HF183 humain permettrait de fournir des éléments qui pourront démontrer que l’ADN mitochondrial est aussi efficace, voire complémentaire lors de la détection des sources de contamination fécale humaine. Avec le deuxième objectif, on cherchait à valider les outils de détection de la contamination fécale humaine. Il s’agit d’une étude de cas portant sur un ruisseau de la région de Montréal (ruisseau 1). On cherchait à déterminer l’origine probable de la contamination fécale humaine observée dans les différents échantillons prélevés le long du ruisseau. Finalement, le troisième objectif était de développer de nouveaux outils génétiques pour la détection de la contamination fécale. Des amorces pour la détection de l’ADN mitochondrial du raton laveur et d’une sonde TaqMan pour la quantification de l’ADN mitochondrial ont été conçues.
À partir des échantillons positifs, nous avons réussi à établir une corrélation entre l’ADN mitochondrial humain et le marqueur Bacteroides HF183 ce qui démontre l’utilité de ces marqueurs dans la détection de la contamination fécale humaine. Une étude de cas sur un ruisseau a permis de déterminer que l’origine de la contamination provenait essentiellement de la source du ruisseau. Une contamination fécale humaine a aussi été détectée pour plusieurs stations échantillonnées mettant en évidence l’impact des raccordements inversés sur la qualité de l’eau. Finalement, les amorces développées ont permis de faire la détection de contamination fécale du raton laveur et la sonde TaqMan a permis de quantifier l’ADN mitochondrial humain.


identifier: Poirier, Michelle  (2014). Rôle des nanoparticules d’argent sur les fonctions biologiques des neutrophiles humains  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 90 p.

subject: toxicite inflammation immunologie

abstract: Les nanoparticules (NP) d’argent (Ag) sont connues pour leurs caractéristiques antimicrobiennes. Elles permettent de modifier certaines caractéristiques des produits et sont utilisées dans plusieurs secteurs (alimentaire, domestique, cosmétique, hospitalier, etc.). Les voies d’expositions sont nombreuses et variées ce qui permet aux nanoparticules d’argent (AgNP) d’être absorbées, de rejoindre la circulation sanguine et d’être distribuées dans le corps. Elles pourront alors interagir avec les cellules et les organes pour y induire des changements physiologiques. Parmi les cibles potentielles, il y a les neutrophiles polymorphonucléaires (PMN), des cellules du système immunitaire inné. Ils sont la première ligne de défense de l’organisme et possèdent d’importantes fonctions qui leur permettent de détruire les pathogènes. Les PMN appartiennent à la lignée myéloïde et ne se divisent pas. Ils migrent quotidiennement de la moelle osseuse (MO) à la circulation sanguine et meurent par apoptose; assurant ainsi le taux équilibré et constant qui est nécessaire au maintien de l’homéostasie du corps. Grâce à leur petit diamètre, les AgNP peuvent être internalisées par les PMN induisant des changements physiologiques qui affectent leurs fonctions. Malheureusement, nous connaissons encore mal les mécanismes et les interactions dictés par les NP sur les PMN. Peu d’études ont été réalisées pour déterminer les effets des AgNP sur les PMN. Ce mémoire démontre que les AgNP n’endommagent pas la membrane des PMN humains mais qu’elles induisent l’apoptose de ceux-ci de manière significative dès douze heures. Aussi, les AgNP sont internalisées par les PMN après un temps très court (1minute) et entraînent plusieurs changements physiologiques dont une augmentation du volume et de la complexité interne après une exposition de trente minutes ainsi que la libération d’interleukine (IL) -8 et l’inhibition de la synthèse protéique à vingt heures. Les résultats de nos travaux viennent s’ajouter aux connaissances que l’on possède déjà sur les NP. Cependant, plus d’études doivent être faites dans le but de connaître les effets biologiques de ceux-ci.


identifier: Ghabraie, Mina  (2014). Antimicrobial effect of Essential Oils against pathogenic bacteria and optimization of its formulations combined with other preservative agents  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 160 p.

subject: antimicrobien huile-essentielle listeria-monocytogenes staphylococcus-aureus escherichia-coli salmonelle-typhimurium pseudomonas-aeruginosa nitrite nisine acide-organique saucisse viande

abstract:
Annually around 4 million foodborne illnesses occur in Canada resulting in an economic burden of approximately $3.7 billion. In recent years, several microbiological issues in food safety have emerged. Subsequently, novel techniques and antimicrobial formulations are required to maintain microbiologically safe foods while preserving their natural taste.
Essential oils are one of the best naturally-known candidates to be used as food preservatives due to their inherent antimicrobial properties and Generally Recognised as Safe (GRAS) status. In this study, the antimicrobial activity of 32 EOs was evaluated in vitro against Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Salmonella Typhimurium and Pseudomonas aeruginosa using 3 different methods (agar diffusion assay, micro-atmosphere assay and broth microdilution assay). Based on the results stemming from the different methods employed in this study, some EOs such as Red thyme, Red bergamot, Winter savory, Chinese cinnamon and Cinnamon bark were found to be more effective than the others as they showed higher antimicrobial activity against the tested pathogenic and spoilage bacteria. In addition, the combination effect of selected EOs was tested based on the checkerboard method. The results showed that the combination of Chinese cinnamon and Cinnamon bark EOs exhibited an additive effect against all the tested bacteria. This combination was selected to perform sensorial analyses which showed that 0.05% was the highest acceptable concentration which did not induce any negative effect on organoleptic properties of ground meat.
The selected combination of EOs at 0.05% was evaluated in situ using lean ground pork against the above listed bacterial species. The results showed that this combination of EOs could effectively reduce the bacterial count in a range from 0.47 log (against L. monocytogenes) to 0.85 log (against S. aureus) after 1 day of storage while the antimicrobial efficiency decreased during the time.
In another related project, multiple barrier technology (hurdle technology) was used to combine several antimicrobial factors at their sub-inhibitory concentrations for food preservation. It was deemed to be a promising way to promote antimicrobial safety without changing the natural taste and smell of food products. The antimicrobial agents were encapsulated in edible polymer to keep the activity of antimicrobial agents during the storage time. In order to find the optimized antimicrobial formulation, the combination of Chinese cinnamon and Cinnamon bark EOs was evaluated with 3 other antimicrobial agents (nitrite, nisin and organic acid salts) in situ using fresh pork sausage and fresh beef sausages.Results showed the combination of 0.025 or 0.05% of EOs with 100 ppm of nitrite, 12.5 ppm of nisin and 1.55 % of organic acid salts reduced L. monocytogenes from 1.5 to 3.6 log after 7 days of storage at 4 °C. Sensorial analyses conducted with a panel of 35 trained examiners showed that the selected formulations were organoleptically accepted in both fresh pork sausages and fresh beef sausages in terms of texture, smell and taste.


identifier: Benchalgo, Nadjet  (2014). Étude du potentiel toxique des eaux souterraines de mercier : impact des anciennes lagunes  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 174 p.

subject: biomarqueur toxicite contaminant truite immunotoxicite

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF.Le déversement de 40000 m³ à 170000 m³ de déchets liquides dans une gravière désaffectée, situées dans la ville de Mercier à 20 km au sud de Montréal, a causé de sérieux problèmes de contamination des eaux souterraines. Les lagunes ainsi formées contenaient des produits provenant des industries, soit principalement des déchets d’industries chimiques et pétrochimiques. La présence de ces polluants organiques peut compromettre le système immunitaire des organismes aquatiques et altérer l’activité enzymatique impliquée dans les phases de biotransformation du xénobiotique. Notre travail vise une étude écotoxicologique des eaux souterraines de Mercier. Dans un premier temps, nous avons examiné via des tests in vitro, l’effet immunotoxique de l’exposition des leucocytes de truites aux eaux souterraines, échantillonnées auprès de 13 puits situés dans le panache des lagunes. En effet, les résultats ont révélé que la capacité phagocytaire et l’efficacité phagocytaire ont été diminuées significativement pour 4 puits sur /13 et 6 puits sur /13 respectivement. La prolifération des lymphocytes B et T stimulée aux mitogènes a été augmentée parmi des échantillons. Dans un deuxième volet, les expériences in vivo ont permis de démontrer que les réponses étaient différentes selon la distance des puits échantillonnés. Une analyse factorielle discriminante faite pour classer et déterminer les différences entre les sites situés à des distances de (1,2 km), (2,7 km) et (5,4km) des lagunes, a révélé que le site d’échantillonnage à 2,7 km était le plus contaminé. Toutefois, l’activité phagocytaire a été stimulée chez les truites exposées à ces eaux ce qui suggère une immunostimulation. En plus, les lymphocytes T étaient plus sensibles à la réponse humorale que les lymphocytes B. D’autre part, une augmentation du nombre de cellules apoptotiques induites à la dexamethaxone a été observée chez les truites exposées aux eaux souterraines de Mercier ce qui indique une plus grande susceptibilité du système immunitaire au stress. Une perturbation du cycle cellulaire des lymphocytes a été aussi mise en évidence chez les truites exposées aux eaux souterraines dans le panache, ce qui suggère une perte de son contrôle et son altération contribue à l’oncogénèse. Dans un troisième temps, nous avons mis en évidence l’effet toxique de ces eaux par la mesure de deux types de biomarqueurs soient; les biomarqueurs de défense (éthoxyrésorufine O-dééthylase(EROD) et glutathion S-transférase (GST)) et ceux des lésions tissulaires (peroxydation lipidique (LPO) et les cassures de brins d’ADN). Les résultats ont montré une induction de l’activité EROD chez les poissons exposés aux eaux de puits à 1,17 km et 5,40 km, alors qu’une inhibition de l’activité a été enregistrée chez les poissons exposés aux eaux du puits à 2.74 km. Une inhibition de l’activité GST et une induction de la génotoxicité ont été observées en conséquence. La solution choisie pour contrôler la contamination et restaurer la nappe phréatique de Mercier, était l’implantation des pièges hydrauliques d’où l’eau contaminée serait pompée, traitée puis rejetée dans les eaux de surface. Notre dernier volet vise à étudier l’immunotoxicité de ces eaux traitées et non traitées suite à une exposition in vivo des truites. Les résultats démontrent que les contaminants présents dans les eaux avant et après traitement peuvent moduler les compétences de bases comme la phagocytose et la prolifération des lymphocytes. Dans l’ensemble, nos travaux suggèrent que le système immunitaire, le système de biotransformation, l’intégrité de l’ADN, le cycle cellulaire et l’apoptose peuvent être affectés par l’exposition aux eaux souterraine de Mercier. De plus, il ressort que les eaux traitées et rejetées dans les eaux de surface pourraient constituer une menace pour le système immunitaire des organismes qui y vivent.
Enfin, l’utilisation des biomarqueurs dans l’évaluation de la toxicité des eaux souterraines de Mercier n’aurait pas eu d’intérêt et de signification que dans le cadre d’une approche multi-marqueur. Seule cette approche a permis de fournir une expertise valable dans le contexte d’un mélange complexe de produits chimiques. Cela comprend donc une complémentarité de biomarqueurs liés à la génotoxicité, à l’immunotoxicité et à la biodégradation du toxique.


identifier: Räss, Philippe  (2014). Synthèse et étude métabolique de la 17α- méthylméthénolone et de la 17α-méthylstenbolone  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 69 p.

subject: steroide

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Les stéroïdes anabolisants représentent une classe de composés faisant partie de la liste des
substances interdites par l’Agence mondiale antidopage. Le dépistage de l’utilisation de ceux-ci
est fait à partir d’un échantillon d’urine des athlètes. Pour confirmer la présence d’un stéroïde ou
d’un de ses métabolites (biomarqueurs) dans une urine, les temps de rétention en
chromatographie en phase gazeuse et les patrons de fragmentation en spectrométrie de masse
doivent correspondre pour ce composé à ceux obtenus à partir d’une substance de référence dans
les mêmes conditions de chromatographie gazeuse couplée à de la spectrométrie de masse (CGSM).
Afin de procéder à ces analyses, il est nécessaire de connaître l’identité des stéroïdes à
détecter ainsi que les produits dont ils sont issus à la suite du métabolisme humain, tous deux
étant des biomarqueurs, lorsque identifiés dans l’urine.
De nouveaux stéroïdes ont été découverts ces dernières années (désoxyméthyltestostérone,
tétrahydrogestrinone) tandis que la 17β-hydroxy-2,17α-diméthyl-5α-androst-1-èn-3-one (17α-
méthylstenbolone) a été repérée dans les forums d’haltérophiles et de conditionnement physique
sur internet. Ces quelques exemples sont des dérivés synthétiques d’autres stéroïdes plus
accessibles. La 17β-hydroxy-1,17α-diméthyl-5α-androst-1-èn-3-one (17α-méthylméthénolone)
représente un stéroïde qui serait facilement synthétisable à partir de son analogue, la
méthénolone. Il ne serait donc pas surprenant d’en retrouver sur de tels sites d’ici quelques
années. Ces substances synthétiques sont malheureusement mal connues ou inexistantes de la
littérature scientifique en lien avec leur toxicologie. Cette lacune d’information suscite un besoin
d’approfondir les connaissances métaboliques reliées à ce type de nouveaux composés La
synthèse de ces deux nouveaux stéroïdes a été réalisée et l'incubation in vitro avec des modèles
cellulaires a permis d’en simuler le métabolisme chez l’humain. Les milieux issus des incubations de stéroïdes avec des hépatocytes humains ont été analysés par
CG-SM. Trois métabolites ont été détectés à la suite de l’incubation de la 17α-
méthylméthénolone et un seul l’a été suite à l’incubation de la 17α-méthylstenbolone. Les trois
métabolites de la 17α-méthylméthénolone sont des dérivés hydroxylés en position C-3, C-6 et C-
16 respectivement. Le métabolite de la 17α-méthylstenbolone est un dérivé hydroxylé en
position C-16, ce qui semble confirmer les résultats obtenus par Cavalcanti et al. lors d’une étude
d’excrétion avec quatre volontaires humains (Cavalcanti, Leal et al. 2013).


identifier: Tan, Sok Gheck  (2014). Les sidérophores produits par burkholderia thailandensis  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en sciences expérimentales de la santé, 110 p.

subject: fer malleobactine

abstract: La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. Les sidérophores sont des chélateurs d’origine biologique présentant une très haute affinité pour le Fe3+, un élément essentiel à la survie de la plupart des organismes vivants. Ces molécules sont produites et sécrétées entre autres par les bactéries et les levures en conditions limitantes en fer. Les sidérophores sont des facteurs de virulence puisqu’ils compétitionnent avec les protéines de l’hôte pour l’acquisition du fer permettant ainsi la survie d’un pathogène. Ce projet s’intéresse principalement aux sidérophores produits par la bactérie Burkholderia thailandensis, un bacille à Gram négatif utilisé comme modèle alternatif pour le pathogène Burkholderia pseudomallei, l’agent causatif de la mélioïdose. B. thailandensis est une espèce avirulente phylogénétiquement et phénotypiquement très similaire à B. pseudomallei. La production de sidérophores par B. pseudomallei a déjà été confirmée, mais très peu d’informations sont disponibles concernant les types de sidérophores produits ainsi que les gènes impliqués dans la régulation et la synthèse de ces molécules. Les principaux objectifs de ce projet sont d’identifier les sidérophores produits par B. thailandensis puis d’identifier les gènes impliqués dans la régulation et la synthèse de ceux-ci. Des analyses par chromatographie liquide à haute performance couplée à la spectrométrie de masse (CLHP-SM) ont permis de déterminer que la pyochéline, un sidérophore déjà connu, est produite chez cette bactérie. Des criblages par mutagenèse aléatoire par transposon ont permis d’identifier des gènes nécessaires à la production de la malléobactine, un sidérophore de la famille des hydroxamates. La production de ce sidérophore par B. thailandensis a été confirmée par CLHP-SM. Il a été déterminé que la malléobactine est en fait un groupe de sidérophores formé d’au moins trois congénères ayant des masses moléculaires différentes. De plus, il s’agit du sidérophore majoritairement produit chez cette bactérie. Des analyses par CLHP-SM, CLHP-SM en tandem et RMN ont été faites afin d’élucider la structure, encore inconnue au moment de cette étude, de la malléobactine.


identifier: Oufkir, Talal  (2014). Régulation de l’invasion du trophoblaste par la sérotonine : rôle et mécanismes d’action du récepteur de la sérotonine de type 2a (5-HT2a) placentaire humain  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 198 p.

subject: placenta

abstract:
La transcription des symboles et des caractères spéciaux utilisés dans la version originale de ce résumé n’a pas été possible en raison de limitations techniques. La version correcte de ce résumé peut être lue en PDF. L'implantation de l'embryon et la formation du placenta (placentation) sont des étapes essentielles en début de grossesse. Dès les premiers stades de la placentation, le trophoblaste humain, à l'origine du placenta, s'engage dans deux voies de différenciation : 1) la voie du trophoblaste villeux (vCTB) qui constitue la cellule endocrine du placenta et 2) la voie du trophoblaste extravilleux (evCTB) qui, par ses capacités invasives et migratoires, assure l'ancrage du placenta dans le myomètre et la formation de l'unité foeto-maternelle. En outre, le trophoblaste extravilleux sécrète les métalloprotéases -9 et -2 capables de dégrader la matrice extracellulaire des tissus utérins. Dès l'implantation, le développement et la fonction du trophoblaste se trouve régulée par des hormones, des cytokines et des facteurs de croissance produits par le placenta et les différents tissus maternels. La sérotonine ou 5-hydroxytryptamine (5-HT) est une monoamine servant de neurotransmetteur dans le système nerveux central (SNC). Cette hormone est également synthétiser dans plusieurs tissus périphériques ou elle exerce des effets prolifératif, pro-invasif et pro-différenciation. La sérotonine exerce ses effets via l’activation de plusieurs types de récepteurs, incluant les récepteurs de type 2A (5-HT2A). Ce dernier fait partie des récepteurs à sept domaines transmembranaires couplés à une protéine de type Gq/11 (RCPGq/11) et est connu pour activer les voies PLC-PKC, MEK/ERK1/2 et JAK2/STAT3. Ces voies de signalisation sont impliquées dans la régulation de la prolifération, la migration et l'invasion de trophoblaste. Au niveau placentaire, le récepteur 5-HT2A est exprimé dans les primocultures de trophoblaste humain de grossesse normale à terme et dans les lignées cellulaires de choriocarcinomes JEG-3 et BeWo (modèles in vitro du trophoblaste placentaire). Bien que la sérotonine et de son récepteur 5-HT2A soient présents au niveau de l’interface foeto-maternelle, son rôle potentiel dans le développement et les fonctions du trophoblaste n’ont jamais été étudié. L’hypothèse de recherche de cette thèse de doctorat est que le récepteur 5-HT2A, via l'activation des voies de signalisation JAK2/STAT3 et MEK/ERK1/2, stimule les capacités prolifératives, migratoires et invasives du trophoblaste. Pour vérifier cette hypothèse, les objectifs spécifiques sont: (1) Déterminer le rôle du récepteur 5-HT2A placentaire dans la régulation de la prolifération et la croissance des cellules trophoblastiques; (2) Déterminer le mécanisme moléculaire impliqué dans l’effet mitogénique du récepteur 5-HT2A dans les cellules trophoblastiques; (3) Déterminer le rôle du récepteur 5-HT2A dans l’invasion des cellules trophoblastiques et le mécanisme moléculaire impliqué. Les résultats de cette thèse démontrent que l’activation spécifique du récepteur 5-HT2A exerce des effets prolifératifs, pro-migratoires et pro-invasifs sur les cellules trophoblastiques. Plus spécifiquement: le DOI ((±)-2,5-Diméthoxy-4-iodoamphetamine hydrochloride), agoniste sélectif du récepteur 5-HT2A : (i) stimule la croissance et la prolifération des lignées trophoblastiques JEG-3 et BeWo; (ii) augmente le nombre de cellules en phase S et en phase G2/M du cycle cellulaire dans les cellules BeWo et JEG-3, respectivement; (iii) active les voies de signalisation JAK2/STAT3 et MEK/ERK1/2, (iv) augmente la prolifération des cellules JEG-3 via la stimulation des voies de signalisation JAK2/STAT3 et PLC/PKC/ERK1/2; (v) L'activité de ERK1/2 induit par le DOI nécessite l'activation de la voie JAK2/STAT3 et la voie PLC/PKC/Ras; (vi) stimule la croissance, la migration et l’invasion du trophoblaste extravilleux (primocultures et les lignées cellulaires JEG-3 et HTR-8/SVneo et (vii) augmente l’expression et l’activité des métalloprotéinases MMP-2 et MMP-9 dans les lignées trophoblastiques JEG-3 et HTR-8/SVneo via l’activation de la voie de signalisation JAK2/STAT3. L’ensemble de ces résultats montre que le récepteur 5-HT
2A, via l’activation de la voie de signalisation JAK2/STAT3 induit la prolifération, la migration et l’invasion des cellules trophoblastiques. Ces travaux suggèrent que la sérotonine (d’origine maternelle et/ou trophoblastique), via ses récepteurs 5-HT2A placentaires, pourrait réguler le développement précoce du trophoblaste et, par conséquence, le bon déroulement de la grossesse.


identifier: Huq, Tanzina  (2014). Development of Cellulose Nanocrystal (CNC) Reinforced Bio polymeric Matrix for Microencapsulation of Bioactive Compounds  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en biologie, 288 p.

subject: listeria-monocytogenes alginate nisine irradiation gamma lactobacillus-rhamnosus probiotique nanocristal

abstract:
La nanotechnologie a connu une croissance rapide en recherche, avec des applications en sciences
alimentaires, comme une technologie émergente. Les potentiels de la nanotechnologie sont
explorés dans divers projets de recherche pour la sécurité alimentaire et le développement
d'aliments fonctionnels. La cellulose nanocristalline (CNC) est un nanomatériau cellulosique. En
application dans les aliments, ce nanomatériau a été appliqué comme biopolymère alimentaire.
Une matrice alginate de base renforcée de CNC a été développée pour la microencapsulation de
composés bioactifs (probiotiques et les composés antimicrobiens). A un niveau de 5% en poids, la
concentration en CNC a été optimisée dans une matrice d'alginate suite à l'amélioration de la
résistance à la traction de 37% de films et la réduction de perméabilité à la vapeur d'eau de 31%
par rapport à la matrice d'alginate. On a constaté qu’une concentration de 5% en poids dans une
matrice d'alginate CNC a également amélioré les propriétés thermiques et morphologiques. Ce
niveau optimisé de 5% en poids de CNC dans la matrice d'alginate a été utilisé pour la
microencapsulation de composés antimicrobiens tels que la nisine et d'huiles essentielles afin
d'améliorer la sécurité alimentaire des produits carnés prêts -à-manger (RTE) pendant le stockage,
suite à une activité contre la bactérie Listeria monocytogenes. Il a été constaté que la nisine
microencapsulée (63μg/ml) dans de l'alginate-CNC permet d’améliorer son activité et disponibilité
20 fois et a réduit la présence de L. monocytogenes par 3.04 log UFC / g par rapport à celle de la
nisine libre (63μg/ml) pendant 28 jours de stockage à 4° C. Cette étude a révélé une nouveauté,
soit par le développement de films d'alginate-CNC pour la microencapsulation de la nisine qui
présentait un effet de protection des produits carnés prêts à consommer. Après avoir constaté l'effet
antimicrobien de concentrations différentes de nisine micro-encapsulée et libre sur le système
carné RTE, la plus faible concentration de nisine (16μg/ml) active a été évaluée en combinaison avec l’origan ‘compactum’ ou la cinnamome ‘cassia’ (250 μg / ml) pour vérifier l'effet synergique
de l’irradiation γ ou la pasteurisation à froid.
La popularité dans le monde des produits contenant des probiotiques a augmenté énormément dont
certains qui sont très reconnus comme nutraceutiques. Mais ces produits montrent une viabilité
très inférieure du probiotique pendant le stockage et en état gastrique. Notre matrice d'alginate-
CNC développée a été utilisée pour la microencapsulation de probiotiques (Lactobacillus
rhamnosus ATCC 9595) pour améliorer sa stabilité au cours du stockage. La concentration de
CNC a été une fois de plus optimisée avec une matrice d'alginate en vérifiant la viabilité pendant
la lyophilisation. Les résultats ont montré que 13 % en poids de CNC dans des microbilles
d'alginate a seulement réduit la viabilité de L. rhamnosus par 0.01 log alors que le log de la viabilité
des microbilles d’alginate a été réduit de 0.95 log après le séchage libre. On a également constaté
que 13 % en poids de CNC en combinaison avec des microbilles d'alginate -lécithine a montré une
plus grande amélioration de la viabilité au cours du stockage. Les résultats ont démontré que cette
formulation a augmenté de 61 % la viabilité des probiotiques après 42 jours de stockage à 25˚ C
par rapport à des contrôles de microbilles d'alginate. Cette formulation de microbilles d'alginate-
CNC-lécithine a amélioré la viabilité de L. rhamnosus de 52 % au cours de la transition complète
à travers le passage gastrique par rapport à microbilles d'alginate. Il y a eu aussi une nouvelle
formulation de revêtements développée à l'aide d'alginate, de pectine et de CNC, afin d'améliorer
la stabilité de L. rhamnosus à 25˚ C en utilisant un modèle de type ‘composite central’. Cette
formulation de revêtement a montré une bonne stabilité de L. rhamnosus à la température ambiante
jusqu'à six mois de stockage. L'interaction observée entre les formulations de revêtement d'alginate
pectine-CNC a également présenté une viabilité de 84% après le passage gastrique.En résumé, cette thèse a été entreprise pour développer des systèmes de microbilles biopolymères
comestibles pour l'application dans le domaine de l’alimentation et à des fins nutraceutiques.
L'utilisation de CNC a créé une voie innovante pour l'industrie alimentaire et nutraceutique


identifier: Bélanger, Benoît  (2014). La protection naturelle contre une infection par le virus de l’influenza et celle induite par un vaccin combiné à l’adjuvant Proteosome est indépendante de l’IL-17A et de l’IL-17F.  Thèse.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Doctorat en virologie et immunologie, 144 p.

subject: vaccination immunologie interleukine lymphocyte-T-auxiliaire

abstract:
Chaque année, la grippe saisonnière est responsable de trois à cinq millions de cas graves et
entre 250 000 à 500 000 décès. De plus, la grippe engendre des pertes économiques élevées,
malgré les programmes de vaccination. Les vaccins actuellement utilisés sont efficaces chez les
personnes âgées de 17 à 49 ans. Par contre, les populations à risque sont peu ou pas
protégées par ces vaccins. La conception de nouveaux adjuvants ciblant les muqueuses va
permettre de cibler les voies naturelles d’infection et d’induire une réponse immunitaire
systémique et des muqueuses. Parmi ces nouveaux adjuvants, les adjuvants/systèmes de
libération à base de Proteosome ont été utilisés dans plusieurs études cliniques et animales et
ont démontré leur efficacité. Ils sont formés de protéines de la membrane externe (OMP) non
covalemment associées avec un antigène (p. ex. hémagglutinine) ou le LPS (Protollin). Le but
de notre étude était de caractériser la réponse immunitaire adaptative induite par les adjuvants à
base de Proteosome, en utilisant un modèle murin d’immunisation intranasale/intrapulmonaire
avec un vaccin contre le virus de l’influenza A/New Caledonia/20/99 (H1N1).
Des souris BALB/c ont été immunisées avec Proteosome, Protollin et CpG et la réponse induite
entre 7 et 21 jours post-immunisation a été analysée dans le but de comparer l’habilité de ces
adjuvants à potentialiser la réponse immune contre l’antigène hémagglutinine (HA). Nous avons
trouvé que les adjuvants à base de Proteosome induisent la différenciation des cellules Th17, et
ce, dès 7 jours post-immunisation. Cela corrèle avec une régulation à la hausse de l’expression
de l’IL-17A, l’IL-17F, de l’IL-21, du CXCL9, du CXCL10 et du CXCL11. Des souris BALB/c
immunisées avec l’antigène HA coadministé avec ces adjuvants étaient protégées suite à une
infection expérimentale par le virus de l’influenza A/New Caledonia/20/99 (H1N1), mais une
perte de poids (morbidité) était toujours présente chez les souris immunisées avec l’adjuvant
Proteosome. Étonnamment, les souris déficientes en IL-17A/F étaient aussi protégées d’un défi
létal après immunisation, et la morbidité était réduite significativement en comparaison aux
souris sauvages BALB/c. De plus, la déficience en IL-17A et en IL-17F a un faible impact sur la
production d’anticorps au niveau systémique (IgG) et des muqueuses (IgG et IgA).
De plus, à la suite d’une infection primaire, non mortelle, par le virus de l’influenza, les souris
déficientes en IL-17A et en IL-17F ont une plus faible morbidité ainsi qu’un taux de survie plus
élevé que les souris BALB/c sauvages ou les souris IL-17AKO. Nous avons observé que les
souris IL-17A/FKO, infectées par le virus de l’influenza, ont un nombre de cellules NK et de
lymphocytes T γδ augmenté en comparaison aux souris BALB/c. De plus, ces mêmes souris ont
une augmentation de l’expression génique de l’IFN-α et de l’IFN-β avant l’infection.
Tous ces résultats nous permettent de conclure que la protection induite par les adjuvants à
base de Proteosome est indépendante de l’IL-17A et de l’IL-17F et que ces cytokines ne sont
pas essentielles pour la protection contre une infection par le virus de l’influenza.


identifier: Egesborg, Philippe  (2014). Étude du potentiel synergique des mutations de résistance aux inhibiteurs de la β-lactamase blac de mycobacterium tuberculosis  Mémoire.  Québec, Université du Québec, Institut National de la Recherche Scientifique, Maîtrise en microbiologie appliquée, 51 p.

subject: antibiotique clavulanate

abstract: La résistance bactérienne aux antibiotiques de type β-lactame est un problème majeur menaçant le succès des traitements contre les maladies infectieuses à travers le monde. Mycobacterium tuberculosis a toujours été particulièrement résiliente contre les β-lactames en raison de sa β-lactamase BlaC, une hydrolase à spectre large encodée dans son chromosome pouvant inactiver la vaste majorité des β-lactames utilisés en clinique. Néanmoins, de récentes études ont montré que certaines combinaisons de β-lactames et d’inhibiteurs de β-lactamases peuvent être utilisés pour inhiber la croissance des souches extrêmement résistantes aux médicaments (XDR) de M. tuberculosis, procurant avec succès de nouveaux outils à employer contre les souches résistantes. Dans la présente étude, nous avons effectué des substitutions combinatoires dans le site actif de BlaC pour démontrer que des mutations spécifiques aux positions 69, 130, 220 et/ou 234 peuvent agir de manière synergique pour générer des variantes possédant une résistance au clavulanate plusieurs milliers de fois supérieure in vitro. Alors que la plupart des mutants simples et doubles demeurent sensible au clavulanate, les variantes double R220S-K234R et S130G-K234R sont substantiellement moins affectées par l’inactivation par le clavulanate, montrant une activité hydrolytique résiduelle de 46% et 83% après 24 h d’incubation avec l’inhibiteur. Ces résultats démontrent que des altérations dans le site actif de BlaC peuvent générer des mutants résistants qui demeurent actifs et stables pour une durée de temps compatible avec la prolifération de M. tuberculosis. Ces résultats mettent en emphase le formidable potentiel d’adaptation des mutations de résistance aux inhibiteurs chez les β-lactamases, jetant potentiellement une ombre sur certaines combinaisons de β-lactames et d’inhibiteur de BlaC étant utilisées comme traitement contre M. tuberculosis.